In Silico Study of The Active Compounds in Bitter Melon (Momordica - En.id
In Silico Study of The Active Compounds in Bitter Melon (Momordica - En.id
com
Lihat metadata, kutipan, dan makalah serupa di core.ac.uk dipersembahkan oleh INTI
disediakan oleh Sistem Manajemen Jurnal UAD
apoteker
Vol.8, No.2, Nov 2018, Hal. 177-194
ISSN: 2088 4559; e-ISSN: 2477 0256
DOI: 10.12928/pharmaciana.v8i2.8993 177
ABSTRAK
Obat antidiabetes banyak tersedia di pasaran, tetapi kebanyakan obat memiliki efek samping yang
kuat yang dapat menyebabkan keracunan. Oleh karena itu, diperlukan pencarian senyawa obat baru yang
lebih poten namun dengan efek samping yang lebih rendah. Berbagai penelitian menunjukkan bahwa pare (
Momordica charantia L) menunjukkan aktivitas antidiabetik. Namun, senyawa dalam tanaman ini yang secara
aktif berperan sebagai antidiabetes ampuh belum diketahui secara spesifik. Penelitian ini bertujuan untuk
mengidentifikasi senyawa aktif tersebut secara in silico melalui molecular docking, drug scan, PreADMET, dan
simulasi dinamika molekuler. Hasil uji terhadap 26 senyawa aktif pare menunjukkan satu senyawa potensial
yang aktif terhadap reseptor nuklir RORα, yaitu Goyaglicoside-h, dan lebih poten dibandingkan Rosiglitazone.
PENGANTAR
Diabetes Mellitus (DM) masih menjadi masalah kesehatan yang sangat mengganggu di dunia.
International Diabetes Federation (IDF) menyatakan bahwa prevalensi DM adalah 1,9%, yang
menjadikan DM sebagai penyebab kematian ketujuh di dunia. Pada tahun 2012, diperkirakan 371 orang
hidup dengan DM. Insiden global DM tipe 2 adalah 95%, sedangkan 5% sisanya dari populasi dunia
menderita DM tipe 1 (Fatimah, 2015).
Penelitian dan pengembangan obat telah banyak dilakukan, termasuk pencarian
senyawa obat dari bahan alam. Salah satunya adalah pare yang terdaftar dalam Materia
Medika Indonesia Vol. VI/1995 sebagai tanaman obat yang buahnya berkhasiat sebagai
obat antidiabetes (Depkes RI, 1995). Yudadkk. (2013) mengungkapkan bahwa pemberian
ekstrak etanol pare (Momordica charantia) dapat menurunkan kadar glukosa darah pada
tikus putih (Rattus norvegicus) mengalami diabetes yang diinduksi aloksan. Selanjutnya,
Mulyanidkk. (2010) telah berhasil mengisolasi dua senyawa golongan triterpenoid dari
fraksi aktif (n-heksana) pare sebagai antihiperglikemik.
Penelitian sebelumnya telah mengidentifikasi beberapa senyawa aktif dalam pare, yaitu turunan
dari cucurbitane triterpenoids (Murakani dkk., 2001; Yoshikawadkk., 2007; Nakamuradkk., 2006).
Beberapa studi in vitro juga mengkonfirmasi aktivitas antidiabetes dari cucurbitane triterpenoid melalui
berbagai jenis skrining dan pengujian (Harinantenainadkk., 2006; Jiangdkk., 2016; chawechdkk., 2015).
Selain in vitro, penelitian in silico dapat digunakan untuk mempelajari interaksi antara senyawa dan
enzim, reseptor, atau sifat farmakokinetik untuk memprediksi kandidat obat untuk penyakit tertentu
(Ruswantodkk., 2018). Oleh karena itu, untuk memprediksi dan menguji potensi antidiabetes dari
senyawa aktif yang telah diidentifikasi sebelumnya, penelitian ini menggunakan desain in silico melalui
identifikasi target reseptor dan uji in silico lainnya.
METODE PENELITIAN
Peralatan
Penelitian ini menggunakan perangkat keras dan perangkat lunak komputer. Perangkat tersebut
adalah komputer pribadi dengan Intel (R) Core (TM) i3 dan spesifikasi sebagai berikut: CPU M 380 @ 2.53GHz
(4 CPU), 2.5GHz 2048MB RAM, dan perangkat lunak, seperti Pendrivelinux, MarvinSketch v.5.2, YASARA
v.9.10, TANAMAN, dan LigPlot (Ruswanto dkk., 2015).
bahan
Penelitian ini mengolah file PDB (Protein Data Bank) dari reseptor yang teridentifikasi, yang
diunduh dari http://www.rscb.org. dan 26 glikosida triterpen tipe cucurbitane aktif yang
terkandung dalam pare (lihat Tabel II).
Prosedur Penelitian
Persiapan ligan
Ligan dibuat dengan menggambar struktur kimia pada sketsa Marvin, diprotonasi
sampai pH 7,4 tercapai, dan disimpan sebagai file .mrv. Konformasi disimpan sebagai . file
mol2. Prosedur ini dilakukan pada semua ligan (Ruswantodkk., 2015; Ruswantodkk., 2017)
Identifikasi reseptor
Struktur senyawa (file .mol2) diunggah ke server web PharmMapper. Server web ini
memberikan ID JOB untuk setiap pemodelan yang dengannya pengguna dapat memeriksa hasil
pemetaan. Outputnya adalah daftar 300 target teratas yang menjadi sasaran evaluasi lebih lanjut
untuk memilih kandidat antidiabetik. Reseptor dengan kode PDB diunduh dari http://
www.rscb.org (Liudkk., 2010).
Analisis protein
Protein hasil identifikasi target reseptor dianalisis dengan plot Ramachandran protein
PDB di http://www.ebi.ac.uk/pdbsum/. Untuk pencarian target protein, pengguna dapat
mengakses profil menggunakan empat karakter dalam kode PDB (Gunasekarandkk., 1996;
Ruswantodkk., 2018).
Tabel I. Senyawa aktif tanaman pare (Murakani dkk., 2001; Yoshikawadkk., 2007;
Nakamuradkk., 2006)
CH3
CH3
HO OH HO
OCH3
H3C CH3 H3C CH3
2 Momordikin II 8 (23E)-3ß-Hidroksi-7ß,25-dimetoksi-kukurbita-5,23-
H3C
dien-19-al
CH3 H3 C
CH3
OHC CH3
HAI
H CH3
H3C
OHC
H
HC
3 OCH3
CH3
CH2OH
HO OH CH3
HAI
H3C CH3
OH HO OCH3
H3C CH3
HO
OH
3 25-Hidroksi-23-dehidroksi- 9 (19R,28E)-5ß,19-Epoksi-19-metoksikukurbita-
momordikin I 6,23,25-trien-3ß-ol
H3 C H3C
CH3 CH3
CH3
H3BERSAMA
CH2
OHC
H H H
H3C OH H3C
HAI CH3
CH3
HO
HO OH
H3C CH3
H3C CH3
4 25-metoksi-23-dehidroksi-momordicin 10 (19R,23E)-5ß,19-Epoksi-19-metoksikukurbita-
Saya 6,23,dien-3ß,25-diol
H3C H3C
CH3 CH3
CH3 OCH3 CH3
OHC
H H H
H3C OCH3 H3C OH
HO OH HO
5 3ß,7ß,23-Trihidroksikukurbita-5,24- 11 (19R,23E)-5ß,19-Epoksi-19,25-
dien-7-O_ß-D-glukosida dimetoksikukurbita-6,23-dien-3ß-ol
H3C H3C
CH3
CH3
CH3 OCH3
CH3
HO
H3C
H H
OCH3
CH3 CH3 H3C
HO HAI
H3C
HAI CH3
CH3
CH2OH
HAI
HO
OH H3C CH3
HO
OH
6 Momordikin 12 Momordikosida A
HAI OH
H3C OH
H3C
CH3
CH3
CH2 CH3
HO
OHC H H H
H3C H3C OH
OH CH3 CH3
CH3 CH2OH
HAI
HAI OO
HAI
HO OH
OH OH OH
H3C CH3
H3C CH3
HO HO HO
OH OH
AKU AKU AKU OH
13 Momordikosida C 19 Goyaglikosida-a
OH HC
3
HC
3
CH3
CH3 HAI
CH3
CH3
CH3
HO H H
H H HC OH
H3C HAI
H 3
HO HO HO
OH OH OH
14 Momordikosida F1 20 Goyaglikosida-b
H3C H3C
CH3 CH3
OCH3
CH3 CH3
H H H H
H3 C OCH3 H3C OH
HO
HO
OH OH
OH
15 Momordikosida F2 21 Goyaglikosida-c
H3C H3C
CH3 CH3
CH3
H3BERSAMA
CH3
H H H H OCH3
H3C OH H 3C
OO HAIHAI
H3C CH3 H 3C CH3
OH
HO HO
OH OH
OH
16 Momordikosida G 22 Goyaglikosida-d
H3C H3C
CH3 CH3
OCH3
CH3 CH3
H H OCH3 H H OCH3
H3C H3C
HO HO
OH OH
OH OH
17 Momordikosida I 23 Goyalikosida-e
H3C H3C
CH3 CH3
CH3 CH3
H H H H
H3C OH H3C HAI
HAI CH3 OH
HAI CH3 CH2OH
CH2OH
HAI
OO HAI
H3C CH3 OH
H3C CH3
OH
HO
HO
HO
OH
OH OH
OH
18 Momordikosida K 24 Goyalikosida-fu
H3C H3C
CH3 CH3
H3BERSAMA
CH3 CH3
OHC HAI
H H H
H3C OCH3 H3C
HAI HO HO
OH OH OH OH
HO
OH
25 Goyalikosida-g 26 Goyalikosida-ho
OH
HAI
H3C
CH3
CH3
HO
H H
H3C OH
HAI HAIHAI
H3C CH3
OH OH
HO HO
OH OH
H3C
CH3
OH
CH3
H H
H3C HAI
CH2OH
HAI CH3
CH2OH
HAI
HAIHAI OH
H3C CH3
HO
HO
OH
OH OH
Docking Molekul
Persiapan reseptor
Protein (PDB) diunduh dari http/www./rscb.org/ dan disiapkan kembali dalam
perangkat lunak YASARA. Hasil disimpan dalam dua file yaitu protein.mol2 untuk reseptor
target dan ref_ligand.mol2 untuk ligan pembanding selama proses validasi reseptor
(Purnomo, 2013).
Validasi docking reseptor
Kedua file hasil proses preparasi, yaitu protein.mol2 dan ref_ligand.mol2, di-docking
menggunakan program PLANTS yang telah dilink ke Co-pendrivelinux. Kompleks protein
ref_ligand dengan 'skor terbaik' terendah dihitung dengan nilai Root Mean Square Deviation
(RMSD). Suatu reseptor dinyatakan valid dan dapat digunakan sebagai ligan uji jika RMSD-nya
< 2 (Purnomo, 2013).
Pemindaian obat
Analisis drug scan dilakukan pada ligan yang memiliki energi ikat lebih rendah dibandingkan
senyawa pembanding. Itu juga menerapkan parameter Lipinski dalam perangkat lunak MarvinSketch
(Tambunandkk., 2012; Athardkk., 2017; Choy dan Prausnitz, 2011).
Studi ADMET
Studi ADME (Absorption, Distribution, Metabolism, and Excretion) dilakukan dalam program
berbasis web PreADMET—dapat diakses di http://preadmet.bmdrc.org/, menggunakan parameter
permeabilitas sel Caco-2 (Carcinoma colon bilayer), HIA (Penyerapan Usus Manusia), dan
pengikatan protein plasma (PPB). Parameter toksisitas diamati dari sifat karsinogenik dan
mutagenik senyawa (Ruswantodkk., 2017).
Identifikasi reseptor
Pendekatan pemetaan farmakofor di server web PharmMapper menghasilkan daftar 300 target
teratas ID PDB (Data Bank Protein). Data tersebut kemudian dievaluasi untuk mengidentifikasi reseptor
diabetes mellitus yang sesuai. Hasil evaluasi menunjukkan ada dua target yang masuk dalam 10 besar
peringkat, yaitu Nuclear receptor ROR alpha (PDB Code 1S0X) dan Retinol-binding protein 4 (PDB Code
1RBP). Kedua target tersebut dijelaskan pada Tabel II.
PDB Bugar
Peringkat Target Reseptor
ID Skor
1 1S0X Reseptor nuklir ROR alpha 6.013
7 1RBP Protein pengikat retinol 4.906
Namun, hanya satu reseptor dengan skor fit tertinggi yang dipilih, yaitu 1S0X. Semakin tinggi
skor fit, semakin tinggi afinitas gugus farmakofor pada ligan dan semakin cocok reseptornya. Penelitian
ini mengidentifikasi sepuluh (10) kelompok farmakofor yang sesuai dengan ligan dan reseptor 1S0X.
Mereka terdiri dari tujuh (7) kelompok hidrofobik, satu (1) negatif, dan dua (2) akseptor, seperti yang
ditunjukkan pada Gambar 1.
ROR (Related Orphan Receptor) merupakan salah satu jenis reseptor PPAR (Peroxisome Proliferator-
Activated Receptors) pada manusia yang termasuk dalam kelompok reseptor nuklir. Ini ditemukan di hati,
otot, dan jaringan adiposa. Ini memainkan peran dalam beberapa proses biologis dalam tubuh, termasuk
metabolisme glukosa. Selain itu, diindikasikan memiliki potensi sebagai target terapi dalam pengobatan
diabetes mellitus (Kojetin dan Burris, 2014).
Kojetin dan Burris (2014) menjelaskan bahwa salah satu ligan yang terikat pada reseptor RORα adalah
obat diabetes mellitus dari golongan thiazolidinedione yaitu Rosiglitazone. Oleh karena itu, penelitian ini
menggunakan Rosiglitazone sebagai pembanding dalam menentukan efektivitas ligan uji.
Analisis Protein
1S0X dianalisis pada server web pdbSUM menggunakan plot Ramachandran untuk
mengidentifikasi stabilitas protein. Plot Ramachandran digunakan untuk memvisualisasikan koordinat
tiga dimensi protein yang diperoleh dari eksperimen dalam struktur protein (menggunakan koordinat
internal). Setiap residu asam amino dapat digambarkan sebagai daerah dalam plot Ramachandran
karena memiliki satu sudut dihedral (phi) dan satu sudut dihedral (psi), yang merupakan koordinat
internal dalam koordinat tiga dimensi protein (Torshindkk., 2016). Hasil analisis reseptor dapat dilihat
pada Gambar 2 dan Tabel III.
Kategori
jumlah dari
Persentase
Residu
Daerah yang paling disukai [A,B,L] 659 89,3%
Wilayah tambahan yang diizinkan [a,b,l,p] 76 10.3%
Wilayah yang diizinkan dengan murah [~a,~b,~l,~p] 1 0,1%
hati Wilayah yang tidak diizinkan [XX] 2 0,3%
Berdasarkan hasil analisis yang disajikan pada Gambar 2 dan Tabel III, daerah terlarang pada plot
Ramachandran untuk residu non-glisin lebih kecil dari 15%, menunjukkan bahwa protein pada 1S0X stabil dan dapat
digunakan untuk langkah selanjutnya dalam penelitian ini. .
Residu non-glisin tidak menguntungkan karena adanya residu selain glisin di daerah ini
dapat menyebabkan obstruksi sterik yang berpotensi mengganggu konformasi protein untuk
menciptakan ikatan yang stabil dengan ligan (Gunasekaran). dkk., 1996).
Validasi reseptor
Langkah ini melibatkan redocking natif_ligand C3S (kolesterol sulfat) ke reseptor 1S0X
menggunakan prosedur yang sama seperti docking dalam penelitian ini, yang dilakukan di
TANAMAN. Setelah itu, perbandingan antara C3S yang diperoleh dari redocking dan C3S pada
file PDB menghasilkan Root Mean Square Deviation (RMSD), dan hasil kristalografi diunduh
dari Protein Data Bank.
visualisasi
Untuk menganalisis interaksi yang terjadi pada ligan protein, hasil docking
divisualisasikan dalam dua dimensi pada program LigPlot. Gambar 4 dan 5 adalah visualisasi
pengikatan ligan asli dan Rosiglitazone pada reseptor RORα (Laskowski dan Swindells, 2011;
Ruswantodkk., 2015).
G
Ligan
(kkal/mol)
Rosiglitazon* - 47.24
Momordikin I - 42,65
Momordikin II - 49.00
Momordikin III - 44,96
25-Hidroksi-23-dihidroksi-momordisin I - 44,73
25-Metoksi-23- dihidroksi-momordikin I - 43.44
3B,7B,23-Trihydroxycucurbita-5,24-dien-7-O_B-D-glucoside - 46.21
(23E)-3B-Hydroxy-7B,25-dimethoxy-cucurbita-5,23-dien-19-al - 43,51
(23E)-3ß- Hydroxy-7ß-methoxy-cucurbita-5,23,25-trien-19-al - 41.12
(19R,23E)-5ß,19-Epoxy-19,25-dimethoxycucurbita-6,23-dien-3ß -ol - 41.77
(19R,23E)-5ß,19- Epoxy-19-methoxycucurbita-6,23,dien-3ß,25-diol - 44,89
(19R,28E)-5ß,19- Epoxy-19- methoxycucurbita -6,23,25 -trien-3ß-ol - 40,85
Goyaglicoside-a - 59,59
Goyaglicoside-b - 59.80
Goyaglicoside-c - 60,31
Goyaglicoside-do - 60,49
Goyaglicoside-e - 49,34
Goyaglicoside-f - 58,48
Goyaglicoside-g - 63,93
Goyaglicoside-ho - 90,44
Momordicoside A - 46.62
Momordicoside C - 46.60
Momordicoside F1 - 60,59
Momordicoside F2 - 59,97
Momordicoside G - 60,51
Momordicoside I - 60.11
Momordicoside K - 50,44
* Rosiglitazon= pembanding
Gambar 4 menunjukkan bahwa situs pengikatan ligan asli terdiri dari ikatan hidrogen
dengan residu asam amino Tyr290, Cys288, dan Arg370 dan ikatan hidrofobik dengan Arg367,
Gln289, Tyr380, Met368, Ala371, Ile327, His484, Cys323, Trp320, Lys326, dan Ala330 (dengan ikatan
hidrofobik). Sementara itu, pada Gambar 5, interaksi hidrofobik ditemukan di situs pengikatan
Rosiglitazone di dekat residu asam amino Arg370, Leu410, Val427, Ser424, Leu428, Glu362, dan
Val334.
Beberapa ligan uji memiliki kemiripan dengan ligan asli, yaitu terikat pada residu Arg370
secara hidrofobik (seperti Momordicoside K, Goyaglicoside-b, Goyaglicoside-c, Goyaglicoside-d dan
hidrofobik) dan dengan ikatan hidrogen (Momordicin II). Momordicin II dan Goyaglicoside-g juga
terikat pada Ala371 dan Ile327 secara hidrofobik. Sementara itu, Momordicoside K juga terikat
pada Met368 dengan ikatan hidrogen. Pengikatan Goyaglikosida-h ke Lys326 dan Ile327, serta
Goyaglikosida-e ke Lys326, juga melibatkan ikatan hidrogen.
Selanjutnya, semua ligan uji menempati tempat pengikatan yang sama dengan Rosiglitazone, yaitu di
sekitar Arg370, Leu410, Val427, Ser424, Leu428, Glu362, dan Val334 baik dengan ikatan hidrofobik maupun
hidrogen. Kesamaan seperti itu sangat penting untuk efek farmakologis yang dihasilkan. Ligan, dengan
demikian, diprediksi menunjukkan aktivitas pada reseptor karena mereka menempati situs pengikatan yang
sama dengan ligan asli dan pembanding obat.
Pemindaian obat
Analisis drug scan bertujuan untuk mengetahui kesamaan sifat ligan uji dengan obat yang
ada (drug-likeliness) dan mengacu pada kemiripan senyawa tertentu dengan obat oral.
narkoba. Aturan Lipinski dapat membantu membedakan antara molekul mirip obat dan non-obat
dengan mempertimbangkan tingkat penyerapan dan permeabilitasnya melalui lapisan ganda lipid
dalam tubuh manusia (Harganingtyas, 2011). Aturan ini menetapkan bahwa molekul harus memiliki
massa molekul <500 g/mol, koefisien partisi (log P) <5, kurang dari 5 donor ikatan hidrogen, kurang dari
10 akseptor donor hidrogen, dan bias molar antara 40-130 (Wulandari, 2010).
Massa molekul dan log P menentukan kemampuan suatu senyawa untuk menembus lapisan ganda
lipid dari jaringan epitel yang melapisi permukaan usus, yang hanya dapat ditembus oleh molekul kecil dan
cukup hidrofobik. Log P yang lebih besar menunjukkan molekul yang lebih hidrofobik dan larut dalam lemak.
Dengan kata lain, molekul dapat dengan mudah menembus penghalang membran. Namun, senyawa yang
terlalu hidrofobik cenderung memiliki toksisitas yang lebih besar karena molekul obat tertahan dalam lapisan
ganda lipid dalam waktu yang lama dan tidak dapat dikeluarkan dari tubuh (Wulandari, 2010).
Donor dan akseptor ikatan hidrogen adalah kontributor utama pada luas permukaan kutub suatu
molekul. Semakin luas area, semakin rendah permeabilitasnya. Oleh karena itu, molekul dengan banyak
Hdonor dan H-akseptor hampir tidak menginfiltrasi penghalang membran (Wulandari, 2010).
Berdasarkan hasil analisis yang disajikan pada Tabel V, semua senyawa uji tidak
memenuhi aturan Lipinski karena massa molekul lebih besar dari 500 g/mol dan refraksi
molar tidak dalam kisaran 40-130.
STUDI ADMET
Senyawa hasil proses docking dianalisis secara farmakokinetik untuk menilai kemampuan
absorbsi, distribusi, metabolisme, dan ekskresinya di dalam tubuh. Absorbsi adalah proses
pemindahan obat dari tempat aplikasinya ke sirkulasi sistemik dan meninggalkan konsentrasi
yang cukup untuk menghasilkan efek obat yang diinginkan. Karena obat diberikan secara oral
maka dapat mengalami first pass effect, yaitu metabolisme di beberapa organ seperti usus halus,
darah, dan hati, bahkan sebelum mencapai sirkulasi sistemik (Nugroho, 2012).
Distribusi adalah pemindahan obat dari sirkulasi sistemik ke suatu area (cairan dan jaringan) di
dalam tubuh dengan bantuan protein plasma darah. Namun, dalam hal ini, hanya yang gratis
Studi in silico…(Ruswanto et al.,)
190 ISSN: 2088 4559; e-ISSN: 2477 0256
senyawa (tidak terikat protein) dalam obat dapat menembus jaringan tubuh. Obat yang terikat kuat
dengan protein memiliki ukuran molekul yang lebih besar sehingga tidak dapat menginfiltrasi pori-pori
membran untuk mencapai jaringan tubuh (Nugroho, 2012).
Tabel VI mencantumkan data permeabilitas, absorpsi HIA, dan persentase pengikatan protein
plasma untuk setiap ligan uji. Senyawa obat harus memiliki permeabilitas dan kemampuan absorpsi
yang baik di usus dan tidak terikat kuat dengan protein plasma untuk mencapai reseptor target dan
menghasilkan aktivitas biologis yang diinginkan. Berdasarkan hasil evaluasi, lima ligan uji memenuhi
kriteria, yaitu Goyaglicoside-a, Goyaglicoside-b, Goyaglicoside-c, Goyaglicoside-d, dan Momordicoside K.
Selain studi ADME, senyawa kandidat farmasi menjadi sasaran uji toksisitas. Tes ini
dapat memastikan bahwa senyawa ini aman untuk digunakan. Toksisitas obat dapat bersifat
akut (berkaitan dengan pemberian zat toksik) atau kronis karena tubuh manusia terpapar
sejumlah kecil zat dalam jangka waktu yang lama dimana zat ini terakumulasi dan mencapai
konsentrasi toksik yang mengarah pada gejala keracunan. (Mutschler, 1999).
Protein plasma
Caco-2 Sel HIA
Ligan Mengikat
Permeabilitas Penyerapan
(%PPB)
Rosiglitazone 28,61 S 97,45 B 91.09 K
Goyaglicoside-ho 18,55 S 7.19 k 59.32 L
Goyaglicoside-g 18.07 S 43.15 S 68.36 L
Momordicoside F1 28,80 S 90.25 B 91.36 K
Momordicoside G 28,80 S 90.25 B 91.36 K
Goyaglicoside-do 28,80 S 90.11 B 89.08 L
Goyaglicoside-c 28,80 S 90.11 B 89.08 L
Momordicoside I 20.50 S 85.12 B 93.13 K
Momordicoside F2 20.50 S 85.12 B 93.13 K
Goyaglicoside-b 21.81 S 84,75 B 89,54 L
Goyaglicoside-a 21.81 S 84,75 B 89,54 L
Goyaglicoside-f 18.48 S 43.19 S 76.93 L
Momordicoside K 20.83 S 84.03 B 87.59 L
Goyaglicoside-e 17.51 S 53.89 S 75,85 L
Momordikin II 20.16 S 74.14 B 91.12 K
Keterangan: B (Baik), S (Sedang), k (Buruk); K (Kuat), L (Lemah), *(Pembanding)
Dalam penelitian ini, efek toksik hanya dapat dipastikan setelah periode laten (kronis) yang cukup lama
melalui sifat mutagenik dan karsinogenik. Mutagen adalah senyawa yang menyebabkan perubahan dalam
urutan DNA dasar dan, selanjutnya, dalam protein yang dikodekan oleh gen (Mutschler, 1999), sedangkan
karsinogen adalah yang mengubah DNA dan mengubah sel normal menjadi sel tumor, memulai
pertumbuhan tumor. Oleh karena itu, efek karsinogen berkaitan erat dengan sifat mutagenik, yang diartikan
sebagai efek mutagenik (Mutschler, 1999).
Mutagenisitas senyawa diprediksi menggunakan program preADMET berdasarkan adanya
peringatan struktur — yang menurut Pratiwi dkk. (2014), menunjukkan bahwa senyawa tersebut
memiliki gugus fungsi yang dapat menyebabkan mutasi padaS. typhimurium dalam Tes Ames.
Berdasarkan hasil yang dirangkum dalam Tabel VII, 14 senyawa uji bersifat nonmutagenik tetapi
positif karsinogen bila diberikan pada tikus, kecuali Goyaglikosida-h, Goyaglikosida-f, dan
Momordicosida K.
Toksisitas
Ligan Mutagenik Karsinogenik
Ames_test Carcino_ Mouse Carcino_Rat
Rosiglitazon* Mutagenik - -
Goyaglikosida-h Non-mutagenik + -
Goyaglikosida-g Non-mutagenik + +
Momordicoside F1 Non-mutagenik + +
Momordicoside G Non-mutagenik + +
Goyaglikosida-d Non-mutagenik + +
Goyaglikosida-c Non-mutagenik + +
Momordicoside I Non-mutagenik + +
Momordicoside F2 Non-mutagenik + +
Goyaglikosida-b Non-mutagenik + +
Goyaglikosida-a Non-mutagenik + +
Goyaglikosida-f Non-mutagenik + -
Momordicoside K Non-mutagenik + -
Goyaglikosida-e Non-mutagenik + +
Momordikin II Non-mutagenik + +
* Rosiglitazone= pembanding
2009). Selanjutnya simulasi dijalankan selama 2.000 ps pada 310 K. Penambahan suhu sebagai faktor
yang mempengaruhi bertujuan untuk membuat sistem simulasi yang menyerupai kondisi normal tubuh
manusia. Suhu dapat mempengaruhi stabilitas kompleks obat-reseptor.
Gambar 6 menunjukkan bahwa setelah simulasi MD, glikosida-h melekat pada residu asam
amino Gln289, Thr287, Ser283, Gly407, Phe404, Gln274, dan Glu419 dengan membentuk ikatan
hidrogen dan pada residu Glu286, Ser409, Leu276, Ser412, Leu273, Gln375, Phe402, Cys411,
Val354, Phe406, dan Tyr385 secara hidrofobik.
Berdasarkan perubahan jenis dan jumlah residu kontak, situs pengikatan
Goyaglikosida-h telah bergeser karena konformasi protein. Satu residu tetap berinteraksi
secara hidrofobik, yaitu Phe406. Namun, ligan tidak muncul dari protein, yang
menunjukkan bahwa kompleks yang terbentuk antara ligan dan reseptor stabil pada 310
K.
Kestabilan kompleks yang dihasilkan dari proses docking diamati dari kestabilan
konformasi protein dengan menganalisis Ramachandran Plot yang dihasilkan. Plot file
PDB kompleks dianalisis di server web Rampage. Stabilitas protein ditentukan dari
jumlah residu non-glisin di daerah yang tidak diizinkan. Hasilnya disajikan pada Gambar
7.
Plot menggambarkan posisi residu asam amino pada sudut dihedral (phi) dan (psi)
dari ikatan peptida. Jumlah residu di seluruh area ditunjukkan pada Tabel VIII.
Kategori
jumlah dari
Persentase
Residu
Daerah yang paling disukai [A,B,L] 222 89,2%
Daerah yang diizinkan dengan murah hati [~a,~b,~l,~p] 27 10,8%
Daerah yang tidak diizinkan [XX] 0 0,0%
Tabel VII menunjukkan bahwa jumlah residu non-glisin di daerah terlarang adalah
0,0%. Karena tidak lebih besar dari 15%, protein setelah dilakukan simulasi dinamika
molekul dianggap stabil.
KESIMPULAN
Berdasarkan sifat farmakoforik, senyawa cucurbitacin disimpulkan aktif terhadap
reseptor RORα (Related Orphan Receptor alpha). Selanjutnya energi bebas pengikatan dari
molekuler docking dari 26 senyawa cucurbitacin pada tanaman pare (M.charantia)
menunjukkan bahwa Goyaglikosida-h adalah ligan terbaik. Hasil simulasi dinamika molekuler
pada suhu 310 K selama 2.000 ps menegaskan interaksi yang stabil dari kompleks
Goyaglikosida-h dan reseptor nuklir RORα. Berdasarkan penelitian in silico, senyawa aktif
pada tanaman pare (M.charantia) yang merupakan kandidat potensial untuk obat
antidiabetes adalah Goyaglikosida-h.
REFERENSI
Athar, M., Lone MY., Jha, PC., 2017. Penilaian target obat protein pertama dari kemiripan timbal
deskriptor untuk membuka ruang kimia yang mengintervensi. Jurnal Grafik dan Pemodelan
Molekuler, 72: 272–282.
Chawech, R., Jarraya R., Girardi, C., Vansteelandt M., Marti G., Nasri I., Sultan RC., Fabre N,
2015. Cucurbitacin dari Daun Citrullus colocynthis (L.) Schrad, Molekul, 20;18001–
15.
Choy, YB., Prausnitz MR, 2011. Aturan lima untuk rute pemberian obat non-oral: Oftalmik,
inhalasi dan transdermal. Riset Farmasi, 28(5): 943–948. Fatimah,
RN., 2015. Diabetes melitus tipe 2 [Ulasan].J Mayoritas, 4(5): 93-101.
Gunasekaran, K., Ramakrishnan, C., Balaram, P., 1996. Konformasi ramachandran yang tidak diizinkan
residu asam amino dalam struktur protein, jurnal dari Biologi Molekuler, 264: 191 – 198.
Harganingtiyas, R., 2011. Modifikasi (1R,2R,3R,5R)-(-)- isopinocampheylamine sebagai inhibitor
M2 proton channel pada virus influenza A subtipe H1N1 secara In silico, Tesis sarjana,
Jakarta: Universitas Indonesia.
Harinantenaina, L., Tanaka, M., Takaoka, S., Oda, M., Mogami, O., Uchida, M., Asakawa, Y.,
2006. Momordica charantia Skrining Konstituen dan Antidiabetik dari Senyawa Utama
Terisolasi, Kimia Farmasi. Banteng., 54(Juli):1017–21.
Departemen Kesehatan Republik Indonesia., 1995. Materia Medika Indonesia, Jilid VI, Jakarta: Direktorat
Jendral Pengawasan Obat dan Makanan.
Jiang, B., Ji, M., Liu, WEI., Chen, L., Cai, Z., Zhao, Y., Bi, X., 2016. Aktivitas antidiabetes dari a
senyawa triterpenoid tipe cucurbitane dari Momordica charantia pada tikus diabetes yang
diinduksi aloksan, Laporan Kedokteran Molekuler, 14: 4865–72.
Kojetin, DJ., Burris, TP., 2014, reseptor nuklir REV-ERB dan ROR sebagai target obat, Alam
Ulasan: Penemuan Obat, 13: 197-216.
Kurniawan , F., Miura, Y , Kartasasmita, RE., Mutalib A, 2018. Studi In Silico, Sintesis, dan
Aktivitas Sitotoksik Derivatif Porfirin, Farmasi, 11(1):1–18.
Levita, J., Mustarichie, R., 2012, Pemodelan Molekul Dalam Kimia Medisinal, Yogyakarta: Graha
Ilmu.
Liu, X., Ouyang, S., Yu. B., Liu, Y., Huang, K., Gong, J., Jiang, H., 2010, Server PharmMapper: A
web server untuk identifikasi target obat potensial menggunakan pendekatan pemetaan farmakofor.
Penelitian Asam Nukleat, 38(SUPPL. 2): 5–7.
Laskowski, RA., Swindells, MB., 2011. LigPlot + : Beberapa ligan diagram interaksi protein untuk
penemuan obat, Model J Chem Inf, 51(10): 2778–86.
Mulyanti, S., Musthapa, I., Aisyah, S., 2010. Isolasi dan karakterisasi senyawa metabolit sekunder
dari fraksi aktif antidiabetes daging buah paria (Momordica charantia Linn), Jurnal Sains dan
Teknologi Kimia, 1(2): 191-199.
Murakani, T., Emoto, A., Matsuda, A., Yoshikawa, M., 2001. Bahan Makanan Obat. XXI.1,
Struktur glikosida triterpen tipe cucurbitane baru, goyaglikosida-a, -b, -c, -d, -e, -f, -
g, dan -h, dan saponin triterpena tipe oleanane baru, goyasaponin i, ii, dan iii, dari buah
segar momordica charantia L jepang. Kimia Farmasi. Banteng., 49(1): 54–63. Mutschler, E.,
1999.Dinamika Obat: Farmakologi dan Toksikologi, Ed.5. Bandung: Penerbit ITB. Nugroho, AE.,
2012.Farmakologi: Obat-Obat Penting dalam Pembelajaran Ilmu Farmasi dan
Dunia Kesehatan, Yogyakarta: Pustaka Pelajar.
Nurbaiti, S., 2009. Stabilitas Termal dan Pergerakan Dinamis Klenow-like DNA Polymerase I ITB-
1 Berdasarkan Simulasi Dinamika Molekul, Disertasi, Program Studi Kimia-Institut
Teknologi Bandung.
Nakamura, S., Murakami, T., Nakamura, J., Kobayashi, H., Matsuda, H., Yoshikawa. M., 2006.
Struktur Triterpen dan Glikosida Tipe Cucurbitane Baru, Karavilagenin dan Karavilosida,
dari Buah Kering Momordica charantia L. di Sri Lanka. Kimia Farmasi. Banteng.,
54(November): 11-6.
Pratiwi, D., Insanu, M., Damayanti, S., 2014. Prediksi Toksisitas Senyawa Antioksidan Alami Dan
Analisis Interaksinya Terhadap Reseptor Vegf-1 Menggunakan Metode Molecular Docking,
Farmagazin, 1(1): 1-9.
Purnomo, H., 2013. Kimia Komputasi Uji In Silico Senyawa Antikanker, Yogyakarta: Pustaka
Pelajar.
Ruswanto, R., Nofianti, T., Mardianingrum, R., Lestari. T., Sepriliani, A., 2018. Desain dan Studi
Senyawa In Silico Turunan Kuwanon-H sebagai Kandidat Obat Desain Anti HIV dan Studi In
Silico Kuwanon-H sebagai Kandidat Obat Anti HIV, Jurnal Kimia Valensi, 4(1): 57– 66.
Ruswanto, Mardianingrum, R., Novitriani, K., 2015. Sintesis Dan Studi dalam Siliko Senyawa 3-Nitro-
N'-[( Pyridin-4-YI) Carbonyl] Benzohydrazide Sebagai Kandidat Antituberkulosis, Jurnal
Chimica et Natura Acta, 3(2): 54-61.
Ruswanto, Richa M., Tita N, Tresna L, 2017. Docking Molekuler 1-Benzoyl-3-Methylthiourea
sebagai Kandidat Anti Kanker dan Prediksi Penyerapan, Distribusi, dan Toksisitasnya,
Jurnal Ilmu dan Penelitian Farmasi, 9(5): 680–684.
Ruswanto, R., Mustaqim, I., Tuslinah, L., Mardianingrum, R., Lestari, T., Nofianti, T., 2018.
Kuersetin: Penghambat Uridin 5-Monofosfat Sintase sebagai Kandidat Antikanker,
Alkimia:Jurnal Penelitian Kimia, 14(2):236–52.
Tambunan USF, Harganingtyas, R., Parikesit AA, 2012. Modifikasi In silico (1R, 2R, 3R, 5S)-
(-)- Isopinocampheylamine sebagai Inhibitor M2 Proton Channel pada Virus Influenza A
Subtipe H1N1, Menggunakan Pendekatan Molecular Docking. Tren Bioinforma, 5:25–46.
Torshin, IY, Uroshlev, LA, Esipova NG, Tumanyan, VG, 2016. Statistik Deskriptif dari
Daerah Terlarang dan Berbagai Struktur Sekunder Protein Dalam Rangka Mempelajari
Twisted Jepit Rambut, Biofisika, 61(1): 2–3.
Wallace, AC, Laskowski, RA, Thornton, JM, 1996. LIGPLOT: Program untuk Menghasilkan
Diagram Skema Interaksi Protein-Ligan. Rekayasa Protein 8(2): 127-134. Wulandari,,
EK, 2010.Karya Pascasarjana Kimia: Analisis Interaksi Histon Deacetylase
(HDAC) Kelas II Homo Sapiens dengan Suberoyllanilide Hydroxamic Acids (SAHA) dan
Trichostantin A (TSA). Depok: Jurusan Kimia FMIPA UI.
Yoshikawa, M., Morikawa, T., Kobayashi, H., Nakamura, A., Matsuhira, K., Nakamura, S.,
Matsuda H, 2007. Saponin dan Glikosida Bioaktif. XXVII. Struktur Glikosida Triterpen
Tipe Cucurbitane Baru dan Konstituen Antialergi dariCitrullus colocynthis, Kimia
Pham. Banteng., 55(3): 428–34.
Yuda, IKA., Anthara, MS, Dharmayuda AAGO, 2013. Identifikasi golongan senyawa kimia
ekstrak etanol buah pare (Momordica charantia L) dan pengaruhnya terhadap penurunan kadar
glukosa darah tikus putih jantan (Rattus novergicus) yang diinduksi aloksan, Buletin Dokter
Hewan Udayana, 5(2): 87-95.