SOAL OVERVIEW

MATERI BIOLOGI MOLEKULER

Nama : Ari Setiyani

NIM : 145
Kelas :B
Pertanyaan
1. Sebutkan komponen reagen untuk ekstraksi DNA?
Jawab:
a. Lysis : proses pemecahan sel sehingga DNA dapat keluar
b. Binding : proses pengikatan DNA sehingga dapat terpisah dari materi
pengotor lainnya
c. Washing : tahapan pencucian agar DNA terpurifikasi
d. Elution : Tahapan resuspensi untuk melarutkan DNA
2. Apa tujuan dilakukannya inkubasi setelah penambahan enzim proteinase K?
Jawab :
Tujuan inkubasi setelah penambahan enzim proteinase K karena proses
pemanasan ini bertujuan untuk mengaktivasi enzim proteinase K agar dapat
aktif bekerja untuk melakukan lisis.
3. Sebutkan tahap umum dalam metode PCR?
Jawab :
a. Denaturasi: sampel DNA yang mengandung segmen target DNA
dipanaskan pada suhu tinggi (biasanya berkisar antara 94-98°C). Hal ini
akan membuat ikatan hidrogen antara dua rantai polinukleotida terputus,
sehingga DNA double- stranded berubah menjadi 2 buah DNA single
stranded.
b. Annealing: Suhu diturunkan kembali (biasanya sekitar 50-65°C). Selama
tahap ini, sekuen DNA pendek yang disebut “primer” menempel pada
segmen DNA target yang komplementer. Keberhasilan penempelan
primer ini menjadi hal yang sangat krusial karena menjadi inisiator awal
bagi enzim DNA polymerase untuk memulai penggandaan atau sintesis
segmen DNA target.
c. Ekstensi/elongasi: Suhu dinaikkan kembali (umumnya sekitar 68-72°C).
Dimana pada suhu tersebut terjadi pemanjangan rantai DNA target oleh
enzim DNA polymerase. Primer ada sepasang, yaitu primer forward dan
 primer reverse, yang memiliki fungsi sama namun arah pnempelannya
pada segmen DNA target adalah berbeda.
4. Sebutkan komponen-komponen reagen dalam PCR?
Jawab :
a. Cetakan (template) DNA: DNA ini mengandung segmen target yang akan
diamplifikasi/digandakan.
b. Primer: Primer umumnya sepasang, yaitu primer Forward dan Reverse.
Primer merupakan untai tunggal DNA berukuran pendek (sekitar 18-30
pasang basa), dan mampu menempel pada segmen DNA target yang
komplementer.
c. DNA polymerase: adalah enzim yang mengamplifikasi segmen DNA
target dengan cara menambahkan nukleotida (dNTPs) yang komplementer.
Umumnya menggunakan taq polymerase karena stabilitasnya yang tinggi
terhadap pemanasan.
d. Nukleotida (dNTPs): merupakan building block DNA yang terdiri dari adenine
(A), thymine (T), cytosine (C) dan guanine (G).
e. Buffer: larutan penyangga (buffer) yang mengandung garam-garam dan
komponen lainnya untuk menstabilkan pH dan konsentrasi ion logam
untuk menunjang aktifitas DNA polymerase.
f. Nuclease Free Water (NFW): air bebas nuclease (DNase) atau kadang
disebut ddH2O yang ditambahkan dengan jumlah tertentu dengan
tujuan untuk menjadikan konsentrasi seluruh komponen PCR menjadi tepat dan
sesuai.
5. Apa fungsi dari DNA polymerase dalam metode PCR?
Jawab :
DNA polymerase: adalah enzim yang mengamplifikasi segmen DNA target
dengan cara menambahkan nukleotida (dNTPs) yang komplementer.
Umumnya menggunakan taq polymerase karena stabilitasnya yang tinggi
terhadap pemanasan.
6. Untuk apa metode PCR dilakukan? Dan apa kendala yang umum terjadi
saat melakukan PCR?
Jawab :
Metode PCR dilakukan untuk menggandakan (mengamplifikasi) segmen DNA
yang spesifik. Metode PCR ini berperan dalam perkembangan pada berbagai
bidang biologi, termasuk genetik, forensik, kedokteran/ pengobatan, dan juga
penelitian.
Kendala yang umum saat melakukan PCR :
a. Volume konsentrasi masing-masing komponen reaksi (PCR mix) tidak tepat
b. Suhu annealing yang tidak optimal
c. Kualitas cetakan (template) DNA (integrity dan purity)
d. Primer tidak spesifik terhadap segmen DNA target
7. Sebutkan hal-hal yang dapat memengaruhi laju migrasi molekul DNA saat
elektroforesis?
Jawab :
a. tegangan atau voltase: semakin tinggi tegangan atau voltase maka semakin cepat
migrasi DNA, demikian juga sebaliknya
b. konsentrasi gel agarose: semakin tinggi konsentrasi gel agarose maka semakin
lambat migrasi, demikian juga sebaliknya
c. ukuran DNA: semakin kecil ukuran DNA maka semakin cepat laju migrasi, demikian
juga sebaliknya
d. buffer yang digunakan: semakin sering buffer digunakan secara berulang maka
semakin lambat migrasi DNA, demikian juga sebaliknya
e. bentuk DNA: DNA berbentuk linear (lurus) lebih cepat bermigrasi dibandingkan
dengan DNA sirkular (berbentuk lingkaran, misalnya DNA plasmid)
8. Semakin tinggi konsentrasi agarose maka DNA akan semakin lambat/
pelan pergerakannya dalam bermigrasi.
9. DNA bermuatan? Yang berasal dari?
Jawab :
DNA bermuatan negatif karena adanya gugus fosfat
10. DNA bermigrasi dari kutub negatif Ke kutub positif Serta, apa faktor-faktor yang
mempengaruhi kecepatan migrasi DNA pada gel agarose?
faktor-faktor yang mempengaruhi kecepatan migrasi DNA pada gel agarose:
 a. tegangan atau voltase: semakin tinggi tegangan atau voltase maka semakin cepat
migrasi DNA, demikian juga sebaliknya
b. konsentrasi gel agarose: semakin tinggi konsentrasi gel agarose maka semakin
lambat migrasi, demikian juga sebaliknya
c. ukuran DNA: semakin kecil ukuran DNA maka semakin cepat laju migrasi, demikian
juga sebaliknya
d. buffer yang digunakan: semakin sering buffer digunakan secara berulang maka
semakin lambat migrasi DNA, demikian juga sebaliknya
e. bentuk DNA: DNA berbentuk linear (lurus) lebih cepat bermigrasi dibandingkan
dengan DNA sirkular (berbentuk lingkaran, misalnya DNA plasmid)
11. Pada pembelahan mitosis maupun meiosis, replikasi DNA terjadi pada saat
interfase, yaitu fase?
Jawab :
Fase replikasi DNA ketika di fase Syntesis
12. Dimana lokasi terjadinya sintesis protein (transkripsi dan translasi)?
Jawab :
Proses terjadinya sintesis protein transkripsi terjadi di nucleus (inti sel) , translasi terjadi di
ribosom.
13. Sebutkan 3 bagian utama nukleotida?
Jawab :
a. Gula pentose/ ribosa
b. Gugus phosfat
c. Basa nitrogen
14. Gugus fosfat terikat pada atom C nomor berapa?
Jawab :
Gugus fosfat terikat pada atom C nomor 5
15. Basa nitrogen terikat pada atom C nomor berapa?
Jawab :
Basa nitrogen terikat pada atom C nomor 1
16. Sebutkan basa nitrogen yang ada pada DNA?
Jawab:
Purin: Adenin, Guanin
Pirimidin: Thymine, Cytosin
17. Apa perbedaan antara basa nitrogen pada DNA dengan RNA?

Jawab:
Basa nitrogen DNA
Purin: Adenin, Guanin
Pirimidin: Thymine, Cytosin
Basa nitrogen RNA
Purin: Adenin, Guanin
Pirimidin: Urasil, Cytosin
18. Jika kita memiliki DNA dengan panjang sekuen 210 nukleotida, ada berapa
asamamino yang terbentuk?
Jawab:
Asam amino yang terbentuk adalah 210/3 = 70 asam amnino
19. Jika ada DNA dengan sekuen “sense strand” seperti di bawah ini, maka
coba tuliskan sekuen mRNA nya?
Sense strand
ATGCACGTCCATATC
Jawab:
Template/ anti sense : TACGTGCAGGTATAG
mRNA : AUGCACGUCCAUAUC
20. Sebutkan urutan asam amino yang terbentuk dari sekuen mRNA berikut ini.
mRNA AUG UUC ACU AAU GGU UGA
Asam amino mRNA (codon)
Methionine, Phenylalanine, Threonine, Asparagine, Glycine, Tryptophan

21. Berikut adalah sekuen “antisense”, tuliskan sekuen “sense” untuk DNA tersebut?
Antisense strand
ATGCGAAATCACGGAATCCTA

Sense (Patner) TACGCTTTAGTGCCTTAGGAT

22. Ada berapa banyak jumlah nukleotida dalam sekuen tersebut (berdasarkan
soal nomor 21)?
Jawab:
Ada 21 nukleotida (1 nukleotida terdiri dari 1 gugus phosfat, 1 gula ribosa/ pentose, 1
basa nitrogen.
23. Ada berapa banyak ikatan hidrogen pada DNA tersebut (berdasarkan soal
nomor21)?
Jawab: Ikatan hidrogen adalah interaksi antar basa nitrogen dalam untai yang
berbeda
Basa yang punya ikatan 2 ada ATAAATAAATTA = 2 X 12 = 24
Basa yang punya ikatan 3 ada GCGCCGGCC = 3 X 9 = 27
Total ada 51 ikatan hidrogen.
24. Ada berapa banyak ikatan fosfodiester pada DNA tersebut (berdasarkan
soalnomor 21)?
Jawab :
Ikatan Fosfodiester adalah ikatan yang menghubungkan nukleotida satu dengan
nukleotida yang lain dalam satu untai yang sama. Ada 20 ikatan Fosfodiester
25. Jika sekuen tersebut ditranslasikan menjadi protein, ada berapa jumlah ikatan
peptidanya (berdasarkan soal nomor 21)?
Jawab :
Ikatan Peptida/ ikatan kovalen adalah ikatan antar asam amino yang bisa
membentuk polipeptida.
Ada 6 ikatan peptida
26. Apa yang anda ketahui tentang cDNA? dan kapan dilakukan sintesis cDNA?
Jawab:
• cDNA atau DNA komplementer merupakan RNA dengan rantai ganda yang hanya
berisi ekson. cDNA memiliki sifat yang lebih stabil sehingga lebih mudah untuk
disimpan suhu -200C dan mudah untuk dianalisis. Untuk mendapatkan cDNA
dilakukan reverse transkripsi (perubahan RNA ke cDNA) dan diperlukan
enzim reverse transkriptase, inisiator primer oligo dT, dNTP.
• Dilakukan sintesis cDNA ketika memiliki sampel RNA diubah menjadi cDNA agar lebih
stabil sehingga lebih mudah untuk disimpan suhu -200C dan mudah untuk dianalisis.
27. Bagaimana cara perhitungan konsentrasi DNA maupun RNA menggunakan
spektrofotometer?
Jawab:
[DNA] = Å260 x 50 x faktor pengenceran
[RNA] = Å260 x 40 x faktor pengenceran
28. Jika anda ingin membuat campuran reaksi untuk PCR sebagaimana komposisi
dibawah ini. Maka berapa volume primer Forward yang harus ditambahkan?

Komponen Volume (µl) Konsentrasi

akhir komponen
2x Taq PCR Mix ½ X 50 = 25 uL 1x

Primer forward (10 µM)* 0,5/10 X 50 = 2,5 uL 0,5 µM

Primer reverse (10 µM)* 0,5/10 X 50 = 2,5 uL 0,5 µM

Template DNA 1/50 X 50 = 1 uL 50 ng (per reaksi)

NFW (ddH2O) 19 uL
Volum Total Reaksi 50 uL
Jawab: Primer forward yang harus ditambahkan 2,5 uL
29. Perhatikan gambar di bawah ini, manakah diantara 2 hasil elektroforesis ini yang
merupakan hasil elektroforesis untuk DNA setelah diekstraksi? Dan apa
alasannya?

Jawab: Gambar A adalah hasil elektroforesis untuk DNA hasil ekstraksi/ DNA genom,
karena ukurannya besar sehingga pergerakkannya lambat membuat letak pita DNA di
atas dekat dengan well.
30. Jika anda melakukan ekstraksi DNA, lalu setelah di elektroforesis ternyata
menghasilkan gambaran seperti di bawah ini, apa yang telah terjadi pada DNA
anda? Dan apa kemungkinan yang menyebabkan hal tersebut terjadi?

Jawab: Berdasarkan hasil elektroforesis di atas menghasilkan DNA yang smear sehingga
dapat disimpulkan bahwa DNA telah terdegradasi/ terfragmentasi.