Praktikum Kimia Organik Daring

PRAKTIKUM 1
PEMBUATAN STRUKTUR DAN SIFAT FISIKA-KIMIA SENYAWA
Tujuan:
Membuat struktur senyawa organik dan sifat – sifat fisika – kimia menggunakan
ChemDraw dan Chem3D

Teori Dasar

Chemoffice merupakan salah satu software yang digunakan untuk membuat sstruktur
kimia dengan mudah dan digunakan untuk menggambar secara 2 dimensi dan 3 dimensi.
Struktur 2D akan terlihat dalam satu bidang datar sementara struktur 3D akan terlihat seperti
struktur ruang.
ChemDraw merupkan software kimia dari produk CambridgeSoft.inc. ChemDraw
merupakan salah satu program aplikasi dari Chemoffice yang digunakan untuk menggambar
struktur 2D dalam bidang ilmu kimia, terutama kimia organic,biokimia, dan polimer.
Software ini dilengkapi dengan tool-tools yang mewakili berbagai macam bentuk ikatan yang
dapat digunakan untuk menyusun struktur kimia sehingga memudahkan dalam
penggambaran struktur kimia suatu senyawa, bahkan yang kompleks sekalipun. Dapat pula
untuk berbagai bentuk konformasi dan dalam bentuk proyeksi.
Struktur-struktur tertentu yang telah umum dapat digambar secara langsung dengan
meng-klik tool, misalnya seperti struktur cincin benzene, siklopentana, sikloheksena dan
senyawa siklik lainnya. Tools yang ada jga menyajikan gambar struktutr untuk asam amino,
DNA, RNA dll yang terdapat pada template. Selain itu ChemDraw dilengkapi dengan
peringatan jika terjadi kesalahan dalam penggambaran struktur kimia. Peringatan tersebut
biasanya berwarna merah yang mengelilingi struktur yang salah.
Keunggulan lain dari ChemDraw yaitu dapat sekaligus digunakan untuk menganalisis
struktur kimia yang telah dibuat dengan menggunakan Analys Structure yang terdaat pada
menu Structure. Analisis yang dapat dilakukan antara lain sifat kimia fisika dari struktur yang
dibuat, misalnya titik didih, titik leleh, berat molekul (BM), molar refraction (MR),
temperature, takanan dll. Sealin itu juga dapat diketahui puncak-puncak dari NMR proton dan
karbon. Kemudian dengan penggunaan ChemDraw 3D dapat digambar struktur 3D dari
senyawa obat, dapat diprediksikan struktur kimia suatu senyawa yang paling stabil dengan
enegi yang paling minimum, dan dapat mengetahui panjang ikatan antar atom.

1. ALAT

1
 Praktikum Kimia Organik Daring

- Komputer yang terinstal Program computer Chemoffice 2008

- Struktur yang ditentukan: Monoamonium Fosfat, Epklorohidrin, Metil Metakrilat,
Dodekil Benzena, Benzyl Alkohol, Ramdesivir, Diaseton alkohol, Benzil Salisilat,
PLA, Linalool, tokoferol.
2. CARA KERJA
Mencari Data Sifat Kimia Fisika Senyawa

Gambar struktur kimia obat. Beri kotak pada struktur tersebut.

Tekan View, tekan Show Analyze Window, lalu Paste maka dapat diketahui
formula, berat molekul dan analisis elemen dari senyawa obat

Tekann View, tekan Show Chemical Properties Window lalu tekan Paste
maka akan dapat diketahui sifat kimia fisika seperti : titik didih, titik lebur, nilai
log P, refraksi molar, panas pembentukan dll dari senyawa obat

Tekan Report, maka akan diketahui nilai sifat kimia fisik tersebut dan sumber
pustakanya

Menggambar Struktur 3-Dimensi Senyawa Obat

Beri kotak pada struktur kimia senyawa obat

Tekan Copy. Buka program CS Chem3D Ultra (Tekan Start, tekan program,
tekan Chemoffice Ultra 2006, Tekan Chem3D)

Tekan Paste maka akan terlihat struktur 3Dimensi senyawa obat yang ingin
dibuat

Mencari gambaran Struktur 3-Dimensi dalam bentuk yang paling stabil (Energi
minimum)

Buat struktur 3D suatu senyawa obat

Tekan Calculation, kemudian tekan MM2

2
Tekan Minimized Energy

Tekan Run.Amati perubahan struktur sehingga terbentuk struktur 3D senyawa

 Praktikum Kimia Organik Daring

Tanda Tangan asisten:

Nama :

NIM :

Kelompok :
DATA PRAKTIKUM 1
PEMBUATAN STRUKTUR DAN SIFAT FISIKA-KIMIA SENYAWA

3
 Praktikum Kimia Organik Daring

4
 Praktikum Kimia Organik Daring

PRAKTIKUM 2.
MERANCANG SINTESIS KIMIA
Tujuan:
Merancang suatu sintesis kimia menggunakan software ChemOffice

Dasar Teori
Kimia organik adalah salah satu bidang ilmu kimia yang mempelajari struktur, sifat
dan komposisi suatu senyawa. Kimia organik juga sering disebut sebagai kimia karbon,
karena unsur yang dipelajari dalam kimia organik adalah unsur yang mengandung karbon,
hidrogen, oksigen, biasanya dengan tambahan nitrogenm belerang, dan fosfor. Setiap
makhluk hidup tersusun atas senyawa organik karena dahulu kala banyak senyawa yang
disintesis dari makhluk hidup, seperti selulosa, pati, lemak, dll.
Molekul adalah bagian terkecil yang tidak terpecah dari suatu senyawa kimia murni
yang masih mempertahankan sifat kimia dan sifat fisika yang unik. Suatu molekul terdiri dari
dua atau lebih atom yang satu sama lain. Sebagai contoh dituliskan dalam rumus kimia.
Rumus kimia suatu molekul tersebut menunjukan banyak jenis dan jumla atom yang
menyusun molekul tersebut.
Memvisualisasikan struktur molekul agar mendekati keadaan sebenarnya, dapat
menggunakan model molekul sederhana (molymod), yang kemudian dilukiskan dengan
rumus baji (dimensional), rumus bola pasak, proyeksi Newman, dan proyeksi fischer.
Perkembangan dewasa ini visualisasi melalui pemodelan molekul menggunakan software
ChemOffice agar mudah memahami interaksi antar molekul atom.
Visualisasi mekanisme reaksi dapat membuka celah untuk memahami produk yang
mungkin dapat terjadi. Terlepas benar atau salah dalam merancang suatu mekanisme reaksi,
hasil yang sebenarnya dapat dibuktikan dari suatu analisa seperti spektro NMR, GC-MS
ataupun LC-MSMS terhadap hasil suatu sintesis.

Metode:

Alat : perangkat lunak komputer yang terinstal ChemDraw dan Chem 3D

Tugas setiap kelompok:

5
 Praktikum Kimia Organik Daring

O
O OH
H H

+
OH
OH
OH
O
O
+ H H O
HO H2SO4

O O

O
CH3ONa OCH3

OCH3
CH3OH

6
 Tanda Tangan asisten:
Nama : Praktikum Kimia Organik Daring

NIM :

Kelompok :
DATA PRAKTIKUM KE-2
MERANCANG SINTESIS KIMIA

7
 Praktikum Kimia Organik Daring

PRAKTIKUM 3
ENERGI IKATAN SINTESIS PARACETAMOL

Tujuan Praktikum
Menghitung energi ikatan pada sintesis Paracetamol

Dasar Teori
Parasetamol adalah derivat para amino fenol dan digunakan sebagai obat
pereda demam, paracetamol sangat luas di dunia Kesehatan digunakan juga sebagai
sakit kepala dan nyeri yang paling banyak dipergunakan. Senyawa ini dikenal dengan
nama lain asetaminofen, merupakan senyawa metabolit aktif fenasetin, namun tidak
memiliki sifat karsinogenik (menyebabkan kanker) seperti halnya fenasetin.
Parasetamol memiliki sebuah cincin benzena, tersubstitusi oleh satu gugus hidroksil
dan atom nitrogen dari gugus amida pada posisi para (1,4). Senyawa ini dapat
disintesis dari senyawa asal fenol yang dinitrasikan menggunakan asam sulfat dan
natrium nitrat. Parasetamol dapat pula terbentuk apabila senyawa 4-aminofenol
direaksikan dengan senyawa asetat anhidrat. Parasetamol memiliki massa jenis 1,263
gr/cm3, massa molar 151,17 gr/mol, titik leleh 168 – 172 0C. Parasetamol adalah obat
analgesik dan antipiretik yang populer dan digunakan untuk melegakan sakit kepala,
sengal-sengal dan sakit ringan, dan demam.
Parasetamol dapat dibuat dari senyawa 4-aminofenol yang direaksikan dengan
senyawa asetat anhidrat. Sintesis pareasetamol yang umum dilakukan adalah:
OH O
OH O O O
+
+
O N OH
H
H2N

P-aminofenol merupakan padatan warna putih, dengan titik lelehnya 190 0C,
titik didihnya 284 0C dan dapat larut dalam air dengan kelarutan 16 g/l. Berat jenis
1,29 g/ml pada suhu 20 C. Titik nyala pada 195 ºC . Bersifat racun jika tertelan
dengan ambang batas 1 mg/kg per hari. Dapat bersifat racun untuk jangka panjang
jika terlarut dalam perairan.
Anhidrida asetat tidak berwarna, berbau seperti asam etanoat. Titik lelehnya
-730C, titik didihnya 1390C dan sedikit larut dalam air. Berat jenis uapnya 3,52 g dan
tekanan uapnya 4 mmHg. B i l a dilarutkan dalam air akan langsung bereaksi

8
 Praktikum Kimia Organik Daring

membentuk asam asetat, dan sangat larut dalam alkohol dan eter. Merupakan asam
yang kuat, sehingga uapnya menyebabkan iritasi pada mata apabila terhirup
akan menyebabkan iritasi pada saluran pernafasan. Titik nyala pada 54ºC . Senyawa
ini tidak berwarna dan berbau cuka karena reaksinya dengan kelembaban di udara
membentuk asam asetat.

Metode:

Alat : perangkat lunak komputer yang terinstal ChemDraw dan Chem 3D

Langkah – langkah pengerjaaan:

 Langkah pertama : Gambarkan semua senyawa yangyang terlibat dalam sintesis

Parasetamol menggunakan perangkat lunak ChemOffice 2010 yaitu ChemDraw Ultra
10.0.
 Langkah yang kedua : Hitung energi dari masing-masing senyawa dengan
menggunakan aplikasi Chem3D Ultra 10.0.
o gunakan metode MM2 dengan RMS Gradien 0,100.
 Menu  Calculation  MM2  Minimize energi  Run.
o gunakan metode HF dengan basis STO-2G dan 6-311G.
o gunakan metode DFT (B3LYT) dengan basis STO-2G dan 6-311G.
 Menu  Calculation  Minimaze energi  Metode DFT (B3LYP) 
basis set (STO-2G dan 6-311G)  Run.
 Langkah ketiga : lakukan perhitungan energi molekul tersebut menggunakan Chem3D
Ultra 10.0 dengan metode DFT, HF, dan MM2.

9
 Tanda Tangan asisten:
Nama : Praktikum Kimia Organik Daring

NIM :

Kelompok :
DATA PRAKTIKUM KE-2
ENERGI IKATAN SINTESIS PARACETAMOL

METODE
Macam
Teori energi HF DFT
Energi
ikatan MM2
STO-2G 6-311G STO-2G 6-311G
∆H

Ea

Perhitungan
Metode Teori Energi Ikat
∆H = ∑energi produk – ∑energi reaktan

Ea = ∑energi transisi - ∑energi reaktan

Metode MM2
∆H = ∑energi produk – ∑energi reaktan

Ea = ∑energi transisi - ∑energi reaktan

Metode HF
 STO 2G
∆H = ∑energi produk – ∑energi reaktan

10
 Praktikum Kimia Organik Daring

Ea = ∑energi transisi - ∑energi reaktan

 6-311G
∆H =∑energi produk – ∑energi reaktan

Metode DFT

 STO 2G
∆H = ∑energi produk – ∑energi reaktan

Ea = ∑energi transisi - ∑energi reaktan

 6-311G
∆H =∑energi produk – ∑energi reaktan

11
 Praktikum Kimia Organik Daring

Referensi
Bayu Prianto. “Pemodelan Kimia Komputasi.” Lapan.
https://www.researchgate.net/profile/Bayu_Prianto2/publication/304111673_PEMODELAN_
KIMIA_KOMPUTASI/links/5766ac6608aeb4b998097aec/PEMODELAN-KIMIA-
KOMPUTASI.pdf.
Intan Ayu Apriliana. “Perbandingan Energi Pada Molekul 3,5-Diamino-1,2,4-
Triazolamenggunakan Metode Dft, Hf Dan Mm2 Dengan Basis Set Bervariasi,” Jurnal
Komputasi Kimia, 15 (19 Juni 2013). https://www.scribd.com/doc/148721482/jurnal-
aplikom-me.
Anonim. Praktikum Kimia Komputas: Membuat struktur dan Menghitung Energi.
https://www.academia.edu/29017643/Kimia_Medisinal

12