METABOLISME NITROGEN

Metabolisme nitrogen merupakan segi lain keanekaragaman nutrisi pada prokariota.

Nitrogen adalah komponen penting bagi tumbuhan terdapat dalam banyak senyawa. Protein
dan asam nukledit yang biasanya diserap dari tanah dalam bentuk sangat teroksidasi dan
harus direduksi oleh proses yang bergantung pada energi sebelum bergabung menjadi protein
dan senyawa lain dalam sel.

a.Daur Nitrogen

Sejumlah besar nitrogen terdapat di atmosfer (78% berdasarkan volume) namun sukar
bagi organisme hidup untuk memperoleh atom nitrogen dari N2 dalam bentuk yang berguna.
Sebagian besar nitrogen yang terdapat di dalam organisme hidup berasal dari penambatan
(reduksi) oleh mikro organisme prokariot. Sebagian diantaranya terdapat di akar tumbuhan
tertentu atau dari pupuk hasil penambatan secara industry. Sejumlah kecil nitrogen pindah
dari atmosfer ke tanah sebagai NH4+ dan NO3- bersama air hujan dan diserap oleh akar.
NH4+ ini berasala dari pembakaran industry, aktivitas gunung berapi dan kebakaran hutan
sedangkan NO3- berasal dari oksidasi N2 oleh O2 atai ozon dengan bantuan kilat atau radiasi
ultraviolet, sumber lain NO3- adalah samudera.
Penyerapan NO3- dan NH4+ oleh tumbuhan memungkinkan tumbuhan untuk
membentuk berbagai senyawa nitrogen terutama protein. Pupuk, tumbuhan mati,
mikroorganisme, serta hewan merupakan sumber penting nitrogen yang dikembalikan ke
tanah tapi sebagaian besar nitrogen tersebut tidak larut dan tidak segera tersedia bagi
tumbuhan.
Pengubahan nitrogen organic menjadi NH4+ oleh bakteri dan fungi tanah disebut
Amnofikasi yang dapat berlangsung oleh berbagai macam mikroorganisme pada suhu dingin
dan pada berbagai nilai ph. Selanjutnya pada tanah yang hangat dan lembab dan ph sekitar
netral NH4+ akan dioksidasi menjadi nitrit (NO2) dan NO3- dalam beberapa hari setelah
pembentukkannya atau penambahannya sebagai pupuk disebut dengan Nitrifikasi yang
berguna dalam menyediakan energi bagi kelangsungan hidup dan perkembangan mikroba
tersebut.
Selain itu terdapat pula denitrifikasi yaitu suatu proses pembentukan N2, NO, N2O
dan NO2 dari NO3- oleh bakteri aneorobik yang berlangsung di dalam tanah yang penetrasi
O2- nya terbatas, tergenang, padat dan daerah dekat pemukiman tanah yang konsentrasi O2
nya rendah karena penggunaannya yang cepat dalam oksidasi bahan organik. Tumbuhan
kehilangan sejumlah kecil nitrogen ke atmosfer sebagai NH3,N2O, NO2, dan NO terutama
jika diberi pupuk nitrogen dengan baik.

Nitrogen adalah salah satu unsur kimia utama dalam ekosistem. Nitrogen ditemukan
pada semua asam amino, yang merupakan penyusun protein organisme-organisme.
Nitrogen tersedia bagi tumbuhan hanya dalam bentuk dua mineral; NH4+ (amonium) dan
 NO3ˉ (nitrat). Meskipun atmosfer Bumi hampir 80%-nya terdiri atas nitrogen, unsur ini
sebagian besar terdapat dalam bentuk gas nitrogen (N2), yang tidak tersedia bagi tumbuhan
(Campbell & Mitchell, 2004). Peta konsep daur nitrogen ini merupakan ilustrasi yang baik
untuk menggambarkan kompleksitas biosintesis yang terjadi di alam.

Gambar 2. Bagan Daur Nitrogen.

(Sumber: http://ferisdope.multiply.com/images.google.co.id).

Di alam, Nitrogen terdapat dalam bentuk senyawa organik seperti urea, protein, dan
asam nukleat atau sebagai senyawa anorganik seperti amonia, nitrit, dan nitrat.

b. Penambatan Nitrogen

Proses reduksi N2 menjadi NH4+ dinamakan penambatan nitrogen yang hanya

dilakukan oleh mikroorganisme prokariot. Seperti bakteri tanah yang hidup bebas,
sianobakteri yang hidup bebas dipermukaan tanah atau didalam air, yang bersimbiosis dengan
fungi pada lumut kerak atau dengan paku ,lumut hati,dan lumut jantung, serta bakteri atau
mikroba lain yang terasoisasi secara simbiosis dengan akar terutama tumbuhan polong-
polongan.
Penambatan nitrogen di bintil akar terjadi secara langsung di dalam bakteroid.
Tumbuhan inang menyediakan karbohidrat bagi bakteroid yang mengoksidasinya untuk
memperoleh energi yang diangkut lewat floem kebintil akar.
Reaksi penambatan nitrogen :
N2+ 8 elektron + 16 Mg ATP +16 H2 o→2NH3 + H2 + 16Mg ATP + 16 Pi + 8H+
Faktor-faktor yang dapat meningkatkan penambatan nitrogen antara lain :

a. Faktor Lingkungan
Mencakup kelembaban yang cukup,Esuhu hangat, sinar matahari yang terang,
konsentrasi CO2 yang tinggi.
b. Faktor Genetik
Mencakup proses pengenalan yang dikendalikan secara genetis antara spesies bakteri
dan spesies atau varietasi tumbuhan kacangan dan kemampuan nitrogenase dari semua
organisme untuk mereduksi H+ dan persaingan dengan N2 serta tahap pertumbuhan
Pada dasarnya jumlah terbesar yang ditambah oleh tumbuhan asli tahunan dan
tumbuhan kacangan pada pertumbuhan adalah saat perkembangan reproduksi

1. FIKSASI NITROGEN

Fiksasi nitrogen adalah proses alami, baik biologis atau abiotik, dimana nitrogen (N
2) di atmosfer diubah menjadi amonia (NH 3). Proses ini penting bagi kehidupan karena
nitrogen tetap diperlukan untuk biosynthesize bangunan dasar blok hidup, misalnya,
nukleotida untuk DNA dan RNA dan asam amino untuk protein . Fiksasi nitrogen juga
mengacu pada konversi biologis lainnya nitrogen, seperti konversi untuk nitrogen dioksida .

Mikroorganisme yang memperbaiki nitrogen adalah bakteri yang disebut diazotrophs .

Beberapa tanaman yang lebih tinggi, dan beberapa hewan ( rayap ), telah membentuk asosiasi
( simbiosis ) dengan diazotrophs. Fiksasi nitrogen juga terjadi sebagai akibat dari proses non-
biologis. Ini termasuk petir , industri melalui proses Haber-Bosch , dan pembakaran .

Untuk memenuhi kebutuhan akan unsur nitrogen oleh makhluk hidup, terlebih
dahulu gas nitrogen harus dikonversi dulu dalam bentuk senyawa yang mengandung
nitrogen lainnya seperti amonia (NH3). Proses alami pengambilan gas nitrogen dan
konversinya menjadi senyawa-senyawa yang bermanfaat dikenal sebagai fiksasi nitrogen
(ajidvanzeta. wordpress.com). Pada kondisi alamiah fiksasai nitrogen terjadi dengan dua
cara yaitu: 1. Proses anorganik dalam atmosfer dari fotokimia dan reaksi listrik; 2. Proses
biologik oleh fungi, cyanobacteria dan bakteri lainnya

Tahap pertama; Sirkulasi nitrogen adalah transfer nitrogen dari atmosfir ke dalam
tanah. Selain air hujan yang membawa sejumlah nitrogen, penambahan nitrogen ke dalam
tanah terjadi melalui proses fiksasi nitrogen. Fiksasi nitrogen secara biologis dapat
dilakukan oleh bakteri Rhizobium yang bersimbiosis dengan polong-polongan, bakteri
Azotobacter dan Clostridium. Selain itu ganggang hijau biru dalam air juga memiliki
kemampuan memfiksasi nitrogen.
 Tahap kedua; Nitrat yang di hasilkan oleh fiksasi biologis digunakan oleh produsen
(tumbuhan) diubah menjadi molekul protein. Selanjutnya jika tumbuhan atau hewan mati,
mahluk pengurai merombaknya menjadi gas amoniak (NH3) dan garam ammonium yang
larut dalam air (NH4+). Proses ini disebut dengan amonifikasi. Bakteri Nitrosomonas
mengubah amoniak dan senyawa ammonium menjadi nitrat oleh Nitrobacter. Apabila
oksigen dalam tanah terbatas, nitrat dengan cepat ditransformasikan menjadi gas nitrogen
atau oksida nitrogen oleh proses yang disebut denitrifikasi (Lucia W. Muslimin, 1995).

Banyak mikroorganisme mempunyai kecakapan untuk mereduksi N2 menjadi NH3.

Pada proses metabolisme nitrogen secara biologik dibantu oleh fungi, cyanobacteria dan
bakteri lainnya (Lucia W. Muslimin, 1995). Sedangkan mikroorganisme yang mampu
memfiksasi nitrogen antara lain; bakteri akuatik seperti bakteri fotosintesa azotobacter,
clostridium; bakteri yang umum seperti Rhizobium (Setiaty Pandia dkk, 1995).

Dalam tahun 1893 Winogradsky menemukan suatu spesies bakteri dari genus
Clostridium yang dapat mengikat N2 bebas dari udara. Beberapa tahun kemudian,
Beyerinck (1902) menemukan bakteri dari genus Azotobacter yang dapat mengikat
nitrogen lebih banyak dari Clostridium. Baik Clostridium maupun Azotobacter tidak suka
hidup didalam tanah yang asam (pH 5 ke bawah).

Hellrieger dan Willfahrt (1838 dalam Dwijoseputro, 1978) menemukan bakteri

pengikat N2 yang hidup bersama dengan akar tanaman Leguminosae. Bakteri pengikat-N2
yang bersimbiosis dengan akar Leguminosae itu adalah genus Rhizobium, suatu penghuni
tanah yang lazim.

Mekanisme fiksasi nitrogen biologis

Fiksasi nitrogen biologis dapat diwakili oleh persamaan berikut, di mana dua mol
amonia yang dihasilkan dari satu mol gas nitrogen, dengan mengorbankan 16 mol ATP dan
pasokan elektron dan proton (ion hidrogen):

N 2 + 8H + + 8e - + 16 ATP = 2NH 3 + H 2 + 16ADP + 16 Pi

Reaksi ini dilakukan secara eksklusif oleh prokariota (bakteri dan organisme yang
terkait), menggunakan nitrogenase disebut enzim kompleks. Enzim ini terdiri dari dua
protein - protein zat besi dan protein molibdenum-besi, seperti yang ditunjukkan di bawah
ini.

Reaksi terjadi ketika N 2 terikat pada kompleks enzim nitrogenase. Protein Fe pertama
dikurangi oleh elektron yang disumbangkan oleh ferredoxin. Kemudian protein Fe dikurangi
mengikat ATP dan mengurangi protein molibdenum-besi, yang menyumbangkan elektron
untuk N 2, memproduksi HN = NH. Dalam dua siklus lebih lanjut dari proses ini (masing-
masing disumbangkan oleh elektron memerlukan ferredoxin) HN = NH direduksi menjadi H
2 N-NH 2, dan ini pada gilirannya direduksi menjadi 2NH 3.
Tergantung pada jenis mikroorganisme, yang ferredoxin berkurang yang memasok elektron
untuk proses ini yang dihasilkan oleh fotosintesis, respirasi atau fermentasi.

Ada tingkat yang luar biasa konservasi fungsional antara protein nitrogenase dari
semua bakteri pengikat nitrogen. Protein Fe dan protein Mo-Fe telah diisolasi dari banyak
bakteri, dan fiksasi nitrogen dapat ditunjukkan terjadi dalam sel-bebas sistem di laboratorium
ketika protein Fe dari satu spesies dicampur dengan protein Mo-Fe bakteri lain, bahkan jika
spesies sangat jauh terkait.

A. Ekskresi Nitrogen

Sebagian besar tanaman menyerap amoniak dan nitrat dari tanah melalui akarnya dan
menyimpannya dalam bentuk protein, asam nukleat, dan dalam bentuk senyawa kimia
lainnya. Sebaliknya hewan mendapatkan berbagai bentuk bahan nitrogen organik dengan
cara memakan tanaman atau hewan lain dan membentuk senyawa nitrogen lainnya sesuai
dengan kebutuhan.

Kotoran hewan yang dieksresikan atau pembusukan dari hewan/tumbuhan yang sudah
mati oleh mikrokonsumen (pengurai) akan dikonversikan menjadi amoniak dalam bentuk
gas (NH3) dan garam amonium (NH4-). Kemudian akan dikonversikan menjadi nitrit (NO2-
) dan nitrat (NO3-) (Dwijoseputro, 1978).

Produk langsung metabolisme nitrogen adalah amoniak (NH3). Akan tetapi, paling
tidak sebagian besar tanah menjadi sedikit bersifat asam, dan NH3 yang dibebaskan
kedalam tanah akan menangkap sebuah ion hidrogen (H+) untuk membentuk amonium,
NH4+ yang dapat digunakan secara langsung oleh tumbuhan. NH3 adalah gas, sehingga
dapat menguap kembali ke atmosfer dari tanah yang mempunyai pH mendekati 7 (Lucia
W Muslimin.1995).

Gambar 3. Daur Nitrogen di Alam.

(Sumber: http://ferisdope.multiply.com/images.google.co.id).

Selain itu terdapat juga bakteri denitrifikasi yang dapat mengubah nitrat menjadi
nitrit, nitrit menjadi amoniak, atau mengubah nitrat menjadi nitrogen bebas /nitrogen
oksida. Meskipun tumbuhan dapat menggunakan amonium secara langsung, sebagian
besar amonium dalam tanah digunakan oleh bakteri aerob tertentu sebagai sumber energi;
aktivitasnya mengoksidasi amonium menjadi nitrit (NO2-) dan kemudian menjadi nitrat
(NO3-), suatu proses yang disebut nitrifikasi. Nitrifikasi berlangsung karena pertolongan
bakteri-bakteri nitrit dan bakteri-bakteri nitrat; prosesnya diberikan sebagai berikut:

2 NH3 + 3 O2 oleh Nitrosomonas dan 2 HNO2 + 2 H2O + Energi

Nitrosococcus

2 HNO2 + O2 oleh bakteri-nitrat 2 HNO3 (Setiaty Pandia dkk, 1995).

Nitrobacter

didalam proses ini bakteri-bakteri yang berkepentingan ini mendapatkan energi

yang dibutuhkannya, sedang tanah tempat mereka hidup kaya akan nitrat.

Nitrat yang dibebaskan dari bakteri ini kemudian dapat diasimilasi oleh tumbuhan dan
diubah menjadi bentuk organik, seperti asam amino dan protein. Hewan hanya dapat
mengasimilasikan nitrogen organik, dengan cara memakan tumbuhan atau hewan lain.
Beberapa bakteri dapat memperoleh oksigen yang mereka perlukan untuk metabolisme
dari nitrat bukan dari O2 dengan kondisi anaerob. Sebagai akibat dari proses yang
denitrifikasi. Beberapa nitrat diubah kembali menjadi N2 yang kembali ke atmosfer.
Perombakan dan penguraian nitrogen organik kembali ke amonium, merupakan suatu
proses yang disebut amonifikasi, yang sebagian besar dilakukan oleh bakteri dan fungi
pengurai. Proses ini akan mendaur ulang sejumlah besar nitrogen ke dalam tanah
(Campbell & Mitchell, 2004).

Tabel . Mikroorganime yang terlibat dalam proses nitrifikasi dan denitrifikasi :

Nitrifikasi Denitrifikasi

No. Step 1 : Step 2 :

NH2 → NO2 NO2 → NO3 NO3 → NO2 → NH3

→N

1. Holobacterium Nitrobacter Alcaligenes

2. Nitrococcus Nitrococcus Bacillus

3. Nitrosolobus Nitrispina Corynebacterium

4. Nitrosomonas Aspergillus Flavobacterium

5. Nitrospira Cephallosporium Holobacterium

6. Nocardia Penicillium Pseudomonas

(Sumber : Lucia W. Muslimin, 1995).

Gambar 4. Metabolisme Nitrogen. (Sumber: Campbell & Mitchell, 2004).

 A. Limbah Nitrogen
Penggunaan pupuk buatan yang berlebihan pada pertanian meneyebabkan tingginya
kandungan nitrat di dalam tanah dan perairan. Di dalam setiap sistem perairan terdapat suatu
susunan sumber unsur hara.

Sumber pencemaran utama dari unsur hara adalah bagian permukaan dan bagian
dibawah permukaan (subsurface) aliran air dari pertanian, perkotaan, aliran limbah ternak,
dan rumah tangga (Des W. Connel dan Gregory J. Miller. 2006). Air tanah mengandung
lebih banyak kontaminan seperti nitrat, arsenik dan barium dari pada air pada air
permukaan sebab air meresap melalui batuan membawa mineral-mineral dalam
perjalanannya. Dalam daerah pertanian, pestisida dan residu pupuk (terutama nitrat) bisa
cukup tinggi (Haryoto Kusnoputranto, 1995).

Masalah nitrogen semakin parah pada Perang Dunia I dengan dikembangkannya

proses Haber-Bosch, yang memungkinkan gas N2 lembam dibuat menjadi amonia tanpa
menggunakan bakteri pengikat nitrogen. Amonia yang dihasilkan menjadi sumberdaya
yang berharga dan bisa digunakan untuk membuat pupuk murah di perkebunan
(ajidvanzeta. wordpress.com).

Dari Nitrogen total yang terfiksasi di permukaan bumi, 20-30 % digunakan dalam
produksi pupuk nitrogen (Simpson, 1977 dalam Des W. Connel dan Gregory J. Miller.
2006). Jadi terdapat suatu gangguan yang nyata terhadap siklus nitrogen bumi. Perubahan
yang terjadi pada ekosistem yang disebabkan oleh pengayaan unsur hara (nitrogen, dll)
adalah sbb:

1. Perubahan populasi dan komunitas

2. Perubahan dalam metabolisme komunitas

3. Ciri-ciri dan kriteria untuk keadaan trofik.
(Des W. Connel dan Gregory J. Miller. 2006).

B. Operdosis Nitrogen Terhadap Makhluk Hidup

Ada dua hal pokok yang berpengaruh terhadap senyawa-senyawa nitrogen ini, jika
berada dalam keadaan diluar batas kenormalan yaitu kesehatan manusia dan lingkungan.
Jika oksida nitrat (N2O) mencapai stratosfer, ia membantu merusak lapisan ozon, sehingga
menghasilkan tingkat radiasi UV yang lebih tinggi dan resiko kanker kulit serta katarak
akan semakin meningkat. Ironisnya, jika N2O lebih dekat ke permukaan Bumi akan bisa
membuat ozon, yang mana menjadi kabut di siang hari yang cerah. Kabut akan berdampak
terhadap masalah-masalah pernapasan, kerusakan paru-paru, resiko kanker yang
meningkat dan melemahnya sistem kekebalan tubuh (Setiajid, 2009).

Menurut Setiajid, 2009 seperti dampaknya pada ozon, nitrogen oksida terlarut dalam
air atmosferik membentuk hujan asam, yang mengkorosi batuan dan barang logam dan
 merusak bangunan-bangunan. Pada tahun 1967, sebuah jembatan di Sungai Ohio ambruk
akibat korosi hujan asam, tanaman (termasuk tanaman pangan kita) dan bahkan dampak
yang beresiko terhadap manusia.

2. REDUKSI NITRAT MENJADI AMMONIUM

Untuk tumbuhan yang tidak dapat memfiksasi N2 sumber nitrogen adalah NO3- dan
NH4+. Sebagian besar tumbuhan menyerap nitrogen sebagai ion NO3- karena NH4+ mudah
teroksidasi menjadi NO3 oleh bakteri nitrifikasi. Tetapi Coniferae dan rumput-rumputan
menyerap sebagian besar nitrogen sebagai NH4+ karena nitrifikasi dihambat oleh rendahnya
pH tanah dan oleh tannin serta senyawa fenolik.
Mula-mula akan dibicarakan asmilasi nitrat NO3- terdapat banyak dalam sebagian besar
tanah dank arena NO3- harus diubah dahulu menjadi NH4+ dalam tumbuhan sebelum
nitrogen masuk dalam asam amino dan senyawa lainnya.

A. Tempat Asmilasi Nitrat

Baik akar maupun pucuk memerlukan senyawa nitrogen organic, namun organ yang
mereduksi NO3 dan mengubahnya menjadi senyawa organic masih belum jelas. Akar
beberapa spesies tumbuhan dapat mensistensis semua nitrogen organic yang diperlukan dari
NO3 sedang akar tumbuhan lain bergantung kepada pucuk untuk nitrogen organiknya.
Jumlah ralatif NO3; dan nitrogen organic dalam xylem bergantung pada kondisi lingkungan.
Juga tumbuhan yang biasanya tidak mentranslokasikan banyak NO3- akan melakukannya
jika diberi NO3- dalam jumlah berlebih dalam tanah atau jika akarnya dingin. Pada kondisi
reduksi NO3- dalam akar tidak dapat memenuhi angkutan ke pucuk sehingga reduksi terjadi
dalam batang dan daun terutama selama hari yang cerah.

B. Proses Reduksi Nitrat

Reduksi nitrat terjadi dalam dua reaksi yang berbeda yang dikatalisis oleh enzim yang
berlainan yaitu :

1. Reaksi pertama dikatalisis oleh Nitrat reduktase (NR)

Enzim yang mengangkut dua electron dari NADH atau pada beberapa spesies
NADPH, hasilnya berupa nitrit (NO2-) N4D+ (atau N4DP) dan H2O :
NO3- + NADH + H+ → NO2- + NAD+ + H2O
Reaksi ini terjadi dalam sitosol. NR adalah suatu enzim besar dan kompleks yang terdiri atas
FAD satu sitokrom dan molibdenum yang semuanya akan tereduksi dan teroksidasi pada
waktu elektron diangkut dari NADH ke atom nitrogen dalam NO3- aktivitas NR dipengaruhi
oleh beberapa faktor diantaranya
1. Laju sintesis dan laju perombakan oleh enzim penghancur protein.
2. Penghambat dan penggiat dalam sel
3. Respon tumbuhan terhadap cahaya

2.Reaksi kedua dikatalis oleh nitrit reduktase

Reaksi kedua proses reduksi nitrat adalah pengubahan nitrit menjadi NH4+. Nitrit
yang terbentuk dalam sitosol diangkut kedalam kloropas dalam daun atau ke dalam
protoplasida dalam akar, tempat reduksi selanjutnya menjadi NH4+ berlangsung memerlukan
enam electron yang berasal dari H2O oleh sistem angkutan electron non siklik kloropas.
Selama perpindahan elektron itu cahaya menggerakan angkutan elektron dari H2O ke
feredoksin (Fd), kemudian Fd yang tereduksi menyediakan enam electron yang digunakan
untuk mereduksi NO2- menjadi NH4+. Pada tahap inilah penggunaan 2H+ selama proses
keseluruhan reduksi NO2- menjadi NH4+ .Pada tahap inilah penggunaan 2H+ selama proses
keseluruhan reduksi NO2- menjadi NH4+ terjadi :
3H20 + 6Fd (Fe3-) + cahaya → 1,5 O2 + 6H+ + 6Fd (Fe2+)
NO2 + 6Fd (Fe2+) + 8H+ → NH4+ + 6Fd (Fe3+) + 2H2O
N02 + 3H2O + 2H+ + cahaya → NH4+ + 1,5 O2 + 2H2O

Reaksi diatas menunjukan bahwa tiga molekul H2O diperlukan untuk menyediakan enam
elektron yang digunakan dalam reduksi Fd (dua electron untuk setiap H2O dipecah oleh
energi cahaya), walaupun dalam reaksi keseluruhan itu dihasilkan dua H2O.
Meskipun Fd tereduksi merupakan donor elektron yang biasa bagi nitrit reduktase
daun zat pereduksi di akar tidak diketahui. Jika nitrit reduktase diteliti in vitro, enzin itu
hanya dengan lemah menerima electron dari NADH2, NADPH2 atau FADH2. Feredoksin
tereduksi akan menyediakan electron bagi nitrit reduktase akar yang diisolasi, tetapi tidak
melakukan hal itu in vivo, karena baik proplastida maupun bagian-bagian lain dari sel-sel
akar tidak mengandung ferodoksin dalam jumlah yang tereduksi. Meskipun masih belum
pasti cara aka mereduksi NO2 menjadi NH4+ jelas bahwa karbohidrat dari daun diperlukan
lagi pula secara tidak langsung terbukti bahwa NADPH yang berasal dari jalur pentose fosfat
(PPP) dalam plastida merupakan zat pereduksi yang aktif.
Nitrat adalah ion yang aktif sehingga supaya efektif nitrit harus dioksidasi terlebih
dahulu menjadi nitrat.

3. Pengubahan Ammonium Menjadi Senyawa Organik

NH4+ yang diserap langsung dari tanah atau yang dihasilkan oleh penambatan N2 atau oleh
reduksi NO3- tidak tertimbun di dalam tubuh tumbuhan. Ammonium itu sangat beracun,
mungkin karena menghambat pembentukan ATP baik dalam kloropas maupun di dalam
mitokondria Dengan bertindak sebagai “Uncoupler” (zat pelepas sambungan). Kecuali sedikit
NH4+ hilang sebagai uap NH3 keatmosfir, semua NH4+ dengan cepat di ubah menjadi gugus
almida dari glutamine. Perubahan ini dan reaksi-reaksinya akan membentuk asal glutomat,
asam asportat dan asparagin seperti diuraikan dibawah ini :
Gambar perubahan ammonium menjadi senyawa organik yang penting.
(Salisbury dan ross 1995)
Ket : 1. Glutamin sintetase
2. Glutamat sintase
3. Asparagin sintetase
4. Transaminase
5. PEP Karboksilase

Glutamine dibentuk dengan penambahan satu gugus, NH2 dan NH4+ kegugus
karboksil terjauh dari karbon alfa. Asam glutomat akibatnya terbentuk ikatan amida (reaksi I)
dan glutamine merupakn salah satu amida tumbuhan yang terpenting, enzim yang diperlukan
adalah glutamin sintetase. Reaksi ini digerakan oleh hidrolisa ATP menjadi ADP dan Pi.
Pada reaksi ini membutuhkan asam glutomat sebagai rektan, harus terdapat mekanisme untuk
menyediakannya yang dapat terpenuhi oleh reaksi 2 yang dikatalisis oleh glutomat sintase.
Glutomat sintetase mengangkut gugus amida dari glutamine ke karbon karbonil asam alfa –
ketoglutarat, sehingga terbentuk dua molekul asam glutomat. Proses ini membutuhkan
pereduksi yang mampu menyumbangkan dua elektron yaitu ferodoksin (dua molekul) di
dalam kloropas dan N4DH2 atau NADPH dalam proplastida sel non fotosintetik. Salah satu
dari kedua glutomat yang terbentuk dalam reaksi 2 diperlukan untuk mempertahankan reaksi
1 tetapi glutomat yang kedua dapat berubah langsung menjadi protein, klorofil, asam nukleat.
Selain itu beberapa glutomat diangkut kejaringan lain untuk proses-proses sintetis.
Selain membentuk glutomat, glutamine dapat menyumbangkan gugus amidanya ke
asam asportat untuk membentuk asparagin, yaitu amida tumbuhan yang penting (reaksi 3).
Reaksi ini membutuhkan enzim asparagin sintetase dan digerakkan oleh hidrosis ATP
menjadi AMP dan PPi, enzim ini sangat diaktifkan oleh Cl-, menerangkan peranan kalor
dalam tumbuhan. Untuk mempertahankan sintesis asparagin diperlukan suplai asam asportat
terus-menerus. Nitrogen dalam aspartat berasal dari glutomat, tetapi keempat karbonnya
berasal dari asam oksaloasetat (reaksi 4) yang dibentuk dari PEP dan HCO3- dengan bantuan
PEP karboksilase (reaksi 5).

alam sebagian besar spesies tumbuhan Celutamin merupakan bentuk nitrogen

simpanan yang penting dibandingkan senyawa lain, mungkin karena perbandingan nitrogen
dengan karbon yang tinggi. Organ penyimpanan seperti Umbi, kentang, akar bit,
wartel,lobak, mengandung banyak amida ini. Di daun dewasa glutamin sering terbentuk dari
asam glutomat dan NH4+ yang dihasilkan ketika perombakan protein, kemudian diangkut
melalui floem ke daun yang lebih muda atau ke akar, bunga, buah dan biji dan di tempat ini
nitrogen digunakan kembali. Glutamine juga dihasilkan dalam akar dan bintil akar dan
kemudian diangkut melalui xylem ke pucuk. Akhirnya dalam semua sel glutamine dapat
ditambahkan langsung ke dalam protein sebagai salah satu dari 20 asam amino.
Asparagin juga melakukan fungsi yang sama seperti glutamine terutama dalam
tumbuhan polong-polongan yang berasal dari daerah beriklim sedang yang mengandung
banyak asparagin
3. SINTESIS ASAM AMINO

Sintesis asam amino adalah himpunan biokimia proses ( jalur metabolisme ) dimana
berbagai asam amino yang dihasilkan dari lain senyawa . Substrat untuk proses ini berbagai
senyawa dalam organisme diet 's atau media pertumbuhan. Tidak semua organisme mampu
mensintesis semua asam amino. Misalnya, manusia mampu mensintesis hanya 12 dari 20
asam amino standar.

Masalah mendasar bagi sistem biologis adalah untuk memperoleh nitrogen dalam
bentuk yang mudah digunakan. Masalah ini dipecahkan oleh mikroorganisme tertentu
mampu mengurangi N ≡ N molekul inert (gas nitrogen) untuk dua molekul amonia di salah
satu reaksi yang paling luar biasa dalam biokimia. Amonia adalah sumber nitrogen untuk
semua asam amino. Tulang punggung karbon berasal dari jalur glikolisis , yang jalur fosfat
pentosa , atau siklus asam sitrat .

Dalam produksi asam amino, satu pertemuan masalah penting dalam biosintesis,
kontrol yaitu stereokimia. Karena semua asam amino glisin, kecuali yang kiral, jalur
biosintesis harus menghasilkan isomer benar dengan kesetiaan yang tinggi. Dalam setiap dari
19 jalur untuk generasi asam amino kiral, stereokimia pada atom karbon α didirikan oleh
transaminasi reaksi yang melibatkan fosfat piridoksal. Hampir semua transaminase yang
mengkatalisis reaksi ini turun dari satu nenek moyang, yang menggambarkan sekali lagi
bahwa solusi efektif untuk masalah biokimia dipertahankan sepanjang evolusi.

Jalur biosintesis seringkali sangat diatur sedemikian rupa sehingga bangunan-blok

disintesis hanya ketika pasokan rendah. Sangat sering, konsentrasi tinggi dari produk akhir
dari jalur yang menghambat aktivitas enzim yang berfungsi pada awal jalur. Sering hadir
adalah enzim-enzim alosterik mampu merasakan dan menanggapi konsentrasi spesies
peraturan. Enzim ini serupa dalam sifat fungsional untuk aspartat transcarbamoylase dan
regulator nya. Umpan balik dan mekanisme alosterik memastikan bahwa semua dua puluh
asam amino yang dipelihara dalam jumlah yang cukup untuk sintesis protein dan proses
lainnya.

Sintesis atau pengumpulan asam amino sangat penting untuk kelangsungan hidup sel.
Mereka tidak hanya melayani sebagai blok bangunan untuk protein, tetapi juga sebagai titik
awal untuk sintesis dari banyak molekul seluler penting termasuk vitamin dan nukleotida.

Dalam kebanyakan kasus bakteri lebih suka menggunakan asam amino dalam
lingkungan mereka daripada membuat mereka dari awal. Dibutuhkan sejumlah besar energi
untuk membuat enzim untuk jalur serta energi yang dibutuhkan untuk mendorong beberapa
reaksi biosintesis asam amino. Gen-gen yang kode untuk enzim sintesis asam amino dan
enzim sendiri di bawah kontrol ketat dan hanya dihidupkan ketika mereka dibutuhkan.
 Asam amino jalur sintesis dapat dikelompokkan menjadi beberapa unit logis. Unit ini
mencerminkan baik mekanisme umum atau penggunaan enzim umum yang mensintesis lebih
dari satu asam amino. Kategori ini: reaksi sederhana, asam amino rantai cabang, asam amino
aromatik, treonin / lisin, serin / glisin, dan jalur yang unik. Asam amino aromatik, treonin /
lisin dan serin / glisin jalur memiliki awal umum dan kemudian menyimpang untuk
membentuk asam amino yang menarik.

Perhatikan bahwa setiap jalur dimulai dengan sesuatu yang sentral metabolit atau
berasal dari "metabolisme pusat". Menggunakan senyawa umum bukan sintesis mereka dari
awal menghemat energi dan melestarikan gen karena enzim lebih sedikit diperlukan untuk
kode untuk jalur.