APA ITU FIKSASI NITROGEN?

1.         Fiksasi Nitrogen

Nitrogen adalah unsur yang paling berlimpah di atmosfer (78% gas di atmosfer adalah

nitrogen). Meskipun demikian, penggunaan nitrogen pada bidang biologis sangatlah terbatas.

Nitrogen merupakan unsur yang tidak reaktif (sulit bereaksi dengan unsur lain) sehingga dalam

penggunaan nitrogen pada makhluk hidup diperlukan berbagai proses, yaitu diantaranya: fiksasi

nitrogen, mineralisasi, nitrifikasi, denitrifikasi.

Siklus nitrogen sendiri adalah suatu proses konversi senyawa yang mengandung unsur

nitrogen menjadi berbagai macam bentuk kimiawi yang lain. Transformasi ini dapat terjadi

secara biologis maupun non-biologis. Siklus nitrogen secara khusus sangat dibutuhkan dalam

ekologi karena ketersediaan nitrogen dapat mempengaruhi tingkat proses ekosistem kunci,

termasuk produksi primer dan dekomposisi. Aktivitas manusia seperti pembakaran bahan bakar

fosil, penggunaan pupuk nitrogen buatan, dan pelepasan nitrogen dalam air limbah telah secara

dramatis mengubah siklus nitrogen global.

Di alam, Nitrogen terdapat dalam bentuk senyawa organik seperti urea, protein, dan asam

nukleat atau sebagai senyawa anorganik seperti ammonia, nitrit, dan nitrat.

Tahap pertama

Daur nitrogen adalah transfer nitrogen dari atmosfir ke dalam tanah. Selain air hujan yang

membawa sejumlah nitrogen, penambahan nitrogen ke dalam tanah terjadi melalui proses fiksasi

nitrogen. Fiksasi nitrogen secara biologis dapat dilakukan oleh bakteri Rhizobium yang
bersimbiosis dengan polong-polongan, bakteri Azotobacter dan Clostridium. Selain itu ganggang

hijau biru dalam air juga memiliki kemampuan memfiksasi nitrogen.

Tahap kedua

Nitrat yang di hasilkan oleh fiksasi biologis digunakan oleh produsen (tumbuhan) diubah

menjadi molekul protein.

Selanjutnya jika tumbuhan atau hewan mati, mahluk pengurai merombaknya menjadi gas

amoniak (NH3) dan garam ammonium yang larut dalam air (NH4+). Proses ini disebut dengan

amonifikasi. Bakteri Nitrosomonas mengubah amoniak dan senyawa ammonium menjadi nitrat

oleh Nitrobacter. Apabila oksigen dalam tanah terbatas, nitrat dengan cepat ditransformasikan

menjadi gas nitrogen atau oksida nitrogen.

Fungsi Dalam Ekologi

Nitrogen sangatlah penting untuk berbagai proses kehidupan di Bumi. Nitrogen adalah

komponen utama dalam semua asam amino, yang nantinya dimasukkan ke dalam protein, tahu

kan kalau protein adalah zat yang sangat kita butuhkan dalam pertumbuhan. Nitrogen juga hadir

di basis pembentuk asam nukleat, seperti DNA dan RNA yang nantinya membawa hereditas.

Pada tumbuhan, banyak dari nitrogen digunakan dalam molekul klorofil, yang penting untuk

fotosintesis dan pertumbuhan lebih lanjut. Meskipun atmosfer bumi merupakan sumber

berlimpah nitrogen, sebagian besar relatif tidak dapat digunakan oleh tanaman. Pengolahan

kimia atau fiksasi alami (melalui proses konversi seperti yang dilakukan bakteri rhizobium),

diperlukan untuk mengkonversi gas nitrogen menjadi bentuk yang dapat digunakan oleh

organisme hidup, oleh karena itu nitrogen menjadi komponen penting dari produksi pangan.
 Kelimpahan atau kelangkaan dari bentuk "tetap" nitrogen, (juga dikenal sebagai nitrogen reaktif),

menentukan berapa banyak makanan yang dapat tumbuh pada sebidang tanah.

Transformasi nitrogen ini dapat terjadi secara biologis maupun non-biologis. Walaupun

terdapat sangat banyak molekul nitrogen di dalam atmosfir, nitrogen dalam bentuk gas tidaklah

reaktif. Hanya beberapa organisme yang mampu untuk mengkonversinya menjadi senyawa

organik dengan proses yang disebut fiksasi nitrogen.

Fiksasi nitrogen adalah proses alam, biologis atau abiotik yang mengubah nitrogen di

udara menjadi ammonia (NH3). Mikroorganisme yang mem-fiksasi nitrogen disebut diazotrof.

Mikroorganisme ini memiliki enzim nitrogenaze yang dapat menggabungkan hidrogen dan

nitrogen. Reaksi untuk fiksasi nitrogen biologis ini dapat ditulis sebagai berikut :

N2 + 8 H+ + 8 e− → 2 NH3 + H2

Mikro organisme yang melakukan fiksasi nitrogen antara lain : Cyanobacteria,

Azotobacteraceae, Rhizobia, Clostridium, dan Frankia. Selain itu ganggang hijau biru juga dapat

memfiksasi nitrogen. Beberapa tanaman yang lebih tinggi, dan beberapa hewan (rayap), telah

membentuk asosiasi (simbiosis) dengan diazotrof. Selain dilakukan oleh mikroorganisme, fiksasi

nitrogen juga terjadi pada proses non-biologis, contohnya sambaran petir. Lebih jauh, ada empat

cara yang dapat mengkonversi unsur nitrogen di atmosfer menjadi bentuk yang lebih reaktif :

a.         Fiksasi biologis: beberapa bakteri simbiotik (paling sering dikaitkan dengan tanaman

polongan) dan beberapa bakteri yang hidup bebas dapat memperbaiki nitrogen sebagai nitrogen

organik. Sebuah contoh dari bakteri pengikat nitrogen adalah bakteri Rhizobium mutualistik,

yang hidup dalam nodul akar kacang-kacangan. Spesies ini diazotrophs. Sebuah contoh dari

hidup bebas bakteri Azotobacter.

b.        Industri fiksasi nitrogen : Di bawah tekanan besar, pada suhu 600 C, dan dengan penggunaan

katalis besi, nitrogen atmosfer dan hidrogen (biasanya berasal dari gas alam atau minyak bumi)

dapat dikombinasikan untuk membentuk amonia (NH3). Dalam proses Haber-Bosch, N2 adalah

diubah bersamaan dengan gas hidrogen (H2) menjadi amonia (NH3), yang digunakan untuk

membuat pupuk dan bahan peledak.

c.         Pembakaran bahan bakar fosil : mesin mobil dan pembangkit listrik termal, yang melepaskan

berbagai nitrogen oksida (NOx).

Fiksasi nitrogen yang lain terjadi karena proses geofisika, seperti terjadinya kilat. Kilat

memiliki peran yang sangat penting dalam kehidupan, tanpanya tidak akan ada bentuk kehidupan

di bumi. Walaupun demikian, sedikit sekali makhluk hidup yang dapat menyerap senyawa

nitrogen yang terbentuk dari alam tersebut. Hampir seluruh makhluk hidup mendapatkan

senyawa nitrogen dari makhluk hidup yang lain. Oleh sebab itu, reaksi fiksasi nitrogen sering

disebut proses topping-up atau fungsi penambahan pada tersedianya cadangan senyawa nitrogen.

Vertebrata secara tidak langsung telah mengonsumsi nitrogen melalui asupan nutrisi

dalam bentuk protein maupun asam nukleat. Di dalam tubuh, makromolekul ini dicerna menjadi

bentuk yang lebih kecil yaitu asam amino dan komponen dari nukleotida, dan dipergunakan

untuk sintesis protein dan asam nukleat yang baru, atau senyawa lainnya.

          Jajaran Organisme Pengikat Nitrogen

Ada beberapa organisme yang dapat mengikat nitrogen. Pertama, semua bakteri :

prokaryota sederhana yang tak berinti. Meskipun telah banyak dilakukan pengamatan, namun

belum ada satu pun ditemukan organisme eukaryotik berinti yang melakukan fiksasi nitrogen.

Kedua anggota kelompok pengikat nitrogen itu secara taksonomi banyak macamnya dan

terjadi secara sporadic.

 Ketiga, banyak bekteri yang tidak mampu mengikat nitrogen sendiri. Tapi hidup

bersimbiosa dengan tumbuhan tinggi. Ini terjadi juga dengan masalah energi. Jika bakteri itu

hidup bersama dengan tumbuhan hijau yang mengikat karbon, hasilnya adalah pertukaran bahan

nutrisi yang saling menguntungkan. Tumbuhannya mendapat nitrogen yang telah difiksasi,

sedangkan bakterinya menerima karbon yang telah terfiksasi pula, yang dipakai untuk

menghasilkan energi.

         Biokimia Nitrogenase

Kemampuan khusus bakteri pemfiksasi nitrogen untuk mereduksi N2 menjadi ammonia

tergnatung pada system enzimyang disebut “kompleks nitrogenase”. Kompleks ini ternyata sama

benar sifatnya dalam mengikat nitrogen sampai kini.

Pengetahuan yang di dapat kini menunjukkan, bahwa kompleks nitrogenase terdiri dari

enam protein  dan mengandung dua aktivitas enzim berbeda. Satu disebut nitrogenase saja, dan

yang lain disebut nitrogenase reduktase. Komponen nitrogenase dari kompleks itu mengandung

empat subunit yang dibina atas dua macam protein. Masing-masing protein rangkap dua.

Molekulnya juga mengandung kofaktor. Kofaktor itu adalah besi molybdenum, berarti

mengandung besi molybdenum. Struktur kofaktor belum diketahui meski telah bertahun-tahun

diselidiki.

Reduksi N2 banyak mengandung energi. Ada 20 sampai 30 molekul adenosine trifosfat

(ATP), alat tukar energy dalam sel, diperlukan untuk menunjang reduksi satu molekul nitrogen

menjadi ammonia. Lagipula reaksi nitrogenase banyak menghasilkan ampas, karena ia juga

menghasilkan ion nitrogen menjadi molekul hydrogen, H1yang berupa gas.

 Nitrogenase reduktase berberat molekul 60.000 dan terdiri dari dua molekul subunit

protein yang identik. Cirinya berwarna coklat, karena mengandung untaian besi dan belerang.

         Masalah Oksigen

Satu lagi hal yang penting ttentang nitrogenase ialah bahwa oksigen meracun baginya.

Jika terpapar udara enzim itu kehilangan separuh aktivitasnya dalam tempo 30 detik, dan tidak

dapat pulih kembali.

Salah satu strategi yang diambil oleh bakteri genus Clostridium ialah hidup dalam

lingkungan yang bebas oksigen. Bagi bakteri ini risiko kerusakan oleh oksigen tak pernah

muncul. Pengikat nitrogen lain seperti bakteri Klebsiella pneumonia, dapat hidup baik dalam

lingkungan beroksigen maupun tak beroksigen, tapi hanya dapat mengfiksasi nitrogen jika

tumbuh dalam lingkungan anaerobis.

A.      Sifat Genetik Fiksasi Nitrogen

 Makin banyak bakteri pemfikasi nitrogen yang kini sedang diamati dengan teknik

genetika dan biologi molekuler. Tetapi organism yang dipakai oleh eksperimen yang asli untuk

pengamatan demikian dan yang telah dianalisa paling rinci ialah Klebsiella pneumonia. Bakteri

ini tidak bersimbiosa dengan organism lain dan dapat tumbuh dengan baik dalam kultur. Lagi

pula, bakteri ini mendapat perlakuan genetis yang sama dengan yang dilakukan

terhadap Escherichia colii, jenis bakteri yang ada hubungan kerabat dengannya.

Apa yang dipelajari tentang gen nif pada K. pneumonia bukan hanya member rancangan

kerja intelektual untuk mempelajari genetika biokimia fiksasi nitrogen. Tetapi juga dapat dipakai

untuk menganalisa proses fiksasi nitrogen pada bakteri lain yang sifat genetisnya tidak begitu
mudah dapat dianalisa. Sebagian kecil kromosom K. pneumonia,  jika dipindahkan ke E.

Coli, membuat sel resipien itu dapat mengikat nitrogen. Ini menunjukkan bahwa gen nif  dari K.

pneumonia   membentuk suatu rangkaian pada kromosom. Meskipun reduksi N2 sehingga

menjadi amonia dapat terjadi sebagai reaksi yang berjalan langsung, namun untuk itu K.

pneumonia harus mengerahkan tak kurang dari 17 gen. semuanya diberi imbuhan huruf abjad

bagi nif : A, B, E, H, K dan seterusnya. Gen-gen nif  yang menyandi reaksi itu menempati sekitar

22 kilobasa pada DNA kromosom.

Gen nif  menyandi protein nitrogenase reduktase, sedangkan gen nifD dan nifK menyandi

2 komponen protein nitrogenase. Lima gen lain (nifH, X, V, N, dan E) terlibat dalam mensintesa

kofaktor besi molybdenum yang jalan reaksinya belum dapat diungkapkan, dan dua gen (nifF

dan J) menyandi polipeptida yang diperlukan untuk transfer electron kepada nitrogenase

reduktase. Tiga gen (nifM, S, V) diperlukan untuk mematangkan kompleks nitrogenase yang

fungsional, dan dua (nifA, dan nifL) ternyata mengatur ekspresi semua gen nif lain. Akhirnya

fungsi nifX dan nifY belum diketahui peranannya.

Beberapa gen nif pada organism pemfiksasi nitrogen lain terbukti sama benar strukturnya

dengan yang terdapat pada K. pneumonia.  Namun, pada organism pemfiksasi nitrogen lain, gen-

gen itu biasanya tersebar sekitar genom, bukan membentuk suatu rangkaian rapat seperti pada K.

pneumonia.

B.     Fiksasi Nitrogen Secara Simbiosa

Bakteri pengikat nitrogen yang terpenting, baik untuk pertanian maupun ekologi, adalah

yang berinteraksi dengan tumbuhan dengan cara simbiosa. Simbiosa ada yang berbentuk

sedehana dan yang kompleks. Bentuk interaksi sederhana terdapat pada bakteri Azosfirillumyang

hidup sekitar permukaan rumputan. Pada interaksi yang berbentuk kompleks, seperti interaksi
bakteri genus Rhizobium dan kacang-kacangan. Kacang-kacangan dapat subur pada tanah yang

miskin nitrogen, berkat kehadiran simbion yang memfiksasi nitrogen. Dengan demikian famili

tumbuhan ini sangat besar peranannya dalam pertanian.

Memahami interaksi simbiotis memerlukan analisa terhadap, bukan hanya gen nif , tapi

juga tentang gen-gen khusus pada tumbuhan dan bakteri yang membuat mereka hidup

berinteraksi demikian kompleks. Kebanyakan strain tak dapat di dorong untuk memfiksasi

nitrogen jika ditanam sendirian dalam kultur. Namun bakteri ini memiliki kemampuan khusus

untuk mengenal dan menyusup ke kacang-kacangan tertentu dan mendorong terbentuknya suatu

reaksi yang terkordinasi dalam tumbuhan tompangan. Reaksi itu diantaranya untuk mengatur

pembelahan sel dan sintesa seperangkat protein.

Biasanya tempat infeksi berada di ujung bulu akar yang sedang tumbuh, yang

melengkung, bercabang atau berpilin seperti sekrup sebagai reaksi terhadap bakteri yang

menyusup. Bakteri itu masuk melalui benang infeksi, kehadiran benang infeksi, mungkin

bergabung dengan sinyal dari Rhizobium terhadap permukaan akar, mendorong terjadinya

pembelahan sel dalam akar, sehingga terbentuk bintul awal, ketika nodul tumbuh, benang infeksi

pertama terus tumbuh dan bercabang, masuk menyelusup diantara sel-sel akar tumbuhan inang.

Sel-sel Rhizobium yang memfiksasi nitrogen dan yang keluar dari bintul disebut

bakteroid. Dalam bentuk ini bakteri itu biasanya menjalankan gen nif untuk berekspresi, lalu

mengeluarkan amonia yang terbentuk ke dalam jaringan tumbuhan inang. Tumbuhan inang

kemudian menggunakan amonia itu dengan membuatnya berkondensasi dengan asam glutamat,

untuk membentuk glutamin. Kemudian glutamin ini dipakai untuk menebarkan nitrogen yang

telah terfik pada bagian lain tubuh tumbuhan inang itu.

 Spesies Rhizobium lain lebih banyak memiliki perbedaan yang bersifat biokimia, di luar

perbedaan dalam bentuk jenis tompangan. Spesies kacang-kacangan tertentu hanya diinfeksi oleh

spesies bakteri tertentu pula. Bagi beberapa bakteri seperti R. leguminosarum, R. trifolii, dan R.

phaseoli, yang membuat bintul masing-masing pada ercis, clover, dan

buncis Phaseolus, ternyata hanya jenis tompangan itu yang menjadi ciri untuk membedakan

berbagai spesies itu.

Banyak gen yang tak berekspresi pada sel bakteri bebas tapi berekspresi pada bakteroid

atau sebaliknya. Susunan biokimia protein yang dibuat dalam bintul juga memperlihatkan

perubahan besar dibandingkan pada akar yang tak diinfeksi, paling kurang ada 50 protein baru,

disebut nodulin ditemikan khusus terdapat dalam bintul. Secara keseluruhan jumlah macam

protein yang khusus terdapat dalam bintul yang berlipat ganda lebih banyak dari itu, beberapa

diantaranya seperti enzim glutamin sintetase dan urikase diperlukan untuk asimilasi amonia.

Nodulin yang paling banyak ialah leghaemoglobin.

Leghaemoglobin menyebabkan bintul warna merah muda, mekipun banyak orang yang

menduga leghaemoglobin berperan untuk melindungi nitrogenase dari kerusakan oleh oksigen,

namun ternyata fungsi utamanya adalah untuk menyampaikan oksigen ke bakteroid.

Gen leghaemoglobin kedelai ternyata sama dengan gen haemoglobin mamal, bintul akar

yang terbentuk pada tumbuhan bukan kacang-kacangan oleh bakteri Frankia juga mengandung

leghaemoglobin.

C. Analisis Genus Bakteri Rhizobium

Bakteri Rhizobium jauh lebih sederhana dan lebih mudah ditangani untuk dianalisa

secara genetis daripada kacang-kacangan inang mereka. Tak mengherankan, bila kemajuan

dalam mengidentifikasi gen bakteri yang diperlukan untuk kerja simbiosa dan memfiksasi
nitrogen dan pembentukan bintul, jauh lebih cepat daripada kemajuan dalam mengidentifikasi

gen tumbuhan yang berperan dalam aktifitas ini. Lagipula isolasi gen nif  dari berbagai bakteri

sama besar, sehingga gen K. pneumoniae dapat dipakai sebagai probe untuk memancing

gen nifspesies lain.

Plasmid besar yang sama yang membawa gen nif pada spesies Rhizobium tumbuh cepat,

juga mengandung seuntaian gen nod yang berperan dalam pembentukan bintul. Beberapa

pengamat telah memperlihatkan bahwa pemindahan DNA R. leguminosarum  yang mengandung

gen nod yang membuat bintul pada ercis, pada bakteri rhizobium lain yang asalnya membuat

bintul pada clover atau buncis, membuat bakteri resipien itu mampu membentuk bintul normal

pada ercis. Namun ini bukan berarti bahwa untaian nod plasmid sajalah yang diperlakukan untuk

mendorong bakteri Rhizobium membuat bintul. Bakteri dari genus Agrobacterium sebenarnya

sekerabat dekat dengan bakteri rhizobium, namun spesies Agrobacterium tidak mampu membuat

bintul ataupun memfiksasi nitrogen.