Sistematika Struktur sel khas: ada tidaknya alat gerak,

flagella yg panjang, cilia yg lebih pendek,

Mikroorganisme apakah dalam sel ada spora, apakah sel
dibungkus kapsul

Koleksi strain dg kemiripan sgt tinggi dlam Perlu mikroskop minimal perbesaran 1000x
karakter2 tertentu, terutama:
ULTRASTRUCTURE MORPHOLOGY:
1. Menggunakan dna hybridisasi, harus menggunakan mikroskop elektron,
dipastikan strain tersebut memiliki mengamati bentuk sel lebih jelas. Mengamati
hibridisasi DNA 70% hingga lebih apakah sel bakteri tsb memiliki asesori
dari anggota spesies yang sama (flagella, cilia), dihasilkan dimana (polar saja,
2. Dari identitas sekuens gen 16S rRNA atau seluruh permukaan sel) jumlah (satu atau
maka cut of value utk spesies konsep banyak)
adalah 98,5% atau lebih
Transmission Electron Microscope:
MORFOLOGI mengetahui lebih dalam kondisi organel2 dlm

Dilakukan pengamatan makroskopik, yaitu sel atau granul2 yg dihasilkan

pengamatan koloni yg ditumbuhkan di MORFOLOGI

medium padat/cair.
- Staining (pewarnaan utk bakteri)
- Warna, ukuran - Gram stain (mengetahui apakah
- Bentuk, tepi koloni bakterinya gram positif atau negatif,
- Permukaan koloni reaksi ini bisa menghasilkan hasil

Untuk mengetahui jenis spesies tidak bisa sesuai bila usia biakan yang

hanya melalui karakter morfologi digunakan masih muda, tidak lebih

dari 24 jam. Karna jika digunakan sel
Pembentukan tabung, dilihat dihasilkan slime
yg tua, hasilnya bisa ambigu)
atau lendir tidak di bawahnya. Bakteri
- Acid-fast staining (apakah tahan
menghasilkan komponen polisakarida
asam)
ekstraseluler, menumpuk di bagian dasar
- Sudan Black Staining (apakah
koloni (bagian bawah medium).
menghasilkan cellular liphophilic,
Morfologi mikroskopik harus diamati, bentuk bisa pemanfaatan polyhydroxybutyric
selnya coccus, batang, ataupun spirillum. acid atau biodegradable plastic)
- pengecatan lain (spora, kapsul)
Susunan sel: diplococus, streptococcus dll
PHYSIOLOGICAL AND BIOCHEMICAL Karakteristik fenotipik digunakan dalam
DATA bakteri

Dilakukan utk deskripsi spesies baru Sebelum ada karakter molekuler,

digunakan karakteristik morfologi yang
FISIOLOGI DAN BIOKIMIA
tradisional
- Kemampuan tumbuh (ph, suhu,
Labor consuming: memerlukan tenaga
konsentrasi NaCl apakah 0-5%.
kerja yang besar
Daerah sulfur biasana optimal
NaCl 0%, klo marine 2-3%, Oleh karena itu, scientist memiliki ide agar
halofilik 5%) beberapa tes speerti genotypic
- Aktivitas enzimatik, pemanfaatan characterization dibuat lebih kompleks
substrat, ketahanan terhadap dan dibuat sebagai identifikasi bakteri,
antibiotikt ertentu sehingga kemudian scientist menghasilkan
- Metode cepat: API dan Biology test suatu inovasi2 membuat rapid tests
plates bakteri.

Note: Rapid tests adalah bentuk modifikasi dari

uji2 tradisional yg sudah dimodifikasi spt
- Harus membandingkan
API system dan Biolog Microbial ID
ANALISIS SEROLOGICAL System

Beberapa bakteri bisa digunakan sebagai Sangat dibutuhkan di RS, untuk

alat untuk identifikasi, jadi bisa gunakan mengetahui patogen pasien agar therapy
terutama untuk mendeteksi spesies tepat. Kalau identifikasi salah, terapi bisa
tertentu. Biasanya molekulnya berada gagal. Maka, identifikasi spesies patogen
pada protein, polisakarida berada di butuh hasil akurat.
permukaan sel, spt dinding sel. Molekul
API: alat identifikasi berdasarkan
berfungsi sebagai antibodi dan antigen.
numerical taxonomy, berdasarkan
Deteksinya merupakan interaksi spesifik
karakteristik fisiologi dan biokimia dari
antara antigen dan antibodi
kemiripan database plus minus tiap
Bakteri sel diberikan antibodi, bagian pengujian
permukaan spt dinding sel dan glucocalyx
API kit terdiri atas reagen, suspensi (untuk
berfungsi sebagai antigen yg bisa
mensuspensikan bakteri), setelah itu
emnangkap antibodi. Bisa digunakan
suspensi dimasukkan ke ruangan sumur2
untuk identifikasi Streptococcus pyogenes
kecil, diinkubasi, lalu terlihat hasil positif 1. Bakteria ditumbuhkan
atua negatif 2. Preparasi fatty acid methyl ester
3. Dianalisis dengan GC (gas
Dibutuhkan isolat yang fresh (24 jam),
chromatography)
dimasukkan ke suspension medium,
4. Hasil peak diidentifikasi
diinokulasikan ke masing2 sel yang di
berdasarkan profil fatty acid yang
dalamnya sudah ada jenis2 karbon
dimiliki spesies bakteri dalam
berbeda, dimasukkan ke incubator utk
software. Databasenya offline
diinkubasi. Setelah 24-48 jam, diberi
reagen Identifikasi tipe quinon menggunakan
standar, ditunjukkan dg HPLC
Dimasukkan ke alat biolog di tengah,
terkoneksi software di PC. Setelah Analisis polar lipid diketahui memiliki
diinkubasi 24-48 jam, akan terlihat reaksi keragaman pada prokariot, terdapat pd sel
apakah positif atau negatif. Hasil tes akan membran
dicocokkan dg semua spesies yg ada di
Berkaitan dg permeabilitas membran, jd
database software, nanti keluar similarity
struktur polar lipid dilihat jenisnya. Jenis2
search, carinya all species. Nati ketauan
polar lipid yg menyusun membran bakteri
musal 95% berasal dari E.coli
scr taksonomi spesifik
Proses:: menumbuhkan bakteri, belek
Multilocus sequencing: melihat variasi yg
biakannya, tusukkan ke dlm suspensi,
sama
………, dimasukkan ke alat biolog,
diinkubasu, diajakn soalnya Tiap metode punya kemampuan berbeda
untuk memisahkan karakter taksonomi
Uji cukup cpt, hanya butuh 48 jam. Stlh
inkubasi, dibaca maksimal 48 jam MLST: biasanya dilakukan terhadap gen2
selain 16S, yaitu gen2 housekeeping yg
Biolog mengklaim sistem sgt akurat utk
bervariasi
bbrp common species
Gen 16S relatif conserved, bermutasi
Karakter fenotipik tidak merefleksikan,
lambat, karena ini gen yg sgt penting
karna dikode beberapa, sangat
untuk sintesis protein, jadi kalo ga
dipengaruhi banyak faktor, seperti
conserve protein gaakan sintesis dan
substrat pertumbuhan, temperatur, ph,
memengaruhi fungsi gen. cukup panjang
suhu, apakah menghasilkan enzim atau
juga, cukup memisahkan sampai tk.
senyawa antimikroba
Spesies
PROSEDUR ANALISIS FATTY ACID
Spesies yg sama similaritynya 98,5% Butuh 53 lokus, klo tk. Cloje butuh analisis
sampai 100%. Di atas 98.5% biasanya full genome
spesies yg sama, tp blm tentu juga karna
Saat ini, dlm deskripsi spesies baru,
gen 16S sgt conserve
diwajibkan ful genome, mengganti DNA
MLSA (multilocus sequence analysis): hybridization
minimal 12 gen
Kalau nilai nucleotide berkorelasi postiif
Utk 16S 1 locus hanya bisa identifikasi dg DDH. Kalo nilai ANI lebih dr 95%,
sampai tk. Genus. Walau beberapa spesies, setara dg 75% similarity DNA d…
bisa dipisahkan berdasarkan 16S hybridization.

Tapi sebagian genera tidak bisa, 16S sgt
identik, tidak ada perbedaan antar spesies
shg tdk cukup. Butuh analisis sequence gen
lain
Untuk bisa analisis hub. Kekerabatan tk.
Spesies, bisa analisis 7 gen/7 lokus yg lain
shg bisa memisahkan spesies dari yg
closely related
Utk tingkatan strain, butuh multilocus
sequence typing, minimal ada 53 lokus,
bisa dipisahkan.
Menggunakan whole genome sequence yg
>500 locus, dilihat apakah
memisahkan dr tk. Strain, meroclone,
clone.
Maka, nilai ANI bisa menggantikan DDH
yg sgt laborious dan hasilnya kadang tidak
reproducable. Klo analisis whole genome
sequence, nilai sudah pasti, tidak akan byk
berubah
Nomenklatur bakteri bisa digunakan
website bacterio.net
Klo pake NCBI, blastnya menggunakan
seluruh data sequence, bukan hanya dr
strain tp non type strain juga. Jadi
kemungkinan data salah bisa dianulir dg
hanya menggunakan pencarian BLAST dg
menggunakan
bisa

Makin byk informasi yg digunakan dlm

identifikasi bakteri, semakin akurat juga
hasil identifikasinya sesuai pada tingkatan
taksonominya

Untuk memisahkan spesies bakteri,

sequence 1 lokus tdk cukup, harus ada
tambahan analisis sequence gen lain.