2.3.2.

Metode Blast

BLAST pada www.ncbi.nlm.niv.gov dibuka, Pertama buka halaman

NCBI (https://ncbi.nlm.nih.gov) kemudian cari pilihan BLAST atau bisa
mengklik halaman https://blast.ncbi.nlm.nih.gov/Blast.cgi kemudian pilih
nukleotida BLAST (blastn). Data sekuen yang dihasilkan dimasukkan dan
database yang diinginkan apakah nukleotida atau ESTs dipilih. Program yang
diinginkan dipilih (anda dapat mencoba ketiganya dan lihat perbedaan
hasilnya) untuk kemudian klik Blast.

3.1.3. Multiple Sequences Aligment

3.2.3. Multiple Sequences Aligment
Clustal Omega adalah paket untuk multiple sequencing (MSA). Itu
dikembangkan hampir satu dekade yang lalu untuk memenuhi jumlah urutan
yang terus bertambah dan kebutuhan untuk melakukan penyortiran besar
dengan cepat dan akurat. Paket yang paling banyak digunakan untuk
pembuatan MSA selama 30 tahun terakhir adalah Clustal W2 dan ClustalX3,
tetapi lebih dari seratus paket MSA telah dirilis selama ini. Mereka secara kasar
terbagi dalam dua kelompok utama: Cepat dan dapat mengurutkan sangat
besar atau lebih tepatnya dan terbatas pada jumlah urutan yang lebih kecil.
MUSCLE4 dan MAFFT5 adalah contoh yang paling banyak digunakan
sementara T-Coffee6 dan MAFFTL-INS-i7 adalah contoh terakhir. Clustal W
dan Clustal X banyak digunakan karena ketersediaannya yang luas di
komputer pribadi dan di server serta karena ketahanan dan portabilitas kode
serta antarmuka yang sangat fleksibel dan ramah pengguna. Motivasi awal
kami saat mendesain Clustal Omega adalah untuk membuat sebuah paket yang
dapat menghasilkan aransemen yang sangat besar tanpa mengorbankan
akurasi (Sievers dan Higgins, 2017).

Organisme yang digunakan adalah ikan nilem (Osteochilus vittatus)

dengan gen rhodopsin (RH) gene. Lalu, Cirrhinus molitorella rhodopsin (RH)
gene, Crossocheilus siamensis strain cypn10 rhodopsin (RH) gene,
Epalzeorhynchos bicolor voucher 7206 rhodopsin photopigment (rh1) mRNA,
Sinilabeo sp. cyp93 rhodopsin (RH) gene, Scaphognathops bandanensis rhodopsin
(RH) gene. Gen yang digunakan karena melihat dari besar percent identity yang
mengharuskan lebih dari 75%. Spesies yang digunakan adalah ikan nilem
namun untuk pembandingan tidak disarankan untuk menggunakan spesies
yang sama (Gen utama).

Gen utama yaitu KC631269.1 Osteochilus vittatus rhodopsin (RH) gene

menunjukkan hasil yang berbeda dengan gen pilihan yang lainnya. Bintang (*)
yang muncul pada bawah urutan mengartikan bahwa ada kesamaan sekuens
pada urutan gen yang berbeda, sementara pada urutan yang tidak muncul
bintang mengartikan ada sekuens yang tidak sama antar gen tersebut.

Daftar Pustaka

Sievers, F., Higgins, D. G. 2017. Clustal Omega for making accuratealignments

of many protein sequences. Protein Science, 27(1): 135-145.