Mampu mengklasifikasikan metabolit primer dan sekunder yang dihasilkan

mikroorganisme.

Metabolisme adalah total dari semua reaksi kimia yang terjadi di dalam sel. Beberapa
reaksi metabolisme memicu reaksi. Metabolism terbagi menjadi metabolit primer yang
merupakan senyawa yang secara langsung terlibat dalam pertumbuhan suatu tumbuhan
sedangkan metabolit sekunder adalah senyawa yang dihasilkan dalam jalur metabolism lain
yang walaupun dibutuhkan tapi dianggap tidak penting peranannya dalam pertumbuhan
suatu tumbuhan.

Reaksi pengisian bahan bakar adalah bagian dari katabolisme. Mereka menghemat
energi dari sumber energi organisme, menghasilkan pasokan elektron siap pakai (daya
pereduksi), dan menghasilkan prekursor untuk biosintesis. Produk dari reaksi pengisian
bahan bakar digunakan dalam rangkaian reaksi metabolisme lain yang membangun molekul
organik baru dari senyawa anorganik dan organik yang lebih kecil. Reaksi biosintetik ini
disebut anabolisme.

Untuk memahami metabolisme, sifat energi dan hukum termodinamika harus

diperhatikan. Mikroorganisme menampilkan keragaman metabolisme yang luar biasa,
terutama dalam hal sumber energi dan proses penghematan energi yang mereka gunakan.
Terlepas dari keragaman ini, beberapa prinsip dan proses dasar umum terjadi pada
metabolisme semua mikroba.

1. METABOLIT PRIMER

Metabolit primer terlibat dalam pertumbuhan, perkembangan, dan reproduksi

organisme. Metabolit primer biasanya merupakan komponen kunci dalam menjaga proses
fisiologis normal; dengan demikian, sering disebut sebagai metabolit sentral. Metabolit
primer biasanya terbentuk selama fase pertumbuhan sebagai hasil metabolisme energi, dan
dianggap penting untuk pertumbuhan yang tepat.
A. Asam sitrat
Sekitar 1 miliar pon asam sitrat diproduksi di seluruh dunia, melalui fermentasi
dengan strain jamur tipe liar, Aspergillus niger. Asam sitrat biasa digunakan sebagai zat
penyedap dalam makanan dan minuman dan untuk mencegah oksidasi dan ketengikan
lemak dan minyak. Dalam proses fermentasi yang sangat efisien, hingga 80% gula
sumber diubah menjadi asam sitrat. Karena proses ini, yang beroperasi sejak 1916,
dapat berfungsi sebagai model untuk proses fermentasi metabolit primer termasuk
fermentasi glutamat.
Asam sitrat, tidak seperti etanol, bukanlah salah satu produk limbah khas
metabolisme energi, dan biasanya terdegradasi sepenuhnya menjadi CO2 dan air
melalui pengoperasian siklus asam sitrat. Dengan demikian, konversi gula yang efisien,
seperti glukosa dan sukrosa, menjadi asam sitrat oleh A. niger agak tidak terduga,
terutama karena mitokondria A. niger mengandung semua enzim dari siklus asam sitrat.
Produksi asam sitrat terutama terjadi pada fase diam, dan memang membutuhkan
beberapa kondisi yang tidak biasa.

B. Asam fumarat
Asam fumarat adalah seperti asam organik lainnya (asam format, asam propionat,
asam sitrat) yang diizinkan untuk semua hewan di semua bahan pakan tanpa batas
maksimum Asam organik digunakan sebagai pengawet pakan, namun mereka
menunjukkan terutama pada babi juga sebagai efek pemacu pertumbuhan.
Asam fumarat terjadi secara alami dalam metabolisme. Ini memainkan peran
dalam siklus trikarboksilat (siklus TCA) dan dalam pengangkutan amino-N dari aspartat.
Suksinat (asetil-KoA dan oksaloasetat disintesis menjadi sitrat, yang - dengan beberapa
langkah - diubah menjadi suksinat) dioksidasi menjadi fumarat.

C. L-Glutamat
 Produksi industri asam amino, l-glutamat, dimulai pada tahun 1908, ketika ahli
kimia pertanian Jepang K. Ikeda menemukan bahwa l-glutamat bertanggung jawab atas
rasa khas, yang sangat dihargai di Jepang, dari makanan yang dimasak dengan rumput
laut kering (konbu). Selama 50 tahun pertama, monosodium l-glutamat (MSG)
diproduksi dengan proses kimia yang mahal terutama pada hidrolisis asam protein.
Proses hidrolisis ini mahal karena glutamat harus dipisahkan dari semua asam amino
lainnya dalam hidrolisat. MSG dalam jumlah yang signifikan juga dibuat dengan sintesis
kimia. Proses ini juga mahal, karena menghasilkan campuran d dan l-glutamat yang
harus dilarutkan untuk menghilangkan d-isomer yang tidak berasa.
Perubahan revolusioner diperkenalkan pada tahun 1957, ketika para ilmuwan di
Kyowa Hakko Co. menemukan bakteri tanah yang mengeluarkan l-glutamat dalam
jumlah besar ke dalam medium. Bakteri serupa segera diisolasi oleh beberapa
perusahaan lain, mengantarkan teknologi industri baru: fermentasi asam amino,
produksi asam amino oleh mikroorganisme. Kecuali etanol, beberapa pelarut organik
lainnya, dan beberapa vitamin, glutamat adalah senyawa organik pertama yang
diproduksi dalam skala industri dengan teknik fermentasi mikroba
MSG digunakan sebagai penguat rasa dalam jumlah yang sangat. Itu juga
merupakan asam amino pertama yang diproduksi melalui proses fermentasi,
menggunakan strain tipe liar. Karena asam amino adalah blok bangunan untuk
perakitan protein, biosintesisnya biasanya diatur dengan ketat sehingga energi dan
karbon tidak terbuang percuma untuk sintesis kelebihan yang tidak perlu dari senyawa
ini. Dengan demikian, kelebihan produksi glutamat oleh bakteri tipe liar mengejutkan,
dan mekanismenya, meskipun banyak penelitian, belum sepenuhnya jelas.
Overproduksi MSG (atau fermentasi) membutuhkan Corynebacterium glutamicum.
Berbagai perusahaan mengisolasi organisme penghasil glutamat yang diberi nama,
misalnya Brevibacterium dan Arthrobacter, tetapi sekarang tampak bahwa semua galur
ini berkerabat dekat dengan C. glutamicum.
 Pada sebagian besar mikroorganisme, jalur utama sintesis glutamat adalah Jalur
GS-GOGAT:
(1) l-Glutamate + NH3 + ATP → l-glutamine + ADP + Pi
(GS: sintetase glutamin)
(2) l-Glutamine + α-ketoglutarate + NADPH + H+ → 2 l-glutamate + NADP +
(GOGAT: glutamin oxoglutarate aminotransferase)
Jumlah (1) + (2):
α-ketoglutarate + NH3 + ATP + NADPH + H+ → l-glutamate + ADP + Pi + NADP+.

Meskipun jalur ini mengkonsumsi satu ATP untuk setiap molekul l-glutamat yang
disintesis, jalur ini lebih disukai daripada jalur alternatif yang dijelaskan di bawah ini
karena memiliki konstanta Michaelis (Km; jauh lebih rendah dari 1 mM) untuk NH3 dan
dengan demikian dapat memanfaatkan amonia secara efisien.
Jalur kedua adalah jalur dehidrogenase glutamat:
α-Ketoglutarate + NH3 + NAD(P)H + H+ → l-glutamate + NAD(P)+ + H2O
Karena nilai Km yang agak tinggi (biasanya sekitar 1 mM) untuk NH3, jalur ini menjadi
signifikan hanya ketika konsentrasi NH3 tinggi.

D. Asam Amino Selain Glutamat

Glutamat, seperti yang telah kita lihat, digunakan secara luas sebagai penguat rasa.
Tetapi asam amino lain juga dibutuhkan dalam jumlah besar di seluruh dunia.
Penggunaan yang paling penting dari beberapa asam amino ini adalah sebagai bahan
tambahan untuk makanan manusia dan makanan hewan. Ini karena manusia dan
sebagian besar hewan tingkat tinggi tidak dapat mensintesis lisin ukuran, treonin,
triptofan, fenilalanin, isoleusin, leusin, valin, metionin, dan histidin – “asam amino
esensial” – tetapi harus mendapatkannya dari protein dalam makanan mereka. Namun,
sumber protein makanan yang lebih murah dan lebih berlimpah, benih tanaman pangan
 (sumber protein utama bagi manusia, terutama di negara berkembang), agak
kekurangan beberapa asam amino esensial, terutama lisin, metionin, dan triptofan.
Lisin ditambahkan ke makanan manusia dan pakan ternak. Demikian pula, l-
threonine diproduksi oleh fermentasi pada tingkat 20.000 ton/tahun, dan digunakan
terutama sebagai aditif pakan. Ahli gizi mengevaluasi protein makanan dengan
menghitung rasio antara berat yang diperoleh hewan dan berat protein yang diberikan:
rasio efisiensi protein (PER). Protein jagung, karena kandungan lisin dan triptofannya
yang rendah (lihat Tabel 9.2), memiliki PER rendah sebesar 0,85, tetapi nilai ini dapat
ditingkatkan sekitar tiga kali lipat, menjadi 2,55, dengan menambahkan 0,4% lisin dan
0,07% triptofan ke jagung.

Kecuali glutamat, yang diproduksi sebagai produk akhir dari proses oksidasi tidak
lengkap dalam C. glutamicum terbatas biotin seperti dijelaskan di atas, asam amino lainnya
adalah produk akhir dari jalur biosintetik. Asam amino ini disintesis – dengan pengeluaran
energi bersih – sebagai bahan penyusun protein. Adalah keuntungan sel untuk tidak menyia-
nyiakan energi dengan memproduksi lebih banyak asam amino daripada yang mereka
butuhkan. Akibatnya, produksi asam amino biasanya diatur secara efektif.
Pemahaman kita tentang proses pengaturan semacam itu terutama datang melalui
studi tentang Escherichia coli, yang hidup di saluran usus vertebrata tingkat tinggi dan
dengan demikian menjalani kehidupan "pesta atau kelaparan". Itu tidak dapat memprediksi
sifat asam amino yang akan tersedia di lingkungannya maupun kapan mereka akan tiba.
Akibatnya, mekanisme pengaturan E. coli jauh lebih canggih daripada banyak
mikroorganisme tanah – misalnya, mereka yang lingkungannya kurang kompleks dan lebih
stabil.
Pada E. coli, biosintesis sebagian besar asam amino diatur pada dua tingkat yang
berbeda: (1) dengan mengontrol aktivitas enzim yang sudah ada sebelumnya, dan (2) dengan
mengontrol sintesis molekul enzim baru. Yang pertama mengatur respons E. coli terhadap
kemunculan tiba-tiba asam amino di lingkungan. Biosintesis asam amino mengkonsumsi
 sejumlah besar energi kimia. Jadi, ketika pasokan asam amino eksogen tersedia,
menguntungkan bagi bakteri untuk menutup jalur biosintetiknya sendiri dan mulai
menggunakan asam amino prefabrikasi. Namun, sel sudah mengandung enzim lengkap yang
berpartisipasi dalam pembentukan asam amino. Dalam keadaan ini, respons terbaik sel
adalah menurunkan aktivitas enzim yang sudah ada sebelumnya. Hal ini biasanya dicapai
dengan penghambatan umpan balik, suatu proses di mana kelebihan produk akhir, dalam hal
ini asam amino, menghambat aktivitas enzim pertama dari jalur biosintetik melalui
mekanisme alosterik.

2. METABOLIT SEKUNDER
Metabolit sekunder tidak berperan dalam pertumbuhan, perkembangan, dan reproduksi
seperti metabolit primer, dan biasanya terbentuk selama akhir atau mendekati fase stasioner
pertumbuhan. Banyak metabolit sekunder yang diidentifikasi memiliki peran dalam fungsi
ekologis, termasuk mekanisme pertahanan, dengan berfungsi sebagai antibiotik dan dengan
memproduksi pigmen.
A. Antibiotik
Antibiotik adalah metabolit sekunder mikroorganisme dan biasanya diproduksi
pada fase stasioner pertumbuhan. Mayoritas antibiotik berasal dari jamur eukariotik atau
dari streptomycetes, kelompok prokariotik dengan siklus hidup kompleks yang
mengingatkan pada jamur; beberapa diproduksi oleh bakteri uniseluler yang tidak
diketahui memiliki siklus perkembangan. Banyak gen biosintesis antibiotik telah diklon
dan diurutkan. Dalam banyak kasus, mereka muncul sebagai sebuah cluster. Susunan ini
menjelaskan terjadinya transfer horizontal gen-gen ini, selama evolusi, antara organisme
yang berkerabat jauh. Urutan gen juga menjelaskan (misalnya dengan produsen
antibiotik poliketida) mengapa satu produsen antibiotik sering mengeluarkan banyak
antibiotik terkait yang berbeda satu sama lain dalam rincian kecil.
Antibiotik sangat efektif dalam pertempuran kita melawan infeksi bakteri dan
secara drastis mengubah keseimbangan ekologis antara manusia dan berbagai
mikroorganisme patogen. Namun setiap pengenalan antibiotik baru ke dalam praktek
klinis telah diikuti oleh munculnya organisme resisten. Sangat sering organisme ini
menyimpan plasmid R yang mengandung gen resistensi yang menentukan degradasi,
inaktivasi, atau pemompaan molekul antibiotik.
a) β-laktam
Penisilin (benzilpenisilin, penisilin G) adalah contoh klasik dari antibiotik aÿ-
laktam. Beta-laktam menghambat sintesis dinding sel eubac terial, yang terdiri dari
polimer unik dunia bakteri, yang disebut peptidoglikan. Peptidoglikan adalah jaringan
rantai polisakarida (atau glikan) yang terdiri dari residu asam N-asetilglukosamin dan
N asam asetilmuramat. Rantai polisakarida berikatan silang satu sama lain melalui
rantai peptida pendek, yang mencakup beberapa asam d-amino dan melekat pada
residu asam N-asetilmuramat. Struktur ini memberikan stabilitas kimia, kekuatan
mekanik, dan kekakuan peptidoglikan yang luar biasa.

Penambahan rantai glikan baru ke dinding sel dalam sel yang sedang tumbuh
terjadi melalui ikatan silang rantai samping peptida dari unit baru ke struktur
peptidoglikan yang sudah ada sebelumnya. Reaksi ikatan silang dikatalisis oleh dd-
transpeptidase. Enzim ini memotong ikatan peptida antara dua residu d-alanin di
rantai samping rantai glikan yang baru dibuat dan mentransfer kompleks glikan-
peptidil ke gugus amino bebas dari residu asam diamino di rantai samping
peptidoglikan yang sudah ada sebelumnya, sehingga menghubungkan rantai yang
berbeda. Seperti yang ditunjukkan pertama kali oleh Tipper dan Strominger, sistem
cincin β-laktam secara struktural menyerupai d-alanil-d-alanin dari rantai samping
yang baru lahir. Mereka menunjukkan bahwa interaksi antara transpeptidase dan
penisilin menghasilkan enzim penicilloyl kovalen, menghasilkan inaktivasi enzim yang
ireversibel. Jadi, β-laktam adalah contoh dari “penghambat bunuh diri” karena
berinteraksi dengan enzim targetnya seperti substrat dan kemudian mengalami reaksi
kimia dengan enzim, sehingga menyebabkan inaktivasi permanennya.
 Inhibitor bunuh diri adalah agen antimikroba yang lebih diinginkan daripada
inhibitor kompetitif (seperti sulfonamid) karena penghambatan target yang lengkap
tercapai.
Penisilin G sangat efektif dalam membunuh sebagian besar bakteri Gram-positif
tetapi tidak efektif melawan sebagian besar bakteri Gram-negatif karena
lipofilisitasnya. Namun, rantai samping benzil pada posisi 6 dapat diganti secara
kimiawi dengan substituen lainnya. Beberapa senyawa yang dihasilkan menunjukkan
aktivitas yang signifikan terhadap bakteri Gram-negatif dan karenanya merupakan
antibiotik "spektrum luas".

b) Makrolida
Struktur makrolida dasar, pada eritromisin disintesis oleh spesies bakteri yang
berkerabat dengan Streptomyces melalui kondensasi beberapa unit C3 dari kepala ke
ekor untuk menghasilkan cincin lakton yang besar. Senyawa makrosiklik ini cukup
besar dan hidrofobik sehingga aksi penghambatannya sebagian besar terbatas pada
bakteri Gram-positif.
 Namun, baru-baru ini, semisintetik macrolides (seperti azithromycin) telah
diperkenalkan yang menunjukkan aktivitas anti-Gram-negatif yang signifikan.

c) Ansamisin
Ansamisin juga memiliki struktur makrosiklik, tetapi cincinnya berbeda dari
makrolida karena mengandung kromofor aromatik serta ikatan amida (laktam).
Senyawa ini diisolasi dari spesies Amycolatopsis, yang (seperti Streptomyces),
merupakan anggota cabang actinomycete eubacteria. Rifamycins menghambat RNA
polimerase prokariotik. Rifamycin alami, seperti rifamycin SV memiliki aktivitas yang
signifikan hanya terhadap bakteri Gram-positif, seperti yang diharapkan dari karakter
hidrofobik dan ukurannya yang besar.
 Ketika gugus bermuatan positif dimasukkan secara kimiawi untuk membuat
molekul lebih polar, seperti pada rifampisin, beberapa aktivitas melawan bakteri
Gram-negatif dapat dideteksi. Senyawa ini penting dalam memerangi kelas khusus
patogen Gram-positif termasuk Mycobacterium tuber culosis (penyebab tuberkulosis)
dan Mycobacterium leprae (penyebab kusta).

d) Tetrasiklin
Tetrasiklin, diproduksi oleh beberapa spesies Streptomyces, mengandung sistem
empat cincin yang menyatu.

Senyawa ini merupakan penghambat sintesis protein prokariotik. Karena agen

ini relatif hidrofilik karena adanya beberapa gugus hidroksil, bagian amida, dan
substituen amina tersier, mereka dapat melintasi membran luar bakteri Gram-negatif
secara efisien melalui saluran porin. Tetrasiklin adalah antibiotik spektrum luas yang
aktif melawan bakteri Gram-positif dan Gram-negatif. Di masa lalu, penambahan
tetrasiklin dengan konsentrasi rendah pada pakan ternak merupakan praktik umum di
seluruh dunia karena perlakuan ini cenderung meningkatkan laju pertambahan berat
badan dan menurunkan kejadian penyakit menular pada ternak. Namun, di Inggris
telah terjadi beberapa epidemi pada anak sapi yang disebabkan oleh Salmonella yang
mengandung plasmid resisten tetrasiklin yang kemudian menyebar ke populasi
manusia. Di sebagian besar negara Eropa, sekarang dilarang memberikan tetrasiklin
(atau antibiotik lain yang biasa digunakan untuk pengobatan infeksi bakteri pada
manusia) kepada hewan tanpa resep dokter hewan.
e) Kloramfenikol
Kloramfenikol awalnya diisolasi dari filtrat kultur Streptomyces venezuelae.

Namun, karena merupakan molekul kecil dengan struktur sederhana, lebih

ekonomis untuk diproduksi dengan sintesis kimia daripada fermentasi. Kloramfenikol
menghambat sintesis protein prokariotik. Ini menembus melalui saluran porin
membran luar bakteri Gram negatif dengan mudah karena ukurannya yang kecil dan
karenanya merupakan antibiotik spektrum luas lainnya. Namun, kloramfenikol dapat
memasuki sel eukary otic dan menghambat sintesis protein mitokondria. Dengan
demikian, penggunaan kloram fenikol dapat mencegah pertumbuhan sel yang
berkembang biak dengan cepat dan ini mungkin terkait dengan setidaknya satu dari
efek sampingnya, penekanan sel sumsum tulang.

f) Antibiotic peptide
Beberapa antibiotik peptida sekarang diproduksi secara komersial. Banyak dari
ini diproduksi oleh spesies Bacillus . Peptida ini mengandung asam amino yang tidak
biasa, seperti asam d-amino, ornitin, dan asam diaminobutirat, dan memiliki
toksisitas yang signifikan terhadap manusia saat disuntikkan, sehingga hanya berguna
untuk aplikasi topikal. Beberapa agen ini digunakan di Eropa sebagai aditif pakan
karena tidak digunakan dalam terapi manusia.
Banyak dari antibiotik ini terlalu besar dan hidrofobik untuk melewati
penghalang membran luar bakteri Gram-negatif, dan karena itu kemanjurannya
terbatas pada bakteri Gram-positif. Pengecualian yang menarik adalah polimiksin,
yang memiliki mode serangan dua langkah pada bakteri Gram-negatif. Antibiotik
polikationik ini tampaknya berikatan dengan molekul LPS yang bermuatan sangat
negatif di membran luar banyak bakteri Gram-negatif dan mengganggu organisasi
molekuler dari lapisan ganda membran luar. Setelah integritas membran luar
dihancurkan, polimiksin dapat berikatan dan masuk ke dalam membran sitoplasma
melalui ekor hidrofobiknya, sehingga membunuh sel bakteri dengan permeabilisasi
membran plasma. Polymyxin menunjukkan aktivitas yang kuat terhadap organisme
seperti Pseudomonas aeruginosa, yang resisten terhadap hampir semua antibiotik
lain karena permeabilitas membran luarnya yang luar biasa rendah. Oleh karena itu,
polimiksin masih memiliki tempatnya dalam pengobatan infeksi yang mengancam
jiwa oleh P. aeruginosa, terlepas dari toksisitasnya yang signifikan
Vankomisin, antibiotik glikopeptida 1449 dalton, hanya bekerja pada bakteri
Gram-positif melalui mekanisme pengikatan yang tidak biasa pada bagian d-Ala-d-Ala
dari prekursor peptidoglikan. Ini telah menjadi obat penting untuk pengobatan infeksi
yang disebabkan oleh methicillin-resistant Staphylococcus aureus (MRSA).
Daptomycin, suatu antibiotik lipopeptida, masuk ke dalam membran sel bakteri
Gram-positif (termasuk MRSA) dengan adanya Ca2+, dan membunuhnya dengan
menghasilkan kebocoran on sitosol.
 Sungguh luar biasa bahwa senyawa ini dapat ditoleransi oleh manusia; membran
plasma hewan tingkat tinggi tidak mengandung banyak lipid anionik pada selebaran
luarnya, dan mungkin hal ini mencegah interaksi jembatan Ca2+ antara obat dan
membran.

g) Aminoglikosida (aminosiklitol)
Aminoglikosida, yang dibahas secara rinci nanti dalam bab ini, terdiri dari gugus
aminosiklitol (streptidine dalam streptomisin, 2-deoxystreptamine dalam banyak
aminoglikosida lainnya; yang dilekatkan gula amino dengan berbagai cara. Semua
senyawa ini diproduksi oleh prokariota dari garis actinomycete (Streptomyces dalam
banyak kasus, Micromonospora untuk gentamicin). Antibiotik ini adalah penghambat
sintesis protein prokariotik.
 Karena mereka cukup hidrofilik dan cukup kecil, aminoglikosida dapat melintasi
membran luar Gram-negatif melalui saluran porin, dan dengan demikian senyawa ini
sama efektifnya terhadap bakteri Gram-positif dan Gram-negatif.

B. Tujuan Utama Penelitian Antibiotik

Studi dan pengembangan antibiotik tentunya memiliki beberapa tujuan yang sama
dengan bidang bioteknologi lainnya. Misalnya, selalu diinginkan untuk mencoba
meningkatkan hasil antibiotik selama fermentasi dan tahap pemrosesan berikutnya.
Namun, banyak penelitian tentang antibiotik untuk manusia memiliki fokus yang sangat
berbeda. Ketika kita berurusan dengan pengobatan infeksi yang mengancam jiwa, biaya
obat bukanlah faktor terpenting.
Sebagian besar penelitian antibiotik diarahkan pada pengembangan agen baru.
Agen baru diperlukan karena masih ada mikroorganisme yang belum kita miliki agen yang
benarbenar efektif dengan sedikit atau tanpa efek samping. Organisme ini termasuk
sebagian besar jamur dan virus. Beberapa bakteri, seperti P. aeruginosa, juga secara
intrinsik kebal terhadap banyak antibiotic.
Masalah yang lebih menjengkelkan adalah munculnya strain resisten di antara
organisme yang sensitif terhadap antibiotik sebelum obat tersebut digunakan secara luas.
 Fenomena ini cenderung sangat membatasi masa manfaat dari setiap antibiotik
baru, mengharuskan industri farmasi untuk menghasilkan senyawa baru secara terus
menerus. Kebutuhan ini sangat mendesak karena situasi yang tidak menguntungkan ini.
Di rumah sakit modern mana pun, antibiotik dalam jumlah besar digunakan dalam
pengobatan serta pencegahan penyakit menular. Akibatnya, lingkungan rumah sakit
menjadi sangat kaya akan bakteri yang resisten terhadap antibiotik tersebut. Pada saat
yang sama, sistem imun dan mekanisme pertahanan tubuh lainnya tidak berfungsi
dengan baik pada banyak pasien rawat inap, yang sangat rentan terhadap infeksi yang
didapat di rumah sakit (nosokomial) oleh bakteri resisten ini.
Contoh metabolit primer termasuk alkohol seperti etanol, asam laktat, dan asam amino
tertentu. Dalam bidang mikrobiologi industri, alkohol adalah salah satu metabolit primer
yang paling umum digunakan untuk produksi skala besar. Secara khusus, alkohol digunakan
untuk proses yang melibatkan fermentasi yang menghasilkan produk seperti bir dan anggur.
Selain itu, metabolit primer seperti asam amino – termasuk L-glutamat dan L-lisin, yang
biasanya digunakan sebagai suplemen – diisolasi melalui produksi massal spesies bakteri
tertentu, Corynebacteria glutamicum. Contoh lain dari metabolit primer yang biasa
digunakan dalam mikrobiologi industri adalah asam sitrat. Asam sitrat yang diproduksi oleh
Aspergillus niger merupakan salah satu bahan yang paling banyak digunakan dalam produksi
makanan. Ini umumnya digunakan dalam industri farmasi dan kosmetik juga.

Metabolit sekunder biasanya senyawa organik yang dihasilkan melalui modifikasi sintase
metabolit primer. Metabolit sekunder tidak berperan dalam pertumbuhan, perkembangan,
dan reproduksi seperti metabolit primer, dan biasanya terbentuk selama akhir atau
mendekati fase stasioner pertumbuhan. Banyak metabolit sekunder yang diidentifikasi
memiliki peran dalam fungsi ekologis, termasuk mekanisme pertahanan, dengan berfungsi
sebagai antibiotik dan dengan memproduksi pigmen. Contoh metabolit sekunder yang
penting dalam mikrobiologi industri termasuk atropin dan antibiotik seperti eritromisin dan
bacitracin. Atropin, berasal dari berbagai tumbuhan, merupakan metabolit sekunder dengan
penggunaan penting di klinik. Atropin adalah antagonis kompetitif untuk reseptor asetilkolin,
khususnya tipe muskarinik, yang dapat digunakan dalam pengobatan bradikardia. Antibiotik
seperti erythromcyin dan bacitracin juga dianggap sebagai metabolit sekunder.
Erythromycin, berasal dari Saccharopolyspora erythraea, adalah antibiotik yang umum
digunakan dengan spektrum antimikroba yang luas. Ini diproduksi secara massal dan
biasanya diberikan secara oral. Terakhir, contoh antibiotik lain yang tergolong metabolit
sekunder adalah bacitracin. Bacitracin, berasal dari organisme yang diklasifikasikan dalam
Bacillus subtilis, adalah antibiotik yang biasa digunakan sebagai obat topikal. Bacitracin
disintesis di alam sebagai sintetase peptida nonribosomal yang dapat mensintesis peptida;
Namun, itu digunakan di klinik sebagai antibiotik.

EC (European Commission). (2003). Report of the Scientific Committee on Animal Nutrition

on the safety of the Micro‐organism product Provita E® for use as feed additive.