TOPIK

ENZIM dan KOENZIM-1

Pendahuluan

Klasifikasi enzim

Dasar dan Mekanisme kerja enzim

I Nyoman Suarsana
Kinetika Reaksi Enzimatis
LOGO
Faktor yang mempengaruhi reaksi enzimatis

Regulasi aktivitas enzim

LAB. BIOKIMIA VETERINER Kofaktor: koenzim, apoenzim, proenzim

FAKULTAS KEDOKERAN HEWAN Fungsi Biomedis Enzim
1 2 Company Logo

Tujuan pembelajaran PENDAHULUAN

vMengetahui klasifikasi, dan tata nama 1. Sel sebagai reaktor kimia

enzim
2. Distribusi enzim dan struktur sel
vMengetahui mekanisme dan dasar
kerja enzim 3. Enzim ekstrasel dan intrasel
vMengetahui faktor-faktor yang 4. Perkembangan pengetahuan tentang
mempengaruhi kerja enzim enzim
vMengetahui hambatan kerja enzim 5. Enzim dan penyakit
vMengetahui peran enzim dalam
diagnosis penyakit

3 Company Logo 4 Company Logo

1
 Sel sebagai reaktor kimia Sel sebagai reaktor kimia

vSel makhluk hidup dengan ukuran sangat

kecil dipandang sebagai reaktor kimia
vSel pusat metabolisme energi
vDalam sel reaksi berjalan tidak secara acak,
tetapi sangat terarah
Eukariotik
vDalam sel terdapat suatu mekanisme dengan
berbagai subsistem yang bekerja secara KHAS
(SPESIFIK) yang memungkinkan makhluk hidup
menghasilkan senyawa (produk) dengan
berbagai tingkat kerumitan struktur molekul
Prokariotik
5 Company Logo 6 Company Logo

Distribusi enzim dan struktur sel

vSel menjalankan ratusan bahkan ribuan § Lisosom: enzim yang mengkatalis reaksi
macam reaksi sekaligus hidrolisis (ribonuklease, asam foafatase)
vDengan teknik histokimia, sitokima, § Inti sel: enzim yang berperan dalam
fraksinasi sel: diketahui distribusi dan biosintesis asam nukleat (DNA, RNA)
lokasi berbagai enzim dalam sel.
§ Mitokondria: enzim yang berhubungan § Sitoplasma: enzim glikolisis, glukonegenesis,
dengan reaksi oksidasi-reduksi sintesis asam lemak,
• Siklus Krebs § Ribosom: enzim biosintesis protein
• Oksidasi lemak § Retikulum endoplasma: enzim sintesis lipid,
• Katabolisme asam amino sintesis steroid
• Fosforilasi oksidatif
§ Membran plasma: enzim ATPase (sistem
• Transport elektron
tranpor bergantung energi), transpor Na+, K+
7 Company Logo 8 Company Logo

2
 Perkembangn Pengetahuan tentang
Enzim ekstrasel dan intrasel
enzim

vSel dipandang sebagai reaktor kimia, maka vManusia telah lama mengenal enzim: dalam
enzim berada dan bekerja menjalankan bentuk pengetahuan praktis empiris dan
fungsinya di dalam sel disebarkan secara tradisional
vKesalah pahaman: dengan menganggap enzim § Mengolah bahan makanan dengan enzim
terdapat dan bekerja diluar sel dan pada
umumnya yang dimaksud adalah enzim plasma § Kebiasaan membuat minuman yang diragikan
§ Keperluan diagnosis: diukur enzim plasma, § Pengolahan susu menjadi: yoghurt, koumis,
serum. kefir, keju dll.
vEnzim ekstrasel § Pembuatana tape, tempe
§ Penelitian: enzim-enzim pencernaan
vYang pasti enzim ekstrasel dan intrasel:
keduanya disintesis oleh sel di dalam sel
9 Company Logo 10 Company Logo

v Enzim berperan dalam proses pencernaan
§ Réumur (1963-1727) Perancis:
• melakukan percobaan pemberian daging yang dimasukan
dalam bola-bola kecil pada burung elang.
§ Spallanzani (1729-1799) Itali:
• melakukan percobaan pemberian daging yang dimasukan
dalam tabung kayu yang dilapisi kain
• Pengambilan cairan lambung, dan dicobakan ternyata dapat
melumatkan daging
§ William Beaumont (1785-1853) AS:
• Melaporkan secara rinci proses pencernaan pada lambung
manusia yang intinya sama dengan yang diamati pada
burung elang
• Pengamatan dilakukan pada lambung manusia penjelajah
Alexis St. Martin, yang mengalami luka terbuka pada
perutnya
11 Company Logo
vKarakteristik dan sifat kimia dari enzim
§ Awalnya diantara peneliti enzim,
menggolongkan bahan ini kedalam PROTEIN
ditentang keras.
§ Pekelharing dan Ringer (1900):
• Banyak kesamaan antara enzim dan protein
(protein getah lambung dengan pepsin mempunyai
sifat-sifat sama)
§ Summer (1926)
• Kristal, sifat fisikokimia enzim urease sama dengan
protein
12 Company Logo

3
 Enzim dan Penyakit

§ Kunitz,Herriots, Anson dan Northrop (1931): vKalangan kedokteran dan kedokteran

• Berhasil mengkristalkan pepsin yang sama hewan: memanfaatkan pengetahuan
dengan peneliti Summer. enzim untuk tujuan DIAGNOSIS dan
• Enzim adalah PROTEIN, telah diterima secara PENGOBATAN
luas dan tidak ada lagi pertanyaan
§ Wolgemuth (1908):
§ Emil Fischer (1894):
• Enzim amilase dalam urine, meningkat jumlahnya
• Sudah meneliti spesifisitas kerja enzim (meskipun pada radang pankreas
sifat kimia enzim sbg protein belum diakuai). Hasil
gagasanya dikenal sebagai: MODEL KUNCI DAN § Kay, Kings, Bodansky dan Roberts (1920-
ANAK KUNCI (Lock and Key) 930):
§ Michaelis dan Menten (1913) • Enzim fosfatase alkali, penyakit hati
• Pengetahuan tentang kinetika reaksi enzimatik: § LaDue, Wroblewski dan Karmen (1955):
yang dikenal dengan persamaan Michaelis- • Enzim SGOT
Menten
13 Company Logo 14 Company Logo

KLASIFIKASI ENZIM There are six functional classes of enzymes

v Penggolongan dan tata nama enzim

1.Tata nama berdasarkan substrat
▪Jika dikatalis adalah glukosa: enzim glukase
2.Tata nama berdasarkan jenis ikatan kimia substrat
▪ Jika dikatalis ikatan peptida: enzim peptidase
▪ Jika dikatalis ikatan ester: enzim esterease
▪ Jika dikatalis ikatan nukleotida: enzim nukleotidase
3.Tata nama berdasarkan jenis reaksi
▪ Untuk mengoksidasi glukosa: enzim glukosa oksidase
▪ Enzim yang mengkatalis pemindah gugus dinamai :
tranferase, contoh untuk memindahkan gugus NH2: enzim
lebih khas dinamai: enzim amino transferase
15 Company Logo 16 Company Logo

4
v Komisi International Union of Bhiocemistry 2.Transferase: mengkatalis pemindahan suatu
(IUB), mengklasifikasikan enzim menjadi 6 gugus yang bukan H antara substrat dengan
kelas, didasarkan pada reaksi biokimia yang senyawa penerima gugus, seperti:
dikatalisnya:
-gugus beratom C 1
1. Oksidoreduktase: mengkatalis reaksi
-gugus aldehid dan keton
oksidasi-reduksi
-gugus asil
Yang termasuk enzim ini dengan nama
trivial: -gugus alkil
-dehidrogenase -reduktase -gugus nitrogen
-oksidase -hidroksilase -gugus mengandung fosfat
-peroksidase -oksigenase -gugus mengandung sulfur
17 Company Logo 18 Company Logo

Yang termasuk enzim transferase: 3. Hidrolase: mengkatalis reaksi hidrolisis yaitu

a. amino transferase pemutusan ikatan kovalen antara karbon
b. asil karnitin transferase dengan atom lainnya dengan penambahan
air.
c. transkarboksilase
Yang termasuk enzim ini:
d. transaldolase dan transketolase
a. esterase
e. glukokinase
b. amidase
f. piruvatkinase
c. peptidase
d. fosfatase
e. glikosidase

19 Company Logo 20 Company Logo

5
4. Liase: mengkatalis reaksi pemecahan
karbon-karbon, karbon-sulfur, dan karbon- 5. Isomerase: mengkatalis reaksi isomer, baik
nitrogen isomer optik, geometrik maupun isomer
Yang termasuk enzim ini: posisi.
a. dekarboksilase Yang termasuk enzim ini:
b. aldolase a. epimerase
c. sintase b. rasemase
d. hidrase atau dehidratase c. mutase
e. deaminase d. isomerase
f. nukleotida siklase
21 Company Logo 22 Company Logo

DASAR DAN MEKANISME KERJA ENZIM

vEnzim sebagai protein katalis

6. Ligase: mengkatalis pembentukan ikatan § Dixon dan Webb, mendefinisikan enzim
antara C-C, C-S, C-N dan C-O. Reaksi ini sebagai suatu protein bersifat katalis. Definisi
perlu energi ATP ini disebabkan oleh kemampuannya untuk
Yang termasuk enzim ini: mengaktifkan senyawa lain secara spesifik.
a. sintetase
b.karboksilase § Definisi lain: enzim adalah suatu katalisator
protein yang mempercepat reaksi kimia dalam
sistem biologis.

23 24 Company Logo

6
v Kata kunci definisi enzim:
1. Aktif § Interaksi yang spesifik dari enzim dengan
2. Katalis suatu molekul tertentu dan menyebabkan
3. Protein pengaktifan molekul tersebut selanjutnya
4. Spesifik mengakibatkan perubahan struktur sehingga
Penjelasan:
menimbulkan gagasan akan substrat.
§ Protein: semua enzim memiliki ciri dan sifat protein § Substrat didefinisikan sebagai senyawa yang
§ Katalis: selain mempunyai kemampuan mengubah dikenali secara spesifik oleh enzim dan
suatu senyawa, juga kemampuan membawa atau selanjutnya diaktifkan sehingga mengalami
memindahkan suatu senyawa dari suatu keadaan ke perubahan kimia
keadaan lain dengan cara yang sesifik

25 Company Logo 26 Company Logo

Chymotrypsin Has A Site for Specificity

§ Aktif: mengingat demikian spesifik interaksi O O

antara substrat dan enzim, maka bagian N–C–C–N–C–C N–C–C–N–C–C
tersebut dinamai sebagai situs aktif (active
site) atau lebih tepat lagi situs katalitik
R H R’
O-
(catalytic site)
C
§ Pertanyaanya: apakah ada senyawa spesifik
yang dikenali oleh enzim tetapi tidak dapat Ser
Specificity
diolah lebih lanjut sehingga senyawa tersebut Site Catalytic Site
tidak mengalami perubahan? [INHIBITOR]
§ Substrat atau inbitor: dapat menempati situs Active Site
aktif enzim
27 Company Logo 28 JuangCompany Logo
RH (2004) BCbasics

7
 Specificity of Ser-Protease Family
Trypsin Chymotrypsin Elastase
vKarena enzim adalah protein maka kemampuan
cut at Lys, Arg cut at Trp, Phe, Tyr cut at Ala, Gly mengkatalis suatu reaksi erat hubungannya
O O dengan struktur molekul protein tersebut
O O O O
–C–N–C–C–N–
–C–N–C–C–N– –C–N–C–C–N– 1. Tempat aktif
C
C § Teori Interaksi antara enzim-
C CH3
substrat dikenal sebagai Lock
C and Key
Deep and negatively
charged pocket

C Shallow and § Pada teori ini, substrat yang

non-polar spesifik terikat pada daerah
NH3 spesifik di molekul enzim.
+ pocket
Daerah ini disebut: TEMPAT

Juang RH (2004) BCbasics

COO- Non-polar
pocket AKTIF, yaitu suatu tempat
C yang terdapat dalam enzim
Asp yang secara spesifik dapat
mengenali dan mengikat
Active Site Company Logo
substrat 30 Company Logo
29

vLock and Key Analogy:

§ lock = enzyme, key = substrate.
MODEL KUNCI dan ANAK KUNCI (LOCK-and KEY MODEL)
KERJA ENZIM:
§ Tempat aktif mempunyai bentuk yang rigid
§ Hanya substrat yang spesifik yang matching dengan
tempat aktif
§ Substrat sebagai anak kunci (KEY) yang matching
dengan enzim sebagai kunci (LOCK)

31 Company Logo 32 Company Logo

8
 Charge Relay in Active Site
H
O
C

=
C–O - H–N N H–O–CH2 Ser
§ Tempat aktif suatu enzim dibentuk oleh residu 195
C C

Adapted from Alberts et al (2002) Molecular Biology of the Cell (4e) p.158
asam amino yang mempunyai 2 fungsi: Asp 102 H
CH2
1.Menarik dan mengorientasikan substrat kepada
His 57
gugus spesifik pada molekul substrat yang disebut
GUGUS KONTAK dengan cara yang spesifik pula

2.Ikut membentuk ikatan sementara dengan molekul H Active Ser

substrat, yang selanjutnya terjadi polarisasi dan O
C

=
terjadi regangan pada ikatan di dalam molekul C–O–H N N–H - O–CH
2
Ser
substrat sehingga mudah dipecah dan 195
C C
menghasilkan PRODUK. Asp 102 H
CH2
asam amino yang bertindak demikian yang terletak
pada tempat aktif disebut: RESIDU KATALIK His 57

33 Company Logo 34 Company Logo

vPada umumnya terdapat 2 mekanisme

kerja enzim mempengaruhi reaksi katalisis
2. Pembentukan ikatan yang sementara (non
1.enzim meningkatkan kemungkinan molekul- kovalen) antara substrat dengan enzim
molekul yang bereaksi saling bertemu dengan menimbulkan penyebaran elektron dalam
permukaan yang saling berorientasi. molekul substrat dan penyebaran ini
menyebabkan suatu regangan pada ikatan
Hal ini terjadi karena enzim mempunyai kovalen spesifik dalam molekul substrat
afinitas yang tinggi terhadap substrat dan sehingga ikatan kovalen tersebut menjadi
kemampuan mengikatnya walaupun mudah pecah
sementara

35 Company Logo 36 Company Logo

9

vReaksi enzimatis adalah reaksi terarah yang
dapat digambarkan dalam urutan sbb.
1.terjadi mendekatnya gugus-gugus aktif dari
kedua belah pihak,
2.terjadi pengkiblatan yang tepat dari elektron
orbit gugus-gugus aktif,
3. jika 1 dan 2 tercapai, maka substrat
diregang, disusul dengan transaksi proton
sehingga terbentuklah senyawa baru
[PRODUK], yang dilepaskan enzim. Enzim
kembali kekeadaan semula dan dapat
memulai lagi pekerjaanya.
37 Company Logo
§ Katalisis asam-basa: asam-basa mempunyai
kemampuan katalisis dengan memberi
elektron (asam) dan menerima elektron
(basa)
§ Katalisis logam-elektrostatis: katalisis
seringkali melibatkan logam bekerja sama
membentuk ikatan elektrostatis
§ Katalisis kovalen:katalisis mellaui
pembentukan ikatan kovalen sementara
antara substrat dengan melekul katalis (ada
gugus cenderung memberikan elektron ke
gugud lain)
39 Company Logo
Non-Enzyme Catalytic Mechanisms
v Secara umum proses katalis bukan
enzim dapat dikelompokan ke dalam
§ Katalisis oleh asam-basa (Acid-base
catalysis).
§ Katalisis kovalen (Covalent catalysis)
§ Katalisis ion logam (Metal ion catalysis)
§ Katalisis elektrostatis (Electrostatic catalysis)
38 Company Logo
KINETIKA REAKSI ENZIM
vDalam mengkatalis suatu reaksi,
diasumsikan enzim berikatan lebih dulu
dengan susbtrat. Akibat ikatan ini
terbentuklah apa yang dinamai:
KOMPLEKS ENZIM-SUBSTRAT.
vReaksi ini dapat terdiri dari beberapa fase:
§ Pembentukan kompleks substrat (ES),
dimana E=enzim, S=substrat
§ Modifikasi dari substrat membentuk produk
(P), yang masih terikat enzim (EP)
§ Pelepasan produk dari molekul enzim
40 Company Logo
10
 Increase Substrate Concentration
0 1 2 3 4 5 6 7 8
S
Ketiga fase tersebut dapat ditulis dengan +
persamaan reaksi: 80 E
↓
k1 k3 60
E+S ES E+P P

Product
k2 (vo)

(in a fixed period of time)

40

20

[ES] [E] [P]

k1 = k3 = 0
0 2 4 6 8
[E] [S] [ES]
Substrate (µmole)
41 Company Logo 42 JuangCompany Logo
RH (2004) BCbasics

Essential of Enzyme Kinetics Constant ES Concentration at Steady State

Steady State Theory

S
P

Concentration
E +S ES E +P
ES
E

Reaction Time
43 JuangCompany Logo
RH (2004) BCbasics 44 JuangCompany Logo
RH (2004) BCbasics

11
 An Example for Enzyme Kinetics (Invertase) A Real Example for Enzyme Kinetics
Substrate Product Velocity Double reciprocal

Data
1) Use predefined amount of Enzyme →E [S] Absorbance v (µmole/min) 1/S 1/v
no
2) Add substrate in various concentrations → S (x 軸) 1 0.25 0.21 → 0.42 4 2.08
3) Measure Product in fixed Time (P/t)→ vo (y 軸) 2 0.50 0.36 → 0.72 2 1.56
3 1.0 0.40 → 0.80 1 1.35
4) (x, y) plot get hyperbolic curve, estimate → Vmax
4 2.0 0.46 → 0.92 0.5 1.16
5) When y = 1/2 Vmax calculate x ([S]) → Km (1) The product was measured by spectroscopy at 600 nm for 0.05 per µmole
(2) Reaction time was 10 min
Vmax
1

Double reciprocal
1.0 2.0

Direct plot
vo vo v 1/v 1.0
1/2

Juang RH (2004) BCbasics

1.0

Juang RH (2004) BCbasics

0.5
-1 -3.8
Km 1
Vmax 0
0
-4 -2 0 2 4
Double reciprocal 1/S Km Direct plot S 0 1 2
[S] 1/[S]Company Logo
45 Company Logo 46

Enzyme Kinetics
Direct plot
V [S]
Enzymes vo= max
Km + [S]
k1 Vmax [S]
S E S E
k2
P v= Observe v o change
under various [S],
k-1 Km + [S] resulted plots
yield V max and K m
20 5

15
-Km, Vmax
4 Vmax & Km
10 Competitive
v, µmol/min

v, µmol/min

3 0.5Vmax Maximum Affinity with Double reciprocal

5
velocity substrate

Inhibition
2
0
Non-competitive
-5 1

-10 0
-50 -30 -10 10 30 50 0 10 20 30 40 50
[S], mM [S], mM Uncompetitive

E ric N ied erh o ffer

S IU -S O M
47 Company Logo 48 JuangCompany Logo
RH (2004) BCbasics

12
 suarsana65@yahoo.com

LOGO

49

13