sekarang ini atau yang sering kita sebut juga sebagai era yang modern ini, banyak perkembangan

teknologi saat ini yang tidak bisa dihindari, kehidupan anak-anak remaja jaman dahulu sangat
jauh berbeda dengan kehidupan anak-anak remaja jaman sekarang. Pembelajaran pada jaman
sekarang pun sangat berbeda dengan pembelajaran pada jaman dahulu. Kini teknologi digital
sudah memasuki seluruh aspek kehidupan termasuk pendidikan. Perkembangan teknologi dan
informasi yang semakin pesat di era globalisasi saat ini tidak bisa dihindari lagi pengaruhnya
terhadap dunia pendidikan. Gerak informasi yang kencang di era digital ini memang tidak bisa
dihindari karena mengontrolnya pun tidaklah mudah. Perkembangan teknologi dalam dunia
pendidikan pun telah banyak menghasilkan inovasi-inovasi baru guna menunjang proses
pembelajaran. Salah satunya adalah semakin banyaknya variasi media pembelajaran berkat
perkembangan teknologi yang semakin pesat. Dalam dunia pendidikan sudah dirasakan adanya
pergeseran, dan bahkan perubahan yang bersifat mendasar pada tataran filsafat, arah serta
tujuannya. Tuntutan global menuntut dunia pendidikan untuk selalu dan senantiasa
menyesuaikan perkembangan teknologi terhadap usaha dalam peningkatan mutu pendidikan,
terutama penyesuaian penggunaannya bagi dunia pendidikan khususnya dalam proses
pembelajaran. Teknologi digital juga dapat bermanfaat terhadap perubahan perilaku manusia
termasuk pendidikan dan peserta didik, didalam mencari, mengumpulkan, mendokumentasikan,
mengolah dan mentransfer kembali bahan ajar sesuai dengan kebutuhan. Mencampur bahan ajar
di dalam proses pembelajaran dengan teknologi digital dapat lebih menarik serta memberikan
motivasi belajar, karena mencampur bahan ajar tidak monoton pada teks, tetapi dapat dicampur
lebih kreatif dan menarik karena digabungan gambar, audio, video dan animasi, sehingga dapat
mempengaruhi perubahan perilaku belajar berkembang dengan lebih baik. Pada era digital ini
perkembangan teknologi berjalan dengan begitu sangat cepat sehingga memiliki dampak positif.
Dampak positif dari perkembangan teknologi terhadap dunia pendidikan, antara lain : (a).
Memudahkan dalam mencari informasi yang sedang dibutuhkan. (b). Informasi yang dibutuhkan
akan semakin cepat dan mudah di akses untuk kepentingan pendidikan. (c). Inovasi dalam
pembelajaran semakin berkembang dengan adanya inovasi e-learning yang semakin
memudahkan proses pendidikan dan dapat membuat kelas virtual atau kelas yang berbasis
teleconference yang tidak mengharuskan sang pendidik dan peserta didik berada dalam satu
ruangan. (d). Munculnya bermacam-macam komunitas dari internet guna menjalin relasi baru.
(e). Munculnya metode-metode pembelajaran yang baru, yang memudahkan siswa dan guru
dalam proses pembelajaran. Dengan kemajuan teknologi terciptalah metode-metode baru yang
membuat siswa mampu memahami materi-materi yang abstrak, karena materi tersebut dengan
bantuan teknologi bisa dibuat abstrak. (f). Peningkatan kualitas sumber daya manusia melalui
pengembangan dan pendaya gunaan teknologi informasi dan komunikasi. (g). Dapat digunakan
sebagai sistem pendukung keputusan dalam dunia pendidikan. Guru meningkatkan
kompetensinya pada berbagai bidang ilmu dan profil institusi pendidikan diketahui oleh
pemerintah. (h). Dapat membuat perpustakaan online (perpustakaan dalam bentuk digital)

Medan gaya mencakup berbagai parameter internal default untuk banyak tautan, sehingga setelah
pengguna membuat topologi untuk molekulnya, umumnya dapat melakukan perhitungan
mekanika molekuler. Namun, sangat disarankan agar pengguna melakukan serangkaian
perhitungan QM yang terdefinisi dengan baik untuk menguji sifat konformasi penghubung antara
cincin yang terdiri dari molekulnya, membandingkan sifat konformasi mekanik molekuler (MM)
dan QM dan melakukan optimalisasi yang sesuai (biasanya dihedral) parameter seperti yang
dijelaskan di bawah ini. Oleh karena itu, manuskrip ini berfokus pada penyajian metodologi
optimasi parameter, penjelasan rinci tentang metode yang diperlukan untuk memperluas medan
gaya, dan validasi model yang diperoleh untuk sistem cincin dan gugus fungsi.

Dalam konteks pemodelan kimia dan molekuler , medan gaya adalah metode komputasi yang
digunakan untuk memperkirakan gaya antar atom di dalam molekul dan juga antar molekul.
Lebih tepatnya, medan gaya mengacu pada bentuk fungsional dan rangkaian parameter yang
digunakan untuk menghitung energi potensial sistem atom atau partikel berbutir kasar dalam
mekanika molekuler , dinamika molekuler , atau simulasi Monte Carlo . Parameter untuk fungsi
energi yang dipilih dapat diturunkan dari percobaan fisika dan kimia, perhitungan dalam
mekanika kuantum , atau keduanya. Medan gaya adalah potensi interatomik dan menggunakan
konsep yang sama dengan medan gaya dalam fisika klasik , dengan perbedaan bahwa parameter
medan gaya dalam kimia menggambarkan lanskap energi, dari mana gaya kerja pada setiap
partikel diturunkan sebagai gradien energi potensial dengan terhadap koordinat partikel.
Komponen penting dari fungsi energi diturunkan secara statistik, yaitu menggunakan model
protein yang diturunkan dari data kristalografi beresolusi tinggi di Protein Data Bank (PDB)
sebagai basis pengetahuan. Peningkatan pengetahuan kita tentang struktur tidak sedramatis
urutan, namun jumlah struktur yang baru diendapkan mencapai rekor 5.000 tahun lalu. Misalnya,
struktur protein membran yang penting secara farmakologis, yang pada dasarnya tidak diketahui
sepuluh tahun yang lalu, sedang diselesaikan hari ini dengan sangat cepat. Struktur menghasilkan
informasi statis yang dapat dilihat dengan perangkat lunak grafik molekuler seperti VMD.
Namun, struktur juga memegang kunci informasi dinamis yang mengarah pada pemahaman
fungsi dan mekanisme, pedoman intelektual untuk penelitian medis dasar. Dengan NAMD, kami
ingin menyederhanakan akses ke informasi dinamis yang diekstrapolasi dari struktur dan
menyediakan alat pemodelan molekuler yang dapat digunakan secara produktif oleh sekelompok
besar peneliti biomedis, termasuk peneliti khususnya.

NAMD adalah untuk memungkinkan simulasi klasik biomolekul berkinerja tinggi dalam
lingkungan realistis 100.000 atom atau lebih. Kemajuan yang dibuat dalam hal ini diilustrasikan
Satu dekade yang lalu dalam rilis pertamanya NAMD mengizinkan simulasi kompleks protein-
DNA yang mencakup 36.000 atom salah satu simulasi terbesar yang dilakukan pada saat itu.
Rilis terbaru mengizinkan simulasi kompleks protein-DNA dari 314.000 atom Untuk
menyelidiki perilaku sistem yang sepuluh kali lipat lebih besar ini, periode simulasi sebenarnya
juga meningkat seratus kali lipat. NAMD menggunakan metode multiple-time-stepping untuk
meningkatkan efisiensi integrasi. Karena interaksi biomolekul yang dikumpulkan dalam
umumnya menimbulkan beberapa rentang waktu yang berbeda karakteristik untuk dinamika
biomolekul, wajar untuk menghitung gaya yang bervariasi lebih lambat lebih jarang daripada
yang bervariasi lebih cepat dalam simulasi dinamika molekul. Ide ini diimplementasikan di
NAMD oleh tiga level loop integrasi. Loop dalam hanya menggunakan gaya terikat untuk
memajukan sistem, loop tengah menggunakan Lennard-Jones dan gaya elektrostatik jarak
pendek, dan loop luar menggunakan gaya elektrostatik jarak jauh. Sangat penting bahwa metode
yang diterapkan adalah simplektis dan reversibel waktu.