MAKALAH

DASAR-DASAR MIKROBIOLOGI

“KIMIA SEL MIKROORGANISME”

ANGGOTA KELOMPOK:

Alqoriffah Hasanah [NIM_1904112019]

Anggi Rohita [NIM_1904111347]
Arifah Mahtura [NIM_1904124927]
Bintang Rapshodio Tane [NIM_1904111935]
Bonita Tiolina Exaudi [NIM_1904110771]
Dinda Roanna Agusti [NIM_1904156275]
Nuning Homsatun [NIM_1904110509]
Rotua Pardede [NIM_ 1904110551]
Stefanus Lamsardo Simbolon [NIM_1904112209]
Yusil Rahma Hidayatul [NIM_1904110445]
Dhiga Kurnia Ananda Putra [NIM_1904112877]
DOSEN PENGAMPU :

Dr. Dessy Yoswati, S.Pi., M.Si

PRODI ILMU KELAUTAN

FAKULTAS PERIKANAN DAN KELAUTAN
UNIVERSITAS RIAU
PEKANBARU
2020
 KATA PENGANTAR

Puji dan syukur kami atas kehadirat Allah SWT yang telah melimpahkan
karunia serta rahmat Nya sehingga Penulis dapat menyelesaikan Makalah Dasar-Dasar
Mikrobiologi “Kimia Sel Mikroorganisme” tepat pada waktunya.

Pnulis menyadari bahwa terselesaikannya makalah ini tidak terlepas dari

bantuan berbagai pihak. Oleh karena itu, rasa hormat dan terima kasih kami sampaikan
terkhusus pada Dosen Pengampu mata kuliah Dasar-Dasar Mikrobiologi dan kepada
semua pihak yang telah membantu dalam menyelesaikan penyusunan makalah ini baik
moril maupun materil.

Penulis mengharapkan makalah ini berguna bagi pembaca meskipun Penulis

menyadari masih banyak kekurangan di dalamnya. Oleh karena itu, Penulis
mengharapkan kritik dan saran yang membangun agar makalah ini dapat sempurna dan
bermanfaat bagi pembaca dimasa yang akan datang.

ii
 DAFTAR ISI
KATA PENGANTAR

DAFTAR ISI

DAFTAR GAMBAR

I. PENDAHULUAN

1.1. Latar Belakang

1.2. Identifikasi Masalah

1.3. Tujuan Pembahasan

II. PEMBAHASAN

2.1. Asal Usul Mikroorganisme

2.2. Macam-Macam Mikroorganisme

2.3. Struktur Penyusun Jaringan Mikroorganisme

2.4. Susunan Kimia Sel Mikroba

2.5. Ikatan dan Reaksi Kimia Mikroorganisme

2.6. Struktur Sel Bakteri dan Virus

2.7. Sifat Kimia Sel Bakteri dan Virus

III. PENUTUP

4.1. Kesimpulan

4.2. Saran

DAFTAR PUSTAKA

DA

iii
 DAFTAR GAMBAR
Gamba
r

1. Gambar 1. Teori Biogenesis.............................................................................6

2.. Gambar 2. Respirasi Aerob..............................................................................17

iv
 BAB I

PENDAHULUAN

1.1. Latar Belakang

Mikroorganisme terdapat dimana-mana, seperti pada tanah, debu, udara, air,

makanan ataupun permukaan jaringan tubuh kita. Mikroorganisme dapat hidup dimana-
mana, tidak hanya di ruang terbuka tapi di ruangan tertutup. Kehidupan mikroorganisme
di ruang tertutup lebih mudah dikendalikan dibanding di ruang terbuka. Jika suatu
ruangan tertutup, kehidupan mikroorganisme dapat dikendalikan, maka ruangan tersebut
dapat dikategorikan sebagai ruangan steril ( Rusli, 2004 ).

Mikroorganisme merupakan semua makhluk yang berukuran beberapa mikron atau

lebih kecil lagi.Struktur dari mikroorganisme yang tidak dapat terlihat oleh mata
telanjang dan harus menggunakan alat bantu berupa mikroskop. Berdasarkan ukuran
dan sifatnya, mikroorganisme dikategorikan ke dalam empat kelompok yakni virus,
bakteri, jamur dan parasit (Achmadi, 2006).

Stuktur mikroorganisme dijelaskan lagi hingga bagian terdalamnya. Serta ikatan

kimia yang terjadi dalam proses yang ada pada mikroorganisme. Ikatan antar
mikroorganisme dengan lingkungan khususnya bakteri dan virus sangatlah erat hingga
menimbulkan reaksi-reaksi yang bisa menimbulkan ketidaknyamanan dan manfaat.
Sehingga di perlukan pemahaman mendalam khususnya pada ikatan dan reaksi yang
terjadi dan akan dibahas lebih lanjut lagi pada makalah ini.

1.2. Identifikasi Masalah

Berdasarkan pemaparan di latar belakang, permasalahan yang muncul adalah

sebagai berikut:

1. Bagaimana asal usul dari mikroorganisme di peradaban manusia?

2. Bagaimana dengan pembagian dari beberapa macam jenis mikroba?
3. Bagaimana unsur dan penyusun pada mikroorganisme?
4. Dapatkan dijelaskan ikatan dan reaksi kimia mikroorganisme?
5. Bagaimana struktur sel bakteri dan virus serta sifat kimianya?

v
1.3. Tujuan Pembahasan
Tujuan dari pembahasan Kimia Sel Mikroorganisme ini, sebagai berikut:
1. Dapat menjelaskan asal usul dari mikroorganisme di peradabaan manusia
2. Dapat menjelaskan pembagian dari beberapa macam jenis mikroba.
3. Dapat menjelaskan unsur dan penyusun pada mikroorganisme.
4. Mengerti akan ikatan dan reaksi kimia mikroorganisme.
5. Dan dapat membedakan struktur sel bakteri dan virus serta sifatnya.

vi
 BAB II

PEMBAHASAN

2.1 Asal Usul Mikroorganisme

Mikroorganisme atau mikrob adalah organisme yang berukuran sangat kecil

sehingga untuk mengamatinya diperlukan alat bantuan. Mikroorganisme biasanya
dianggap mencakup semua prokariota, protista, dan alga renik. Fungi, terutama yang
berukuran kecil dan tidak membentuk hifa, dapat pula dianggap sebagai bagiannya,
meskipun banyak yang tidak menyepakatinya.

Sejarah dunia mikroorganisme berawal dari ditemukannya mikroskop oleh Anthony

van Leeuwenhoek (1633-1723). Pada mulanya, mikroskop temuan tersebut masih
sangat sederhana, hanya dilengkapi satu lensa dengan jarak fokus yang sangat pendek,
tetapi dapat menghasilkan bayangan jelas yang setara dengan perbesaran 50-300 kali.
Pengamatan yang dilakukan oleh Leeuwenhoek di antaranya pengamatan terhadap
struktur mikroskopis biji, jaringan tumbuhan, dan invertebrata kecil. Penemuan terbesar
pada zamannya dan diketahui sebagai dunia mikroorganisme, yang disebut
sebagai animalculus atau hewan kecil. Animalculus adalah berbagai jenis
mikroorganisme yang sekarang diketahui sebagai protozoa, algae, khamir, dan bakteri.

Penemuan Leewenhoek tentang hewan kecil tersebut menjadi perdebatan sangat

serius di kalangan ahli mikrobiologi. Berkaitan dengan temuan Leewenhoek muncullah
dua silang pendapat, satu mengatakan bahwa munculnya hewan kecil karena proses
pembusukan tanaman atau hewan, ataupun melalui proses fermentasi. Pendapat ini
mendukung teori yang mengatakan bahwa makhluk hidup berasal dari benda mati atau
abiogenesis, dan konsepnya dikenal dengan genaratio spotanea. Pendapat lain
mengatakan bahwa hewan kecil tersebut berasal dari hewan kecil sebelumnya seperti
halnya organisme tingkat tinggi. Pendapat atau teori yang mengatakan hal tersebut
dikenal dengan biogenesis. Adanya perbedaan pendapat tersebut menyebabkan
mikrobiologi tidak berkembang dan hal ini berlangsung sampai perdebatan terselesaikan
dengan dibuktikannya kebenaran teori biogenesis. Pembuktian ini memerlukan berbagai

vii
macam eksperimen yang nampaknya sederhana tetapi memerlukan waktu lebih dari 100
tahun.
1. Pembuktian Ketidakbenaran Abiogenesis
Franscesco Redi (1626-1697) dengan hasil eksperimennya membuktikan
bahwa ulat yang terdapat pada daging busuk adalah larva yang berasal dari telur
lalat, bukan berasal dari benda mati (teori Generatio Spontanea). John
Needham (1713-1781) melakukan eksperimen dengan cara memasak sepotong
daging untuk menghilangkan organisme yang ada, kemudian menempatkannya
dalam toples terbuka. Berdasarkan pengamatannya ditemukan adanya koloni
pada permukaan daging tersebut, sehingga disimpulkan bahwa mikroorganisme
terjadi secara spontan dari daging.
Pada tahun 1769, Lazarro Spalanzani (1729-1799) melakukan eksperimen
dengan cara merebus kaldu daging selama 1 jam dan menempatkannya pada
toples yang ditutup rapat, hasil percobaan menunjukkan tidak ditemukannya
mikroorganisme dalam kaldu tersebut. Jadi eksperimen Lazarro Spalanzani
menentang teori Abiogenesis. Sebaliknya, Needham mengatakan bahwa
berdasarkan eksperimennya sumber makhluk hidup berasal dari udara sementara
pada percobaan Spalanzani tidak berinteraksi langsung dengan udara. Setelah
hampir 100 tahun percobaan Needham berlangsung dan tidak ada kepastian
kebenaran di antara kedua eksperimen tersebut, muncullah dua peneliti yang
mencoba memecahkan kontroversi tentang peran udara tersebut. Pada tahun
1836, Franz Schulze melakukan eksperimen dengan cara melewatkan larutan
asam kuat ke dalam tabung tertutup yang berisi daging yang telah dimasak. Pada
tahun 1837, Theodore Schwann melakukan eksperimen dengan cara
mengalirkan udara melalui pipa panas ke dalam tabung tertutup yang bersisi
kaldu. Keduanya tidak menemukan adanya mikroorganisme sebab
mikroorganisme telah mati oleh adanya asam kuat maupun panas, tetapi para
pendukung teori Generatio Spontanea berpendapat bahwa adanya asam kuat
dan panas akan mengubah udara sehingga tidak mendukung pertumbuhan
mikroorganisme. Akhirnya pada tahun 1954 muncul peneliti yang
menyelesaikan perdebatan tersebut, dengan melakukan percobaan menggunakan
tabung tertutup berisi kaldu yang telah dipanaskan. Kemudian ke dalam tabung

viii
 tersebut dimasukkan pipa yang pada sebagiannya diisi dengan kapas dan
ujungnya dibiarkan terbuka, dengan demikian mikroorganisme akan tersaring
dan udara tetap bisa masuk. Hasilnya, tidak ditemukan mikroorganisme dalam
kaldu daging tersebut, hal ini membuktikan bahwa teori Generatio
Spontanea adalah salah.
2. Bukti Teori Biogenesis

Gambar 1. Teori Biogenesis

Pada periode yang sama muncul ilmuwan baru dari Perancis Louis Pasteur
(1822–1895) seorang ahli kimia yang menaruh perhatian pada mikroorganisme.
Pasteur tertarik untuk meneliti peran mikroorganisme dalam industri anggur,
terutama dalam pembuatan alkohol. Salah satu pendukung teori Generatio
Spontanea yang hidup pada masa Louis Pasteur adalah Felix Archimede Pouchet
(1800-1872). Pada tahun 1859 Pouchet banyak mempublikasikan tulisan yang
mendukung teori Abiogenesis, namun ia tidak dapat membantah penemuan-
penemuan Pasteur. Pasteur sebagai ilmuwan, untuk memastikan pendapatnya,
melakukan serangkaian eksperimen. Salah satu eksperimen Pasteur yaitu
menggunakan bejana leher panjang yang dibengkokkan dan dikenal dengan
leher angsa (Gambar 1.1). Bejana ini diisi dengan kaldu kemudian dipanaskan.
Pada kondisi tersebut udara dapat dengan bebas melewati tabung atau pipa leher
angsa tetapi di daerah kaldu tidak ditemukan adanya mikroorganisme. Hasil
analisis menunjukkan bahwa mikroorganisme beserta debu akan mengendap
pada bagian tabung yang berbentuk U sehingga tidak dapat mencapai kaldu.
Pasteur melalui eksperimen yang sama, membawa tabung tersebut ke
pegunungan Pyrenes dan Alpen.
3. Robert Koch tahun 1843-1910

ix
 Penelitian yang dilakukan oleh Robert membuahkan hasil tentang
mikroorganisme. Koch mengumumkan bahwa sudah menemukan bakteri
penyebab penyakit TBC, difteri, tifus, kolera serta gonorhu dan antraks.
Sehingga, proses biologi pada mikroorganisme ini berperan pada kehidupan.
Sejauh ini, pengembangan penggunaan mikroorganisme menjadi jasad
parameter-alami (sebagai indikator–alami) pada perubahan didalam lingkungan,
sudah mulai banyak digunakan khususnya sebagai akibat adanya pencemaran
domestik dari rumah tangga maupun non-domestik (yakni dari pabrik, pertanian,
industri, dan sebagainya).

2.2 Macam-Macam Mikroorganisme

, Mikroorganisme atau mikroba adalah organisme yang sangat kecil sehingga untuk
mengamati bantuan sarana yang diperlukan. Mikroorganisme juga disebut organisme
mikroskopis. Mikroorganisme seringkali bersel tunggal (uniseluler) atau multiseluler
(multiseluler). Namun, beberapa protista bersel tunggal masih terlihat dengan mata
telanjang, dan ada beberapa spesies multisel tidak terlihat mata telanjang. Virus juga
termasuk ke dalam mikroorganisme meskipun bersifat seluler.

Mikroorganisme biasanya dianggap mencakup semua prokariota, protista dan

ganggang mikroskopis. Jamur, terutama kecil dan tidak terbentuk hifa, juga dapat
dianggap sebagai bagian, meskipun banyak yang tidak setuju. Kebanyakan orang
beranggapan bahwa yang dapat dianggap mikroorganisme adalah semua organisme
yang sangat kecil yang dapat dibudidayakan dalam cawan petri atau inkubator di
laboratorium dan mampu mereproduksi dirinya sendiri melalui mitosis.

Macam-macam mikroba:

1. Bakteri
Bakteri adalah kelompok organisme yang tidak memiliki membran inti sel.
Organisme ini milik prokariota dan domain yang sangat kecil (mikroskopik),
dan memiliki peran besar dalam kehidupan di bumi. Struktur sel bakteri relatif
sederhana, tanpa nukleus/inti sek, kerangka sel dan organel-organel lain seperti
mitokondria dan kloroplas. Bentuk dasar bakteri terdiri atas bulat (kokus),
batang (basil), dan spiral serta terdapat bentuk antara kokus dan basil yang

x
 disebut kokobasil. Bakteri biasanya menyebabkan penyakit pada manusia.
Contoh: Salmonella, Eccerecia Coli, Staphylococcus dan Difteri bacilus.
2. Virus
Virus adalah parasit mikroskopik yang menginfeksi sel-sel dalam organisme
biologis. Virus adalah parasit obligat, itu karena virus hanya dapat bereproduksi
dengan menyerang material dan memanfaatkan sel-sel hidup karena mereka
tidak memiliki mesin selular untuk bereproduksi sendiri. Biasanya sejumlah
kecil asam nukleat (DNA atau RNA, tetapi tidak kombinasi keduanya) yang
dikelilingi oleh beberapa bentuk bahan pelindung yang terdiri dari protein, lipid,
glikoprotein, atau kombinasi dari ketiganya.
3. Parasit
Parasit adalah hewan mikroskopis yang dapat mengurangi produktivitas
hewan inang. Parasit dapat menginfeksi manusia dan hewan, seperti menyerang
kulit manusia. Parasitoid adalah parasit dari organisme lain yang menggunakan
jaringan untuk kebutuhan gizi mereka sampai orang-orang yang menunggang
meninggal karena kehilangan jaringan atau nutrisi yang dibutuhkan. Parasitoid
juga dikenal sebagai necrotroph.
4. Fungsi
Fungi merupakan organisme eurakiotik, heterotof karena tidak mengandung
klorofil, makannya diambil dengan cara arbsorbsi dari lingkungan dan
berkembang biak dengan spora. Cara mendapatkan nutrisi dari beberapa
makhluk hidup, diantaranya:
 Fungi = Heterotof yang absorbtif
 Hewan = Heterotof yang fagotrof
 Tumbuhan = Autrotof
5. Protozoa
Protozoa berasal dari bahasa Yunani, yaitu protos artinya pertama dan zoon
artinya hewan jadi, protozoa adalah hewan pertama. Protozoa merupakan
kelompok lain protista eukariotik. Kebanyakan protozoa hanya dapat dilihat
dibawah mikroskop. Habitat hidupnya adalah tempat yang basah atau berair.
6. Alga

xi
 Alga (jamak Algae) adalah sekelompok organisme autrotrof yang tidak
memiliki organ dengan perbedaan fungsi yang nyata. Alga bahkan dapat
dianggap tidak memiliki “organ” seperti yang dimiliki tumbuhan (akar, batang,
daun, dan sebagainya). Karena itulah, alga pernah digolongkan pula sebagai
tumbuhan bertalus. Kelompok alga:
a. Alga prokariotik. Alga ini bersama bakteri masuk ke dalam kingdom
Monera. Akan tetapi dalam perkembangan selanjutnya diketahui bahwa ia
lebih banyak memiliki karakteristik bakteri sehingga dimasukan kedalam
kelompok bakteri benar (Eubacteria).
b. Alga eukariotik. Jenis-jenis alga lainnya memiliki struktur sel eukariotik dan
mampu berfotositesis, entah dengan klorofil maupun dengan pigmen-pigmen
lain yang membantu dalam asimilasi energi.

2.3 Struktur Penyusun Jaringan Mikroorganisme

Semua makhluk hidup terdiri dari sel. Beberapa organisme bersel satu
(uniseluler) dan lainnya terdiri dari beberapa sel (multiseluler). Betapa pun
kompleksnya sel, pada dasarnya hanya ada dua jenis yang menyusun makhluk hidup
yaitu sel prokariotik dan eukariotik. Sel-sel tanaman dan hewan tergolong sel
eukariotik. Mikroorganisme dapat dibagi menjadi dua golongan. Bakteri memiliki sel
prokariotik, sedangkan kapang dan khamir terdiri dari sel eukariotik. Virus tidak
termasuk ke dalam kategori di atas karena tidak memiliki kemampuan untuk melakukan
metabolisme meskipun memiliki unsur genetika untuk memperbanyak dirinya.

A. Sel Prokariotik Dan Eukariotik

Sel prokariotik dan eukariotik tersusun oleh unsur kimia yang serupa. Keduanya
memiliki asam nukleat, protein, lipida, dan karbohidrat. Sel-sel tersebut juga melakukan
reaksi kimia yang sama untuk memproses (metabolisme) makanan, membangun protein,
dan menyimpan energi di dalam tubuhnya. Perbedaan utama dari kedua sel tersebut
adalah susunan dinding sel, membran dan jenis organel yang dimilikinya.

Perbedaan antara Sel Prokariotik dan Sel Eukariotik

Kriteria Sel prokariotik Sel Eukariotik

Materi genetika. Molekul AND berbentuk Molekul AND tersusun di

xii
 sirkuler tanpa inti yang dalam kromosom.
jelas.
Organel yang terbungkus Tidak ada. Ada, seperti mitokondria,
membran. badan golgi, kloroplas,
lisosom, dan reticulum
endoplasma.
Ribosom. Lebih kecil jika Lebih besar dari 80S,
dibandingkan dengan berada pada reticulum
eukariotik, berbentuk 70S endoplasma.
dan berada bebas dalam
sitoplasma.
Pergerakan. Dengan flagella yang Flagella dan sila yang
tersusun oleh komponen bergerak bergelombang.
yang sederhana dan bias
berotasi.
Membran sitoplasma. Tidak mengandung sterol. Mengandung sterol.
Ukuran sel. Umumnya lebih kecil. Umumnya lebih besar.
Dinding sel. Mengandung Tidak mengandung
peptidoglikan. peptidoglikan.
Mitosis. Tidak ada. Ada.
Tempat respirasi. Membran sitoplasma. Mitokondria.

B. Bagian-Bagian Sel Prokariotik

1. Kapsul
Beberapa bakteri memiliki kapsul atau lendir yang berada di bagian terluar
dari sel. Umumnya kapsul tersusun atas polimer, seperti polisakarida atau
polipeptida atau keduanya. Kapsul ini umumnya berfungsi untuk melindungi diri
baik dari sistem pertahanan tubuh (bagi patogen) atau dari kondisi lingkungan
yang kurang baik, seperti kekeringan, kurang nutrien dan panas.

2. Flagella
Flagella (tunggal = flagellum) adalah filamen yang memanjang ke arah luar
sel yang tersusun atas protein yang disebut flagellin. Bakteri yang memiliki
flagella bisa bergerak atau motil, artinya dapat bergerak dengan keinginan

xiii
 sendiri. Mekanisme bagaimana flagella dapat menggerakkan sel adalah sebagai
berikut: flagella yang agak kaku ini ini berfungsi sebagai poros yang mendorong
sel dengan cara memutar searah atau berlawanan arah dengan jarum jam.
Tergantung letaknya pada sel, flagella dapat disebut monotrikat, lopotrikat,
ampitrikat, dan peritrikat.
3. Pili atau Fimbria
Istilah pili dan fimbria digunakan untuk menunjuk struktur yang sama, yaitu
struktur mirip rambut pada permukaan sel. Struktur ini memiliki dua fungsi,
yaitu untuk penempelan (adhesi) pada permukaan lain, misalnya sel usus
manusia, dan dikenal sebagai fimbria. Fungsi kedua adalah untuk transfer materi
genetika melalui proses yang disebut konjugasi dan untuk kepentingan ini
disebut sebagai pili. Seperti halnya flagella, pili disusun oleh protein (disebut
pilin), akan tetapi pilin lebih tipis dan pendek jika dibandingkan dengan flagella.
4. Dinding Sel
Dinding sel bakteri adalah struktur yang kompleks, agak kaku dan
bertanggung jawab atas bentuk sel. Struktur ini, melindungi membran
sitoplasma dan semua bagian dalam sel. Dinding sel tersusun oleh senyawa unik
yang disebut peptidoglikan. Peptidoglikan (PG) ini tersusun atas dua
komponen, yaitu N-acetyl glucosamine (NAG) dan N-acetyl muramic acid
(NAM). NAG dan NAM berselang-seling membentuk tulang punggung dinding
sel. Pada NAM terdapat 4 asam amino dan -asam amino ini membentuk ikatan
silang dengan asam amino NAM lainnya.
Penggolongan bakteri menjadi Gram positif dan Gram negatif adalah
berdasarkan perbedaan komposisi dinding sel. Bakteri Gram positif dinding
selnya terutama terdiri dari PG sehingga terbentuk dinding sel yang kaku. Pada
bagian luar PG terdapat senyawa yang disebut asam teikhoat. Bakteri Gram
negatif mengandung PG dalam jumlah yang jauh lebih sedikit, akan tetapi di
bagian luar PG terdapat membran luar (outer membrane) yang tersusun atas
lipoprotein dan fosfolipid. Selain itu bakteri jenis ini mengandung
lipopolisakarida. Oleh karena perbedaan komposisi dinding sel ini, bakteri Gram
positif dan negatif memiliki ketahanan yang berbeda. Bakteri Gram positif lebih
rentan terhadap antibiotika penisilin karena antibiotika ini dapat merusak PG.

xiv
 Sebaliknya karena jumlah PG yang lebih banyak, bakteri Gram positif biasanya
lebih tahan terhadap kerusakan mekanis.
5. Membran Sitoplasma
Membran tipis ini membungkus cairan sitoplasma sel. Umumnya membran
sitoplasma terdiri atas 60% protein dan 40% lemak khususnya fosfolipid.
Fungsi utama membran sitoplasma adalah untuk menjadi penghalang
(barrier) selektif terhadap senyawa yang masuk dan ke luar sel. Membran ini
disebut sebagai semipermeable karena hanya senyawa tertentu bisa melewati
membran sementara senyawa-senyawa lainnya tidak. Molekul-molekul yang
besar (protein dan sebagainya) umumnya tidak bisa melalui membran ini, akan
tetapi air, asam-asam amino, glukosa dapat melaluinya.
Senyawa yang larut dalam lemak lebih mudah memasuki membran ini
karena membran tersusun atas lemak. Fungsi lain membran ini adalah untuk
memecah makanan untuk menghasilkan energi. Membran sitoplasma ini
mengandung enzim-enzim yang berperan dalam metabolisme.
6. Sitoplasma
Untuk sel prokariotik sitoplasma berarti apa saja yang terdapat di dalam
membran sitoplasma. Sitoplasma tersusun oleh 80% air, juga mengandung
asam-asam nukleat, protein, karbohidrat; lemak, ion-ion anorganik dan beberapa
senyawa berukuran kecil. Di dalam sitoplasma inilah metabolisme untuk
menghasilkan energi dan pembentukan komponen-komponen sel berlangsung.
Sitoplasma ini dapat dibagi menjadi bagian fluid dan bagian nukleoid.
Bagian fluid yang terdiri dari air yang mengandung ion dalam konsentrasi
tinggi sehingga secara fisik cairan di bagian ini kental, agak transparan dan
elastis. Di bagian ini juga terdapat ribosom yang terdiri dari ARN dan protein
yang berfungsi dalam sintesis protein. Selain itu, mungkin juga terdapat
beberapa granula, seperti granula metakromatik (volutin), granula polisakarida,
lemak, sulfur dan sebagainya.
Bagian nukleoid terdiri dari molekul ADN yang membentuk kromosom.
Molekul inilah yang mengandung informasi genetika dari sel bakteri tersebut.
Selain itu bakteri juga mungkin mengandung ADN yang membentuk lingkaran

xv
 kecil yang disebut sebagai plasmid. Plasmid berisi materi genetika yang tidak
penting bagi pertumbuhan sel dan bisa hilang tanpa mengakibatkan sel mati.
7. Endospora
Endospora adalah bentuk istirahat dari sel bakteri yang dibentuk jika kondisi
lingkungan buruk.

C. Bagian-Bagian Sel Eukariotik

1. Dinding Sel
Dinding sel eukariotik lebih sederhana daripada sel prokariotik. Dinding sel
beberapa fungi mengandung selulosa, tetapi komponen yang utama adalah kitin,
yaitu polimer dari N-acetyl glucosamine. Dinding sel khamir umumnya
mengandung polisakarida glukan dan manan. Oleh karena tidak mengandung
petidoglikan maka sel-sel eukariotik tahan terhadap antibiotika yang merusak
peptidoglikan.
2. Membran Sitoplasma
Pada prinsipnya membran sel eukariotik dan prokariotik mempunyai fungsi
yang sama. Pada sel eukariotik juga terdapat sterol, lemak kompleks yang tidak
terdapat pada membran bakteri.
3. Sitoplasma
Secara fisik sitoplasma sel eukariotik sama dengan sitoplasma sel
prokariotik. Sitoplasma juga mengandung granula (inclusion bodies), seperti
granula enzim (zymogen), lemak, vakuola, dan glikogen. Berbeda dengan sel
prokariotik, sitoplasma sel eukariotik juga mengandung organel (organ-organ
kecil) yang tidak terdapat pada sitoplasma sel prokariotik.
4. Nukleus
Nukleus adalah organel terbesar yang mengandung materi genetika ADN.
Nukleus ini dipisahkan dari sitoplasma oleh membran dua lapis yang mirip
strukturnya dengan membran sitoplasma.

5. Retikulum Endoplasma (RE)

RE adalah membran paralel yang bersambungan dengan membran
sitoplasma atau membran nukleus dalam bentuk yang berbeda-beda. Diduga RE
menyediakan permukaan untuk berlangsungnya reaksi-reaksi kimia, transpor

xvi
 molekul dan tempat penyimpanan hasil sintesis. Pada bagian luar RE terdapat
ribosom yang juga terdapat bebas di dalam sitoplasma.
6. Kompleks Golgi
Kompleks Golgi terdiri dari 4-8 saluran yang datar dan bertumpuk satu
dengan lainnya. Fungsinya adalah untuk sekresi (pengeluaran) protein, lemak
yang disintesis pada RE dan juga karbohidrat.
7. Mitokondria
Organel ini berbentuk bulat, oval atau berfilamen yang tersebar di sitoplasma.
Mitokondria terdiri atas membran dua lapis, seperti pada membran sitoplasma
dan berfungsi dalam metabolisme untuk menghasilkan energi dalam bentuk ATP
(Adenosin tri fosfat).

2.4 Susunan Kimia Sel Mikroorganisme

A. Susunan Kimia sel Mikroba :
a. Penyusun Utama sel (C, H, O, N dan P) 95% dari berat kering sel
b. Unsur lain :
- Air
- Protoplasma, dinding sel, lipida, polisakarida, polifosfat, protein, asam
amino dan senyawa lain.

B. Dinding Sel
Dinding sel bakteri adalah struktur yang kompleks, agak kaku dan
bertanggung jawab atas bentuk sel. Struktur ini, melindungi membran
sitoplasma dan semua bagian dalam sel. Dinding sel tersusun oleh senyawa unik
yang disebut peptidoglikan. Peptidoglikan (PG) ini tersusun atas dua komponen,
yaitu N-acetyl glucosamine (NAG) dan N-acetyl muramic acid (NAM). NAG
dan NAM berselang-seling membentuk tulang punggung dinding sel. Pada
NAM terdapat 4 asam amino dan -asam amino ini membentuk ikatan silang
dengan asam amino NAM lainnya.

C. Asam Amino & Protein (40-70 % b.k),

xvii
 - Protein tersusun dari asam amino bentuk L (bentuk D sangat jarang dijumpai di
alam; banyak terdapat di dinding sel)

2.5 Ikatan dan Reaksi Kimia Mikroorganisme

A. Ikatan dan Reaksi Kimia Mikroorganisme
 Apa itu kimia sel ? :

Kimia sel (metabolisme): semua reaksi kimia yang terjadi dalamsel hidup +
enzim energi sintesis komponen sel ,kegiatan selular (cth: pergerakan) dan
nutrien sederhana (cth: asamlemak, glukosa, senyawa aromatik).

 Apa saja sih reaksi kimia itu ? :

Reaksi kimia terdiri atas:

a) Disimilasi (katabolik) : perombakan nutrien → membebaskan energi

b) Asimilasi (anabolik) : energi → sintesis/fungsi sel lainnya

 Terdiri dari apa kimia proses metabolisme ?

Ikatan dan Reaksi Kimia Proses metabolisme terdiri dari : (oksidasi-reduksi).
 Energi dihasilkan darimana sih ? :
Proses oksidasi – reduksi
 Dari tadi ngomong oksidasi dan reduksi, itu apa sih? :
a) Oksidasi: pelepasan elektron
b) Reduksi: penangkapan elektron
Ex : H2 → 2e- + 2H+
 Ada satu lagi reaksinya nih, apa tuh ? :
Fosforilasi oksidatif : reaksi oksidasi dikatalisis enzim
Dehidrogenase → transfer eletron + proton yang
Dibebaskan → aseptor eletron intermedier.
Ex : NAD+ , NADP+ → NADH , NADPH.
 Sifat Kimia
Sebagaimana suatu proses pelapukan, bahan organik yang difermentasikan
akan mengalami perubahan fisik maupun kimia oleh aktivitas mikrobaa.
Perubahan fisik diindikasikan dengan hancurnya jaringan maupun sel bahan dan

xviii
 hal ini akan diikuti oleh perubahan kimia yang dicirikan dengan meningkatnya
kandungan unsur dalam larutan hasil fermentasi.
 Energi terdiri atas :
a) Sinar matahari (mikroba fototropik/fotosintesis)
b) Oksidasi senyawa kimia (mikroba autotropik atau kemosintesis kemotropik)
 Fotosintesis terdiri atas :
a) Cyanobacteria CO2 + 2 H2O → H2O+ [CH2O]n + O2 (Sinar matahari –
Klorofil)
b) Non Cyanobacteria: anaerob CO2 + 2H2A → H2O + [CH2O]n + 2A (Sinar
matahari - Klorofil)
 Autotrofik : CO2 sebagai sumber karbona.
a) Oksidasi sulfur (Thiobacillus) : 2S +3O2+ 2H2O → 2H2SO4
b) Oksidasi amonia (Nitrosomonas) : 2NH4Cl + 3O2 → 2HNO2 + 2HCl +2H2O
c) Oksidasi nitrit (Nitrobacter) : 2NaNO2 + O2 → 2NaNO3
d) Oksidasi hidrogen : 2H2 + O2 → 2H2O
e) Oksidasi senyawa Fe (Siderocapsa) : 4FeCO3 + O2 + 6H2O → 4Fe(OH)3 +
4CO2
 Heterotrofik : Senyawa organik sebagai sumber makanan.
a) Photo-autotrofik : (Sumber energi : cahaya) , (Sumber karbon CO2),
b) Chemo-autotrofik : (Sumber energi Senyawa anorganik (H2, NH3, NO2,
H2S)) , (Sumber karbon CO2),
c) Photo-heterotrofik : (Sumber energi cahaya) , (Sumber karbon Senyawa
organik),
d) Chemo-heterotrofik : (Sumber energi Senyawa organik) , (Sumber karbon
Senyawa organik).
 Fermentasi :
Kondisi anaerob, elektron dan proton ditransfer darisenyawa oksidasi
menuju senyawa organikproduk fermentasi.
Ex: Gula mikroba asam piruvat
 Fermentasi terdiri atas :
a) Asam homolaktat (Streptococcus, Lactobacillus)
Asam piruvat NHDA NAD+ → asam laktat

xix
b) Alkohol (yeast)
Asam piruvat CO2 → asetaldehid NHDA NAD+ → etil alkohol
c) c. Asam campuran (Escherichia coli)
Asam piruvat NHDA NAD+ → asam laktat Asam suksimat → etil
alkohol → asam asetat + H2 + CO2d.
d) Butylen glycol (Entherobacter, Pseudomonas, Bacillus) 2 piruvat → CO2 asam
asetolaktat CO2 → asetoin NHAD NAD+ → 2,3 butylen glicol
e) Asam propionat (Propioniacterium, Veillonela)
3 asam piruvat CO2 → asam asetat
f) Asam butirat, butanol, aseton (Clostridium)
4 asam piruvat 4CO2 → 4 asetil CoA → asam asetat.
 Respirasi :
Tranfer elektron → mentransfer elektron → aseptor elektron terakhir
 Respirasi terbagi :
a) Respirasi aerob : oksigen sebagai aseptor eletron terakhir
b) Respirasi anaerob: senyawa anorganik
 Apa saja respirasi aerob :

Gambar 2. Respirasi Aerob

 Apa saja respirasi anaerob :
a) Reduser sulfat (Desulfovibrio: pembentuk spora)
SO4 2- + 8 e- + 8 H+ → S 2- + H2O
Senyawa organik sebagai sumber karbon: heterotrofik
b) Reduser nitrat (Escherichia, Bacillus, Pseudomonas)
2NO3- + 12 e- + 12H+ → N2 + 6H2O

xx
 Proses denitrifikasi : hilangnya nitrat dari tanah(pertanian), baik untuk
pengolahan limbah.
c) Bakteri metan : dalam usus hewan ruminansia
CO2 + 8 e- + 8H+ → CH4 + 2H4O
2.6 Struktur Sel Bakteri dan Virus
A. Bakteri
- Struktur Sel Bakteri dan Fungsinya
1. Kapsul atau Lapisan Lendir 
Fungsi Kapsul atau Lapisan Lendir 
Sebagai pelindung, Menjaga sel agar tidak kekeringan, Membantu
pelekatan dengan sel bakteri lain atau pada substrak, Pada bakteri patogen,
kapsul melindungi bakteri dari pengaruhi sistem kekebalan (antibodi) yang
dihasilkan oleh sel tubuh inang.
2. Dinding Sel 
Fungsi Dinding Sel 
Mempertahankan bentuk dari selMemberikan sebuah perlindungan
fisik, Menjaga sel agar tidak pecah dalam lingkungan yang memiliki tekanan
osmotik yang lebih rendah (hipotonis)Sel bakteri dapat mengalami
plasmolisis jika berada pada lingkungan yang tekanan osmotik lebih tinggi
(hipertonis).Bakteri akan mati jika berada pada larutan yang pekat misalnya
mengandung banyak garam atau banyak gula.
3. Membran Plasma 
Fungsi Membran Plasma
Membungkus sitoplasma Mengatur pertukaran zat yang berada di dalam
sel dengan zat yang ada diluar sel. 
4. Mesosom 
Fungsi Mesosom 
Menghasilkan energiMembentuk dinding sel baru saat terjadi
pembelahan sel Menerima DNA pada saat konjugasi.
5. Sitoplasma 
Fungsi Sitoplasma 
Sebagai tempat terjadinya reaksi-reaksi metabolisme sel.

xxi
 6. Ribosom 
Fungsi Ribosom

Sebagai sintesis protein.

7. DNA 
Fungsi DNA 
Materi genetik yang sebagian besar menentukan sifat-sifat metabolisme
bakteri (DNA Kromosom)Menentukan sifat patogen, sifat fertilitas
(kemampuan bereproduksi secara seksual), dan sifat ketebalan terhadap
suatu antibiotik (DNA nonkromosom)
8. Granula dan Vakuola Gas 
9. Klorosom 
Fungi Klorosom adalah untuk menfotosintesis yang hanya terdapat pada
bakteri fotosintetik. misalnya Chlorobium 
10. Flagela 
Berfungsi sebagai alat untuk pergerakan.
11. Pilus atau Fimbria Pilus (Latin, pili = rambut) atau fimbria (fimbria = daerah
pinggir) adalah struktur seperti flagela tetapi berupa rambut-rambut yang
memiliki diamater lebih kecil, pendek, dan kaku, dengan terdapat di sekitar
dinding sel. Fungsi pilus atau Fimbria adalah sebagai berikut..
Membantu bakteri yang menempel pada suatu medium tempat
hidupnyaMelekatkan diri dengan sel bakteri lainnya, sehingga dapat terjadi
transfer DNA pada saat terjadinya konjugasi. Pilus untuk konjugasi disebut
dengan pilus seks.

- Bentuk sel bakteri meliputi:

Kokus (bulat),basil (batang), spirilum (spiral),filament. Bentuk sel

menunjukkan karakteristik spesies bakteri tersebut, tetapi dapat bervariasi
tergantung kondisi pertumbuhannya. Beberapa bakteri memiliki siklus hidup
yang kompleks.

1. Ukuran Sel

xxii
 Ukuran bakteri sangat kecil berkisar antara 0,5-5μm. Bakteri terbesar yang
pernah ditemukan adalah Thiomargarita dengan lebar mencapai 750μm
(0,75 mm) yang membuatnya bisa terlihat dengan mata telanjang.

2. Dinding Sel

Fungsi dinding sel pada prokaryota, adalah melindungi sel dari tekanan

turgor yang disebabkan tingginya konsentrasi protein dan molekul lainnya dalam
tubuh sel dibandingkan dengan lingkungan di luarnya. Dinding sel bakteri
berbeda dari organisme lain. Dinding sel bakteri
mengandung peptidoglikan yang terletak di luar membran sitoplasmik.
Peptidoglikan berperan dalam kekerasan dan memberikan bentuk sel. Ada dua
tipe utama bakteri berdasarkan kandungan peptidoglikan dinding selnya yaitu
Gram positif dan Gram negatif.

3. Struktur Sel Bakteri Bagian Dalam

a. Kromosom dan Plasmid

Tidak seperti eukaryota, kromosom bakteri tidak

dikelilingi membran-bound nucleus melainkan ada di
dalam sitoplasma sel bakteri. Ini berarti translasi, transkripsi dan
replikasi DNA semuanya terjadi di tempat yang sama dan dapat
berinteraksi dengan struktur sitoplasma lainnya, salah
satunya ribosom.

Kebanyakan bakteri memiliki plasmid. Plasmid dapat dengan

mudah didapat oleh bakteri. Namun, bakteri juga mudah untuk
menghilangkannya. Plasmid dapat diberikan kepada bakteri lainnya
dalam bentuk transfer gen horizontal.

b. Membran Intraselular

Membran intraselular dapat ditemui pada bakteri fototrof,

bakteri nitrifying dan bakteri metana.

c. Ribosom

xxiii
 Semua prokaryota memiliki 70S (di mana S = satuan Svedberg)
ribosom sedangkan eukaryota memiliki 80S ribosom
pada sitosol mereka.

d. Vakuola Gas

Dengan mengatur jumlah gas dalam vakuola gasnya, bakteri

dapat meningkatkan atau mengurangi kepadatan sel mereka secara
keseluruhan dan bergerak ke atas atau bawah dalam air.

B. Virus

Struktur penyusun virus :

Virus terdiri dari asam nukleat/materi genetic (DNA atau RNA), kapsid,
amplop atau selubung virus (tidak semua virus memiliki), seludang ekor,
lempeng dasar dan serabut ekor. Yang dimana bagian utama penyusun pada
virus adalah materi genetik dan kapsid, yang sebagian besar virus hanya
memiliki salah satu jenis asam nukleat : DNA atau RNA, tapi tidak keduanya.
Bagian-bagian tubuh virus dan fungsinya :
1. Bagian yang terdapat pada semua jenis virus.
- Materi genetic (DNA atau RNA) : untuk reproduksi virus
- Kapsid : merupakan kulit protein dari virus, berfungsi untuk
melindungi bahan genetic pada virus.
2. Bagian yang terdapat pada virus berbentuk jarum.
- Kepala virus : menyimpan materi genetic dalam kapsid
- Ekor virus : menghubungkan kepala dengan serat ekor
- Serat ekor/serabut ekor : bagian berupa jarum yang berfungsi untuk
menempelkan tubuh virus pada sel inang, ekor ini melekat pada
kepala kapsid.
- Lempeng dasar : sebagai tempat melekatnya serabut ekor dan jarum
penusuk.
3. Bagian yang terdapat pada virus berbentuk bola.
- Bagian dalam virus : berisi materi genetic yang terbungkus kapsid.
- Membran protein : untuk melindungi bagian dalam virus

xxiv
2.7 Sifat Kimia Bakteri dan Virus
Bakteri merupakan suatu mikroorganisme hidup yang dapat hidup sendiri tanpa
harus berada pada tubuh inang. Berbeda dengan bakteri, virus hanya aktif ketika
berada menempel pada tubuh inang. Virus merupakan suatu pathogen yang bersifat
parasite bagi tubuh organisme. Sedangkan bakteri tidak selalu bersifat parasit.
Setiap bakteri maupun virus memiliki kode genetic masing masing yang
tersusun pada DNA maupun RNA. Sifat sifat yang dimiliki oleh mikroorganisme
seperti virus dan bakteri diwariskan melalui cetakan pasangan basa nitrogen yang
pada DNA dibentuk melalui; Adenin, Timin, Guanin, maupun Sitosin. Pada RNA,
cetakan basa nitrogen dibentuk dari adenine, guanin, sitosin dan urasil. Berdasarkan
pada cetakan basa nitrogen ini, kemudian menjadi sifat khusus yang memberikan
kepribadian pada virus maupun bakteri. Pada tubuh manusia, bakteri dapat berperan
baik dalam kehidupan manusia. Bakteri yang hidup pada manusia dapat berperan
baik yaitu memberikan stimulant kepada sel agar dapat melakukan regenerasi
dengan cepat. Bakteri juga dapat membantu sistem imun tubuh dengan
“memperkenalkan” sifat tertentu bakteri, sehingga kemudian sistem imun mengenali
bakteri bakteri jahat dan kemudian mencegah pertumbuhan bakteri tersebut.
Namun kehadiran bakteri yang lebih kuat daripada sistem imun dapat
menyebabkan sistem imun mengalami kekalahan dan kemudian membuat tubuh
mengalami sakit. Untuk memperkuat sistem imun tersebut, tubuh memerlukan input
dari luar yang hendaknya memperkuat sistem imun tubuh sehingga bakteri maupun
virus yang hadir dapat dilemahkan.
Seorang pria yang terserang flu akibat alergi, pria tersebut kemudian mengalami
demam, keluarnya cairan dari hidung sebagai reaksi sistem imun pada tubuh dalam
melawan virus maupun bakteri yang menyerang pria tersebut. Tubuh pria tersebut
memberikan reaksi tersebut karena adanya “kegagalan” dalam usaha untuk
melawan serangan dari virus tersebut. Dexamethason sebagai salah satu obat alergi
dapat digunakan untuk membantu sistem imun tubuh dalam melawan serangan
tersebut. Dexamethason (C22H29FO5) yang masuk ke dalam tubuh kemudian
memberikan sinyal kepada tubuh untuk meningkatkan kerja hormon sehingga tubuh
dapat menyesuaikan diri untuk melawan virus atau bakteri yang menyerang tubuh.

xxv
Dexamethason mengutkan hormone yang kemudian akan meredakan peradangan
pada sistem pernafasan pria tersebut, sehingga tubuh berhenti memberikan reaksi
seperti demam,maupun pengeluaran cairan dari hidung, karena bahan kimia pada
dexamethasone memberikan kekuatan pada tubuh untuk “menjinakkan” bakteri
maupun virus tersebut. Setelah “dijinakkan”, tubuh kemudian memanfaatkan virus
maupn bakteri tersebut sebagai “pembelajaran”. Sehingga sistem imun tubuh tidak
akan kesulitan dalam menghadapi serangan virus/bakteri yang sudah pernah
menyerang tubuh.

xxvi
 BAB IV
PENUTUP
4.1. KESIMPULAN

Mikroorganisme atau mikrob adalah organisme yang berukuran sangat kecil

sehingga untuk mengamatinya diperlukan alat bantuan. Mikroorganisme biasanya
dianggap mencakup semua prokariota, protista, dan alga renik. 

Semua makhluk hidup terdiri dari sel. Beberapa organisme bersel satu (uniseluler)
dan lainnya terdiri dari beberapa sel (multiseluler). Betapa pun kompleksnya sel, pada
dasarnya hanya ada dua jenis yang menyusun makhluk hidup yaitu sel prokariotik dan
eukariotik. Sel-sel tanaman dan hewan tergolong sel eukariotik. Mikroorganisme dapat
dibagi menjadi dua golongan.

Kimia sel metabolism yaitu semua reaksi kimia yang terjadi dalamsel hidup + enzim
energi sintesis komponen sel ,kegiatan selular (contoh: pergerakan) dan nutrien
sederhana (contoh: asamlemak, glukosa, senyawa aromatik).

Untuk Bakteri yaitu suatu mikroorganisme hidup yang dapat hidup sendiri tanpa
harus berada pada tubuh inang. Berbeda dengan bakteri, virus hanya aktif ketika berada
menempel pada tubuh inang. Virus merupakan suatu pathogen yang bersifat parasite
bagi tubuh organisme. Sedangkan bakteri tidak selalu bersifat parasit.

4.2. Saran

Dalam hal ini saran yang dapat diberikan adalah Penulis menyadari sepenuhnya jika
makalah ini masih banyak kesalahan dan jauh dari sempurna. Oleh karena itu, untuk
memperbaiki makalah tersebut penulis meminta kritik yang membangun dari para
pembaca.

xxvii
 DAFTAR PUSTAKA

Bonang, G dan Koeswardono, E.S. (1982). Mikrobiologi Kedokteran untuk

Laboratorium dan Klinik. Jakarta: Gramedia.

Gurupendidikan.com. (2020, 19 November). “Fungsi Asam Nukleat Dalam Tubuh

Makhluk Hidup”. Diakses pada 5 Desember 2020,

Kelaspintar.id. (2020, 15 Januari). “Mengenal DNA dan RNA Dalam Pewarisan Sifat”.
Diakses pada 5 Desember 2020

Scribd.com. (2015, 11 Mei). “Jenis-jenis Mikroba”. Diakses pada 5 Desember

Gurupendidikan.com. (2020, 23 Oktober). “Jenis, Pengertian Mikroorganisme Menurut

Para Ahli Beserta Contohnya”. Diakses pada 5 Desember 2020

Kelaspintar.id. (2020, 16 Juli). “Struktur Virus dan Penjelasannya”. Diakses pada 5

Desember 2020

Kimbal, J. (n.d.). 1997. Biologi Edisi kelima. Alih bahasa: Siti Soetarmi Tjitrosomo,
Nawangsari Sugiri. Jakarta: Erlangga.

Lud Waluyo. 2007. Mikrobiologi Umum. Malang: UMM Press.

Michael J. Pelczar, Jr dan E.C.S. Chan. 1986. Dasar-Dasar Mikrobiologi. Jakarta: UI
Press.
Slamet Prawirohartono dan Hadisumarto S. 1997. Sains Biologi 3A Untuk SMU Kelas 3
Tengah Tahun Pertama Sesuai Kurikulum 1994. Jakarta: Bumi Aksara.

xxviii