6573-Article Text-14502-2-10-20190404
6573-Article Text-14502-2-10-20190404
Hal 24-32
Ferns (Pteridohyte) of University of Riau Forest, Riau Province and their DNA band pattern based on the
M13 DNA marker
Jurusan Biologi Fakultas Matematika dan Ilmu Pengetahuan Alam Universitas Riau
Kampus Bina Widya Jl. Pekanbaru Bangkinang KM 12.5, Panam, Pekanbaru, Riau. 28295.
Email : nery.sofiyanti@lecturer.unri.ac.id
Abstract. University of Riau Forest, Riau Province is one of distribution area of ferns (Pteridophytes). This study
aimed to identify fern species at University of Riau Forest and examined the DNA band pattern based on M13 DNA
marker. Samples were collected from the field using exploration method and were then identified. DNA isolation was
carried out using DNAeasy Plant Mini Kit (Qiagen), and amplified based on PCR method using DreamTaq Green
PCR Master Mix (2X) (Thermo Scientific) with M13 DNA Marker. The inventorisation result showed a total of
26 fern species belong to 8 families were identified in this study. The electrophoresis result of PCR product gave the
variaous DNA band pattern ranged from 200 to 2000 bp. DNA band pattern using M13 primer can be used to support
the taxonomical data of fern taxa.
Abstrak. Kawasan hutan di Universitas Riau, Provinsi Riau merupakan salah satu daerah distribusi tumbuhan paku
(Pteridofita). Kajian ini bertujuan mengidentifikasi jenis-jenis tumbuhan paku di Hutan Universitas Riau dan
mengetahui pola pita DNA menggunakan penanda DNA universal M13. Sampel dikoleksi dari lapangan
menggunakan metode eksplorasi dan kemudian diidentifikasi. Isolasi DNA menggunakan DNeasy Plant Mini Kit
(Qiagen), dan diamplifikasi berdasarkan metode PCR menggunakan DreamTaq Green PCR Master Mix (2X)
(Thermo Scientific) denganpenanda DNA M13 (GAGGGTGGCGGTTCT),. Hasil inventarisasi menunjukan 26 jenis
paku dari 8 famili telah diidentifikasi pada kajian ini. Hasilelektroforesis PCR menunjukanbahwa pola pita DNA yang
dihasilkan bervariasi dengan ukuran berkisar antara 200 bp sampai 2000 bp. Pola pita DNA menggunakan penanda
universal M13 dapat dijadikan data pendukung dalam taksonomi tumbuhan paku.
24
Sofiyanti dan Isda Jenis – jenis tumbuhan paku (Pteridofita) dari Hutan Universitas Riau, Provinsi Riaudan
Pola Pita DNA berdasarkan Penanda DNA M13Primer
25
Biospecies Vol. 12 No. 1, Januari 2019. Hal 24-32
Jenis-jenis Aspleniaceae yang ditemukan daun tunggal yang menyerupai roset. Namun
pada penelitian ini mempunyai variasi daun daun Asplenium nidus (Gambar 1a) berukuran
yang cukup besar, yaitu daun tunggal berbentuk lebih besar dan kaku dibandingkan Asplenium
roset dan daun majemuk ganda tersebar serratum. Sedangkan pada Asplenium
sepanjang rhizom. Hal ini juga dilaporkan oleh longissimum (Gambar 1b) mempunyai rhizoma
Lin & Viane (2013). Namun semua jenis agak tegak dan berdaun majemuk ganda. Secara
Aspleniaceae mempunyai karakteristik yang morfologi, Asplenium longissimum sangat jauh
serupa pada bentuk sorus yang menyerupai garis berbeda dibandingkan Asplenium nidus dan
dan berada pada kanan kiri tulang daun atau Asplenium serratum, namun karena mempunyai
anak daun (Piggot 1998, Lin & Viane 2013; karakter sorus membentuk garis dan berada di
Sofiyanti et al. 2015) dengan indusium semu kanan kiri tulang anak daun maka digolongkan
(Lashim 2012). Bentuk rhizome dan daun pada famili yang sama. Pada Asplenium nidus
Asplenium nidus dan Asplenium serratum dan Asplenium serratum, sori berbentuk garis
mempunyai kemiripan karena sama-sama lurus yang tersusun rapat disepanjang kanan kiri
mempunyai rhizoma pendek merayap dengan tulang dauan sedangkan pada Asplenium
26
Sofiyanti dan Isda Jenis – jenis tumbuhan paku (Pteridofita) dari Hutan Universitas Riau, Provinsi Riaudan Pola
Pita DNA berdasarkan Penanda DNA M13Primer
longissimum sori berbentuk garis pendek yang
terletak pada kanan kiri tulang anak daun
Gambar 1. Contoh tumbuhan paku yang ditemukan. a-b. Aspleniaceae (a. Asplenium nidus, b.
Aspleniumserratum), c-e. Blechnaceae (c. Blechnumfinlaysonianum, d. Blechnumorientale, e.
Stenochlaenapalustris), f-i. Polypodiaceae (f. Drynariasparsisora, g. Microsorumpunctatum, h.
Phymatosorusscolopendria, i. Pyrrosialongifolia), j-l. Pteridaceae (j. Adiantum latifolium, k. Taenitis
blechnoides, i. Vittariaelongata)
27
Biospecies Vol. 12 No. 1, Januari 2019. Hal 24-32
merupakan jenis paku terestrial yang kadang demikian juga Pyrrosia longifolia dan Pyrrosia
menyerupai pohon kecil dan jarang yang pilloseloides (Gambar 1i). Selain itu Drynaria
merambat, rhizome tegak atau merambat, juga mempunyai daun steril yang tersusun rapat
bersisik dan mempunyai tipe daun dimorfik atau pada bagian bawah sehingga menyerupai
monomorfik. Selain itu daunnya merupakan sarang, dengan tepi daun berlekuk. Sedangakan
daun majemuk atau majemuk ganda danjarang anggota Pyrrosia mempunyai daun steril tunggal
yang berdaun tunggal dengan sori memanjang dan berdaging. Pada Microsorum punctatum
dikanan kiri tulang daun (Piggot 1998). Pada mempunyai daun tunggal memanjang dan
kajian ini, dijumpai 2 genera dari famili tersusun rapat pada rhizom (Gambar 1g).
Blechnaceae yaitu Blechum (3 jenis) dan Sedangkan Phymatosorus scolopendria
Stenochlaena (1 jenis).Anggota Blechnum dan merupakan jenis Polypodiaceae yang
Stenochlaena memiliki perbedaan yang cukup mempunyai polimorfisme pada karakter daun,
jelas. Ketiga jensi Blechnum yang dijumpai karena pada satu individu dapat ditemukan
(Blechnum finlaysonianum(Gambar 1c), variasi daun seperti daun tunggal, berlekuk 3,
Blechnum occidentaledan Blechunum berlekuk 5 ataupun berlekuk banyak (Gambar
orientale(Gambar 1d))mempunyai rhizome 1h).
pendek dan tegak dan habitus menyerupai pohon Perbedaan morfologi yang cukup tigggi
palem dengan daun monomorfik yang tersusun juga dijumpai pada anggota Pteridaceae. Famili
spiral membentuk roset batang dengan sori yang ini mempunyai habitat yang beragam seperti
melekat sepanjang kanan kiri tulang anak daun. terestrial, epifit, epilitik dan akuatik (Zhang et
Karakter ini juga ditemukan pada jenis al. 2013). Karakter daun juga mempunyai
Blechnum lainnya (Piggot 1998; Palacios-Rios variasi yang tinggi, yaitu daun tunggal,
& Hernandes 2001; Wang et al. 2013). majemuk maupun majemuk ganda dengan tepi
Sedangkan jenisStenoclaena yang ditemukan daun rata, berlekuk atau bergelombang (Piggot
(Stenochlaena palustris, Gambar 1e) 1998, Sofiyanti et al. 2015). Posisi dan bentuk
mempunyai rhizom menjalar dengan daun sori juga sangat beragam. Pada penelitian ini
majemuk dimorfik.Pada umumnya jenis dijumpai variasi karakter pada rhizome seperti
Stenochlaena mempunyai sori akrostikoid, yaitu pendek (Vittaria elongatadan Vittaria
sori yang berada disepanjang kanan kiri tulang ensiformis), agak tegak (Adiantum latifolium)
anak daun dan menutupi seluruh permukaan dan Taenitis blechnoides), menjalar
bawah anak daun (Sofiyanti et al. 2015). (Phroneprium mersinicarpon). Tipe daun
Anggota Polypodiaceae merupakan anggota Pteridaceae juga berbeda, yaitu tipe
dengan jumlah jenis yang tinggi (Almeida et al. daun tunggal tersusun roset pada Vittaria
2017) yan gpada umumnya epifit atau epilitik, elongata(Gambar 1l) dan Vittaria ensiformis,
dan jarang yang terestrial, dengan rhizome serta tipe dua majemuk pada Adiantum
pendek atau panjang menjalar dan diselubungi latifolium(Gambar 1j) , Phroneprium
sisik (Zhang et al. 2013), daun tunggal atau mersinicarpon dan Taenitis blechnoides
majemuk dengan tipe daun monomorfik atau (Gambar 1k).Menurut Zahang et al (2013),
dimorfik (Piggot 1998; Sofiyanti et al. 2015) walaupun jenis-jenis Pteridaceae mempunyai
serta mempunyai sori yang abaxial berbentuk variasi morfologi yang tinggi namun
membulat, oval dan kadang memanjang (Zhang dikarakteristikan dengan adanya sori yang
et al. 2013).Genera yang termasuk dalam manyatu sepanjang pertulangan daun atau pada
Polypodiaceae yang ditemukan pada penelitian tepi daun, dan kadang kadang berada pada
ini adalah Drynaria (1 jenis), Microsorum (1 lekukan pada ujung tulang daun atau tepi daun
jenis), Phymatosorus (1 jenis) dan Pyrrosia (2 dengan indusium semu.
jenis). Morfologi setiap jenis dari 4 genera Berbeda dengan anggota jenis dari famili-
tersebut sangat bervariasi. Drynaria sparsisora famili di atas, maka anggota pada famili
(Gambar 1f) mempunyai tipe daun dimorfik, Davalliaceae mempunyai karakteristik
28
Sofiyanti dan Isda Jenis – jenis tumbuhan paku (Pteridofita) dari Hutan Universitas Riau, Provinsi Riaudan Pola
Pita DNA berdasarkan Penanda DNA M13Primer
morfologi khas yang dijumpai pada setiap Penanda M13 memberikan pola pita yang
jenisnya, yaitu rhizoma panjang merambat dan bervariasi pada taksa yang dikaji, seperti yang
bersisik, daun majemuk ganda 4 dengan sori dilaporkan oleh Garcia-Lopez et al. (2015) pada
terletak pada setiap lekukan anak daun dan paku Hymenophyllaceae. M13 juga merupakan
berindusium seperti cawan (Piggot 1998). Untuk penanda universal yang dapat digunakan pada
famili Lycopodiaceae,Gleicheniaceae dan tumbuhan selain paku, manusia dan
Neprolepidaceae hanya diidentifikasi 1 jenis mikroorganisme (Abd-Elsalam et al. 2010)
saja. Namun anggota famili tersebut mempunyai karena memberikan variasi pita yang tinggi
karakter khas yang menyatukan dalam family (Ryskov et al. 1988). Jumlah pita yang
yang sama. dihasilkan oleh penanda M13 pada semua taksa
tumbuhan pada umumnya lebih tinggi
Pola pita DNA berdasarkan penanda universal dibandingkan dengan penanda DNA lain seperti
M13 RAPD (Sembiring et al. 2015) yang digunakan
Hasil amplifikasi PCR menggunakan pada Andaliman. Jumlah pita yang diperoleh
penanda universal M13 menunjukan pola pita pada penelitian jauh lebih tinggi dibandingkan
yang bervariasi pada setiap jenis yang denganpenanda ISSR yang dilaporkan pada
diteliti.Ukuran pita DNA yang diperoleh pada jenis Andaliman(Zanthoxylum acanthopodium
penelitian ini sekitar 200 – 2.000 bp. Gambar 2 DC) dengan rata-rata setiap penanda hanya 5
adalahelektroforegram PCR produk yang pita. Gambar 3 merupakan dendrogram hasil
menunjukan pola pita DNA yang diperoleh. pengelompokan menggunakan Program
Jumlah pita yang diperoleh adalah 42 pita, NTSyst.
dengan 11 pita monomorfik (26.19%) dan 31
pita polimorfik (73.81%). Pada umumnya,
Gambar 2. Elektrforegram produk PCR tumbuhan paku berdasarkan penanda universal M13
Dendrogram hasil pengelompokan pada yang ditemukan pada penelitian ini. Sebanyak 4
gambar 3 menunjukan bahwa semua jenis paku pita DNA yang ditemukan pada semua jenis
yang diteliti mengelompok pada koefisian paku leptosporangiate tidak di temukan pada
kemiripan 0.81. Dendrogram terbagi menjadi 2 jenis ini, sehingga Lycopodiella cernua ini
kelompok, yaitu Kelompok I (1 jenis) dan memisah dari paku lain dan membentuk cabang
kelompok II (24 jenis). Kelompok I hanya terdiri tersendiri. Hal ini mendukung pengelompokan
dari jenis Lycopodiella cernua. Paku ini secara morfologi, yang memisahkan paku
merupakan satu satunya paku Eusporangiate berdaun mikrofil dan berstrobilus (paku yang
29
Biospecies Vol. 12 No. 1, Januari 2019. Hal 24-32
tergolong dalam Eusporangiate) dengan paku Phlegmariurus, Lycopodiastrusm, dan
berdaun megafil dan bersori (Boonkerd et al. Lycopodium, tergolong dalam famili
2014). Genus Lycopodiella, bersama Huperzia, Lypodiaceae (Zhang &Iwatsuki. 2013).
Gambar 3. Dendrogram tumbuhan paku berdasarkan profil pola pita DNA menggunakan penanda universal
M13.
Kelompok II terdiri dari semua jenis paku Namun secara umum, dendrogram
Eusporangiate yang berdaun megafil dan berdasarkan pola pita DNA menggunakan
sporangia mengelompok membentuk sori, yaitu Penanda M13 menunjukan bahwa jenis-jenis
sebanyak 24 jenis. Kelompok II mengelompok yang berada genus yang sama membentuk
pada koefisien 0.868 dan terbagi menjadi 2 sub kelompok yang sama. Oleh karena itu, penanda
kelompok yaitu IIA (3 jenis) dan IIB M13 ini dapat digunakan untuk mendukung
(21).Anggota sub kelompok IIA adalah semua klasifikasi jenis-jenis yang dikaji.
jenis Blechnum (Blechnum finlaysonianum, B.
occidentale dan B. orientale) yang tergolong UCAPAN TERIMA KASIH
dalam family Blechnaceae. Anggota famili ini Penulis mengucapkan terima kasih kepada
yang tidak membentuk kelompok yang sama KEMNRISTEK DIKTI atas hibah Penelitian
adalah Stenochlaena palustris.Demikian juga Berbasis Kompetensi (HIKOM).
untuk jenis Asplenium longissimumjuga
memisah dari Asplenium nidus dan Asplenium DAFTAR PUSTAKA
serratum, karena ada pita DNA yang berbeda Abd-Elsalam K, Almohimeed I, Moslem MA. &
dari kedua jenis tersebut. Bahkali AH. 2010. M13-microsatellite
PCR and rDNA sequence markers for
30
Sofiyanti dan Isda Jenis – jenis tumbuhan paku (Pteridofita) dari Hutan Universitas Riau, Provinsi Riaudan Pola
Pita DNA berdasarkan Penanda DNA M13Primer
identification of Trichoderma Palacios-Rios M & Hernández V. 2001.
(Hypocreaceae) species in Saudi Arabian Blechnaceae. Flora Del Bajío Y De
soil. Genet. Mol. Res. 9 (4): 2016-2024. Regiones Adyacentes Fascículo 95: 1 – 13.
Almeida T, Alexandre S, Jean-Yves D& Sabine Piggott AG. 1998. Fern of Malaysia in Color.
H.2017. Adetogramma (Polypodiaceae), a Tropical Press Sdn.Bhd., Malaysia.
new monotypic fern genus segregated Pryer KM, Schuetrpelz E, Wolf PG, Schneider
from Polypodium. PhytoKey 78: 109-131. H, Smith AR& Cranfill R. 2004. Phylogeny
Andrew M.2008. A taxonomic revision of the And Evolution Of Ferns (Monilophytes)
eusporangiate fern family Marattiaceae, With A Focus On The Early
with description of a new genus Ptisana. Leptosporangiate Divergences 1 American
Taxon. 57. 737-755. Journal Of Botany 91(10): 1582-1598.
Boonkerd T, Parinyanoot K & Rossarin P. 2014. Ryskov AP, Jincharadze AG, Prosnyak MI,
Taxonomic revision of the Lycopodiaceae Ivanov PL & Limborska SA. 1988. Ml3
in Thailand. The 6th Asian Fern phage DNA as a universal marker for
Symposium. DNA fingerprinting of animals, plants and
microorganisms Federation of European
García-López DM, Schuler SB, López-Flores Biochemical Societies 233(2): 388-392.
I, Nieto-Lugilde M., Terrón-Camero L,
Aguilera IM & Suárez-Santiago FN. 2015. Sembiring IMS, Putri LAP & Setiado H. 2015.
Development of polymorphic Aplikasi Penand lima Primer RAPD untuk
microsatellite markers for the Killarney Analsis Keragaman Genetik Andaliman
Fern (Vandenboschia speciosa, (Zanthoxylum acanthopodium DC)
Hymenophyllaceae). Applications in Plant Suamtera Utara. Jurnal Agrokoteknologi
Sciences 3(11): 1-3 4(1): 1748 – 1755.
Lashin GMA. 2012. Palynological Studies of Sofiyanti N, Iriani D, Roza AA. 2015a.
Some Species of Aspleniaceae- Morfologi tumbuhan Paku di Taman
Pteridophyta American Journal of Plant Hutan Raya Sultan Syarif Hasyim, Riau.
Sciences 3: 397-402. Unri Press, Pekanbaru.
http://dx.doi.org/10.4236/ajps.2012.33048
Sofiyanti N, Iriani D, Fitmawati, Roza AA.
2015b. Stenochlaena riauensis
Lin YX & Viane R.2013. Aspleniaceae. Pp. (Blechnaceae), A new fern species from
267–316 in Z. Y. Wu, P. H. Raven & D. Y. Riau, Indonesia. Bangladesh Journal of
Hong, eds., Flora of China, Vol. 2–3 Plant Taxonomy 22(2): 137-14. DOI
(Pteridophytes). Beijing: Science Press; St. http://dx.doi.org/10.3329/bjpt.v22i2.2607
Louis: Missouri Botanical Garden Press. 5.
Meyer W. & Mitchell TG. 1995. Polymerase Sofiyanti N, Iriani D, Fitmawati, and Marpaung,
chain reaction fingerprinting in fungi using A.A. 2017a. A Note on the Fern
single primers specific to minisatellites (Pteridophyte) Diversity from Riau.
and simple repetitive DNA sequences: Applied Science and Technology 1(1): 478
strain variation in Cryptococcus – 481.
neoformans. Electrophoresis.16(9):1648-
56. Sofiyanti N, Iriani D, Fitmawati, Marpaung AA.
2017b. Karakteritik dan Metode
31
Biospecies Vol. 12 No. 1, Januari 2019. Hal 24-32
Pembuatan Preparat Spora Pteridoflora. Haufler C, Kato M&Smith AR.2013.
UNRI Press, Pekanbaru. Polypodiaceae. Pp. 758–850 in Z. Y. Wu,
P. H. Raven & D. Y. Hong, eds., Flora of
Sofiyanti N, Iriani D, Fitmawati.2017c. Analisis China, Vol. 2–3 (Pteridophytes). Beijing:
Potensi Tumbuhan Paku di daerah gambut Science Press; St. Louis: Missouri
di Riau sebagai agen terapeutik. Laporan Botanical Garden Press.
PTUPT (tidak dipublikasikan).
32