Diterjemahkan dari bahasa Inggris ke bahasa Indonesia - www.onlinedoctranslator.

com

Jurnal Fisika: Seri Konferensi

KERTAS •AKSES TERBUKA Anda mungkin juga suka

- Pada kekuatan per mitokondria dan

Pemodelan protein gen sintase triterpen dari jumlah ATP aktif yang terkait sintase

tanaman mangrove menggunakan model Phyre2 Peyman Fahimi dan Chérif F Matta

- Isolasi dan karakterisasi gen pada lobi-lobi

dan Swiss (Flacourtia inermis) terkait dengan
metabolisme gula
YW Silaban, K Suketi, S Susanto dkk.
Mengutip artikel ini: M Basyuniet al2018J. Phys.: Conf. Ser.978012095
- Mikroskop kekuatan atom resolusi tinggi
dan spektroskopi membran asli protein

Christian A Bippes dan Daniel J Muller

Lihatartikel daring untuk pembaruan dan penyempurnaan.

Konten ini diunduh dari alamat IP 152.118.162.177 pada 11/08/2022 pukul 05:48
2nd International Conference on Computing and Applied Informatics 2017 Penerbitan TIO
IOP Conf. Seri: Jurnal Fisika: Conf. Ser1saya2e3s4957687(829001'8')“0”12095 doi:10.1088/1742-6596/978/1/012095

Pemodelan protein gen sintase triterpen dari tanaman mangrove

menggunakan model Phyre2 dan Swiss

M Basyuni1*, R Wati1, N Sulistiyono1, R Hayati1, Sumardi2, H Oku3, S Baba4dan H

Sagami5

1Jurusan Kehutanan Fakultas Kehutanan Universitas Sumatera Utara, Jl. Tri

Dharma Ujung No. 1 Medan, Sumatera Utara, 20155, Indonesia
2Fakultas Farmasi Universitas Tjut Nyak Dhien, Jl. Rasmi No. 28 Medan 20123,

Indonesia
3GrupBioteknologi Molekuler, Pusat Penelitian Biosfer Tropis, Universitas
Ryukyus, 1 Senbaru, Nishihara, Okinawa 903-0213, Jepang
4Masyarakat Internasional untuk Ekosistem Mangrove, Fakultas Pertanian, Universitas
Ryukyus, 1 Senbaru, Nishihara, Okinawa 903-0213, Jepang
5InstitutPenelitian Multidisiplin untuk Material Lanjutan, Universitas Tohoku,
Sendai, 980-8577, Jepang

*
Email: m.basyuni@usu.ac.id

Abstrak. Kloning molekuler dari lima gen oxydosqualene cyclases (OSC) dariBruguiera
gymnorrhiza, Kandelia candel,danRhizophora stylosasebelumnya telah dikloning,
dikarakterisasi, dan dikodekan sintase mono dan -multi triterpen. Penelitian ini menganalisis
pemodelan protein gen sintase triterpen dari mangrove menggunakan model Phyre2 dan
Swiss. Keragaman dicatat dalam pemodelan protein sintase triterpen menggunakan Phyre2 dari
identitas urutan (38-43%) dan residu (696-703).RpM2dapat dibedakan dari yang lain untuk
struktur templat; itu menggunakan sintase lanosterol sebagai templat (PDB ID: w6j.1.A).
Sebaliknya, gen lain menggunakan sintase lanosterol manusia (1w6k.1.A). Situs ikatan yang
diprediksi dikorelasikan dengan produk sintase triterpen, produk dariBgbASadalah --amyrin,
sementara RpM1mengandung sejumlah besar --amyrin. Demikian pulaBgLUSdanKcMS, kedua
produk utamanya adalah lupeol, di sisi lain,RpM2dengan hasil taraxerol. Pemodelan homologi
mengungkapkan bahwa 696 residu dariBgbAS, BgLUS, RsM1, danRpM2(91-92% dari urutan
asam amino) telah dimodelkan dengan kepercayaan 100% oleh satu templat penilaian tertinggi
menggunakan Phyre2. Cakupan ini lebih tinggi dari model Swiss (85-90%). Penelitian ini
menyarankan bahwakloning molekul gen triterpen menyediakan alat yang berguna untuk
mempelajari regulasi terkait pemodelan protein biosintesis isoprenoid di hutan bakau.

1. Perkenalan
Metabolit sekunder termasuk triterpen dan fitosterol adalah kandungan kimia yang umum di
hutan mangrove [1]. Berbagai triterpen dan pitosterol yang didistribusikan secara luas pada
tanaman dibiosintesis dari prekursor 2,3-oksidoskualen, dengan kontribusi siklase oksidoskualen
(OSC). 2,3-Oxidosqualene, oleh karena itu, terletak pada titik percabangan jalur isoprenoid
menuju biosintesis triterpen atau fitosterol [2]. Kloning molekuler gen OSC dari hutan bakau

Konten dari karya ini dapat digunakan berdasarkan persyaratan dariLisensi Creative Commons Attribution 3.0. Setiap distribusi lebih lanjut dari
karya ini harus mempertahankan atribusi kepada penulis dan judul karya, kutipan jurnal dan DOI.
Diterbitkan di bawah lisensi oleh IOP Publishing Ltd 1
2nd International Conference on Computing and Applied Informatics 2017 Penerbitan TIO
IOP Conf. Seri: Jurnal Fisika: Conf. Ser1saya2e3s4957687(829001'8')“0”12095 doi:10.1088/1742-6596/978/1/012095

yaituBruguiera gymnorrhiza, Kandelia candel, danRhizophora stylosasebelumnya telah dikloning,

dikarakterisasi, dan dikodekan sintase mono dan -multi triterpen [3-4].
Baru-baru ini telah dilaporkan analisis bioinformatika gen OSC dan sekuen asam amino pada
tanaman mangrove [5]. Mekanisme molekuler toleransi salinitas pada tanaman mangrove telah
dijelaskan: tingkat mRNA gen sintase triterpen daun dan akar mangrove meningkat dengan
meningkatnya konsentrasi garam [6-8]. Studi-studi ini menunjukkan bahwa triterpen memainkan
peran fisiologis penting dalam adaptasi pohon bakau sebagai penghalang perlindungan diri terhadap
tekanan garam eksternal.
Selain itu, OSC telah menarik perhatian kami karena kemungkinannya untuk memodifikasi struktur
kimia triterpenoid, serta signifikansinya sebagai enzim yang berkomitmen utama dalam biosintesis
triterpen [3-4]. Pada tanaman tingkat tinggi, anggota keluarga OSC dari triterpen terlibat dalam sintesis
triterpen, dan OSC lainnya bertanggung jawab untuk biosintesis sterol. Mengingat keragaman gen
triterpen yang ditemukan pada tanaman mangrove, menjadi menarik untuk memahami fungsi protein dari
masing-masing sintase triterpen. Namun, protein prediktif dari hutan mangrove dan pemodelannya belum
banyak dipelajari. Oleh karena itu, penelitian ini bertujuan untuk mendeskripsikan pemodelan protein gen
sintase triterpen dari hutan mangrove menggunakan perangkat lunak Phyre2 dan Swiss-model online.

2. Bahan dan Metode

2.1. Bahan
Sebanyak lima gen oxidosqualene cyclase bakau yang disimpan di NCBI (//www.ncbi.nlm.
nih.gov/) dianalisis. Nomor aksesi GenBank dari urutan DNA dan urutan asam amino yang
digunakan analisis ini adalah sebagai berikut: AB289585, BAF80443 (B. gymnorrhizaBgbAS),
AB289586, BAF80444 (B. gymnorrhizaBgLUS), AB257507, BAF35580 (K.obovataKcMS), AB263203,
BAF80441 (R. stylosaRsM1), AB263204, BAF80442 (R. stylosaRpM2).

2.2.Pencarian templat,pembuatan model, dan penilaian kualitas

Pencarian template dilakukan menggunakan Phyre2 (http://www.sbg.bio.ic.ac.uk/~phyre2/html/
page.cgi?id =index) [9] dan terhadap pustaka template model Swiss (https: //swissmodel.expasy.org/)
[10]. Itu BgbAS, BgLUS, KcMS, RsM1danRpM2dicari dengan BLAST [12] terhadap urutan asam amino
yang terkandung dalam Protein Data Bank (PDB). Template dengan struktur kristal skor tertinggi
kemudian dipilih untuk pembuatan model.Model dibuat sesuai dengan targettemplate alignment
menggunakan ProMod3 [10]. Kualitas model global dan per-residu dinilai menggunakan fungsi
penilaian QMEAN [12].

2.3. Prediksi situs pengikatan ligan

Prediksi situs pengikatan ligan pada struktur protein yang dimodelkan dibuat menggunakan server 3DLigandSite
(http://www.sbg.bio.ic.ac.uk/3dligandsite/) [13].

2.4. Prediksi heliks transmembran

Heliks transmembran diprediksi menggunakan urutan untuk mengadopsi topologi
menggunakan Phyre2 (http://www.sbg.bio.ic.ac.uk/~phyre2/html/page.cgi?id=index) [9]. Sisi
ekstraseluler dan sitoplasma membran diberi label dan awal dan akhir setiap heliks
transmembran diilustrasikan dengan angka yang mewakili indeks residu [9].

3. Hasil dan Pembahasan

3.1.Pemodelan protein menggunakan model Phyre2 dan Swiss

Tabel 1 menggambarkan pemodelan protein menggunakan Phyre2 dari lima gen sintase triterpen:B.
gymnorrhiza-- amirin sintase (BgbAS),B. gymnorrhizasintase lupeol (BgLUS),R. stylosasintase triterpen
multifungsi (RpM1menghasilkan germanicol (63%), --amyrin (33%), dan lupeol (4%),R. stylosa

2
2nd International Conference on Computing and Applied Informatics 2017 Penerbitan TIO
IOP Conf. Seri: Jurnal Fisika: Conf. Ser1saya2e3s4957687(829001'8')“0”12095 doi:10.1088/1742-6596/978/1/012095

sintase triterpen multifungsi (RSMS2menghasilkan taraxerol, --amyrin, dan lupeol dengan

perbandingan 70:17:13), danK.obovatasintase triterpen multifungsi dengan produk lupeol (50%), --
amyrin (50%), dan --amyrin (50%).

Tabel 1. Hasil pemodelan protein menggunakan Phyre2

Gen Templat Identitas urutan Residu Kepercayaan diri Cakupan (%)
BgbAS c1w6kA 43 696 100 92
BgLUS c1w6kA 39 696 100 91
RpM1 c1w6kA 43 696 100 92
RpM2 c1w6kA 38 703 100 91
KcMS c1w6kA 39 696 100 91

Keragaman dicatat dalam pemodelan protein sintase triterpen menggunakan Phyre2 dari identitas urutan
(38-43%) dan residu (696-703).Sintase lanosterol manusia digunakan untuk model protein (PDB ID: c1w6kA
sebagai struktur template dengan kepercayaan 100% dan cakupan 91-92%.
Hasil serupa diperoleh dengan menggunakan model Swiss seperti yang ditampilkan pada Tabel 2.RpM1
memiliki nilai relatif tertinggi dalam identitas sekuens, kesamaan sekuens, dan rentang sekuen protein.
BgbAS, RsM2, danRpM2ditutupi oleh 0,90, sementaraBgLUSdanRpM1adalah 0,85. Patut dicatat bahwa
Qmean bervariasi di antara gen (0,67-0,70).RpM2dapat dibedakan dari yang lain untuk struktur templat; itu
menggunakan sintase lanosterol sebagai templat (w6j.1.A). Sebaliknya, gen lain menggunakan sintase
lanosterol manusia (1w6k.1.A). Hasil ini mendukung hasil sebelumnya pada berat molekul relatif tinggi
RpM2(84,8 kDa) [5]. Sintase triterpen yang tersisa memiliki berat molekul lebih rendah (83,4 hingga 83,7
kDa) dari ituRpM2.

Tsanggup2. Hasil pemodelan protein menggunakan Swiss-model

Gen Templat Urutan Kesamaan urutan Jangkauan Cakupan QMEAN
Identitas
BgbAS 1w6k.1.A 43.50 0,42 23-756 0,90 0,70
BgLUS 1w6k.1.A 39,75 0,40 90-765 0,85 0,67
RpM1 1w6K.1.A 44.50 0,43 93-756 0,85 0,68
RpM2 w6j.1.A 39.16 0,40 32-753 0,90 0,68
KcMS 1w6k.1.A 41.20 0,41 54-755 0,90 0,68

3.2. Situs pengikatan yang diprediksi

Ligan yang diprediksi mengikat residu tertentu, asam amino, kontak, dan jarak rata-rata.BgbASdan
RpM1memiliki parameter yang sama dari situs pengikatan,BgLUSdanKcMSmemiliki empat parameter,
danRpM2 memiliki enam parameter.BgbASmemiliki tujuh residu dari 679, 680, 681, 684, dan 725 yang
sesuai dengan asam amino Leu, Val, His, Trp, dan Thr. Jarak terjauh milik Leu679. Kontak bervariasi
dari 12 hingga 22 (Tabel 3).RpM1terdapat lima residu Leu679, Val680, His681, Trp684, dan Thr725
dengan nilai kontak 13-22. Jarak terjauh milik Leu679.
Berbeda dengan pengamatan ini,BgLUSdanKcMSmemiliki Leu678, Val679, Gln680, Ser724 dan Leu678,
Ile679, His680, dan Ser724; masing-masing. Keduanya memiliki jarak Leu678 terjauh dan nilai kontak 14-22.
RpM2ditemukan memiliki enam situs pengikatan: Asn680, Leu681, Val682, Gln683, Trp686, dan Thr727.
RpM2memiliki kontak dengan 12-24 dan jarak rata-rata terpanjang 0,67 (Tabel 3).
Situs ikatan yang diprediksi dikorelasikan dengan produk sintase triterpen, produk dari
BgbASadalah --amyrin, sementaraRpM1mengandung sejumlah besar --amyrin [4], kedua gen
duduk bersama di pohon filogenetik [4]. Demikian pulaBgLUSdanKcMS,kedua produk utamanya
adalah lupeol dan dekat dengan cabang lupeol sintase [3, 4]. Di samping itu,RpM2dengan hasil
taraxerol tersebar di pohon filogenetik [4].
Terdapat tiga motif residu kritis OSC tanaman yaitu motif MW(L)CYCR, MQSFGSQ, dan FIKKSQ.
Motif ini menambahkan yang sudah ada: motif DCTAE dan QW di OSC pabrik. ItuBgbAS, RSM1
danRpM2memiliki residu esensial Trp257,BgLUSdanKcMSmemiliki Leu257 [4].

3
2nd International Conference on Computing and Applied Informatics 2017 Penerbitan TIO
IOP Conf. Seri: Jurnal Fisika: Conf. Ser1saya2e3s4957687(829001'8')“0”12095 doi:10.1088/1742-6596/978/1/012095

--amyrin dan lupeol memiliki tiga residu kritis SerPhe dalam motif MQSFGSQ seperti yang telah dijelaskan
sebelumnya [4]. Residu asam amino terakhir yaitu Lys449 pada motif FIKKSQ telah dilaporkan dapat
mengontrol produk sintase triterpen [4].

Table3. Situs pengikatan yang diprediksi dari lima sintase triterpen

Klon Residu Asam amino Kontak Jarak rata-rata
BgbAS 679 LEU 13 0,69
680 VAL 22 0,00
681 MILIKNYA 19 0,30
684 TRP 12 0,45
725 THR 22 0,00
BgLUS 678 LEU 14 0,69
679 VAL 22 0,00
680 GLN 21 0,34
724 SER 22 0,21
RpM1 679 LEU 14 0,69
680 VAL 22 0,00
681 MILIKNYA 21 0,34
684 TRP 13 0,50
725 THR 22 0,00
RpM2 680 ASN 24 0,00
681 LEU 12 0,67
682 VAL 24 0,00
683 GLN 23 0,29
686 TRP 14 0,47
727 THR 24 0,00
KcMS 678 LEU 14 0,69
679 ILE 22 0,00
680 MILIKNYA 21 0,34
724 SER 22 0,21

3.3. Model Phyre2 dan Swiss-protein

Pemodelan homologi mengungkapkan bahwa 696 residu dariBgbAS, BgLUS, RsM1,danRpM2(91-92% dari urutan asam
amino) telah dimodelkan dengan kepercayaan 100% oleh satu templat penilaian tertinggi menggunakan Phyre2
(Gambar 1A-E). Cakupan ini lebih tinggi daripada model Swiss (85-90%) seperti yang digambarkan pada Gambar 2A-E.
Model protein yang sedikit berbeda mungkin disebabkan oleh zonasi spesies mangrove yang berbeda [5].

Telah diketahui bahwa komposisi triterpen dapat menjadi cerminan distribusi sintase triterpen di dalam
sel tumbuhan mangrove [4]. Selanjutnya, proporsi yang signifikan dari triterpen ditemukan di bagian luar
akar dan dapat memberikan indikasi awal untuk peran pelindung triterpenoid dalam spesies pohon bakau
[1]. Penemuan beberapa gen sintase triterpen dari mangrove [3-4], yang rasio molarnya ditentukan oleh
OSC multifungsi, mungkin berguna untuk tanaman dengan menggambarkannya lebih toleran terhadap
cekaman lingkungan, seperti cekaman salinitas [3-4,8 ]. Selanjutnya, karya-karya sebelumnya telah
menunjukkan ekspresi ituPgTPSsintase terpene meningkat dengan stres garam diPanax ginseng[14]. Studi
kami sebelumnya juga menunjukkan peningkatan yang bergantung pada salinitas dalam kandungan
triterpen dan ekspresi gen sintase triterpen baik dalam mensekresi maupun

4
2nd International Conference on Computing and Applied Informatics 2017 Penerbitan TIO
IOP Conf. Seri: Jurnal Fisika: Conf. Ser1saya2e3s4957687(829001'8')“0”12095 doi:10.1088/1742-6596/978/1/012095

akar dan daun bakau yang tidak mensekresi [6-8, 15-16].

SEBUAH B

Gambar diwarnai oleh pelangi N Gambar diwarnai oleh pelangi N

→ C terminus Model dimensi → Dimensi model terminal C
(Å): X:79.078 Y:71.655 Z:69.36 (SEBUAH):X:80.138 Y:74.103 Z:69.364

C e

→ Dimensi model terminal C (SEBUAH):

X:77.236 Y:71.655 Z:69.255

Gambar diwarnai oleh pelangi N → C terminus Gambar diwarnai oleh pelangi N

Model dimensi (SEBUAH): X:79.078 Y:71.004 → Dimensi model terminal C (SEBUAH):
Z:69.364 X:80.138 Y:74.103 Z:68.968

Gambar 1.Model protein phyre untukBgbAS(SEBUAH),BgLUS(B),RpM1(C),RpM2(D), danKcMS(E)

Telah lama diperdebatkan apakah sintase triterpen yang menghasilkan produk berbeda adalah
protein diskrit atau jika diproduksi pasca-translasi dari satu produk gen ke produk lainnya [3]. Kondisi
ini karena aktivitas OSCs tunduk pada perubahan pH, deterjen dan konsentrasi elektrolit [3]. Beberapa
keberhasilan kloning sintase triterpen telah membuktikan adanya beberapa OSC sebagai protein yang
berbeda bahkan dalam satu spesies tanaman [3-4]. Perubahan ini mungkin karena perbedaan efisiensi
katalitik dan spesifisitas sintase triterpen multifungsi sepertiKcMS, RsM1,danRpM2atau sintase
triterpen multifungsi tanaman lainnya melalui perubahan struktur protein tersier dengan fungsi
berbeda melalui regulasi transkripsi [3-4].

3.4. Heliks transmembran

Gambar 3 menunjukkan heliks transmembran (TM) dalam lima sintase triterpen.BgbAS,BgLUS,RpM1, dan KcMS
hanya memiliki empat heliks TM (S1-S4).RpM2memiliki lima heliks TM (S1-S5) keduanya di ekstraseluler

5
2nd International Conference on Computing and Applied Informatics 2017 Penerbitan TIO
IOP Conf. Seri: Jurnal Fisika: Conf. Ser1saya2e3s4957687(829001'8')“0”12095 doi:10.1088/1742-6596/978/1/012095

dan sitoplasma. Hasil ini sejalan dengan model protein dan tempat pengikatan gen sintase
triterpen dari mangrove.

SEBUAH B

C e

Gambar 2.Model protein Swiss untukBgBAS(SEBUAH),BgLUS, (B)RpM1(C),RpM2(D), danKcMS(E).

Untuk mendapatkan peran struktural dan fungsional triterpen yang lebih dekat, yang terdefinisi
dengan baik dan sederhanain vitromodel membran (liposom) danin vitrostudi menunjukkan bahwa
triterpen, serta pitosterol, dimasukkan ke dalam lipid bilayer liposom [17], menunjukkan bahwa
triterpen juga merupakan modulator permeabilitas membran. Alkohol triterpen secara struktural
dibedakan dari fitosterol, meskipun mereka memiliki jalur biosintetik yang sama dan karenanya
memiliki struktur kimia yang serupa. Namun, belum ada dasar ilmiah untuk mengidentifikasi secara
fungsional senyawa ini sebagai struktur membran lipid [16-17]. Perubahan komposisi dan sifat lipid
membran merupakan faktor penting dalam adaptasi terhadap konsentrasi garam yang tinggi [18].
Pengamatan ini sangat menyarankan bahwa sintase triterpen dan triterpen berkontribusi terhadap
toleransi garam tanaman mangrove mungkin dengan mengubah sifat membran sel [6-8].
Baru-baru ini, terungkap bahwa ekspresi dua sintase triterpen,BgbASdanRpM1 di bawah promotor
GAL1 di GIL77 meningkatkan kandungan triterpen dari seluruh tubuh sel dan fraksi membran plasma
[19]. Pada hasil sebelumnya [5], kedua genBgbASdanRpM1ditempatkan di membran plasma,
mendukung hasil sebelumnya pada lokalisasi subselular mereka yang terletak di membran plasma
[19].

6
2nd International Conference on Computing and Applied Informatics 2017 Penerbitan TIO
IOP Conf. Seri: Jurnal Fisika: Conf. Ser1saya2e3s4957687(829001'8')“0”12095 doi:10.1088/1742-6596/978/1/012095

SEBUAH B

C e

Gambar 3. Heliks transmembran dariBgBAS(SEBUAH),BgLUS(B),RpM1(C),RpM2(D), danKcMS(E)

4. Kesimpulan
Kloning molekul gen triterpen menyediakan alat yang berguna untuk mempelajari pemodelan protein
terkait regulasi biosintesis isoprenoid pada tanaman bakau. Beberapa keberhasilan kloning sintase
triterpen telah membuktikan keberadaan banyak OSC sebagai protein berbeda bahkan dalam satu spesies
tanaman. Penelitian ini menunjukkan bahwa sintase triterpen dan triterpen berkontribusi terhadap
toleransi garam hutan bakau mungkin dengan mengubah sifat membran sel.

Pengakuan
Kajian ini didukung oleh Hibah Kerjasama Riset dan Publikasi Ilmiah Internasional Tahun 2017
(No. 003/SP2H/LT/DRPM/IV/2017) dari Direktorat Riset dan Pengabdian Kepada Masyarakat,
Kementerian Riset, Teknologi, dan Pendidikan Tinggi, Republik Indonesia .

Referensi
[1] Basyuni M, Oku H, Baba S, Takara K dan Iwasaki H 2007 Isoprenoid mangrove Okinawa sebagai
masukan lipid ke dalam ekosistem muaraJ. Oseanografi63601–8.
[2] AbeI, Rohmer M and Prestwich GD 1993 Siklisasi enzimatik dari squalene dan oxidosqualene
menjadi sterol dan triterpenkimia Putaran.932189–2208.
[3] Basyuni M, Oku H, Inafuku M, Baba S, Iwasaki H, Oshiro K, Okabe T, Shibuya M and
Ebizuka Y 2006 Kloning molekuler dan ekspresi fungsional cDNA triterpen sintase
multifungsi dari spesies bakauKandelia candel(L.) DruceFitokimia672517–2524.

7
2nd International Conference on Computing and Applied Informatics 2017 Penerbitan TIO
IOP Conf. Seri: Jurnal Fisika: Conf. Ser1saya2e3s4957687(829001'8')“0”12095 doi:10.1088/1742-6596/978/1/012095

[4] Basyuni M, Oku H, Tsujimoto E, Kinjo K, Baba S and Takara K 2007 Sintase triterpen
dari suku bakau Okinawa, RhizophoraceaeFEBS J.2745028–5042.
[5] Basyuni M, R Wati 2017 Analisis bioinformatika gen oksidoskualen dan sekuen asam amino
pada tumbuhan mangroveJ.Fis. : Konf. Ser.801012011.
[6] Basyuni M, Baba S, Inafuku M, Iwasaki H, Kinjo K, Oku H 2009 Ekspresi mRNA sintase terpenoid
dan kandungan terpenoid pada mangrove cekaman garamJ. Tumbuhan Physiol.1661786–
1800.
[7] Basyuni M, Baba S, Kinjo Y, Putri LAP, Hakim L, Oku H 2012 Peningkatan triterpenoid yang bergantung pada
garam bersifat reversibel setelah dipindahkan ke air tawar pada tanaman bakauKandelia candeldan
Bruguiera gymnorrhiza J. Plant Physiol.1691903–1908.
[8] Basyuni M, Baba S, Kinjo Y, Oku H 2012 Salinitas meningkatkan kandungan triterpenoid suatu garam
sekretor dan bakau sekretor non-garamAquat. Bot.9717–23.
[9] Kelley LA, Mezulis S, Yates CM, Wass MN, Sternberg, MJE 2015 Portal web Phyre2 untuk
pemodelan, prediksi, dan analisis proteinNat. Protokol10845–858.
[10] Arnold, K., Bordoli, L., Kopp, J. dan Schwede, T. 2006 Ruang kerja SWISS-MODEL: lingkungan
berbasis web untuk pemodelan homologi struktur proteinBioinformatika22195–201.
[11] Altschul SF, Madden TL, Schaffer AA, Zhang J, Zhang Z, Miller W, Lipman DJ 1997 Gapped BLAST
dan PSI-BLAST: generasi baru program pencarian basis data proteinAsam Nukleat Res.25
3389–3402.
[12] Benkert P, Biasini M, Schwede T 2011 Menuju estimasi kualitas absolut dari
model struktur protein individuBioinformatika27343–350.
[13] Wass MN, Kelley LA, Sternberg MJ 2010 3DLigandSite: memprediksi situs pengikatan ligan menggunakan
struktur serupaRes Asam Nukleat.38W469–473.
[14] Kim YJ, Ham AR, Shim JS, Lee JH, Jung DY, In JG, Lee BS, Yang DC 2008 Isolasi dan
karakterisasi gen sintase terpen dariPanax ginseng J. Ginseng Res.32114–119.
[15] Basyuni M, Kinjo Y, Baba S, Shinzato N, Iwasaki H, Siregar EBM, Oku H 2011 Isolasi
gen toleransi cekaman garam dari akar tanaman mangrove,Rhizophora stylosaGriff.,
menggunakan hibridisasi subtraktif berbasis PCRTanam Mol. Biol. Reputasi.29533–543.
[16] Oku H, Baba S, Koga H, Takara K, Iwasaki H 2003 Komposisi lipid mangrove dan kandungannya
relevansi dengan toleransi garamJ. Tanaman Res.11637–45.
[17] Basyuni M, Oku H, Tsujimoto E, Baba S 2007 Kloning dan ekspresi fungsional sintase
sikloartenol dari spesies bakauRhizophora stylosaGriff. danKandelia candel (L.) Druce
Biosci. Bioteknologi. Biokimia.711788–1792.
[18] Turk M, Mejanelle L, Šentjurc M, Grimalt JO, Gunde-Cimerman N, Plemenitaš A 2004 Salt-
menginduksi perubahan dalam komposisi lipid dan fluiditas membran jamur melanisasi
seperti ragi halofilikEkstrofil853–61.
[19] Inafuku M, Basyuni M, Oku H 2016 Triterpenoid memodulasi toleransi garam lanosterol
kekurangan sintaseSaccharomyces cerevisiae,GIL77Saudi J.Biol. Sains.
http://dx.doi.org/10.1016/j.sjbj.2016.10.009.