Diterjemahkan dari bahasa Inggris ke bahasa Indonesia - www.onlinedoctranslator.

com

Data Genomik Mengungkapkan Variasi Genetik antara

Mangifera Casturi Kosterm Alami. Hibrida, Pohon Buah yang
Kurang Dimanfaatkan dengan Status 'Puncak di Alam Liar'
dari Kalimantan Selatan, Indonesia
Deden DeRajat Matra ( - dedenmatra@apps.ipb.ac.id )
Institut Pertanian Bogor
Muh Agust Nur Fathoni
Institut Pertanian Bogor
Muhammad Maj Saya
Saya
du
Institut Pertanian Bogor
Han Saya
f W Saya
caksono
Lembaga Konservasi Tunas Meratus
Saya
Agung Sr yono
Kebun Raya Banua
- Gunawan
Universitas Lambung Mangkurat
HSaya
aku
da Susanti
Universitas Lambung Mangkurat
- F Saya
tmawati
Universitas Riau
R Saya
sm Staaya
Sar Saya
Lembaga Ilmu Pengetahuan Indonesia

aku
Iskandar Zu karnaen Siregar
Institut Pertanian Bogor
Roedhy PoeRmau
Institut Pertanian Bogor

R ch ArTic aku
Penelitian e

KeywoRds: Hibridisasi, Kloroplas, Polimorfisme, Filogenetik, Buah Tropis

Tanggal Posting: 3 Maret 2021

DOI: https://doi.org/10.21203/rs.3.rs-258288/v1

halaman 1/18
Lisensi: -- Karya ini dilisensikan di bawah Lisensi Internasional Creative Commons Attribution 4.0.Baca
Lisensi Lengkap

halaman 2/18
Abstrak
R Mangifera casturi Kosterm. merupakan buah mangga lokal endemik dari Kalimantan Selatan, Indonesia.
Suara latar:
Keterbatasan informasi genetik yang tersedia pada buah ini sangat membatasi ruang lingkup penelitian tentang variasi
genetik dan filogeninya. Penelitian ini bertujuan untuk mengumpulkan informasi genomik dari
M. casturi menggunakan teknologi sekuensing generasi berikutnya dan untuk mengembangkan penanda mikrosatelit dan
melakukan sekuensing Sanger untuk analisis kode batang DNA.

Hasil: Bacaan bersih aksesi Kasturi dari M. casturi berkumpul de novo menggunakan Ray assembler, menghasilkan
259.872 scaffold dengan nilai N50 1.445 bp. Empat belas marka mikrosatelit polimorfik dikembangkan dari 11.040
sekuens yang mengandung motif mikrosatelit. Secara total, 55 alel diproduksi, dan jumlah rata-rata alel per lokus
adalah 3,93. Hasil dari analisis penanda mikrosatelit mengungkapkan variasi genetik yang luas dalamM. casturi.
Analisis filogenetik dilakukan dengan menggunakan internal transscribed spacer (ITS), matK, rbcL, dan trnH-psbA.
Pohon filogenetik penanda kloroplas menunjukkan bahwa Kasturi, Mawar, Pelipisan, Pinari, dan Hambawang
termasuk dalam satu kelompok, denganM. indica sebagai nenek moyang perempuan. Sebagai perbandingan, pohon
filogenetik penanda ITS menunjukkan beberapaMangifera spesies sebagai nenek moyang ganda dari M. casturi.

FokusakuSaya
pada kami: Studi ini sangat menyarankan bahwa M. casturi berasal dari hibridisasi silang beberapa
nenek moyang. Selanjutnya, persilangan hibrida F1 dariM. indica dan M. quadrida dengan yang lain Mangifera
sp. dihipotesiskan untuk menghasilkan variasi genetik tinggi yang diamati. Informasi genetik untuk buah ini
juga merupakan sumber untuk pemuliaan dan peningkatan serta untuk studi konservasi spesies ini.

Latar belakang

Mangifera casturi Kosterm. (Anacardiaceae), atau mangga Kalimantan, merupakan buah endemik dari Kalimantan
Selatan, Indonesia dan diklasifikasikan punah di alam liar menurut Daftar Merah IUCN [1]. Mangga lokal ini milik
Mangifera genus dalam Anacardiaceae [2] dan diklasifikasikan sebagai nenek moyang yang sama dari Mangifera di
Indonesia[3]. Buah ini dikenal dengan berbagai nama lokal, seperti kasturi, mawar, pelipisan, dan pinari [2].
Berdasarkan analisis filogenetik menggunakan polimorfisme nukleotida tunggal (SNPs),
M. casturi diusulkan untuk menjadi hibrida alami dari M. indica dan M. quadrida [4]. Mangga lokal ini merupakan
sumber daya genetik yang prospektif yang dapat dimanfaatkan untuk perbaikan varietas mangga di masa yang
akan datang sebagaiM. casturiberbuah kecil, warna ungu yang menarik, dan aroma yang khas [5]. Ia juga diketahui
mengandung senyawa metabolit yang bermanfaat, termasuk lupeol, agen antioksidan dan antikanker [6]. Namun,
informasi genomik mangga lokal ini masih terbatas. Dalam repositori nukleotida seperti NCBI, hanya satu aksesi
nukleotida yang telah disimpan (MF678493.1) dan satu studi SRA (SRP183190) telah dilaporkan.

Baru-baru ini, teknologi pengurutan telah berkembang secara signifikan, dari pengurutan Sanger hingga teknologi
pengurutan generasi berikutnya seperti pengurutan seluruh genom (WGS), yang dapat memberikan

halaman 3/18
informasi tentang spesies [7]. Dari data tersebut, informasi genetik seperti marka mikrosatelit lebih mudah diperoleh yang
memiliki keunggulan dibandingkan marka lain seperti RAPD dan AFLP, juga digunakan pada bidang lain.Mangifera spesies
[8, 9]. Marka mikrosatelit dapat menentukan variasi yang berbeda pada beberapa tingkatan karena bersifat kodominan
dan dengan demikian banyak digunakan dalam populasi dan genetika [10]. Penanda mikrosatelit telah dilaporkan untuk
menentukan variasi genetik dalamM. indica [11].

Sebelumnya, studi filogenetik menggunakan metode DNA barcoding, seperti rbcL, matK [12], dan trnH-PsbA [13], serta
internal transscribed spacer (ITS) dan second internal transscribed spacer (ITS2) dari DNA ribosom nuklir [14] ], telah
banyak digunakan untuk analisis filogenetik pada berbagai tingkat taksonomi. Penanda-penanda ini juga dapat
ditentukan pada tingkat genus atau famili karena diturunkan dari nenek moyang pihak ibu. Namun, ITS bisa
menentukan barcode kedua orang tua tersebut. Penelitian ini bertujuan untuk mengumpulkan informasi genomik dari
M. casturi menggunakan teknologi sekuensing generasi berikutnya untuk mengembangkan penanda mikrosatelit dan
sekuensing Sanger untuk kode batang DNA. Saat ini, tidak ada informasi yang jelas tentang variasi genetik diM. casturi
dan nenek moyangnya, yang berasal dari hibrida alami M. indica dan M. quadridA. Penanda ini juga digunakan untuk
menentukan variasi genetik dariM. casturihibrida.

Hasil
Dalam penelitian ini, 11,01 gb M. casturi DNA diproduksi dengan sekuensing throughput tinggi menggunakan
Illumina HiSeq 4000 dengan ujung berpasangan 2 × 150 bp. Data mentah terdaftar di DDBJ dengan nomor aksesi
DRA011022. Setelah penyaringan, pembacaan bersih diperoleh, dan 10,95 gbde novo perakitan genom dilakukan
menggunakan Ray Assembler. Scaffold yang diperoleh sebesar 259.872 bp dengan nilai N50 sebesar 1.445 bp dan
panjang scaffold maksimum sebesar 144.601 bp (Tabel 1). Proses anotasi menggunakan BUSCO, dinilai menggunakan
rincian kategori lengkap dan BUSCO (S) salinan tunggal, dengan rasio 42,3% (Tabel 2).

Tabel 1
Statistik perakitan de novo dari M. casturi menggunakan
Ray Assembler
Fitur Nomor

Bacaan mentah (Basis) 73 438 066 M (11 015 710 G)

Bacaan bersih (basis) 73 102 518 M (10 954 176 G)

Jumlah Perancah 259 872

N50 (bp) 1 445

Rata-rata (bp) 947.68

Terpanjang (bp) 144 601

halaman 4/18
 Meja 2
Tolok ukur yang diringkas dalam notasi BUSCO dari Ray Assembler dari M.
casturi
Tidak Kategori Nomor Rasio (%)

1 BUSCO (S) lengkap dan salinan tunggal 608 42,2

2 BUSCO lengkap dan duplikat (D) 36 2,5

3 BUSCO yang Terfragmentasi (F) 241 16,7

4 BUSCO yang hilang (M) 555 38,5

Mikrosatelit diidentifikasi menggunakan program MISA dan 11.040 urutan yang mengandung motif
mikrosatelit, dan 770 urutan dengan lebih dari satu situs mikrosatelit diekstraksi (Tabel 3). Motif trinukleotida
menunjukkan proporsi tertinggi (52,77%), diikuti oleh motif dinukleotida (33,3%). (Tabel 3). Empat belas
kandidat urutan dipilih dan diidentifikasi (Tabel 4). Semua primer yang telah dikonfirmasi diamplifikasi dan
kemudian didaftarkan dengan nomor aksesi DDBJ yang ditunjukkan pada Tabel 4.

Tabel 3
Jumlah dan motif daerah mikrosatelit dari Ray
perakit dari M. casturi perancah
Karakteristik Nomor

- Jumlah total SSR yang teridentifikasi 11 040

- Jumlah SSR yang mengandung contig 10 160

- contig mengandung lebih dari 1 SSR 770

- SSR hadir dalam formasi senyawa 272

Motif

- Dinukleotida 3 680

- Trinukleotida 5 826

- Tetranukleotida 1 194

- Pentanukleotida 213

- Heksanukleotida 102

- Heptanukleotida 25

halaman 5/18
 Tabel 4
Karakteristik 14 lokus mikrosatelit M. casturi
Tidak Tempat Nukleotida Motif jarak jauh tidak DDBJ
ukuran pencapaian

1 mc- F: (GGATG)6 168– 2 LC594546

122955 TGTTGATGGTAAGGATTTGGTGT 178

R:
TCAGGTGAGTATGTATTGTGCA

2 mc- F : TCCCTCCCCTAAACCCTTCT (ACCCTAA)5 188– 4 LC594549

148231 209

R:
GCTTCTCCTTGCCTCTAAATCCT

3 mc- F: (CAAGCT)8 273– 5 LC594547

151578 GAGCCTTGTACTCGTTCAATGA 279

R:
ACGAGCTTAAAATGAGTTTGACT

4 mc- F : AGCTGAACCTTGTTGCCCTT (GA)27 192– 3 LC594539

167596 224

R:
TCTGCTTGTTGGAACTGAACA

5 mc- F: (AC)19 237– 3 LC594537

176197 TGTATGCCCGAATTGTTCCAAC 250

R:
GCTGGCTTTAATGGAAGTTGCA

6 mc- F: (TGAAGT)6 323– 5 LC594548

211123 GGATGGTGGATGTCAGATTTCG 339

R : CGAAGAGAACGGGTCCCTTG

7 mc- F: (ATAC)11 263– 4 LC594543

21672 TGGTTGGTAAGAAGTAGGATTC 264

R : CACAATGCAAATCACTCCTC

8 mc- F : AGACAGCCATAATTTGCCCCA (ATG)12 162– 6 LC594541

230178 188

R : GCTGGAGGTTGATCAGGGTC

9 mc- F: (TG)28 211– 5 LC594540

28107 GGTGTGCGTTCTGTTTTGACA 250

R : CAGCAGCATCAACACAAGCA

10 mc-4673 F : TTTCCAAAGCCAAGACTCTC (TAAACCC)5 231– 3 LC594550

245

halaman 6/18
 Tidak Tempat Nukleotida Motif jarak jauh tidak DDBJ
ukuran pencapaian

R:
AAAATTGTATTCATTAAGCCCCT

11 mc- F: (AT)22 264– 6 LC594538

58089 TCTTGTCGTCGAATCAAACTCA 287

R:
CTCGGTCTATCAATGGTGTAGGT

12 mc-8693 F : CGAAGGGTTGAGGTTTGGGT (CTTTT)7 159– 4 LC594545

183

R : AAAGAGTGGAGAGGTTGCGT

13 mc- F : CTCCAATCGAACAACCCAGC (TTA)15 278– 3 LC594542

88075 286

R : AGGGGTGCATATGGGAGGATT

14 mc- F: (TATG)10 251– 2 LC594544

88387 CCATTTCGACGATGTTGGGAAGT 252

R : GCAACCCTTACCAACAAGCA

Delapan sampel digunakan untuk memvalidasi dan menentukan ukuran alel menggunakan QIAxcel®. Ke-14 primer
menghasilkan total 55 alel, dan rata-rata jumlah alel per lokus adalah 3,93 (Tabel 4). Semua lokus adalah polimorfik
(Tabel 5). Lokus mc-230178 dan mc-58089 menghasilkan enam alel, sedangkan mc-122955 dan mc-88387
menghasilkan dua alel. Beberapa lokus menunjukkan alel yang sama antara Kasturi dan Mawar, yaitu mc-176197,
mc-21672, dan mc-88075. Dalam lokus mc-88387, hanya sampel Kasturi yang tidak diampli, dan diusulkan bahwa lokus
ini adalah alel nol Kasturi. Oleh karena itu, mc-88387 dapat digunakan untuk mengidentifikasi
M. casturi dalam populasi, karena sebaliknya mirip dengan yang lain Mangifera spesies, seperti Mawar. Pohon
UPGMA diproduksi menggunakan 14 lokus (Gbr. 2).M. quadrida dan Rawa-rawa ditempatkan di clade yang sama.
Semua aksesiM. casturi berada di clade yang sama dengan M. indica, bahkan sebagai out-group untuk analisis ini
(Hambangan or M. foetida). Aksesi Mawar paling erat hubungannya denganM. indica. Kasturi dan Pelipisan memiliki
clade yang sama. Beberapa penanda menunjukkan kesamaan alel antara Kasturi dan Pelipisan; aksesi ini, dengan
demikian, memiliki hubungan genetik yang lebih dekat satu sama lain daripada dengan Mawar. Namun, Pinari juga
menunjukkan perbedaan genetik yang berbeda dari aksesi lainnyaM. casturi, meskipun Mawar cukup jauh dari yang
lain M. casturi pencapaian.

halaman 7/18
 Tabel 5
Informasi ukuran alel per lokus mikrosatelit
Tidak. Tempat Ukuran alel (bp)

1 mc-122955 168.178

2 mc-148231 188.196.203,209

3 mc-151578 256.270.273.279.284

4 mc-167596 193.224.226

5 mc-176197 235.237.249

6 mc-211123 318.323.333.335.340

7 mc-21672 255.256.257.263

8 mc-230178 162.164.170.173.178.185

9 mc-28107 204.211.214.225.250

10 mc-4673 231.238.246

11 mc-58089 261.264.273.279.282.287

12 mc-8693 157.160.167.182

13 mc-88075 267.278.286

14 mc-88387 251.253

Analisis filogenetik dilakukan dengan menggunakan tiga penanda kloroplas yang banyak digunakan (Gbr. 3). Pohon
filogenetik matK menunjukkan bahwa Kasturi, Mawar, Pelipisan, Pinari, dan Hambawang termasuk dalam satu kelompok
denganM. indica dan M. sylvatica. Sebagai perbandingan, pohon filogenetik rbcL menempatkan Mawar dan Pelipisan ke
dalam clade yang sama untuk hampir semuaM. indica aksesi. Sementara itu, Pinari dan Hambawang dipisahkan dari clade
ini dan bergabung denganM. laurina, M. ava, M. cochinchinensis, M. odorata, dan M. duperreana clades. Sebaliknya, hasil
analisis pohon filogenetik menggunakan trnH-psbA menyebabkan Kasturi, Pelipisan, dan Hambawang dikelompokkan
denganM. indica. Pinari sudah dekat denganM. odorata, M. grithii, M. pajang, M. andamanica, dan M. indica.

Pohon filogenetik ITS menghasilkan tiga kelompok besar yaitu Indica 1, Indica 2, dan kelompok yang berisi
Kasturi, Mawar, Pelipisan, dan Pinari. Hambawang termasuk dalam kelompok Indica 2. Pinari ditempatkan
dalam sub-grup denganM. oblongifolia, M. camptosperma, M. gedebe, dan M. ava. Kasturi, Mawar, dan
Pelipisan termasuk dalam sub kelompok lainnya denganM. casturi (MF678493.1), M. griffthii, M. quadrida, M.
kemanga, M. torsinda, dan M. sumatera.

Diskusi

halaman 8/18
NS Mangifera genus ini berasal dari Asia Tenggara dan memiliki biji poliembrioni, yang berasal dari gamet
atau komponen sel nucellar [2]. PalingMangifera owers baik hermaprodit atau laki-laki [32]. Persilangan
sendiri dapat terjadi pada berbagai spesies. Namun, ketidakcocokan diri dalamMangifera genus telah
dilaporkan pada beberapa jenis mangga [33]. Bukti ini menunjukkan bahwaMangifera dapat disilangkan
antar varietas dan spesies [2, 34]. Banyak interspesies yang dihasilkan dari hibridisasi silang dalam populasi
alami telah dilaporkan, termasuk:M. odorata (Kuini), hibrida alami antara M. indica dan M. foetida [9].

Berdasarkan indikasi dari 14 lokus mikrosatelit diperoleh ukuran alel yang berbeda dari empat aksesi M.
casturi. Variasi genetik tingkat tinggi ditemukan terjadi padaM. casturi aksesi dan mungkin timbul dari
hibridisasi interspesifik. Aksesi Kasturi, Mawar, dan Pelipisan lebih erat hubungannya dibandingkan
dengan aksesi Pinari. Kasturi dan Mawar dan sangat mirip dalam hal ukuran buah; Namun, bentuk buah
Kasturi lebih lonjong daripada Mawar. Sebaliknya, buah varietas Pelipisan lebih lonjong dan berukuran
besar. Pinari menunjukkan ukuran buah terbesar di antaraM. casturi aksesi. Pinari diklasifikasikan ke
dalamM. casturi kelompok oleh penduduk setempat, berdasarkan warna kulit keunguan, yang mirip
dengan yang lain M. casturi aksesi.

Variasi genetik intraspesies dapat terjadi karena hibridisasi silang multipel yang melibatkan beberapa spesies.
Misalnya, dalam hibrida alami Kuini (M. odorata), hibridisasi silang antara M. indicadan M. foetida diungkapkan
oleh analisis AFLP dan mewakili backcross simultan antara hibrida F1 dan M. foetida [4, 9]. Berdasarkan analisis
SNP menggunakan data double-digest restriksi-situs terkait DNA (ddRAD),M. casturi diturunkan menjadi hibrida
alami antara M. indica dan M. quadrida, sedangkan hibrida F1 mereka adalah persilangan balik dengan M. indica.
Secara morfologi,M. casturi sangat dekat dengan M. quadrida, dengan kulit keunguan dan ukuran buah kecil [4].

Pada tanaman manggis alopoliploid (Garcinia mangostana), penanda mikrosatelit menunjukkan hibridisasi
silang dengan banyak nenek moyang, termasuk G. malaccensis, G. celebica, dan G. porrecta [22]. Hasil analisis
mikrosatelit kami menunjukkan bahwa empat aksesiM. casturi, Kasturi, Mawar, Pelipisan, dan Pinari memiliki
perbedaan alelik pada semua lokus mikrosatelit. Namun, berbagi alel antara empat aksesi
M. casturi ditunjukkan pada lokus mc-8693 dengan ukuran alel 160/182. Bukti ini menunjukkan bahwa
aksesi ini berasal dari nenek moyang yang sama. Sebaliknya, perbedaan alel lokus mikrosatelit
menunjukkan kemungkinan bahwa keempat aksesiM. casturi spesies menjalani hibridisasi silang dengan
banyak nenek moyang.

Analisis barcode DNA menggunakan matK dan rbcL menunjukkan kesamaan nukleotida yang sangat tinggi
antara empat aksesi M. casturi. Bukti ini menunjukkan bahwa nenek moyang dari aksesi ini adalah sama dan
bahwaM. indica adalah salah satu nenek moyang ibu. Bukti tambahan ditunjukkan di pohon filogenetik
trnHpsbA, di mana Pinari menunjukkan nenek moyang ibu yang berbeda dari aksesi lain dari
M. casturi. Ada kemungkinan bahwa salah satu dariM. casturi hibrida yang disilangkan dengan yang lain Mangifera sp.
sebagai ibu nenek moyang. ITS pohon filogenetik juga mengungkapkan bahwa tiga aksesiM. casturi, tidak termasuk
Pinari, termasuk dalam sub-kelompok yang sama, yang kontras dengan hipotesis sebelumnya bahwa M.

halaman 9/18
casturi adalah hibrida silang antara M. indica dan M. quadrida. Hasil kami juga mendukung hipotesis bahwa
hibrida F1 persilangan dengan Mangifera spp lainnya. variasi yang dihasilkan dalamM. casturi dalam populasi
alami.

Kesimpulan
Hasil penelitian ini menunjukkan variasi genetik yang luas dalam M. casturi. Ini merupakan sumber penting sumber daya
genetik untuk pemuliaan dan perbaikan karakteristik mangga di masa depan. Perlu upaya konservasi yang lebih intensif,
karenaM. casturi saat ini diklasifikasikan sebagai punah di alam liar, dan habitatnya sangat terancam. Kalimantan Selatan
dikenal memiliki kandungan batubara yang melimpah yang dapat dieksploitasi secara luas dalam waktu dekat. Hal ini
menjadi ancaman serius bagi keberadaan mangga lokal ini. Lebih-lebih lagi,M. casturi belum pernah dikonfirmasi sebagai
variasi oleh pihak berwenang. Hasil penelitian ini dapat membantu para pemulia dan pemerintah daerah untuk
mendaftarkan secara resmi salah satu plasma nutfah mereka yang berharga.

Metode
M. casturi aksesi dikumpulkan dari Banjar, Kalimantan Selatan, di wilayah selatan Pulau Kalimantan (Gbr. 1;
Tabel Tambahan 1). Untuk menganalisis sekuensing seluruh genom, DNA genom diisolasi dariM. casturi (aksesi
Kasturi) menggunakan kit Pembangkit Listrik DNeasy (Qiagen) mengikuti protokol pabrikan. Kualitas dan
kuantitas DNA dianalisis menggunakan spektrofotometer NanoPhotometer® NP80 Touch (IMPLEN). Sampel
DNA genom dikirim ke Novogen-AIT Singapura dengan 150 pasangan ujung (PE) dikumpulkan menggunakan
sistem Illumina HiSeq4000. Bacaan mentah dikontrol kualitasnya menggunakan FASTQC [15], dan pembacaan
bersih disaring menggunakan program Fastp dengan parameter default [16]. Bacaan bersih dirakit
menggunakan perakit Ray [17] di bawah fasilitas Platform Maser [18]. Analisis BUSCO [19], menggunakan
Platform Maser dengan parameter default, dilakukan untuk memeriksa kualitas contig yang dirakit.

Pengembangan dan validasi penanda mikrosatelit

Marker mikrosatelit diekstraksi menggunakan program MISA [20], parameter diatur ke tingkat
pengulangan minimum berikut: enam untuk dua basis, dan ve untuk tiga, empat, ve, dan enam basis.
Selisih antara motif mikrosatelit adalah 100 basis. Primer dirancang menggunakan versi web dari Primer 3
[21].

DNA genom diisolasi menggunakan metode CTAB yang dimodifikasi, dengan sedikit perubahan [22]. Kualitas
dan kuantitas DNA dinilai menggunakan NanoPhotometer® NP80 Touch (IMPLEN). Kit PCR mikrosatelit (QIAGEN)
digunakan untuk menganalisis penanda mikrosatelit. Campuran master PCR disiapkan dengan campuran 3,2 L
air bebas RNase, 5 L 2x Type-it Multiplex PCR Master Mix, larutan 0,4 Q, 0,2 L primer maju 10 M, dan 0,2 L primer
mundur 10 M. PCR dilakukan menggunakan SimpliAMP Thermo Cycler (Biosistem Terapan). Kondisi PCR adalah
sebagai berikut: kondisi awal PCR predenaturasi pada 95°C selama 5 menit, diikuti oleh 32 siklus denaturasi pada
95°C selama 30 detik, annealing pada 57°C

halaman 10/18
selama 1 menit 30 detik, ekstensi pada 70 °C selama 30 detik, dan ekstensi terakhir pada 60 °C selama 30 menit. Amplikon

diperiksa menggunakan gel elektroforesis 1% dalam buffer TAE selama 20 menit pada 100 v. Sebelum memuat sampel ke dalam

elektroforesis kapiler (QIAxcel®, Qiagen), sampel diencerkan dua kali dan kemudian dijalankan menggunakan QIAxcel DNA High-

Resolution Kit. Data ukuran alel dikonfirmasi dan diproses secara manual menggunakan QIAxcel ScreenGel Software (Qiagen).

Data molekuler diolah menggunakan program Phylip versi 3.695 dengan metode unweighted pair
group method dan arithmetic mean (UPGMA). Dendrogram yang dihasilkan diedit menggunakan
program MEGA-X [23].

Pengkodean DNA dan analisis filogenetik leluhur

Untuk analisis barcode DNA, kami menggunakan tiga gen kloroplas: matK [24], rbcL [25], dan trnH-
psbA [26], serta satu wilayah DNA nuklir, spacer transkripsi internal (ITS) [27]. Barcoding PCR dilakukan
menggunakan KOD Plus (Toyobo) sesuai dengan protokol pabrikan. Produk PCR dibersihkan
menggunakan ExoSAP-IT™ PCR Product Cleanup Reagent (Applied Biosystems). Kemudian, sekuensing
PCR dilakukan dengan Kit Pengurutan Siklus BigDye™ Terminator v3.1 (Biosistem Terapan), dilanjutkan
dengan pemurnian menggunakan Kit Pemurnian BigDye XTerminator™ (Biosistem Terapan) sesuai
dengan protokol pabrikan. Produk diurutkan menggunakan 3500 Series Genetic Analyzer (Applied
Biosystems). Data sekuens dianalisis menggunakan Sequencing Analysis Software v6.0 (Applied
Biosystems), dan data diolah dengan ATGC-MAC versi.7 (Genetyx Co.

Pohon filogenetik disimpulkan menggunakan metode kemungkinan maksimum dan dibangun menggunakan perangkat
lunak MEGA X [28]. Model DNA terbaik dihitung menggunakan MEGA X untuk setiap penanda [29, 30]. Pohon filogenetik
diuji menggunakan 10.000 ulangan bootstrap [31].

Deklarasi
Persetujuan etika dan persetujuan untuk berpartisipasi

Semua percobaan dilakukan sesuai dengan pedoman dan peraturan yang relevan. Penelitian eksperimental
telah memenuhi peraturan penelitian Institut Pertanian Bogor (No: 11/SA-IPB/P/2016 tentang etika penelitian
dan publikasi), dan penelitian lapangan telah sesuai dengan peraturan perundang-undangan nasional Undang-
Undang Republik Indonesia Nomor 5 Tahun 1990 tentang Biologi. konservasi keanekaragaman hayati dan
Undang-Undang Nomor 11 Tahun 2013 tentang Pengesahan Protokol Nagoya. Sampel M. casturi dikumpulkan
dan diekspor dari Banjar, Kalimantan Selatan ke Bogor, Jawa Barat dengan izin (No: 2020.2.1702.0.K12.000044)
dari Bagian Karantina Tumbuhan Badan Karantina Pertanian di Banjarmasin, Kalimantan Selatan setelah
mendapat persetujuan izin dari Badan Konservasi Sumber Daya Alam (BKSDA) Kalimantan Selatan Kementerian
Lingkungan Hidup dan Kehutanan Republik Indonesia (KLHK) sebagai instansi yang membidangi pengelolaan
kawasan konservasi termasuk tumbuhan lindung di wilayahnya, khususnya hutan suaka alam (satwa). , cagar
alam) dan taman nasional. Sampel M. casturi dari Banjar, Selatan

halaman 11/18
Kalimantan sebagai herbaria (diterima oleh Agung Sriyono) digandakan dan disimpan di Kebun Raya
Banua, Provinsi Kalimantan Selatan.

Persetujuan untuk publikasi

Tak dapat diterapkan

Ketersediaan data dan bahan

Semua data sekuens dari sekuensing generasi berikutnya selama studi saat ini telah diserahkan ke
Arsip Baca DDBJ (DRA) dengan nomor aksesi BioProject PRJDB10715:http://trace.ddbj.nig.ac.jp/
BPSearch/bioproject?acc=PRJDB10715. Semua data urutan dari analisis kode batang DNA selama
penelitian ini telah diserahkan ke Sistem Pengiriman Urutan Nukleotida DDBJ di bawah nomor aksesi
LC602976- LC602993.

Kepentingan yang bersaing

Para penulis menyatakan bahwa mereka tidak memiliki konflik kepentingan.

Pendanaan

Kementerian Riset dan Teknologi/Badan Riset dan Inovasi Nasional (RISTEK-BRIN), Republik Indonesia

Kontribusi penulis
mempelajari dan memprakarsai pekerjaan: DDM, RPO. Menyusun dan merancang analisis: DDM, MAF, MM.
Pengambilan sampel yang dilakukan: DDM, HW, AS, HS. Eksperimen Mikrosatelit yang dilakukan: DDM, MAF, MM,
IZS. Analisis filogenetik yang dilakukan: G, F, RS. Menganalisis data: DDM, MAF. Menulis makalah: DDM, MAF, RPO.
semua penulis merevisi dan menyetujui versi terakhir.

ucapan terima kasih

Penelitian ini didukung oleh Kementerian Riset dan Teknologi/Badan Riset dan Inovasi Nasional
(RISTEK-BRIN), Republik Indonesia, melalui hibah Skema Penelitian Dasar IPB University (PDUPT) 2020.
Eksplorasi M. casturi di Kalimantan Selatan juga didukung oleh The Nagao Natural Environment
Foundation (NEF) melalui NEF Research Grant Scheme 2020.

halaman 12/18
Referensi
1. Rhodes L, Maxted N. Mangifera casturi. Daftar Merah Spesies Terancam IUCN. 2016.
2. Kostermans AJGH, Bompard JM. Mangga: Botani, Nomenklatur, Hortikultura, dan
Pemanfaatannya. San Diego: Pers Akademik; 1993.
3. Fitmawati F, Hayati I, Mahatma R, Suzanti F. Studi Filogenetik Mangifera dari Sumatera, Indonesia
Menggunakan Sekuens DNA Nuklir dan Kloroplas. Sabrao J Breed Genet. 2018;50:295–312.
4. Warschefsky E. Genetika Evolusi dan Domestikasi Genus Mangga, Mangifera
(Anacardiaceae). Disertasi doktoral. Universitas Internasional Florida; 2018.
5. Iyer CPA, Schnell RJ. Pemuliaan dan Genetika. Dalam: The Mango, Edisi ke-2. Botani, Produksi dan
Penggunaan. Oxfordshire: CABI; 2009. hal. 67–96.

. Suhartono E, Viani E, Rahmadhan M, Gultom I, Rakhman M, Indrawardhana D. Total aktivitas avonoid

dan antioksidan dari beberapa tanaman obat terpilih di Kalimantan Selatan Indonesia. Prosedur
APCBEE. 2012;4:235–9.
7. Ekblom R, Galindo J. Aplikasi sekuensing generasi berikutnya dalam ekologi molekuler organisme non-
model. Keturunan (Edinb). 2011;107:1–15. doi:10.1038/hdy.2010.152.
. Eiadthong W, Yonemori K, Kanzaki S, Sugiura A, Utsunomiya N, Subhadrabandhu S. Analisis polimorfisme
panjang fragmen yang diperkuat untuk mempelajari hubungan genetik di antara spesies Mangifera di
Thailand. J Am Soc Hortic Sci. 2000;125.

9. Teo LL, Kiew R, Set O, Lee SK, Gan YY. Status hibrida kuwini, Mangifera odorata Griff. (Anacardiaceae)
dibuktikan dengan polimorfisme panjang fragmen yang diperkuat. Mol Ekol. 2002;11:1465–9.
doi:10.1046/j.1365-294X.2002.01550.x.

10. Zane L, Bargelloni L, Patarnello T. Strategi untuk isolasi mikrosatelit: tinjauan. Mol Ekol.
2002;11:1–16. doi:10.1046/j.0962-1083.2001.01418.x.
11. Viruel MA, Escribano P, Barbieri M, Ferri M, Hormaza JI. Sidik jari, tipe embrio dan diferensiasi
geografis pada mangga (Mangifera indica L., Anacardiaceae) dengan mikrosatelit. Jenis Mol.
2005;15:383–93. doi:10.1007/s11032-004-7982-x.
12. Hollingsworth PM, Forrest LL, Spouge JL, Hajibabaei M, Ratnasingham S, van der Bank M, dkk. Sebuah barcode
DNA untuk tanaman darat. Proc Natl Acad Sci. 2009;106:12794 LP – 12797.
doi:10.1073/pnas.0905845106.
13. Pang X, Liu C, Shi L, Liu R, Liang D, Li H, dkk. Utilitas wilayah spacer intergenik trnH–psbA dan
kombinasinya sebagai kode batang DNA tanaman: meta-analisis. PLoS Satu. 2012;7:e48833. doi:10.1371/
journal.pone.0048833.

14. Li DZ, Gao LM, Li HT, Wang H, Ge XJ, Liu JQ, dkk. Analisis komparatif dari kumpulan data besar menunjukkan
bahwa internal transscribed spacer (ITS) harus dimasukkan ke dalam kode batang inti untuk tanaman benih.
Proc Natl Acad Sci. 2011;:201104551. doi:10.1073/pnas.1104551108.

15. Andrews S. FastQC alat kontrol kualitas untuk data urutan throughput tinggi. 2010.
http://www.bioinformatics.babraham.ac.uk/projects/fastqc/.
halaman 13/18
1. Chen S, Zhou Y, Chen Y, Gu J. fastp: preprosesor FASTQ all-in-one ultra-cepat. Bioinformatika.
2018;34:i884–90. doi:10.1093/bioinformatika/bty560.
17. Boisvert S, Laviolette F, Corbeil J. Ray: Perakitan pembacaan secara simultan dari campuran
teknologi pengurutan throughput tinggi. J Comput Biol. 2010;17:1519–33.
doi:10.1089/cmb.2009.0238.
1. Kinjo S, Monma N, Misu S, Kitamura N, Imoto J, Yoshitake K, dkk. Maser: platform satu atap untuk NGS
data besar dari analisis hingga visualisasi. Basis data. 2018;2018. doi:10.1093/database/bay027.

19. Simão FA, Waterhouse RM, Ioannidis P, Kriventseva EV, Zdobnov EM. BUSCO: menilai perakitan
genom dan kelengkapan anotasi dengan ortolog salinan tunggal. Bioinformatika. 2015;31:3210– 2.
doi:10.1093/bioinformatika/btv351.
20. Thiel T, Michalek W, Varshney R, Graner A. Memanfaatkan database EST untuk pengembangan dan
karakterisasi penanda SSR yang diturunkan dari gen dalam jelai (Hordeum vulgare L.). Teori Appl Genet.
2003;106:411–22. doi:10.1007/s00122-002-1031-0.

21. Untergasser A, Cutcutache I, Koressaar T, Ye J, Faircloth BC, Remm M, et al. Primer3—kemampuan dan
antarmuka baru. Asam Nukleat Res. 2012;40:e115–e115. doi:10.1093/nar/gks596.

22. Matra DD, Poerwanto R, Santosa E, Sobir, Higashio H, Anzai H, dkk. Analisis keragaman alelik dan
hubungan genetik manggis budidaya (Garcinia mangostana L.) di Jawa, Indonesia menggunakan
penanda mikrosatelit dan karakter morfologi. Tanaman Trop Biol. 2016;9:29–41. doi:10.1007/
s12042-016-9161-8.
23. Stecher G, Tamura K, Kumar S. Analisis Genetika Evolusioner Molekuler (MEGA) untuk macOS. Mol
Biol Evol. 2020;37:1237–9. doi:10.1093/molbev/msz312.
24. Cuénoud P, Savolainen V, Chatrou LW, Powell M, Grayer RJ, Chase MW. Filogenetik molekuler
Caryophyllales berdasarkan nuklear 18S rDNA dan plastid rbcL, atpB, dan sekuens DNA matK. Apakah
J Bot. 2002;89:132–44. doi:10.3732/ajb.89.1.132.
25. Kress WJ, Wurdack KJ, Zimmer EA, Weigt LA, Janzen DH. Penggunaan barcode DNA untuk mengidentifikasi
tanaman berutang. Proc Natl Acad Sci US A. 2005;102:8369 LP – 8374. doi:10.1073/pnas.0503123102.

2. Sang T, Crawford D, Stuessy T. Sang T, Crawford DJ, Stuessy TF.. Filogeni DNA Kloroplas,
evolusi retikulat, dan biogeografi Paeonia (Paeoniaceae). Am J Bot 84: 1120-1136. Apakah J Bot.
1997;84:1120.
27. Cheng T, Xu C, Lei L, Li C, Zhang Y, Zhou S. Barcoding kingdom Plantae: primer PCR baru untuk wilayah
tanaman ITS dengan peningkatan universalitas dan spesifisitas. Mol Ecol Resour. 2016;16:138–49. doi:
10.1111/1755-0998.12438.

2. Kumar S, Stecher G, Li M, Knyaz C, Tamura K. MEGA X: Analisis Genetika Evolusi Molekuler

di seluruh Platform Komputasi. Mol Biol Evol. 2018;35:1547–9.

29. Jukes TH, Cantor CR. Evolusi Molekul Protein. Dalam: Munro HN, editor. Metabolisme Protein
Mamalia. New York. AS: Pers Akademik; 1969. hal. 21-132.
30. Tamura K. Estimasi jumlah substitusi nukleotida bila terdapat bias transversi dan konten G+C
yang kuat. Mol Biol Evol. 1992;9:678–87.
halaman 14/18
31. Felsenstein J. Condence batas pada filogeni: pendekatan menggunakan bootstrap. Evolusi.
1985;39:783–91.
32. Ledesma N, Campbell RJ, Poor HW, Figueroa JJ, Zona S. Morfologi bunga dari tujuh spesies
Mangifera. Akta Hortik. 2017;1183:1–10.
33. Dutta SK, Srivastav M, Rymbai H, Chaudhary R, Singh AK, Dubey AK, dkk. Studi interaksi serbuk sari-putik
pada kultivar mangga (Mangifera indica L.). Sci Hortic (Amsterdam). 2013;160:213–21. doi:10.1016/
j.scienta.2013.05.012.

34. Mukherjee SK, Litz RE. Pendahuluan: Botani dan Pentingnya. Dalam: Litz RE, editor. Mangga: Botani,
produksi dan kegunaan. Patrick: CAB Internasional; 2009. hal. 1–18.

Angka

F Saya
gu R
e1

Penampilan Buah M. casturi (Pinari, Palipisan (Pelipisan), Kasturi (Mawar)) dan Rawa-rawa Foto ini
diambil oleh DDM

halaman 15/18
FSaya
guRe 2

Dendrogram untuk analisis klaster UPGMA pada empat aksesi M. casturi dan empat spesies yang berkerabat dekat

menggunakan 14 lokus mikrosatelit

halaman 16/18
FSaya
guRe 3

Analisis filogenetik dari (a) matK, (b) rbcL, (c) trnH-PsbA, dan (d) internal transscribed spacer (ITS) dengan metode
Kemungkinan Maksimum Sejarah evolusi disimpulkan dengan menggunakan metode Kemungkinan Maksimum dan
3 parameter Tamura model untuk matK, trnH-PsbA, ITS dan model Jukes-Cantor untuk rbcL. Pohon konsensus
bootstrap disimpulkan dari 10.000 ulangan. Pohon itu berakar dengan kelompok luar, Anacardium occidentale.

halaman 17/18
File Tambahan

Ini adalah daftar file tambahan yang terkait dengan pracetak ini. Klik untuk mengunduh.

Tabel Tambahan1.xlsx

halaman 18/18