23.

Prinsip Proses Elektroforesis

Prinsip proses elektroforesis yaitu gerak medan listrik pada elektroforesis (katoda/anoda)
dapat terjadi karena adanya arus listrik yang berlawanan. Kation akan bergerak ke arah kutub
bermuatan (-) atau anoda. Sedangkan anion akan bergerak ke arah kutub bermuatan (+) atau
katoda. Kecepatan masing-masing substansi secara individu adalah proporsional dengan
mobilitet relatif secara elektroforesis dari suatu molekul.

24. Fungsi Bahan Pada Elektroforesis

 Agarose : untuk mendeteksi kompleks-kompleks antigen-antibodi dan analisis

molekul DNA.
 Tris acetic acid EDTA (TAE) 1x : untuk meneruskan arus litrik sehingga diterima
oleh fragmen DNA yang berbeda pada gel agarose yang terendam pada larutan
tersebut.
 Florosafe atau Ethidium bromide : sebagai pewarna DNA yang dapat menangkap
panjang gelombang pita DNA yang terpapar sinar UV dengan cara menyisip ke dalam
DNA
 Loading dye : untuk menambah densitas sehingga DNA berada dibagian bawah dari
sumur. Memudahkan meletakkan contoh DNA ke dalam sumur.

25. Keunggulan PCR

- Dengan teknik PCR memungkinkan kita untuk memperoleh urutan DNA tertentu
tanpa melalui pengklonan sehingga tidak memerlukan waktu yang relatif lama.
- Pada PCR, posisi awal dan akhir sintetis DNA dapat ditentukan dengan menyediakan
suatu oligonukleotida sebagai primer yang menempel secara komplementer pada
cetakan sesuai dengan keinginan peneliti (polimerase DNA dapat diarahkan untuk
sintesis wilayah DNA tertentu).
- PCR menghasilkan amplifikasi wilayah DNA tertentu.

26. Fungsi Bahan Pada Teknik PCR

- Kit PCR : sebagai reagen untuk menghasilkan satu siklus reaksi yang sempurna.
- Primer Forward dan Reverse : untuk membatasi daerah yang ingin diamplifikasi.
- H2O nuclease free : meloloskan DNA
- Sampel DNA : sebagai sampel untuk mengamplifikasi segmen DNA.

27. Fungsi Bahan Pada Teknik RFLP

- Enzim restriksi Rsal : sebagai enzim restriksi yang memotong DNA pada bagian
urutan basa GAATTC (sekuens pengenal bagi EcoR1).
- Bufer R : mengoptimalkan pemotongan DNA
- dH2O free nuclease : mempertahankan nilai pH larutan
- produk PCR (fragmen D-loop) : sebagai sampel
- agarose : pemisahan fragmen DNA
28. Software NCBI

National Center for Biotechnology Information (NCBI) merupakan server yang memuat
database tentang informasi kesehatan dan bioteknologi. Database terus-menerus di update
sesuai dengan penemuan dan perkembangan terkini yang menyangkut DNA, protein,
senyawa aktif, dan taksonomi. Selain database, NCBI juga menyediakan berbagai macam
software untuk analisis DNA, protein 3D, pencarian primer, pencarian conserve domain dan
lain sebagainya. NCBI memiliki database dan software (analysis tools) yang sering
digunakan untuk analisis adalah GenBank dan BLAST. GenBank ini bagian dari database
nukleotida internasional yang bekerja sama dengan DataBank of Japan (DDBJ), the European
Molecular Biology Laboratory (EMBL), dan GenBank at NCBI. BLAST (Basic Local
Alignment Search Tool) adalah software yang dapat digunakan untuk menentukan homologi
suatu urutan DNA atau asam amino dengan data yang ada di NCBI. Hal ini berguna untuk
menemukan gen sejenis pada bebrapa organisme, mengecek keabsahan hasil sekuensing,
maupun untuk memeriksa fungsi gen hasil sekuensing.

29. Pembuatan Larutan Stok NaOH

- 5 M NaOH : Larutkan 200 g NaOH ke dalam 800 ml air destilasi. Setelah terlarut
ditambahkan air destilasi sampai volume 1 liter. Sterilisasi larutan dengan cara
autoclvae.

30. Komposisi Bahan pada Teknik RFLP

- Enzim RsaL : 0,8uL

- Buffer T : 0,8uL
- dH2O free nuclease : 5uL
- Produk PCR : 5,5uL
- Agarose : 2%

31. Prinsip Kerja Suatu Bahan Dalam Tahap Presipitasi DNA

Pada tahap presipitasi ini, DNA yang terpresipitasi akan terpisah dari residu-residu RNA dan
protein yang masih tersisa. Tahap presipitasi dilakukan dengan cara meneteskan larutan
presipitasi protein dan kemudian divortex yang bertujuan untuk menghomogenkan larutan.
Supernatan yang terbentuk dibuang sehingga tersisa pellet diujung tube. DNA kemudian
dicuci dengan etanol dingin 70% yang berfungsi melarutkan berbagai macam kotoran yang
masih tercampur pada DNA yang diperoleh. DNA dikering-anginkan dengan membuka tutup
tube. Setelah itu warna DNA sudah dapat diamati. DNA yang bersih ditandai dengan
berwarna putih. Pemurnian DNA dilakukan dengan penambahan larutan buffer TE yang
mengandung RNAse bebas DNAse dan disimpan dalam freezer -20C. pemberian larutan
buffer TE ini berbeda-beda sesuai dengan ukuran DNA yang diperoleh.

32. Pembuatan Larutan EDTA

- 0,5 M EDTA (pH 8,0): larutkan 186,1 g Na2EDTA dalam 400 ml air destilasi,
sesuaika n pH dengan memberi pelet NaOH dan ditambahkan air destilasi sampai
volume 1 liter. Aliquot larutan untuk menghindari kontaminasi. Sterilkan larutan
dengan autoclave.