Oleh
Arbayati, S.Pd.
NIM: 22325259005
Kebanyakan prokariota merupakan organisme yang luar biasa kecil. Namun sebenarnya,
hanya organisme yang berukuran besarlah satu-satunya prokariota. Yang lainnya adalah
anggota-anggota eukariota uniselular yang beraneka ragam dan baru ditemukan, secara informal
dikenal sebagai protista (protist). Protista, bersama tumbuhan, hewan, dan fungi,
diklasifikasikan sebagai eukariota; mereka berada di dalam domain Eukarya, salah satu dari
ketiga domain kehidupan. Tidak seperti sel-sel prokariota, sel-sel eukariota memiliki nukleus
dan organel-organel terselubung membran yang lain, seperti mitokondria dan aparatus Golgi.
Organel-organel semacam itu menyediakan lokasi yang spesifik bagi keberlangsungan fungsi-
fungsi tertentu, menjadikan struktur dan organisasi sel-sel eukariotik lebih kompleks daripada
sel-sel prokariotik. Nutrisi protista lebih beraneka ragam daripada kelompok eukariota yang
lain. Beberapa protista adalah fotoautotrof dan memiliki kloroplas. Protista yang lain adalah
heterotrof, mengabsorpsi molekul organik atau mencerna partikel makanan yang lebih besar.
Protista yang lain lagi, disebut miksotrof (zixotroph), menggabungkan fotosintesis dan nutrisi
heterotrofik. Fotoautotrofi, heterotrofi, maupun miksotrofi semua dimunculkan secara
independen pada banyak garis keturunan protista. Reproduksi dan siklus hidup juga sangat
bervariasi pada protista. Beberapa protista sepenuhnya aseksual; yang lain juga dapat
bereproduksi secara seksual atau setidaknya melaksanakan proses seksual berupa meiosis dan
fertilisasi (Langda et al., 2020). Berikut contoh gambar salah satu keragaman bentuk dan
Gambar 2. Komposisi komunitas protista dalam serasah di tingkat taksonomi yang berbeda. (A) filum, (B)
ordo. (C) famili, (D): Level Genus. B1, B2 dan B3 mewakili sampel serasah B. ischaemum. I1, I2 dan I3
mewakili sampel serasah I. cylindrica.
Gambar 3. Analisis redundansi untuk menentukan korelasi antara komunitas protista dan
sifat serasah. Korelasi antara komunitas protista dan isi karakteristik nutrisi (a) dan aktivitas
enzimatik (B) pada tingkat ordo. Korelasi antara komunitas protista dan isi Karakteristik nutrisi (C)
dan aktivitas enzimatik (D) pada tingkat genus. Panah merah menunjukkan sifat serasah dan panah
biru menunjukkan kelompok dominan dengan 5 kelimpahan relatif teratas.
Gambar 4. Analisis korelasi Spearman’s rank antara protista dominan dan sifat serasah pada ordo (A)
dan Genus (B) Level (* p <005; ** p <0,01; *** p <0,001).
signifikan dan berkorelasi positif dengan kandungan TN dan aktivitas urease dan invertase,
sementara mereka berkorelasi negatif dengan kandungan TC dan selulase dan aktivitas katalase
(Gambar 6A). Secara khusus, cryomonadida berkorelasi positif dengan kandungan TN dan
aktivitas invertase (p <0,05) dan berkorelasi negatif dengan TC dan aktivitas selulase (p <0,01).
Di sisi lain, colpodida dan oomycota_x berkorelasi negatif aktivitas Urease Sampah (P <0,05).
Pada tingkat genus, sebagian besar protozoa berkorelasi positif untuk aktivitas TN dan polifenol
oksidase tetapi berkorelasi negatif dengan kandungan TC dan aktivitas selulase dan urease
(Gambar 6B). Berikut ini menggambarkan kinerja spesifik yang diamati: Tychosporium secara
signifikan dan positif berkorelasi dengan aktivitas urease (p <0,05), dan glissonadida_xx
berkorelasi negatif dengan kandungan TC dan aktivitas selulase (p <0,01). Phytophthora
berkorelasi negatif dengan aktivitas urease dan berkorelasi positif dengan aktivitas katalase (p
<0,05). Selain itu, ada yang signifikan korelasi positif antara pseudoplatyopya dan aktivitas
polifenol oksidase (p <0,05).
Banyak protista berada di kedua daun tanaman, serta dalam berbagai spesies (Liu, Yan, &
Chen, 2015) yang memiliki efek pada karakteristik komunitas bakteri dan yang mengubah
fungsionalitas komunitas mikroba (Jia, Liang, Guo& Chai, 2021). Hasil dari penelitian ini
menunjukkan bahwa ciliate dan cercozoa adalah dua komunitas protozoa dominan di kedua
jenis serasah. Zhu et al. (2020) menganalisis keragaman ciliate di tanah hutan Gunung Taibai
dan di daerah rawa dan lahan basah di Dataran Tinggi Gannan, Cina. Mereka menemukan
bahwa Colpodida adalah umum untuk kedua lingkungan dan juga menjadi komunitas dominan
di tanah yang terkontaminasi logam berat, yang menunjukkan bahwa Colpodida memiliki
toleransi tertentu terhadap polusi logam berat (Bischoff, Connington, Winter, 2016).
Selanjutnya, Bonanomia et al. (Dassen et al., 2017) melaporkan bahwa ciliate dan amuba adalah
komunitas protozoa utama ditemukan di berbagai tanaman serasah. Ciliate juga merupakan
komponen penting dari komunitas mikroba dan menghuni hampir semua lingkungan di Bumi.
Mereka memainkan peran penting dalam mengatur komunitas bakteri dan mengubah nutrisi.
Hasil dari studi ini menunjukkan perbedaan komposisi protozoa antara I. cylindrica dan B.
ischaemum serasah. Misalnya, kelompok spesies Hausmanniella yang dominan berbeda secara
signifikan antara serasah dari dua spesies rumput ini, dan kelimpahan relatif tychosporium dan
rhogostoma_lineage_x dalam I. cylindrica serasah secara signifikan lebih tinggi daripada di B.
ischaemum serasah. Di antaranya, Tychosporium, yang secara morfologis mirip dengan
Protostelium mycophaga, adalah amuba mononuklear khas yang terutama memakan bakteri.
Selain memangsa bakteri, Rhogostoma juga berperan dalam mengatur komunitas eukariotik
(Liu, Yan, & Chen, 2015). Beberapa penelitian telah menemukan bahwa protozoa tidak
memakan semua bakteri secara merata, sementara mereka memiliki preferensi untuk bakteri
dan jamur. Preferensi makan protozoa memiliki efek langsung pada dinamika komunitas dan
agregasi koloni bakteri dan jamur, dan lebih lanjut mempengaruhi ekspresi yang terkait dengan
proses degradasi enzim asosiatif. Karena itu, diperlukan studi di masa depan untuk menyelidiki
perilaku komunitas protista, bakteri, dan jamur dalam kombinasinya. Ini akan memberikan
dasar untuk mengeksplorasi lebih lanjut peran yang dimainkan protista dalam dekomposisi
serasah.
Selain memengaruhi komunitas bakteri dan jamur, protista tertentu juga berpartisipasi
dalam degradasi bahan organik dan memainkan peran penting dalam peredaran C dan N dan
proses transformasi nutrisi (Jing et al., 2017). Misalnya, oomycetes dapat mempromosikan
degradasi bahan organik melalui proses lisotrofik. Hasil dari penelitian ini menunjukkan
Euamoebida amuba dan cryomonadida foraminiferus baik secara signifikan dan positif
berkorelasi dengan kegiatan urease dan sukrase dalam serasah, dan mereka juga dapat terlibat
proses dekomposisi serasah. Vesicular colpodida dan oomycota_x stramenopile keduanya
sangat berkorelasi dengan katalase dan polifenol oksidase, dan enzim ekstraseluler ini milik
enzim ligninolitik, menunjukkan bahwa kelompok protista signifikan dalam degradasi dari
sumber C refraktori, seperti lignin.
c. Keragaman dan komposisi bakteri, jamur, dan protozoa rumen pada kambing dan
domba yang tinggal di padang rumput tinggi yang sama
Mikroba rumen memiliki peran yang sangat penting bagi ternak karena mereka dapat
memanfaatkan nutrisi tanaman secara efisien sebagai sumber energi (Langda et al.,2020).
Adaptasi lingkungan ruminansia sangat terkait dengan mikrobiota di rumen. Untuk menyelidiki
keragaman dan komposisi bakteri, jamur, dan protozoa dalam rumen hewan di ketinggian
tinggi, sekuensing gen amplikon dilakukan dengan menggunakan sampel cairan rumen yang
berasal dari kambing tibet dan domba di padang rumput yang sama di dataran tinggi (ketinggian
> 4800 m). Di antara kedua spesies ini, bakteri ruminal dan jamur secara signifikan berbeda
pada berbagai tingkat taksonomi. Keragaman alfa bakteri secara signifikan tinggi pada kambing
(p <0,05). Seratus enam puluh empat dan 29unit taksonomi operasional dengan perbedaan yang
signifikan terdeteksi pada bakteri dan jamur, masing-masing. Kelimpahan bakteri, jamur, dan
protozoa dalam rumen ditandai pada berbagai tingkat taksonomi, dan kami menentukan bahwa
firmicutes, bakterioidetes, neocallimastigomycota, dan siliofora adalah bakteri, jamur, dan
protozoa yang paling banyak. Keluarga Neocallimastigaceae dan genus Metadinium memiliki
kapasitas degradasi selulosa dalam rumen dengan kelimpahan tinggi, dengan demikian,
menunjukkan bahwa jamur dan protozoa memainkan peran penting dalam fermentasi rumen.
Selain itu, dengan membandingkan mikrobiota dalam rumen kambing dan domba ditemukan,
bahwa genus jamur yang mendegradasi serat (cyllamyces) meningkat pada rumen domba (P
<0,05) sedangkan bakteri penghasil VFA (Saccharofermentans dan
Lachnosphiraceae_XPB1014) meningkat dalam rumen kambing (p <0,05). Menariknya, dalam
rumen, tidak ada perbedaan dalam protozoa yang diamati antara kambing dan domba (p> 0,05).
Selain itu, bila dibandingkan dengan domba, kadar asam asetat, asam propionat, dan total asam
lemak volatil meningkat secara signifikan dalam rumen kambing (p <0,05).
Gambar 6. Keragaman dan komposisi jamur ruminal pada kambing dan domba. (A). Timbal balik dan
khusus Operasional Unit Taksonomi Jumlah jamur pada kambing dan domba. (B). Perbandingan keragaman
Estimasi jamur berdasarkan ANOVA satu arah, di mana sumbu y mewakili indeks Shannon. Indeks Shannon
terkait dengan kekayaan dan kerataan komunitas mikroba. (C). Profil analisis koordinat utama dari
keragaman jamur di semua sampel menggunakan metrik Unifrac yang tidak tertimbang. Persentase variasi
yang dijelaskan oleh PC1 dan PC2 diindikasikan dalam statistik Axis X dan Y. Statistik (R) dan p-value (P)
dianotasi dengan analisis anosim antara kambing dan domba. (D). Ilustrasi ini menunjukkan distribusi relatif
dari jamur yang paling dominan (1% dari total urutan) pada kambing dan domba di tingkat filum, keluarga,
dan genus. (E). Taxa dengan kelimpahan yang sangat berbeda pada filum (P), kelas (C), pesanan (O),
keluarga (f), tingkat genus (g) ditampilkan. Warna merah menyatakan bahwa kelimpahan taksa lebih tinggi
Gambar 5. Keragaman dan komposisi bakteri ruminal pada kambing dan domba. (A). Timbal balik
dan khusus jumlah Bakteri Unit Taksonomi Operasionalpada kambing dan domba. (B). Perbandingan
estimasi keanekaragaman bakteri berdasarkan satu arah, di mana sumbu y mewakili Shannon indeks.
Indeks Shannon terkait dengan kekayaan dan kerataan komunitas mikroba. (C). Profil analisis
koordinat utama dari keragaman bakteri di semua sampel menggunakan yang tidak tertimbang
Metrik Unifrac. Persentase variasi yang dijelaskan oleh PC1 dan PC2 ditunjukkan dalam sumbu x dan
y. Statistik (R) dan p-value (P) dianotasi dengan analisis ANOSIM antara kambing dan domba. (D).
Ilustrasi menunjukkan distribusi relatif bakteri yang paling dominan (1% dari total Urutan) pada
kambing dan domba di level filum, famili, dan genus. (E). Taksa (pemisahan sekuen) dengan secara
signifikan kelimpahan yang berbeda pada filum, kelas, ordo, famili, tingkat genus ditampilkan. Warna
merah menyatakan bahwa kelimpahan taksa lebih tinggi pada kambing dan warna biru menyatakan
bahwa kelimpahan taksa lebih tinggi kambing. Semakin tinggi skor analisis diskriminan linier, lebih
besar dari efek kelimpahan taksa pada perbedaan antara kambing dan domba.
Gambar 7. Keragaman dan komposisi protozoa ruminal pada kambing dan domba. (A). Jumlah
Protozoa Unit Taksonomi Operasional Mutual dan Khusus pada Kambing dan Domba. (B).
Perbandingan estimasi keanekaragaman protozoa berdasarkan ANOVA satu arah, di mana sumbu y
mewakili indeks Shannon. Indeks Shannon terkait dengan kekayaan dan kerataan komunitas mikroba.
(C). Profil analisis koordinat utama (PCOA) dari keragaman protozoa di semua sampel menggunakan
metrik Unifrac yang tidak tertimbang. Persentase variasi yang dijelaskan oleh PC1 dan PC2
diindikasikan dalam statistik Axis X dan Y. Statistik (R) dan p-value (P) dianotasi dengan analisis
anosim antara kambing dan domba. (D). Ilustrasi ini menunjukkan distribusi relatif dari protozoa yang
paling dominan (1% dari total urutan) pada kambing dan domba di tingkat filum, famili, dan genus. 3.4
konsentrasi asam lemak volatil ruminal dalam kambing dan domba
pada kambing dan warna biru menyatakan bahwa kelimpahan taksa adalah kambing yang lebih tinggi.
Semakin tinggi skor analisis diskriminan linier, semakin besar efek kelimpahan taksa pada perbedaan antara
kambing dan domba.
Mikrobiota pada sapi perah dan sapi kuning secara signifikan berbeda dari yang ada
dalam dua ternak yak yang hidup di ketinggian yang berbeda. Dalam sebuah studi tentang yak
dan domba Tibet, ditunjukkan bahwa struktur komunitas prokariotik antara yak dan domba
Tibet secara signifikan berbeda (p <0,01). Dalam studi lain tentang yak rumen, keragaman
bakteri yang tinggi diamati jika dibandingkan dengan domba Tibet. Studi-studi menganggap
host (tempat dan penghidupan kepada suatu patogen) sebagai faktor pengaruh utama tetapi
tidak mempertimbangkan perbedaan dalam kebiasaan makan. Dalam penelitian ini, cyllamyces
(famili neocallimastigaceae) terkait dengan degradasi serat, yang meningkat dalam rumen
domba. Saccharofermentans memfermentasi beberapa karbohidrat, dan terutama menghasilkan
asam propionat, yang meningkat dalam rumen kambing. Selain itu, konsentrasi asam propionat
lebih tinggi pada rumen kambing. Tingginya kelimpahan sakarofermentans menunjukkan
tingginya tingkat protein kasar dalam diet. Juga, diet protein mentah yang tinggi secara
signifikan meningkatkan kinerja pertumbuhan kondisi undergrazing ruminansia.
Lachnospiraceae_xpb1014 menghasilkan array bakteriokin dan butirat, yang meningkat dalam
rumen kambing. Dalam penelitian tidak ada perbedaan signifikan yang diamati dalam
konsentrasi asam butirat antara kambing dan domba (Langda el al, 2020)). Alasannya mungkin
karena Lachnospiraceae_xpb1014 tidak hanya terlibat dalam produksi butirat.
Peningkatanmikrobiota yang mendegradasi serat menyebabkan lebih banyak produksi hidrogen
pada rumen domba dibandingkan dengan kambing. Namun, penurunan mikrobiota penghasil
VFA menunjukkan emisi metana yang lebih tinggi dan lebih banyak konsumsi energi dalam
rumen domba. Dalam penelitian sebelumnya, disarankan bahwa metanogen melekat pada
protozoa dan jamur (yang mendegradasi serat untuk menghasilkan hidrogen) untuk
mendapatkan hydrogen.
Daftar Referensi
Jia, T.; Liang, X.; Guo, T.; Chai, B. (2021). Impact of Nutrients on Protozoa Community
Diversity and Structure in Litter of Two Natural Grass Species in a Copper Dam, China.
Microorganisms. 9, 2250. https://doi.org/10.3390/microorganisms9112250.
Zhu, W.T.; Qin, C.X.; Ma, H.M.; Xi, S.G.; Zuo, T.; Pan, W.N.; Li, C.H. (2020). Response of
protist community dynamics and co-occurrence patterns to the construction of artificial
reefs: A case study in Daya Bay, China. Sci. Total. Environ. 742, 140575. [CrossRef].
Dassen, S.; Cortois, R.; Martens, H.; De Hollander, M.; Kowalchuk, G.A.; Der Putten,W.H.V.;
De Deyn, G.B. (2017). Differential responses of soil bacteria, fungi, archaea and protists to
plant species richness and plant functional group identity. Mol. Ecol, 26, 4085–4098.
[CrossRef] [PubMed].
Jing, J.H.; Liu, J.X.; Li, C.; Jia, T.;Wang, X.Y.; Chai, B.F.(2017). The structural characteristics
of a soil bacterial community in a dam of copper mine tailings in Zhongtiaoshan
mountains, Shanxi. Chin. J. Appl. Environ. Biol, 23, 527–534.
Xiong, W.; Li, R.; Guo, S.; Karlsson, I.; Jiao, Z.X.; Xun, W.B.; Kowalchuk, G.A.; Shen, Q.R.;
Geisen, S. (2019). Microbial amendments alter protist communities within the soil
microbiome. Soil Biol. Biochem, 135, 379–382. [CrossRef].
Seppey, C.V.W.; Singer, D.; Dumack, K.; Fournier, B.; Belbahri, L.; Mitchell, E.A.D.; Lara, E.
(2017). Distribution patterns of soil microbial eukaryotes suggests widespread algivory by
phagotrophic protists as an alternative pathway for nutrient cycling. Soil Biol. Biochem,
112, 68–76. [CrossRef].
Langda, S., Zhang, C., Zhang, K., Gui, B., Ji, D., Deji, C., … Wu, Y. (2020). Diversity and
composition of rumen bacteria, fungi, and protozoa in goats and sheep living in the same
high-altitude pasture. Animals, 10(2). https://doi.org/10.3390/ani10020186