Sistem GeneXpert memberikan hasil pemeriksaan melalui pengukuran sinyal fluoresensi dan algoritme perhitungan otomatis. Hasil pemeriksaan TCM akan menunjukkan ada tidaknya DNA Mycobacterium tuberculosis kompleks dan ada tidaknya mutasi penyandi resistansi rifampisin, serta perhitungan semikuantitatif jumlah basil pada spesimen berdasarkan nilai Ct (high, <16; medium, 16–22; low, 22–28; very low, >28). Adapun interpretasi hasil dapat dilihat pada Tabel 6.1. Gambar 5.22 Contoh Hasil MTB DETECTED; Rif Resistance DETECTED. Semua kurva menunjukkan kenaikan mengindikasikan ada gen MTB yang teramplifikasi, kecuali satu kurva. Hal tersebut mengindikasikan bahwa terdapat mutasi pada gen rpoB di daerah probe B, sehingga probe B tersebut tidak dapat mengamplifikasi gen. Hal yang sama dapat terjadi pada probe A-E (Sumber: GeneXpert Training Package, Global Laboratory Initiative) Gambar 5.24 Contoh hasil MTB DETECTED; Rif Resistance INDETERMINATE. Terdapat mutasi gen rpoB yang, akan tetapi resistansi rifampisin tidak dapat ditentukan karena sinyal penanda resistansi tidak cukup terdeteksi (Sumber: GeneXpert Training Package, Global Laboratory Initiative) Gambar 5.25 Contoh hasil MTB NOT DETECTED. Hanya ada satu kurva yang mengalami kenaikan, yaitu SPC sebagai kontrol bahwa reaksi PCR berjalan dengan baik. Namun demikian, tidak terjadi kenaikan kurva pada probe A-E dikarenakan tidak terdapat DNA MTB di dalam sampel (GeneXpert Training Package, Global Laboratory Initiative).