Nama : Alter Glen Kakisina

NIM : 22/499249/PKU/20325
Tugas : Genom Editing
Dosen : dr. Dwi Aris Agung N., M.Sc., Ph.D

CYP2C19

Sitokrom P450 2C19 (disingkat CYP2C19 ) adalah protein enzim . Enzi mini adalah anggota

subfamili CYP2C dari sistem oksidase fungsi campuran sitokrom P450 . Subfamili ini
termasuk enzim yang mengkatalisis metabolisme xenobiotik , termasuk beberapa penghambat
pompa proton dan obat antiepilepsi . Pada manusia, gen CYP2C19 yang mengkodekan
protein CYP2C19. CYP2C19 adalah enzim hati yang bekerja pada setidaknya 10% obat
dalam penggunaan klinis saat ini,  terutama pengobatan antiplatelet clopidogrel (Plavix),
obat-obatan yang mengobati rasa sakit yang berhubungan dengan bisul, seperti omeprazole ,
obat antiseizure seperti mephenytoin , proguanil antimalaria , dan diazepam anxiolytic.

 https://www.ncbi.nlm.nih.gov/genome/gdv/ (untuk CYP2C19)

1. Target Gen CYP2C19

2. Kemudian klik dan lanjut, nanti muncul seperti gambar dibahwa ini. Ada 9 exon yang
didapatkan dari gen ini, kemudian pilih salah satunya (biasanya yg paling depan ;
exon 1) kemudian klik tools dan tekan sequens text view
3. Ketika sudah tekan sequens text view maka muncul view exon (warna merah dan
biru) yang terdiri dari asam-asam amino (triplet)

4. Berikutnya kita cari tahu jumlah SNP yang ditemukan pada CYP2C19 exon 1 pada
hasil searching data ncbi. Nantinya di bagian dbSNP klik dan muncul seperti d bahwa
ini (SNP informasi) nantinya ada muncul seperti SNP summary yang nanti bisa
digunakan untuk mengetahui apakah proteinnya berubah atau tidak atau basanya
berubah atau tidak  kalau berubah pasti bisa mempengaruhi fungsi
 5. Ketika klik SNP summary maka akan muncul data-data klinik seperti dibahwa ini.
Ternyata CYP2C19 adalah varian kodon inisiator dan sudah ada sekitar 32 publikasi
tentangmya.

 https://asia.ensembl.org/index.html (untuk CYP2C19)

1. Kalau sudah masuk, klik human dan tulis nama gennya (CYP2C19) dan go
2. Akan muncul 32 publikasi dan klik yang paling atas (CYP2C19 (Human Gene) dan klik,
kemudia akan muncul show transcript tableklik

3. Setelah klik show transcript table akan muncul seperti dibahwa ini dengan protein
yang berbeda-beda (karena ada tracking variation exon-intron-exon-intron) dan nanti
klik yang paling panjang proteinnya (bagian atas)

4. Ketika sudah klik yang paling atas, maka akan muncul deskripsinya dan bisa dilihat ada
9 exon yang sesuai dengan di ncbi tadi kemudian klik exon 9
5. Setelah mengklik exon 9 akan muncul seperti dibahwa ini

6. Metode kedua (jika kita mau ambil semuanya ; exon-intronnya) maka nanti klik bagian
sequens tapi harus balik ke awal sebelum 9 exon tadi

7. Dan akan keluar seperti ini (yang diwarnai adalah exon)

8. Berikutnya kita cari tahu jumlah SNP yang ditemukan pada CYP2C19 exon 1 pada hasil
searching data ensemble. Caranya nanti Kembali ke awal (bagian transcription atau
protein yang paling Panjang tadi ) sehingga bisa lihat jumlahnya  hasilnya ada sekitar
33755 varian alel

9. Ketika klik varian alel akan muncul seperti ini dan bisa dilihat evidencenya seperti apa
dll.

10. Nanti pilih salah satu varian dan akan muncul informasi terkait dengan varian tersebut.
Disini saya memilih rs1203567065  alelnya dari G berubah menjadi A (aslinya G)
 https://genome.ucsc.edu/ (untuk CYP2C19)
1. Klik genome browser

2. Klik take me to : genome-asia.ucsc.edu

3. Klik human

4. Pilih gcrh 2013 dan masukan nama gennya dan go

5. Pilih yang paling atas

6. Dan hasilnya seperti ini

7. Klik base dan akan keluar sequensnya

8. Nanti copi
9. Nanti klik tools dan pilih table browser

10. Dan ini hasilnya

11. Nanti pada bagian position gen yang ada dihapus dan diganti dengan gen yang kita
copi tadinya.
12. Nanti di bagian output format pilih sequens dan kemudian klik get output

13. Klik genom dan submit

14. Kemudian nanti akan muncul pilihan sequens option mau pilih mana dan sequens
formatingnya (biasanya pilih yang exon in upper sa)  klik get sequens
 15. Dan ini hasilnya mirip seperti ensemble tadi (huruf kecil intron dan huruf besar Exon)

 https://chopchop.cbu.uib.no/ (untuk CYP2C19)

1. klik target untuk CYP2C19, CRISPR9 dan Knock out  find target  hasilnya
untuk rank 1 dengan efisiensi sebesar 61,34
 https://sg.idtdna.com/site/order/designtool/index/CRISPR_SEQUENCE (CYP2C19)
1. Nanti ketik species homo sapiens dan pada bagian Search for predesigned gRNA ketik
gen kita yakni CYP2C19  search

2. Nantinya akan muncul sequensnya dan direkomendasikan dengan on target score 74

dan off target score 84. Artinya bahwa untuk on target score ini dia kemungkinan
berhasil memotong sekitar 74% dan off target scorenya itu kemungkinan tidak off
target sekitar 84%. Jika kita sudah mengetahuinya maka untuk membelinya sudah
bisa karena informasinya sudah didapatkan (tapi kalua mau membeli harus lihat on
target score dan off target score harus tinggi)  jika sudah dapat nanti dipesan 
kerja di lab basa  ekstraksi DNA PCR hasil PCR kirim untuk sequencing 
jika sudah dapat file sequencing nanti masukan ke ICE CRISPR
 ICE CRISPR
1. Jika sudah masuk  klik launch

2. Klik analyze my data

3. Kemudian labelnya pakai CYP2C19 dan Guide Sequens pakai dari CHOPCHOP (bisa
pakai banyak sequens/ lebih dari 1 sequens di guidenya). Nanti di bagian Control file
itu hasil sequencing nanti tinggal di drop/masukin datanya sedangkan di experiment
file adalah knock out kita yang kita masukan sehingga ada kontrolnya dan akhirnya
Add sample to analyze