BAB 2

PEMBAHASAN

Berbagai proses kehidupan di Bumi sangat membutuhkan senyawa

Nitrogen yang merupakan komponen utama dalam semua asam amino. Pada
tumbuhan, banyak dari nitrogen digunakan dalam molekul klorofil, yang penting
untuk fotosintesis dan pertumbuhan lebih lanjut. nitrogen mengalami sebuah
siklus di alam. Siklus nitrogen sendiri adalah suatu proses konversi senyawa yang
mengandung unsur nitrogen menjadi berbagai macam bentuk kimiawi yang lain.
Transformasi ini dapat terjadi secara biologis maupun non-biologis.

Siklus Nitrogen dan Kaitannya Dengan Keberadan Nitrogen Di Udara,

Tanah, dan Makhluk Hidup

Siklus utama nitrogen meliputi beberapa proses yaitu fiksasi nitrogen,

amonifikasi, nitrifikasi, denitrifikasi, asimilasi nitrogen, dan pembentukan
senyawa Organik Nitrogen. Fiksasi nitrogen meliputi fiksasi nitrogen secara
fisika, dan fiksasi nitrogen secara biologi.
1. Fiksasi Nitrogen
Fiksasi nitrogen merupakan suatu proses perubahan dari nitrogen bebas
menjadi garam-garam nitrogen yang tersedia untuk absorbsi oleh tanaman. Fiksasi
nitrogen terbagi atas fiksasi nitrogen secara fisika, dan fiksasi nitrogen secara
biologi. Fiksasi nitrogen secara biologi lebih umum terjadi di alam.
a. Fiksasi nitrogen secara fisika.
Fiksasi nitrogen secara fisika dapat terjadi dalam beberapa tahapan dengan
melibatkan nitrogen yang terdapat di atmosfer dan oksigen di bawah pengaruh
lecutan elektrik dan petir untuk memproduksi oksida nitrit.

Oksida nitrit (2NO) kemudian dioksidasi menjadi nitrogen peroksida

Selama hujan nitrogen peroksida (NO2) bersama air hujan membentuk

asam nitrit (HNO2) dan asam nitrat (HNO3) yang turun bersama dengan hujan.
 Di tanah, radikal alkali di tanah bereaksi dengan HNO 3 untuk meghasilkan
nitrit dan nitrat larut dalam air yang dapat diabsorbsi tanaman melalui akar.

b. Fiksasi nitrogen secara biologi

Beberapa agen biologi yang berperan dalam fiksasi nitrogen ialah bakteri
simbiotik dan non simbiotik seperti bakteri, khamir, Actinomycetes, dan alga hijau
biru (Pandey dan Sinha 1990). Menurut sastramihadja (1990) mikroorganisme
yang mampu mengubah molekul nitrogen sehingga mampu untuk digunakan oleh
tumbuhan dibagi beberapa tipe antara lain:
Mikroorganisme yang hidup dalam akar tumbuhan tertentu dan
membentuk bintil akar. Misalnya akar polong-polongan (leguminosae)
dengan Rhizobium sebagai simbionnya. Akar bukan polong-polongan
seperti Alnus, Myrica, dan lain-lain sebagai simbionnya adalah
Actinomycetes. Fiksasi nitrogen biasanya membawa keuntungan pada
kedua belah pihak. Tanaman yang terinfeksi oleh bakteri pada masa benih
tumbuh dengan bintil-bintil pada akarnya yang mana mempengaruhi
persediaan ion besi yang berpigmen warna merah yang dinamakan
hemoglobin (Hb) yang membantu mengoptimalkan kondisi fiksasi
nitrogen.
M
N2+ 6H o 2NH3
Hb
Semua Rhizobium adalah bakteri aerobik yang bertahan secara saprofit di
dalam tanah sampai mereka menginfeksi bulu akar atau kadang sel
epidermis yang rusak. Bulu akar yang biasanya tanggap terhadap invasi
tersebut pertama-tama mengeriting dan mengelilingi bakteri
(pengeritingan disebabkan oleh molekul tak dikenal yang dilepaskan oleh
bakteri). Selanjutnya enzim dari bakteri merombak bagian dari dinding
sel sehingga bakteri masuk dalam bulu-bulu akar. Bakteri membelah
dengan cepat lalu masuk ke dalam korteks. Di sel korteks sebelah dalam
bakteri dilepas ke sitoplasma dan menyebabkan beberapa sel tetrapoid

1
 membelah. Pembelahan menyebabkan proliferasi jaringan, membentuk
bintil akar dewasa. Sel bintil akar mengandung beberapa ribu bakteroid
(bakteri yang membesar dan tidak bergerak). Penambatan nitrogen di
bintil akar terjadi secara langsung di dalam bakteroid. Tumbuhan inang
menyediakan karbohidrat bagi bakteroid yang akan dioksidasi sehingga
memperoleh energi (Salisbury dan Ross 1995).
Bakteri tanah heterotrof tertentu yang hidup bebas, contohnya Clostridium
pasteuranum (aneorob) dan Azobacter (aerob)
Bakteri berfotosintesis, contohnya Rhodospirillum rubrum.
Beberapa ganggang hijau berfotosintesis, misalnya nostoc, Anabaena, dan
Oscillatoria. Ganggang tersebut memiliki kemampuan untuk mengolah
nitrogen di atmosfer.
Cendawan, Khamir yang diisolasi dari tanah yang memiliki jumlah
nitrogen yang sangat rendah. Mikoriza merupakan cendawan yang
bersimbiosis dengan akar tanaman yang mampu mengikat nitrogen bebas.
2. Amonifikasi
Amonifikasi merupakan pengubahan nitrogen organik menjadi ammonium
(NH4) oleh bakteri dan cendawan tanah (Salisbury dan Ross 1995). Menurut
Pandey dan Sinha (1990) amonifikasi ialah proses pembentukan amonium/
amonia dari bahan-bahan organik melalui peristiwa dekomposisi dengan bantuan
mikroorganisme tanah. Organisme yang bertanggungjawab untuk melepaskan
amonia adalah bakteri saprofitik seperti Bacillus mycoides, B. ramosus, B.
vulgaris yang disebut sebagai bakteri amonifikasi.
3. Nitrifikasi
Proses oksidasi lebih lanjut Amonium (NH4+) atau amonia (NH3) menjadi
nitrit dan nitrat (salisbury dan Ross 1995). Amonia yang dihasilkan dirubah dalam
bentuk nitrat oleh aktivitas nitrifikasi sehingga dinamakan nitrifikasi.
Proses nitrifikasi diawali dengan pengoksidasian amonia menjadi nitrit
oleh Nitrosomonas dan Nitrosoccocus.

2
 Dalam proses ini bakteri juga mendapat keuntungan yakni bakteri dapat
menggunakan energi yang dilepaskan pada saat oksidasi dan digunakan untuk
kemosintesis. Pada temperatur tanah 30-35oC pada tanah alkalin, tanah gembur,
aktivitas bakteri ini terjadi secara maksimum.
4. Denitrifikasi
Denitrifikasi merupakan suatu proses reduksi nitrat menjadi bentuk N 2,
NO, N2O, NO2, dan NO3- oleh bakteri anaerobik dimana molekul-molekul ini akan
kembali ke atmosfer. Bakteri tersebut menggunakan NO3- sebagai penerima
elektron selama respirasi, sehingga diperoleh energi bagi kelangsungan hidupnya.
Bakteri yang berperan dalam proses reduksi nitrat ini ialah Pseudomonas
denitrificans, P. Stutzeri, Bacillus subtilis, Thiobacillus denitrificans,
Micrococcus, Clostridium dan lain-lain.
Melalui kehadiran Sulfur dan air, bakteri Thiobacillus akan mengubah
nitrat menjadi sulfat dan nitrogen, terjadi pelepasan energi

Di alam HNO3 diubah menjadi gugus amine ( R.NH2). Amine akan diubah
ke dalam NO2, NH2, yang akan melepaskan nitrogen bebas atau akan diubah ke
dalam N2O. N2O akan diubah kembali menjadi NO2, NH2. HNO2 yang diproduksi

3
akan diproses dan dirubah menjadi H2N2O2 melewati pembentukan HNO dan
H2N2O2 dengan bantuan Bacillus dapat memproduksi N2O yang selanjutnya
dirubah menjadi nitrogen bebas oleh Pseudomonas. HNO dapat diubah menjadi
nitrogen bebas dibantu oleh Pseudomonas melewati pembentukan NH2OH. HNO
juga dapat diubah menjadi NH3.

5. Asimilasi Nitrogen
Bagi tumbuhan yang tidak dapat menambat N 2, sumber utama nitrogennya
adalah NO3- dan NH4+. Kebanyakan dari tanaman menyerap nitrogen dalam
bentuk NO- sebab NH4+ segera dioksidasi menjadi NO3- oleh bakteri nitrifikasi.
Tapi komunitas konifer dan rumputan menyerap sebagian nitrogen dalam bentuk
NH4+ sebab nitrifikasi dihambat oleh pH tanah yang rendah atau oleh tanin dan
senyawa fenol. Asimilasi nitrat merupakan perubahan nitrat menjadi amonium
atau amonia. Tahapan pengubahan ini melibatkan beberapa enzima sebagai
katalisatornya.

Fiksasi Nitrogen Secara Biologi Dan Biokimia

a. Fiksasi Nitrogen Secara Biologi

Nitrogen tersedia bagi tumbuhan berkat metabolisme bakteri tanah.
Supaya tumbuhan dapat menyerap nitrogen harus diubah menjadi ammonium
(NH4+) atau nitrat (NO3-). NH4+ dan NO3- dalam tanah bukan diperoleh dari

4
perombakan batuan. Dalam jangka pendek, sumber utama mineral bernitrogen
adalah penguraian humus oleh mikroba, yang meliputi bekteri pengurai
pengamonifikasi. Dengan cara tersebut nitrogen dalam senyawa organik, seperti
protein dibungkus ulang dalam senyawa anorganik yang dapat di daur ulang
ketika mereka diserap sebagai mineral oleh akar. Namun demikian, nitrogen
hilang dari siklus lokal ketika mikroba tanah yang disebut bakteri pendenitrifikasi
mengubah NO3- menjadi N2, yang berdifusi dari tanah ke atmosfer. Bakteri lain,
yang disebut pemfiksasi nitrogen, menumpuk ulang mineral nitrogen dengan cara
mengubah N2 menjadi menjadi NH3 (ammonia) (Campbell,2003).
Tanah dipenuhi oleh sejumlah spesies bakteri yang hidup bebas, yang
tergolong prokariota yang memfiksasi nitrogen. (spesies lain dari bakteri
pemfikasasi nitrogen itu hidup pada akar tumbuhan dalam hubungan simbiotik)
(Campbell, 2003). Organisme prokariota yang mengatur fiksasi nitrogen, disebut
nitrogen fixers mencakup organisme yang hidup bebas dan yang membentuk
hubungan simbiosis dengan organisme lain. Karena hanya organisme prokariota
yang memiliki kompleks enzim, yang disebut nitrogenase, yang mengkatalis dan
mereduksi dinitrogen (N2) bebas ke ammonia (Hopkins dan Huner, 2009).
Satu kompleks enzim, yang disebut nitrogenase mengkatalis dan
mereduksi dinitrogen (N2) menjadi NH3 dengan cara menambahkan elektron
bersama-sama dengan ion hidrogen. Fiksasi nitrogen sangat mahal dalam artian
energi metabolis. Untuk setiap molekul ammonia disintesis bakteri membutuhkan
biaya sebesar 8 molekul ATP. Bakteri pemfiksasi nitrogen paling berlimpah di
tanah yang kaya akan bahan organik, yang menyediakan bahan bakar respirasi
seluler (Campbell,2003).
Dalam tanah ammonia mengambil ion hidrogen lain untuk ammonium
(NH4+), yang diserap dapat oleh tumbuhan. Tumbuhan memperoleh nitrogen
terutama dalam bentuk nitrat (NO3-) yang dihasilkan dalam tanah oleh bakteri
nitrifikasi yang mengoksidasi ammonium. Setelah nitrat diserap oleh akar, suatu
enzim tumbuhan mereduksi nitrat tersebut kembali ke ammonium, sehingga
enzim lain menggbungkannya dengan asam amino dan senyawa organik lainnya.
Sebagian besar spesies tumbuhan mengangkut nitrogen dari akar ke tunas, melalui

5
xylem, dalam bentuk nitrat atau senyawa organik yang disintesis dalam akar
(Campbell,2003).

Gambar 1. Mekanisme suplay Nitrogen oleh bakteri

Sumber : Reece et al., (2011)
Selain dalam bentuk bebas, terdapat pula bakteri pemfiksasi nitrogen yang
bersimbiosis dengan tanaman. Umumnya hal ini pada tanaman leguminosae.
Dalam hubungan simbiosis, tanaman dikenali sebagai inang dan mikroba dikenal
sebagai mikrosimbion. Bentuk yang paling umum dari hubungan simbiosis antara
mikrosimbion dan inang menghasilkan pembentukan membesar, struktur
multiseluler, yang disebut nodul pada akar (atau kadang-kadang batang) dari
tanaman inang (Hopkins dan Huner, 2009)
Pada kacang-kacangan, mikrosimbion adalah bakteri salah satu dari tiga
genus: Rhizobium, Bradyrhizobium, atau Azorhizobium. Secara bersama,
organisme ini disebut sebagai rhizobia. Hanya satu genus nonpolongan
Parasponia (dari keluarga Ulmaceae), dikenal untuk membentuk bintil akar
(Nodul) dengan simbion rhizobia (Hopkins dan Huner, 2009).

6
 Tabel 1. Beberapa contoh kekhususan dalam simbiosis rhizobia-kacangan
Sumber : (Hopkins dan Huner, 2009)
Rhizobia menginfeksi akar, yang menginduksi perkembangan nodul.
Menurut Hopkins dan Huner (2009), urutan peristiwa pembentukan nodul akar
dimulai dengan infeksi bakteri dari akar dan berakhir dengan pembentukan
matang, nodul nitrogen. Peristiwa pembentukan nodul dibagi dalam 4 tahap
utama:
1. Perbanyakan rhizobia itu, kolonisasi rizosfer, dan keterikatan pada sel-sel
epidermis dan akar rambut.
2. Terjadi pelekukan dari akar rambut dan invasi bakteri untuk membentuk
benang infeksi.
3. Inisiasi nodul dan pengembangan di korteks akar (tahap ini bersamaan
dengan tahap ke satu).
4. Pelepasan bakteri dari benang infeksi dan diferensiasi mereka sebagai sel
nitrogen khusus.

7
 Gambar 2. Skema diagram dari proses infeksi yang menyebabkan terbentuknya nodul
Sumber : (Hopkins dan Huner, 2009)

b. Fiksasi Nitrogen Secara Biokimia

Dinitrogen tidak mudah berkurang karena ikatan nitrogen interatomik
(NN) sangat stabil. Dalam proses industri, pengurangan nitrogen ikatan rangkap
tiga dengan hidrogen dapat dicapai hanya pada suhu tinggi dan tekanan dan pada
biaya energi yang cukup. Reduksi secara biologis dinitrogen sama mahal,
memakan sebagian besar photoassimilate yang disediakan oleh tanaman inang
(Hopkins dan Huner, 2009). Konversi nitrogen atmosfer (N2) menjadi ammonia
(NH3) adalah suatu proses rumit yang bertahap (Campbell,2003).
Menurut (Hopkins dan Huner, 2009) Reaksi keseluruhan untuk reduksi
dinitrogen ke amonia oleh nitrogenase ditunjukkan dalam persamaan berikut:
8H+ + 8e + N2 + 16 ATP 2NH3 + H2 + 16 ADP + 16Pi
Kompleks enzim Nitrogenase mengkatalisis seluruh urutan reaksi, yang
mengurangi N2 menjadi NH3 dengan menambahkan elektron dan H +. Karena
proses fiksasi nitrogen membutuhkan 8 molekul ATP untuk setiap NH3 yang
disintesis, bakteri nitrogen-fixing membutuhkan pasokan yang kaya karbohidrat
dari bahan pembusukan, sekresi akar, atau (dalam kasus Rhizobium) jaringan
vaskular akar (Cambell,2003).

8
 Gambar 3. diagram skematik penampang melalui nodul matang. koneksi vascular dengan
tanaman inang menyediakan untuk pertukaran karbon dan nitrogen antara host dan mikrosimbion
Sumber : (Hopkins dan Huner, 2009).
Produk utama fiksasi nitrogen biologis adalah ammonia, tapi itu untuk
setiap molekul dinitrogen tereduksi, satu molekul hidrogen yang dihasilkan. Pada
langkah pertama, protein Fe dikurangi dengan elektron donor utama, umumnya
ferredoxin. Ferredoxin adalah protein kecil yang mengandung gugus besi-sulfur.
Elektron dibawa oleh gugus besi, ferredoxin tidak hanya berperan dalam fiksasi
nitrogen, tetapi merupakan pembawa elektron penting dalam fotosintesis juga.
Pada langkah kedua, protein Fe berkurang melewati elektron ke protein MoFe,
yang mengkatalisis pengurangan dari kedua gas dinitrogen dan hidrogen. Peran
yang tepat dari ATP dalam reaksi belum jelas, tetapi diketahui bereaksi dengan
mengurangi protein Fe dan menyebabkan perubahan konformasi protein ini yang
mengubah nya potensial redoks. Hal ini memfasilitasi transfer elektron antara
protein Fe dan protein MoFe. Ukuran biaya energi adalah jumlah ATP yang
dibutuhkan. Setidaknya 16 ATP yang diperlukan untuk setiap molekul dinitrogen
pengurangan dua untuk setiap elektron ditransfer (Hopkins dan Huner, 2009).

Gambar 4. diagram skematik reaksi dinitrogenase di bakteroid.

Sumber : (Hopkins dan Huner, 2009).

9
Hubungan Antara Fotosintesis, Respirasi, Dan Fiksasi Nitrogen Oleh Bakteri
Pengikat N Yang Bersimbiosis Dengan Tumbuhan

Kekurangan nitrogen adalah masalah gizi yang paling umum pada

tanaman. Hal ini membingungkan ketika dipertimbangkan bahwa atmosfer hampir
80% nitrogen. Tapi meskipun tanaman bermandikan gas nitrogen (N2), mereka
tidak dapat menyerap langsung dari udara. Untuk digunakan oleh tanaman, N 2
harus dikonversi ke amonium (NH4+) atau nitrat (NO3-). Dalam tanah, amonium
dan nitrat yang dihasilkan dari N2 atmosfer atau dari bahan organik oleh bakteri
(Reece et al., 2012).
Tanaman memiliki hubungan mutualistik dengan beberapa kelompok
bakteri yang membantu membuat nitrogen lebih tersedia. Dari perspektif global,
tidak ada nutrisi mineral yang lebih membatasi pertumbuhan tanaman dari pada
nitrogen, yang dibutuhkan dalam jumlah besar untuk sintesis protein dan asam
nukleat (Reece et al., 2011). Contohnya adalah hubungan simbiosis antara legum
dan bakteri pengikat nitrogen adalah mutualistik di bahwa bakteri memasok
tanaman inang dengan nitrogen tetap sedangkan tanaman menyediakan bakteri
dengan karbohidrat dan senyawa organik lainnya. bintil akar menggunakan
sebagian amonium yang dihasilkan untuk membuat asam amino, yang kemudian
diangkut ke pengambilan melalui xilem (Reece et al., 2011).
Hubungan mutualisme khusus antara bakteri Rhizobium dan akar legum
melibatkan perubahan dramatis dalam struktur akar. Di sepanjang akar legum
terjadi pembengkakan yang disebut nodul, terdiri dari sel-sel tumbuhan yang telah
"terinfeksi" oleh bakteri Rhizobium. Di dalam setiap nodul, bakteri Rhizobium
mengasumsikan bentuk yang disebut bakteroid, yang terkandung dalam vesikel
terbentuk dalam sel akar. Hubungan legum-Rhizobium menghasilkan nitrogen
lebih bermanfaat bagi tanaman dari semua pupuk industri yang digunakan saat ini,
dan hubungan mutualisme yang memberikan jumlah yang tepat dari nitrogen pada
waktu yang tepat. Selain memasok legum dengan nitrogen, fiksasi nitrogen ini
secara signifikan mengurangi pengeluaran pupuk untuk tanaman berikutnya.
Lokasi bakteroid dalam hidup, sel-sel non-fotosintetik kondusif untuk fiksasi
nitrogen, yang memerlukan lingkungan anaerobik (Reece et al., 2011).

10
 Gambar 5. Akar legume yang terinfeksi rhizobia
Sumber : Reece et al., (2012)
Sumber utama energi untuk fiksasi nitrogen simbiotik adalah karbohidrat
yang dihasilkan oleh fotosintesis pada tanaman inang. Sebagian dari karbohidrat
yang dialihkan dari pabrik ke bacteroid, di mana ia dimetabolisme untuk
menghasilkan potensi reduksi dan ATP yang diperlukan. Fiksasi nitrogen
menguras sumber karbon dari tanaman inang dalam jumlah besar. Diagram
meringkas integrasi fotosintesis, respirasi, dan fiksasi nitrogen disajikan sebagai
berikut.

Gambar 6. Interaksi antara fotosintesis, respirasi dan fiksasi nitrogen oleh bakteri
Sumber : Hopkins dan Huner (2009).
Meskipun fiksasi nitrogen membutuhkan energy yang berasal dari
fotosintesis, namun proses fotosintesis itu sendiri juga sangat bergantung pada
keberadaan nitrogen. Laju fotosintesis maksimum yang mungkin dari daun,

11
dikenal sebagai kapasitas daun fotosintesis, ditentukan sebagai laju fotosintesis
per satuan luas daun dalam kondisi jenuh cahaya, CO2 normal dan konsentrasi O2,
suhu optimum, dan kelembaban relatif tinggi. Berkurangnya fotosintesis
merupakan konsekuensi dari kekurangan unsur yang sebagian besar adalah unsure
esensial, tapi kapasitas fotosintesis sangat sensitif terhadap pasokan nitrogen.
Sebagai konstituen dasar klorofil, operator redoks dalam rantai transpor elektron
fotosintesis, dan semua enzim yang terlibat dalam metabolisme karbon, nitrogen
memainkan peran penting dalam produktivitas primer. Salah satu dampak dari
kekurangan nitrogen adalah mengurangi jumlah dan aktivitas enzim fotosintetik.
(Hopkins dan Huner, 2009).

Gambar 7. Hubungan antara konten nitrogen organic daun dan fotosintesis

Sumber : (Hopkins dan Huner, 2009)
Untuk memaksimalkan biomassa, tanaman membutuhkan integrasi dari
jalur metabolik yang kompleks termasuk fotosintesis, respirasi, dan asimilasi
nitrogen. Hal ini disebabkan fakta bahwa fotosintesis menyediakan energi dalam
bentuk karbon tetap serta kerangka karbon dasar untuk semua konstituen seluler
yang diperlukan. Energi disimpan sebagai karbon tetap melalui fotosintesis
diambil oleh sel untuk semua proses lain seperti pertumbuhan dan pembangunan
melalui proses respirasi. Peralihan dari siklus TCA dikombinasikan dengan nitrat
asimilasi untuk melaksanakan biosintesis asam amino. Energi fotosintesis
digunakan langsung dalam reduksi nitrat dan asimilasi nitrogen menyediakan
asam amino untuk sintesis enzim dan protein yang terlibat dalam kedua
fotosintesis dan respirasi. Dengan demikian, semua tiga jalur metabolisme primer
erat satu sama lain (Hopkins dan Huner, 2009)

12
 Gambar 7. Diagram ilustrasi hubungan antara fotosintesis, respirasi dan asimilasi nitrogen
Sumber : (Hopkins dan Huner, 2009)

Proses Konversi Amoniak Menjadi Nitrogen Organic

Produk stabil pertama dari fiksasi nitrogen adalah amonia (NH3),
meskipun pada pH fisiologis amonia hampir dipastikan terprotonasi membentuk
ion amonium (Hopkins dan Huner, 2009).
Bakteri amonifikasi, biasanya hidup sebagai decomposer pada tanah
humus, menghasilkan ammonia (NH3) dengan menurunkan nya sebagai protein
atau komponen organik. Bakteri nitrogen-fixer mengubah gas nitrogen (N2)
menjadi NH3 dengan menggabungkannya dengan H+ yang tersedia di tanah untuk
membentuk NH4+ (Reece et al., 2011).
NH3 + H+ NH4+
Tanaman yang tidak dapat memperbaiki dinitrogen memenuhi kebutuhan
gizi mereka dengan mengambil nitrogen dari tanah. Meskipun ada pengecualian,
sebagian besar tanaman yang mampu menyerap baik NH4+ atau NO3-, tergantung
pada ketersediaan relatif mereka di dalam tanah. Dalam sebagian besar tanah,
amonia cepat dikonversi menjadi nitrat oleh bakteri nitrifikasi. Bakteri nitrifikasi
tidak tumbuh dengan baik dalam kondisi anaerob dan akibatnya ammonia akan
terakumulasi di tanah yang mengalami kekeringan. Nitrifikasi sendiri juga
terhambat di tanah asam kuat. (Hopkins dan Huner, 2009)
Terlepas dari rute yang diambil, asimilasi mineral (anorganik) nitrogen
menjadi molekul organik merupakan proses yang kompleks yang memerlukan
energi yang sangat intensif. Diperkirakan, misalnya, bahwa asimilasi amonium
nitrogen memakan dari 2 sampai 5 persen dari total produksi energi tanaman.
Nitrat, di sisi lain, pertama harus direduksi menjadi ammonium sebelum dapat

13
berasimilasi, seharga hampir 15 persen dari total produksi energi (Hopkins dan
Huner, 2009).
Peneltian mengindikasikan bahwa inisial dari produk organic adalah asam
amino glutamine. Asilmilasi NH4+ menjadi glutamine oleh nodul legume
dilakukan dengan siklus sintesis glutamate, jalur yang melibatkan dua macam
enzim glutamine synthetase (GS) dan glutamate synthase (GOGAT)2. Baik GS dan
GOGAT merupakan protein nodulin yang menunjukkan konsentrasi tinggi pada
sitoplasma inang dari sel yang terinfeksi, diluar membrane peribakteroid. NH4+
dibentuk di bakteroid harus berdifusi menyebrangi membran peribakteroid
sebelum dapat di asimilasi.
Reaksi pertama dari siklus sintesis glutamate, yang dikatalis oleh GS,
menambahkan NH4+ ke glutamate membentuk glutamine, dengan reaksi sebagai
berikut.
glutamate + NH4+ + ATP glutamine + ADP + Pi
Energi untuk aminasi glutamat menggunakan ATP, yang sebelumnya juga
digunakan dalam fiksasi nitrogen. Glutamine diubah ulang menjadi glutamate
dengan transfer grup amide menjadi molekul -ketoglutarate. Berikut reaksinya.
glutamine + -ketoglutarate + NADH 2glutamate + NAD+
Reaksi diatas dikatalis oleh GOGAT dan mengasilkan potensial reduksi
pada bentukan NADH. -Ketoglutarate didapat dari fotosintetik karbon dalam
respirasi tumbuhan inang. -Ketoglutarate adalah jalur respirasi intermediet untuk
oksidasi glukosa. Reaksi diatas menghasilkan dua molekul glutamate. Namun
hanya satu molekul yang akan tetap berada pada siklus, dan yang lain diekspor ke
tanaman inang. Sehingga, karbon dari fotosintesis dan nitrogen yang telah
difiksasi oleh mikrosimbion membentuk nitrogen organik yang dikirim ke nodul
dan digunakan oleh inang.

Proses Asimilasi Nitrogen Dalam Bentuk Ammonium Dan Nitrat Oleh

Tumbuhan

Tidak seperti mineral tanah lain, ion ammonium (NH 4+) dan ion nitrat
(NO3) yang dapat digunakan tanaman, tidak dapat ditransfer secara langsung oleh
tanaman (Reece et al., 2011). Namun beberapa tanaman tidak selalu dapat

14
mengambil nitrogen dalam bentuk NH4+ atau NO3- sekaligus. Salah satu contoh
ekstrim adalah cranberry (Vaccinium macrocarpon), yang tidak dapat
memanfaatkan NO3- sebagai sumber nitrogen dan harus mengambil nitrogen
dalam bentuk ion amonium (Hopkins dan Huner, 2009).
Bagi tumbuhan yang hanya menerima nitrogen dalam bentuk NO 3, melalui
nitrifikasi, NH3 dioksidasi menjadi nitrit (NO2-), diikuti dengan oksidasi nitrit
menjadi nitrat (NO3-). Setelah akar menyerap NO3-, enzim di tumbuhan
mereduksinua kembali menjadi NH4+, dimana enzim lain terlibat untuk
mengubahnya menjadi asam amino dan komponen organik lain (Reece et al.,
2011).
a. Asimilasi Amonium
Meskipun NH4+ sudah tersedia untuk banyak tanaman, baik sebagai
produk fiksasi nitrogen atau dengan serapan dari tanah, itu juga cukup beracun
untuk tanaman. Dalam sistem nitrogen, NH4+ akan menghambat aksi
dinitrogenase. Amonium juga mengganggu metabolisme energi sel, terutama
produksi ATP. Bahkan pada konsentrasi rendah, NH4+ memiliki potensi untuk
melepaskan pembentukan ATP dari transpor elektron di mitokondria maupun
kloroplas. Akibatnya, tampak bahwa tanaman sakit mampu mengakumulasi
kelebihan bebas NH4+. Hal ini diasumsikan bahwa sebagian besar tanaman
menghindari masalah toksisitas dengan cepat menggabungkan NH 4+ menjadi asam
amino (Hopkins dan Huner, 2009).
Jalur umum untuk asilimasi NH4+ pada simbion pemfiksasi nitrogen
menghasilkan dalam jumlah besar untuk menyuplai nodul dengan dinitrogen
(13N2 atau 15N2). Saat ditranspor oleh xylem, nitrogen masih dalam dalam wujud
NH4+. Dalam kondisi normal, untuk melewati membrane sel, NH 4+ akan diubah
menjadi nitrogen organik yaitu protein glutamine oleh enzim GS untuk melewati
membrane sel. Kemudian didalam sel akan diubah kembali menjadi glutamate
oleh enzim GOGAT (Hopkins dan Huner, 2009).

15
 Gambar 8. Asimilasi glutamate dengan siklus sintesis glutamate
Sumber : Hopkins dan Huner, (2009)

Terdapat jalur alternatif untuk asimilasi nitrogen, yang merupakan reduksi

aminasi secara langsung pada of -ketoglutarate oleh enzim glutamate
dehydrogenase (GDH). Meski demikian, aktivitas GDH terdeteksi di nodul,
sehingga tidak ada convincing evidence yang memainkan peran signifikan untuk
asimilasi NH4+ diatas circumstances normal. Kuantitas dan aktivitas GS dan
GOGAT sangat tinggi daripada GDH. GS sendiri terdapat sekitar 2% dari total
protein soluble pada bakteroid. Dalam kondisi ini GHD redah afinitas untuk NH 4+
dimana GS lebih berpotensi muntuk menyediakan NH 4+ . Harga untuk siklus
sintesis glutamate adalah satu ATP untuk tiap asimilasi NH 4+, namun
keuntungannya hal ini dapat mempercepat asimilasi. Afinitas tinggi GS untuk
NH4+, bersamaan dengan tingginya konsentrasi enzim, menunjukkan bahwa
konsentrasi NH4+ bebas dijaga agar tetap dibawah level beracun (Hopkins dan
Huner, 2009). Sebelum meninggalkan siklus sintesis glutamate, sangat penting
diingat bahwa GS dasn GOGAT tidak retristik ke nodul. Enzim berlokasi di akar
dan meninggalkan tumbuhan nonn-fiksasi nitrogen dimana mereka juga
mengkatalis asimilasi nitrogen pada NH4+ (Hopkins dan Huner, 2009).

b. Asimilasi Nitrat
Kecuali pada kondisi ekstrim, nitrat (NO3-) lebih berlimpah dalam bentuk
nitrogen di tanah yang tidak terlibat asosiasi fiksasi nitrogen. Namun demikian,
asimilasi NO3- oleh tanaman sangat sensitif pada temperatur, inhibitor respirasi
dan sintesis protein dan kondisi anaerob. Transpor NO 3- melewati membrane sel
akar dibantu oleh protein carrier (Hopkins dan Huner, 2009).

16
 Sel akar tidak pernah terbuka pada nitrat, kondisi ini terjadi karena
pembatasan kapasitas NO3- yang diambil. Artinya hanya terdapat sejumlah kecil
protein carrier pada membrane pada tiap waktu. Pada ketersediaan nitrat diluar,
tingkat pengambilan meningkat dari dua sampai lima, namun kehadiran inhibitor
sintesis protein menyebabkan kecepatan menurun pada ketetapan level.
Sensitivitas serapan NO3- oleh inhibitor sintesis protein menunjukkan bahwa
sebagian besar protein pembawa terinduksi, oleh kehadiran NO3- dalam tanah
yang merangsang sintesis protein pembawa baru. Sekali di dalam akar, NO3- dapat
disimpan dalam vakuola, berasimilasi dalam sel akar, atau translokasi dalam
xilem ke daun untuk asimilasi.
Nitrat tidak bisa diasimilasi secara langsung namun harus direduksi lebih
dulu menjadi NH4+ untuk di asimilasi ke komponen organik. Disini terdapat dua
tahapan proses, pertama adalah reduksi NO3- ke nitrit (NO2-) oleh enzim nitrat
reduktase (NR). Berikut persamaan reaksinya.
2H+ + NO3 + 2e NO2 + H2O
NR umumnya diasumsikan enzim sitosol. Produk NO2 kemudian bergerak ke
plastida (di akar) atau kloroplas (daun) di mana ia dengan cepat direduksi menjadi
NH4+ oleh enzim nitrit reduktase (NIR). Pada daun, elektron yang diperlukan
untuk mereduksi NO2 untuk dihasilkan NH4 + oleh transpor elektron fotosintesis.
Dengan demikian, asimilasi NO3- bersaing dengan asimilasi CO2 untuk elektron
fotosintesis. Akibatnya, asimilasi NO3 dalam daun juga dapat dianggap sebagai
proses fotosintesis mirip dengan asimilasi CO 2. Interaksi antara karbon dan
metabolisme nitrogen menunjukkan pentingnya transpor elektron fotosintesis
dalam metabolisme reduktif utama secara keseluruhan (Hopkins dan Huner,
2009). Berikut reaksi yang terjadi di daun.
8H+ + NO2 + 6e NH4+ + 2H2O
Nitrit adalah racun dan jarang ditemukan pada konsentrasi tinggi pada
tanaman. Hal ini tidak diragukan lagi karena aktivitas NIR (per gram berat kering
jaringan) lebih tinggi dari aktivitas NR. Dihasilkan amonia kemudian dengan
cepat berasimilasi menjadi senyawa organik melalui sistem GS / GOGAT. Dalam
sistem non-nitrogen-fixing, baik GS dan GOGAT biasanya ditemukan di akar dan
daun sel. GS ditemukan dalam sitosol sel akar dan dalam kedua sitosol dan

17
kloroplas sel daun. GOGAT adalah enzim plastid, terlokalisasi dalam kloroplas
daun dan di plastida di akar. Tergantung pada lokasi, GOGAT dapat menggunakan
ferredoxin, NADH, atau NADPH sebagai donor elektron (Hopkins dan Huner,
2009).

18