ASPEK LABORATORIUM MIKOLOGI

Seiring berjalannya waktu, lebih dari 100.000 spesies jamur telah dikenali dan
dideskripsikan. Namun, kurang dari 500 spesies ini telah dikaitkan dengan penyakit pada manusia,
dan tidak lebih dari 100 spesies mampu menyebabkan infeksi pada individu normal. Sisanya hanya
mampu menimbulkan penyakit pada inang yang lemah atau mengalami gangguan kekebalan.
A. APA ITU JAMUR?
1. Jamur bukanlah tumbuhan. Jamur membentuk kelompok organisme tingkat tinggi yang
terpisah, berbeda dari tumbuhan dan hewan, yang berbeda dari kelompok organisme lain
dalam beberapa hal utama. Pertama, sel jamur terbungkus dalam dinding sel yang kaku,
sebagian besar terdiri dari kitin dan glukan. Ciri-ciri ini kontras dengan hewan, yang tidak
memiliki dinding sel, dan tumbuhan, yang memiliki selulosa sebagai komponen utama
dinding sel.
2. Kedua, jamur bersifat heterotrofik. Ini berarti mereka kekurangan klorofil dan tidak dapat
membuat makanan organik seperti yang dapat dilakukan tanaman melalui fotosintesis.
Jamur hidup tertanam dalam sumber atau media makanan, dan memperoleh nutrisinya
dengan mengeluarkan enzim untuk pencernaan eksternal dan dengan menyerap nutrisi yang
dilepaskan dari media. Pengakuan bahwa jamur memiliki bentuk nutrisi yang berbeda secara
mendasar merupakan salah satu karakteristik yang menyebabkan jamur ditempatkan di
kingdom tersendiri.
3. Ketiga, jamur memiliki struktur yang lebih sederhana dibandingkan tumbuhan atau hewan.
Tidak ada pembelahan sel menjadi organ atau jaringan. Unit struktural dasar jamur adalah
rantai sel berbentuk tabung berbentuk filamen, disebut hifa atau hifa (jamak) atau sel
tunggal independen. Diferensiasi sel jamur tidak kalah canggihnya dengan yang ditemukan
pada tumbuhan atau hewan, namun berbeda. Banyak patogen jamur pada manusia dan
hewan mengubah bentuk pertumbuhannya selama proses invasi jaringan. Patogen dimorfik
ini biasanya berubah dari bentuk hifa multiseluler di lingkungan alami menjadi bentuk sel
tunggal yang bertunas di jaringan. Pada sebagian besar jamur multiseluler, tahap vegetatif
terdiri dari kumpulan hifa bercabang yang disebut miselium. Setiap hifa individu memiliki
dinding sel yang kaku dan bertambah panjang sebagai akibat dari pertumbuhan apikal. Pada
jamur yang lebih primitif, hifanya tetap aseptat (tanpa dinding melintang). Akan tetapi, pada
kelompok yang lebih maju, hifanya bersepta, dengan dinding bersilang yang lebih sering
atau lebih jarang. Jamur yang berbentuk miselium multiseluler mikroskopis sering disebut
kapang. Banyak jamur yang berbentuk sel tunggal independen berkembang biak dengan
mengeluarkan sel serupa dari permukaannya. Tunas tersebut mungkin terlepas dari sel
 induknya, atau mungkin tetap menempel dan menghasilkan tunas lain. Dengan cara ini,
rantai sel dapat diproduksi. Jamur yang tidak menghasilkan hifa, tetapi hanya terdiri atas
susunan sel-sel tunas yang lepas disebut khamir. Dalam kondisi tertentu, pemanjangan sel
induk yang terus menerus sebelum bertunas menghasilkan rantai sel yang memanjang,
disebut pseudohifa.
4. Keempat, jamur berkembang biak melalui propagul mikroskopis yang disebut spora. Banyak
jamur menghasilkan spora yang dihasilkan dari proses aseksual. Kecuali mutasi sesekali,
spora ini identik dengan induknya. Spora aseksual umumnya merupakan propagul berumur
pendek yang diproduksi dalam jumlah besar untuk memastikan penyebaran ke habitat baru.
Banyak jamur juga mampu bereproduksi secara seksual. Beberapa spesies bersifat
homothallic dan mampu membentuk struktur seksual dalam koloni individu. Namun
sebagian besar adalah heterothallic dan tidak membentuk struktur seksualnya kecuali dua
strain kawin yang berbeda melakukan kontak. Meiosis kemudian mengarah pada produksi
spora seksual. Pada beberapa spesies, spora seksual ditanggung sendiri-sendiri pada sel
generatif khusus dan keseluruhan strukturnya berukuran mikroskopis. Namun dalam kasus
lain, spora diproduksi dalam jumlah jutaan di “tubuh buah” seperti jamur dan bola puffball.
Dalam istilah mikologi saat ini, tahap seksual suatu jamur dikenal sebagai teleomorf, dan
tahap aseksual disebut anamorph.
B. KLASIFIKASI JAMUR
Para ahli mikologi tertarik pada struktur tubuh reproduksi jamur dan cara
pembentukannya karena ciri-ciri ini membentuk dasar klasifikasi dan penamaan jamur. Baru-
baru ini kingdom Fungi telah dibagi menjadi empat kelompok kecil, yang disebut divisi,
berdasarkan perbedaan struktur reproduksinya, sebagai berikut.
1. Chytridiomycota
Divisi ini terdiri dari satu kelas dengan sekitar 100 genera dan 1000 spesies, tidak ada
satupun yang bersifat patogen bagi manusia. Sebagian besar spesies hidup di lingkungan
perairan. Reproduksi seksual, jika terjadi, terdiri dari peleburan inti yang kompatibel.
Meiosis kemudian terjadi dan spora motil (berenang), disebut zoospora, diproduksi.
2. Zygomycota
Divisi ini terdiri dari sekitar 175 genera dan 1000 spesies. Thallus (tubuh vegetatif jamur)
bersifat aseptat. Spora aseksual, atau sporangiospora, tidak bergerak dan diproduksi di
dalam kantung tertutup, disebut sporangium, yang dindingnya pecah untuk melepaskannya.
Reproduksi seksual terdiri dari peleburan inti dari koloni yang kompatibel, diikuti dengan
pembentukan satu zigospora besar dengan dinding yang menebal. Meiosis terjadi pada
perkecambahan dan miselium haploid kemudian berkembang.
 Divisi ini berisi dua ordo yang mempunyai kepentingan medis, Entomophthorales dan
Mucorales. Yang pertama termasuk generaBasidiobolusDan Konidiobolus, dan yang terakhir
mencakup genera Absidia, lendir, Rizomukor, dan Rhizopus.
3. Ascomycota
Divisi ini terdiri dari sekitar 175 genera dan 1000 spesies. Thallus (tubuh vegetatif jamur)
bersifat aseptat. Spora aseksual, atau sporangiospora, tidak bergerak dan diproduksi di
dalam kantung tertutup, disebut sporangium, yang dindingnya pecah untuk melepaskannya.
Reproduksi seksual terdiri dari peleburan inti dari koloni yang kompatibel, diikuti dengan
pembentukan satu zigospora besar dengan dinding yang menebal. Meiosis terjadi pada
perkecambahan dan miselium haploid kemudian berkembang. Divisi ini berisi dua ordo
yang mempunyai kepentingan medis, Entomophthorales dan Mucorales. Yang pertama
termasuk generaBasidiobolusDan Konidiobolus, dan yang terakhir mencakup genera
Absidia,lendir,Rizomukor, DanRhizopus.
4. Basidiomycota
Divisi ini berisi setidaknya 3200 genera dan sekitar 32.000 spesies. Thallusnya bersepta.
Reproduksi aseksual terdiri dari produksi spora, disebut konidia, dari sel generatif atau
konidiogen. Pada beberapa spesies, sel konidiogen tidak berbeda dengan miselium lainnya.
Di negara lain, sel konidiogen terkandung dalam struktur hifa khusus, yang disebut
konidiofor. Reproduksi seksual dihasilkan dari peleburan inti dari koloni yang kompatibel.
Setelah meiosis, spora haploid, disebut ascospora, diproduksi dalam struktur seperti
kantung, disebut ascus. Ascomycota menunjukkan transisi bertahap dari bentuk primitif
yang menghasilkan asci tunggal ke spesies yang menghasilkan struktur besar, disebut
ascocarps, yang mengandung banyak asci.
Pembagian ini mencakup genus Ajellomyces, genus teleomorf utama dari patogen jamur
sistemik dimorfik. Genera anamorph adalah Blastomices, emmonsia, dan histoplasma.
Ascomycota juga termasuk genusnya Pseudallescheria, teleomorf dari genus anamorph
Scedosporium. Divisi ini juga mencakup ragi ascomycetous, banyak di antaranya memiliki
tahap anamorph yang termasuk dalam genusCandida.
5. Basidiomycota
Divisi ini berisi sekitar 22.000 spesies. Thallusnya bersepta. Reproduksi aseksual bervariasi,
dengan beberapa spesies menghasilkan konidia seperti Ascomycota, namun banyak spesies
lain yang tidak diketahui menghasilkan konidia sama sekali. Reproduksi seksual dilakukan
dengan peleburan inti dari koloni yang kompatibel, diikuti dengan meiosis dan produksi
basidiospora di luar sel generatif, yang disebut basidium. Basidia sering kali diproduksi
 dalam struktur makroskopis, disebut basidiokarpa, dan spora sering kali dikeluarkan secara
paksa.
Hanya sedikit anggota dari divisi besar ini yang memiliki kepentingan medis. Yang paling
menonjol adalah khamir basidiomycetous dari genera tersebutKriptokokus, Malassezia,
DanTrichosporon. Basidiomycetes berfilamen yang memiliki kepentingan klinis termasuk
genus Skizophyllum.
C. KLASIFIKASI JAMUR ANAMORF
Pada banyak jamur, reproduksi aseksual terbukti sangat sukses sehingga tahap seksual
(teleomorf) telah hilang, atau setidaknya, belum ditemukan. Sebagian besar jamur anamorphic
ini dianggap memiliki (atau pernah memiliki) teleomorf yang termasuk dalam divisi
Ascomycota; beberapa dianggap termasuk dalam divisi Basidiomycota. Bahkan tanpa adanya
teleomorf, sekarang sering dimungkinkan untuk memasukkan jamur-jamur ini ke dalam salah
satu divisi ini berdasarkan karakteristik genetik ultrastruktural atau molekuler. Namun, di masa
lalu, jamur anamorphic ini disebut Fungi Imperfecti dan dibagi menjadi tiga kelas buatan
menurut bentuk pertumbuhan dan produksi struktur reproduksi aseksualnya. Banyak teks
mikologi saat ini masih menggunakan sistem klasifikasi ini.
1. Hyphomycetes
Miseliumnya bersepta. Konidia dihasilkan langsung pada hifa atau pada cabang hifa khusus
yang disebut konidiofor. Kelas ini mengandung sejumlah besar jamur anamorphic yang
memiliki kepentingan medis, termasuk generanya Aspergillus, Cladophialophora, Fusarium,
Mikrosporum, Fialophora, Scedosporium, Dan Trichophyton.
2. Coelomycetes
Miseliumnya bersepta. Konidia dihasilkan dalam struktur berbentuk bola dengan bukaan
apikal (disebut pycnidia), atau datar dan berbentuk cangkir (disebut acervuli). Hanya sedikit
anggota kelas ini yang memiliki kepentingan medis. Ini termasuk generanya Lasiodiplodia,
dan Pyrenochaeta.
3. Blastomycetes
Thallus terdiri dari sel tunggal yang lepas atau pseudomycelium. Organisme ini
diidentifikasi pada berdasarkan karakteristik fisiologisnya, bukan karakteristik
morfologinya. Kelas ini berisi ragi dari genus anamorphicCandida. Sebagian besar ragi
hitam mampu menghasilkan miselium sejati dan oleh karena itu diklasifikasikan dalam
Hyphomycetes.
D. NOMENKLATUR JAMUR DAN PENYAKIT JAMUR
Seperti yang dikomentari oleh Odds, ada beberapa hal yang lebih membuat frustrasi para
dokter daripada perubahan nama penyakit atau agen penyakit, terutama ketika penyakit yang
dimaksud bukanlah penyakit yang umum (Odds, 1996). Nama ilmiah jamur tunduk pada Kode
Tata Nama Botani Internasional. Secara umum nama yang benar untuk suatu organisme adalah
nama (depan) paling awal yang dipublikasikan sesuai dengan persyaratan Kode Tata Nama.
Namun, untuk menghindari kebingungan, Kode ini memperbolehkan pengecualian tertentu. Hal
yang paling signifikan adalah ketika nama generik sebelumnya diabaikan, nama belakangan
digunakan secara umum, dan pengembalian ke nama sebelumnya akan menyebabkan banyak
kebingungan.
Ada dua alasan utama untuk mengganti nama. Yang pertama adalah reklasifikasi suatu
jamur dengan mempertimbangkan penyelidikan yang lebih rinci mengenai karakteristiknya.
Yang kedua adalah penemuan teleomorf (tahap seksual) dari jamur yang sebelumnya
anamorphic.
Banyak jamur mempunyai dua nama, yang satu menunjukkan tahap seksualnya dan yang
lainnya menunjukkan tahap aseksualnya. Seringkali ada dua nama karena tahapan anamorfik
dan teleomorfik dideskripsikan dan diberi nama pada waktu yang berbeda tanpa diketahui
hubungan di antara keduanya. Kedua nama tersebut sah berdasarkan Kode Tata Nama, tetapi
teleomorf harus diutamakan. Namun dalam praktiknya, lebih umum (dan tepat) untuk menyebut
jamur dengan sebutan aseksualnya karena ini adalah tahap yang biasanya diperoleh dalam
kultur.
Berbeda dengan nama jamur, nama penyakit tidak tunduk pada pengawasan
internasional yang ketat. Penggunaannya cenderung mencerminkan praktik lokal. Salah satu
metode yang populer adalah dengan mendapatkan nama penyakit dari nama generik organisme
penyebabnya: misalnya aspergillosis, kandidiasis, sporotrichosis, dll. Namun, jika jamur
berganti nama, maka nama penyakitnya juga harus diubah. Misalnya, moniliasis telah menjadi
kandidiasis atau kandidosis, dan pseudallescheriasis telah disebut dengan berbagai nama
monosporiosis, petriellidiosis, allescheriasis dan sekarang scedosporiosis agar sesuai dengan
perubahan nama patogen. Pada tahun 1992, subkomite Masyarakat Internasional untuk
Mikologi Manusia dan Hewan merekomendasikan agar praktik pemberian nama penyakit
berdasarkan nama penyebabnya harus dihindari, dan, jika memungkinkan, setiap penyakit harus
diberi nama dalam bentuk “patologi A karena untuk (atau disebabkan oleh) jamur B” (Odds et
al, 1992). Rekomendasi ini tidak dimaksudkan untuk diterapkan pada nama- nama penyakit
yang sudah lama ada, seperti aspergillosis; melainkan dimaksudkan untuk menawarkan
pendekatan tata nama yang lebih fleksibel.
Ada juga banyak hal yang bisa dikatakan mengenai praktik pengelompokan penyakit
mikotik yang asal usulnya serupa dalam satu judul. Salah satu nama kolektif yang paling luas
dan berguna adalah istilahfeohipofomikosis, yang digunakan untuk merujuk pada serangkaian
 infeksi subkutan dan mendalam yang disebabkan oleh jamur berpigmen coklat yang
mengadopsi bentuk hifa bersepta dalam jaringan (Ajello, 1975). Jumlah organisme yang terlibat
sebagai agen etiologi phaeohyphomycosis telah meningkat dari 16 pada tahun 1975 menjadi
lebih dari 100 pada saat ini (Matsumoto dan Ajello, 1998). Seringkali jamur ini diberi nama
yang berbeda pada waktu yang berbeda dan penggunaan nama penyakit kolektif telah
membantu mengurangi kebingungan dalam literatur.
Syarathialohipofomikosisadalah nama kolektif lain yang semakin meningkat
penggunaannya. Istilah ini digunakan untuk merujuk pada infeksi yang disebabkan oleh jamur
tidak berwarna (hialin) yang mengadopsi bentuk hifa bersepta dalam jaringan (Ajello, 1986).
Hingga saat ini, lebih dari 70 organisme berbeda telah terlibat. Nama penyakit digunakan
sebagai nama umum untuk infeksi yang disebabkan oleh jamur yang kurang umum, misalnya
spesiesFusarium, yang bukan merupakan penyebab infeksi lain, seperti aspergillosis.
E. TATA CARA LABORATORIUM DIAGNOSA INFEKSI JAMUR
Seperti infeksi mikroba lainnya, diagnosis infeksi jamur bergantung pada kombinasi
observasi klinis dan pemeriksaan laboratorium. Infeksi jamur superfisial dan subkutan sering
menghasilkan lesi khas yang mendukung diagnosis, namun masukan laboratorium dapat
membantu proses diagnostik jika hal ini tidak terjadi, baik karena beberapa mikroorganisme
dan/atau proses non-infeksi menghasilkan gambaran klinis yang serupa, atau karena
penampakan lesi. telah dianggap atipikal oleh pengobatan sebelumnya. Dalam banyak situasi di
mana infeksi jamur sistemik dijadikan sebagai diagnosis, gambaran klinisnya tidak spesifik dan
dapat disebabkan oleh berbagai macam infeksi, penyakit yang mendasari, atau komplikasi
pengobatan. Diagnosis pasti infeksi ini hampir seluruhnya didasarkan pada hasil pemeriksaan
laboratorium.
Keberhasilan diagnosis laboratorium infeksi jamur sebagian besar bergantung pada
pengumpulan spesimen klinis yang memadai untuk penyelidikan. Pengumpulan atau
penyimpanan spesimen yang tidak tepat dapat mengakibatkan kesalahan diagnosis. Selain itu,
untuk memastikan bahwa tes laboratorium yang paling tepat dilakukan, penting bagi dokter
untuk menunjukkan dugaan infeksi jamur dan memberikan informasi latar belakang yang
memadai.
Selain menentukan sumber spesimen, dokter juga harus memberikan informasi tentang
penyakit yang mendasarinya, perjalanan terakhir atau tempat tinggal sebelumnya di luar negeri,
dan pekerjaan pasien. Informasi ini akan membantu laboratorium mengantisipasi patogen mana
yang paling mungkin terlibat dan memungkinkan pemilihan prosedur pengujian yang paling
tepat. Penyakit mikotik ini berbeda antara satu penyakit mikotik dengan penyakit mikotik
lainnya, dan bergantung pada lokasi infeksi serta gejala dan tanda klinis yang muncul.
Interpretasi hasil pemeriksaan laboratorium terkadang dapat dilakukan dengan percaya diri,
namun terkadang temuan tersebut dapat membantu atau bahkan menyesatkan.
Metode laboratorium untuk diagnosis infeksi jamur tetap didasarkan pada tiga
pendekatan luas: deteksi mikroskopis agen etiologi dalam bahan klinis; isolasi dan identifikasi
patogen dalam kultur; dan deteksi respons serologis terhadap patogen atau penanda
keberadaannya lainnya, seperti konstituen sel jamur atau produk metabolik. Prosedur diagnostik
baru, berdasarkan deteksi DNA jamur dalam bahan klinis, saat ini sedang dikembangkan,
namun belum mempunyai dampak signifikan di laboratorium klinis. Pada bagian berikutnya,
nilai dan keterbatasan prosedur diagnostik infeksi jamur saat ini ditinjau.
1. Pemeriksaan Mikroskopis Langsung Spesimen Klinis
Dalam banyak kasus, diagnosis infeksi jamur sementara atau definitif dapat ditegakkan
melalui deteksi mikroskopis langsung unsur jamur dalam bahan klinis. Pemeriksaan
mikroskopis pada kerokan kulit atau bahan permukaan lainnya dapat mengungkap
organisme jamur dalam hitungan menit. Pemeriksaan ini sangat membantu untuk memandu
keputusan pengobatan, untuk menentukan apakah suatu organisme yang diperoleh kemudian
dalam kultur merupakan kontaminan atau patogen, dan untuk membantu laboratorium dalam
memilih kondisi kultur yang paling tepat untuk memulihkan organisme yang terlihat pada
apusan langsung. Karena pemeriksaan mikroskopis langsung kurang sensitif dibandingkan
kultur, prosedur terakhir umumnya harus selalu dilakukan pada bahan klinis. Jaringan
berkeratin memerlukan perlakuan awal untuk melarutkan bahan dan lebih mudah
mengungkap unsur jamur. Kerokan kulit dan spesimen dermatologis lainnya, spesimen
dahak dan saluran pernapasan bawah lainnya, serta sampel jaringan cincang dapat diperiksa
setelah pengobatan dengan kalium hidroksida (KOH) 10% –20% hangat. Sampel ini
kemudian dapat diperiksa secara langsung, tanpa noda, sebagai sediaan basah (Lihat
Gambar Berwarna 1–1 dan 1–2 pada sisipan warna terpisah). Alternatifnya, setetes
laktofenol kapas biru, biru metilen, atau lainnya noda jamur dapat tercampur dengan sampel
pada kaca objek mikroskop. Alat lain yang berguna adalah bahan kimia pencerah, calcofluor
white, senyawa yang menodai dinding sel jamur. Sediaan diwarnai dengan calcofluor white,
dengan atau tanpa KOH, kemudian dibaca dengan mikroskop fluoresensi. Elemen jamur
tampak berwarna cerah dengan latar belakang gelap.
Tinta India berguna untuk pewarnaan negatif sedimen cairan serebrospinal (CSF) untuk
mengungkap enkapsulasi Kriptococcus neoformanssel. Pewarnaan Gram dapat membantu
dalam mengungkap jamur dalam berbagai cairan dan sekresi. Pewarnaan Giemsa dan
pewarnaan Wright dapat digunakan untuk mendeteksiHistoplasma capsulatumdalam sediaan
 sumsum tulang atau apusan darah. Pewarnaan Papanicolaou dapat digunakan pada sampel
dahak atau saluran pernafasan lainnya untuk mendeteksi unsur jamur.
Penting untuk dipahami bahwa hasil positif palsu dan negatif palsu memang terjadi dengan
pemeriksaan mikroskopis langsung. Hasilnya mungkin berbeda-beda tergantung kualitas
dan usia spesimen, luasnya proses penyakit, sifat jaringan yang diperiksa, dan pengalaman
ahli mikroskop.
2. Studi Histopatologi
3. Pemeriksaan histopatologi pada bagian jaringan adalah salah satu metode yang paling dapat
diandalkan untuk menegakkan diagnosis infeksi jamur subkutan dan sistemik. Namun,
kemudahan pengenalan patogen jamur dalam jaringan tidak hanya bergantung pada
kelimpahannya, tetapi juga pada kekhasan penampilannya. Banyak jamur yang
pewarnaannya buruk dengan hematoksilin dan eosin dan metode ini saja mungkin tidak
cukup untuk mengungkap elemen jamur dalam jaringan. Terdapat sejumlah pewarnaan
khusus untuk mendeteksi dan menyorot organisme jamur dan dokter harus memintanya jika
dicurigai adanya penyakit mikotik. Pewarnaan methenamine-silver (Grocott atau Gomori)
dan periodik acid- Schiff adalah prosedur yang paling banyak digunakan untuk pewarnaan
spesifik pada dinding sel jamur. Mucicarmine dapat digunakan untuk menodai kapsul
C.neoformans.
Perlu dipahami bahwa metode pewarnaan ini, meskipun berguna dalam mengungkap
keberadaan elemen jamur dalam jaringan, jarang memungkinkan genus jamur yang terlibat
dapat diidentifikasi. Misalnya, deteksi hifa bersepta bercabang yang tidak berpigmen
merupakan ciri khasnya Aspergillus infeksi, tetapi juga merupakan karakteristik dari
sejumlah besar organisme yang kurang umum, termasuk spesies
FusariumDanScedosporium. Demikian pula, deteksi sel jamur kecil yang sedang tumbuh
jarang memungkinkan diagnosis spesifik. Sel-sel berbentuk jaringan dariH.capsulatum Dan
Blastomyces dermatitidis, misalnya, dapat tampak serupa, dan dapat disalahartikan sebagai
sel yang tidak berkapsul C.neoformans. Untuk mengatasi masalah ini, sejumlah metode
telah dikembangkan berdasarkan penelitian untuk mengidentifikasi berbagai organisme
jamur secara spesifikdalam tisu. Reagen pewarnaan imunoperoksidase dan imunofluoresen,
baik monoklonal dan poliklonal, tersedia untuk beberapa agen jamur (Arrese-Estrada et al,
1990; Kaufman et al, 1997). Pewarnaan imunokimia dapat memfasilitasi identifikasi unsur
jamur atipikal dan deteksi sejumlah kecil organisme. Misalnya, antibodi monoklonal IgG1
3H8 telah dijelaskan yang secara spesifik mengenaliCandida albicanspada bagian jaringan
menggunakan format pewarnaan imunofluoresen atau imunohistokimia (Marcilla et al,
1999). Saat ini sedang diselidiki sejumlah teknik yang melibatkan pengikatan spesifik probe
 DNA ke asam nukleat agen jamur baik secara langsung pada slide (hibridisasi in situ) atau
dalam tabung reaksi (Lischewski et al, 1997; Zimmerman et al, 2000 ).
4. Budaya
Isolasi dalam kultur akan memungkinkan sebagian besar jamur patogen dapat diidentifikasi.
Sebagian besar organisme ini tidak terlalu teliti dalam memenuhi kebutuhan nutrisinya dan
akan tumbuh pada media yang digunakan untuk isolasi bakteri dari bahan klinis. Namun,
pertumbuhan pada media ini bisa lambat dan perkembangan spora serta struktur lain yang
digunakan dalam identifikasi jamur bisa jadi buruk. Karena alasan ini, sebagian besar
laboratorium menggunakan beberapa media kultur dan kondisi inkubasi yang berbeda untuk
pemulihan agen jamur. Namun, berbagai kondisi inkubasi dan media tambahan mungkin
diperlukan untuk pertumbuhan organisme tertentu dalam kultur. Laboratorium harus
mengetahui agen jamur tertentu yang dicurigai ada dalam sampel tertentu sehingga media
yang paling tepat dapat dimasukkan.
Sebagian besar laboratorium menggunakan media, seperti agar dekstrosa Sabouraud atau
agar malt modifikasi Emmons yang akan memulihkan sebagian besar jamur umum. Namun,
banyak organisme yang rewel seperti fase ragiH.capsulatum tidak akan tumbuh pada
substrat ini, dan memerlukan penggunaan media yang lebih kaya, seperti agar infus jantung
otak. Medium CHROMagar Candida (CHRO-Magar Co., Paris, Perancis) adalah agar
kromogenik yang menggabungkan beberapa pewarna kimia dalam medium padat. Yang
penting secara medisCandidaspesies muncul sebagai koloni dengan warna berbeda karena
perbedaan serapan senyawa kromogenik ini. Setelah inkubasi selama 48–72 jamC.albicans
menghasilkan koloni hijau, sedangkan C.tropismenghasilkan koloni
biru,C.glabratamenghasilkan koloni berwarna merah muda tua,
danC.parapsilosismenghasilkan koloni berwarna krem hingga merah muda pucat.
CHROMagar dapat membantu dalam mendeteksi keberadaan kultur campuran, serta
memberikan identifikasi spesies awal.
Banyak spesimen klinis yang diserahkan untuk kultur jamur terkontaminasi bakteri dan
penting untuk menambahkan antibiotik antibakteri ke media kultur jamur. Media yang
mengandung kloramfenikol tersedia secara komersial mampu. Namun, gentamisin,
vankomisin, dan agen antimikroba lainnya semakin banyak digunakan untuk menekan
pertumbuhan bakteri yang resisten terhadap agen lama. Jika dermatofita atau jamur dimorfik
sedang diisolasi, sikloheksimid (aktidon) harus ditambahkan ke dalam media, untuk
mencegah pertumbuhan berlebih oleh jamur yang tumbuh lebih cepat.
Suhu pertumbuhan optimal untuk sebagian besar jamur patogen adalah sekitar 30°C. Bahan
dari pasien yang diduga mengalami infeksi superfisial harus diinkubasi pada suhu 25°C–
30°C, karena sebagian besar dermatofita tidak akan tumbuh pada suhu yang lebih tinggi.
Bahan dari lokasi subkutan atau dalam harus diinkubasi pada dua suhu, 25°C– 30°C dan
37°C, karena sejumlah patogen penting, termasuk H.capsulatum,B.dermatitis DanSporothrix
schenckii, bersifat dimorfik dan perubahan bentuk pertumbuhannya, bergantung pada
kondisi inkubasi, berguna dalam identifikasi. Pada suhu 25°C–30°C organisme ini
berkembang sebagai jamur pada agar dekstrosa Sabouraud, tetapi pada suhu yang lebih
tinggi pada media yang diperkaya, seperti agar infus otak-jantung, organisme ini tumbuh
sebagai ragi yang bertunas. Banyak jamur patogen yang tumbuh lambat dalam kultur dan
memerlukan cawan disimpan hingga 4 minggu, sebelum dibuang sebagai negatif. Namun,
beberapa jamur patogen yang umum, sepertiAspergillus fumigatusDanC.albicans, akan
menghasilkan koloni yang dapat diidentifikasi dalam 1 hingga 3 hari. Kultur harus diperiksa
secara berkala (setidaknya tiga kali seminggu) dan subkultur yang sesuai harus dibuat,
terutama dari media yang diperkaya darah dimana jamur sering gagal bersporulasi.
Penting untuk dipahami bahwa pertumbuhan suatu organisme dalam kultur tidak selalu
menentukan perannya sebagai patogen. Ketika organisme sepertiH.capsulatum
atauTrichophyton rubrumterisolasi, diagnosis dapat ditegakkan dengan pasti. Namun, jika
organisme oportunistik sepertiA.fumigatusatauC.albicans pulih, isolasinya mungkin tidak
memiliki relevansi klinis kecuali ada bukti tambahan mengenai keterlibatannya dalam
proses patogenik. Dalam kasus ini, hasil kultur harus dibandingkan dengan pemeriksaan
mikroskopis. Isolasi patogen jamur oportunistik dari tempat yang steril, seperti darah atau
cairan serebrospinal, sering kali memberikan bukti yang dapat diandalkan mengenai infeksi
yang mendalam, namun isolasi patogen tersebut dari bahan seperti nanah, dahak, atau urin
harus ditafsirkan dengan hati-hati. Perhatian harus diberikan pada jumlah jamur yang
diisolasi dan penyelidikan lebih lanjut yang dilakukan.
Banyak jamur yang tidak dikenal telah dilaporkan sebagai penyebab infeksi sistemik yang
mematikan pada pasien dengan sistem kekebalan yang lemah. Tidak ada isolat yang boleh
dianggap sebagai kontaminan tanpa mempertimbangkan kondisi klinis pasien, tempat
isolasi, metode pengumpulan spesimen, dan kemungkinan kontaminasi. Namun, perlu
dicatat bahwa, dalam sebuah penelitian baru-baru ini, hanya 24% dari 135 jamur tidak biasa
yang diisolasi dari bagian tubuh yang steril terbukti bertanggung jawab atas penyakit klinis
yang signifikan (Rees et al, 1998). Dalam laporan terbaru lainnya, hanya 245 dari 1209
isolat Aspergillusspesies yang dikumpulkan dari pasien rawat inap mewakili kasus
aspergillosis klinis (Perfect et al, 2001). Selain menunjukkan bahwa tidak semua isolat
jamur mewakili suatu patogen, penelitian ini juga menyatakan bahwa laboratorium harus
 menyelidiki signifikansi klinis dari isolat jamur sebelum mengidentifikasi secara acak ke
tingkat spesies setiap isolat yang diperoleh dari sampel pasien.
Meskipun kultur sering kali memungkinkan diagnosis definitif infeksi jamur, kultur ini
mempunyai beberapa keterbatasan penting. Secara khusus, kegagalan untuk memulihkan
suatu organisme tidak mengesampingkan diagnosis, karena kultur negatif mungkin
disebabkan oleh pengumpulan spesimen yang tidak memadai atau pengangkutan spesimen
yang tidak tepat atau tertunda. Prosedur isolasi yang salah dan masa inkubasi yang tidak
memadai merupakan faktor penting lainnya.
5. Kultur Darah
Secara umum,Candidaspesies lebih mudah diambil dari darah dibandingkan jamur dan
kapang dimorfik. Tingkat isolasi lebih tinggi ketika media diberi ventilasi dan diangin-
anginkan, dan media bifasik yang menggabungkan fase agar dan kaldu lebih efektif
dibandingkan kaldu. Peluang keberhasilan isolasi meningkat jika banyak sampel darah
dikumpulkan, dan volume yang lebih besar dibiakkan.
Metode sentrifugasi lisis (Isolator, Wampole Laboratories, Cranbury, NJ) saat ini merupakan
prosedur yang paling dapat diandalkan untuk mengisolasi jamur dari darah, namun lebih
padat karya dibandingkan metode lain, sehingga tidak dapat digunakan secara rutin di
beberapa laboratorium. Dengan prosedur ini, 10 mililiter darah dikumpulkan ke dalam
tabung yang berisi bahan kimia yang melisiskan sel darah dan menonaktifkan zat
antimikroba yang ada dalam darah. Tabung disentrifugasi dan sedimen kemudian diinokulasi
ke media kultur yang sesuai. Dengan metode ini, jamur pulih lebih cepat dan lebih cepat
dibandingkan dengan metode kultur darah lainnya (Elder dan Roberts, 1986). Perbaikan
terkini dalam formulasi media kultur darah, bersamaan dengan pengembangan sistem kultur
darah otomatis yang lebih baik, telah membawa kemajuanCandidaspesies dari botol kultur
darah hampir sama efektifnya dengan yang berasal dari tabung sentrifugasi lisis (Wilson et
al, 1993). Namun, sentrifugasi lisis tetap lebih unggul daripada sistem pemulihan
lainnyaC.neoformans, jamur dan kapang dimorfik (Reimer et al, 1997).
6. Identifikasi Jamur
Kebanyakan jamur dapat diidentifikasi setelah tumbuh dalam kultur. Metode identifikasi
fenotipik klasik untuk kapang didasarkan pada kombinasi makroskopis. ciri-ciri morfologi
yang mikroskopis. Karakteristik makroskopis, seperti bentuk kolonial, warna permukaan
dan pigmentasi, seringkali membantu dalam identifikasi jamur, namun penting untuk
memeriksa preparat slide kultur di bawah mikroskop.
Jika dipersiapkan dengan baik, hal ini akan memberikan informasi yang cukup mengenai
bentuk dan susunan spora serta struktur yang mengandung spora untuk memungkinkan
identifikasi jamur. Karena identifikasi biasanya bergantung pada visualisasi struktur tertentu
yang dihasilkan organisme ketika sedang bersporulasi, identifikasi biasanya bergantung
pada kemampuan organisme untuk bersporulasi (Lihat Gambar Berwarna 1–3 dan 1–4 pada
sisipan warna terpisah). Untuk organisme “sulit”, banyak waktu laboratorium yang
dihabiskan untuk mencoba menginduksi sporulasi pada berbagai media sehingga struktur ini
dapat dipelajari. Jamur sering tumbuh paling baik pada media yang kaya, seperti agar
dekstrosa Sabouraud, namun produksi miselium yang berlebihan sering mengakibatkan
hilangnya sporulasi. Jika isolat kapang gagal menghasilkan spora atau struktur lain yang
dapat dikenali setelah dua minggu, isolat tersebut harus disubkultur ke media yang kurang
kaya untuk mendorong sporulasi. Media seperti tepung jagung, oatmeal, dan agar kentang-
sukrosa dapat digunakan untuk tujuan ini. Penggunaan metode identifikasi berbasis DNA
dapat menghilangkan persyaratan ini di masa depan.
Dengan beberapa cetakan, seperti spesiesAspergillus, karakteristik struktur bantalan spora
dapat dengan mudah diidentifikasi setelah sebagian kecil pertumbuhan dikeluarkan dari
pelat kultur, dipasang pada pewarna yang sesuai (seperti laktofuksin) pada kaca objek
mikroskop dan diperiksa. Namun, terkadang penting untuk menyiapkan kultur slide untuk
mengidentifikasi suatu isolat. Dalam teknik ini, balok persegi tipis agar-agar yang sesuai
ditempatkan pada kaca objek mikroskop steril, diinokulasi dengan sedikit kultur jamur,
ditutup dengan kaca penutup steril, dan diinkubasi hingga 2 minggu. Kaca penutup dan blok
agar-agar kemudian dikeluarkan, cairan pemasangan ditambahkan, dan kaca penutup yang
bersih dipasang pada kaca objek. Pertumbuhan jamur pada kaca objek kemudian diperiksa
untuk mengetahui keberadaan spora dan struktur khas lainnya.
Secara historis, jamur dimorfik sepertiCoccidioides immitis, H.capsulatum,
DanB.dermatitisdiidentifikasi dengan mengamati konversi pertumbuhan miselia pada suhu
25°C menjadi pertumbuhan seperti ragi pada suhu 37°C. Namun, pengembangan tes
berbasis probe DNA (Accuprobe, Gen- Probe Inc., San Diego, CA) telah memungkinkan
patogen ini diidentifikasi hanya dengan menggunakan sejumlah kecil bahan miselia.
Ragi biasanya diidentifikasi berdasarkan karakteristik morfologi dan biokimianya. Ciri-ciri
morfologi yang berguna meliputi warna koloni, ukuran dan bentuk sel, keberadaan kapsul di
sekitar sel, produksi hifa atau pseudohifa, dan produksi klamidospora. Tes biokimia yang
berguna mencakup asimilasi lasi dan fermentasi gula, dan asimilasi nitrat dan urea. Sebagian
besar jamur yang terkait dengan infeksi pada manusia dapat diidentifikasi menggunakan
salah satu dari banyak sistem identifikasi komersial, seperti API 20C AUX (bioMerieux-
Vitek Inc., Hazelwood, MO), yang didasarkan pada asimilasi diferensial berbagai senyawa
karbon. Namun, penting untuk diingat bahwa pemeriksaan morfologi kultur lempeng
 Dalmau pada agar tepung jagung sangat penting untuk menghindari kebingungan antara
organisme dengan profil biokimia yang identik. Sejumlah tes cepat sederhana telah
dirancang untuk mengidentifikasi dugaan beberapa patogen manusia yang paling penting.
Yang terpenting di antaranya adalah tes tabung kuman serumC.albicans, yang dapat
dilakukan dalam waktu kurang dari 3 jam, dan tes urease C.neoformans. Dalam beberapa
tahun terakhir sejumlah tes komersial cepat telah dikembangkan. Ini termasuk sistem RapID
Yeast Plus (Innovative Diagnostic Systems, Norcross, GA) yang mengandung substrat
konvensional dan kromogenik dan memerlukan waktu 4 jam untuk bekerja. Sebagian besar
sistem pengujian cepat ini lebih akurat dalam mengidentifikasi patogen jamur yang umum
dibandingkan patogen jamur yang tidak biasa (Espinel-Ingroff dkk, 1998).
7. Metode Molekuler untuk Identifikasi Jamur
Penggunaan metode molekuler untuk mengidentifikasi organisme bergantung pada asumsi
bahwa strain yang berasal dari spesies yang sama akan menunjukkan lebih sedikit variasi
genetik dibandingkan organisme yang memiliki kekerabatan kurang dekat. Identifikasi isolat
jamur yang tidak diketahui dapat dilakukan dengan membandingkan sebagian rangkaian
DNA organisme tersebut dengan rangkaian di database pusat seperti GenBank, yang
dioperasikan oleh National Library of Medicine [www.ncbi.nlm.nih.gov/BLAST], atau
European Laboratorium Biologi Molekuler (EMBL). Persiapan DNA dengan berat molekul
tinggi dan penentuan urutan fragmen DNA menjadi lebih mudah dalam beberapa tahun
terakhir dengan munculnya peralatan komersial dan pemanfaatan reaksi berantai polimerase
(PCR) dalam pengurutan.
Penyempurnaan antarmuka situs web Internet GenBank juga mempercepat dan
mempermudah pengguna dalam melakukan pencarian dan menyimpan rangkaian DNA baru.
Dua wilayah DNA yang lebih umum digunakan dalam identifikasi jamur adalah bagian
DNA ribosom, seperti wilayah intervening transcribed spacer (ITS) yang terletak di antara
subunit ribosom kecil dan besar, dan wilayah D1/D2 dari ribosom besar (26S). subunit.
Wilayah-wilayah ini mempunyai heterogenitas urutan yang cukup untuk memberikan
perbedaan pada tingkat spesies. Secara umum, strain dari spesies yang sama memiliki
substitusi nukleotida kurang dari 1% di wilayah yang diteliti, sedangkan strain yang
merupakan spesies terpisah memiliki lebih dari jumlah substitusi ini (Kurtzman, 1994;
Valente et al, 1999). Pengurutan DNA menawarkan metode untuk mengidentifikasi
organisme yang gagal bersporulasi atau refrakter terhadap metode identifikasi konvensional.
Keandalan identifikasi molekuler, tentu saja, terkait dengan keandalan database yang
digunakan untuk membuat perbandingan. Basis data GenBank yang luas mengenai urutan
subunit ribosom besar tersedia untuk ragi ascomycetous dan basidiomycetous, serta untuk
ragi hitam (Kurtzman dan Robnett, 1998; Fell et al, 2000). Banyak studi pengurutan ITS
juga berkontribusi terhadap perluasan database GenBank (Chen et al, 2000; Chen et al,
2001).
Dekade terakhir telah menyaksikan perluasan besar- besaran penelitian mengenai filogenetik
jamur patogen (Guarro et al, 1999). Analisis keselarasan urutan DNA ribosom, mitokondria,
dan inti lainnya telah digunakan untuk menentukan derajat keterkaitan genetik di antara
banyak kelompok jamur. Salah satu hasil dari penelitian ini adalah demonstrasi hubungan
genetik yang erat antara beberapa jamur anamorfik (aseksual) dan organisme dengan
teleomorf (tahapan seksual) yang termasuk dalam Ascomycota atau Basidiomycota (Gené et
al, 1996).
Penelitian filogenetik telah menghasilkan penyimpanan dalam database internasional
sejumlah besar rangkaian DNA untuk banyak kelompok jamur, baik yang bersifat patogen
maupun saprofit. Ketersediaan informasi urutan ini dan peningkatan pemahaman tentang
keterkaitan filogenetik telah terbukti sangat membantu dalam pengembangan diagnostik
berbasis DNA untuk infeksi jamur.
Saat ini sistem GenProbe adalah satu-satunya tes berbasis asam nukleat komersial untuk
identifikasi jamur yang disetujui untuk penggunaan diagnostik di Amerika Serikat. Namun,
banyak sistem baru sedang dikembangkan dan divalidasi untuk identifikasi cepat jamur
patogen berbasis DNA. Salah satu metode paling awal adalah prosedur polimorfisme
panjang fragmen restriksi (RFLP).
Dalam RFLP, DNA jamur dicerna dengan enzim restriksi, yang memotong DNA di daerah
yang ditentukan untuk menghasilkan sekumpulan fragmen. Fragmen-fragmen ini dipisahkan
pada gel agarosa dan diwarnai dengan etidium bromida untuk mengetahui ukuran relatifnya.
Identifikasi berbagaiCandidaspesies telah dilaporkan berdasarkan analisis RFLP dalam
pengulangan DNA ribosom (gen yang mengkode rRNA) dari spesies ini (Scherer dan
Stevens, 1987). Anggota spesies yang sama berbagi fragmen yang sama, atau pola RFLP
yang sama, di mana anggota spesies yang berbeda menunjukkan fragmen dengan ukuran
berbeda. Sensitivitas metode ini telah ditingkatkan dengan mereaksikan fragmen DNA
dengan probe DNA berlabel isotop atau kimia tertentu di Southern blot yang
mengungkapkan pola, atau sidik jari DNA, untuk organisme tersebut (Riggsby, 1989).
Metode identifikasi spesies yang lebih baru dan lebih umum digunakan telah memanfaatkan
kemampuan PCR dalam menyelesaikan masalah. Dengan PCR, hanya beberapa pikogram
DNA masukan dapat diamplifikasi sehingga, setelah 30-40 siklus, produk yang dihasilkan
dapat dengan mudah divisualisasikan pada gel agarosa. Selanjutnya, amplifikasi terjadi
dengan cara tertentu yang ditentukan oleh suhu yang dipilih untuk langkah anil primer dan
oleh urutan primer komplementer. Ini adalah segmen DNA pendek yang memulai langkah
pemanjangan PCR setelah mengikat (anil) ke DNA masukan. Metode saat ini menggunakan
PCR yang dilengkapi dengan oligonukleotida pendek yang hanya akan memperkuat DNA
dari genus atau spesies tertentu, sehingga menghasilkan produk DNA atau famili produk
spesifik spesies. Pengujian ini telah terbukti membedakan antara spesies jamur dan ragi
berfilamen yang berkerabat (Niesters et al, 1993; Sandhu et al, 1995; Thanos et al, 1996;
Mannarelli dan Kurtzmann, 1998).
Sensitivitas dan spesifisitas pengujian ini telah ditingkatkan dengan melakukan PCR
bertingkat. Dalam teknik ini produk DNA dengan spesifisitas luas (misalnya, wilayah ITS)
diamplifikasi pada putaran pertama, dan kemudian produk ini direaksikan dengan primer
internal spesifik spesies pada PCR putaran kedua (Zhao et al, 2001). Produk yang dihasilkan
setelah putaran kedua dikhususkan untuk target yang dituju dari spesies yang diminati saja.
Dalam metode lain, PCR dengan primer sewenang-wenang telah terbukti berguna untuk
identifikasi spesies isolat jamur. Teknik analisis DNA polimorfik yang diamplifikasi secara
acak (RAPD) ini dikembangkan pada tahun 1990 (Williams et al, 1990; Welsh dan
McClelland, 1991). Prosedur ini menggunakan primer oligonukleotida sepuluh-mer acak
untuk memperkuat DNA. Keuntungan dari metode ini adalah tidak diperlukan pengetahuan
sebelumnya tentang genom atau rangkaian DNA yang diinginkan. Pola dan/atau fragmen
spesifik spesies dapat ditunjukkan dengan menggunakan set primer yang sesuai (Berg et al,
1994).
Primer mikrosatelit juga telah digunakan untuk menghasilkan sidik jari spesifik spesies
untuk 26 spesies Candidadan delapan spesies jamur lainnya (Thanos et al, 1996). Primer
oligonukleotida yang melengkapi situs sambungan intron telah digunakan untuk
menunjukkan polimorfisme antara isolat spesies berbeda (de Barros Lopes et al, 1998).
Baru-baru ini, elektroforesis kapiler fluoresensi telah digunakan untuk menentukan spesiasi
ragi patogen dengan mengukur perbedaan ukuran (polimorfisme panjang) dalam wilayah
ITS 1 dan ITS 2 yang diperkuat. PCR digunakan untuk memperkuat produk dari wilayah ini,
di mana dua spesies hanya dapat berbeda 1-2 nukleotida dalam panjang urutannya.
Perbedaan panjang ini dapat dibedakan dengan sangat presisi menggunakan elektroforesis
kapiler, sehingga menggunakan panjang wilayah ITS untuk membedakan isolat dari spesies
yang berbeda (Chen et al, 2000; Chen et al, 2001).
Perbedaan kariotipe elektroforesis, pola migrasi yang ditunjukkan oleh kromosom yang
ditempatkan pada suatu medan listrik, juga telah digunakan sampai batas tertentu untuk
membedakan spesies ragi yang berbeda (Magee dan Magee, 1987). Namun, teknik ini
 memerlukan keahlian teknis yang cukup besar dan belum banyak digunakan sebagai alat
utama spesiasi jamur.
Sistem lain telah memanfaatkan pengikatan probe DNA spesifik ke rangkaian komplementer
dalam DNA atau RNA organisme yang diteliti. Dalam pendekatan ini perbedaan urutan
DNA spesies yang berbeda (urutan polimorfisme) dieksploitasi, bukan perbedaan ukuran
atau pola fragmen DNA. Target DNA universal, seperti wilayah ITS, diamplifikasi dan
kemudian molekul target tersebut direaksikan dengan sejumlah probe spesifik spesies
hingga pengikatan spesifik tercapai. Pengikatan spesifik pada probe tertentu memungkinkan
sampel DNA yang tidak diketahui diidentifikasi sebagai spesies tersebut. Probe generasi
sebelumnya diberi label dengan peroksidase atau fosfatase, dan pengikatan spesifik
ditunjukkan oleh perubahan warna yang dapat diamati secara visual [PCR-EIA] (Fujita et al,
1995; Elie et al, 1998). Penelitian lain telah menggunakan hibridisasi slot blot, uji lineprobe,
atau gel polimorfisme konformasi untai tunggal (SSCP) untuk mendeteksi pengikatan
spesifik probe ke target DNA (Hui et al, 2000; Loeffler et al, 2000a; Martin et al, 2000).
Probe generasi baru menggunakan label fluoresen, di mana pengikatan komplementer
menyebabkan pelepasan energi yang dapat dideteksi oleh instrumen yang mengandung laser
seperti TaqMan (Perkin-Elmer Applied Biosystems Inc., Foster City, CA) (Brandt et al,
1998; Guiver et al, 2001) atau Light Cycler (Roche Molecular Biochemicals Inc.,
Indianapolis, IN) (Loeffler et al, 2000b). Saat ini, alat terbaru adalah microarray, di mana
ribuan reaksi pengikatan urutan probe-ke-target dapat dilakukan pada permukaan microchip
dan kemudian dengan cepat dideteksi dan dianalisis oleh komputer (Lucchini et al, 2001).
Banyak teknik telah dijelaskan dalam literatur untuk identifikasi kultur jamur berbasis DNA.
Secara umum, prosedur ini belum divalidasi dengan menggunakan populasi besar yang
mewakili spesies yang diteliti. Selain itu, sebagian besar metode ini tidak tersedia secara
komersial dan memerlukan keahlian yang biasanya hanya ditemukan di laboratorium
penelitian. Reproduksibilitas antar laboratorium juga umumnya tidak diketahui. Dengan
terus menggunakan alat- alat ini, akan diperoleh lebih banyak pengetahuan tentang alat- alat
tersebut dan pemahaman yang lebih baik tentang perannya di laboratorium mikologi.
Namun, penting untuk dicatat bahwa, seperti telah disebutkan sebelumnya, banyak isolat
jamur yang diperoleh dari sampel klinis tidak mewakili penyakit yang signifikan. Oleh
karena itu, adalah sia-sia jika mencurahkan sumber daya untuk identifikasi molekuler isolat
jamur tanpa pemahaman yang sesuai mengenai relevansi klinisnya. Identifikasi patogen
jamur memerlukan masukan dari dokter dan laboratorium agar proses diagnostik berhasil
dan produktif.
8. Subtipe Molekuler Jamur
Subtipe molekuler adalah proses menilai keterkaitan genetik sekelompok isolat dari spesies
yang sama. Subtipe molekuler dapat dilakukan dalam konteks penyelidikan epidemiologi di
mana isolat tertentu dinilai sebagai sumber potensial wabah. Dalam arti yang lebih luas, data
subtipe molekuler juga dapat digunakan untuk menentukan hubungan antara kolonisasi dan
infeksi, untuk melacak munculnya strain yang resistan terhadap obat dalam suatu populasi,
atau untuk menjawab pertanyaan mengenai peran kekambuhan versus infeksi ulang pada
penyakit yang berulang. Dalam pengertian global, data subtipe molekuler dapat digunakan
untuk melacak penyebaran klon ganas di wilayah geografis tertentu, atau di seluruh dunia.
Berbagai metode dapat digunakan untuk subtipe jamur. Secara umum, metode berbasis
fenotipe terbukti tidak dapat direproduksi dan tidak lagi digunakan untuk tujuan ini. Lebih-
lebih lagi,C.albicansdan spesies terkait telah terbukti mengalami peralihan frekuensi tinggi
di antara sejumlah fenotipe, sehingga mengubah sejumlah sifat fenotipik dengan setiap
aktivasi- deaktivasi fenotip peralihan (Soll, 1992).
Metode pengetikan strain untuk jamur patogen kini didasarkan pada prosedur yang
mengukur keterkaitan genetik. Agar berhasil, metode sidik jari DNA harus memenuhi
beberapa kriteria: metode tersebut tidak boleh terpengaruh oleh perubahan lingkungan, dan
sejauh memungkinkan, metode tersebut harus memberikan ukuran jarak genetik yang efektif
antara dua isolat dalam suatu populasi. Selain itu, metode pengetikan harus menilai urutan
DNA yang cukup stabil dari waktu ke waktu, yaitu tidak mengalami rekombinasi,
pertukaran gen, atau peristiwa peralihan genom pada frekuensi tinggi. Kemampuan untuk
menyimpan data secara elektronik dan mengambil data dengan cepat juga berguna karena
memungkinkan hasil penelitian yang berbeda untuk dibandingkan dari waktu ke waktu
(Soll, 2000).
Dalam menafsirkan data subtipe, penting untuk dipahami bahwa setiap genom berisi segmen
yang berevolusi dengan kecepatan berbeda. Oleh karena itu, penting untuk menilai resolusi
probe subtipe, yaitu “kecepatan” jam molekuler mana yang diukur oleh probe yang dipilih.
Penting juga untuk memutuskan pertanyaan epidemiologi yang diajukan sebelum memilih
pemeriksaan subtipe molekuler, hal ini penting karena pemeriksaan yang berbeda mungkin
lebih atau kurang berguna untuk keadaan yang berbeda. Misalnya, penelitian yang meneliti
isolat pasien serial yang dikumpulkan selama beberapa tahun mungkin memerlukan
pembedaan antara pita yang berubah akibat mikroevolusi (menjalani rekomendasi). binasi
pada frekuensi yang sangat tinggi) dan pita yang berubah lebih lambat. Jadi ketika dua isolat
diperiksa, dapat ditentukan apakah perubahan pita disebabkan oleh evolusi mikro dalam satu
isolat, atau karena munculnya strain jamur kedua yang tidak berkerabat. Pemeriksaan
subtipe yang ideal untuk jenis penelitian ini mungkin berbeda dari yang dipilih untuk
analisis wabah di rumah sakit, di mana isolat yang dikumpulkan pada satu waktu akan
dipelajari. Elektroforesis enzim multilokus (MEE) telah digunakan untuk menilai isoenzim
atau alozim seluler. Ekstrak sel dielektroforesis melalui gel nondenaturasi dan kemudian
irisan gel replika diwarnai dengan substrat spesifik untuk mendeteksi aktivitas enzim.
Aktivitas enzim berhubungan langsung dengan alel gen yang mengkode enzim tersebut,
sehingga dengan membandingkan perbedaan alel dalam serangkaian isolat, keterkaitan
genetiknya dapat dinilai secara langsung. Elektroforesis enzim multilokus mendeteksi enzim
pada organisme haploid (satu pita aktivitas enzimatik) dan diploid (satu atau dua pita). Jika
enzim yang dinilai cukup, MEE sangat berguna dalam mengembangkan data kesamaan
genetik untuk sekelompok organisme. Namun, MEE memakan waktu dan memerlukan
keahlian teknis tingkat tinggi.
Analisis polimorfisme panjang fragmen restriksi, seperti dijelaskan sebelumnya, adalah
salah satu metode paling awal yang digunakan untuk menilai keterkaitan genetik di antara
isolat jamur. Untuk sidik jari DNA, metode RFLP klasik kurang sensitif. Umumnya, hanya
pita dengan intensitas pewarnaan tinggi yang dapat dipisahkan, dan pita ini tidak
memberikan informasi yang cukup untuk menyelesaikan serangkaian isolat. Sensitivitas
dapat ditingkatkan dengan mentransfer DNA ke membran dan hibridisasi dengan probe
DNA berlabel. Resolusi probe salinan tunggal, yang menghasilkan satu atau dua pita per
sampel, biasanya tidak cukup untuk sebagian besar penelitian epidemiologi. Ketika probe
DNA mitokondria atau ribosom digunakan, polanya dapat cukup bervariasi untuk
membedakan strain jamur yang tidak berkerabat.
Namun, metode ini belum digunakan dalam studi epidemiologi jamur patogen secara luas.
Salah satu probe yang paling umum digunakan adalah elemen berulang atau probe
kompleks, yang merupakan fragmen DNA yang mengandung rangkaian yang tersebar di
seluruh genom organisme. Probe elemen berulang, yang telah dijelaskanA.fumigatus,
C.albicans, C.glabrata, C.parapsilosis, C.tropis, dan C.dubliniensis (Soll, 2000), berguna
karena memberikan sidik jari dengan kompleksitas yang cukup sehingga variabilitas genetik
dapat dianalisis pada berbagai tingkatan. Pola sidik jari ini mengandung pita yang muncul
akibat mikroevolusi (sebagian besar bervariasi), serta pita dengan variabilitas sedang, dan
variabilitas rendah atau tidak ada sama sekali. Urutan berulang juga telah digunakan untuk
mengembangkan probe C.neoformans (Spitzer dan Spitzer, 1992) dan A.flavus(Monod dkk,
1990).
Daerah mikrosatelit genom telah digunakan sebagai probe sidik jari. Dalam pendekatan ini,
Southern blots diperiksa dengan poli (GT), (CT)8, atau urutan berulang lainnya (Meyer et al,
1993; Metzgar et al, 1998). Subtipe molekul juga telah dilakukan dengan analisis penanda
 polimorfik gen minisatelit, mikrosatelit, dan nuklir yang ditentukan dengan pengurutan
langsung dari rangkaian target yang diperkuat (Lott dan Effat, 2001).
Metode populer lainnya untuk sidik jari DNA adalah analisis RAPD, yang juga dijelaskan
sebelumnya. DNA polimorfik yang diamplifikasi secara acak telah digunakan dalam sidik
jari DNA banyak organisme termasuk C.albicans, C.glabrata, C.parapsilosis, C.tropis,
C.lusitaniae, A.fumigatus, A.flavus, C.neoformans, B.dermatitis, dan H.capsulatum (Sol,
2000). Salah satu alasan popularitas RAPD adalah tidak diperlukannya informasi
sebelumnya tentang genom suatu organisme. Namun, sejumlah masalah telah diidentifikasi
dalam memperoleh reproduktifitas metode ini di dalam dan antar laboratorium (Meunier dan
Grimont, 1993).
Kariotipe elektroforesis juga telah digunakan
untuk analisis sidik jari DNA. Karyotyping telah digunakan untuk sidik jari
sejumlahCandidaspesies, serta C.neoformans, A.nidulan, H.capsulatum, dan C.imitis (Sol,
2000). Karyotyping tampaknya mampu membedakan strain yang tidak berkerabat. Namun,
fenomena peralihan frekuensi tinggi C.albicans mungkin membuat kariotipe tidak cocok
untuk mempelajari isolat yang mempunyai kekerabatan sedang.
9. Pengujian Serologis
Pengujian serologis seringkali merupakan cara paling cepat untuk mendiagnosis infeksi
jamur. Mayoritas tes didasarkan pada deteksi antibodi terhadap patogen jamur tertentu,
meskipun tes antigen jamur kini tersedia lebih luas. Tes serologi individual yang terbaik
dapat bersifat diagnostik, misalnya tes antigenemia pada kriptokokosis dan histoplasmosis.
Namun secara umum, hasil pengujian serologis jarang lebih dari sekadar sugestif atau
mendukung diagnosis jamur. Tes- tes ini harus ditafsirkan dengan hati-hati dan
dipertimbangkan bersamaan dengan hasil pemeriksaan klinis dan laboratorium lainnya.
Tes antibodi terbukti berguna dalam mendiagnosis penyakit jamur endemik, seperti
histoplasmosis dan coccidioidomycosis, pada orang yang imunokompeten. Pada orang-
orang ini, interval antara paparan dan timbulnya gejala (2-6 minggu) biasanya cukup untuk
mengembangkan respons humoral. Tes antibodi jamur paling membantu ketika spesimen
serum berpasangan (akut dan konvalesen) diperoleh, sehingga dapat ditentukan apakah
titernya naik atau turun.
Tes untuk mendeteksi antibodi kurang berguna pada orang dengan sistem kekebalan yang
lemah, banyak di antaranya tidak mampu meningkatkan respons humoral terhadap infeksi.
Dalam situasi ini, tes untuk mendeteksi antigen jamur dapat membantu. Deteksi antigen
merupakan prosedur yang ditetapkan untuk diagnosis kriptokokosis dan histoplasmosis, dan
tes serupa saat ini sedang dievaluasi untuk aspergillosis dan kandidiasis.
Metode deteksi antigen diperumit oleh beberapa faktor penting. Pertama, antigen sering kali
dilepaskan dalam jumlah kecil dari sel jamur sehingga memerlukan penggunaan prosedur
pengujian yang sangat sensitif untuk mendeteksi sejumlah kecil antigen yang bersirkulasi
dalam serum. Kedua, antigen jamur seringkali dibersihkan dengan sangat cepat dari sirkulasi
sehingga memerlukan pengumpulan sampel yang sering (Jones, 1980).
Ketiga, antigen sering kali terikat pada IgG yang bersirkulasi, bahkan pada individu dengan
sistem kekebalan yang lemah, dan oleh karena itu harus diambil langkah-langkah untuk
memisahkan kompleks-kompleks ini sebelum antigen dapat dideteksi (Reiss et al, 1982).
Banyak metode yang tersedia untuk mendeteksi antibodi pada orang dengan penyakit jamur.
Immunodiffusion (ID) adalah metode yang sederhana, spesifik dan murah, namun tidak
sensitif, sehingga mengurangi kegunaannya sebagai tes skrining. Fiksasi komplemen (CF)
lebih sensitif, namun lebih sulit dilakukan dan diinterpretasikan dibandingkan ID. Namun,
CF tetap merupakan tes penting untuk sejumlah penyakit jamur, termasuk histoplasmosis
dan coccidioidomycosis. Aglutinasi lateks (LA) adalah metode sederhana namun tidak
sensitif yang dapat digunakan untuk mendeteksi antibodi atau antigen, dan telah terbukti
paling berguna untuk mendeteksi antigen kapsul polisakarida dariC.neoformansyang
dilepaskan dalam jumlah besar pada sebagian besar pasien dengan kriptokokosis. Prosedur
yang lebih sensitif, seperti radioimmunoassay (RIA) dan enzim-linked immunosorbent assay
(ELISA) juga telah dikembangkan dan dievaluasi untuk diagnosis sejumlah penyakit jamur.
Pengujian serologis merupakan tambahan yang berharga untuk diagnosis histoplasmosis.
Saat ini tes CF dan ID merupakan metode utama yang digunakan untuk mendeteksi antibodi
pada individu dengan penyakit ini (Wheat, 2001; Reiss et al, 2002). Tes CF lebih sensitif,
tetapi kurang spesifik dibandingkan ID. Sekitar 95% pasien dengan histoplasmosis positif
CF, namun 25% di antaranya positif hanya pada titer 1:8 atau 1:16. Titer CF minimal 1:32
atau peningkatan titer dalam sampel serial dianggap sebagai bukti dugaan kuat adanya
infeksi. Karena titer antibodi CF yang rendah dapat bertahan selama bertahun-tahun setelah
histoplasmosis akut, dan karena reaksi silang dapat terjadi pada pasien dengan infeksi jamur
lainnya, kehati-hatian harus dilakukan untuk menyingkirkan penyakit ini jika tanda dan
gejala klinis tidak khas dari histoplasmosis. Tes ID lebih spesifik, namun kurang sensitif
dibandingkan CF dan dapat digunakan untuk menilai signifikansinya. Dengan menggunakan
histoplasmin sebagai antigen, dua pita presipitin utama dapat dideteksi dengan tes ID. Pita
M dapat dideteksi pada 75% pasien dengan histoplasmosis akut, namun juga dapat
ditemukan pada hampir semua individu yang pernah mengalami infeksi sebelumnya, serta
pada mereka yang baru saja menjalani tes kulit dengan histoplasmin. Pita H khusus untuk
penyakit aktif, namun hanya terjadi pada 10% –20% kasus yang terbukti. Upaya untuk
meningkatkan diagnosis serologis histoplasmosis dengan mengganti tes CF dengan prosedur
yang lebih sensitif, seperti RIA atau ELISA, sebagian besar terbukti tidak berhasil, karena
adanya gugus reaktif silang yang terkait dengan antigen H dan M.
Deteksi antigen telah terbukti merupakan metode yang berguna untuk diagnosis cepat
histoplasmosis pada pasien dengan penyakit akut, serta pada pasien dengan infeksi
menyebar. Pada penyakit akut, antigen dapat dideteksi dalam bulan pertama setelah paparan
sebelum antibodi muncul. Beberapa format pengujian telah dikembangkan termasuk RIA
fase padat (Wheat et al, 1986) dan sandwich ELISA (Durkin et al, 1997). Antigen
polisakarida histoplasma telah terdeteksi dalam serum, urin, CSF, dan cairan lavage
bronkoalveolar. Tes ini terbukti berhasil dalam mendeteksi antigen dalam urin dari orang
yang terinfeksi HIV dengan histoplasmosis diseminata. Antigen biasanya hilang dengan
pengobatan yang efektif, dan kemunculannya kembali dapat digunakan untuk mendiagnosis
kekambuhan (Wheat, 2001).
Pengujian serologi juga sangat berharga dalam diagnosis dan penatalaksanaan pasien dengan
coccidioidomycosis. Tes immunodiffusion tube precipitin (IDTP), menggunakan
coccidioidin yang dipanaskan sebagai antigen, mendeteksi antibodi IgM terhadapC.imitis
dan paling berguna untuk mendiagnosis infeksi baru-baru ini. Antibodi ini dapat ditemukan
dalam waktu 1-3 minggu setelah timbulnya gejala, namun hilang dalam beberapa bulan
setelah penyakit sembuh sendiri (Pappagianis dan Zimmer, 1990). Sensitivitas tes IDTP
ditingkatkan dengan konsentrasi serum sebelum melakukan tes. Tes LA juga tersedia untuk
mendeteksi antibodi IgM. Tes ini lebih cepat dilakukan dan lebih sensitif dibandingkan tes
IDTP. Namun, LA memiliki tingkat positif palsu minimal 5% (Huppert et al, 1968) dan
hasilnya harus dikonfirmasi menggunakan metode ID.
Tes CF mengukur antibodi IgG terhadapC.imitis( Pappagiannis dan Zimmer, 1990).
Antibodi ini tidak muncul sampai 4-12 minggu setelah infeksi, namun dapat bertahan dalam
jangka waktu lama pada pasien dengan penyakit paru kronis atau penyakit menular,
sehingga memberikan informasi diagnostik yang berguna. Titer CF yang rendah 1:2 hingga
1:8 umumnya ditemukan pada individu tanpa coccidioidomycosis, namun titer antibodi CF
yang tinggi atau meningkat konsisten dengan penyebaran penyakit di luar saluran
pernapasan. Lebih dari 60% pasien dengan penyakit inicoccidioidomycosis seminat
memiliki titer CF -1:32. Namun, titer saja tidak boleh digunakan sebagai dasar diagnosis
penyebaran, namun harus dipertimbangkan bersamaan dengan hasil pemeriksaan klinis dan
laboratorium lainnya.
Tes ELISA komersial tersedia untuk mengukur antibodi IgM dan IgGC.imitis(Premier EIA,
Diagnostik Meridian, Cincinnati, OH). Evaluasi yang dipublikasikan menunjukkan bahwa
tes ini memiliki sensitivitas dan spesifisitas yang dapat diterima (Kaufman et al, 1995;
Martins et al, 1995).
Tes untukAspergillusantibodi telah dievaluasi secara luas untuk diagnosis cepat aspergillosis
invasif, namun perannya masih belum pasti. Tes untuk mendeteksi antibodi termasuk ID,
hemaglutinasi tidak langsung, dan ELISA. Tes ID mudah dilakukan dan terbukti bermanfaat
untuk diagnosis aspergilloma dan aspergillosis bronkopulmoner alergi pada individu
imunokompeten (Reiss et al, 2002). Tes untukAspergillus Namun, antibodi jarang
membantu dalam diagnosis infeksi invasif atau menyebar pada pasien dengan sistem
kekebalan yang lemah.
Tes untuk mendeteksiAspergillusantigen dalam darah dan cairan tubuh lainnya menawarkan
cara cepat untuk mendiagnosis aspergillosis pada individu ini. Konsentrasi galaktomannan
yang rendah, komponen utama dinding sel Aspergillusspesies, telah terdeteksi dalam serum,
urin dan cairan lavage bronkoalveolar dari pasien yang terinfeksi.
Namun, galaktomanan dengan cepat dibersihkan dari darah dan tes untuk mendeteksinya
hanya berguna dalam penatalaksanaan jika dilakukan secara teratur. Dua tes untuk
mendeteksi beredarAspergillusAntigen galaktomannan tersedia secara komersial di
sejumlah negara. Keduanya menggunakan monoklonal yang sama, EB-A2, baik dalam
format LA atau sandwich ELISA. Tes LA adalah yang pertama dikembangkan (Pastorex
Aspergillus, Sanofi Diagnostics Pasteur, Paris, Perancis) namun, meskipun mudah
digunakan, tes ini relatif tidak sensitif (Verweij et al, 1995a). Sandwich ELISA (Platelia
Aspergillus, Sanofi Diagnostics Pasteur) lebih sensitif dibandingkan tes LA dan dapat
mendeteksi galaktomannan dalam serum pada tahap awal infeksi (Verweij et al, 1995b;
Sulahian et al, 1996; Maertens et al, 1999).
Tes untukCandidaantibodi telah dievaluasi secara luas tetapi kegunaannya masih terbatas
dalam diagnosis bentuk kandidiasis invasif. Tes-tes ini diperumit oleh hasil positif palsu
pada pasien dengan kolonisasi mukosa atau infeksi superfisial, dan hasil negatif palsu pada
individu dengan sistem kekebalan yang lemah (Buckley et al, 1992; De Repentigny et al,
1994). Dalam upaya untuk mengurangi hasil positif palsu, upaya telah dilakukan untuk
mengidentifikasi antigenCandidaspesies yang berhubungan dengan infeksi invasif daripada
kolonisasi (Ponton et al, 2002). Namun, meskipun demikian berbagai metode dan reagen
yang telah dirancang untukCandida deteksi antibodi, tidak satupun dari mereka yang
menemukan penggunaan klinis secara luas.
Tes deteksi antigen juga telah dievaluasi secara ekstensif untuk diagnosis cepat bentuk
kandidiasis invasif. Banyak antigen yang bersirkulasi telah dipelajari sebagai target
potensial, termasuk mannan (komponen dinding sel yang tahan panas), enolase, proteinase,
dan antigen sitoplasma imunodominan lainnya (Ponton et al, 2002). Format pengujian yang
telah diteliti antara lain LA, ELISA, dan dot immunoassay. Beberapa tes LA tersedia secara
komersial untuk mendeteksi mannan (LA-Candida Antigen Detection System, Immuno-
Mycologics, Norman, OK; Pastorex Candida, Sanofi Diagnostics Pasteur), namun tes ini
ternyata relatif tidak sensitif (Herent et al, 1992; Mitsutake dkk, 1996).
Tes CAND-TEC (Ramco Laboratories Inc., Houston, TX) didasarkan pada karya Gentry et
al (1983) yang mengembangkan tes LA menggunakan serum dari kelinci yang diimunisasi
dengan utuh, dibunuh dengan panas.C.albicanssel untuk mendeteksi antigen peka panas
yang tidak berkarakter C.albicans. Antigen tidak mengandung mannan dan tes tersebut
diperkirakan dapat mendeteksi neoantigen yang berasal darinyaC.albicanssetelah
pemrosesan inang, atau mungkin komponen inang yang reaktif silang dengan
antigenC.albicans(Jones, 1990). Meskipun terdapat banyak literatur mengenai tes CAND-
TEC (Ponton et al, 2002), tidak ada konsensus mengenai manfaatnya dalam diagnosis
kandidiasis invasif karena hasil yang sangat bervariasi yang dilaporkan dalam berbagai
penelitian. Secara umum, evaluasi terbaru menyimpulkan bahwa, meskipun kinerjanya
mudah, tes ini tidak dapat diterima untuk penggunaan diagnostik.
Tes LA untukC.neoformansantigen polisakarida dalam serum dan CSF sangat berharga
dalam diagnosis bentuk kriptokokosis meningeal dan diseminata (Reiss et al, 2002). Tes ini
sensitif dan spesifik, memberikan hasil positif pada spesimen CSF dari lebih dari 90%
pasien yang terinfeksi. Secara umum, titer CSF dan antigen serum lebih tinggi pada orang
dengan sindrom imunodefisiensi didapat (AIDS) dibandingkan pada individu dengan
gangguan sistem imun lainnya. Pada CSF, titer yang tinggi atau meningkat secara umum
menunjukkan perkembangan infeksi, sedangkan titer yang menurun menunjukkan regresi
penyakit dan respon terhadap pengobatan. Perubahan titer serum kurang menunjukkan
aktivitas penyakit dan respons terhadap terapi. Kadang-kadang hasil positif palsu
disebabkan oleh infeksi organisme lain, sepertiTrichosporon asahii(T.beigelii), yang berbagi
antigen yang bereaksi silang denganC.neoformans(McManus dan Jones, 1985), atau dengan
gangguan nonspesifik dari faktor rheumatoid, yang dapat dihilangkan dengan perlakuan
sebelumnya terhadap sampel dengan pronase (Stockman dan Roberts, 1983). PALSU-Hasil
negatif dapat terjadi jika jumlah organisme sedikit, atau jika organisme tidak terbungkus
dengan baik. Hasil negatif palsu juga telah dilaporkan pada tes LA karena efek prozon,
namun hal ini dapat diperbaiki dengan pengenceran sampel (Stamm dan Polt, 1980).
Secara umum, tes antibodi terhadapC.neoformans memiliki sedikit kegunaan diagnostik.
Antibodi dapat dideteksi pada tahap awal kriptokokosis atau pada pasien dengan infeksi
lokal, namun antibodi tersebut dengan cepat dieliminasi oleh sejumlah besar antigen
 kapsuler yang dilepaskan selama evolusi infeksi. Antibodi kemudian dapat muncul kembali
setelah pengobatan berhasil.
10. Diagnostik Molekuler
Saat ini, tidak ada tes berbasis DNA yang tersedia secara komersial untuk mendeteksi agen
jamur dalam sampel klinis. Banyak pengujian telah dikembangkan dan saat ini sedang
dievaluasi di laboratorium penelitian individu.
Metode telah dijelaskan untuk mendeteksi DNA jamur dalam darah, CSF, cairan saluran
pernapasan, bahan mata, dan sampel dermatologis. Sebagian besar pengujian diagnostik
molekuler berbasis PCR, untuk memanfaatkan peningkatan sensitivitas yang dihasilkan oleh
amplifikasi target PCR berkali-kali lipat serta spesifisitas yang dihasilkan oleh desain
primer/probe yang sesuai. Format PCR bersarang atau panfungal umumnya telah digunakan.
PCR bersarang telah dijelaskan sebelumnya. Dalam PCR panfungal, amplifikasi dengan
primer jamur generik (biasanya menargetkan DNA ribosom) menghasilkan produk yang
kemudian dihibridisasi dengan berbagai probe DNA spesifik spesies pendek hingga tercapai
reaksi positif. PCR real-time kuantitatif dengan sistem TaqMan juga telah digunakan dalam
diagnosis aspergillosis paru invasif (Kami et al, 2001).
Salah satu bidang penelitian yang paling aktif saat ini adalah pengembangan pengujian
untuk mendeteksi dan mengidentifikasi AspergillusDanCandidaspesies dalam darah. Secara
umum, tes ini dirancang untuk memfasilitasi pemantauan prospektif pasien imunosupresi
yang berisiko terhadap penyakit jamur yang sulit didiagnosis, khususnya aspergillosis paru
invasif atau aspergillosis diseminata dan kandidiasis hepatosplenik (disseminata kronis).
Penyelidik menggambarkan PCR yang dirancang untuk memperkuat urutan ribosom 18S
spesifik jamur dan kemudian mengidentifikasi patogen jamur menggunakan hibridisasi
spesifik spesies (Einsele et al, 1997). Dalam laporan selanjutnya, peneliti yang sama
menunjukkan bahwa, pada pasien neutropenia, PCR panjamur, yang dilakukan secara
prospektif seminggu sekali pada sampel darah, memungkinkan identifikasi pasien yang
berisiko tinggi terkena infeksi jamur invasif (Hebart et al, 2000). Baru-baru ini, kelompok
yang sama menjelaskan uji amplifikasi berbasis urutan asam nukleat (NASBA) untuk
mendeteksi dan mengidentifikasiAspergillusspesies dalam darah (Loeffler et al, 2001).
Dalam protokol ini, Aspergillus urutan RNA spesifik genus diamplifikasi secara spesifik
dengan menggunakan T7 RNA polimerase. Hasil dapat diperoleh dalam waktu 6 jam dengan
batas deteksi 1 colony forming unit (CFU). Penulis lain telah menjelaskan
deteksiFusariumspesies DNA dalam sampel darah manusia yang dibubuhi (Hue et al, 1999).
PCR dua langkah telah digunakan untuk mendeteksi Aspergillus spesies DNA dalam sampel
lavage bronchoalveolar (Skladny et al, 1999; Buchheidt et al, 2002).Aspergillus DNA
terdeteksi 4 hari sebelum kultur pada pasien denganA.fumigatusmeningitis (Verweij dkk,
1999). PCR panfungal digunakan untuk mendiagnosis zygomikosis diseminata
menggunakan sampel darah dari pasien yang terinfeksiCunninghamella bertholletiae
(Rickerts dkk, 2001). Dalam hal ini agen penyebab diidentifikasi melalui hibridisasi positif
amplikon dengan probe yang mendeteksi beberapa perbedaan Licikhamella jenis.
Beberapa laporan telah menjelaskan penggunaan PCR untuk mendeteksi agen jamur pada
jaringan kornea, cairan vitreous, dan sampel mata lainnya (Okhravi et al, 2000). Dalam satu
penelitian representatif, PCR bersarang digunakan untuk mendeteksi dan
mengidentifikasiA.fumigatus,C.albicans, Dan Fusarium solani(Jaeger dkk, 2000). Para
penulis mencatat bahwa satu sampel pasien positif PCR tetapi kulturnya negatif,
menunjukkan bahwa pengujian molekuler memungkinkan diagnosis dibuat bahkan ketika
organisme tidak dapat ditumbuhkan dari sampel.
Menggunakan PCR panfungal yang dirancang untuk mendeteksi dan mengidentifikasi DNA
jamur pada spesimen jaringan dalam, DNA dari salah satu dari delapan organisme
( A.flavus, A.fumigatus, C.albicans, C.krusei, C.glabrata, C.parapsilosis, C.tropis, dan
C.neoformans) dapat dideteksi pada 20 sampel jaringan (Hendolin et al, 2000). Selain itu,
PCR bersarang telah dijelaskan yang mendeteksi DNA dari Trichophyton dan Mikrosporum
spesies dalam sampel dermatologis (Turin et al, 2000). DNA dapat dideteksi bahkan dengan
adanya kontaminasi bakteri. DNA dari berbagaiMalassezia spesies telah terdeteksi dalam
balutan yang diaplikasikan pada lesi kulit pasien yang terkena dampak (Sugita et al, 2001).
Diagnostik molekuler menawarkan harapan besar untuk deteksi cepat dan identifikasi
organisme yang sulit dibiakkan, untuk mendeteksi resistensi obat antijamur, dan untuk
diagnosis cepat langsung dari jaringan dan cairan inang. Saat ini, banyak laboratorium
penelitian menawarkan prosedur internal untuk identifikasi molekuler isolat jamur dari
cawan kultur, dari jaringan, atau dari cairan tubuh. Sensitivitas, spesifisitas, nilai prediktif,
dan relevansi klinisnya tidak selalu diselidiki secara mendalam. Mudah-mudahan, di masa
depan, relevansi pengujian ini dapat dibuktikan dan pengujian ini akan tersedia untuk
kelompok laboratorium mikrobiologi klinis yang lebih luas.
Pengujian Kerentanan Obat Antijamur Seperti halnya senyawa antibakteri, pengujian yang
dirancang untuk memastikan jumlah minimum obat yang diperlukan untuk menghambat
pertumbuhan isolat jamur dalam kultur (konsentrasi penghambatan minimum atau MIC)
sering dianggap sebagai cara yang paling dapat diandalkan untuk menentukan efektivitas
relatif berbagai agen antijamur. dan mendeteksi perkembangan strain yang resistan terhadap
obat. Selain itu, sering diasumsikan bahwa hasil klinis pengobatan dapat diprediksi dari hasil
pengujian in vitro dari isolat pasien terhadap panel agen yang berpotensi bermanfaat.
Pendekatan pemilihan agen antijamur seperti itu menjadi lebih masuk akal dengan
dikembangkannya prosedur referensi yang andal dan dapat direproduksi untuk pengujian in
vitro terhadap jamur.Candidaspesies terhadap agen antijamur azole (khususnya flukonazol)
dan demonstrasi korelasi dengan hasil klinis untuk beberapa bentuk kandidiasis. Namun,
kesalahan dalam mengasumsikan adanya korelasi antara hasil pengujian kerentanan obat
antijamur dan organisme lain secara in vitro dan hasil in vivo tidak boleh dianggap remeh.
Namun demikian, resistensi obat ditunjukkan di antara beragam jamur
sepertiA.fumigatus,A.terreus, C.neoformans,H.capsulatum, DanS.apiospermum(Walsh dkk,
1995; Denning dkk, 1997b; Gandum dkk, 1997; Sempurna dan Cox, 1999; Sutton dkk,
1999; Walsh dkk, 1995; Wheat et al, 1997), jelas kebutuhan akan metode pengujian in vitro
yang bermakna terhadap agen baru dan yang sudah ada semakin meningkat.
Pada tahun 1997, Komite Nasional untuk Standar Laboratorium Klinis (NCCLS)
menerbitkan metode referensi yang disetujui (dokumen M27-A) untuk pengujian in vitro
lima agen antijamur (amfoterisin B, flusitosin, flukonazol, itraconazole, dan ketoconazole)
terhadapCandidaspesies danC.neoformans(Komite Nasional Standar Laboratorium Klinis,
1997). Meskipun tidak sempurna, metode ini merupakan prosedur yang dapat direproduksi
yang telah memfasilitasi pembentukan titik henti penafsiranCandidaspesies dan flukonazol
dan itrakonazol. Dokumen M27-A menjelaskan metode makrodilusi kaldu dan modifikasi
mikrodilusinya. Metode yang terakhir ini menjadi metode pilihan karena sifatnya yang tidak
terlalu rumit. Dokumen M27-A menetapkan media uji yang ditentukan (kaldu RPMI-1640
yang disangga hingga pH 7,0 dengan MOPS), serta inokulum yang distandarisasi dengan
pembacaan spektrofotometri hingga sekitar 1000 sel per ml, dan penentuan visual titik akhir
MIC setelah inkubasi pada suhu 35 °C selama 48 jam ( Candidaspesies) atau 72 jam
(C.neoformans).
Metode M27-A terus ditingkatkan dan dokumen edisi kedua (M27-A2) telah diterbitkan
(Komite Nasional untuk Standar Laboratorium Klinis, 2002a). Dokumen asli menyediakan
batas kendali mutu (QC) pada 48 jam untuk amfoterisin B, flusitosin, flukonazol,
itrakonazol, dan ketokonazol. Data QC ini kini telah diperluas untuk mencakup batas QC 24
jam untuk agen-agen ini (Barry et al, 2000). Selain itu, batas QC pada 24 dan 48 jam telah
disediakan untuk anidulafungin, caspofungin, posaconazole, ravuconazole, dan voriconazole
(Barry et al, 2000).
Namun, dan seperti yang dibahas selanjutnya, titik henti interpretasi telah ditetapkan untuk
flukonazol, itrakonazol, dan flusitosin terhadapCandida spesies hanya setelah 48 jam
inkubasi. Meskipun metode referensi M27-A telah memungkinkan standarisasi yang lebih
besar dalam pengujian agen antijamur in vitro, beberapa masalah masih belum terselesaikan.
Hal ini termasuk buruknya kinerja media kultur yang direkomendasikan dalam pengujian
dengan beberapa organisme dan dengan amfoterisin B, metode penentuan titik akhir, dan
interpretasi yang tepat terhadap pertumbuhan tertinggal dalam pengujian dengan agen azol.
Media kultur yang ditentukan yang dijelaskan dalam prosedur referensi NCCLS (RPMI-
1640 kaldu yang disangga hingga pH 7,0 dengan MOPS) telah terbukti kurang ideal untuk
pengujian beberapaCandidaspesies danC.neoformans; oleh karena itu, tidak mengherankan
jika banyak makalah yang mendokumentasikan modifikasi yang berpotensi bermanfaat telah
bermunculan. Peningkatan konsentrasi glukosa medium dari 0,2% menjadi 2%
menghasilkan pertumbuhan yang lebih baik pada sebagian besar isolatCandida spesies,
membuat penentuan titik akhir secara visual lebih mudah tanpa mengubah MIC amfoterisin
B, flusitosin, flukonazol, atau ketokonazol yang diamati secara signifikan (Cuenca-Estrella
et al, 2001; Rodriguez-Tudela dan Martinez-Suarez, 1995).
Modifikasi lain yang tampaknya bermanfaat adalah penggunaan media basa nitrogen ragi
dalam pengujian C.neoformans (Sanati dkk, 1996). Telah menjadi bukti bahwa penggunaan
metode M27-A untuk pengujianCandidaspp. terhadap amfoterisin B menghasilkan rentang
MIC yang terbatas. Mengingat hasil ini, ada kekhawatiran bahwa prosedur referensi
mungkin tidak mendeteksi resistensi terhadap amfoterisin B. Perbedaan MIC amfoterisin B
antara strain yang rentan dan resisten akan lebih terlihat ketika media antibiotik 3 (AM3)
digunakan dibandingkan media standar RPMI-1640. (Rex dkk, 1995). Namun pemisahan
sempurna antara isolat resisten dan rentan belum dapat dicapai dengan menggunakan media
AM3. Selain itu, AM3 adalah media yang tidak terstandarisasi dan variasi lot-tolot
merupakan faktor pembatas penggunaannya (Lozano-Chiu et al, 1997). Direkomendasikan
agar laboratorium yang menggunakan media alternatif ini memperkenalkan strain yang
rentan dan resistenCandidaspesies dengan MIC amfoterisin B yang dikenal sebagai kontrol.
Prosedur M27-A bergantung pada penentuan visual titik akhir MIC. Namun, titik akhir yang
direkomendasikan berbeda untuk agen antijamur yang berbeda. Untuk amfoterisin B, titik
akhir didefinisikan sebagai konsentrasi terendah dimana terjadi penghambatan pertumbuhan
sepenuhnya. Titik akhir azol untuk pengujian makro dan mikrodilusi didefinisikan sebagai
titik di mana terdapat penurunan pertumbuhan yang nyata. Untuk pengujian makrodilusi,
penurunan pertumbuhan yang nyata terbukti berhubungan dengan penurunan pertumbuhan
sebesar 80% dibandingkan dengan penurunan pertumbuhan yang diamati pada pengendalian
pertumbuhan. Namun, ketika format mikrodilusi digunakan dan dibaca dengan
spektrofotometer, pengurangan visual yang menonjol dalam pertumbuhan paling sesuai
dengan titik akhir penghambatan pertumbuhan spektrofotometri 50% (Odds et al, 1995;
Pfaller et al, 1995).
Dokumen M27-A merekomendasikan pembacaan titik akhir pada 48 jam untuk pengujian
denganCandidajenis. Namun, penelitian terbaru mulai memasukkan pembacaan 24 jam
karena MIC sering kali dapat ditentukan pada saat ini, dan karena pembacaan yang
dilakukan dalam 24 jam mungkin lebih relevan untuk beberapa isolasi. Isolat yang
memerlukan pembacaan awal menunjukkan peningkatan dramatis dalam MIC obat antara 24
jam dan 48 jam karena pertumbuhan yang “tertinggal”. Istilah “tertinggal” telah digunakan
untuk menggambarkan pertumbuhan yang berkurang namun terus- menerus yang dialami
oleh beberapa orangCandidaspesies menunjukkan konsentrasi obat azol dalam rentang yang
luas, membuat interpretasi titik akhir MIC menjadi sulit (Revankar et al, 1998; Rex et al,
1998). Diperkirakan terjadi pada sekitar 5% isolat (Arthington-Skaggs et al, 2000),
pertumbuhan yang tertinggal ini bisa sangat besar sehingga membuat isolat yang tampak
rentan setelah 24 jam menjadi resisten sepenuhnya pada 48 jam. Dua investigasi in vivo
independen terhadap fenomena ini yang menggunakan model murine dari kandidiasis yang
disebarluaskan (Rex et al, 1998; Arthington- Skaggs et al, 2000) telah menunjukkan bahwa
isolat yang tertinggal harus digolongkan sebagai rentan daripada resisten. Konsep ini telah
dikuatkan oleh bukti klinis bahwa sebagian besar episode kandidiasis orofaringeal
disebabkan oleh trailing Candidaisolat merespons terhadap flukonazol dosis rendah, dosis
yang sama digunakan untuk mengobati isolat yang rentan (Revankar et al, 1998).
Dimasukkannya indikator kolorimetri ke dalam media kultur telah terbukti menghasilkan
titik akhir visual yang jauh lebih jelas dalam pengujian dengan agen antijamur azol, dan
untuk menghasilkan MIC yang sangat sesuai dengan yang diperoleh dengan menggunakan
prosedur pengenceran kaldu standar (Pfaller dkk, 1994 ;Ke dkk, 1995). Panel pelat
mikrodilusi kolorimetri komersial untuk pengujian agen antijamur in vitro kini tersedia
untuk penggunaan diagnostik di Amerika Serikat. Perbandingan Panel Antijamur
Kolorimetri Ragi Sensititre (Trek Diagnostics Systems Inc., Westlake, OH), yang
menggabungkan alamar biru sebagai indikator kolorimetri dengan prosedur referensi M27-A
telah menunjukkan kesesuaian yang baik antar metode (Pfaller dkk, 1998; Davey dkk, 1998;
Espinel-Ingroff dkk, 1999). Selain titik akhir yang lebih jelas, manfaat lainnya termasuk
pengurangan waktu inkubasi.
Mengikuti prinsip-prinsip yang ditetapkan untuk pengujian Candidaspesies
danC.neoformans, subkomite NCCLS untuk pengujian kerentanan antijamur telah
mengembangkan prosedur referensi yang disetujui (dokumen M38-A) untuk pengujian
kerentanan mikrodilusi kaldu jamur berfilamen pembentuk konidium (Komite Nasional
untuk Standar Laboratorium Klinis, 2002b). Fitur penting dari metode ini mencakup
penggunaan format mikrodilusi kaldu, media uji tertentu (kaldu RPMI-1640 yang disangga
hingga pH 7,0 dengan MOPS), serta inokulum yang distandarisasi dengan pembacaan
spektrofotometri hingga sekitar 10.000 unit pembentuk koloni per ml. dan penentuan visual
titik akhir MIC setelah inkubasi pada suhu 35°C selama 24-72 jam. Prosedur ini
dikembangkan dengan menggunakan isolat A spergillusjenis, Fusariumjenis,
S.apiospermum, dan Sporothrix schenckii.
Metode persiapan inokulum, pilihan ukuran inokulum, waktu pembacaan, dan pemilihan
titik akhir semuanya telah dievaluasi dalam serangkaian penyelidikan multisenter (Espinel-
Ingroff et al, 1995; Espinel-Ingroff et al, 1997). Konidia yang tidak berkecambah digunakan
karena, setidaknya dengan Aspergillusspesies, hasil serupa diperoleh untuk konidia
berkecambah dan tidak berkecambah (Manavathu et al, 1999; Espinel-Ingroff, 2001a).
Meskipun prosedur referensi M27-A menjadi titik awal dokumen M38, terdapat beberapa
perbedaan signifikan antara kedua metode tersebut. Inokulumnya sekitar 10 kali lebih tinggi
dibandingkan ragi dan memerlukan metode persiapan yang berbeda. Karena perbedaan
ukuran dan sifat hamburan cahaya dari spora yang dihasilkan oleh jamur ini, dokumen M38-
A menetapkan kepadatan optik yang berbeda untuk setiap genus. Persiapan inokulum yang
hati-hati sangat penting, karena konsentrasi di luar kisaran yang ditentukan akan
mengakibatkan perubahan MIC pada sebagian besar agen antijamur (Gehrt et al, 1995).
Definisi titik akhir adalah titik perbedaan lain antara prosedur M38 dan M27. Dalam M27,
azol dibaca pada titik akhir penghambatan parsial (didefinisikan sebagai konsentrasi obat
terendah yang menghasilkan penurunan pertumbuhan yang nyata). Meskipun kata-kata ini
digunakan dalam dokumen M38-P untuk azol (Komite Nasional untuk Standar
Laboratorium Klinis, 1998), penelitian terbaru menunjukkan bahwa pembacaan titik akhir
pada penghambatan 100% (tidak ada pertumbuhan) dapat mendeteksi resistensi obat dengan
lebih baik.Aspergillusspesies menjadi itrakonazol dan triazol yang lebih baru (Denning et al,
1997a; Espinel Ingroff et al, 2001b). Modifikasi ini telah dimasukkan ke dalam dokumen
M38-A.
Pengembangan prosedur referensi M27 dan M38 untuk pengujian in vitro telah memberikan
standar penting yang dapat digunakan sebagai metode alternatif dapat dievaluasi. Prosedur
mikrodilusi memakan waktu dan tenaga, serta diperlukan metode pengujian kerentanan
antijamur yang lebih sederhana dan ekonomis untuk penggunaan klinis rutin. Di antara
metode sederhana yang sekarang sedang dievaluasi adalah uji difusi cakram Etest dan agar.
Etest (AB Biodisk, Solna, Swedia), sebuah metode komersial yang dipatenkan untuk
penentuan kuantitatif MIC, dibuat dengan cara yang mirip dengan uji difusi cakram, namun
cakram tersebut diganti dengan strip plastik terkalibrasi yang diresapi dengan konsentrasi
kontinyu. gradien agen antimikroba. Setelah inkubasi, MIC ditentukan dari titik perpotongan
zona penghambatan pertumbuhan dengan strip yang dikalibrasi. Pertumbuhan rumput jamur
yang tidak seragam dan adanya tepi pertumbuhan yang tertinggal dapat mempersulit
penentuan titik akhir. Namun, dengan pengalaman dan prosedur standar, korelasi antara
prosedur referensi Etest dan M27-A telah dapat diterima oleh sebagian besar orang.
Candidaspesies dan agen antijamur azole (Colombo et al, 1995; Pfaller et al, 1996; Warnock
et al, 1998). Untuk banyak cetakan, termasukAspergillusspesies, korelasi yang baik dengan
amfoterisin B dan itraconazole Etest dan MICs dengan metode M38 telah dilaporkan
(Szekely et al, 1999; Pfaller et al, 2000). Etest telah terbukti berguna untuk penentuan MIC
amfoterisin B dan merupakan salah satu cara yang lebih dapat diandalkan untuk mendeteksi
isolat yang resisten (Wanger et al, 1995; Clancy dan Nguyen, 1999; Peyron et al, 2001).
Pengendalian mutu Batas uji untuk dua isolat M27 QC terhadap amfoterisin B, flusitosin,
flukonazol, itrakonazol, dan ketokonazol telah diusulkan (Pfaller dkk, 1996).
Meskipun difusi cakram agar telah banyak digunakan untuk pengujian obat antibakteri,
metode ini memiliki penerapan yang terbatas dalam pengujian kerentanan obat antijamur. Ini
telah terbukti berguna untuk pengujian flusitosin in vitro, namun upaya awal untuk
mengembangkan metode standar untuk flukonazol dipersulit oleh kurangnya metode
referensi yang dapat membandingkan hasil uji difusi cakram (Pfaller et al, 1992). Baru-baru
ini, beberapa penyelidikan telah menunjukkan korelasi yang baik antara hasil difusi cakram
agar untuk flukonazol dan MIC dengan metode M27-A (Barry dan Brown, 1996; Meis et al,
2000). Jelasnya, difusi cakram mempunyai potensi untuk memberikan cara yang lebih
sederhana dalam melakukan tes in vitro dengan flukonazol dan agen antijamur lainnya,
namun diperlukan lebih banyak penelitian.
Seperti yang dikomentari Rex dan rekan kerjanya, kemampuan untuk menghasilkan MIC
tidak ada gunanya tanpa kemampuan yang sesuai untuk menafsirkan makna klinisnya (Rex
et al, 2001). Namun, proses ini tidak mudah karena sejumlah alasan. Pertama, MIC bukanlah
pengukuran fisik. Kedua, faktor tuan rumah memainkan peran penting dalam menentukan
hasil klinis. Ketiga, kerentanan in vitro tidak secara seragam memprediksi keberhasilan
terapi in vivo. Keempat, resistensi in vitro seringkali, namun tidak selalu, berkorelasi dengan
kegagalan pengobatan (Rex et al, 1997).
Dokumen M27-A asli (Komite Nasional untuk Standar Laboratorium Klinis, 1997)
mencakup titik henti sementara interpretasi untukCandidaspesies ketika diuji terhadap
flukonazol, itrakonazol, dan flusitosin. Data untuk masing- masing obat memiliki kekuatan
dan kelemahan yang berbeda dalam menentukan breakpoint ini, namun satu kelemahan yang
diterapkan pada semua kumpulan data adalah sedikitnya informasi yang tersedia mengenai
isolat yang MIC-nya meningkat. Keterbatasan kedua adalah bahwa semua (itraconazole)
atau sebagian besar (fluconazole) dari data korelasi hasil klinis MIC berasal dari penelitian
kandidiasis mukosa. Ada lebih sedikit data untuk bentuk kandidiasis invasif. Terlepas dari
keterbatasan ini, tingkat korelasi klinis secara umum yang dicapai hingga saat ini serupa
dengan yang terlihat pada agen antibakteri (Rex et al, 2001).
Insiden infeksi jamur invasif terlalu rendah untuk memungkinkan perbandingan prospektif
skala besar antara MIC obat antijamur dengan hasil klinis pengobatan. Karena alasan ini,
beberapa kelompok peneliti telah berupaya untuk memastikan relevansi hasil uji in vitro
pada model infeksi hewan. Satu kelompok menguji sembilan isolat jamur
(duaAspergillusspesies, tiga Fusariumspesies, duaS.apiospermumterisolasi, dan
duaRhizopus arrhizus isolat), tetapi menemukan bahwa MIC amfoterisin B dan itrakonazol
yang ditentukan dengan metode referensi M38- P memberikan sedikit petunjuk tentang
kemungkinan respons in vivo (Odds et al, 1998). Kelompok kedua melakukan tes in vitro
dan in vivo dengan enam A.fumigatusisolat, dua di antaranya dikumpulkan dari pasien yang
tidak menanggapi pengobatan itrakonazol (Denning et al, 1997a). Isolat ini resisten terhadap
itrakonazol pada model murine aspergillosis invasif dan mengalami peningkatan MIC
itrakonazol. Namun, pilihan kondisi pengujian in vitro sangat penting dalam mendeteksi
peningkatan MIC ini. Dalam penelitian selanjutnya, kelompok ini melakukan uji in vitro dan
in vivo dengan isolatA.fumigatusdari pasien yang memberikan respons tidak lengkap
terhadap amfoterisin B dan isolat spesies yang secara intrinsik resisten terhadap amfoterisin
BA.terreus (Johnson dkk, 2000). Kedua isolat tidak responsif terhadap amfoterisin B pada
model murine aspergillosis invasif, tetapi hanya isolat yangA.terreusisolat diuji resisten
secara in vitro. Berbagai macam media dan kondisi pengujian gagal membedakan
resistensiA.fumigatusisolat dari dua isolat yang rentan secara in vivo. Sebaliknya, dengan
menggunakan adaptasi langsung dari prosedur M27, Lass-Florl dan rekan kerja
menunjukkan korelasi yang baik antara MIC amfoterisin B - 2- g/ml dan peningkatan
kemungkinan kegagalan klinis pada pasien dengan aspergillosis (Lass-Florl et al, 1998).
Laporan mengenai hubungan antara MIC dan hasil klinis ini cukup menggembirakan,
namun penelitian lebih lanjut dengan hewan dan pasien akan diperlukan untuk evaluasi yang
lebih pasti. Saat ini, tampaknya pengujian ituA.fumigatusisolat terhadap agen antijamur azol
memiliki nilai potensi yang signifikan. Namun, pengujian amfoterisin B lebih bermasalah.
Singkatnya, pengujian kerentanan obat antijamur telah menjadi alat klinis yang berguna,
namun penerapan aslinya masih belum pasti dalam banyak keadaan. Panduan ini bukanlah
panduan yang sempurna dalam pengobatan infeksi jamur. Pengujian paling bermanfaat
untuk isolatCandida spesies (khususnya untuk spesies selainC.albicans) dari situs yang
dalam. Pengujian isolat orofaringeal dariCandida spesies dari pasien yang gagal
memberikan respons terhadap pengobatan azole standar dapat membantu membedakan
kegagalan akibat resistensi obat dari penyebab lain. Pengujian kerentanan terhadap jamur
atau lingkungan lain masih belum jelas nilainya. Saat ini, pengujian isolat kapang tidak
boleh dilakukan secara rutin. Namun, isolat kapang yang penting secara klinis harus
diidentifikasi hingga tingkat spesies karena spesiasi berpotensi memberikan informasi
terapeutik yang berguna.
 REFERENSI
Ajello L. Phaeohyphomycosis: definisi dan etiologi. Di dalam:Melanjutkan- Konferensi
Internasional Ketiga tentang Mikosis. Publikasi Ilmiah 304. Washington DC: Organisasi
Kesehatan Pan Amerika, 126–133, 1975
Ajello L. Hyalohyphomycosis dan phaeohyphomycosis: dua global entitas penyakit yang penting
bagi kesehatan masyarakat.Eur J Epidemiol 2: 243–251, 1986
Arrese-Estrada JA, Stynen D, Goris A, Pierard GE. Identifikasi immunohistochimique des
Aspergillus par l'anticorps monclonal EB-A1.Ann Pathol10: 198–200, 1990.
Arthington-Skaggs BA, Warnock DW, Morrison C J. Kuantitas dariCandida albicansKandungan
ergosterol meningkatkan korelasi antara hasil uji kerentanan antijamur in vitro dan hasil in
vivo setelah pengobatan flukonazol pada model murine kandidiasis invasif.Agen
Antimikroba Kemoterapi44: 2081–2085, 2000.
Barry AL, Brown S D. Prosedur difusi disk flukonazol untuk de- mengakhiri
kerentananCandidajenis.J Clin Mikrobiol34: 2154– 2157 , 1996.
Barry AL, Pfaller MA, Brown SD, Espinel-Ingroff A, Ghannoum MA, Knapp C, Rennie RP, Rex
JH, Rinaldi M G. Batas kendali mutu untuk uji kerentanan mikrodilusi kaldu sepuluh agen
antijamur.J Clin Mikrobiol38: 3457–3459 , 2000.
Berg DE, Akopyants NS, Kersulyte D. Mikroba sidik jari genom menggunakan metode RAPD atau
AP-PCR.Biol Sel Meth Mol 5: 13–24, 1994.
Brandt ME, Padhye AA, Mayer LW, Holloway BP. Utilitas ran- dom memperkuat PCR DNA
polimorfik dan deteksi otomatis Taq Man dalam identifikasi molekulerAspergillus
fumigatus.J Clin Mikrobiol36: 2057–2062, 1998.
Buchheidt D, Baust C, Skladny H, Baldus M, Brauninger S, Hehlmann R. Evaluasi klinis dari uji
reaksi berantai polimerase untuk mendeteksiAspergillusspesies dalam sampel lavage
bronkoalveolar pasien neutropenia.Br J Hematol116: 803–811, 2002.
Buckley HR, Richardson MD, Evans EGV, Gandum L J. Imun- diagnosis infeksi jamur invasif.J
Med Dokter Hewan Mycol30 (tambahan 1): 249–260, 1992.
Chen YC, Eisner JD, Kattar MM, Rassoulian-Barrett SL, Lafe K, Yarfitz SL, Limaye AP, Cookson
B T. Identifikasi ragi yang penting secara medis menggunakan deteksi polimorfisme urutan
DNA berbasis PCR di wilayah spacer 2 transkripsi internal gen rRNA.J Clin Mikrobiol38:
2302–2310 , 2000. Chen YC, Eisner JD, Kattar MM, Rassoulian-Barrett SL, Lafe K, Bui U,
Limaye AP, dan Cookson B T. Urutan DNA wilayah spacer internal polimorfik 1
mengidentifikasi ragi yang penting secara medis.J Clin Mikrobiol 39: 4042–4051 , 2001.
Clancy CJ, Nguyen M H. Korelasi antara kerentanan in vitroitas ditentukan oleh uji E dan respons
terhadap terapi dengan amfoterisin B: hasil dari studi prospektif kandidemia
multisenter.Agen Antimikroba Kemoterapi43: 1289–1290, 1999.
Colombo AL, Barchiesi F, McGough DA, Rinaldi MG. Perbandingan putra uji E dan metode
makrodilusi kaldu Komite Nasional Standar Laboratorium Klinis untuk pengujian
kerentanan antijamur azole.J Clin Mikrobiol33: 535–540, 1995. Cuenca Estrella M, Diaz-
Guerra TM, Mellado E, Rodriguez-Tudela J.L. Pengaruh suplementasi glukosa dan ukuran
inokulum terhadap kinetika pertumbuhan dan uji kerentanan antijamur tanaman Candida
spp.J Clin Mikrobiol39: 525–532, 2001.
Davey KG, Szekely A, Johnson EM, Warnock D W. Perbandingan metode mikrodilusi kolorimetri
komersial baru dengan metode standar untuk pengujian kerentanan in-vitroCandidaspp. Dan
Kriptococcus neoformans.J Ibu Kemoterapi Antimikroba42: 439– 444, 1998. de Barros
Lopes M, Soden A, Martens AL, Henschke PA, Lan- gridge P. Diferensiasi dan identifikasi
spesies khamir menggunakan PCR.Bakteriol Sistem Int J48: 279–286, 1998.
De Repentigny L, Kaufman L, Cole GT, Kruse D, Latge JP, Matthews R C. Imunodiagnosis infeksi
jamur invasif.J Med Dokter Hewan Mycol32 (tambahan 1): 239–252, 1994.
Denning DW, Radford SA, Oakley KL, Hall L, Johnson EM, Warnock D W. Korelasi antara
pengujian kerentanan in vitro terhadap itrakonazol dan hasil in-vivoAspergillus fumigatus
infeksi.J Ibu Kemoterapi Antimikroba40: 401–414, 1997a.
Denning DW, Venkateswarlu K, Oakley KL, Anderson MJ, Man- ning NJ, Stevens DA, Warnock
DW, Kelly S L. resistensi Itraconazole diAspergillus fumigatus.Agen Antimikroba
Kemoterapi 41: 1364–1368, 1997b.
Durkin MM, Connolly PA, Wheat L J. Perbandingan radioim- munoassay dan metode immunoassay
terkait enzim untuk mendeteksiHistoplasma capsulatumvar.capsulatumantigen.J Clin
Mikrobiol35: 2252–2255 , 1997.
Einsele H, Hebart H, Roller G, Loffler J, Rothenhofer I, Muller CA, Bowden RA, van Burik J,
Engelhard D, Kanz L, Schumacher U. Deteksi dan identifikasi patogen jamur dalam darah
dengan menggunakan probe molekuler.J Clin Mikrobiol35: 1353–1360, 1997. Penatua BL,
Roberts G D. Metode cepat untuk diagnosis penyakit jamur infeksi.Laboratorium
Kedokteran17: 591–596, 1986.
Elie CM, Lott TJ, Burns BM, Reiss E, Morrison C J. Identifikasi cepat sertifikasi
dariCandidaspesies menggunakan probe DNA spesifik spesies. J Clin Mikrobiol36: 3260–
3265 , 1998.
Espinel-Ingroff A, Dawson K, Pfaller M, Anaissie E, Breslin B, Dixon D, Fothergill A, Paetznick V,
Peter J, Rinaldi M, Walsh T. Evaluasi komparatif dan kolaboratif standardisasi pengujian
 kerentanan antijamur untuk jamur berfilamen.Agen Antimikroba Kemoterapi39: 314–319,
1995.
Espinel-Ingroff A, Bartlett M, Bowden R, Chin NX, Cooper C, Fothergill A, McGinnis MR,
Menezes P, Messer SA, Nelson PW, Odds FC, Pasarell L, Peter J, Pfaller MA, Rex JH,
Rinaldi MG, Shankland GS, Walsh TJ, Weitzman I. Evaluasi multisenter dari prosedur
standar yang diusulkan untuk antijamur pengujian kerentanan jamur berfilamen.J Clin
Mikrobiol35: 139– 143, 1997.
Espinel-Ingroff A, Stockman L, Roberts G, Pincus D, Pollack J, Mar- ler J. Perbandingan sistem
RapID Yeast Plus dengan sistem API 20C untuk identifikasi patogen ragi yang umum, baru,
dan baru muncul.J Clin Mikrobiol36: 883–886, 1998. Espinel-Ingroff A, Pfaller M, Messer
SA, Knapp CC, Killian S, Nor-ris HA, Ghannoum M A. Perbandingan multisenter Panel
Antijamur Kolorimetri Ragi Sensititre dengan Komite Nasional Standar Laboratorium
Klinis Metode referensi M27-A untuk menguji isolat klinis umum dan
baruCandidaspp.,Kriptokokus spp., dan ragi lainnya serta organisme mirip ragi.J Clin
Mikrobiol 37: 591–595, 1999. Espinel-Ingroff A. Suspensi konidia berkecambah dan tidak
berkecambah sions untuk menguji kerentananAspergillusspp. menjadi amfoterisin B,
itraconazole, posaconazole, ravuconazole, dan vorikonazol.Agen Antimikroba
Kemoterapi45: 605–607, 2001a.
Espinel-Ingroff A, Bartlett M, Chaturvedi V, Ghannoum M, Hazen KC, Pfaller MA, Rinaldi M,
Walsh T J. Kondisi pengujian kerentanan optimal untuk mendeteksi resistensi azol pada
Aspergillus spp.: Evaluasi kolaboratif NCCLS.Agen Antimikroba Kemoterapi45: 1828–
1835, 2001b.
Jatuh JW, Boekhout T, Fonseca A, Scorzetti G, Statzell-Tallman A. Keanekaragaman hayati dan
sistematika ragi basidiomycetous ditentukan oleh analisis urutan domain rDNA D1/D2
subunit besar. Mikrobiol Evolut Sistem Int J50: 1351–1371, 2000.
Fujita SI, Lasker BA, Lott TJ, Reiss E, Morrison C J. Mikrotitra- immunoassay enzim pelat tion
untuk mendeteksi DNA yang diamplifikasi PCR dariCandidaspesies dalam darah.J Clin
Mikrobiol33: 962–967, 1995.
Gehrt A, Peter J, Pizzo PA, Walsh T J. Pengaruh peningkatan inoku- ukuran lum jamur berfilamen
patogen pada MIC agen antijamur dengan metode mikrodilusi kaldu.J Clin Mikrobiol33:
1302–1307, 1995.
Gené J, Guillamon JM, Guarro J, Pujol J, Ulfig K. Karakter molekul akterisasi, keterkaitan, dan
kerentanan antijamur dari basidiomycetousHormografiellaspesies danCoprinus cinereus dari
sumber klinis dan lingkungan.Antonie Leeuwenhoek Int J Genet70: 49–57, 1996.
Gentry LO, Wilkinson ID, Lea AS, Harga M F. Aglutinasi lateks tes untuk mendeteksi antigenemia
Candida pada pasien dengan penyakit yang menyebar.Mikrobiol Eur J Clin2: 122–128,
1983.
Guarro J, Gené J, Stchigel A M. Perkembangan taksonomi jamur. Klinik Mikrobiol Rev12: 454–
500, 1999.
Guiver M, Levi K, Oppenheim B A. Identifikasi Cepat Candida spesies oleh TaqMan PCR.J Clin
Pathol54: 362–366, 2001. Hebart H, Loeffler J, Reitze H, Engal A, Schumacher U,
Klingebiel
T, Bader P, Böhme A, Martin H, Bunjes D, Kern WV, Kanz L, Einsele H. Skrining prospektif
dengan uji reaksi berantai polimerase panfungal pada pasien yang berisiko terkena infeksi
jamur: implikasi terhadap pengelolaan neutropenia demam.Br J Hematol 111: 635–640,
2000.
Hendolin PH, Paulin L, Koukila-Kahkola P, Anttila VJ, Malmberg H, Richardson M, Ylikoski J.
Panfungal PCR dan hibridisasi cairan multipleks untuk mendeteksi jamur dalam spesimen
jaringan.J Clin Mikrobiol38: 4186–4192 , 2000.
Herent P, Stynen D, Hernando F, Fruit J, Poulain D. Retrospektif evaluasi dua tes aglutinasi lateks
untuk mendeteksi antigen yang bersirkulasi selama kandidosis invasif.J Clin Mikrobiol30:
2158–2164 , 1992.
Hue FX, Huerre M, Rouffault MA, de Bievre C. Deteksi spesifik dariFusariumspesies dalam darah
dan jaringan dengan teknik PCR.J Clin Mikrobiol37: 2434–2438 , 1999.
Hui M, Ip M, Chan PKS, Chin ML, Cheng AF B. Identifikasi cepat-fikasi penting secara
medisCandidake tingkat spesies berdasarkan reaksi berantai merase dan polimorfisme
konformasi untai tunggal.Diagnosis Infeksi Mikrobiol Dis38: 95–99, 2000. Huppert
M, Peterson ET, Sun SH, Chitjian PA, Derrevere WJ. Evaluasi uji aglutinasi partikel lateks untuk
coccidioidomycosis. Apakah J Clin Pathol49: 96–102, 1968.
Jaeger EEM, Carroll NM, Choudhury S, Dunlop AAS, Towler HMA, Matheson MM, Adamson P,
Okhravi N, Lightman S.
Deteksi cepat dan identifikasiCandida,Aspergillus, Dan Fusarium spesies dalam sampel mata
menggunakan PCR bersarang.J Clin Mikrobiol38: 2902–2908 , 2000.
Johnson EM, Oakley KL, Radford SA, Moore CB, Peringatkan P, Warnock DW, Denning D W.
Kurangnya korelasi pengujian kerentanan amfoterisin B in vitro dengan hasil model murine
infeksi Aspergillus.J Ibu Kemoterapi Antimikroba45: 85–93, 2000.
Jones J M. Kinetika respon antibodi terhadap dinding sel mannan dan antigen sitoplasma utama
dariCandida albicanspada kelinci dan manusia.J Lab Klinik Med96: 845–860, 1980.
Jones JM, Diagnosis laboratorium kandidiasis invasif.Klinik Mi-crobiol Pdt3: 32–45, 1990.
Kami M, Fukui T, Ogawa S, Kazuyama Y, Machida U, Tanaka Y, Kanda Y, Kashima T, Yamazaki Y,
Hamaki T, Mori S, Akiyama H, Mutou Y, Sakamaki H, Osumi K, Kimura S, Hirai H.
Penggunaan PCR waktu nyata pada sampel darah untuk diagnosis aspergillosis
invasif.Klinik Menginfeksi Dis33: 1504–1512, 2001.
Kaufman L, Sekhon AS, Moledina N, Jalbert M, Pappagianis D. Evaluasi komparatif dari Premier
EIA komersial dan tes fiksasi mikroimunodifusi dan komplemen untukCoccidioides immitis
antibodi.J Clin Mikrobiol33: 618–619, 1995. Kaufman L, Standard PG, Jalbert M, Kraft DE.
Imunohistologis identifikasiAspergillusspp. dan jamur hialin lainnya dengan menggunakan
antibodi fluoresen poliklonal.J Clin Mikrobiol35: 2206–2209 , 1997.
Kurtzman C P. Taksonomi molekuler ragi.Ragi10: 1727–1740, 1994.
Kurtzman CP, Robnett C J. Identifikasi dan filogeni as-ragi comycetous dari analisis sekuens parsial
DNA ribosom subunit besar nuklir (26S).Antonie van Leeuwenhoek73: 331– 371, 1998.
Lass-Florl C, Kofler G, Kropshofer G, Hermans J, Kreczy A, Dierich MP, Niederwieser D.
Pengujian kerentanan terhadap amfoterisin B secara in-vitro adalah prediktor hasil klinis
yang dapat diandalkan pada aspergillosis invasif.J Ibu Kemoterapi Antimikroba42: 497–502,
1998. Lischewski A, Kretschmar M, Hof H, Amann R, Peretas J, Morschhauser J. Deteksi dan
identifikasiCandidaspesies dalam jaringan dan darah manusia yang terinfeksi secara
eksperimental melalui hibridisasi fluoresen in situ spesifik rRNA.J Clin Mikrobiol35: 2943–
2948 , 1997.
Loeffler J, Hebart H, Magga S, Schmidt D, Klingspor L, Tollemar J, Schumacher U, Einsele H.
Identifikasi langkaCandidaspesies dan ragi lainnya melalui reaksi berantai polimerase dan
hibridisasi slot blot. Diagnosis Infeksi Mikrobiol Dis38: 207–212, 2000a. Loeffler J, Henke
N, Hebart H, Schmidt D, Hagmeyer L, Schumacher U, Einsele H. Kuantifikasi DNA jamur
dengan menggunakan transfer energi resonansi fluoresensi dan sistem light cycler.J Clin
Mikrobiol 38: 586–590, 2000b.
Loeffler J, Hebart H, Cox P, Flues N, Schumacher U, Einsele H. Nu- amplifikasi berbasis urutan
asam kleat dari Aspergillus RNA dalam sampel darah.J Clin Mikrobiol39: 1626–1629, 2001.
Lott T, Effat M. Bukti untuk clade yang berevolusi lebih baru di dalam A Candida
albicansPopulasi Amerika Utara.Mikrobiologi 147: 1687–1692, 2001.
Lozano-Chiu M, Nelson PW, Lancaster M, Pfaller MA, Rex J H. Variabilitas lot-to-lot media
antibiotik 3 digunakan untuk menguji kerentanan isolat Candida terhadap amfoterisin B.J
Clin Mikrobiol35: 270–272, 1997.
Lucchini S, Thompson A, Hinton JC D. Microarray untuk mikroba-ahli ilmu
pengetahuan.Mikrobiologi147: 1403–1414, 2001.
Maertens J, Verhaegen J, Demuynck H. Prop- yang dikendalikan otopsi evaluasi spektif dari
skrining serial untuk galaktomannan yang bersirkulasi dengan uji imunosorben terkait-
enzim sandwich untuk pasien hematologi yang berisiko mengalami aspergillosis invasif.J
Clin Mikrobiol37: 3223–3228 , 1999.
Magee BB, Magee P T. Kariotipe dan kromosom elektroforesis angka
masukCandidajenis.Mikrobiol Generasi J133: 425–430, 1987.
Manavathu EK, Cutright J, Chandrasekar P H. Studi banding kerentanan konidia berkecambah dan
tidak berkecambah Aspergillus fumigatuske berbagai agen antijamur.J Clin Mikrobiol 37:
858–861, 1999.
Mannarelli BM, Kurtzman C P. Identifikasi cepatCandida al- bicandan ragi patogen manusia
lainnya dengan menggunakan oligonukleotida pendek dalam PCR.J Clin Mikrobiol36:
1634–1641, 1998.
Marcilla A, C Monteagudo, S Mormeneo, R Sentandreu. Monoklonal antibodi 3H8: alat yang
berguna dalam diagnosis kandidiasis. Mikrobiologi145: 695–701, 1999.
Martin C, Roberts D, van der Weide M, Rossau R, Jannes G, Smith T, Maher M. Pengembangan uji
probe garis berbasis PCR untuk identifikasi patogen jamur.J Clin Mikrobiol38: 3735–3742 ,
2000.
Martins TB, Jaskowski TD, Mouritsen CL, Hill H R. Perbandingan putra dari immunoassay enzim
yang tersedia secara komersial dengan tes serologis tradisional untuk mendeteksi antibodi
Coccidioides immitis.J Clin Mikrobiol33: 940–943, 1995.
Matsumoto T, Ajello L. Agen phaeohyphomycosis. Dalam: Collier L, Balows A, Sussman M,
penyunting.Mikrobiologi dan Infeksi Mikroba Topley dan Wilson, edisi ke-9. Vol 4
Mikologi Medis. New York: Oxford University Press, 503–524, 1998.
McManus EJ, Jones J M. Deteksi aTrichosporon beigeliianti-gen reaktif silang denganKriptococcus
neoformanspolisakarida kapsuler dalam serum dari pasien dengan infeksi trikosporon
diseminata.J Clin Mikrobiol21: 681–685, 1985. Meis J, Petrou M,
Bille J, Ellis D, Gibbs D. Evaluasi global terhadap kerentanan dariCandidaspesies menjadi
flukonazol melalui difusi cakram.Diagnosis Infeksi Mikrobiol Dis36: 215–223, 2000.
Metzgar D, van Belkum A, Field D, Haubrich R, Wills C. Acak amplifikasi DNA polimorfik dan
gentipe mikrosatelit dari isolat sebelum dan sesudah perawatanCandidaspp. dari pasien yang
terinfeksi human immunodeficiency virus dengan rejimen flukonazol yang berbeda.J Clin
Mikrobiol36: 2308–2313 , 1998.
Meunier JR, Grimont PA D. Faktor-faktor yang mempengaruhi reproduktifitas sidik jari DNA
polimorfik yang diamplifikasi secara acak.Mikrobiol Res144: 373–379, 1993.
Meyer W, Lieckfeldt E, Kuhls K, Freedman EZ, Borner T, Mitchell T G. Sidik jari DNA dan PCR
pada jamur. Dalam: Pena SDJ, Chakrabarty R, Epplen JT, Jeffreys AJ, eds.Sidik Jari DNA:
Ilmu Pengetahuan. Basel: Birkhauser Verlag, 311–320, 1993.
Mitsutake K, Miyazaki T, Tashiro T, Yamamoto Y, Kakeya H, Ot- subo T, Kawamura S, Hossain
MA, Noda T, Hirakata Y, antigen Kohno S. Enolase, antigen mannan, antigen Cand-Tec, dan
glukan pada pasien dengan kandidemia.J Clin Mikrobiol34:1918–1921, 1996.
Monod M, Porchet S, Baudraz-Rosselet F, Frenk E. Identifikasi- tion strain ragi patogen dengan
analisis elektroforesis kromosom mereka.J Med Mikrobiol32: 123–129, 1990. Komite
Nasional Standar Laboratorium Klinis. Referensimetode untuk pengujian kerentanan antijamur ragi
dengan pengenceran kaldu. Standar yang disetujui. Dokumen M27-A. Wayne, PA: Komite
Nasional Standar Laboratorium Klinis, 1997.
Komite Nasional Standar Laboratorium Klinis. Referensi metode pengujian kerentanan antijamur
pengenceran kaldu jamur berfilamen pembentuk konidium. Standar yang diusulkan.
Dokumen M38-P. Wayne, PA: Komite Nasional Standar Laboratorium Klinis, 1998.
Komite Nasional Standar Laboratorium Klinis. Referensi metode untuk pengujian kerentanan
antijamur ragi dengan pengenceran kaldu. Standar yang disetujui: edisi kedua. Dokumen
M27-A2. Wayne, PA: Komite Nasional Standar Laboratorium Klinis, 2002a.
Komite Nasional Standar Laboratorium Klinis. Referensi metode untuk pengujian kerentanan
antijamur pengenceran kaldu jamur berfilamen. Standar yang disetujui. Dokumen M38- A.
Wayne, PA: Komite Nasional Standar Laboratorium Klinis, 2002b.
Niesters HGM, Goessens WHF, Meis JFMG, Quint, WG V. Uji identifikasi cepat berbasis reaksi
berantai polimerase untuk Candidajenis.J Clin Mikrobiol31: 904–910, 1993. Odds F C.
Kerajaan jamur: esensi mikologi. Dalam: Kibbler CC, Mackenzie DWR, Odds FC,
penyunting.Prinsip dan Praktek Mikologi Klinis, Chichester: John Wiley & Sons, 1–6, 1996.
Odds FC, Arai T, Disalvo AF, Evans EGV, Hay RJ, Randhawa HS, Rinaldi MG, Walsh T J.
Nomenklatur penyakit jamur: laporan dan rekomendasi dari sub-komite Masyarakat
Internasional untuk Mikologi Manusia dan Hewan (ISHAM). J Med Dokter Hewan
Mycol30: 1–10, 1992.
Odds FC, Vranckx L, Woestenborghs F. Kerentanan antijamur pengujian ragi: evaluasi variabel
teknis untuk otomatisasi pengujian.Agen Antimikroba Kemoterapi39: 2051–2060, 1995.
Odds FC, van Gerven F, Espinel-Ingroff A, Bartlett MS, Ghannoum MA, Lancaster MV, Pfaller
MA, Rex JH, Rinaldi MG, Walsh T J. Evaluasi kemungkinan korelasi antara kerentanan
antijamur jamur berfilamen in vitro dan hasil pengobatan antijamur pada model infeksi
hewan.Agen Antimikroba Kemoterapi42: 282–288, 1998.
Okhravi N, Adamson P, Lightman S. Penggunaan PCR pada endoftalmi-ini. Peradangan Imunol
Ocul8: 189–200, 2000. Pappagiannis D, Zimmer B L. Serologi coccidioidomycosis.Klinik
Mikrobiol Rev3: 247–268, 1990. JR Sempurna, Cox G M. Resistensi obat diKriptococcus
neoformans. Pembaruan Ketahanan Obat2: 259–269, 1999.
Perfect JR, Cox GM, Lee JY, Kauffman CA, deRepetigny L, Chap- man SW, Morrison VA, Pappas
P, Hiemenz JW, Stevens DA. Dampak isolasi budaya terhadapAspergillusspesies: survei
aspergillosis berbasis rumah sakit.Klinik Menginfeksi Dis33: 1924–1833, 2001.
Peyron F, Favel A, Michel-Nguyen A, Gilly M, Regli P, Bolmstrom A. Peningkatan deteksi isolat
yang resisten terhadap amfoterisin B Candida lusitaniaeoleh Etest.J Clin Mikrobiol39: 339–
342, 2001.
Pfaller MA, Dupont B, Kobayashi GS, Muller J, Rinaldi MG, Es-pinel-Ingroff A, Shadomy S.,
Troke PF, Walsh TJ, Warnock D W. Pengujian kerentanan standar flukonazol: studi
kolaboratif internasional.Agen Antimikroba Kemoterapi36: 1805–1809, 1992.
Pfaller MA, Vu Q, Lancaster M, Espinel-Ingroff A, Fothergill A, Grant C, McGinnis MR, Pasarell
L, Rinaldi MG, Steele-Moore L.
Reproduksibilitas multisite metode mikrodilusi kaldu kolorimetri untuk pengujian kerentanan
antijamur isolat ragi.J Clin Mikrobiol32: 1625–1628, 1994.
Pfaller MA, Messer SA, Coffmann S. Perbandingan visual dan metode spektrofotometri penentuan
titik akhir MIC dengan menggunakan metode mikrodilusi kaldu untuk menguji lima agen
antijamur, termasuk triazol baru, D0870.J Clin Mikrobiol33: 1094–1097, 1995.
Pfaller MA, Messer SA, Bolmstrom A, Odds FC, Rex J H. Multi- reproduktifitas situs metode uji E
untuk kerentanan antijamur isolat ragi.J Clin Mikrobiol34: 1691–1693, 1996. Pfaller MA,
Messer SA, Hollis RJ, Espinel-Ingroff A, Ghannoum MA, Plavan H, Killian SB, Knapp C
C. Reproduksibilitas multisite hasil MIC oleh anti-kolorimetri Sensititre Yeast One panel
kerentanan jamur.Diagnosis Infeksi Mikrobiol Dis31: 543– 547, 1998.
Pfaller MA, Messer SA, Mills K, Bolmstrom A. Kerentanan in vitro pengujian kemampuan jamur
berfilamen: perbandingan metode mikrodilusi Etest dan referensi untuk menentukan MIC
itrakonazol. J Clin Mikrobiol38: 3359–3361 , 2000.
Ponton J, Moragues MD, Quindos G. Diagnostik berbasis non-budayatics. Dalam: Calderone RA,
penyunting.Candida dan Kandidiasis. Washington, DC: ASM Tekan, 395–425, 2002.
Rees JR, Pinner RW, Hajjeh RA, Brandt ME, Reingold A L. The gambaran epidemiologi infeksi
mikotik invasif di wilayah Teluk San Francisco 1992–1993: hasil pengawasan aktif berbasis
populasi.Klinik Menginfeksi Dis27: 1138–1147, 1998. Reimer LG, Wilson ML, Weinstein
MP. Pembaruan tentang deteksi bakteremia dan fungimia.Klinik Mikrobiol Rev10: 444–465,
1997.
Reiss E, Stockman L, Kuykendall RS, Smith S J. Disosiasi kompleks mannan-serum dan
deteksiCandida albicans mannan dengan variasi enzim immunoassay.Klinik Kimia28: 306–
310, 1982.
Reiss E, Kaufman L, Kovacs JA, Lindsley MD. Imunisasi klinis ilmu jamur. Dalam: Rose NR,
Hamilton RG, Detrick B, eds. Manual Imunologi Laboratorium Klinik, edisi ke-6.
Washington DC: ASM Tekan, 559–583, 2002.
Revankar SG, Kirkpatrick WR, McAtee RK, Fothergill AW, Red-ding SW, Rinaldi MG, Patterson T
F. Interpretasi titik akhir akhir dalam pengujian kerentanan antijamur dengan metode
Komite Nasional Standar Laboratorium Klinis.J Clin Mikrobiol36: 153– 156, 1998.
Rex JH, Cooper CR, Merz WG, Galgiani JN, Anaissie E J. De- deteksi resistensi amfoterisin
BCandidadiisolasi dalam sistem berbasis kaldu.Agen Antimikroba Kemoterapi39: 906–909,
1995.
Rex JH, Pfaller MA, Galgiani JN, Bartlett MS, Espinel-Ingroff A, Ghannoum MA, Lancaster M,
Odds FC, Rinaldi MG, Walsh TJ, Barry A L. Pengembangan breakpoint interpretatif untuk
pengujian kerentanan antijamur: kerangka konseptual dan analisis data korelasi in vitro-in
vivo untuk infeksi flukonazol, itrakonazol, dan Candida.Klinik Menginfeksi Dis24: 235–
247, 1997.
Rex JH, Nelson PW, Paetznick VL, Lozano-Chiu M, Espinel- Ingroff A, Anaissie E J.
Mengoptimalkan korelasi antara hasil pengujian in vitro dan hasil terapi in vivo untuk
flukonazol dengan menguji isolat kritis dalam model murine kandidiasis invasif.Agen
Antimikroba Kemoterapi42: 129–134, 1998. Rex JH,
Pfaller MA, Walsh TJ, Chaturvedi V, Espinel-Ingroff A, Ghannoum MA, Gosey LL, Odds FC,
Rinaldi MG, Sheehan DJ, Warnock D W. Pengujian kerentanan antijamur: aspek praktis dan
tantangan saat ini.Klinik Mikrobiol Rev14: 643–658, 2001.
Rickerts V, Loeffler J, Böhme A, Einsele H, Just-Nübling G. Diagnosis zygomikosis diseminata
menggunakan uji reaksi berantai polimerase.Eur J Clin Mikrobiol Menginfeksi Dis20: 744–
745, 2001. Riggsby W.S. Penyelidikan DNA untuk ragi yang penting secara medis. Dalam:
Swami- nathan B, Prakash G, penyunting.Aplikasi Probe Asam Nukleat dan Antibodi
Monoklonal dalam Mikrobiologi Diagnostik. New York: Marcel Dekker, 277–304, 1989.
Rodriguez-Tudela JL, Martinez-Suarez J V. Mendefinisikan kondisi untuk uji kerentanan antijamur
mikrobroth: pengaruh glukosa RPMI dan RPMI-2% pada pemilihan kriteria titik akhir.J Ibu
Kemoterapi Antimikroba35: 739–749, 1995.
Sanati H, Messer SA, Pfaller M, Witt M, Larsen R, Espinel-Ingroff A, Ghannoum M. Evaluasi
multi-pusat metode mikrodilusi kaldu untuk pengujian kerentananKriptococcus neoformans
terhadap flukonazol.J Clin Mikrobiol34: 1280–1282, 1996. Sandhu GS, Kline BC,
 Stockman L, Roberts GD. Probe molekuler untuk diagnosis infeksi jamur.J Clin
Mikrobiol33: 2913– 2919, 1995.
Scherer S, Stevens DA A. Penerapan metode pengetikan DNA untuk epi- demiologi dan
taksonomiCandidajenis.J Clin Mikrobiol 25: 675– 679, 1987.
Skladny H, Buchheidt D, Baust C, Krieg-Schneider F, Seifarth W, Leib-Mosch C, Hehlmann R.
Deteksi spesifikAspergillus spesies dalam sampel darah dan lavage bronkoalveolar pasien
dengan gangguan imun dengan PCR dua langkah.J Clin Mikrobiol 37: 3865–3871 , 1999.
Soll D R. Peralihan frekuensi tinggiCandida albicans.Klinik Mi- crobiol Pdt5: 183–203, 1992.
Soll D R. Seluk beluk DNA sidik jari jamur menular. Klinik Mikrobiol Rev13: 332–370, 2000.
Spitzer ED, Spitzer S G. Penggunaan elemen DNA berulang yang tersebar untuk membedakan
isolat klinisKriptococcus neoformans.J Clin Mikrobiol30: 1094–1097, 1992.
Stamm AM, Polt S S. Tes antigen kriptokokus negatif palsu.JAMA 244: 1359, 1980.
Stockman L, Roberts GD. Versi yang dikoreksi. Kekhususan lates tex untuk antigen kriptokokus:
metode cepat dan sederhana untuk menghilangkan faktor gangguan.J Clin Mikrobiol17:
945–947, 1983 Sugita T, Suto H, Unno T, Tsuboi R, Ogawa H, Shinoda T, Nishikawa A.
Analisis molekulerMalasseziamikroflora pada kulit pasien dermatitis atopik dan subjek
sehat.J Clin Mikrobiol39: 3486–3490 , 2001.
Sulahian A, Tabouret M, Ribaud P, Sarfati J, Gluckman E, Latge JP, Derouin F. Perbandingan enzim
immunoassay dan uji aglutinasi lateks untuk mendeteksi galaktomannan dalam diagnosis
aspergillosis invasif.Eur J Clin Mikrobiol Menginfeksi Dis 15: 139–145, 1996.
Sutton DA, Sanche SE, Revankar SG, Fothergill AW, Rinaldi M G. Resistensi amfoterisin B in vitro
pada isolat klinis Aspergillus terreus, dengan perbandingan langsung dengan vorikonazol.J
Clin Mikrobiol37: 2343–2345 , 1999.
Szekely A, Johnson EM, Warnock D W. Perbandingan E-test dan metode mikrodilusi kaldu untuk
pengujian kerentanan obat antijamur pada jamur.J Clin Mikrobiol37: 1480–1483, 1999.
Thanos M, Schönian G, Meyer W, Schweynoch C, Graser Y, Mitchell TG, Presber W, Tietz
H J. Identifikasi cepatCandidaspesies dengan sidik jari DNA dengan PCR.J Clin
Mikrobiol34: 615–621, 1996.Kepada WK, Fothergill AW, Rinaldi M G. Evaluasi komparatif
makrodilusi dan metode kaldu mikrodilusi kolorimetri alamar untuk pengujian kerentanan
antijamur isolat ragi.J Clin Mikrobiol33: 2660–2664 , 1995.
Turin L, Riva F, Galbiati G, Cainelli T. Cepat, sederhana dan sangat sen- uji reaksi berantai
polimerase bulat ganda yang positif untuk mendeteksi jamur yang relevan secara medis
dalam spesimen dermatologis.Investasi Clin Eur J30: 511–518, 2000.
Valente P, Ramos JP, Leoncini O. Sequencing sebagai alat dalam motaksonomi lekular.Bisakah J
Mikrobiol45: 949–958, 1999. Verweij PE, Rijs AJ, De Pauw BE, Horrevorts AM,
 Hoogkamp-Korstanje JA, Meis J F. Evaluasi klinis dan reproduktifitas tes aglutinasi lateks
antigen Pastorex Aspergillus untuk mendiagnosis aspergillosis invasif.J Clin Pathol48: 474–
476, 1995a.
Verweij PE, Stynen D, Rijs AJ, De Pauw BE, Hoogkamp-Korstanje JAA, Meis J F. Uji
imunosorben terkait enzim Sandwich dibandingkan dengan uji aglutinasi lateks Pastorex
untuk mendiagnosis aspergillosis invasif pada pasien dengan sistem kekebalan yang lemah.J
Clin Mikrobiol33: 1912–1914, 1995b.
Verweij PE, Brinkman K, Kremer HP, Kullberg BJ, Meis J F. As- pergillus meningitis: diagnosis
dengan metode dan manajemen mikrobiologi non kultur.J Clin Mikrobiol37: 1186–1189,
1999.
Walsh TJ, Peter J, McGough DA, Fothergill AW, Rinaldi MG, Pizzo P A. Aktivitas amfoterisin B
dan azol antijamur sendiri dan dalam kombinasi melawanPseudallescheria boydii.Agen
Antimikroba Kemoterapi39: 1361–1364, 1995.
Wanger A, Mills K, Nelson PW, Rex J H. Perbandingan Etest dan Metode makrodilusi kaldu
Komite Nasional untuk Standar Laboratorium Klinis untuk pengujian kerentanan antijamur:
peningkatan kemampuan untuk mendeteksi resistensi amfoterisin B Candidaterisolasi. Agen
Antimikroba Kemoterapi39: 2520–2522 , 1995. Warnock DW, Johnson EM, Rogers TR F.
Evaluasi multi-pusat tion metode Etest untuk pengujian kerentanan obat antijamur
Candidaspp. DanKriptococcus neoformans.J Ibu Kemoterapi Antimikroba42: 321–331,
1998.
Welsh J, McClelland M. Sidik jari genom menggunakan sewenang-wenang PCR prima dan matriks
kombinasi primer berpasangan. Asam Nuklir Res19: 5275–5279 , 1991. Gandum LJ, Kohler
RB, Tewari RP. Diagnosis riwayat disebarluaskan plasmosis dengan mendeteksiHistoplasma
capsulatumantigen dalam spesimen serum dan urin.N Engl J Med314: 83–88, 1986.
Gandum J, Marichal P, Vanden Bossche H, Monte AL, Connolly P. Hipotesis tentang
mekanisme resistensi terhadap flukonazol di Histoplasma capsulatum.Agen Antimikroba
Kemoterapi41: 410– 414, 1997. Gandum L J. Diagnosis laboratorium histoplasmosis: update
2000. Infeksi Resp Semin16: 131–140, 2001.
Williams JGK, Kubelik AR, Livak KJ, Rafalski JA, Tingey SV. Polimorfisme DNA yang diperkuat
oleh primer sembarang berguna sebagai penanda genetik.Asam Nuklir Res18: 6531, 1990.
Wilson ML, Davis TE, Mirrett S, Reynolds J, Fuller D, Allen SD, Flint KK, Koontz F, Reller L B.
Perbandingan terkontrol media jamur bervolume darah tinggi BACTEC, botol kultur darah
aerobik BACTEC Plus 26, dan sistem kultur darah Isolator 10 mililiter untuk mendeteksi
fungimia dan bakteremia.J Clin Mikrobiol31: 865–871, 1993.
Zhao J, Kong F, Li R, Wang X, Wan Z, Wang, D. Identifikasi Aspergillus fumigatusdan spesies
terkait dengan PCR bersarang yang menargetkan wilayah pengatur jarak transkripsi internal
DNA ribosom.J Clin Mikrobiol39: 2261–2266 , 2001.
Zimmerman RL, Montone KT, Fogt F, Norris AH. Identifikasi ultra cepat sertifikasi
dariAspergillusspesies dalam spesimen sitologi paru dengan hibridisasi in situ.Int J Molec
Med5: 427–429, 2000.