Translate - The Genetic Basis of Disease Jackson, 2018

Machine Translated by Google
Esai Biokimia (2018) 62 643–723 https://doi.org/

10.1042/EBC20170053
Mengulas artikel
Dasar genetik penyakit

Maria Jackson1,*, Leah Marks1,*, Gerhard HW May1,* dan Joanna B. Wilson2,* 1Sekolah Kedokteran, Kedokteran Gigi
dan Keperawatan, Fakultas Kedokteran, Kedokteran Hewan dan Ilmu Hayati, Universitas Glasgow, Glasgow G12 8QQ, Inggris; 2Sekolah Ilmu Hayati, Sekolah Tinggi
Kedokteran, Kedokteran Hewan dan Ilmu Hayati, Universitas Glasgow, Glasgow G12 8QQ, Inggris
Korespondensi: Gerhard HW May (gerhard.may@glasgow.ac.uk)
Genetika memainkan peran, pada tingkat yang lebih besar atau lebih kecil, dalam semua penyakit. Variasi
dalam DNA kita dan perbedaan dalam cara DNA tersebut berfungsi (secara terpisah atau dalam
kombinasi), serta lingkungan (yang mencakup gaya hidup), berkontribusi terhadap proses penyakit.
Tinjauan ini mengeksplorasi dasar genetik penyakit manusia, termasuk kelainan gen tunggal,
ketidakseimbangan kromosom, epigenetika, kanker, dan kelainan kompleks, serta mempertimbangkan
bagaimana pemahaman dan kemajuan teknologi kita dapat diterapkan untuk penyediaan diagnosis,
penatalaksanaan, dan terapi yang tepat untuk penyakit manusia. pasien.
Pendahuluan Ketika
kebanyakan orang mempertimbangkan dasar genetik suatu penyakit, mereka mungkin berpikir tentang kelainan gen
tunggal yang langka, seperti cystic fibrosis (CF), fenilketonuria atau hemofilia, atau mungkin bahkan kanker dengan
komponen yang jelas diwariskan (misalnya, penyakit bawaan). kecenderungan terkena kanker payudara). Namun,
meskipun kelainan genetik jarang terjadi, kelainan ini menyumbang sekitar 80% dari kelainan langka, yang jumlahnya
mencapai beberapa ribu. Banyaknya kelainan langka berarti bahwa, secara kolektif, sekitar 1 dari 17 orang terkena
penyakit tersebut. Terlebih lagi, konstitusi genetik kita berperan, pada tingkat yang lebih besar atau lebih kecil, dalam
semua proses penyakit, termasuk kelainan umum, sebagai konsekuensi dari banyaknya perbedaan dalam DNA kita.
Beberapa dari perbedaan-perbedaan ini, baik secara terpisah maupun bersama-sama, mungkin membuat seseorang
lebih rentan terhadap suatu kelainan (misalnya, suatu jenis kanker), namun dapat membuat individu yang sama menjadi
lebih kecil kemungkinannya untuk mengembangkan kelainan yang tidak berkaitan (misalnya, diabetes). Lingkungan
(termasuk gaya hidup) memainkan peran penting dalam banyak kondisi (misalnya, pola makan dan olahraga
sehubungan dengan diabetes), namun respons seluler dan tubuh kita terhadap lingkungan mungkin berbeda-beda
menurut DNA kita. Genetika sistem kekebalan tubuh, dengan variasi yang sangat besar di seluruh populasi, menentukan respon
Selain itu, sebagian besar kanker disebabkan oleh akumulasi perubahan genetik yang terjadi sepanjang hidup
Artikel ini adalah versi yang
telah ditinjau, direvisi dan diperbarui
seseorang, yang mungkin dipengaruhi oleh faktor lingkungan. Jelasnya, memahami genetika dan genom
dari buklet Biokimia Across the secara keseluruhan serta variasinya dalam populasi manusia, merupakan bagian integral dalam memahami
School Curriculum (BASC) 1999 proses penyakit dan pemahaman ini memberikan landasan bagi terapi kuratif, pengobatan yang bermanfaat,
The Genetic Basis of Human
dan tindakan pencegahan.
Disease oleh G. Wallis.
Dengan banyaknya kelainan genetik, mustahil untuk memasukkan lebih dari beberapa contoh dalam
Untuk informasi lebih lanjut atau untuk
memberikan umpan balik mengenai

tinjauan ini, untuk menggambarkan prinsip-prinsipnya. Untuk informasi lebih lanjut mengenai kondisi tertentu,
sumber daya ini atau sumber daya terdapat sejumlah sumber daya internet yang dapat dicari dan memberikan banyak detail yang dapat
pendidikan Masyarakat Biokimia diandalkan. Ini termasuk Referensi Rumah Genetika (https://ghr.nlm.nih.gov/), Ulasan Gen (https://
lainnya, hubungi education@biochemistry.org.
*
www.ncbi.nlm.nih.gov/books/NBK1116/), bagian 'Pendidikan' dari Institut Penelitian Genom Manusia Nasional
Penulis dalam urutan abjad.
(https://www.genome.gov/education/) dan Warisan Mendelian Online pada Manusia (https://www.omim.org/).
Diterima: 28 Juni 2018 Dalam ulasan ini akan diasumsikan pemahaman dan pengetahuan tentang prinsip dan teknik dasar dalam
Revisi: 02 Oktober 2018 biologi molekuler, seperti struktur DNA dan PCR, namun penjelasan dan animasi PCR (dan beberapa proses
Diterima: 05 Oktober 2018 lainnya) tersedia di DNA Learning Center ( https://www.dnalc.org/resources/). Fokusnya di sini adalah pada
Versi Rekaman yang diterbitkan:
penyakit manusia, meskipun sebagian besar penelitian yang mendefinisikan pemahaman kita berasal dari
03 Desember 2018 studi model hewan yang memiliki gen serupa atau berkerabat.
c 2018 Penulis. Ini adalah artikel akses terbuka yang diterbitkan oleh Portland Press Limited atas nama Biochemical Society dan didistribusikan di bawah Creative Commons Attribution 643
License 4.0 (CC BY-NC-ND).
10.1042/EBC20170053
Gambar 1. Beberapa jenis varian yang ditemukan pada

genom manusia Variasi yang melibatkan satu atau beberapa nukleotida ditunjukkan di atas ikon kromosom, dan varian struktural di
bawah; dalam setiap kasus varian digambarkan dalam kaitannya dengan urutan referensi. Untuk penggambaran varian struktural A, B,
C dan D mewakili segmen DNA yang besar; Y dan Z mewakili segmen DNA dari kromosom yang berbeda. Perhatikan bahwa diferensiasi
antara CNV dan penghapusan/penyisipan bergantung pada ukuran segmen DNA yang relevan (lihat teks untuk rincian lebih lanjut).
Singkatan: CNV, varian nomor salinan. Ideogram kromosom dari Halaman Dekorasi Genom NCBI.
Genom dan variasi manusia Genom manusia dan urutan

referensi genom manusia Instruksi lengkap untuk menghasilkan manusia dikodekan dalam DNA yang
ada di sel kita: genom manusia, yang terdiri dari sekitar 3 miliar bp DNA. Para ilmuwan dari seluruh dunia berkolaborasi
dalam 'Proyek Genom Manusia' untuk menghasilkan rangkaian DNA pertama dari seluruh genom manusia (diterbitkan
pada tahun 2001), dengan banyak penambahan dan koreksi yang dilakukan pada tahun-tahun berikutnya. Informasi
urutan genom untuk manusia dan banyak spesies lainnya dapat diakses secara bebas melalui sejumlah portal, termasuk
Pusat Informasi Bioteknologi Nasional (NCBI; https://www.ncbi.nlm.nih.gov/) dan Ensembl (http://www.ensembl.org/),
yang juga memberikan banyak informasi terkait.
Mayoritas DNA kita ada di dalam nukleus sebagai kromosom (DNA inti atau genom inti), namun ada juga sejumlah
kecil DNA di mitokondria (mtDNA atau genom mitokondria). Kebanyakan individu memiliki 23 pasang kromosom
(Gambar 2), oleh karena itu sebagian besar kandungan DNA terdapat dalam dua salinan, satu dari ibu dan satu dari
ayah kita.
Genom inti manusia mengkodekan sekitar 20.000 gen pengkode protein, yang biasanya terdiri dari rangkaian
pengkode protein (ekson) dan non-pengkode (intron). Genom kita juga mengandung sekitar 22.000 gen yang hanya
mengkode molekul RNA; beberapa dari RNA ini membentuk komponen mesin translasi (rRNA, tRNA) tetapi masih
banyak lagi yang menjalankan berbagai peran di dalam sel, termasuk pengaturan ekspresi gen lain. Faktanya, saat ini
diyakini bahwa sebanyak 80% genom kita memiliki aktivitas biologis yang dapat mempengaruhi struktur dan fungsi.
Genom manusia juga mengandung lebih dari 14.000 'pseudogen'; ini adalah salinan gen penyandi protein yang tidak
sempurna dan telah kehilangan kemampuan untuk mengkode protein. Meskipun awalnya dianggap sebagai peninggalan
evolusi, kini terdapat bukti bahwa beberapa mungkin terlibat dalam pengaturan kerabat pengkode protein mereka, dan
faktanya disregulasi transkrip yang dikodekan pseudogen telah dilaporkan pada penyakit kanker. Selain itu, kesamaan
urutan antara gen semu dan gen normalnya dapat mendorong peristiwa rekombinasi yang menonaktifkan salinan
normal, seperti yang terlihat pada beberapa kasus penyakit Gaucher mematikan perinatal. Selain itu, beberapa
pseudogen mempunyai potensi untuk dimanfaatkan dalam terapi gen untuk menghasilkan gen fungsional melalui
pendekatan penyuntingan gen. Distribusi gen antar kromosom tidak sama: kromosom 19 sangat padat gen, sedangkan
autosom yang memungkinkan terjadinya trisomi (13, 18, 21) relatif miskin gen (Tabel 1).
644 c 2018 Penulis. Ini adalah artikel akses terbuka yang diterbitkan oleh Portland Press Limited atas nama Biochemical Society dan didistribusikan di bawah Creative Commons
Attribution License 4.0 (CC BY-NC-ND).
10.1042/EBC20170053
Gambar 2. Pita Giemsa (G-banding) membentuk kariogram (A)

Penyebaran metafase seperti ini diperoleh dari sel kultur yang ditangkap dalam metafase menggunakan colcemid, dilanjutkan den gan
pewarnaan Giemsa untuk menghasilkan karakteristik pita terang dan gelap. Umumnya pita gelap mewakili wilayah yang kaya akan AT dan
miskin gen. (B) Kromosom dari penyebaran disusun berpasangan untuk melihat kariotipe, seringkali menggunakan perangkat lunak khusus seperti Cytovision. (C)
Representasi diagram pola G-banding, yang disebut ideogram, digunakan sebagai referensi. Ideogram telah disejajarkan pada sentromer (garis
putus-putus); daerah yang diarsir biru sangat bervariasi – perhatikan misalnya variasi antara lengan p pada kromosom 13, 14, dan 15 inci (B).
Faktanya, lengan p pada kromosom akrosentrik (13, 14, 15, 21, 22) semuanya memiliki kandungan yang sangat mirip, termasuk dae rah
pengatur nukleolar atau NOR. Setiap NOR berisi pengulangan tandem DNA ribosom (rDNA) yang mengkode rRNA. Di antara kelima akrosentrik
terdapat sekitar 300–400 pengulangan rDNA, meskipun jumlah sebenarnya bervariasi antar individu. Ideogram kromosom dari Halaman
Dekorasi Genom NCBI.
Sejak awal Proyek Genom Manusia, diketahui bahwa terdapat variasi urutan DNA yang sangat besar di antara individu yang
sehat, dan oleh karena itu tidak ada urutan DNA manusia yang 'normal'. Namun, jika kita ingin mendeskripsikan perubahan
pada rangkaian DNA, kita perlu mendeskripsikan perubahan tersebut berdasarkan beberapa garis dasar; garis dasar ini adalah
urutan genom referensi manusia.
Variasi versus mutasi Definisi mutasi

menurut ahli genetika adalah 'setiap perubahan yang dapat diwariskan pada rangkaian DNA', yang mana yang dapat
diwariskan mengacu pada pembelahan sel somatik (perkembangbiakan sel dalam jaringan) dan pewarisan germline (dari orang
tua ke anak). Perubahan pada DNA tersebut mungkin tidak menimbulkan konsekuensi apa pun, namun terkadang
menyebabkan perbedaan yang dapat diamati pada individu ('tipe feno'). Oleh karena itu, di masa lalu, perubahan-perubahan
yang terjadi pada populasi manusia, khususnya jika dikaitkan dengan suatu keadaan penyakit, disebut sebagai 'mutasi'.
Namun, bagi banyak orang, terminologi ini memiliki konotasi negatif, dan mengingatkan kita pada 'mutan' yang terlihat dalam
film fiksi ilmiah dan zombie! Oleh karena itu, praktik modern, khususnya genetika medis dalam konteks layanan kesehatan,
merujuk pada perbedaan dari urutan referensi sebagai 'varian'. Varian selanjutnya dapat diklasifikasikan menjadi jinak (tidak
berhubungan dengan penyakit) atau patogen (berhubungan dengan penyakit), meskipun semakin banyak varian DNA manusia
yang teridentifikasi dan kita masih belum yakin akan dampaknya; hal ini disebut 'varian yang signifikansinya tidak pasti' atau VUS (Tabel 2).
Jika terdapat dua (atau lebih) versi berbeda dari rangkaian DNA dalam suatu populasi, maka hal ini disebut sebagai 'alel':
setiap alel mewakili satu versi (atau varian) tertentu dari rangkaian tersebut. Dengan menganalisis banyak genom manusia,
kita dapat menghitung frekuensi munculnya varian tertentu dalam suatu populasi, yang sering kali dinyatakan sebagai 'frekuensi
alel minor' atau MAF. Jika MAF paling sedikit 1%, suatu varian dapat disebut 'polimorfisme', meskipun batas ini cukup sewenang-
wenang.
Esai dalam Biokimia (2018) 62 643–723
https://doi.org/10.1042/EBC20170053
Tabel 1 Kandungan DNA dan gen kromosom manusia
Kromosom Perkiraan panjang (bp) Gen pengkode protein Gen pengkode non-protein Pseudogenes
1 248956422 2047 1964 1233

2 242193529 1303 1605 1033
3 198295559 1075 1160 68
4 190214555 753 984 732
5 181538259 881 1200 710
6 170805979 1041 989 803
7 159345973 989 977 893
8 145138636 670 1041 629
9 138394717 778 786 678
10 133797422 728 880 568
11 135086622 1312 1053 815
12 133275309 1036 1197 627
13 114364328 321 586 378
14 107043718 820 857 519
15 101991189 613 986 513
16 90338345 867 1033 467
17 83257441 1185 1198 531
18 80373285 269 608 246
19 58617616 1474 895 514
20 64444167 543 594 250
21 46709983 231 403 183
22 50818468 492 513 332
X 156040895 843 640 872
Y 57227415 63 108 392
Mitokondria 16569 13 24
Perhatikan bahwa meskipun angka-angka ini tampak sangat tepat, angka-angka ini harus dianggap sebagai indikasi saja, karena (i) kromosom setiap individu akan bervariasi dari satu ke yang lain.
urutan referensi, dan (ii) urutan genom referensi manusia terus diperbarui dengan koreksi (data di sini berasal dari GRCh38.p12,
yang mewakili 'bangunan' tertentu dari genom manusia). Perhatikan bahwa data untuk kromosom akrosentrik 13, 14, 15, 21, 22 tidak termasuk
pengulangan susunan DNA ribosom bersama terdapat pada lengan p (lihat Gambar 2). Data dari Ensembl, Juni 2018.
Tabel 2 Badan Internasional untuk Penelitian Klasifikasi Varian Kanker
Varian
kelas Keterangan Rekomendasi pengawasan Pengujian prediktif
5 Pastinya bersifat patogen Pengawasan risiko tinggi penuh sesuai dengan arus Tes genetik ditawarkan kepada anggota keluarga yang berisiko
pedoman
4 Kemungkinan bersifat patogen Pengawasan risiko tinggi penuh sesuai dengan arus Tes genetik ditawarkan kepada anggota keluarga yang berisiko
pedoman
3 Tidak pasti Surveilans berdasarkan riwayat keluarga dan hal lain yang diketahui Tidak ada pengujian genetik yang ditawarkan
faktor risiko
2 Kemungkinan besar tidak bersif at patogen Perlakukan seolah-olah 'tidak ada mutasi' yang terdeteksi Tidak ada pengujian genetik yang ditawarkan
1 Tidak patogen Perlakukan seolah-olah 'tidak ada mutasi' yang terdeteksi Tidak ada pengujian genetik yang ditawarkan
Meskipun sistem ini dirancang untuk klasifikasi varian sehubungan dengan peran potensial dalam predisposisi kanker, sistem ini juga dapat digunakan
untuk mengklasifikasikan varian dalam situasi lain.
Varian nukleotida tunggal: Varian paling umum dalam genom kita adalah substitusi yang hanya memengaruhi satu basa
pasangan (bp), disebut sebagai varian nukleotida tunggal (SNV) atau sebagai polimorfisme nukleotida tunggal (SNP) (Gambar 1)
tergantung pada MAF. Diperkirakan setidaknya terdapat 11 juta SNP dalam genom manusia (rata-rata menua sekitar 1 per 300 bp). Tampaknya
juga mungkin jika kita mengurutkan genom semua orang di planet ini,
untuk sebagian besar posisi dalam genom kita, kita akan menemukan setidaknya satu individu dengan SNV, di mana pun variasi tersebut berada
kompatibel dengan kehidupan.
Penyisipan dan penghapusan (indels): Penyisipan atau penghapusan kurang dari 1000 bp juga relatif umum di
genom manusia, dengan indel terkecil menjadi yang paling banyak.
Lisensi Atribusi 4.0 (CC BY-NC-ND).
Tabel 3 Perbandingan minisatelit dan mikrosatelit

Satelit mini Mikrosatelit
Nomor dalam genom manusia Sekitar 1500 Sekitar 500.000
Lokasi dalam genom kita Sebagian besar di dekat ujung kromosom (telomer) Tersebar di sepanjang semua kromosom
Panjang pengulangan satuan1 Sekitar 10 hingga >100 bp (12) 2 hingga sekitar 6 bp
Jumlah unit berulang dalam array Biasanya dari sekitar 60 hingga >1000 Biasanya ÿ6 hingga ÿ14
Digunakan dalam Sidik jari DNA pembuatan profil DNA; studi keterkaitan genetik
Juga dikenal sebagai Pengulangan tandem nomor variabel (VNTR) VNTR, pengulangan tandem pendek (STR), urutan sederhana
berulang (SSR)
1Perhatikan bahwa pengulangan dengan satuan panjang 7–9 bp dapat diklasifikasikan sebagai satelit mikro atau mini tergantung pada perilaku biologisnya.
2Banyak (tetapi tidak semua) penulis memasukkan pengulangan mononukleotida ke dalam kategori mikrosatelit.
Varian struktural: Varian struktural didefinisikan sebagai varian yang memengaruhi segmen DNA yang lebih besar dari 1000 bp (1
kb). Ini termasuk translokasi, inversi, penghapusan besar, dan varian nomor salinan (CNV). CNV adalah segmen
genom kita yang ukurannya berkisar antara 1000 hingga jutaan bp, dan yang, pada individu sehat, salinannya mungkin berbeda-beda.
nomor dari nol hingga beberapa salinan (Gambar 1). Dengan analisis genom manusia banyak jelas bahwa CNV ada untuk
sekitar 12% dari urutan genom manusia. CNV terbesar mungkin berisi beberapa gen utuh. Dimana
frekuensi populasi CNV mencapai 1% atau lebih, ini dapat disebut sebagai polimorfisme nomor salinan (CNP).
Variasi berulang: Genom manusia mengandung sejumlah besar rangkaian berulang. Ini termasuk 'diselingi
pengulangan' yang merupakan sekitar 45% genom kita, dan mewakili sisa-sisa elemen DNA bergerak (trans-poson). Ada juga beberapa kelas
'pengulangan tandem', di mana unit-unit yang diulang dilakukan berdampingan secara head-to-tail.
membentuk susunan pengulangan dari urutan yang sama (atau sangat mirip). Jumlah pengulangan di setiap larik bisa
bervariasi, menghasilkan banyak alel, sehingga lokus tersebut memiliki variabilitas yang tinggi dalam populasi, dan dapat digunakan
mengidentifikasi individu (lihat di bawah). Pengulangan tandem mencakup minisatelit dan mikrosatelit (Gambar 1/Tabel 3). Meskipun umumnya
diwariskan secara stabil (yaitu dengan jumlah pengulangan yang sama) dari orang tua ke anak, terjadi perluasan pada beberapa orang
mikrosatelit berhubungan dengan penyakit.
Variasi antara individu yang sehat

Mengingat tidak ada dua individu yang terlihat persis sama (selain kembar identik), maka tidak mengherankan jika hal ini terjadi
tercermin dalam DNA kita. Yang mengejutkan adalah banyaknya variasi di antara kami. Melihat genom manusia mana pun,
dibandingkan dengan urutan referensi, kita akan menemukan sekitar 3 juta SNP, dan sekitar 2000 varian struktural. Genom dari dua individu yang
tidak berkerabat akan berbeda pada sekitar 0,5% DNA mereka (kira-kira 15 juta bp), dan sebagian besar variasi ini dapat dikaitkan dengan CNV
dan penghapusan yang besar. Meskipun sebagian besar
Variasi genom kita terletak pada DNA yang tidak mengkode, sekarang kita tahu bahwa, rata-rata, setiap individu mempunyai beberapa
ratusan varian yang diketahui, atau diperkirakan, merusak fungsi gen, termasuk sekitar 85 varian
yang menyebabkan produk protein terpotong (tidak lengkap). Selanjutnya, jumlah total gen fungsional per manusia
genom dapat bervariasi hingga 10% antar individu sebagai konsekuensi dari CNV, penghapusan besar-besaran, dan hilangnya fungsi
varian. Menghadapi variasi yang sangat besar ini, Anda mungkin bertanya-tanya, bukan mengapa beberapa orang terpengaruh olehnya
penyakit karena 'mutasi' yang diwariskan, tapi bagaimana kita bisa tetap sehat! Jelas ada
tidak ada persyaratan agar semua gen kita berfungsi: untuk banyak gen, hanya diperlukan satu salinan kerja, dan di salinan lain
Dalam beberapa kasus, tampaknya ada tingkat redundansi atau plastisitas yang tertanam dalam sistem. Namun hal ini menjadi semakin meningkat
Jelas terlihat bahwa beberapa variasi dalam genom kita dapat menyebabkan kerentanan yang lebih tinggi terhadap penyakit umum.
Variasi antar populasi

Jumlah variasi terbesar ditemukan pada populasi keturunan Afrika, yang konsisten dengan data awal
migrasi keluar Afrika, dengan setiap kelompok migran membawa serta sejumlah varian. Varian umum cenderung demikian
dimiliki oleh semua populasi, sedangkan varian yang jarang lebih cenderung spesifik pada populasi tertentu atau yang terkait
populasi. Beberapa perbedaannya akan berkaitan dengan adaptasi lingkungan, misalnya pigmentasi kulit
atau enzim untuk mendetoksifikasi racun tanaman makanan. Enzim yang sama ini juga bertanggung jawab atas metabolisme banyak o rang
obat-obatan farmasi (dan rekreasional); varian genetik dapat menyebabkan beberapa individu menjadi pemetabolisme yang sangat cepat
atau metabolisme yang buruk, yang dapat menyebabkan respons obat yang buruk atau efek samping yang merugikan. Misalnya, kekur angan dalam
dihydropyrimidine dehydrogenase, yang menyebabkan respons toksik terhadap pengobatan kanker 5-fluorouracil, adalah dua hingga tiga
kali lebih sering terjadi pada populasi Afrika-Amerika dibandingkan pada ras Kaukasia.
Lisensi 4.0 (CC BY-NC-ND).
10.1042/EBC20170053
Pembuatan profil
DNA Pada awal tahun 1980-an, dengan ditemukannya satelit mini, yang sangat bervariasi dalam populasi namun diwariskan
secara stabil dari orang tua ke anak, maka hal ini menjadi mungkin untuk digunakan dalam analisis forensik dan pengujian
garis ayah, untuk menghasilkan pola yang unik (mirip dengan barcode supermarket) untuk setiap individu, suatu teknik yang
disebut sebagai 'sidik jari DNA'. Teknologi ini membutuhkan sampel dalam jumlah besar (mikrogram DNA) dan cenderung
memakan waktu (1-2 minggu) selain memerlukan penggunaan label radioaktif. Menjelang akhir tahun 1980-an, mikrosatelit
pertama kali dilaporkan dan karena mikrosatelit dapat dianalisis dengan pengujian berbasis PCR yang sederhana dan cepat,
hanya memerlukan sekitar 1 nanogram sampel DNA, 'profil DNA' menggunakan mikrosatelit dengan cepat menggantikan
teknik sidik jari DNA sebelumnya. -pendekatan. Pembuatan profil DNA forensik di Inggris saat ini menganalisis 16 mikrosatelit
dari seluruh genom, bersama dengan wilayah dari gen amelogenin yang terdapat pada kromosom X dan Y dengan ukuran
berbeda 4 bp, sehingga memungkinkan identifikasi gender. Prosesnya mirip dengan QF-PCR untuk pengujian aneuploidi
prenatal, yang akan dibahas nanti. Menemukan kecocokan sempurna antara dua sampel (misalnya dari TKP dan tersangka)
sangat menunjukkan bahwa sampel tersebut berasal dari individu yang sama – kemungkinan menemukan kecocokan sempurna
antara sampel dari dua individu berbeda diperkirakan 1 dalam satu miliar – kecuali tentu saja mereka kembar identik. Sebaliknya
jika kedua sampel tidak cocok maka dapat disimpulkan bahwa sampel TKP bukan dari tersangka. Demikian pula, dalam
pengujian paternitas, pembuatan profil DNA dapat mengecualikan laki-laki sebagai ayah dari seorang anak, namun tidak dapat
membuktikan bahwa dia adalah ayah dengan kepastian mutlak. Pembuatan profil DNA juga berguna dalam membantu
mengidentifikasi sisa-sisa manusia, misalnya ketika penguraian membuat identifikasi fisik menjadi sulit. Fakta bahwa varian
tertentu (termasuk alel mikrosatelit) lebih sering ditemukan pada populasi keturunan tertentu berarti bahwa sudah ada
kemampuan untuk membuat beberapa kesimpulan tentang kemungkinan asal usul leluhur hanya berdasarkan sampel DNA
dan penelitian sedang dilakukan untuk menentukan apakah ciri-ciri tertentu (misalnya warna mata, warna rambut, dan bahkan
ciri-ciri wajah) dapat diprediksi dari DNA. Oleh karena itu, pembuatan profil DNA di masa depan dapat menghasilkan gambaran identitas ind
Mutasi de novo dan mosaikisme Sebagian besar varian

genom kita diwarisi dari salah satu orang tua kita. Namun, DNA kita terus-menerus dibombardir dengan agen perusak DNA
dan lebih jauh lagi, setiap kali DNA sel direplikasi sebelum pembelahan, ada peluang terjadinya kesalahan. Urutan genom trio
(anak ditambah kedua orang tua) telah menunjukkan bahwa rata-rata setiap individu memiliki 74 SNV de novo yang tidak
terdapat pada salah satu orang tua, selain sekitar tiga penyisipan/penghapusan de novo. Sekitar 1–2% anak-anak akan memiliki
CNV de novo yang berukuran lebih dari 100 kb.
Mikrosatelit memiliki frekuensi mutasi yang relatif tinggi, dengan perolehan atau hilangnya unit berulang yang terjadi pada s ekitar 1 per 1000 mikrosatelit
per gamet per generasi. Berbeda dengan aneuploidi, yang paling sering disebabkan oleh kesalahan meiosis selama pembentukan oo sit, mutasi baru
hampir empat kali lebih sering terjadi pada germline laki-laki dibandingkan germline perempuan, yang kemungkinan berhubungan dengan tingginya
jumlah pembelahan sel selama spermatogenesis. Untuk kedua jenis kelamin, tingkat mutasi baru meningkat seiring bertambahnya u sia, namun
peningkatan ini lebih nyata pada garis keturunan laki-laki.
Sebagian besar mutasi baru akan berdampak kecil atau tidak sama sekali terhadap kesehatan, terutama mutasi di luar rangkaian kode, namun ada
pula yang terkait dengan penyakit.
Jika mutasi baru terjadi selama embriogenesis atau perkembangan, hal ini dapat menyebabkan mosaikisme, yaitu beberapa sel dal am individu
memiliki varian baru tersebut sementara sel lainnya tidak. Mosaikisme untuk mutasi baru mungkin juga terdapat pada gonad ('mo saikisme gonad'),
sehingga varian baru dapat ditularkan kepada kurang dari 50% keturunannya, bergantung pada persentase sel gonad yang terdapat varian baru
tersebut. . Mutasi baru yang terjadi selama embriogenesis dan perkembangan juga menghasilkan beberapa perbedaan antara genom kembar ide ntik.
Sangat jarang fusi dua embrio akan menghasilkan chimera: suatu individu yang memiliki dua garis sel yang berbeda secara genet ik. Jika konstitusi
kromosom seks yang sama terdapat pada kedua garis sel, chimerisme mungkin hanya akan terungkap dengan pengamatan yang tampak jelas bahwa
tidak bersalin atau tidak memiliki ayah di antara keturunannya (di mana satu garis sel mendominasi dalam gonad dan yang lainn ya mendominasi dalam
sel darah). Penggabungan dua embrio berjenis kelamin berbeda dapat menyebabkan adanya karakteristik kedua jenis kelamin, dan chimerisme
ditemukan pada sekitar 13% kasus hermafroditisme.
Ringkasan
Banyaknya variasi antar genom manusia dapat mempersulit penentuan varian mana yang jinak dan mana yang mungkin terkait
dengan suatu penyakit. Bahkan jika terdapat varian terkait penyakit, varian tersebut akan muncul dalam konteks genomik
dengan jutaan perbedaan lain dari rangkaian 'referensi', yang beberapa di antaranya mungkin berdampak pada tingkat
keparahan penyakit tersebut pada individu. Oleh karena itu, akan menjadi semakin umum untuk menyelidiki pengaruh genom
yang lebih luas ketika mempertimbangkan kontribusi varian terhadap penyakit. Perhatikan bahwa beberapa konvensi ilmiah
digunakan ketika mengacu pada kromosom, gen, protein dan varian yang mempengaruhinya; ini memastikan
10.1042/EBC20170053
komunikasi yang jelas antara ilmuwan dan profesional kesehatan. Sistem Internasional untuk Tata Nama Sito-genetik
Manusia (ISCN) digunakan untuk menggambarkan kariotipe dan perubahan pada tingkat kromosom. Masing-masing
lokus dan gen, yang sering kali memiliki beberapa nama historis berbeda, kini telah diberi nama unik spesifik oleh
HUGO Gene Nomenclature Committee (HGCN) (https://www.genenames.org/). Varian sekuens dijelaskan menurut
pedoman Human Genome Variation Society (HGVS) (//varnomen.hgvs.org/) untuk DNA dan protein. Terakhir, karena
nama yang sama diterapkan pada gen dan protein yang dikodekannya, huruf miring digunakan untuk merujuk pada
gen, dengan font standar digunakan ketika mengacu pada protein.
Struktur kromosom dan kelainan kromosom Pendahuluan Hampir setiap sel manusia
mengandung
genom diploid lengkap, terdiri dari 2 meter DNA yang disusun menjadi 46 kromosom: 22 pasangan autosomal
homolog, dan kromosom seks terdiri dari dua kromosom X pada wanita dan satu kromosom X dan satu Y. pada pria.
Pengecualian adalah sel berinti seperti eritrosit (sel darah merah), fragmen sel (trombosit) dan sel germline haploid
(sperma dan telur) yang mengandung 23 kromosom. Meskipun mekanisme telah berevolusi yang memastikan bahwa
selama pembelahan sel, sel anak akan mewarisi genom lengkap, mekanisme tersebut terkadang membuat kesalahan.
Hal ini dapat menyebabkan sel-sel mengalami kelainan kromosom, yang dapat dikategorikan sebagai kelainan
numerik, yaitu sel anak yang dihasilkan mengandung terlalu banyak atau terlalu sedikit kromosom, atau kelainan
struktural, yang menyebabkan terjadinya penataan ulang genom yang lebih kompleks.
Komplemen kromosom normal suatu spesies (yaitu jumlah, ukuran dan bentuk kromosom) disebut kariotipe.
Menurut ISCN, kariotipe manusia 'normal' ditandai dengan 46,XX (perempuan) atau 46,XY (laki-laki). Kromosom
manusia terdiri dari DNA yang melilit inti protein histon untuk membentuk kromatin.
Seringkali, kromatin berada dalam bentuk difus di dalam inti sel, namun selama metafase siklus pembelahan sel,
kromosom memadat. Kromosom yang terkondensasi inilah yang dapat diwarnai dengan berbagai bahan kimia, dan
kemudian dapat diamati di bawah mikroskop cahaya, untuk mengungkap pola pita yang khas.
Pita tersebut mencerminkan daerah kromatin dengan karakteristik berbeda, dan oleh karena itu elemen fungsionalnya
berbeda. Representasi fotografis dari kromosom metafase seseorang, disusun berdasarkan ukurannya, dapat disebut
sebagai karyo-gram atau kariotipe (Gambar 2A,B) dan representasi grafisnya disebut ideogram (Gambar 2C). Noda
yang tersedia untuk kromosom berbeda dalam sifat kimianya dan akibatnya dalam pola pita yang dihasilkan. Noda
yang paling umum digunakan disebut Giemsa, diambil dari nama ahli kimia yang mengembangkannya pada tahun
1904; pola pita kromosom yang dihasilkan disebut sebagai pita G. Analisis mikroskopis kromosom yang diwarnai
disebut sitogenetika. Bergantung pada kualitas persiapan kromosom, ahli sitogenetika terlatih dapat mengidentifikasi
kelainan dengan resolusi sekitar 3–4 Mb (jutaan bp), namun kelainan di bawah ambang resolusi ini tidak dapat
diidentifikasi menggunakan sitogenetika konvensional dan memerlukan teknik molekuler alternatif. (lihat bagian
'Pengujian genetik di laboratorium diagnostik').
Saat melihat kromosom metafase yang terkondensasi di bawah mikroskop, beberapa fitur utama dapat diidentifikasi
(Gambar 3). Semua kromosom mamalia memiliki sentromer yang tampak seperti pinggang sempit, di sini protein
menempel untuk pemisahan kromosom selama pembelahan sel. Pada manusia, sentromer terletak di antara kedua
lengan kromosom, lengan yang lebih pendek disebut lengan 'p' (untuk 'mungil'), sedangkan lengan yang lebih panjang
disebut 'q' ('antrian'). Tergantung pada lokasi sentromer relatif terhadap kedua lengan, kromosom manusia
diklasifikasikan sebagai 'metasentrik', yaitu sentromernya kurang lebih berada di tengah-tengah kromosom,
'submetasentrik', yaitu sentromernya agak bergeser dari lengan. pusat atau 'akrosentrik', di mana sentromernya
secara signifikan diimbangi dari pusat, dengan hanya lengan p yang sangat pendek. Pada beberapa spesies seperti
tikus, sentromer terletak di salah satu ujung kromosom, disebut telosentris. Pada manusia, kromosom 1, 3, 16, 19 dan
20 bersifat metasentrik, kromosom 13, 14, 15, 21, 22 dan Y bersifat akrosentrik, sedangkan sisanya bersifat
submetasentrik. Pada eukariota, struktur di ujung setiap kromosom linier disebut telomer dan terdiri dari 300 –8000
pengulangan urutan TTAGGG, yang membentuk lingkaran di ujungnya. Salah satu fungsi telomer adalah melindungi
ujung kromosom agar tidak dikenali sebagai 'DNA rusak' dan diperbaiki secara keliru oleh mesin perbaikan DNA sel.
Mereka juga mengakomodasi hilangnya urutan selama setiap putaran replikasi, yang terjadi sebagai akibat dari apa
yang disebut 'masalah replikasi akhir'. Dalam sel tanpa enzim telomerase (yang memperluas telomer yang ada),
rangkaian pendek dari ujung 5 untai yang baru direplikasi hilang pada setiap pembelahan sel, yang pada akhirnya dapat menyebabkan penuaa
Kelainan numerik Kelainan dimana

sel mengandung lebih dari dua set lengkap genom haploid manusia (69 kromosom atau lebih) disebut poliploidi.
Triploidi (tiga set kromosom haploid) terjadi pada 1-3% kehamilan dan
10.1042/EBC20170053
Gambar 3. Struktur kromosom dan tata nama pita Ideogram

kromosom 8 lengkap ini menggambarkan struktur umum semua kromosom manusia: lengan pendek (p) dan panjang (q), disatukan pada
sentromer. Setiap kromosom memiliki pola pita G yang khas, dengan setiap pita diberi keterangan, misalnya p22 atau q23. Pada kromosom
yang kurang terkondensasi, lebih banyak pita yang terlihat sebagai entitas terpisah, sedangkan pita dapat bergabung bersama dalam
kromosom yang lebih terkondensasi (misalnya, q21.1, q21.2, dan q21.3 muncul sebagai satu pita [q21] dalam kromosom yang lebih
terkondensasi). kromosom terkondensasi 8). Cara yang disetujui untuk menyatakan lokasi q21.1 adalah q-dua-satu-koma-satu (bukan q-
dua puluh satu-koma-satu). Telomer, dengan struktur yang sama, terdapat di kedua ujung setiap kromosom. Setiap telomer terdiri dari
susunan pengulangan TTAGGG, diikuti oleh subtelomer, yang terbentuk dari rangkaian berulang yang mungkin serupa di antara beberapa
telomer. Ideogram kromosom dari Halaman Dekorasi Genom NCBI.
biasanya timbul dari pembuahan satu sel telur dengan dua sperma atau kadang-kadang dari pembuahan yang melibatkan
gamet diploid (sel telur atau sperma). Kelangsungan hidup janin triploid biasanya sangat rendah dan menyebabkan aborsi
spontan dini selama kehamilan, sementara tetraploidi (empat set kromosom haploid) bahkan lebih jarang dan tidak sesuai
dengan kehidupan. Namun, situasi di mana jumlah kromosom bukan kelipatan pasti dari jumlah kromosom haploid disebut
aneuploidi.
Aneuploidi biasanya muncul karena terbentuk gamet yang mengandung lebih banyak atau lebih sedikit kromosom
dibandingkan komplemen normal. Hal ini disebabkan oleh fenomena yang disebut non-disjungsi, dimana kromosom yang
direplikasi tidak terpisah dengan baik pada saat pembelahan sel, dan dapat terjadi selama meiosis I (non-disjungsi kromosom
berpasangan) atau meiosis II (non-disjungsi kromatid saudara) (Gambar 4). Non-disjungsi menghasilkan sel germinal yang
mengandung salinan tambahan salah satu kromosom atau kekurangan satu kromosom. Fertilisasi kemudian mengarah pada
pembentukan zigot dengan masing-masing kromosom ekstra atau kromosom yang hilang (Gambar 5). Non-disjungsi paling
sering terjadi pada meiosis II pembentukan oosit, dan dipengaruhi oleh usia ibu dan faktor lingkungan lainnya. Risiko
melahirkan janin trisomik meningkat dari 1,9% pada wanita berusia 25-29 tahun menjadi lebih dari 19% pada wanita berusia
di atas 39 tahun. Ada juga bukti bahwa kekurangan asam folat, merokok, obesitas dan paparan radiasi dosis rendah dengan
kontaminan radioaktif meningkatkan risiko non-disjungsi.
Contoh sindrom yang disebabkan oleh aneuploidi Kebanyakan aneuploidi

berakibat fatal. Namun, penyakit yang dapat bertahan hidup tercantum pada Tabel 4, bersama dengan perkiraan tingkat
kejadian dan gejala umum. Janin dengan trisomi 13 atau 18 dapat bertahan hidup hingga cukup bulan, sedangkan individu
dengan trisomi 21 dapat bertahan hidup setelah usia 40 tahun. Kehadiran autosom ekstra umumnya menyebabkan kelainan
perkembangan yang parah, dan hanya trisomi kromosom kecil yang gen-miskin (Tabel 1) tampaknya dapat ditoleransi. Monosomi autosom
10.1042/EBC20170053
Gambar 4. Prinsip meiosis dan non-disjungsi Untuk

mempermudah, hanya sepasang autosom yang baru direplikasi yang ditampilkan dalam dua warna berbeda untuk membedakan kromosom ibu
dari kromosom ayah dan persilangan tidak dipertimbangkan. Selama spermatogenesis, keempat produk meiosis dapat membentuk gamet
(sperma), sedangkan pada oogenesis, hanya satu dari empat produk yang benar-benar menjadi ovum (sel telur) karena satu sel anak membentuk
badan polar pada meiosis I (MI) dan sel lainnya terbentuk. badan polar pada meiosis II (MII). Untuk lebih jelasnya, keempat produk meiosis potensial ditampilkan.
(A) Selama meiosis normal, empat produk meiosis haploid terbentuk. (B) Jika non-disjungsi terjadi selama MI, terbentuk dua sel anak yang sama
sekali tidak memiliki kromosom tertentu (nullisomik untuk kromosom ini), sedangkan dua sel lainnya mengandung dua salinan kromosom
(disomik). (C) Jika non-disjungsi terjadi selama MII, satu sel anak nulisomik dan satu sel anak disomik terbentuk, sedangkan dua sisanya terbentuk
secara normal.
Gambar 5. Hasil pembuahan (A)

Pembuahan oosit normal dengan sel sperma normal mengarah pada pembentukan zigot diploid (2n). (B) Jika oosit nulisomik dibuahi, zigot yang
dihasilkan akan menjadi monosomik untuk satu kromosom. (C,D) Pembuahan oosit disomik menghasilkan zigot trisomik. Perhatikan bahwa pada
(C), oosit dihasilkan dari non-disjungsi pada meiosis I, dan zigot yang dihasilkan mengandung satu kromosom (mengabaikan persilangan) dari
masing-masing kakek nenek dari pihak ibu serta kontribusi dari pihak ayah. Pada (D), oosit dihasilkan dari non-disjungsi pada meiosis II, dan zigot
yang dihasilkan mengandung dua kromosom (selain daerah persilangan) dari satu kakek-nenek.
10.1042/EBC20170053
Tabel 4 Aneuploidi yang layak

Perkiraan
kejadian
di antara
Aneuploidi Nama umum kelahiran hidup Gejalanya bisa meliputi
Trisomi 13 Sindrom Patau Sekitar 1:16000 Cacat intelektual yang parah, cacat jantung, kelainan otak atau sumsum tulang belakang, mata kecil atau kurang
berkembang, jari tangan atau kaki ekstra, bibir sumbing dan langit-langit mulut, tonus otot lemah
Trisomi 18 Sindrom Edwards Sekitar 1:5000 Keterbelakangan pertumbuhan intrauterin, berat badan lahir rendah, kelainan jantung dan kelainan
organ lain, kepala kecil, bentuk tidak normal, rahang dan mulut kecil, tangan terkepal, cacat
intelektual berat
Trisomi 21 Sindrom Down Sekitar 1:800 Cacat intelektual ringan hingga sedang, penampilan wajah yang khas, tonus otot lemah, kelainan
jantung, kelainan pencernaan, hipotiroidisme, peningkatan risiko masalah pendengaran dan
penglihatan, leukemia, penyakit Alzheimer
Trisomi X Sindrom Triple X Sekitar 1:1000 Peningkatan tinggi badan, peningkatan risiko ketidakmampuan belajar, keterlambatan
perkembangan bicara, bahasa dan keterampilan motorik, kelemahan otot, kesulitan perilaku dan
emosional, kejang, kelainan ginjal
47,XYY Sekitar 1:1000 Peningkatan tinggi badan, peningkatan risiko ketidakmampuan belajar, keterlambatan
perkembangan bicara, bahasa, dan keterampilan motorik, lemahnya tonus otot, tangan gemetar,
kejang, asma, skoliosis, kesulitan perilaku dan emosional
47,XXY Sindrom 1:500 hingga 1:1000 Testis kecil, kadar testosteron rendah, pubertas tertunda dan tidak lengkap, pembesaran payudara,
Klinefelter berkurangnya rambut wajah dan tubuh, infertilitas, bertambahnya tinggi badan, peningkatan risiko kanker
payudara, ketidakmampuan belajar, keterlambatan perkembangan bicara dan bahasa
48,XXXY Sekitar 1:18000 Testis kecil, kadar testosteron rendah, pubertas tertunda dan tidak lengkap, pembesaran payudara,
hingga 1:40000 berkurangnya rambut wajah dan tubuh, infertilitas, peningkatan tinggi badan, tremor, masalah gigi,
penyakit pembuluh darah perifer, trombosis vena dalam, asma, diabetes tipe 2, kejang, kelainan
jantung, keterlambatan perkembangan bicara dan bahasa, ketidakmampuan belajar
45,X Sindrom Turner Sekitar 1:2500 Perawakan pendek, hilangnya fungsi ovarium secara dini, infertilitas, tidak adanya pubertas, leher
kaku, kelainan tulang, masalah ginjal, kelainan jantung
Nama-nama umum diberikan, jika tersedia, bersama dengan perkiraan tingkat kejadian dan gejala yang sering dikaitkan dengan kondisi tersebut.
mempunyai konsekuensi yang lebih parah, karena selalu menyebabkan keguguran pada tahap awal kehamilan. Konsekuensi
perkembangan dari trisomi dan monosomi tersebut adalah akibat dari ketidakseimbangan tingkat produk gen penting yang dikodekan
pada kromosom yang terkena. Misalnya, ciri-ciri utama sindrom Down (DS) dikaitkan dengan adanya tiga salinan wilayah 1,6 Mb pada
lokasi kromosom 21q22.2, yang disebut Wilayah Kritis Sindrom Down.
Memiliki jumlah kromosom seks yang tidak normal umumnya memiliki konsekuensi yang lebih ringan dibandingkan dengan jumlah kromosom seks yang tidak normal
autosom dan dibahas lebih rinci di bagian 'Kromosom seks, X dan Y'.
Kelainan struktural Kerusakan DNA,

misalnya akibat radiasi atau bahan kimia mutagenik, dapat menyebabkan pecahnya kromosom. Pos pemeriksaan siklus sel yang
kompleks mencegah sel-sel dengan kerusakan kromosom yang belum diperbaiki, khususnya ujung-ujung bebas yang rusak (yaitu
ujung-ujungnya tanpa telomer), memasuki mitosis. Ada mekanisme perbaikan DNA yang mengenali kerusakan kromosom dan
berupaya memperbaikinya. Namun, mekanisme ini kadang-kadang memperbaiki kromosom yang rusak secara tidak benar, yang
kemudian dapat mengakibatkan kelainan struktural pada kromosom. Kesalahan selama rekombinasi, misalnya antara homolog yang
salah berpasangan, juga dapat menyebabkan kelainan tersebut.
Jika satu kromosom mengalami kerusakan, perbaikan yang salah dapat menyebabkan materi hilang (penghapusan), terbalik atau
dimasukkan ke dalam struktur melingkar: kromosom cincin. Kromosom yang secara struktural abnormal dapat diperbanyak secara
stabil selama pembelahan sel, selama mereka memiliki satu sentromer. Kromosom tanpa sentromer akhirnya hilang. Kromosom
dengan dua sentromer jarang ditemukan, dalam kasus ini satu sentromer tampak tertekan.
Jika pemutusan tunggal terjadi pada dua kromosom yang terpisah, penggabungan fragmen yang salah dapat menyebabkan
pertukaran materi antar kromosom (translokasi). Dalam translokasi timbal balik yang seimbang, DNA dari dua kromosom berbeda
dipertukarkan tanpa kehilangan bersih. Jika kedua kromosom hibrid (atau 'turunan') yang dihasilkan membawa satu sentromer,
keduanya akan direplikasi dan dipisahkan secara stabil. Namun, selama pembentukan gamet, dapat terjadi bahwa hanya satu
kromosom hibrid, bersama dengan salah satu kromosom yang tidak berubah, yang dipisahkan menjadi gamet (Gambar 6). Pemupukan
gamet tersebut mengarah pada pembentukan zigot dengan trisomi parsial materi genetik
10.1042/EBC20170053
Gambar 6. Pemisahan translokasi timbal balik (A)

Pembawa translokasi timbal balik memiliki satu salinan yang tidak berubah dari setiap kromosom yang berpartisipasi dalam translokasi, bersama
dengan dua kromosom hibrid. Hanya kromosom yang relevan yang ditampilkan, sebagai ilustrasi masing-masing diberi label dengan nomor yang dilingkari.
(B) Selama meiosis, kromatid saudara yang bereplikasi berpasangan dengan homolognya. Dalam kasus pembawa translokasi, apa yang disebut
'kuadrivalen' dapat terbentuk, di mana empat kromosom berpasangan, bukan dua kromosom. (C) Tiga kemungkinan jalur segregasi diilustrasikan.
Selama segregasi 'bergantian', kromosom 1 dan 4, serta kromosom 2 dan 3 dipisahkan menjadi gamet terpisah. Pemisahan 'Berdekatan 1' dan
'Berdekatan 2' menghasilkan kombinasi yang berbeda seperti yang ditunjukkan. Perhatikan bahwa pola segregasi lain juga dapat terjadi, misalnya
tiga kromosom bersegregasi menjadi satu gamet, dan hanya satu yang menjadi gamet lainnya. (D) Hanya segregasi bergantian yang menghasilkan
gamet yang membawa dua kromosom 'normal' yang tidak berubah, atau dua kromosom hibrid. Zigot yang terbentuk dari gamet-gamet ini
diperkirakan memiliki fenotip normal (kecuali jika terdapat gangguan gen kritis pada titik henti translokasi).
Namun, dalam dua kasus lainnya, semua gamet membawa satu kromosom yang tidak berubah dan satu kromosom hibrid. Pembuahan gamet ini
menghasilkan zigot yang membawa trisomi parsial pada satu segmen kromosom, dan monosomi parsial pada segmen berbeda.
dari salah satu kromosom yang terlibat dalam translokasi, dan monosomi parsial bahan dari kromosom lain yang
berpartisipasi. Tergantung pada lokasi titik putusnya, dan juga pada seberapa banyak materi genetik yang ada dalam
bentuk trisomik atau monosomik, embrio tersebut dapat bertahan hidup, namun memiliki risiko tinggi terjadinya kelainan
perkembangan. Namun demikian, sekitar 1 dari 500 orang mengalami translokasi timbal balik yang seimbang. Pembawa
ini sering kali tidak menunjukkan gejala, namun terdapat peningkatan angka keguguran karena salah satu orang tua
merupakan pembawa translokasi dan keturunan dari pembawa tersebut mungkin mengalami kelainan bawaan.
Jenis translokasi kedua adalah translokasi Robertsonian. Di sini, dua kromosom akrosentrik putus pada sentromernya,
kehilangan lengan p pendeknya, dan membentuk satu kromosom, berisi satu sentromer dan lengan q dari kedua
kromosom asli. Pembawa translokasi Robertsonian biasanya normal secara fenotip karena hanya sejumlah kecil materi
genetik, wilayah pengatur nukleolar (NOR), terdapat di lengan pendek semua kromosom akrosentrik (lihat Gambar 2).
Oleh karena itu, hilangnya dua lengan pendek dapat dikompensasi oleh sisa kromosom akrosentrik. Namun, mirip
dengan translokasi timbal balik, pembentukan gamet dan pembuahan selanjutnya dapat mengarah pada pembentukan
zigot dengan monosomi atau trisomi salah satu kromosom akrosentrik yang berpartisipasi dan oleh karena itu anak-anak
dengan ketidakseimbangan kromosom. Seperti halnya meiosis pada pembawa translokasi, meiosis pada pembawa
inversi juga dapat menyebabkan pembentukan gamet yang membawa kombinasi kromosom yang tidak seimbang. Oleh
karena itu, pembawa tersebut mungkin juga memiliki anak dengan ketidakseimbangan kromosom. Frekuensi pembawa
10.1042/EBC20170053
Tabel 5 Beberapa sindrom mikrodelesi dan mikroduplikasi
Ciri-ciri fenotipik yang khas

Lokasi kromosom dan gen (tidak menyeluruh, dan tidak
kunci (jika Ukuran Perkiraan kejadian pada semua ciri-ciri ini terlihat di
Sindroma teridentifikasi) penghapusan/duplikasi yang umkuem
lahiran hidup semua kasus)
Sindrom Di George/sindrom 22q11.2 Penghapusan 3 Mb (90% kasus) 1/4000 Cacat jantung bawaan, langit-langit
penghapusan 22q11 TBX1, COMT mulut sumbing, keterlambatan
perkembangan, kesulitan belajar,
peningkatan risiko penyakit mental, infeksi berulang
Sindrom 7q11.3 penghapusan 1,5–1,8 Mb 1/7500 hingga 1/10000 Stenosis aorta supravalvular, masalah
Williams/sindrom Williams – Beuren CLIP2, ELN, GTF2I, GTF2IRD1, LIMK1 persendian dan kulit kendur, cacat
intelektual ringan hingga sedang, ciri
khas penampilan wajah 'peri'
Sindrom Smith – Magenis 17p11.2 Sekitar 3,6 Mb penghapusan 1/15000 hingga 1/25000 Cacat intelektual ringan hingga
RAI1 sedang, gangguan pola tidur, masalah
perilaku termasuk agresi dan
menyakiti diri sendiri
Sindrom Cri-du-chat 5p15.2 Penghapusan sekitar 5–40 Mb 1/15000 hingga 1/50000 Tangisan seperti kucing, mikrosefali,
CTNND2 masalah psikomotorik yang parah, dan
cacat intelektual yang parah
Sindrom Wolf – Hirschhorn 4p16.3 Sekitar 5–18 Mb penghapusan 1/50000 Penampilan wajah khas 'helm
NSD2, LETM1, MSX1 prajurit Yunani', pertumbuhan dan
perkembangan tertunda, cacat intelektual
ringan hingga berat
Sindrom Potocki – Lupski 17p11.2 Sekitar 3,6 Mb duplikasi 1/25000 Keterlambatan perkembangan,
RAI1 ketidakmampuan belajar ringan
sampai sedang, masalah perilaku
Sindrom 22q11 Duplikasi atau triplikasi 2–5 Mb 1/50000 hingga 1/150000 Tag atau lubang kulit preauricular,
mata kucing/sindrom Schmid – ADA2, CECR2 coloboma mata, atresia anal dengan
Fraccaro fistula, malformasi jantung
dan ginjal
Jika gen tertentu telah diidentifikasi terkait dengan ciri-ciri tertentu dari sindrom ini, hal ini akan dicatat, namun hal ini tidak mengecualikan peran gen tambahan di wilayah
tersebut. Tingkat penghapusan/duplikasi seringkali bervariasi antar pasien, namun secara umum ketidakseimbangan yang lebih besar berhubungan dengan tingkat
keparahan gejala yang lebih besar.
untuk translokasi dan inversi Robertsonian yang tidak dianggap varian normal diperkirakan masing-masing 1:1000 dan 1:2000.
Translokasi dan inversi yang benar-benar seimbang tidak menyebabkan hilangnya materi genetik, oleh karena itu hanya
mempengaruhi fenotip pembawa jika salah satu dari pemutusan kromosom telah mengganggu gen penting atau pemutusan tersebut
mempengaruhi ekspresi gen tanpa mengganggu wilayah pengkodeannya, misalnya dengan menyandingkan wilayah pengkodean
lengkap dari satu gen ke rangkaian kontrol gen yang berbeda.
Mikrodelesi, mikroduplikasi, CNV Analisis genetik molekuler pasien

dengan gejala yang tidak dapat dijelaskan menggunakan sitogenetika dapat mengarah pada identifikasi penyebab yang mendasarinya,
yang dalam banyak kasus adalah mikrodelesi, mikroduplikasi, dan CNV lainnya.
Variasi tersebut dapat melibatkan gen tunggal atau gen yang relatif sedikit, yang kemudian memungkinkan peneliti menentukan gen
mana yang bertanggung jawab atas gejala tertentu. Tabel 5 menunjukkan contoh sindrom mikrodelesi dan mikroduplikasi, beserta
gen kunci, jika diketahui, dan gejala terkait. Perlu dicatat bahwa dalam beberapa kasus, baik mikrodelesi pada suatu wilayah kunci
maupun mikroduplikasi pada wilayah yang sama telah diidentifikasi sebagai penyebab sindrom 'resiprokal'. Contohnya adalah
wilayah 3,6 Mb pada 17p11.2, yang jika dihapus, menyebabkan sindrom Smith – Magenis, tetapi jika diduplikasi, menyebabkan
sindrom Potocki – Lupski.
Kromosom seks X dan Y Pendahuluan Penentuan jenis kelamin

primer pada mamalia
adalah kromosom, artinya perkembangan gonad menjadi jantan (testis) atau betina (ovarium) ditentukan oleh kromosom seks.
Perempuan memiliki dua kromosom X (46,XX) dan laki-laki memiliki satu kromosom X dan satu Y (46,XY). Pada beberapa hewan,
penentuan jenis kelamin sebagian, atau seluruhnya, ditentukan oleh lingkungan (misalnya oleh suhu pada sebagian besar penyu),
namun pada mamalia, permulaan nasib seksual
654 c 2018 Penulis. Ini adalah artikel akses terbuka yang diterbitkan oleh Portland Press Limited atas nama Biochemical Society dan didistribusikan di bawah Creative Commons Attribution
10.1042/EBC20170053
Gambar 7. Kromosom X dan Y menentukan perkembangan seksual pria atau wanita

Laki-laki menghasilkan gamet haploid (sperma) yang berukuran 23,X atau 23,Y. Betina menghasilkan gamet (telur) haploid berukuran 23,X.
Anak perempuan mewarisi kromosom X dari ibu dan satu kromosom X dari ayah. Anak laki-laki mewarisi kromosom X dari ibu dan
kromosom Y dari ayah (kromosom ayah ditandai dengan warna biru, kromosom ibu ditandai dengan warna hijau).
sepenuhnya didorong oleh kromosom. Seiring dengan kumpulan autosom haploid (22 pada manusia), setiap sel telur betina memiliki satu
kromosom X, sedangkan jantan dapat menghasilkan sperma yang membawa kromosom X atau Y.
Jika sel telur menerima kromosom X dari sperma, maka individu XX yang dihasilkan akan membentuk ovarium melalui perkembangan dan
menjadi perempuan. Jika sel telur menerima kromosom Y dari sperma, maka individu XY yang dihasilkan akan membentuk testis dan
berjenis kelamin laki-laki (Gambar 7). Kromosom Y relatif kecil (57 Mb, dengan 171 gen dan hanya sekitar sepertiganya yang merupakan
penyandi protein (lihat Tabel 1)), namun membawa gen yang sangat penting untuk pembentukan testis, yang mengkode testis. -faktor
penentu (TDF), juga dikenal sebagai wilayah penentu jenis kelamin Y (SRY) (Gambar 8). Semua jenis lainnya adalah tipe liar, individu yang
membawa salinan gen yang berfungsi normal akan berkembang menjadi laki-laki. Jadi, jika kromosom Y hilang (45,X) atau jika SRY
dihilangkan, perkembangan wanita akan terjadi, meskipun dua kromosom X diperlukan untuk perkembangan ovarium yang lengkap.
Perkembangan ciri-ciri seksual primer selain gonad, yaitu struktur reproduksi (penis, epididimida, vesikula seminalis, dan kelenjar prostat
pada pria; saluran telur, vagina, leher rahim, dan rahim pada wanita) serta ciri -ciri seksual sekunder (kelenjar susu pada wanita). laki-laki,
serta ciri-ciri khusus jenis kelamin lainnya seperti ukuran, otot, rambut wajah dan tulang rawan vokal) ditentukan oleh hormon yang
disekresikan oleh gonad dan ini dipengaruhi oleh banyak faktor genetik dan lingkungan lainnya.
¨
Estrogen, yang disekresi oleh ovarium, mengarahkan perkembangan wanita, sedangkan testis yang baru terbentuk mengeluarkan hormon
anti-saluran Mullerian dan testosteron yang membuat janin menjadi maskulin.
Kromosom X berukuran relatif besar (156 Mb) dan mengandung sekitar 1500 gen, lebih dari setengahnya merupakan penyandi protein
(lihat Tabel 1), sebagian besar tidak ada hubungannya dengan penentuan jenis kelamin dan dibutuhkan oleh pria dan wanita. Oleh karena
itu, ketidakseimbangan antara jantan dan betina sehubungan dengan jumlah kromosom X dalam genom (dan oleh karena itu tingkat ekspresi
gen potensial) perlu diperbaiki dan hal ini dicapai melalui mekanisme yang berbeda pada spesies hewan yang berbeda. Fenomena
penyeimbangan ini, yang disebut 'kompensasi dosis', dicapai pada mamalia melalui proses yang disebut inaktivasi kromosom X. Pada awal
perkembangan, di setiap sel embrio wanita, salah satu dari dua kromosom X menjadi tidak aktif, sehingga sebagian besar, namun tidak
semua, gen tidak diekspresikan dari kromosom yang tidak aktif (Xi). Konsekuensinya, tingkat ekspresi gen -gen tersebut pada kromosom X
(Xa) yang aktif pada sel wanita setara dengan tingkat pada sel pria yang hanya mempunyai satu kromosom.
10.1042/EBC20170053
Gambar 8. Peta skema kromosom X dan Y Gambar

kromosom X dan Y menunjukkan lengan pendek (p) dan panjang (q) serta sentromer (lingkaran hitam). Daerah pseudoauto-somal
(PAR) 1 dan 2 disorot dengan warna merah. Gen penentu jenis kelamin SRY dan DAX1 diindikasikan. Lokasi pusat inaktivasi X
(XIC) dan gen XIST ditampilkan. Lokasi gen lain yang disebutkan secara spesifik dalam teks juga ditunjukkan.
Kromosom X. Mengenai kromosom X mana yang dinonaktifkan, hal ini terjadi secara acak dari satu sel ke sel lainnya, tetapi
kemudian berlanjut melalui pembelahan sel berikutnya. Ini berarti bahwa seiring dengan perkembangan yang berlanjut, jaringan
wanita menjadi tambal sulam, sebuah mosaik ekspresi, dengan salah satu dari dua kromosom X diaktifkan di beberapa tambalan
dan kromosom X lainnya diaktifkan di tambalan yang berdekatan. Hasil dari proses ini terlihat pada kucing kulit penyu betina, yang
heterozigot untuk gen warna bulu hitam dan oranye terkait X; konsekuensi dari inaktivasi X terlihat jelas berupa bercak hitam dan
oranye acak pada bulu orang dewasa. Sebagai proses stokastik, proporsi sel yang telah menonaktifkan kromosom X yang
diturunkan dari pihak ayah, dibandingkan dengan kromosom X yang diturunkan dari pihak ibu, akan rata-rata masing-masing
sebesar 50%. Namun, dari satu individu ke individu lain dan bahkan dari satu jaringan ke jaringan lain dalam suatu individu,
mungkin terdapat penyimpangan yang cukup besar dari rata-rata 50%. Bayangkan kucing kulit penyu, sebagian besar menunjukkan
area bulu oranye dan hitam yang kira-kira sama, tetapi ada yang lebih hitam daripada oranye, sementara yang lain lebih oranye
daripada hitam. Semua mamalia betina secara efektif merupakan mosaik ekspresi sehubungan dengan kromosom X mereka.
Salah satu konsekuensi bagi ahli genetika mengenai kromosom Y spesifik laki-laki dan inaktivasi X pada perempuan adalah
terminologi varian alel resesif dan dominan menjadi rumit. Selain itu, seperti dijelaskan di bawah, varian alel patogen pada
kromosom X dapat menunjukkan penetrasi penyakit yang sangat bervariasi pada wanita.
Daerah pseudoautosomal Selama oogenesis

manusia, kedua kromosom X bersinaps pada meiosis I dan melakukan persilangan, persis seperti yang dilakukan autosom. Pada
spermatogenesis pria, meskipun ukuran kromosom X dan Y sangat berbeda dan susunan genetiknya berbeda, kromosom-
kromosom tersebut berpasangan (dan mengalami rekombinasi) pada meiosis, pada daerah homologi pendek di
10.1042/EBC20170053
ujung setiap kromosom. Daerah ini disebut daerah pseudoautosomal (PAR) 1 dan 2 (Gambar 8), karena keduanya terdapat pada
kromosom X dan Y; sebagian besar gen di wilayah ini tidak mengalami inaktivasi X pada wanita dan berperilaku seperti rangkaia n
autosom dalam pola pewarisan. Semua gen yang diuji dalam inaktivasi pelepasan PAR1 yang lebih besar dalam sel wanita, sehingga
kedua alel diekspresikan dalam sel pria dan wanita. Wilayah PAR2 yang lebih kecil merupakan hasil evolusi baru-baru ini, dan tidak
ada tandingannya pada tikus (dan bahkan pada beberapa primata). Gen PAR2 berperilaku berbeda. Dua gen PAR2 yang paling
telomer, IL9R dan CXYorf1, lolos dari inaktivasi dan diekspresikan dari Xi serta Xa dalam sel wanita. Namun, dua gen PAR2 lainnya,
SYBL1 dan HSPRY3, menjadi tidak aktif pada Xi. Untuk mengkompensasi hal ini pada sel laki-laki, alel kromosom Y dari kedua gen
ini mengalami hipermetilasi dan tidak terekspresi, sehingga pada sel perempuan dan sel laki-laki, hanya satu alel yang terekspresi.
Selain gen dalam PAR, terdapat beberapa pasangan gen (atau gametologi) homolog yang terdapat pada kromosom X dan Y, yang
terletak di wilayah spesifik X dan Y, yang tidak mengalami rekombinasi. Akibatnya, pasangan-pasangan gen ini menyimpang satu
sama lain melalui evolusi dan sering kali memiliki urutan yang sangat berbeda satu sama lain, walaupun mungkin tetap memiliki fungsi
yang serupa. Contohnya adalah pasangan RPS4X dan RPS4Y, yang mengkode protein ribosom dengan fungsi yang pada dasarnya
sama, tetapi berbeda dalam 19 dari 263 asam amino yang dikodekan. RPS4X lolos dari inaktivasi, oleh karena itu kedua alel
diekspresikan dalam sel wanita, sedangkan sel pria mengekspresikan alel tunggal RPS4X dan RPS4Y.
SRY, DAX1 dan penentuan jenis kelamin Gen SRY terletak

di lengan pendek kromosom Y, hanya 5 kb dari batas PAR1 (Gambar 8). Ini mengkodekan faktor transkripsi dan merupakan pemicu
untuk mendorong perkembangan seksual pria. Pada individu berusia 46,XY yang gennya tidak berfungsi atau terhapus, terjadi
perkembangan kewanitaan. Selain itu, pada sekitar 80% dari 46,XX kasus pria, gen SRY ditemukan ditranslokasi ke kromosom X.
Pada embrio yang sedang berkembang, struktur panjang dan sempit yang disebut genital ridge merupakan pendahulu pembentukan
gonad pada kedua jenis kelamin. Sel somatik pada punggung genital berdiferensiasi menjadi sel Sertoli, yang mendorong program
diferensiasi testis atau menjadi sel granulosa, yang mendorong diferensiasi ovarium. Ekspresi SRY pada genital ridge mengindu ksi
dimulainya diferensiasi sel Sertoli. Meskipun ekspresi SRY singkat, hal ini mengawali serangkaian peristiwa yang akan mengarah
pada perkembangan laki-laki. Gen berikutnya dalam kaskade adalah SOX9, gen autosomal (terletak pada kromosom 17) yang juga
mengkode faktor transkripsi dan penting untuk perkembangan testis. Ekspresi SOX9 pada genital ridge bertindak untuk menginduksi
ekspresi bebe¨rapa gen lain yang diperlukan untuk perkembangan testis, dan juga hormon saluran anti-Mullerian yang menekan
perkembangan ovarium. Jadi kebalikannya terjadi pada perkembangan ovarium pada individu XX, dimana SOX9 ditekan. Beberapa
individu langka berusia 46,XX yang memiliki salinan tambahan gen SOX9, berkembang sebagai laki-laki (walaupun tidak ada gen
SRY). Sebaliknya, individu yang memiliki varian SOX9 atau penghapusan gen yang tidak berfungsi, mengembangkan sindrom yang
disebut displasia campomelic (yang melibatkan banyak sistem organ) dan 75% dari pasien 46,XY dengan sindrom ini berkembang
sebagai wanita fenotipik atau hermafrodit.
Awalnya diperkirakan bahwa perkembangan perempuan adalah keadaan default tanpa adanya SRY, namun hal ini tidak secara
akurat mencerminkan situasi bahwa perkembangan seksual perempuan adalah proses aktif yang dikendalikan secara genetik. Gen
pada kromosom X, DAX1 (alias NROB1), yang mengkode reseptor hormon/pengatur transkripsi, diperlukan untuk perkembangan
seksual wanita. DAX1 diekspresikan di genital ridge segera setelah SRY dan menghambat fungsi SRY dengan mengganggu induksi
SOX9, dengan cara yang bergantung pada dosis. Biasanya, pada sel ridge genital 46,XY, DAX1 diekspresikan dari kromosom X dan
SRY dari kromosom Y, dalam rasio yang mengarah pada perkembangan testis. Dalam sel ridge genital 46,XX, satu salinan DAX1
diekspresikan (yang lain dinonaktifkan pada Xi), jika tidak ada SRY, untuk menghasilkan ovarium. Namun, jika ada dua salinan aktif
DAX1 (misalnya, melalui duplikasi gen pada Xa), bersama dengan SRY pada individu 46,XY, hal ini menyebabkan pembentukan
gonad ya¨ng buruk sehingga tidak menghasilkan hormon anti-Mullerian atau testosteron dan individu muncul secara fenotip. perempuan.
Setelah dimulainya jalur perkembangan perempuan, beberapa gen memainkan peran kunci dalam perkembangan seksual
perempuan. Gen WNT4A (kromosom 1) mengkodekan faktor yang disekresikan yang penting untuk pertumbuhan sel folikel ovarium
dan diatur ke bawah oleh SOX9. Gen NR5A1/SF1 (pada kromosom 9) mengkodekan regulator transkripsional lain yang penting baik
pada jalur pria maupun wanita (serta pada kelenjar adrenal). Bersamaan dengan SRY, SF1 ikut mengatur ekspresi SOX9 dan oleh
karena itu sangat penting dalam penentuan jenis kelamin pria. Namun, protein multifungsi ini nantinya juga berperan dalam
perkembangan folikel ovarium. Dengan demikian, mutasi pada gen ini dapat menyebabkan gangguan perkembangan seks (DSD),
termasuk pembalikan jenis kelamin, baik pada individu XX maupun XY. Oleh karena itu, gen SRY dan DAX1 (masing-masing terdapat
pada kromosom Y dan X) menentukan jenis kelamin, karena gen tersebut bertindak untuk mengalihkan peralihan antara hubungan seksual pria dan wanita.
10.1042/EBC20170053
Gambar 9. XIC
Tampilan sederhana dari gen yang terletak di XIC (bukan untuk diskalakan), yang dipetakan pada Xq13.2 pada kromosom X manusia
dan mencakup lebih dari 1 Mb. XIST (merah) dikelilingi oleh sejumlah gen RNA non-coding lainnya (biru), yang berpengaruh pada
regulasi XIST, termasuk TSIX. Selain itu, terdapat gen penyandi protein (kuning), di wilayah XIC dan baru-baru ini RLIM telah
terbukti mengatur ekspresi XIST. Penghapusan di wilayah ini mempengaruhi proses inaktivasi kromosom X, namun fungsi semua
gen dan wilayah urutan yang terletak di XIC belum sepenuhnya dipahami.
nasib. Namun, dalam setiap kasus, terdapat regulator hilir penting yang mendorong satu program dan/atau menghambat
program lain dan varian atau bentuk mutasi dari gen-gen ini dapat menyebabkan DSD.
Kromosom Y manusia memiliki 63 gen penyandi protein, dan selain gen dalam PAR dan gametolog, sebagian besar
diekspresikan di testis dan terlibat dalam kesuburan pria. Kromosom Y juga memiliki sejumlah besar pseudogen (392 pada
hitungan terakhir). Hal ini disebabkan oleh fakta bahwa kromosom Y (di luar PAR) tidak memiliki pasangan rekombinasi.
Sebagai konsekuensinya, melalui evolusi, mutasi-mutasi gen yang merugikan tidak dapat dipisahkan (dan dengan demikian
dapat diseleksi) dari gen-gen yang diperlukan dan oleh karena itu mutasi-mutasi yang merugikan tersebut, sekarang dalam
bentuk pseudogenes, menumpang bersama dengan gen-gen yang diperlukan.
Proses inaktivasi X Pada awal perkembangan

wanita (blastokista awal), satu kromosom X pada setiap sel berukuran 46,XX menjadi tidak aktif. Hal ini diawali dari suatu
wilayah yang disebut pusat inaktivasi X (XIC) di Xq13 dan pada manusia terjadi secara acak, dapat berupa kromosom X yang
diwarisi dari ibu, atau yang diwarisi dari ayah. Inaktivasi dimulai dengan ekspresi RNA panjang non-coding yang terletak di
dalam XIC, yang disebut transkrip spesifik X-inaktif (XIST), dari kromosom yang akan dibungkam (Gambar 9). XIST RNA
melapisi kromosom tempat ia diekspresikan, menyebar dari XIC ke arah luar di kedua arah sepanjang keseluruhan kromosom.
Hal ini kemudian menyebabkan beberapa perubahan epigenetik di sepanjang kromosom yang dilapisi, termasuk penipisan
RNA polimerase II, hilangnya asetilasi histon dan peningkatan ubiquitinasi histon serta metilasi represif untuk membungkam
ekspresi gen pada Xi.
Kromosom Xi menjadi terkondensasi dan dapat dilihat secara mikroskopis sebagai area padat di sisi nukleus yang disebut
sebagai badan Barr (seperti yang pertama kali dijelaskan oleh ahli sitogenetika Murray Barr). Inaktivasi ini stabil melalui
pembelahan sel berikutnya sehingga Xi yang sama dipertahankan di setiap garis keturunan sel sepanjang perkembangan dan
kehidupan dewasa, kecuali pada garis germinal. Pada sel germinal X, inaktivasi dibalik, sehingga semua oosit mengandung X
yang aktif.
Pada XIC, transkrip non-coding lain diekspresikan, sebagian tumpang tindih dan berlawanan arah (antisense) dengan
XIST, transkrip TSIX secara spesifik diekspresikan dari kromosom X aktif Xa (Gambar 9). TSIX bertindak secara lokal sebagai
pengatur negatif ekspresi XIST dan melindungi Xa dari inaktivasi. Dalam kondisi aneu-ploidi, dengan lebih dari dua kromosom
X, hanya satu X yang tetap aktif, yang menunjukkan adanya mekanisme penghitungan yang berperan. Untuk setiap set
autosom, satu kromosom X tetap aktif, meskipun bagaimana hal ini terjadi masih kurang dipahami. Penghapusan urutan XIC
(termasuk gen XIST dan TSIX) dari satu kromosom X masih memungkinkan inaktivasi kromosom X tipe liar lainnya, pada
46,XX individu. Lebih jauh lagi, pada tikus transgenik, pengenalan XIC ke dalam autosom, membuat autosom menjadi subjek
pembungkaman. Studi-studi ini menunjukkan bahwa XIC (dan XIST) diperlukan untuk inisiasi inaktivasi kromosom pada cis,
namun mekanisme penghitungannya harus melibatkan faktor dan wilayah di luar XIST dan TSIX. Diperkirakan bahwa
inaktivasi kromosom X (dan mekanisme penghitungan) harus diatur oleh aktivator berkode X dan penekan berkode autosom
yang mengontrol XIST.
Baru-baru ini, gen terkait-X, RLIM (atau RNF12), yang terletak 500 kb di hulu XIST, telah diidentifikasi sebagai pengatur
penting ekspresi XIST, karena protein RLIM bekerja untuk menurunkan penghambat transkripsi XIST. Namun, kompleksitas
proses ini masih belum sepenuhnya dipahami.
Sekitar seperlima gen pada kromosom X lolos dari inaktivasi Xi. Ini mungkin memiliki homolog kromosom Y (misalnya,
terletak di PAR, seperti dijelaskan di atas), atau mereka yang tidak memiliki homolog Y cenderung terletak dalam kelompok
(kebanyakan di lengan pendek, Xp) dan tampaknya 2 :1 dosis (ekspresi pada sel betina:jantan) adalah
10.1042/EBC20170053
tidak bermasalah. Diperkirakan bahwa gen-gen ini dikelilingi oleh rangkaian DNA yang mengikat faktor protein (disebut CTCF)
yang dapat mengisolasi gen dari tindakan XIST.
Aneuploidi Karena
rendahnya jumlah gen pada kromosom Y dan proses inaktivasi X, memiliki jumlah kromosom seks yang abnormal memiliki
konsekuensi yang lebih ringan dibandingkan dengan jumlah autosom yang abnormal. Wanita dengan sindrom Triple X (47,XXX)
atau pria dengan 47,XYY cenderung lebih tinggi dari rata-rata, namun biasanya menunjukkan sedikit perbedaan fisik (Tabel 4)
dan memiliki kesuburan normal, sehingga tidak terdiagnosis. Inaktivasi X pada sel 47,XXX akan menyebabkan inaktivasi dua
kromosom X, sehingga meskipun terdapat trisomi, sebagian besar gen terkait X akan diekspresikan hanya dari satu Xa di
setiap sel. Namun, ekspresi berlebih dari gen yang lolos dari inaktivasi X (seperti dijelaskan di atas) menimbulkan sindrom ini.
Pada pria berusia 47,XYY, terdapat dua kali lipat dosis gen kromosom Y. Oleh karena itu, akan terjadi dua kali lipat tingkat
ekspresi gen spesifik Y dan dosis ekstra produk gen yang memiliki homolog kromosom X (satu dosis dari X dan dua dosis dari
Y). Laki-laki dengan 47,XYY, serta ciri-ciri yang disebutkan di atas, cenderung memiliki peningkatan risiko kesulitan perilaku,
emosional, dan sosial.
Laki-laki dengan sindrom Klinefelter (47,XXY) membawa kromosom X ekstra dan cenderung mandul, namun gejalanya
seringkali tidak kentara (Tabel 4) dan hanya terlihat saat pubertas. Sekali lagi, salah satu dari dua kromosom X akan
dinonaktifkan (Xi) di setiap sel, oleh karena itu, sel 47,XXY hanya akan menunjukkan ekspresi berlebih dari gen (dibandingkan
dengan sel 46,XY) yang lolos dari inaktivasi X (pada 47,XXX individu, hal ini ekspresi ekstra dalam konteks perkembangan
perempuan, sedangkan pada individu 47,XXY dalam konteks perkembangan laki-laki, sehingga dapat menimbulkan konsekuensi
yang berbeda). Pria dengan usia 48,XXXY menunjukkan sindrom yang lebih parah, akibat ekspresi berlebih dari gen yang lolos
dari inaktivasi X, serta ekspresi gen spesifik Y.
Hilangnya total kromosom X, 45,Y merupakan embrio awal yang mematikan. Namun, wanita dengan monosomi kromosom
X (45,X) atau kehilangan sebagian kromosom X, mengalami sindrom Turner (Tabel 4). Dalam 45,X kasus di mana seluruh
kromosom seks (X atau Y) hilang, sisa kromosom X tidak mengalami inaktivasi, namun hal ini menyebabkan setengah tingkat
ekspresi normal gen tidak mengalami inaktivasi kromosom X. Dengan demikian, hilangnya dosis beberapa gen ini berkontribusi
terhadap sindrom ini. Dalam kasus di mana hanya ada sebagian kromosom X yang hilang, individu tersebut akan menunjukkan
beberapa ciri sindrom tersebut. Sebuah gen yang terletak di dalam PAR1, dengan al-lele pada kromosom X dan Y, SHOX
(Gambar 8), bertanggung jawab atas sekitar dua pertiga defisit tinggi badan yang terlihat pada individu sindrom Turner. Dengan
hilangnya wilayah kromosom X ini, SHOX diekspresikan dari alel lain, oleh karena itu hanya setengah dari tingkat biasanya dan
ini tidak cukup (haploinsufisiensi) untuk sepenuhnya mencapai fungsi terkait pertumbuhan yang diperlukan. Hilangnya mutasi
fungsi heterozigot pada gen ini saja pada pria dan wanita menyebabkan Leri – Weill dyschondrosteosis yang ditandai dengan
displasia tulang dan perawakan pendek. Hilangnya fungsi pada kedua alel menyebabkan displasia mesomelik Langer, yang
berhubungan dengan aplasia anggota tubuh yang parah dan defisit tinggi badan yang parah. Sebaliknya, duplikasi gen SHOX
dikaitkan dengan perawakan tinggi.
Varian gen tunggal patogen Haemofilia A, contoh

pewarisan resesif terkait-X Haemofilia A adalah suatu kondisi dimana
pembekuan darah tidak berfungsi, karena kurangnya aktivitas salah satu faktor pembekuan darah, yaitu faktor VIII. Gejalanya
bisa sangat bervariasi, dari kasus ringan, dimana pasien hanya mengalami pendarahan berlebihan setelah trauma besar atau
pembedahan, hingga kasus yang parah, dimana pasien mengalami episode perdarahan spontan atau berlebihan setiap
tahunnya hingga 30 kali, bahkan setelah trauma ringan. Faktor VIII dikodekan oleh gen F8, terletak pada kromosom Xq28
(Gambar 8) dan gen tersebut mengalami inaktivasi X. Tidak ada homolog Y, oleh karena itu jika laki-laki mewarisi alel varian
patogen pada kromosom X ibu (atau dalam 30% kasus mengalami mutasi de novo), mereka akan terpengaruh dan tingkat
keparahan penyakit akan mencerminkan jenis mutasi (mulai dari ekspresi protein yang tidak berfungsi karena tidak adanya
faktor tersebut). Wanita yang heterozigot, membawa satu salinan alel varian patogen, umumnya tidak menunjukkan gejala
sehingga hemofilia menunjukkan pola pewarisan resesif terkait-X yang khas (lihat bagian 'Kelainan gen tunggal'). Namun,
sebagai akibat dari inaktivasi X, beberapa sel akan mengekspresikan alel F8 tipe liar (dari Xa), sementara sel lain akan
mengekspresikan alel varian patogen dan rasio ekspresi keseluruhan antara kedua alel dapat menjadi 50:50 atau condong ke
satu atau yang lain. Tidak ada sel yang dapat mengekspresikan kedua alel tersebut. Sebagai konsekuensinya, sebagian besar
pembawa penyakit perempuan menghasilkan cukup banyak faktor VIII (antara 30 dan 70% dari tingkat sirkulasi normal,
variasinya bergantung pada sifat alel varian dan sejauh mana faktor tersebut dibungkam oleh Xi) sehingga tampak tidak
terpengaruh. Namun, sebagian besar wanita karier menunjukkan beberapa masalah perdarahan (misalnya, perdarahan
menstruasi berat) dan dalam beberapa kasus (karier yang memiliki kadar faktor VIII normal kurang dari 30%) dapat menunjukkan
gejala hemofilia ringan. Dalam kasus yang jarang terjadi, ketika perempuan mewarisi dua varian alel, mereka akan terkena dampak yang lebih parah, sep
10.1042/EBC20170053
Sindrom Rett, sebuah contoh pewarisan dominan terkait-X Sindrom Rett

adalah kelainan perkembangan saraf terkait-X yang dominan terjadi pada wanita dan terlihat jelas pada bayi berusia antara 6
hingga 18 bulan. Setelah fase awal perkembangan yang tampak normal, individu mengalami cacat mental dan fisik yang parah,
menunjukkan masalah koordinasi, pertumbuhan yang lebih lambat, gerakan berulang, kejang, skoliosis, dan masalah lainnya.
Usia saat gejala pertama kali muncul dan tingkat keparahannya, sangat bervariasi dari satu orang ke orang lain. Sindrom Rett
mempengaruhi sekitar 1 dari 10.000 wanita dan merupakan kelainan gen tunggal yang melibatkan gen MECP2 terkait-X. Karena
parahnya gejala, hal ini biasanya muncul sebagai mutasi de novo. Anak laki-laki dengan mutasi serupa memiliki fenotipe yang
lebih parah, misalnya ensefalopati kongenital, dan meninggal segera setelah lahir. MECP2 mengkodekan protein yang berikatan
dengan DNA termetilasi dan memiliki fungsi epigenetik penting sebagai penekan ekspresi gen. Meskipun gen biasanya
diekspresikan di seluruh tubuh, fungsinya sangat penting dalam sel saraf dewasa dan konsekuensi fenotipik dari mutasi hilangnya
fungsi (misalnya, mutasi hilangnya ekspresi atau mutasi yang menimbulkan protein non-fungsional) adalah paling mendalam di
otak. Sifat mutasi dan sejauh mana alel kehilangan fungsinya menentukan satu variabel yang terlihat pada tingkat keparahan
penyakit.
Selain itu, gen MECP2 mengalami inaktivasi kromosom X, sehingga hal ini juga berkontribusi terhadap variasi tingkat keparahan
penyakit. Jika alel mutan menunjukkan inaktivasi yang tidak tepat (sehingga alel ini lebih sering dinonaktifkan pada Xi
dibandingkan alel tipe liar), hal ini dapat mengakibatkan gejala yang jauh lebih ringan. Telah diusulkan bahwa setelah inaktivasi
X selama pengembangan, sel-sel yang menonaktifkan kromosom yang membawa alel MECP2 tipe liar dan oleh karena itu
mengekspresikan alel MECP2 mutan, dapat diseleksi, menghasilkan pola tubuh inaktivasi X yang miring. Selain itu, faktor
genetik lain dapat memperburuk atau meringankan patogenisitas penyakit sehingga berkontribusi terhadap variasi yang diamati.
Tingkat MECP2 sangat penting dan terlalu sedikit atau terlalu banyak akan merugikan. Oleh karena itu, mutasi yang
mengakibatkan ekspresi berlebih pada gen ini menimbulkan sindrom yang berbeda (sindrom duplikasi MECP2).
Pada pria, duplikasi MECP2 menyebabkan cacat intelektual dan epilepsi yang parah; duplikasi serupa pada wanita menyebabkan
kondisi yang lebih bervariasi tergantung pada proporsi sel yang menonaktifkan kromosom X yang mengandung duplikasi tersebut.
Kesimpulannya, gambaran dan tingkat keparahan sindrom dan penyakit akibat varian kromosom seks tidak hanya dipengaruhi
oleh sifat varian itu sendiri, namun juga oleh ploidi tertaut seks dari kromosom tersebut dan konsekuensi dari X. inaktivasi
kromosom.
Kelainan gen tunggal Pendahuluan Banyak

kondisi dan penyakit
bergantung pada genotipe pada satu lokus (atau gen), dengan pewarisan mengikuti hukum segregasi, pemilahan independen,
dan dominasi Mendel. Oleh karena itu, penyakit ini sering disebut 'Mendelian' meskipun tidak semua kelainan bawaan mengikuti
hukum Mendel (misalnya penyakit berulang kembar tiga dan kelainan yang membekas). Hingga saat ini, lebih dari 6000 fenotipe
telah diidentifikasi yang dasar molekulernya diketahui, fenotipe ini dan gen terkait dikumpulkan dalam database OMIM ('Online
Mendelian Inheritance in Man', https://www.omim.org/). Beberapa contoh yang ditandai dengan baik ditunjukkan pada Tabel 6.
Cara pewarisan dan contoh Penyakit Mendel dapat dikenali

dari pola karakteristik pewarisannya pada silsilah keluarga atau silsilah.
Silsilah juga dapat mengungkapkan apakah lokus tersebut berada pada autosom atau kromosom seks dan apakah varian
genetik bersifat dominan atau resesif. Untuk memahami konsep varian dominan dan resesif, penting untuk diingat bahwa setiap
sel manusia diploid membawa dua salinan (disebut alel) dari setiap gen autosom, satu diwarisi dari ibu dan satu lagi dari ayah.
Seringkali, alel-alel ini tidak identik. Seseorang yang membawa dua salinan identik dari alel yang sama pada kedua autosom
adalah homozigot untuk alel ini, sedangkan seseorang yang membawa dua alel berbeda adalah heterozigot untuk lokusnya. Alel
dominan adalah alel yang mengarah pada fenotipe tertentu (misalnya kelainan genetik) tidak peduli apakah alel kedua 'normal'
atau tidak. Hal ini karena alel 'normal' kedua tidak dapat mengimbangi pengaruh alel dominan. Sebaliknya, alel resesif tidak
menghasilkan fenotipe dengan sendirinya, di sini alel 'normal' sudah cukup atau dapat mengimbanginya. Namun, jika seseorang
mewarisi alel resesif suatu gen dari kedua orang tuanya, maka fenotip yang sesuai akan ditampilkan karena tidak ada alel
'normal' yang menggantikannya. Akibatnya, lima jenis pola pewarisan Mendel dapat dibedakan.
Autosomal dominan Seseorang

dengan kelainan autosomal dominan biasanya memiliki setidaknya satu orang tua yang terkena dampak serupa dan rata-rata
50% anak-anak mereka akan menderita kelainan tersebut. Kondisi seperti ini terungkap dalam silsilah (Gambar 10) penyebab penyakit
Tabel 6 Contoh Penyakit Mendel
Pola warisan Penyakit Gen/wilayah Sifat varian Perkiraan frekuensi
Dominan autosomal Defisiensi Glut1 (De Vivo SLC2A1 Mutasi mengurangi atau menghilangkan Jarang, sekitar 1/90000
penyakit) fungsi
Osteogenesis imperfekta (rapuh COL1A1 atau COL1A2 (90%) (juga COL1A1/COL1A2 – biasanya 6–7/100000
penyakit tulang) CRTAP atau P3H1) mutasi missense yang mengarah ke
protein (kolagen) diubah
struktur
Akondroplasia FGFR3 Mengaktifkan mutasi titik 1/15000 hingga 1/40000
resesif autosom Fenilketonuria HAH Banyak mutasi yang berbeda, 1/10000 hingga 1/15000
termasuk missense, non-sense,
penyambungan mutasi
Fibrosis kistik CFTR Lebih dari 2000 varian berbeda 1/2500 hingga 1/3500 di bule,
diketahui kurang umum pada etnis lain
kelompok
Anemia sel sabit HBB Berbagai varian missense, gen 1/70000 hingga 1/80000 di AS,
penghapusan lebih umum terjadi di negara lain
resesif terkait-X Hemofilia A F8 Kekeliruan dan omong kosong 1/4000 hingga 1/5000 laki-laki
mutasi
DMD distrofi otot Duchenne Biasanya penghapusan atau duplikasi 1/3500 hingga 1/5000 (Duchenne dan
Distrofi otot Becker
bersama)
dominan terkait-X Sindrom Fragile X FMR1 Ulangi trinukleotida CGG 1/4000 (laki-laki), 1/8000 (perempuan)
ekspansi
Sindrom Rett MECP2 Mutasi missense, tidak normal 1/8500 perempuan

regulasi epigenetik
Hipofosfatemia terkait-X PHEX Penghapusan, penyisipan, missense, 1/20000

rakhitis omong kosong, mutasi penyambungan
terkait-Y Spermatogenik nonobstruktif USP9Y Penghapusan yang paling umum 1/2000 hingga 1/3000
kegagalan
Penyakit ditampilkan bersama dengan pola pewarisannya, gen yang terpengaruh, jenis mutasi yang paling umum ditemukan, dan perkiraan kejadiannya
tarif. Perlu diperhatikan, beberapa penyakit, misalnya osteogenesis imperfekta (yang ada beberapa bentuknya), dapat disebabkan oleh varian patogen di salah satu dari beberapa penyakit.
jumlah gen yang berbeda.
terjadi pada setiap generasi, mempengaruhi laki-laki dan perempuan, dan penularan dapat terjadi dari salah satu orangtua ke keturunannya
dari kedua jenis kelamin. Seringkali, namun tidak selalu, kelainan autosomal dominan disebabkan oleh varian genetik yang membawa penyakit tersebut
fungsi baru pada produk gen (disebut perolehan fungsi). Dalam hal ini, keberadaannya 'normal', non-patogen
alel gen pada autosom homolog tidak dapat mengkompensasi perubahan fungsi gen yang bermutasi. Catatan
bahwa kelainan autosomal dominan juga dapat disebabkan oleh hilangnya fungsi alel, jika 50% ekspresi gen normal
dari alel normal saja tidaklah cukup, fenomena ini disebut haploinsufisiensi.
resesif autosom
Kondisi resesif autosomal disebabkan oleh hilangnya fungsi varian patogen yang tidak menyebabkan hilangnya fungsi dengan sendirinya
fenotipe yang dapat dikenali. Di sini, keberadaan alel fungsional kedua dari gen yang bersangkutan pada homolognya
autosom cukup untuk mengkompensasi. Akibatnya, kondisi seperti itu hanya muncul pada individu yang
membawa varian patogen pada kedua lokus homolog (dua varian resesif yang identik atau dua varian resesif yang berbeda). Biasa nya, orang-orang
tersebut memiliki dua orang tua yang tidak terpengaruh, yang keduanya merupakan pembawa heterozigot non-simtomatik dari satu penyakit.
alel patogen (Gambar 11). Anak-anak dari dua orang tua pembawa memiliki peluang 25% untuk mewarisi kedua patogen tersebut
varian, sedangkan anak-anak dari individu yang terkena dampak adalah pembawa wajib varian patogen. Insiden penyakit
sering meningkat pada keluarga yang orang tuanya berkerabat dekat (berkaitan dengan keturunan). Dalam keluarga dengan banyak orang
generasi yang terkena dampak, penyakit resesif autosomal sering kali melewati satu generasi atau lebih.
resesif terkait-X
Penyakit yang disebabkan oleh varian resesif pada lokus yang terletak pada kromosom X mempengaruhi perempuan dan laki-laki secara berbeda.
Laki-laki memiliki satu kromosom X, oleh karena itu, jika mereka membawa varian patogen, mereka tidak memiliki alel kedua
untuk mengkompensasi efeknya, dan akan terkena penyakit. Semua anak perempuan mereka akan mewarisi kromosom X mereka,
oleh karena itu mereka akan menjadi pembawa virus, sedangkan anak laki-laki mereka tidak akan terkena dampaknya (Gambar 12). Karena perempuan membawa dua kromosom X,
mereka biasanya hanya akan terkena penyakit jika mereka mewarisi satu varian patogen dari gen yang relevan
10.1042/EBC20170053
Gambar 10. Pewarisan dan silsilah autosomal dominan

(A) Pola pewarisan varian autosomal dominan (merah). Hanya kromosom yang relevan yang ditampilkan. (B) Silsilah keluarga dengan kondisi
autosomal dominan. (C) Kunci simbol silsilah.
ayah mereka (yang terkena dampak) dan varian patogen kedua dari ibu mereka, yang mungkin merupakan pembawa penyakit yang
tidak terpengaruh atau individu yang homozigot dan terkena dampak. Namun, karena fenomena inaktivasi kromosom X pada wanita,
varian tersebut seringkali tidak sepenuhnya resesif dan dapat menunjukkan beberapa aspek fenotipe pada wanita pembawa (seperti
yang dijelaskan pada bagian 'Kromosom seks, X dan Y').
X-linked dominan Varian patogen

dominan pada kromosom X biasanya menyerang pria dan wanita (tetapi hal ini juga dipersulit dengan inaktivasi X). Semua anak
perempuan dari laki-laki yang terkena dampak akan mewarisi kondisi ini, sementara semua anak laki-lakinya tidak akan terpengaruh.
Dalam kasus perempuan yang terkena dampak, jika dia memiliki satu varian patogen, anak-anaknya akan memiliki peluang 50% untuk
terkena penyakit tersebut. Namun, jika ia mewarisi varian patogen dari masing-masing orangtuanya, kedua orangtuanya biasanya akan
terkena dampaknya, dan semua anaknya juga akan terkena dampaknya. Situasi sebenarnya mungkin lebih rumit, misalnya pada kondisi
yang muncul terlambat jika orang tua yang tampaknya tidak terkena dampak meninggal sebelum mereka mengembangkan kelainan tersebut atau jika
10.1042/EBC20170053
Gambar 11. Warisan dan silsilah autosomal resesif (A)

Pola pewarisan varian resesif autosomal (merah). Hanya kromosom yang relevan yang ditampilkan. (B) Silsilah keluarga dengan
kondisi resesif autosomal. Lihat Gambar 10C untuk kunci simbol.
Gambar 12. Warisan dan silsilah resesif tertaut-X (A)

Pola pewarisan varian resesif tertaut-X (merah). Hanya kromosom yang relevan yang ditampilkan. (B) Silsilah keluarga dengan
kondisi resesif terkait-X. Lihat Gambar 10C untuk kunci simbol.
salah satu alel patogen bersifat non-penetran karena inaktivasi X non-acak. Kelainan dominan terkait-X jarang terjadi, namun
contohnya ditunjukkan pada Tabel 6.
Terkait Y
Karena kromosom Y sangat kecil dan hanya mengandung sedikit gen, kelainan gen tunggal terkait Y bahkan lebih jarang
dibandingkan kelainan gen dominan terkait X. Karena sebagian besar kromosom Y berada dalam keadaan hemizigot (dengan
pengecualian gen dengan homolog pada kromosom X), definisi resesif dan dominan tidak berlaku; dengan demikian, fenotipe
varian kromosom Y akan terlihat. Akibatnya, laki-laki yang terkena dampak juga memiliki ayah yang terkena dampak, kecuali jika
terjadi mutasi de novo, dan semua anak laki-laki mereka akan terkena dampaknya. Karena anak perempuan dari laki-laki yang
terkena penyakit ini akan mewarisi kromosom X normal dari ayah mereka, dan bukan kromosom Y yang terkena penyakit tersebut,
maka mereka tidak akan terpengaruh, dan keturunan mereka juga tidak akan terpengaruh. Contoh dari kondisi terkait Y adalah
kegagalan spermatogenik nonobstruktif, yang menyebabkan masalah kesuburan pada pria yang dapat diatasi dengan metode
reproduksi berbantuan seperti fertilisasi in vitro (IVF).
Jenis varian dan dampaknya Gangguan Mendel disebabkan

oleh varian patogen pada lokus tunggal (dalam gen tunggal), oleh karena itu, penting untuk membahas secara singkat jenis mutasi
apa yang terlibat dan apa konsekuensinya terhadap fungsi gen. Hal ini tergantung pada
10.1042/EBC20170053
di mana perubahan telah terjadi di dalam rangkaian gen (misalnya di dalam wilayah pengkode, di wilayah kontrol, atau di wilayah
yang terlibat dalam modifikasi pasca-transkripsional).
Mutasi dapat dikategorikan ke dalam mutasi di mana nukleotida ditukar dengan mutasi lain yang jumlah total nukleotidanya tidak
berubah, dan mutasi di mana nukleotida dihapus, disisipkan, atau kombinasi keduanya, yang disertai dengan perubahan jumlah
keseluruhan nukleotida. Jika hanya sedikit nukleotida yang terlibat, hal ini disebut sebagai mikrolesi, jika hanya satu nukleotida
yang terlibat, hal ini disebut sebagai mutasi titik.
Bagian berikut akan menjelaskan secara singkat mutasi pada daerah pengkode, namun lesi mikro di luar daerah pengkode
suatu gen masih dapat menimbulkan konsekuensi yang parah. Mutasi yang mengubah regulasi ekspresi gen (misalnya mutasi
promotor) dapat menyebabkan produksi protein yang dihasilkan terlalu banyak atau terlalu sedikit, sehingga dapat menyebabkan
fenotipe yang nyata. Mutasi juga dapat terjadi pada rangkaian intronik kekal yang berbatasan langsung dengan batas intron-ekson.
Mutasi tersebut kemudian dapat menyebabkan penyambungan transkrip yang menyimpang, dengan konsekuensi selanjutnya pada
protein yang dikodekan. Selain itu, mutasi pada RNA non-pengkode dapat menimbulkan efek yang besar, misalnya pada salah
satu dari banyak miRNA, yang bertindak untuk mengontrol ekspresi gen lain.
Mutasi titik Mutasi titik

adalah mutasi yang mengubah satu nukleotida melalui substitusi (satu pasangan basa digantikan oleh pasangan basa lainnya),
penghapusan atau penambahan. Jika mutasi titik substitusi terjadi di wilayah pengkodean suatu gen, berbagai hasil mungkin
terjadi: mutasi diam atau mutasi sinonim menyebabkan pertukaran satu kodon dengan kodon berbeda yang masih mengkode
asam amino yang sama. Misalnya, kodon ATT, ATC, dan ATA semuanya mengkode asam amino isoleusin dan jika mutasi
mengubah ATT menjadi ATC, hal ini tidak akan menyebabkan perubahan urutan protein yang dikodekan, oleh karena itu, mutasi
tersebut diperkirakan tidak akan mengubah fungsinya. dari protein yang dikodekan. Mutasi missense menyebabkan perubahan
pada kodon sehingga mengkode asam amino yang berbeda. Misalnya, perubahan dari GAG ke GTG akan menyebabkan
penggabungan valin ke dalam protein yang dihasilkan, bukan asam glutamat. Perubahan tersebut dapat menyebabkan hilangnya
fungsi protein yang dihasilkan, atau perubahan fungsi yang drastis, atau mungkin hanya mempunyai efek kecil yang dapat
ditoleransi. Hal ini bergantung pada konteks asam amino dalam protein matang, fungsinya, dan karakteristik kimia asam amino
yang dipertukarkan. Mutasi yang tidak masuk akal menyebabkan kodon asam amino ditukar dengan salah satu dari tiga kodon
stop. Misalnya, perubahan dari TAC ke TAG menyebabkan perubahan dari kodon tirosin menjadi kodon stop. Penerjemahan urutan
pengkodean yang bermutasi menghasilkan pembentukan polipeptida yang terpotong sebelum waktunya, dan sebagian besar
pemotongan tersebut menyebabkan protein non-fungsional, meskipun jika terjadi pada ujung terminal C dari protein, efeknya
mungkin lebih kecil.
Penyisipan, penghapusan dan indels Istilah 'indel'

mengacu pada mutasi yang mengubah jumlah total nukleotida dalam suatu genom, melalui penyisipan, penghapusan atau
kombinasi keduanya. Indels umumnya mengacu pada perubahan kecil dari mutasi titik, hingga 1 kb. Indel yang terjadi dalam
rangkaian yang mengontrol tingkat ekspresi gen atau penyambungan transkrip akan menyebabkan ekspresi atau penyambungan
gen yang menyimpang, tetapi efek indel dalam rangkaian pengkodean bergantung pada jumlah sebenarnya nukleotida yang dimasukkan atau d
Penghapusan tiga (atau kelipatan tiga) nukleotida dari urutan pengkodean sama dengan penghapusan satu (atau lebih) kodon
dan akan menyebabkan ekspresi protein di mana satu (atau lebih) asam amino dihilangkan, tanpa perubahan pada asam amino.
urutan asam amino yang tersisa (Gambar 13). Polipeptida tersebut mungkin masih berfungsi. Namun, jika sejumlah nukleotida
yang tidak habis dibagi tiga dihapus dari wilayah pengkodean, semua kodon berikutnya akan diubah, sebuah fenomena yang
disebut 'pergeseran bingkai' (Gambar 13). Ribosom menerjemahkan molekul mRNA satu triplet (kodon) pada satu waktu, sebelum
berpindah ke triplet berikutnya. Jika satu nukleotida dihapus, ribosom masih akan menerjemahkan satu triplet pada satu waktu,
namun mulai dari titik penghapusan dan seterusnya, setiap triplet sekarang akan berbeda dari yang semula ada. Hal ini akan
mengarah pada pembentukan polipeptida yang urutannya akan berbeda sepenuhnya dari yang semula ada. Seringkali, pergeseran
bingkai seperti itu menyebabkan kodon berhenti dibawa ke dalam bingkai pembacaan segera setelah titik penghapusan, sehingga
memotong protein.
Penyisipan nukleotida mengikuti prinsip yang sama. Penyisipan tiga (atau kelipatan tiga) nukleotida menyebabkan penyisipan
satu (atau lebih) asam amino ke dalam protein yang diterjemahkan, sedangkan penyisipan sejumlah nukleotida yang tidak habis
dibagi tiga akan menyebabkan mutasi frameshift.
Contoh kelainan gen tunggal Kasus khusus dari mutasi

penyisipan adalah kelainan ekspansi pengulangan nukleotida, biasanya kelainan pengulangan triplet (Tabel 7). Pengulangan
trinukleotida adalah rangkaian berulang di mana kembar tiga nukleotida diulangi secara bersamaan beberapa kali; dalam beberapa
kasus, pengulangan ini terletak dalam urutan pengkodean dan diterjemahkan sebagai bentangan polipeptida
10.1042/EBC20170053
Gambar 13. Penyisipan dan

penghapusan (1) Urutan tipe liar yang terdiri dari kata tiga huruf. (2) Penyisipan tiga huruf akan menyisipkan kata tiga huruf lainnya,
dan sisa urutannya tidak berubah. (3,4) Penghapusan sejumlah huruf yang merupakan kelipatan tiga akan menghilangkan sejumlah
kata, namun sisa rangkaiannya tidak berubah. Perhatikan bahwa kalimat yang dihasilkan masih (kurang lebih) masuk akal.
Penghapusan (5) atau penyisipan (6) sejumlah huruf yang bukan kelipatan tiga mengubah seluruh kata yang terdiri dari tiga huruf
setelah titik penghapusan/penyisipan. Kalimat yang dihasilkan tidak masuk akal lagi. Kedua kasus ini merupakan contoh mutasi frameshift.
terdiri dari pengulangan asam amino yang sama. Pengulangan trinukleotida lainnya terletak pada urutan non-coding. Ada kemungkinan
bahwa adanya pengulangan yang diperluas dalam transkrip bersifat racun bagi mesin pemrosesan RNA di dalam nukleus. Urutan nukleotida
dari pengulangan trinukleotida seringkali (CAG)n atau (CTG)n, dimana n adalah jumlah unit pengulangan, tetapi pengulangan trinukleotida
lainnya juga diketahui. Salah satu aspek yang tidak biasa dari pengulangan ini adalah bahwa pengulangan tersebut dapat menjadi tidak
stabil dan meluas, sehingga jumlah pengulangan meningkat secara dramatis dari satu generasi ke generasi berikutnya, sebuah fenomena
yang disebut 'antisipasi'. Selain itu, pengulangan (dalam jumlah tertentu) dapat menjadi tidak stabil melalui pembelahan sel somatik,
sehingga sel-sel di beberapa jaringan menunjukkan jumlah pengulangan yang sangat bervariasi dalam alel yang diperluas. Dalam semua
kasus gangguan ekspansi pengulangan trinukleotida yang diketahui, individu yang mengalami pengulangan hingga batas tertentu tidak
menunjukkan gejala klinis apa pun, sedangkan individu yang mengalami pengulangan yang lebih lama menunjukkan gejala yang semakin parah.
Penyakit Huntington Penyakit

Huntington (HD) adalah salah satu kelainan ekspansi berulang trinukleotida di mana pengulangan CAG mengkodekan saluran poliglutamin
dalam wilayah pengkodean gen huntertin HTT pada kromosom 4p16. Ini adalah kelainan neurodegeneratif progresif dengan pasien yang
menderita kehilangan dan atrofi sel saraf progresif. Gejalanya dimulai dengan perubahan kepribadian dan suasana hati, diikuti dengan
kemunduran kemampuan fisik dan mental. Fungsi protein berburutin tidak jelas, namun penting untuk perkembangan. Warisan mengikuti
pola autosomal dominan, yang disebabkan oleh peningkatan fungsi yang terkait dengan ekspansi berulang. Individu yang tidak terkena
penyakit ini memiliki antara 9 dan 35 pengulangan CAG, penetrasi tidak lengkap terjadi pada pembawa 36-39 pengulangan, sedangkan
penyakit ini sepenuhnya menembus ketika terdapat 40 atau lebih pengulangan. Alel yang mengandung 250 atau lebih pengulangan telah
dilaporkan.
Meskipun alel berulang 9-30 hampir selalu ditularkan tanpa perubahan ke generasi berikutnya, alel yang lebih besar menunjukkan
ketidakstabilan, baik di jaringan somatik maupun di garis germinal, dengan kecenderungan berkembang dari satu generasi ke generasi berikutnya.
10.1042/EBC20170053
Tabel 7 Contoh gangguan ekspansi berulang nukleotida
Perkiraan
Penyakit Gen Mengulang Jarak normal Kisaran patogen Ciri-ciri penyakit kejadian
Penyakit Huntington HTT CAG (pengkodean 9–35 36–39 (mungkin Gerakan yang 3–7/100000
glutamin) patogen) >39 tidak terkendali, masalah
(patogen) emosional, hilangnya
kemampuan kognitif
Distrofi miotonik tipe 1 DMPK CTG (3 -UTR) 5–37 50–150 (terdampak Pengecilan dan >1/8000
ringan) kelemahan
100–1000 (gejala otot progresif, kontraksi
klasik) >2000 otot, katarak,
(onset kongenital) 55– kelainan jantung
200
Sindrom tremor/ataksia FMR1 CGG (5 -UTR) 5–40 (pra-mutasi sehubungan Ataksia, tremor, 1/4000 laki-laki, 1/8000
terkait Fragile X dengan FXS) penurunan kognitif, perempuan (lebih ringan
(FXTAS) ketidakmampuan pada perempuan)
belajar, masalah
tekanan
Sindrom Fragile X FMR1 CGG (5'-UTR) 5–40 darah 200-beberapa ribu Masalah perkembangan
(FXS) termasuk
ketidakmampuan
belajar dan
gangguan intelektual,
gangguan spektrum
autistik, defisit perhatian
Ataksia Friedreich FXN GAA (dalam intron 1) 5–33 66 hingga >1000 Gangguan koordinasi 1/40000 pada orang
otot, kehilangan kekuatan Eropa, Tengah
dan sensasi, Keturunan Afrika Timur atau
kekakuan otot, Utara
gangguan bicara,
pendengaran, dan
penglihatan, penyakit jantung
Empat gen yang mengalami ekspansi berulang ditampilkan, dengan gen yang terpengaruh, urutan berulang, rentang pengulangan normal dan patogen, gambaran penyakit utama, dan
perkiraan kejadian.
Berikutnya. Terdapat korelasi antara jumlah kekambuhan dan tingkat keparahan penyakit, serta korelasi terbalik antara jumlah kekambuhan
dan usia timbulnya penyakit. Tingkat ketidakstabilan pengulangan juga sebagian besar sebanding dengan jumlah pengulangan, dan juga
dipengaruhi oleh jenis kelamin orang tua yang menularkan, dengan peningkatan yang lebih besar terjadi pada penularan laki-laki. Hal ini
mengarah pada 'antisipasi' di mana individu yang tampak sehat mungkin mempunyai anak dengan gejala HD yang terlambat dan cucu
dengan gejala yang lebih parah dan gejala yang timbul lebih awal, dan seterusnya.
Achondroplasia
Achondroplasia (ACH) adalah bentuk dwarfisme yang paling umum pada manusia dan diturunkan secara autosomal dominan dengan
penetrasi 100%. Individu dengan ACH memiliki anggota badan yang lebih pendek, kepala besar, dan ukuran batang tubuh yang relatif
normal.
ACH disebabkan oleh varian spesifik pada FGFR3, gen reseptor faktor pertumbuhan fibroblast (FGF) 3 (FGFR3), pada kromosom
4p16. Hampir semua individu dengan ACH adalah heterozigot untuk varian yang menyebabkan substitusi arginin dengan glisin pada
posisi 380 (p.Gly380Arg) pada protein matang. Delapan puluh persen kasus ACH disebabkan oleh mutasi de novo secara spontan, yang
sering terjadi selama spermatogenesis. FGFR3 adalah protein reseptor transmembran yang berikatan dengan ligan FGF dan memicu
proses pensinyalan intraseluler. Salah satu proses tersebut adalah penghambatan proliferasi kondrosit pada lempeng pertumbuhan tulang
panjang. Varian p.Gly380Arg di FGFR3 menghasilkan versi reseptor yang aktif secara konstitutif yang selanjutnya dapat diaktifkan
dengan mengikat FGF. Oleh karena itu, varian ini bertindak sebagai mutasi perolehan fungsi. Akibatnya, proliferasi kondrosit pada
lempeng pertumbuhan terhambat secara konstitutif.
Meskipun salah satu varian alel tersebut (dalam keadaan heterozigot) menyebabkan ACH, homozigositas berakibat fatal sebelum
kelahiran atau masa perinatal. Menariknya, varian hilangnya fungsi pada FGFR3 juga telah dijelaskan yang menyebabkan kondisi
berbeda, camptodactyly, sindrom perawakan tinggi dan gangguan pendengaran (CATSHL). Ini adalah contoh di mana varian yang
berbeda dari gen yang sama menghasilkan fenotipe yang berbeda, sehingga disebut 'kelainan alelik'.
10.1042/EBC20170053
Gambar 14. Gejala CF bergantung pada aktivitas sisa CFTR Sisi

kiri menunjukkan skala aktivitas protein sisa CFTR, antara 0 dan 100%. Sisi kanan menunjukkan gejala yang sesuai. Perhatikan bahwa
heterozigot, yang membawa satu alel CF patogen, masih mempertahankan 50% aktivitas CFTR, oleh karena itu mungkin tidak menunjukkan
gejala atau hanya menunjukkan gejala ringan. Hanya pasien dengan sisa aktivitas CFTR 5% atau kurang yang menunjukkan gejala CF penuh. Gambar diadaptasi
dari Davis 2001.
Fibrosis kistik
Fibrosis kistik (CF) sebagian besar menyerang paru-paru (mengakibatkan kesulitan bernapas dan seringnya infeksi
paru-paru) dan pankreas (dengan gangguan fungsi eksokrin), namun hati, ginjal, usus, dan sistem reproduksi pria
juga sering terkena. Ini adalah penyakit genetik mematikan yang paling umum di antara orang Kaukasia, dan
diturunkan dalam pola resesif autosomal.
CF disebabkan oleh varian patogen pada gen CFTR, yang mengkode pengatur konduktansi transmembran CF, suatu
protein transmembran yang berfungsi sebagai saluran klorida selektif. Jika protein CFTR tidak berfungsi dengan baik,
keseimbangan klorida antara bagian dalam dan luar sel menjadi terganggu, sehingga menyebabkan penumpukan lendir
di saluran sempit pada organ yang terkena seperti paru-paru. Penyumbatan tersebut menyebabkan kerusakan dan
berkurangnya fungsi organ-organ tersebut. Gen CFTR terletak pada kromosom 7q31 dan mengkode protein dari 1480
asam amino. Gen ini memiliki panjang sekitar 250.000 nts dan lebih dari 2000 varian patogen telah diidentifikasi dalam
urutannya. Varian-varian ini terbagi dalam kelas-kelas yang berbeda (misalnya varian dimana sintesis proteinnya tidak
sempurna, varian yang produksi protein normalnya berkurang, varian yang protein sintesisnya tidak diproses dengan
baik dan tidak mencapai membran, dan lain-lain). Selama seseorang membawa satu alel fungsional CFTR, mereka
mungkin tidak menunjukkan gejala apa pun atau hanya sangat ringan (Gambar 14), namun individu yang membawa dua
varian patogen akan menunjukkan gejala yang bergantung pada jumlah protein fungsional yang dihasilkan. Varian
patogen yang paling umum, mewakili sekitar 70% alel CF Kaukasia, adalah penghapusan kodon untuk fenilalanin pada
posisi 508 (p.Phe508del) dalam protein matang. Varian khusus ini menyebabkan sintesis protein yang tidak terlipat
dengan baik menjadi bentuk 3D, dan terdegradasi oleh sel sebelum dapat mencapai membran, sehingga menunjukkan hilangnya fungsi.
10.1042/EBC20170053
Gambar 15. Struktur mitokondria

Mitokondria memiliki dua membran; membran bagian dalam terlipat menjadi serangkaian krista yang merupakan pembawa elektron
dan ATP sintase, yang bertanggung jawab untuk menghasilkan ATP. Matriks mitokondria berisi banyak salinan mtDNA melingkar
(gambar oleh Mariana Ruiz Villarreal, direproduksi dari Wikimedia Commons: Public Domain).
Gangguan mitokondria Mitokondria –

struktur dan fungsi Mitokondria adalah organel seluler
yang mengandung genom yang tidak bergantung pada genom inti, dan diperkirakan muncul dari hubungan
simbiosis antara sel bakteri primitif dan prekursor sel eukariotik. Mitokondria adalah 'pembangkit tenaga listrik'
sel dan bertanggung jawab untuk menghasilkan energi dalam bentuk ATP. Selain itu, organel ini merupakan
struktur kunci dalam mengendalikan proses kematian sel terprogram atau apoptosis. Dengan demikian, mereka
mewujudkan kehidupan dan kematian sel. Strukturnya seperti kapsul (Gambar 15) dengan dua membran, bagian
luar dan dalam, serta ruang antar membran di antara keduanya. Membran bagian dalam terlipat membentuk
krista yang meningkatkan luas permukaan keseluruhan dan mengandung serangkaian kompleks protein dan
rantai transpor yang terlibat dalam produksi ATP.
Pembangkitan energi oleh mitokondria melibatkan beberapa tahap yang secara kolektif dikenal sebagai respirasi
sel. Pertama, gula (biasanya glukosa) yang diambil oleh sel dipecah melalui glikolisis di sitoplasma, untuk
menghasilkan dua molekul piruvat, NADH dan ATP. Piruvat yang dihasilkan dalam glikolisis diubah menjadi asetil
KoA yang kemudian memasuki siklus Krebs – kedua reaksi tersebut terjadi di matriks mitokondria. Produk dari siklus
Krebs adalah NADH, yang mengalami fosforilasi oksidatif pada tahap terakhir respirasi sel. Dalam fosforilasi oksidatif,
yang terjadi pada krista membran bagian dalam, elektron ditransfer dari NADH atau FADH2 ke O2 melalui
serangkaian pembawa elektron (Gambar 16). Sebagai hasil dari proses ini, ATP terbentuk.
Pengendalian beberapa aspek apoptosis atau kematian sel terprogram (disebut demikian karena kelangsungan
hidup atau kematian sel ditentukan oleh keseimbangan komponen seluler) merupakan fungsi mitokondria penting
lainnya. Pada tahap awal apoptosis, mitokondria melepaskan sitokrom c, komponen penting dari rantai transpor
elektron, yang memulai jalur aktivasi procaspase, yang merupakan pusat apoptosis. Kunci dalam memediasi
mitokondria untuk melepaskan sitokrom c adalah protein dari keluarga BCL yang berada di membran luar mitokondria.
Genom mitokondria Terletak di

matriks mitokondria, genom mitokondria ada sebagai molekul dsDNA melingkar (Gambar 17), berukuran
sekitar 16500 bp yang mengkode 37 gen, yang masing-masing gen penting untuk fungsi mitokondria.
Namun, banyak protein yang dikodekan DNA inti juga berkontribusi pada pembentukan dan fungsi
mitokondria. Setiap sel berisi ribuan mitokondria dan setiap mitokondria berisi banyak salinan genom mitokondria
10.1042/EBC20170053
Gambar 16. Rantai transpor elektron

Pada membran dalam mitokondria, elektron dari NADH dan FADH2 melewati rantai transpor elektron menuju oksigen yang kemudian
mengalami reaksi reduksi sehingga menghasilkan air. Rantai tersebut terdiri dari lima kompleks dan serangkaian pengangkut
elektron dan elektron diteruskan dari donor ke akseptor di sepanjang rantai, melepaskan energi yang digunakan untuk menghasil kan
gradien proton melintasi membran mitokondria (gambar direproduksi dari Wikimedia Commons: Public Domain).
Tiga belas dari 37 gen mitokondria mengkode subunit dari empat kompleks pernapasan yang terlibat dalam
fosforilasi oksidatif, yang terletak di membran bagian dalam, sedangkan sisanya mengkode 22 tRNA dan 2 rRNA.
Mayoritas komponen kompleks pernapasan diekspresikan dari genom inti dan diangkut ke mitokondria.
Genom mitokondria unik dalam beberapa hal. Hampir 93% mtDNA berkode, dibandingkan dengan genom inti yang
hanya 3% yang mengkode, dan mtDNA bebas dari intron, histon, dan tanda epigenetik. MtDNA memiliki tingkat
mutasi 100 kali lebih tinggi dibandingkan genom inti, karena sistem perbaikan mtDNA kurang kuat (lebih rawan
kesalahan) dibandingkan sistem perbaikan DNA inti dan karena lingkungan internal organel mempunyai lebih banyak
molekul reaktif yang dapat merusak DNA (dari produk rantai transportasi pernapasan). Yang penting, mtDNA hanya
diwariskan secara ibu – perempuan akan mewariskan mitokondria kepada semua anaknya, sedangkan laki -laki
biasanya tidak mewariskan satu pun mitokondrianya (Gambar 18).
Heteroplasma adalah fitur penting dari genom mitokondria – ini berarti bahwa tidak semua salinan genom
mitokondria dalam sel adalah sama (Gambar 19). Jika varian tertentu terdapat pada semua salinan genom mitokondria
dalam suatu sel, sel tersebut dikatakan homoplasma untuk mutasi tersebut. Situasi dimana beberapa mitokondria
mengandung mutasi sementara yang lain tidak disebut sebagai heteroplasma. Jelas ini merupakan fenomena penting
ketika mempertimbangkan pewarisan mutasi mitokondria (dibahas di bawah) karena keturunannya mungkin mewarisi
mitokondria mutan dalam jumlah tinggi atau rendah dari ibu pembawa.
10.1042/EBC20170053
Gambar 17. Genom mitokondria

Berbentuk melingkar dan beruntai ganda, tanpa intron, genom mitokondria terdiri dari 37 gen yang mengkode komponen kompleks
pernapasan yang terlibat dalam fosforilasi oksidatif serta tRNA dan rRNA. Banyak komponen kompleks pernapasan dikodekan oleh
DNA inti (gambar direproduksi dari Wikimedia Commons: Public Domain).
Gambar 18. Warisan mitokondria

Dalam kasus mutasi mitokondria (lihat bagian berikut), ibu yang terkena dampak (A) akan meneruskan mutasi tersebut kepada
semua anaknya karena mitokondria diwariskan dari pihak ibu. Sebaliknya mutasi mitokondria (B) pihak ayah tidak akan menular
kepada anaknya.
10.1042/EBC20170053
Gambar 19. Heteroplasma

Sel germinal primordial yang mengandung campuran mtDNA mutan dan mtDNA normal dapat menghasilkan oosit yang mempunyai muatan mutasi
tinggi, sedang, atau rendah, bergantung pada wilayah sitoplasma yang berkontribusi terhadapnya.
Mitokondria dan penyakit Sejumlah kondisi,

mulai dari gangguan pendengaran terkait usia hingga bentuk epilepsi dan diabetes tertentu, berhubungan dengan mutasi pada
genom mitokondria, dengan fenotipe dan tingkat keparahan yang sangat bervariasi. Seringkali mempengaruhi jaringan dengan
kebutuhan energi tinggi seperti jaringan otot dan saraf, terdapat tumpang tindih yang signifikan antara fenotipe yang disebabkan
oleh mutasi yang berbeda. Sebagai contoh, dua kondisi berbeda secara fenotip yang disebabkan oleh mutasi mitokondria
dijelaskan di bawah ini.
Neuropati optik herediter Leber (LHON) adalah kelainan penglihatan yang diturunkan secara mitokondria, dengan insiden yang
dilaporkan sekitar 1/30.000 hingga 1/50.000 kelahiran di populasi Eropa dan gejalanya biasanya muncul pada usia remaja atau dua
puluhan. Area sentral penglihatan cenderung terkena dampak paling parah, dengan penglihatan kabur dan keruh yang berlanjut hingga
hilangnya ketajaman dan penglihatan warna pada tahap selanjutnya. Patogenesis kondisi ini disebabkan oleh kematian sel di saraf optik.
Mutasi pada sejumlah gen mitokondria, termasuk gen yang mengkode beberapa NADH dehidrogenase (MT-ND 1, 4 dan 6), diketahui
menyebabkan LHON.
Hubungan pasti antara mutasi ini dan kematian sel saraf optik masih belum diketahui, dan hal ini semakin diperumit dengan fakta bahwa
hingga 85% orang yang mengalami mutasi ini tidak pernah mengalami masalah penglihatan. Pada beberapa keluarga, terdapat komplikasi
tambahan, termasuk konduksi jantung dan masalah neurologis ringan. Meskipun banyak mutasi berbeda telah dikaitkan dengan LHON,
satu dari tiga mutasi missense diperkirakan terjadi pada 90% keluarga yang terkena dampak. Diagnosis genetik dari mutasi penyebab
penyakit mitokondria seperti LHON dapat dilakukan dengan menggunakan teknik berbasis PCR, seperti PCR spesifik alel.
Sindrom Leigh, berbeda dengan LHON, biasanya muncul pada tahun pertama kehidupan. Ini adalah kondisi neurologis yang parah dan
progresif, dengan hilangnya keterampilan mental dan motorik secara progresif. Anak-anak yang terkena penyakit ini biasanya meninggal
dalam waktu 2 atau 3 tahun setelah pertama kali menunjukkan gejala, umumnya karena gagal napas. Dengan frekuensi keseluruhan yang
mirip dengan LHON, sindrom Leigh ditemukan di beberapa populasi (misalnya di Quebec, Kanada) dengan frekuensi yang jauh lebih tinggi.
Lesi pada ganglia basalis, otak kecil, dan batang otak terlihat pada pemindaian MRI pada individu yang terkena dampak. Mutasi nuklir dan
mtDNA telah diamati pada kondisi ini, mempengaruhi kompleks II, III, IV serta ATP sintase, juga dikenal sebagai kompleks V.
10.1042/EBC20170053
Gambar 20. Terapi penggantian mitokondria ('bayi dengan tiga orang tua')
Telur dipanen (1) dari calon ibu, yang mitokondrianya dipengaruhi oleh varian DNA patogen. Inti diekstraksi dari telur (2). Telur juga
diambil (3) dari donor betina yang memiliki mitokondria sehat, dan inti sel telur dikeluarkan, sehingga hanya menyisakan sitoplasma
(4). Sekarang inti (2) disuntikkan ke dalam sel telur yang telah dienukleasi (4) untuk menghasilkan sel telur (5) yang memiliki DNA
inti calon ibu, dan mitokondria yang sehat. Kini bayi tersebut dapat dibuahi secara in vitro menggunakan sperma dari ayah (6), dan
dibiarkan berkembang selama beberapa hari sebelum ditanamkan ke calon ibu.
Terapi untuk penyakit mitokondria Sejumlah

pendekatan tradisional telah digunakan untuk memerangi gejala penyakit mitokondria, terutama dalam bentuk
suplemen makanan, namun kurang berhasil. Baru-baru ini, beberapa strategi, termasuk transfer gen menggunakan
vektor virus terkait adeno telah diujicobakan, dalam upaya untuk menggantikan gen yang bermutasi.
Namun, karena saat ini tidak ada strategi yang efektif untuk mengobati penyakit mitokondria, pendekatan pencegahan
dibandingkan pengobatan tampaknya sangat menarik. Wanita yang membawa mutasi mitokondria memiliki pilihan untuk
menggunakan sel telur donor atau adopsi untuk menghindari kemungkinan memiliki anak yang terkena dampak, namun
kemungkinan memiliki anak kandung yang sehat lebih menarik bagi banyak orang. Oleh karena itu, terapi penggantian mitokondria
atau 'bayi dengan tiga orang tua', yang mana nukleus dikeluarkan dari sel telur yang mengandung mitokondria yang bermutasi
dan ditempatkan ke dalam sel telur yang dienukleasi dari donor yang sehat, semakin diminati dalam beberapa tahun terakhir.
Ada dua pendekatan utama untuk mencapai hal ini – transfer pronuklir dan transfer inti spindel (Gambar 20). Dengan transfer
pronuklear, yang saat ini merupakan teknik yang disetujui di Inggris, sel telur ibu dan sel telur donor dibuahi dengan sperma ayah.
Selanjutnya inti dari setiap sel telur yang telah dibuahi dikeluarkan dan inti sel telur donor kemudian diganti dengan inti sel
induknya. Dalam teknik alternatif (transfer spindel), inti sel dikeluarkan dari sel telur ibu yang tidak dibuahi dan kemudian
dimasukkan ke dalam sel telur donor yang intinya telah dikeluarkan. Pembuahan dengan sperma ayah kemudian terjadi. Meskipun
Inggris menyetujui transfer pronuklir pada tahun 2016, bayi pertama yang lahir menggunakan teknik ini adalah anak laki-laki yang
lahir dari orang tua Yordania di sebuah klinik di Meksiko, untuk menghindari penularan mutasi mitokondria yang menyebabkan
sindrom Leigh. Diharapkan lebih banyak bayi yang dapat dikandung dengan menggunakan teknik ini.
Epigenetika
Pendahuluan
Urutan nukleotida genom manusia mengandung sejumlah besar informasi kompleks yang diperlukan untuk
manusia sehat, dan perubahan pada urutan DNA dapat menyebabkan keadaan penyakit seperti yang dijelaskan
di bagian sebelumnya. Namun, ada lapisan informasi lain yang ditumpangkan pada informasi urutan nukleotida,
dan studi atas informasi tambahan ini disebut sebagai 'epigenetika', sebuah istilah yang berasal dari bahasa
Yunani dan secara harfiah berarti 'di atas genetika'. Informasi epigenetik ini berbentuk gugus kimia (misalnya metil
10.1042/EBC20170053
Gambar 21. Metilasi sitosin dan akibat deaminasi metil-C (A) Sitosin dapat dimetilasi
menghasilkan 5-metilsitosin; ini mungkin mengalami deaminasi spontan untuk menghasilkan timin. Panah menunjukkan posisi
perlekatan pada cincin deoksiribosa. (B) Dinukleotida CG (ditunjukkan dengan garis vertikal) relatif jarang terdapat dalam genom
secara keseluruhan dibandingkan dengan frekuensi yang diharapkan. Hal ini diyakini sebagai konsekuensi evolusi dari deaminasi
metilsitosin yang menyebabkan konversi banyak pasangan basa C – G dalam dinukleotida CG menjadi T – A. Namun karena
pentingnya metilasi DNA dalam regulasi transkripsi (lihat Gambar 25), dinukleotida CG terdapat pada frekuensi yang lebih tinggi di
sekitar daerah promotor (lokasi awal transkripsi) gen, sehingga menghasilkan apa yang disebut 'pulau CG' (juga dikenal sebagai pulau CpG) .
Gambar 22. Metilasi terjadi pada C dari urutan CG dan memfasilitasi pengikatan protein pengatur spesifik ke
DNA
Perhatikan bahwa sekuens CG bersifat palindromik, dalam arti sekuens yang sama terjadi pada arah 5 hingga 3 pada kedua untai
DNA. Singkatan: N, nukleotida apa saja.
kelompok) melekat pada DNA atau melekat pada protein histon di sekitar DNA yang dibungkus kromatin. Konsep
kuncinya adalah bahwa informasi epigenetik dapat diwariskan antar generasi sel.
Metilasi DNA Pada

manusia (dan juga mamalia lainnya) sitosin dalam urutan dinukleotida CG dapat termetilasi (Gambar 21). Perhatikan
perbedaan antara pasangan basa C–G (di mana C dan G berada pada untaian DNA yang berlawanan) dan dinukleotida
CG, yang merupakan rangkaian CG di sepanjang satu untai DNA yang dibaca dalam arah 5 hingga 3 (akibatnya, ini
adalah sering disebut sebagai CpG, untuk menunjukkan hubungan fosfat pada tulang punggung DNA). Namun, karena
adanya komplementaritas DNA, maka akan terdapat juga urutan CG pada arah 5 hingga 3 pada untai DNA lainnya (Gambar 22).
Sitosin yang termetilasi dikenali oleh protein spesifik, yang berikatan dengan DNA di lokasi ini, dan sering kali mengarah
pada perekrutan protein lebih lanjut; kompleks protein ini dapat menyebabkan perubahan struktur kromatin dan aktivitas
gen, biasanya dengan mempengaruhi modifikasi histon.
10.1042/EBC20170053
Gambar 23. Metilasi dan demetilasi Proses

metilasi dimulai dengan penambahan gugus metil pada satu untai DNA oleh DNMT3A atau DNMT3B. DNA hemimetilasi yang dihasilkan menjadi
termetilasi penuh oleh aksi DNMT1. Penghapusan gugus metil dari DNA mungkin aktif (melibatkan demetilase DNA) atau pasif (jika tidak ada
pemeliharaan – lihat juga Gambar 24). Singkatan: m, metil (CH3)
kelompok.
Sel memiliki beberapa enzim berbeda yang bertanggung jawab untuk metilasi DNA, DNA methyltransferases (DNMTs).
Dua di antaranya, DNMT3A dan DNMT3B, tampaknya berspesialisasi dalam metilasi de novo, sedangkan peran utama
DNMT1 tampaknya berada dalam metilasi pemeliharaan (Gambar 23). Pentingnya pemeliharaan metilasi terbukti ketika
replikasi DNA dipertimbangkan (Gambar 24). Ketika DNA yang termetilasi direplikasi oleh aksi DNA polimerase, untai
baru akan dihasilkan melalui penggabungan nukleotida trifosfat standar, dan dengan demikian tidak ada gugus metil
yang akan ada. Jika DNA ini direplikasi lagi, DNA yang baru disintesis tidak akan mengalami metilasi.
Namun, DNA yang mengalami hemimetilasi dikenali oleh DNMT1, yang akan memetilasi sitosin pada untai komplementer.
Hal ini memastikan bahwa pola metilasi DNA diwariskan antar generasi sel.
Pola metilasi dalam DNA bersifat dinamis dan dapat diubah sebagai respons terhadap rangsangan atau pada tahap
perkembangan tertentu. Untuk mencapai hal ini, diperlukan enzim yang dapat menghilangkan gugus metil dari DNA: DNA
demethylases.
Modifikasi histon Untuk

pengemasan menjadi kromatin pada eukariota, DNA dililitkan di sekeliling oktamer histon; setiap oktamer mengandung
dua molekul masing-masing H2A, H2B, H3 dan H4. Oktamer histon membentuk bentuk seperti cakram, dengan ekor
terminal-N dari masing-masing histon menonjol dari cakram ini. Protein histon mengalami berbagai modifikasi pasca-
translasi, yang meliputi asetilasi, metilasi, fosforilasi, dan ubiquitinasi. Seperti metilasi DNA, modifikasi ini dapat diubah
sebagai respons terhadap perubahan keadaan, dan mempengaruhi pemadatan kromatin dan aksesibilitasnya oleh
faktor transkripsi dan protein lain (Gambar 25). Modifikasi histone yang paling mudah dipahami adalah yang terjadi pada
ekor terminal-N. Misalnya, asetilasi residu lisin pada ekor terminal-N membuat kromatin menjadi kurang kompak dan
dengan demikian memfasilitasi transkripsi. Gugus asetil dapat ditambahkan oleh gugus enzim histone acetyl transferase
(HAT), dan dihilangkan oleh histone deacetylases (HDACs); dengan demikian aktivitas HAT akan memfasilitasi transkripsi,
sedangkan aktivitas HDAC cenderung menghambat transkripsi.
Status metilasi DNA dapat mempengaruhi modifikasi histon dan sebaliknya. Misalnya, protein pengikat metil-C dapat
merekrut HDAC ke tempat metilasi DNA, dan metilasi histon dapat memfasilitasi atau menghambat metilasi DNA,
bergantung pada asam amino mana yang telah dimetilasi dalam histon. Salah satu konsekuensi dari semua modifikasi
ini adalah, meskipun semua sel kita mungkin mengandung genom yang sama dan juga gen yang sama, pola gen mana
yang mungkin aktif atau tidak aktif dalam sel atau jenis jaringan tertentu bergantung pada modifikasi yang ada pada sel
tersebut. DNA dan protein histon: epigenetika.
10.1042/EBC20170053
Gambar 24. Status metilasi DNA diwariskan tetapi memerlukan

pemeliharaan (A) Cs dalam dinukleotida CG (biru) mewakili lokasi metilasi potensial. Pada bagian DNA ini, situs 1 dan 2 termetilasi
penuh (yaitu pada kedua untai DNA), namun situs 3 tidak termetilasi. (B) Setelah replikasi, untaian DNA baru (hijau) tidak termetilasi;
putaran replikasi lebih lanjut dari DNA yang mengalami hemimetilasi ini akan menghasilkan beberapa DNA yang tidak termetilasi.
Namun, DNA hemimetilasi adalah substrat untuk pemeliharaan metilase, DNMT1. (C) Molekul DNA anak sekarang termetilasi
penuh pada posisi awal termetilasi (1 dan 2), namun tetap tidak termetilasi pada posisi 3, yang tidak termetilasi pada cetakan DNA asli.
Singkatan: m, gugus metil (CH3).
Pencetakan kromosom Beberapa

wilayah genom manusia, yang melibatkan sekitar 100 gen, menjadi tidak aktif melalui mekanisme epigenetik
bergantung pada asal induknya. Untuk beberapa gen, hanya alel pihak ayah saja yang aktif, sedangkan salinan
pihak ibu tidak aktif secara epigenetik sepanjang hidup individu. Untuk gen lain, salinan dari pihak ibu lah yang aktif
dan salinan dari pihak ayahlah yang secara epigenetik dibungkam. Proses pembungkaman epigenetik dengan cara
spesifik asal-asal disebut sebagai 'pencetakan kromosom', dan melibatkan metilasi DNA, modifikasi histon, serta
faktor protein dan RNA tambahan. Selama gametogenesis semua jejak sebelumnya dihilangkan dari DNA, dan jejak
baru terbentuk: jejak perempuan selama oogenesis dan jejak laki-laki selama spermatogenesis (Gambar 26),
sehingga setiap embrio harus menerima kromosom dengan serangkaian jejak yang saling melengkapi dan oleh
karena itu satu salinan aktif dari setiap jejak. gen yang tercetak.
Apa tujuan dari pencetakan? Secara umum, jejak pihak ayah mengarah pada pola ekspresi gen yang terkait dengan
peningkatan pertumbuhan, dan jejak ibu mengarah pada pola ekspresi gen yang terkait dengan penurunan pertumbuhan.
Beberapa teori mengenai asal mula pencetakan berkaitan dengan ko-evolusi adaptif. Teori lain didasarkan pada konflik yang
berkaitan dengan strategi keberhasilan reproduksi: ibu harus melakukan investasi energi yang lebih besar pada anaknya dibandingkan dengan ibu.
10.1042/EBC20170053
Gambar 25. Status kromatin dipengaruhi oleh metilasi DNA dan asetilasi histon. Dalam kromatin
aktif, ekor N-terminal protein histon diasetilasi (oleh HAT); tambahan muatan positif mendorong pengepakan nukleosom yang lebih longgar sehingga
membuat DNA lebih mudah diakses oleh protein lain dan dengan demikian memfasilitasi transkripsi. Penambahan gugus metil ke dinukleotida CG
(oleh DNMT) dan penghilangan gugus asetil dari histon (oleh HDAC) memicu struktur kromatin yang lebih kompak, yang tidak muda h diakses oleh
faktor transkripsi, sehingga menghasilkan kromatin tidak aktif. Reaktivasi kromatin tidak aktif difasilitasi oleh DNA demethylases (yang menghilangkan
gugus metil) dan HAT.
Gambar 26. Jejak dihapus dan diatur ulang selama gametogenesis Untuk
setiap wilayah kromosom yang tercetak, manusia dewasa yang sehat (1) , dalam sel somatiknya, akan memiliki satu jejak ibu dan satu jejak ayah.
Selama gametogenesis, jejak yang ada (2) pertama-tama harus dihapus (3), dan kemudian jejak tersebut diatur ulang (4) sesuai dengan jenis kelamin
induknya. Oleh karena itu, selama oogenesis, semua wilayah yang relevan diberi jejak perempuan, dan selama spermatogenesis, semua wilayah
yang relevan diberi jejak laki-laki. Jadi pada saat pembuahan (5) penyatuan sel telur dan sperma menghasilkan seorang bayi (6) dengan satu jejak
ibu dan satu jejak ayah untuk setiap wilayah yang tercetak. Kromosom ditampilkan dalam warna hijau, dengan jejak pria dan wanita masing-masing
ditandai dengan warna biru dan merah muda.
ayah, dan terlalu banyak investasi ibu pada satu anak dapat merugikan kemampuannya untuk bereproduksi lagi; namun
keberhasilan reproduksi sang ayah mungkin disebabkan oleh bayi yang lebih besar dan lebih siap untuk bertahan hidup. Ada
juga potensi konflik antara kebutuhan perkembangan janin dan kelangsungan kesehatan ibu. Pencetakan diamati pada
semua mamalia dan beberapa spesies lainnya; ada banyak perdebatan tentang asal-usulnya, namun pencetakan yang benar
sangat penting untuk perkembangan normal.
Untuk gen yang dicetak, dengan satu salinan yang dibungkam secara epigenetik sepanjang masa hidup individu, jelas
penting bahwa salinan fungsional dari gen tersebut diwarisi dari orang tua lainnya. Jika hal ini tidak terjadi, misalnya karena
mutasi gen atau kesalahan yang mempengaruhi pengaturan ulang jejak selama gametogenesis, maka kelainan pencetakan
akan terlihat.
D
10.1042/EBC20170053
h
Gambar 27. Pencetakan pada kromosom
15 Sekelompok gen di dekat sentromer kromosom 15 (pada pita 15q11.2) tunduk pada pencetakan dengan cara yang spesifik dari
induk asal (ditunjukkan dengan warna biru dan merah muda): sejumlah gen termasuk SNRPN dan banyak gen snoRNA yang
diekspresikan secara eksklusif dari kromosom ayah 15, dan dibungkam pada kromosom ibu 15. Sebaliknya, gen UBE3A dibungkam
pada salinan ayah dan aktif pada salinan ibu. Jadi hilangnya fungsi gen-gen ini mempunyai konsekuensi yang berbeda-beda
tergantung pada asal usul orang tuanya: hilangnya UBE3A pada ibu 15 menyebabkan sindrom Angelman (Tabel 8) sedangkan
hilangnya UBE3A pada ayah 15 tidak menimbulkan konsekuensi karena gen tersebut tetap tidak aktif. pada salinan pihak ayah.
Mekanismenya melibatkan metilasi DNA (ditunjukkan dengan penetasan) wilayah SNRPN pada kromosom ibu 15.
Gangguan pencetakan dan disomi uniparental Ada sejumlah

kondisi genetik yang berhubungan dengan pencetakan, termasuk sindrom Beckwith–Wiedemann, sindrom
Silver–Russell, sindrom Angelman (AS) dan sindrom Prader–Willi (PWS). Salah satu daerah cetakan dengan
karakteristik terbaik terletak dekat dengan sentromer pada lengan panjang kromosom 15 (15q11.2). Gen di
wilayah ini termasuk SNRPN, dua kelompok gen RNA nukleolar kecil (snoRNA), dan UBE3A. Produk gen
SNRPN dan snoRNA tampaknya berperan dalam pemrosesan RNA di dalam nukleus, sedangkan protein
UBE3A berfungsi menargetkan protein untuk degradasi oleh proteasome. Jadi produk gen di wilayah ini jelas
mempunyai pengaruh luas di dalam sel. SNRPN dan dua kelompok snoRNA hanya aktif pada kromosom 15
ayah, sedangkan UBE3A aktif pada salinan ibu (Gambar 27). Tidak adanya gen yang diekspresikan secara
ayah menyebabkan PWS (Tabel 8). Sebaliknya, jika tidak ada salinan 15q11.2 dari ibu, sehingga tidak ada gen
UBE3A yang aktif, maka individu tersebut akan terkena AS. Meskipun sebagian besar kasus PWS dan AS
merupakan akibat dari mikrodelesi, terdapat mekanisme lain (Tabel 8), termasuk uniparental disomy (UPD).
UPD adalah fenomena langka di mana kedua homolog suatu pasangan kromosom berasal dari orang tua yang sama. Jika
kedua kromosom 15 berasal dari ibu maka anak tersebut akan terkena PWS, dan jika kedua kromosom 15 berasal dari ayah
maka anak tersebut akan terkena AS. Pada dasarnya ada tiga mekanisme yang dapat menyebabkan UPD, masing-masing
memerlukan dua kesalahan yang mempengaruhi meiosis/mitosis. Penyelamatan monosomi adalah peristiwa sporadis langka
yang memungkinkan zigot monosomik bertahan hidup melalui duplikasi kromosom monosomik; mekanisme yang mengizinkan hal
ini tidak sepenuhnya jelas, namun akan selalu mengakibatkan UPD. Penyelamatan trisomi juga merupakan peristiwa sporadis
yang jarang terjadi, di mana sel-sel trisomik kehilangan satu kromosom, misalnya karena jeda anafase, di mana satu kromosom
tidak dimasukkan ke dalam inti anak selama mitosis. Bergantung pada kromosom mana yang hilang, penyelamatan trisomi
menyebabkan UPD pada sepertiga kasus. Kemungkinan terakhir adalah gamet nulisomik bergabung dengan gamet disomik (dengan kata lain, gamet meios
10.1042/EBC20170053
Tabel 8 Ringkasan dua gangguan pencetakan, sindrom Angelman dan sindrom Prader-Willi
Sindrom Angelman Sindrom Prader-Willi
Fitur utama Disabilitas intelektual sedang hingga berat (IQ umumnya pada Disabilitas intelektual ringan hingga sedang (IQ umumnya berada
pada kisaran 25–54) berkisar 60–70)
Gerakannya tersentak-sentak seperti boneka Nafsu makan yang tidak terpuaskan menyebabkan obesitas yang tidak wajar
Disposisi bahagia dan mudah bergaul Masalah perilaku

Kejang
Frekuensi dalam populasi Sekitar 1 per 20.000 penghapusan Sekitar 1 per 15.000 penghapusan
Kelainan genetik yang mendasari (perhatikan bahwa dalam 15q11.2 pada ibu (sekitar 70%) 15q11.2 dari pihak Ayah (sekitar 70%)
beberapa kasus, penyebab utamanya belum diketahui) UPD Ayah (sekitar 4%) UPD Ibu (sekitar 20%)
Cacat pencetakan (sekitar 8%) Cacat pencetakan (sekitar 5%)
Varian patogen di UBE3A (ÿ6%)
Gen kunci UBE3A mengkode ligase ubiquitin Kluster gen SNORD116 yang mengkode snoRNA (gen lain di wilayah
yang dicetak juga dapat memengaruhi fenotipe)
kesalahan pada kedua orang tuanya), yang tampaknya tidak mungkin terjadi secara statistik. UPD pada beberapa kromosom tidak
memiliki konsekuensi (misalnya 1, 5, 9, 10, 13, 21, 22), namun untuk kromosom yang mengandung gen yang tercetak (termasuk 6, 11,
14, 15, 20), kelainan pencetakan yang relevan akan terjadi.
UPD dapat berbentuk heterodisomi (ada kedua homolog dari salah satu orang tua) atau isodisomi (dua salinan dari salah satu homolog
orang tua). Dalam isodisomi, karena kedua kromosom identik maka akan terjadi homozigositas untuk semua alel dan oleh karena itu
dalam kasus ini UPD juga dapat mengungkap kelainan resesif.
Meskipun sebagian besar kasus kelainan pencetakan terjadi akibat mutasi de novo, ada juga kasus di mana mutasi ditularkan melalui
keluarga. Misalnya, jika mutasi UBE3A baru terdapat pada spermatozoa yang membuahi sel telur, anak yang dihasilkan tidak akan
menunjukkan fenotipe apa pun, karena salinan UBE3A dari pihak ayah tetap dibungkam secara epigenetik. Jika anak tersebut laki-laki, ia
juga dapat menularkan mutasi yang sama kepada keturunannya tanpa berdampak pada kesehatan mereka. Namun, jika anak tersebut
berjenis kelamin perempuan dan ia menularkan mutasi ini kepada keturunannya, maka mereka akan terkena AS.
Menariknya, pencetakan UBE3A tampaknya hanya dipertahankan di otak; jaringan lain memiliki ekspresi bialelik. Selain itu, ekspresi
UBE3A yang berlebihan, misalnya akibat duplikasi gen pada kromosom 15 ibu, dikaitkan dengan autisme.
Kontribusi epigenetik terhadap kelainan lain Selama perkembangan,

modifikasi epigenetik di banyak lokus genetik berubah sebagai bagian dari proses diferensiasi, menghasilkan tipe jaringan dengan pola
ekspresi gen tertentu. Perubahan epigenetik juga dapat terjadi sebagai respons terhadap rangsangan lingkungan. Defisit yang
mempengaruhi komponen mekanisme epigenetik dapat menyebabkan penyakit. Contoh yang jelas melibatkan gen MECP2 yang
mengkode protein pengikat metil-C. Protein ini mengenali dan berikatan dengan sitosin termetilasi dalam DNA, bertindak untuk merekrut
kompleks lain seperti HDAC yang dapat mengubah status transkripsi DNA. Varian hilangnya fungsi patogen pada MECP2 menyebabkan
sindrom Rett, seperti yang dibahas sebelumnya. Contoh lainnya adalah kelainan resesif autosomal yang langka: defisiensi imun,
ketidakstabilan sentromerik, dan sindrom anomali wajah (ICF). Sekitar setengah dari kasus ICF merupakan konsekuensi dari varian
patogen biallelic pada gen DNMT3B. Dari penelitian pada tikus, hilangnya fungsi DNMT3B tampaknya tidak sesuai dengan kehidupan,
dan dengan demikian varian yang menyebabkan ICF umumnya adalah missense, dengan setiap pasien memiliki setidaknya satu varian
missense yang mempertahankan beberapa fungsi DNMT3B. Perhatikan bahwa perubahan epigenetik juga dapat melibatkan RNA non-
coding, yang mana inaktivasi X merupakan contoh yang baik.
Semakin jelas bahwa perubahan dalam program epigenetik berperan dalam banyak kondisi, termasuk kanker, penyakit mental,
penyakit autoimun, diabetes, dan obesitas. Kembar identik memiliki pola metilasi DNA dan modifikasi histon berbeda yang mungkin
berkontribusi terhadap perbedaan kerentanan penyakit di antara mereka. Karena tanda-tanda epigenetik seperti metilasi DNA dapat
dengan setia disalin antar generasi sel (dengan kata lain dapat diwariskan), epigenetik juga dapat membantu menjelaskan bagaimana
lingkungan janin atau masa kanak-kanak dapat mempengaruhi kerentanan terhadap penyakit di kemudian hari. Terdapat juga bukti
bahwa tanda epigenetik, termasuk tanda pada gen yang tercetak, mungkin terganggu selama IVF, dan hal ini dapat menyebabkan
masalah kesehatan, misalnya gangguan pencetakan, pada beberapa anak yang dikandung melalui IVF.
10.1042/EBC20170053
Kelainan kompleks Pendahuluan

Pola pewarisan
yang jelas terkait dengan kelainan gen tunggal (monogenik) telah memudahkan identifikasi perubahan genetik
penyebab kondisi ini. Namun, perhatian yang semakin meningkat kini terfokus pada kontribusi genetik terhadap
kelainan multifaktorial yang kompleks seperti diabetes, penyakit jantung, dan skizofrenia, di mana penyakit merupakan
akibat dari interaksi kompleks antara berbagai pengaruh genetik dan lingkungan. Dampak varian individu pada satu
gen mungkin sangat kecil, namun jika muncul bersamaan dengan beberapa varian pada gen lain, dalam konteks
lingkungan tertentu, dapat menyebabkan peningkatan risiko penyakit. Hal yang sama juga berlaku pada banyak sifat
(misalnya tinggi badan) dan perilaku (misalnya agresi atau pencarian hal baru).
Diabetes tipe 2 (T2D) merupakan contoh kelainan kompleks dan merupakan salah satu penyakit yang insidensinya semakin meningkat di seluruh dunia.
Kontribusi lingkungan yang besar terhadap T2D berkaitan dengan pola makan dan olahraga: pola makan tinggi kalori dalam kontek s gaya hidup yang
kurang aktif, sering kali melibatkan waktu yang lama di depan komputer atau televisi. Gaya hidup ini sangat kontras dengan li ngkungan tempat nenek
moyang kita bertahan hidup, dan sifat-sifat yang tadinya menguntungkan (seperti metabolisme hemat energi) kini menjadi sebuah kerugian. Mengidentifikasi
faktor genetik yang mendasari T2D merupakan suatu tantangan karena kecilnya pengaruh kontribusi individu.
Berbeda dengan diabetes tipe 1 (T1D) yang ditandai dengan hilangnya produksi insulin akibat kerusakan autoimun sel pulau pankreas, T2D paling
sering dikaitkan dengan resistensi insulin – tubuh tidak lagi mampu merespons insulin dengan baik. T2D biasanya timbul lambat (>35 tahun) dan
berhubungan dengan obesitas, meskipun timbulnya penyakit pada usia lebih muda semakin meningkat.
Studi keluarga Petunjuk

awal bahwa genetika berperan dalam kelainan kompleks seperti T2D cenderung berasal dari studi keluarga, khususnya studi
tentang anak kembar. Jika salah satu dari sepasang kembar monozigot (identik) terkena kelainan monogenik seperti CF, maka
secara praktis dapat dipastikan bahwa kembar lainnya juga menderita CF, dengan kata lain, sesuai, karena mereka memiliki
DNA yang hampir identik. Namun, untuk kembar dizigotik (non-identik), yang rata-rata memiliki 50% DNA yang sama, peluang
untuk mendapatkan CF adalah 50%. Untuk kelainan yang sepenuhnya berasal dari lingkungan, diperkirakan akan ada sedikit
perbedaan dalam kesesuaian ketika membandingkan pasangan kembar dizigotik dengan monozigotik. Untuk T2D, kesesuaiannya
adalah sekitar 70% untuk kembar monozigot, namun hanya sekitar 25% untuk kembar dizigotik, oleh karena itu menunjukkan
keterlibatan genetik yang signifikan. Selain itu, risiko T2D lebih tinggi pada setiap individu jika salah satu orangtuanya juga
terkena dampaknya (lebih tinggi lagi jika keduanya terkena dampaknya). Kontribusi relatif faktor genetik terhadap fenotipe
penyakit dikenal sebagai 'heritabilitas', dan untuk perkiraan T2D, heritabilitas bervariasi antara 25 dan 80%.
Mengidentifikasi lokus genetik yang berhubungan dengan kelainan kompleks Salah satu cara
untuk mengidentifikasi lokus yang terlibat adalah pendekatan 'kandidat gen'. Kandidat potensial untuk penyakit T2D mungkin
adalah gen yang terlibat dalam metabolisme glukosa atau respons terhadap insulin, atau kecenderungan terhadap obesitas.
Investigasi gen PPARG, berdasarkan perannya yang diketahui dalam diferensiasi adiposit dan homoeostasis glukosa,
mengidentifikasi polimorfisme umum yang melindungi T2D (Tabel 9). Namun, karena kompleksitas jaringan regulasi dan
metabolisme di dalam sel, jumlah kandidat gen potensial untuk T2D sangat besar, dan penyelidikan menyeluruh terhadap semua
kandidat yang memungkinkan akan memerlukan investasi waktu dan uang yang sangat besar. Selain itu, dengan hanya melihat
gen yang diperkirakan berperan berdasarkan pemahaman saat ini, beberapa pemain kunci mungkin terlewatkan.
Untuk memfasilitasi identifikasi lokus kerentanan, pendekatan yang didasarkan pada hubungan genetik atau 'asosiasi' telah digunakan (Gambar 28).
Pendekatan tersebut bergantung pada pengamatan bahwa rekombinasi genetik tidak terjadi secara acak di seluruh genom kita, namun cenderung terjadi
di 'hotspot' yang tersebar di seluruh kromosom. Konsekuensinya adalah segmen genom tertentu cenderung tetap bersama selama beberapa generasi. Ini
berarti bahwa kita dapat menggunakan 'penanda genetik', paling sering SNP, sebagai penanda segmen genom, dan kemudian melihat ke dalam populasi
untuk menguji apakah penanda tertentu berhubungan dengan penyakit tersebut. Pendekatan ini ditandai dengan 'studi asosiasi genome-wide' atau GWAS
(Gambar 29).
Salah satu masalah dengan GWAS adalah meskipun dengan ketatnya statistik yang tinggi, reproduktifitasnya tidak terjamin dan h asil dari penelitian
yang berbeda dapat terlihat bertentangan, meskipun hal ini mungkin mencerminkan bahwa terdapat terlalu banyak variabel lain d i antara kelompok
penelitian. Meta-analisis besar berupaya mengumpulkan hasil dari beberapa GWAS untuk menentukan signifikansi dalam skala besar. Penting untuk diingat
bahwa keterkaitan SNP dengan suatu sifat atau kondisi tertentu tidak serta merta menunjukkan sebab-akibat, sebaliknya sangat mungkin bahwa SNP,
melalui keterkaitan yang erat, telah diwariskan seiring dengan perubahan yang berkontribusi terhadap sifat tersebut (Gambar 28 ). Setelah lokus diidentifikasi
oleh GWAS, langkah selanjutnya adalah melihat wilayah genom untuk melihat gen mana di wilayah tersebut yang mungkin relevan d engan fenotip yang
diamati.
Esai Biokimia (2018) 62 643–723 https://doi.org/10.1042/
EBC20170053
Tabel 9 Contoh lokus genetik yang terlibat dalam risiko T2D menurut GWAS
Gen Fungsi produk yang dikodekan Komentar
PPARG Reseptor-aktivator proliferator peroksisom-ÿ; faktor transkripsi dari keluarga PPAR Reseptor ini merupakan target thiazolidinediones, yang merupakan
yang berperan dalam mengatur diferensiasi sel, dan metabolisme obat sensitisasi insulin yang digunakan dalam pengobatan T2D. Varian p.Pro12Ala
glukosa dan lipid (mewakili 12% alel Kaukasia dan Asia Timur) bersifat protektif terhadap
T2D
TCF7L2 Faktor transkripsi, terlibat dalam stimulasi proliferasi sel ÿ pankreas dan Alel T dari SNP rs7903146 tidak hanya merupakan faktor risiko yang kuat
produksi GLP-1, yang merangsang sekresi insulin T2D, tetapi alel ini juga dikaitkan dengan respons yang lebih baik terhadap dua
obat T2D yang umum: sulfonilurea dan metformin
HNF1A Faktor inti hepatosit 1 ÿ; faktor transkripsi yang diperlukan untuk perkembangan Varian p.Glu508Lys secara global sangat langka (kira-kira 5 per 10.000 alel), dan
normal dan fungsi pulau hati dan pankreas. sebagian besar terjadi pada individu keturunan penduduk asli Amerika. Alel ini
lima kali lebih umum pada kohort Meksiko dengan T2D dibandingkan kontrol
Meksiko
HNF1B Faktor inti hepatosit 1 ÿ; faktor transkripsi yang diperlukan untuk perkembangan Varian umum (rs4430796) yang melindungi T2D dikaitkan dengan
normal dan fungsi pulau hati dan pankreas peningkatan risiko kanker prostat
KCNJ11 Subunit saluran kalium, diperlukan dalam sel ÿ pankreas untuk regulasi sekresi Saluran kalium ini ditargetkan oleh sulfonilurea, pengobatan untuk T2D.
insulin yang distimulasi glukosa Varian yang teraktivasi dikaitkan dengan diabetes neonatal, sedangkan varian yang
kehilangan fungsi menyebabkan hiperinsulinemia pada masa bayi. Untuk dua SNP
di KCNQ1
KCNQ1 Saluran kalium dengan gerbang tegangan, diperlukan dalam sel ÿ pankreas (yang terletak di wilayah genom yang tercetak), peningkatan risiko T2D hanya
untuk pengaturan sekresi insulin yang distimulasi glukosa terlihat ketika alel risiko berasal dari pihak ibu. ditularkan
SLC30A8 Pengangkut seng; seng diperlukan sebagai kofaktor oleh banyak protein, dan Varian missense yang umum, p.Trp325Arg, dikaitkan dengan peningkatan
sebagai ion sinyal risiko diabetes, sementara beberapa varian kehilangan fungsi yang jarang
bersifat protektif.
CDKN2A/2B CDKN2A mengkodekan dua protein: inhibitor kinase dependen siklin p16INK4 dan protein Varian dalam wilayah genom ini telah menunjukkan hubungan dengan penyakit
p14ARF , keduanya berfungsi pada jalur p53/RB. CDKN2B menghasilkan kardiovaskular, kanker, periodontitis, dan glaukoma (tetapi perlu diingat bahwa
transkrip antisense dan non-coding dari lokus yang sama sangat mungkin bahwa varian individu dapat menyebabkan peningkatan risiko
suatu penyakit sekaligus melindungi penyakit lainnya!)
CDKAL1 Methylthiotransferase yang memodifikasi tRNA menjadi lisin untuk Proinsulin mengandung dua residu lisin, salah satunya berada di tempat
meningkatkan stabilitas interaksi kodon-antikodon, dan dengan demikian pembelahan yang digunakan untuk menghasilkan insulin. Kesalahan penerjemahan
meningkatkan kesetiaan penggabungan lisin selama penerjemahan kodon lisin ini dapat menghasilkan proinsulin yang resisten
FTO Gen yang berhubungan dengan massa lemak dan obesitas; mengkode terhadap pembelahan FTO adalah lokus paling signifikan yang diidentifikasi dalam
demetilase asam nukleat GWAS yang dirancang untuk mengidentifikasi gen terkait obesitas
dan untuk melihat apakah hubungan tersebut dapat dikonfirmasi oleh penelitian lain, yang perlu mencakup penelitian fungsional pada
sel dan/atau model hewan. Lebih dari 120 lokus genetik telah diidentifikasi oleh GWAS untuk T2D; beberapa di antaranya ditunjukkan
pada Tabel 9.
GWAS dapat menjadi cara efektif untuk menghubungkan varian umum dengan penyakit terkait, namun varian langka juga dapat
memainkan peran penting dalam beberapa keluarga dan subpopulasi, misalnya alel HNF1A p.Glu508Lys pada penduduk asli Amerika
(Tabel 9). Identifikasi varian langka tambahan kemungkinan besar berasal dari pendekatan yang melibatkan pengurutan genom. Perlu
dicatat bahwa varian dapat meningkatkan atau menurunkan risiko penyakit, bergantung pada efek fungsionalnya (lihat KCNJ11 dan
SLC30A8 pada Tabel 9). Mekanisme bagaimana varian dapat berkontribusi terhadap gangguan kompleks seringkali tidak jelas; untuk
beberapa lokus yang terlibat dalam T2D, terdapat hubungan yang jelas dengan fungsi pankreas/homeeostasis glukosa atau obesitas,
namun signifikansi lokus lain yang diidentifikasi oleh GWAS kurang jelas. Sekilas, fungsi produk CDKAL1 (modifikasi tRNA) tidak ada
hubungannya dengan diabetes, namun dampak potensial muncul ketika efek kesalahan penerjemahan lisin pada pembelahan proinsulin
dipertimbangkan. Lokus lain, CDKN2A/2B, mengkodekan produk-produk yang terlibat dalam siklus sel/proliferasi sel, dan mungkin ada
kaitannya dengan jumlah keseluruhan sel pulau di pankreas matang (memiliki lebih banyak sel pulau mungkin sama dengan kemampuan
yang lebih baik untuk bertahan hidup). produksi insulin).
Epigenetika Meskipun
terdapat sejumlah besar lokus terkait T2D yang telah diidentifikasi oleh GWAS, hal ini tidak mampu menjelaskan seluruh heritabilitas
T2D. Namun, semakin jelas bahwa epigenetika juga memainkan peran penting dalam penyakit kompleks seperti T2D. Pencetakan
mungkin terlibat: risiko anak terkena T2D lebih besar bila ibu terkena dibandingkan bila ayah terkena. Menariknya, hal ini berbanding
terbalik dengan T1D, yang mana risiko bagi seorang anak akan lebih tinggi jika ayahnya terkena dampaknya dibandingkan jika ibunya
terkena dampaknya. Efek asal-asal telah diamati untuk beberapa alel KCNQ1 yang hanya meningkatkan risiko T2D ketika ditularkan dari
ibu.
Dampak epigenetik nampaknya dimulai sejak prakonsepsi: percobaan pada tikus telah menunjukkan dampak terhadap kesehatan
dan juga pola metilasi DNA pada keturunannya setelah ayah terpapar pola makan tinggi lemak atau gizi rendah. Kehidupan awal janin
juga merupakan masa kritis. Pengamatan utama berasal dari penelitian terhadap individu yang terpapar
680 c 2018 Penulis. Ini adalah artikel akses terbuka yang diterbitkan oleh Portland Press Limited atas nama Biochemical Society dan didistribusikan di bawah Creative Commons Attribution
D
10.1042/EBC20170053
h
Gambar 28. Prinsip asosiasi genetik SNP1 (dengan
alel C dan T) dan SNP2 (dengan alel A dan G) adalah dua situs polimorfik yang terdapat pada satu kromosom. Dalam salah satu kelompok
nenek moyang, telah terjadi mutasi baru (bintang kuning) yang sangat dekat dengan posisi SNP1; ini adalah varian patogen baru yang
berkontribusi terhadap kondisi penyakit tertentu (individu kuning). Karena SNP1 sangat dekat dengan varian patogen, maka akan ada
sedikit atau tidak ada rekombinasi antara situs-situs ini dari generasi ke generasi, sedangkan rekombinasi kemungkinan besar akan terjadi
antara SNP2 dan varian patogen. Jadi ketika keturunannya di-genotipe, SNP2 memiliki distribusi alel yang identik baik pada individu yang
sehat maupun yang terkena dampak (tidak ada hubungan SNP2 dengan penyakit tersebut). Namun, untuk SNP1 terdapat kelebihan alel T
(dan defisit alel C) pada populasi yang terkena dampak, dengan kata lain SNP1 menunjukkan hubungan dengan penyakit tersebut. Pada
kenyataannya, untuk kondisi kompleks di mana terdapat banyak varian predisposisi yang berbeda pada beberapa gen yang berbeda, skala
hubungannya tidak terlalu ekstrim, sehingga memerlukan analisis terhadap ribuan individu.
terhadap lingkungan intrauterin yang merugikan, khususnya selama trimester pertama, sebagai akibat dari kelaparan parah
selama 'musim dingin kelaparan Belanda' tahun 1944/45. Orang-orang ini memiliki berat badan lahir normal (karena kelaparan
telah berakhir pada tahap akhir kehamilan), namun angka obesitas dan T2D meningkat secara signifikan saat dewasa, yang
menunjukkan bahwa telah terjadi suatu bentuk program janin. Hal ini didukung oleh pengamatan perubahan pola metilasi 60
tahun kemudian ketika membandingkan DNA individu-individu ini dengan DNA saudara kandungnya.
Pilihan gaya hidup dan paparan lingkungan juga menyebabkan perubahan epigenetik. Jelas, gaya hidup yang kurang gerak
dan diet obesogenik berkalori tinggi berkontribusi langsung terhadap risiko T2D, namun ada juga banyak penelitian yang
menunjukkan perubahan epigenetik terkait dengan makanan yang berbeda. Merokok tembakau menyebabkan penurunan
metilasi pada beberapa gen yang terkait dengan T2D, termasuk KCNQ1, dan olahraga telah terbukti mendorong perubahan
metilasi pada gen terkait T2D serta mengubah ekspresi histone deacetylase. Banyak tanda epigenetik dalam genom dapat
berubah sepanjang hidup seseorang sebagai akibat dari perubahan gaya hidup (Gambar 30), dan dapat memberikan target
yang berguna untuk pengelolaan risiko T2D. Tanda epigenetik yang terdapat dalam DNA kembar monozigot telah terbukti
menyimpang seiring bertambahnya usia, dan ketika membandingkan individu dengan/tanpa kelainan kompleks tertentu, tanda
epigenetik yang berbeda dapat ditunjukkan pada gen kunci. Studi asosiasi epigenome-wide (EWAS), yang beroperasi dengan
prinsip serupa dengan GWAS, dapat membantu menjelaskan dasar epigenetik dari penyakit kompleks.
Ringkasan
Masih banyak jalan yang harus ditempuh dalam memahami kontribusi genetik pada penyakit kompleks. T2D baru mencapai
proporsi epidemi selama beberapa dekade terakhir, namun sebagian besar varian genetik yang dianggap sebagai faktor risiko
T2D telah ada sejak lama dalam kumpulan gen manusia. Oleh karena itu, konteks lingkungan dari asupan kalori tinggi ditambah
gaya hidup yang kurang geraklah yang mempotensiasi efek varian risiko genetik pada T2D. Selain itu, itu
10.1042/EBC20170053
Gambar 29. Studi asosiasi genom untuk lokus terkait T2D

Kelompok studi yang sesuai dipilih dari populasi umum (1). Misalnya sekelompok individu yang mengidap T2D (2) dan sekelompok
individu yang sehat bertindak sebagai kontrol (3). Kelompok-kelompok ini harus dicocokkan sebisa mungkin dalam hal konstitusi mereka
untuk menghindari dampak perancu – misalnya, disesuaikan berdasarkan gender, etnis, kebiasaan merokok, status sosial ekonomi,
pendidikan dan sebagainya. Untuk setiap individu, ribuan SNP di seluruh genom di-genotipe (4), dan kemudian frekuensi alel keseluruhan
dibandingkan antara dua kelompok untuk SNP di setiap kromosom (5). Setiap titik pada grafik mewakili satu SNP pada lokasi yang
diketahui pada kromosom tertentu. Harapannya adalah, untuk sebagian besar SNP, MAF antara kedua kelompok akan serupa. Namun,
jika terdapat perbedaan, baik MAF yang secara signifikan lebih tinggi (6) atau secara signifikan lebih rendah (7) pada kelompok yang
terkena dampak, hal ini mengidentifikasi lokasi kromosom tertentu yang mungkin berperan dalam T2D. Perhatikan bahwa varian
sebenarnya yang menjadi predisposisi obesitas atau melindungi dari T2D mungkin mirip dengan SNP yang relevan (yaitu hubungan
genetik) dan bukan SNP itu sendiri yang bersifat penyebab atau protektif.
D
10.1042/EBC20170053
h
Gambar 30. Banyak faktor, lingkungan, genetik, dan epigenetik yang saling berinteraksi dalam keseluruhan risiko T2D.
Faktor epigenetik dapat berubah sepanjang hidup seseorang, dan mungkin dipengaruhi oleh lingkungan orang tua sebelum konsepsi, dan
lingkungan ibu selama kehamilan. Banyak varian yang diwariskan (beberapa di antaranya mungkin bersifat protektif) digabungkan dengan status
epigenetik untuk menghasilkan risiko genetik keseluruhan untuk T2D, namun keadaan penyakit umumnya hanya akan terwujud jika ada pemicu
lingkungan. Meskipun varian genetik yang diwariskan sulit diubah, jelas bahwa perubahan lingkungan (perbaikan pola makan dan lebih banyak
olahraga) dapat berdampak pada tingkat keparahan penyakit tidak hanya secara langsung, namun juga secara tidak langsung melalui perubahan epigenetik. Piktogram
dari PictArts.
Penting untuk menyadari bahwa varian yang tampak 'buruk' sebagai faktor risiko suatu penyakit mungkin sebenarnya bersifat protektif
terhadap penyakit lain (lihat HNF1B pada Tabel 9), yang menggarisbawahi fakta bahwa tidak ada manusia yang 'sempurna'. genom!
Kanker: mutasi dan epigenetik

Pendahuluan Kanker
mempengaruhi sekitar 1 dari 4 orang di seluruh dunia, dengan perkiraan 14,1 juta kasus baru pada tahun 2012 dan prediksi bahwa
akan ada 23,6 juta kasus baru per tahun pada tahun 2030. Di Inggris terdapat hampir 990 kasus baru yang didiagnosis setiap hari,
yang setara dengan diagnosis baru kira-kira setiap 2 menit. Di AS, terdapat lebih dari 4600 kasus baru setiap hari (satu kasus baru
setiap 19 detik). Angka ini meningkat karena peningkatan jumlah penduduk dan peningkatan umur panjang. Lebih dari sepertiga
kasus kanker di Inggris didiagnosis pada orang berusia 75 tahun ke atas.
Ada banyak jenis kanker yang berbeda dan jenis-jenis ini mencerminkan jenis jaringan dan sel asal kanker. Jenis kanker yang
paling umum di Inggris adalah kanker payudara, prostat, paru-paru, dan usus, yang mencakup lebih dari 53% dari seluruh kasus
kanker. Secara keseluruhan, setengah dari orang yang didiagnosis menderita kanker dapat bertahan hidup dari penyakitnya selama
lebih dari 10 tahun dan angka ini meningkat, dari hanya 24%, pada 40 tahun yang lalu. Namun setiap jenis kanker menunjukkan
angka kematian yang sangat berbeda, misalnya 98% orang yang terdiagnosis kanker testis dapat bertahan hidup lebih dari 10 tahun
setelah terdiagnosis, sedangkan angkanya hanya 1% untuk kanker pankreas.
Meskipun berbagai jenis kanker menunjukkan pola penyakit dan tingkat kelangsungan hidup yang berbeda, kesamaan dari semua
jenis kanker adalah bahwa sel telah kehilangan kendali normal terhadap pertumbuhan dan pergerakan. Sel kanker berkembang
biak secara tidak terkendali dan hal ini dapat menyebabkan terbentuknya benjolan atau tumor. Bila pertumbuhan sel-sel dalam suatu
massa terbatas dan sel-sel tersebut mempertahankan ciri-ciri normal tertentu, tidak menyerang jaringan di dekatnya, atau menyebar
ke bagian tubuh lain, maka tumor tersebut disebut 'jinak'. Namun, jika pertumbuhan menjadi lebih tidak terkendali, sehingga s el-sel
membelah tanpa batas waktu dan menyebar ke bagian lain dari tubuh, maka kanker disebut ganas dan tumor yang terbentuk di
tempat sekunder disebut metastasis dan penyakit metastasislah yang menjadi penyebab utamanya. kematian akibat kanker.
Ada beberapa faktor yang berkontribusi yang memungkinkan sel kanker tumbuh dengan cara yang tidak terkendali dan Hanahan
dan Weinberg menggambarkan hal ini dalam tinjauan penting pada tahun 2011 sebagai 'ciri-ciri kanker'. Ciri-ciri sel kanker ini bisa jadi
10.1042/EBC20170053
Gambar 31. Jenis kanker yang berbeda biasanya menunjukkan jumlah mutasi yang berbeda pada genom
sel. Mutasi ini berkisar dari kurang dari seratus yang diamati pada beberapa retinoblastoma hingga ratusan ribu pada kanker paru-paru.
dirangkum sebagai berikut: (i) mereka mempunyai kemampuan bawaan untuk membagi; (ii) sel tidak merespons faktor-faktor dalam
tubuh yang mungkin menghambat pertumbuhannya; (iii) mereka mengembangkan cara untuk menghindari kehancuran sistem
kekebalan tubuh; (iv) mereka mengatasi jam bawaan yang membatasi pembelahan sel somatik normal; (v) sel melepaskan faktor -
faktor yang pada gilirannya mendorong sel-sel normal di sekitarnya untuk melepaskan faktor-faktor lain yang akan mendukung
pertumbuhan sel-sel kanker, dengan kata lain, sel-sel kanker dapat menciptakan lingkungan yang permisif bagi pertumbuhannya;
(vi) mereka memperoleh kemampuan untuk bergerak dan menyerang jaringan lain; (vii) mendorong pertumbuhan suplai darah ke
tumor untuk menyediakan oksigen dan nutrisi yang dibutuhkan sel kanker untuk tumbuh; (viii) genom sel kanker menjadi lebih rentan
terhadap mutasi; (ix) sel menjadi resisten terhadap mekanisme normal kematian sel dan (x) sel menyesuaikan jalur metabolismen ya
agar lebih mendukung proliferasi sel yang cepat. Semua perubahan dari sel normal ini disebabkan oleh mutasi somatik yang berbeda
pada genom sel kanker, dan/atau oleh modifikasi epigenetik. Dengan demikian, kanker pada dasarnya adalah penyakit mutasi.
Genom sel kanker penuh dengan mutasi somatik. Memang benar, pada beberapa jenis kanker, seperti kanker paru-paru dan
melanoma, mungkin terdapat ratusan ribu mutasi (Gambar 31). Banyak mutasi seperti itu yang dapat diamati pada tingkat kariotipe,
termasuk duplikasi, penghapusan, inversi, dan translokasi kromosom secara keseluruhan dan sebagian. Selain itu, sel kanker
biasanya membawa mutasi titik dan mikro dalam jumlah besar.
Banyak dari mutasi ini yang terlibat dalam proses penyakit sampai tingkat tertentu (disebut mutasi penyebab atau penggerak),
namun sel juga mengakumulasi mutasi yang bukan penyebab, yaitu mutasi 'penumpang' (sebanyak 99,9% dari mutasi yang ada) )
dan salah satu tantangannya adalah membedakan keduanya (lihat bagian selanjutnya tentang 'Genomik').
Meskipun ada sejumlah gen yang dikenal sebagai onkogen yang kuat ketika bermutasi atau gen penekan tumor yang kritis, sel
kanker tidak pernah hanya memiliki satu mutasi penyebab. Hal ini karena agar sel kanker dapat memperoleh semua perubahan
(seperti dijelaskan di atas), diperlukan mutasi pada banyak gen untuk mengatasi proses regulasi pertumbuhan normal. Hal ini juga
tercermin dari angka kejadian kanker. Statistik menunjukkan bahwa faktor risiko terbesar kanker adalah usia. Semakin tua usia
seseorang, semakin besar kemungkinan mereka terkena kanker, dan memang sebagian besar jenis kanker cukup jarang terjadi
pada orang muda (Gambar 32). Bentuk kurva kejadian menunjukkan bahwa kanker disebabkan oleh berbagai perubahan pada
genom seluler. Mutasi terjadi dan terakumulasi di sel-sel tubuh sepanjang hidup. Sebagian besar dari hal ini tidak berbahaya dan
mungkin tidak mempengaruhi fenotipe sel sama sekali. Namun, seiring berjalannya waktu, seiring bertambahnya mutasi, terdapat
risiko, peluang statistik, bahwa pada akhirnya sel mengalami cukup banyak mutasi penyebab sehingga sel tersebut mulai
mengembangkan sifat kanker dan seiring berjalannya waktu, hal ini dapat berkembang menjadi keadaan kanker. Agen yang
mempercepat laju mutasi pada sel juga akan meningkatkan risiko kanker, misalnya paparan sinar matahari yang berlebihan (salah
satu komponennya adalah sinar UV mutagenik), akan meningkatkan risiko melanoma, sejenis kanker kulit. Demikian pula, asap
rokok mengandung banyak mutagen dan merokok meningkatkan risiko kanker paru-paru.
Onkogen Onkogen
adalah gen yang aktivasinya berkontribusi terhadap perkembangan kanker. Onkogen biasanya merupakan versi mutasi atau varian
patogen dari gen seluler normal (gen yang tidak bermutasi sering disebut proto-onkogen karena alasan ini), dan ini mencerminkan
bahwa fungsi normal gen terlibat dalam pengendalian pertumbuhan sel dalam beberapa cara. Jadi gen yang mendorong atau terlibat
dalam pembelahan sel (mitosis) atau menghambat kematian sel terprogram (apoptosis), diferensiasi, ketenangan atau penuaan
adalah gen yang bila bermutasi, dapat menjadi onkogenik. Selain itu, beberapa patogen membawa onkogen, misalnya sejumlah
kecil virus dapat menyebabkan risiko lebih tinggi terkena kanker tertentu, karena patogen tersebut mengkode gen yang mendoron g
proliferasi atau kelangsungan hidup sel. Diperkirakan sekitar 15% kanker berkembang karena keterlibatan agen infeksi, misalny a
beberapa virus papiloma manusia dapat meningkatkan risiko terkena kanker serviks.
Banyak protein yang diekspresikan oleh onkogen potensial bertindak dalam proses yang disebut transduksi sinyal, atau merupakan
faktor transkripsi yang diaktifkan oleh mekanisme ini. Transduksi sinyal adalah metode dimana sel mengubah sinyal,
10.1042/EBC20170053
Gambar 32. Kanker meningkat seiring

bertambahnya usia. Kurva kejadian kanker teoritis ditampilkan mencerminkan tingkat mutasi yang ditetapkan. Jika hanya satu mutasi yang dapat menyebabkan
sel normal menjadi kanker, maka angka kejadian kanker akan linier (garis biru). Insiden sebenarnya meningkat seiring bertambahnya usia (kurva merah) yang
mencerminkan akumulasi kanker yang menyebabkan perubahan yang terjadi bersamaan seiring berjalannya waktu.
Gambar 33. Transduksi sinyal Sel

menerima sinyal dari kontak dengan sel lain, dari matriks ekstraseluler dan dari molekul terlarut, termasuk protein yang disekresi. Informasi yang diterima
diintegrasikan dan ditransformasikan ke nukleus. Jalur dan jaringan sinyal sitoplasma yang diaktifkan akan bergantung pada status sel dan gen mana yang saat
ini diekspresikan. Gabungan masukan sinyal dapat mengakibatkan perubahan program ekspresi gen untuk mencapai salah satu dari beberapa kemungkinan
respons.
biasanya diterima dari luar sel, menjadi perubahan ekspresi gen yang akan menimbulkan respon (Gambar 33).
Misalnya, jika faktor pertumbuhan bekerja pada sel, hal ini memicu sinyal yang melewati sitoplasma, untuk menginduksi
10.1042/EBC20170053
Gambar 34. Jalur transduksi sinyal yang disederhanakan dan

khas Banyak faktor pertumbuhan (protein yang disekresi) berinteraksi dengan reseptor di permukaan sel dan ligan serta reseptor dapat
bertindak dalam bentuk monomer atau kompleks. Interaksi tersebut menyebabkan reseptor menjadi aktif, dan ini akan menyebabkan aliran
sinyal (digambarkan dengan garis merah putus-putus), diteruskan dari satu molekul ke molekul berikutnya. Sinyal tersebut dapat berujung
pada aktivasi faktor transkripsi yang mengakibatkan perubahan ekspresi gen, atau memengaruhi integritas membran mitokondria dan
kelangsungan hidup sel, atau memiliki tujuan alternatif untuk memperoleh respons seluler. Sinyal aktivasi dapat ditransmisikan melalui
beberapa cara, metode yang paling umum adalah melalui aksi kinase, enzim yang memfosforilasi substratnya (digambarkan oleh P),
sehingga mengaktifkan substrat untuk langkah berikutnya. Meskipun jalur sederhana digambarkan, kenyataannya adalah bahwa terjadi
jaringan interaksi kompleks yang luas, mengintegrasikan banyak sinyal yang memungkinkan beragam respons yang sedikit berbeda.
ekspresi gen yang diperlukan untuk memulai pembelahan sel. Hal ini biasanya (tetapi tidak eksklusif) dicapai melalui
interaksi faktor pertumbuhan dengan reseptor pada permukaan sel. Interaksi tersebut mengaktifkan reseptor, yang
menyebabkan serangkaian perubahan keadaan faktor lain yang terletak di sitoplasma. Faktor transkripsi seringkali diaktivasi
melalui proses ini melalui fosforilasi pada residu serin atau treonin tertentu, yang mengakibatkan translokasinya ke nukleus
untuk mengatur ekspresi gen (Gambar 34). Yang penting, setelah sinyal selesai, semua komponen dinonaktifkan. Mutasi
pada gen yang terlibat dalam proses ini yang menyebabkan aktivasi protein yang berlebihan, atau terlalu banyak protein,
dapat mengakibatkan pemberian sinyal berlebih, yang memerintahkan sel untuk terus membelah.
Pada dasarnya semua jenis mutasi telah diamati dalam konversi proto-onkogen menjadi onkogen, termasuk duplikasi
gen, mutasi titik, penghapusan atau penataan ulang sebagian, dan translokasi kromosom. Mutasi onkogenik cenderung
bersifat gain-of-function sehingga biasanya bersifat dominan. Mutasi seperti itu umumnya menyebabkan ekspresi gen yang
berlebihan atau aktivasi yang berlebihan.
Aktivasi onkogen melalui ekspresi berlebih Ada tiga mekanisme

mutasi utama yang menyebabkan ekspresi berlebih gen tercapai (Gambar 35). Ini adalah: ampli-
10.1042/EBC20170053
Gambar 35. Mutasi onkogenik

Contoh mutasi pengaktif onkogen digambarkan. (A) Amplifikasi gen menyebabkan peningkatan ekspresi produk.
(B) Translokasi kromosom timbal balik mengarah pada peningkatan ekspresi gen pada breakpoint, seperti yang diamati pada limfoma
folikuler dan translokasi 18:14 yang melibatkan gen BCL2 dan lokus IGH (di atas); atau seperti yang diamati pada leukemia myeloid kronis
dan translokasi 9:22 yang mengarah ke protein fusi BCR-ABL (menyatu dalam bingkai sehubungan dengan ORF). (C) Hilangnya wilayah
pengatur protein karena penghapusan kecil. (D) Mengaktifkan perubahan dalam urutan pengkodean yang disebabkan oleh mutasi titik
(dicontohkan oleh gen RAS). Dalam setiap kasus, wilayah gen digambarkan dengan kotak berwarna dan ekspresi ditunjukkan dengan panah bengkok.
fikasi gen, dengan peningkatan ekspresi karena peningkatan jumlah salinan, penjajaran baru dari sekuens yang meningkatkan
ekspresi (misalnya, melalui translokasi kromosom) dan mutasi pada sekuens kontrol ekspresi gen yang mencegah pembungkaman
gen atau secara langsung meningkatkan ekspresi. Selain itu, modifikasi epigenetik pada rangkaian promotor gen dapat bertindak
untuk meningkatkan atau menekan ekspresi.
Contoh mutasi yang menyebabkan ekspresi berlebih terlihat pada gen yang mengkode protein reseptor HER2 (alias ERBB2,
anggota keluarga tirosin kinase reseptor faktor pertumbuhan epidermal (EGFR), yang sering bermutasi pada kanker payudara.
Salah satu jenis mutasi HER2 yang ditemukan pada sel kanker adalah amplifikasi. Seluruh gen diduplikasi sehingga menghasilkan
lebih dari satu salinan, terkadang beberapa salinan. Hal ini menyebabkan kelebihan produksi protein di dalam sel. Akibatnya, sel
mengirimkan lebih banyak sinyal ke nukleus untuk memulai mitosis, yang berkontribusi terhadap keadaan kanker dengan
meningkatkan proliferasi sel. Pengetahuan ini mengarah pada pengembangan obat yang disebut Herceptin, yang menghambat
kerja HER2 dan merupakan pengobatan tambahan yang efektif untuk kanker payudara yang mengekspresikan HER2 secara berlebihan.
Contoh lain dari mutasi yang menyebabkan ekspresi gen berlebih dicontohkan oleh gen BCL2 pada limfoma folikuler, sejenis
kanker sel B. Protein BCL2 berada di permukaan mitokondria dan menghambat suatu bentuk terprogram
10.1042/EBC20170053
Gambar 36. Aktivasi RAS

(A) RAS terikat pada PDB dalam keadaan tidak aktif. Transduksi sinyal dapat mengarah pada aktivasi RAS, melalui GEF (faktor pertu karan
PDB/GTP), yang menggantikan PDB dari RAS, sehingga memungkinkan pengikatan GTP. Hal ini menyebabkan perubahan konformasi RAS
yang memungkinkan interaksi dengan protein efektor, sehingga meneruskan sinyal aktivasi. Deaktivasi RAS terjadi melalui hidro lisis GTP
menjadi PDB yang dibantu oleh GTPase-activating protein (GAP). (B) Protein dari keluarga RAF termasuk di antara beberapa efektor RAS.
Protein RAF adalah serin/treonin kinase. RAS yang teraktivasi berikatan dengan RAF, menyebabkan perubahan konformasi RAF dan
mengaktifkan aktivitas kinase-nya. RAF kemudian memfosforilasi substratnya MEK (yang juga merupakan kinase) sehingga mengaktifkannya, dan sinyal be
Ini menggambarkan bagian dari jalur transduksi sinyal yang terkenal, jalur mitogen activation protein kinase (MAPK).
kematian sel yang disebut apoptosis. Jika sel ditakdirkan untuk mati (dan ada beberapa kasus di mana hal ini normal), ekspresi
BCL2 yang berlebihan dapat menghambat kematian sel. Sel limfoma folikular menunjukkan translokasi kromosom yang khas,
menyandingkan bagian kromosom 18, lokasi gen BCL2, ke kromosom 14, lokasi gen antibodi (gen rantai berat imunoglobulin
(IGH)) (Gambar 35). Hasilnya adalah BCL2 berada di bawah kendali rangkaian penambah yang biasanya mendorong ekspresi
gen IGH pada sel B, namun pada sel mutan, menyebabkan ekspresi BCL2 berlebih. Dengan demikian sel B resisten terhadap
apoptosis dan ini berkontribusi terhadap perkembangan limfoma sel B.
Aktivasi onkogen melalui peningkatan aktivitas Ada beberapa mekanisme

mutasi dimana aktivitas protein yang dikodekan dapat ditingkatkan atau dijadikan konstitutif. Hal ini mencakup mutasi titik (atau
mutasi kecil) pada residu regulasi penting, misalnya hilangnya situs fosforilasi regulasi negatif, penghapusan domain regulasi
negatif (yang dapat terjadi melalui penghapusan sederhana atau akibat penataan ulang yang lebih besar seperti translokasi
kromosom), atau pengaktifan mutasi pada katalitik. domain atau domain interaksi.
Protein yang menyampaikan sinyal pertumbuhan dalam sel harus diatur dengan baik. Protein-protein ini umumnya berada
dalam keadaan tidak aktif, diaktifkan sebentar melalui transduksi sinyal dan kemudian kembali ke keadaan tidak aktif, sehingga
mengontrol proliferasi sel dengan ketat. Mutasi yang menyebabkan peningkatan atau aktivitas konstitutif dapat bersifat onkogenik.
Contoh klasiknya terjadi pada gen RAS (H-RAS, N-RAS, dan K-RAS). Ketiga gen terkait ini menyandikan protein kecil yang sangat
penting dalam jalur sinyal multipel dan dalam perkembangan berbagai jenis kanker, dan oleh karena itu RAS disebut sebagai
'saklar molekuler'. Protein RAS berikatan dengan PDB atau GTP (guanosin di- atau tri-fosfat).
Ketika terikat dengan PDB, protein tersebut tidak aktif. Sebagai konsekuensi dari sinyal dari reseptor, RAS beralih untuk berikatan
dengan GTP dan dengan demikian, mengubah konformasi dan menjadi aktif sehingga dapat berinteraksi dengan protein berikutnya
dalam rantai untuk meneruskan sinyal aktivasi (Gambar 36). Dengan tidak adanya sinyal pengaktifan, protein RAS dengan cepat
dinonaktifkan melalui aktivitas GTPase intrinsik (yang menghidrolisis GTP terikat menjadi PDB). Pada beberapa titik kunci di
sepanjang gen, mutasi yang mengubah satu asam amino (biasanya kodon 12, 13, atau 61), dapat mencegah hidrolisis GTP,
sehingga mengunci RAS ke dalam keadaan aktif, terikat GTP, dan menghasilkan sinyal konstitutif.
Contoh lain dari aktivasi protein diamati dengan gen C-SRC, yang mengkode protein tirosin kinase.
Protein C-SRC terletak di permukaan dalam membran plasma dan meneruskan sinyal mitogenik dari beberapa reseptor faktor
pertumbuhan. Aktivitas kinase protein dikendalikan oleh situs pengatur di ujung terminal-C, lokasi residu tirosin kritis (Tyr527).
Status fosforilasi Tyr527 ditentukan oleh protein tirosin kinase dan fosfatase lainnya dan ketika Tyr527 difosforilasi, ini menghambat
aktivitas kinase dari
10.1042/EBC20170053
C-SRC. Mutasi yang menghapus residu ini menghasilkan protein yang aktif secara konstitutif dan terus -menerus meneruskan sinyal
pertumbuhan ke nukleus. Mutasinya bisa sekecil mutasi titik, sehingga residu tirosin hilang atau digantikan oleh asam amino a lternatif. Mutasi
seperti ini sering ditemukan pada kanker usus besar, paru-paru, hati, payudara dan pankreas. Contoh lebih lanjut dari mutasi yang
menyebabkan hilangnya domain regulasi terlihat pada translokasi kromosom yang mengarah pada ekspresi protein fusi (berasal dari dua gen),
yang disebut fusi BCR-ABL.
Translokasi kromosom khusus ini (antara kromosom 9 dan 22), yang disebut kromosom Philadelphia, merupakan karakteristik leuke mia
myeloid kronis dan menyebabkan hilangnya domain pengatur dari gen ABL1, yang mengkode tirosin kinase. Protein fusi memiliki aktivitas
kinase konstitutif yang mendorong pembelahan sel.
Gen penekan tumor Gen penekan tumor (TSG)

adalah gen yang kerjanya menghambat pertumbuhan sel tumor, oleh karena itu inaktivasinya menguntungkan sel kanker. Akibatnya, fungsi
beberapa TSG hilang pada semua bentuk kanker. Hilangnya fungsi dapat disebabkan oleh mutasi yang mempengaruhi daerah kritis p rotein
atau hilangnya ekspresi, yang terakhir ini sering kali disebabkan oleh mutasi delesi (penghapusan sebagian atau seluruh gen) atau alternatifnya,
melalui modifikasi epigenetik dari gen tersebut. urutan regulasi gen untuk menekan ekspresi. Beberapa TSG berfungsi untuk men ghambat
perkembangan siklus sel, masing-masing bekerja pada titik berbeda dalam siklus, atau di jaringan berbeda, atau dalam kondisi berbeda.
Siklus sel diarahkan oleh kompleks protein, termasuk siklin dan mitranya, cyclin -dependent kinases (CDK). CDK, pada gilirannya, melalui
siklus, memfosforilasi dan mengaktifkan sejumlah besar protein yang mengatur siklus bergerak maju, dari fase pertumbuhan awal (G1), hingga
sintesis DNA (S), penyelesaian sintesis DNA, dan pertumbuhan berkelanjutan ( G2) dan mitosis (M) (Gambar 37). Salah satu pema in sentral
dalam siklus sel adalah TSG yang disebut gen retinoblastoma (RB). Dalam keadaan tidak terfosforilasi, protein RB menghambat m asuknya
fase S dan kemajuan siklus sel dengan menghalangi faktor-faktor penting perkembangan siklus sel. Ketika sel menerima sinyal untuk menjalani
pembelahan, ini mengaktifkan kompleks cyclin/CDK dan salah satu substratnya adalah RB. Saat RB menjadi terfosforilasi, ia mel epaskan
faktor perkembangan siklus sel untuk memungkinkan siklus sel bergerak maju. Jika RB hilang dari sel, mekanisme penghambatan p enting ini
hilang, menyebabkan sel mengalami proliferasi yang tidak terkendali. Banyak sel kanker menunjukkan hilangnya ekspresi RB sepe nuhnya. Ini
berarti kedua alel harus terpengaruh, baik melalui mutasi (biasanya penghapusan) atau penekanan epigenetik. Pada tingkat feno tip sel,
hilangnya RB bersifat resesif, dengan satu salinan fungsional cukup untuk mengendalikan siklus sel, namun, seperti dibahas di bawah pada
kanker yang diwariskan, permasalahan dominan/resesif lebih kompleks.
Beberapa produk TSG lainnya juga bertindak menghambat komponen siklus sel untuk mengontrol proliferasi secara ketat, sehingga hal ini
terjadi hanya jika diperlukan dan ketika semua kondisi optimal, bertindak langsung untuk menghambat aktivitas kinase CDK. Sej umlah di
antaranya (saat pertama kali dikarakterisasi), diberi nama yang tidak imajinatif yang hanya mengacu pada ukuran protein yang tampak (dalam
kiloDalton), termasuk p21, p16, p27 dll., dengan superskrip untuk membedakannya dengan protein lain dari protein tersebut. uk uran yang
sama. Protein yang dikodekan TSG p21Waf1 (diekspresikan dari gen CDKN1A), menghambat CDK2 dan oleh karena itu menghalangi masuk
ke fase S dan perkembangan melalui G2, sementara p16Ink4a (diekspresikan dari gen CDKN2A) menonaktifkan kompleks CDK4 atau CDK6
yang terikat pada cyclin D dan oleh karena itu memainkan peran kunci dalam perjalanan sel ke G0 (keluar dari siklus sel) dan memasuki masa
tenang (reversibel) atau penuaan (ireversibel).
Banyak produk TSG lainnya yang berfungsi dalam proses yang tidak berhubungan langsung dengan siklus sel, melainkan mempengaru hi
kondisi pertumbuhan tumor dan lingkungannya. Misalnya, jika tumor padat tidak memperoleh suplai darah untuk menyediakan cukup oksigen
dan glukosa ke sel-sel yang membelah, maka tumor tersebut dapat tumbuh dengan diameter hanya beberapa milimeter. TSG yang disebut
von Hippel – Lindau (VHL) mengkodekan enzim yang diperlukan dalam proses degradasi protein; ligase ubiquitin, target utamanya, HIF (faktor
yang diinduksi hipoksia), adalah protein kunci yang mengontrol pertumbuhan pembuluh darah dari pembuluh yang ada (angiogenesis).
Biasanya angiogenesis terjadi ketika aktivitas metabolisme tinggi dan ketersediaan oksigen rendah (seperti pertumbuhan otot sebagai respons
terhadap olahraga), namun sebaliknya tetap ditekan.
Mutasi pada VHL yang mengakibatkan hilangnya kemampuan untuk menyebabkan degradasi HIF, memungkinkan aktivasi HIF yang terus-
menerus, sehingga diperlukan angiogenesis yang tidak terkendali untuk pertumbuhan tumor.
Integritas genom Karena mutasi

somatik merupakan faktor pendorong terjadinya kanker, hilangnya atau penyimpangan fungsi gen yang terlibat dalam proses perba ikan DNA
yang rusak dapat bersifat tumorigenik. Kerusakan DNA dapat disebabkan oleh agen mutagenik eksogen, namun sebagian besar mutasi yang
terjadi pada sel kanker terjadi akibat kesalahan selama replikasi DNA atau disebabkan oleh proses biokimia endogen. Dengan de mikian,
pemeriksaan replikasi dan perbaikan protein bekerja terus menerus untuk menjaga integritas genom. Tidak semua gen perbaikan DNA adalah
TSG atau proto-onkogen
10.1042/EBC20170053
Gambar 37. Siklus sel dan RB Siklus

sel digambarkan, menunjukkan fase (dibagi dengan tanda pangkat): pertumbuhan atau celah 1 (G1), sintesis DNA (S), pertumbuhan atau celah 2 (G2)
dan mitosis (M) dalam sebuah lingkaran, dengan jalan keluar dari siklus direpresentasikan sebagai G0. Titik pemeriksaan siklus sel digambarkan sebagai
batang, titik pemeriksaan G1/S (merah: pemeriksaan kerusakan DNA), titik pemeriksaan fase S (biru: pemeriksaan garpu kerusaka n dan replikasi DNA),
titik pemeriksaan G2/M (hijau: pemeriksaan DNA kerusakan dan selesainya pemeriksaan replikasi) dan titik pemeriksaan spindel (kuning: memastikan
keselarasan kromosom yang benar pada spindel, siap untuk pembelahan). Kompleks siklin dan CDK yang relevan dengan setiap fase ditampilkan. Inti
dari kontrol siklus sel adalah TSG RB. RB menjadi semakin terfosforilasi oleh CDK yang diaktifkan melalui G1 (seperti yang di gambarkan dengan
peningkatan P). Ketika siklus berlangsung, ia menjadi hiperfosforilasi dan ini memungkinkan masuknya fase S dan perkembangan lebih lanjut. RB yang
tidak terfosforilasi menghambat perkembangan siklus sel. Selama G1, siklus dapat dimulai melalui pensinyalan mitogenik (panah ungu). Setelah melewati
'mulai', sel berkomitmen untuk melakukan siklus.
sangat penting dan oleh karena itu mutasi atau kehilangannya akan menyebabkan kematian sel. Namun, jika mutasi gen tersebut memungkinkan
kelangsungan hidup sel, namun meningkatkan kemungkinan perbaikan yang salah (yaitu mutasi), hal ini akan meningkatkan risiko kanker.
TSG yang paling sering bermutasi pada kanker manusia adalah gen yang disebut TP53. Protein TP53 (atau p53) yang dikodekan ada lah faktor
transkripsi pengikat DNA. Biasanya terdapat dalam jumlah rendah di dalam sel, dan menjadi stabil dan teraktivasi ketika genom seluler berada dalam
risiko, terutama setelah kerusakan DNA (Gambar 38). Ketika kerusakan DNA terdeteksi oleh suatu kompleks protein, informasi tersebut ditransduksi
oleh ATM kinase atau ATR kinase untuk mengaktifkan efektor, CHK1, CHK2 dan p53 (Gambar 38). P53 kemudian bertindak untuk menginduksi
ekspresi gen lain yang akan menghentikan siklus sel, termasuk p21Waf1. Dengan demikian, terdapat 'titik pemeriksaan' yang efe ktif pada batas G1/
S siklus sel (Gambar 37). Jika DNA rusak, p53 teraktivasi menginduksi ekspresi p21Waf1 , CDK2 kemudian dihambat dan siklus tidak dilanjutkan.
P53 juga terlibat dalam proses perbaikan DNA, oleh karena itu, setelah kerusakan DNA, mesin perbaikan dapat bekerja sementara siklus sel tertunda.
Selain itu, p53 dapat menginduksi ekspresi gen yang akan menyebabkan kematian sel (menetralkan fungsi kelangsungan hidup BCL2 ) jika sel tidak
dapat diperbaiki lagi, sehingga sel dapat dihilangkan dengan rapi.
Mutasi paling umum pada TP53 pada sel kanker terjadi di daerah pengikatan DNA pada protein dan mencegah p53 mengikat DNA sehingga
menonaktifkan fungsinya sebagai faktor transkripsi. Akibatnya, sel dengan DNA yang rusak dapat berkembang melalui titik pemeriksaan siklus sel
dengan risiko mutasi yang tinggi. Karena alasan ini, p53 disebut sebagai 'penjaga genom'.
BRCA1 dan BRCA2 (kanker payudara 1 dan 2) juga merupakan TSG yang terlibat dalam perbaikan DNA. Protein yang dikodekan bertindak
secara kompleks untuk memperbaiki kerusakan untai ganda DNA (DSB). Mutasi yang menyebabkan hilangnya fungsi protein atau hilangnya
D
10.1042/EBC20170053
h
Gambar 38. Merasakan dan merespons DNA yang rusak
Protein yang memulai perbaikan DNA setelah kerusakan atau penyumbatan replikasi dapat dibagi menjadi sensor, transduser, dan efektor.
Sensor: kompleks protein mengenali ujung putus DNA untai ganda (DSB) dan kompleks dengan komposisi berbeda mengenali garpu
replikasi DNA yang terhenti (gelembung merah muda dan kuning). Kompleks ini menarik dua kinase kunci, ATM dan ATR, transduser,
yang berfungsi untuk memfosforilasi, dan dengan demikian mengaktifkan, dua kinase selanjutnya, CHK1 dan CHK2. TP53 distabilkan
baik secara langsung melalui fosforilasi oleh ATM dan melalui fosforilasi oleh CHK1 dan CHK2. Selanjutnya, efektor menghasilkan salah
satu dari beberapa respons, seperti yang ditunjukkan.
ekspresi menghasilkan kemungkinan besar perbaikan DNA DSB yang tidak akurat dan dengan demikian secara nyata
meningkatkan laju mutasi sel dan juga risiko kanker.
Beberapa produk onkogen berperan menurunkan regulasi perbaikan DNA, baik sebagai salah satu dari beberapa fungsi,
atau dalam beberapa kasus, fungsi utamanya. Protein mitogenik HER2 (dijelaskan di atas), ketika diaktifkan, menurunkan
regulasi beberapa faktor perbaikan DNA dan ini berkontribusi terhadap sifat onkogeniknya. Dalam beberapa dekade terakhir,
pentingnya RNA non-coding kecil dalam mengendalikan ekspresi gen menjadi jelas. Banyak RNA kecil (disebut miRNA)
diekspresikan oleh sel dan berfungsi dengan menurunkan regulasi ekspresi gen target tertentu. MiRNA-182 (miR-182) secara
khusus menurunkan regulasi ekspresi BRCA1 dan beberapa TSG lainnya dan miR -182 ditemukan diekspresikan secara
berlebihan di beberapa sel kanker (termasuk kanker payudara), seringkali sebagai akibat dari duplikasi gen. Oleh karena itu,
ini dapat dipandang sebagai jenis onkogen yang berbeda.
Jenis kanker menunjukkan profil mutasi yang khas Beberapa onkogen kuat telah
dikenal selama beberapa dekade dan secara historis, banyak yang diidentifikasi berdasarkan kerja retrovirus dalam sistem
model tumor hewan. Banyak di antaranya yang bermutasi pada jenis kanker tertentu dan dengan frekuensi berbeda, misalnya
mutasi gen RAS ditemukan pada sekitar 60% kanker pankreas, 50% kanker usus besar, 20% kanker paru -paru, namun
jarang (1%) pada ginjal. kanker. Beberapa TSG penting ditemukan sebagai hasil penentuan varian patogen pada sindrom
kanker keluarga, seperti retinoblastoma yang diwariskan. Selain itu, telah lama diketahui bahwa jenis mutasi tertentu
merupakan ciri khas jenis kanker tertentu, misalnya sel limfoma folikuler membawa translokasi kromosom yang melibatkan
lokus BCL2 dan sel limfoma Burkitt selalu menampung translokasi yang melibatkan gen C -MYC. Namun, sebagian besar
onkogen dan TSG hanya memberikan kontribusi kecil terhadap perkembangan penyakit sehingga lebih sulit untuk dikenali.
Mengatasi masalah ini telah mengalami revolusi berkat kemajuan besar dalam teknologi pengurutan genom selama beberapa
dekade terakhir. Seperti yang akan dijelaskan pada bagian 'Genomik' berikutnya, proyek pengurutan besar yang
membandingkan genom tumor yang bermutasi dengan genom yang berasal dari jaringan normal individu yang sama telah
memungkinkan identifikasi mutasi penyebab pada kanker tersebut. Dengan menggunakan pendekatan ini, tidak hanya
terdapat lebih banyak mutasi (dan juga gen) yang berkontribusi terhadap proses kanker yang telah teridentifikasi, namun juga
ditemukan bahwa jenis (dan bahkan subtipe) kanker menunjukkan profil mutasi somatik yang khas dan hal ini kemudian dapat
menjadi masukan bagi pilihan pengobatan. .
10.1042/EBC20170053
Pengubah epigenetik Selain

mutasi, ekspresi onkogen yang berlebihan dan hilangnya atau berkurangnya ekspresi TSG ditemukan dalam sel kanker melalui
modifikasi epigenetik dari rangkaian kontrol ekspresi. Gen-gen yang produknya merupakan pengubah epigenetik, sering kali
bermutasi dalam sel kanker. Mutasi gen-gen ini, (atau ekspresi abnormalnya sebagai konsekuensi modifikasi epigenetik pada
rangkaian kontrolnya) menyebabkan pemodelan kromatin yang menyimpang dan kesalahan ekspresi (di bawah atau di atas)
beberapa gen. Pembungkaman epigenetik terhadap TSG terbukti memainkan peran penting dalam asal usul kanker. Selain
itu, mutasi pada gen pengubah epigenetik dapat berdampak luas dan dalam beberapa kasus, mutasi tersebut dapat dianggap
sebagai TSG. Misalnya, hilangnya fungsi mutasi pada gen DNA methyltransferase 3A (DNMT3A) sering ditemukan pada tumor
sel darah (keganasan limfoid dan myeloid). Hilangnya DNMT3A tampaknya meningkatkan kapasitas proliferasi sel dan
menghambat diferensiasi. Sebaliknya, gen pengubah genetik lainnya mengalami mutasi fungsi pada sel kanker. Gen pengkode
histone-metiltransferase EZH2 ditemukan diaktifkan melalui mutasi titik atau diekspresikan secara berlebihan melalui amplifikasi
gen pada berbagai tumor. Namun, gen ini tidak bisa begitu saja diklasifikasikan sebagai onkogen, karena hilangnya gen ini
terlihat pada tumor lain yang menunjukkan peran TSG pada beberapa tipe sel. Oleh karena itu, perubahan modifikasi gen
epigenetik tersebar luas pada sel kanker, namun pengendaliannya sangat kompleks.
Kanker yang diwariskan dan kecenderungannya Tiga

faktor pada dasarnya menentukan apakah suatu sel menjadi kanker: lingkungan (termasuk gaya hidup), peluang, dan genotipe.
Seperti dijelaskan di atas, mutagen lingkungan (seperti sinar matahari dan asap tembakau) jelas meningkatkan risiko kanker
dan, meskipun beberapa di antaranya sangat kontroversial, faktor makanan (seperti alkohol) juga dapat memengaruhi risiko.
Peluang statistik mencerminkan bahwa hanya sebagian kecil dari semua kemungkinan mutasi somatik yang akan menjadi
penyebab proses kanker dan inilah mengapa karsinogen digambarkan meningkatkan 'risiko' kanker. Genotipe adalah hal yang paling penti
Varian hilangnya fungsi yang diwariskan pada beberapa TSG meningkatkan risiko kanker secara signifikan, sehingga varian ini muncul
sebagai varian patogen yang dominan, namun berkontribusi terhadap proporsi kanker yang relatif kecil secara keseluruhan (Tabel 10).
Hal ini dicontohkan dengan hilangnya varian fungsi yang diwariskan pada TP53, RB, BRCA1 dan BRCA2. Kanker payudara adalah
kanker yang umum terjadi, dan sekitar 1 dari 8 wanita di Inggris akan mengidapnya selama hidup mereka, sementara hanya 3% dari
kasus ini disebabkan oleh varian patogen bawaan BRCA1, BRCA2, atau TP53. Sebaliknya, retinoblastoma adalah kanker masa kanak-
kanak yang sangat langka, dengan sekitar 45 anak didiagnosis per tahun di Inggris. Dari jumlah tersebut, sekitar 40% membawa varian
patogen bawaan pada gen RB. Hilangnya varian fungsi germline pada TP53 menyebabkan sindrom Li – Fraumeni (mempengaruhi
sekitar 1–4 orang per 20.000), yang ditandai dengan beberapa jenis kanker dini. Risiko terkena kanker pada individu tersebut adalah
sekitar 50% pada usia 30 tahun, dan meningkat menjadi 90% pada usia 70 tahun. Paradoksnya, hilangnya fungsi TSG ini bersifat
resesif pada fenotip seluler, namun dominan pada fenotip seluler. individu, dijelaskan oleh 'hipotesis dua pukulan' Knudson, yang
pertama kali diajukan untuk menjelaskan fenomena ini sehubungan dengan gen RB dan retinoblastoma familial (dari mana gen tersebut
ditemukan). Fungsi salah satu alel dinonaktifkan secara herediter dan alel lainnya dinonaktifkan melalui mutasi somatik atau
pembungkaman epigenetik, sehingga tumor yang timbul pada individu ini menunjukkan hilangnya fungsi kedua alel RB. Hal yang sama
berlaku untuk TSG dan jenis tumor lainnya, termasuk hilangnya fungsi TP53 yang diwariskan dan perkembangan tumor sindrom Li –
Fraumeni serta varian hilangnya fungsi BRCA1 dan BRCA2 yang diwariskan pada kanker payudara.
Beberapa varian alel patogen yang diwariskan meningkatkan risiko kanker dalam tingkat yang kecil namun signifikan, misalnya
pasien dengan varian gen PIK3CD yang hiperaktif (proto-onkogen yang berfungsi dalam transduksi sinyal) menderita sindrom PI3Kÿ
teraktivasi kelainan dominan (APDS). ) tetapi juga memiliki peningkatan risiko limfoma sel B.
Selain varian gen bawaan yang terkait dengan kanker, berisiko tinggi, dan diturunkan, profil genetik seseorang memiliki pengaruh
besar terhadap kecenderungan terkena kanker. Ribuan polimorfisme atau varian alel dapat meningkatkan atau menurunkan risiko
kanker (relatif terhadap satu sama lain) dalam tingkat yang kecil, atau dalam keadaan tertentu. Kombinasi dari banyak alel risiko
menengah atau rendah bersama-sama mungkin mempunyai efek gabungan terhadap risiko. Alel risiko rendah, sedang, dan spesifik
kondisi ini diidentifikasi dan dieksplorasi menggunakan pendekatan GWAS dan upaya pengurutan massal seperti Proyek 100.000
Genom (lihat bagian selanjutnya). Oleh karena itu, meskipun statistik saat ini memberikan kesan seperti ini, sebenarnya tidak ada
perbedaan yang jelas antara kanker 'yang diwariskan' dan 'spontan', kanker ini lebih baik digambarkan sebagai risiko turunan yang
menurun. Sebagian besar kanker yang saat ini tidak diklasifikasikan sebagai kanker yang diwariskan, namun muncul dengan latar
belakang genom dengan nilai risiko tertentu. GWAS besar-besaran dan studi pengurutan yang sedang dilakukan saat ini mempunyai
harapan besar di masa depan; akan tiba saatnya ketika genotipe seseorang dapat digunakan untuk menentukan risiko penyakit tertentu
seumur hidup, khususnya kanker dan ini kemudian dapat digunakan untuk menyarankan tindakan atau pengobatan gaya hidup preventif.
Tabel 10 Kanker herediter dan gen terkait yang varian risiko tinggi telah teridentifikasi (tidak ada dalam daftar
lengkap)
Perkiraan frekuensi dalam

Organ utama terpengaruh Sindrom, informasi lebih lanjut Simbol gen jenis kanker
Usus (keempat paling umum di Inggris, Poliposis adenomatosa familial APC 1% dari kanker usus
41804 pada tahun 2015)
Poliposis terkait MYH MYH Langka
Sindrom Lynch (juga meningkatkan risiko MLH1, MSH2, MSH6, PMS2 3% kanker usus
kanker lainnya, lihat di bawah)
Sindrom Peutz Jeghers (juga meningkat STK11 Sangat langka
risiko kanker lainnya)

Sindrom Poliposis Remaja BMPR1A, SMAD4 Tidak dikenal
Payudara (kanker paling umum pada wanita, BRCA1, BRCA1, TP53, PTEN, PALB2 5–10% kanker payudara berhubungan
sekitar 12,5%, 55122 pada tahun 2015) dengan pewarisan varian risiko tinggi
Sindrom VHL ginjal (ketujuh paling umum di Inggris). VHL 2–4% kanker ginjal
Sklerosis tuberous TSC1, TSC2
Sindrom Birt Hogg Dube FLCN
Sel ginjal papiler herediter yang terisolasi BERTEMU
kanker
Leiomyomatosis herediter dan ginjal FH

karsinoma
Melanosit/kulit (melanoma: Melanoma keluarga CDKN2A dan tidak diketahui Sekitar 10% dari melanoma
sekitar 15400/tahun)
Ovarium (sekitar 2% wanita) BRCA1, BRCA2 5–15% kanker ovarium
Sindrom Lynch (seperti di atas)
Pankreas (1,4% orang) Tidak diketahui atau sebagai bagian dari beberapa lainnya Sekitar 10% kanker pankreas
sindrom
Prostat (sekitar 12,5% laki-laki, BRCA2 (MLH1, MSH2, MSH6)
47151 pada tahun 2015)
Retina (sekitar 45 anak/tahun) Retinoblastoma familial RB Sekitar 40% dari retinoblastoma

Tiroid (kira-kira 3400/tahun) Kanker tiroid meduler (3–10% dari Tidak dikenal Sekitar 25% tiroid meduler
kanker tiroid) kanker
Rahim (sekitar 2% wanita) Tidak dikenal
Sindrom Lynch (seperti di atas)
Sindrom Cowden PTEN
Persentase frekuensi populasi yang diberikan berdasarkan organ yang terkena dampak, menunjukkan proporsi individu di Inggris yang mungkin terkena kanker ini pada suatu waktu
titik dalam hidup mereka. Angka-angka menunjukkan kasus-kasus baru yang didiagnosis di Statistik Inggris berasal dari situs Cancer Research UK.
Genomik
Perkenalan
Meskipun studi genetika secara tradisional berfokus pada dampak varian pada gen individu, terdapat pergeseran ke arah tersebut
pertimbangan dampak keseluruhan genom dalam kesehatan dan pengobatan. Banyak kondisi dengan genetik yang kuat
dasar, seperti T2D, epilepsi, kardiomiopati hipertrofik, dan disabilitas intelektual berhubungan, bukan dengan patogen
varian pada gen tunggal, namun dengan varian pada salah satu gen yang jumlahnya semakin bertambah. Ada (pada tahun 2018) 84 gen
di mana varian dilaporkan dikaitkan dengan epilepsi sebagai gejala inti, dan beberapa ratus gen lainnya di dalamnya
varian mana yang menyebabkan kondisi epilepsi muncul sebagai bagian dari spektrum gejala yang lebih luas. Ada yang berakhir
600 gen yang varian patogennya dilaporkan terkait dengan disabilitas intelektual, dan daftarnya adalah
memperluas. Keberagaman ini mendasari fakta bahwa banyak individu dan keluarga terkena penyakit genetik
telah menjadi 'pengembaraan diagnostik', dengan serangkaian kesalahan diagnosis selama bertahun-tahun, dan mungkin serangkaian tes genetik,
yang mungkin atau mungkin belum mencapai puncaknya pada hasil yang pasti.
Seperti yang telah dijelaskan sebelumnya, kanker disebabkan oleh akumulasi mutasi somatik yang menyebabkan gangguan pada sistem saraf pusat
jalur yang biasanya mengatur proses termasuk proliferasi sel, kematian sel dan motilitas sel. Jalur-jalur ini
secara kolektif melibatkan masukan dari produk ratusan gen (lebih dari 1% genom kita), dan hal ini merupakan sebuah tantangan
mengidentifikasi semua gen yang mutasinya dapat menyebabkan kanker (mutasi penyebab). Selain itu,
genom yang diwariskan dari semua individu mempengaruhi risiko berkembangnya jenis kanker tertentu, termasuk kanker somatik
profil mutasi dibangun.
Tabel 11 Rincian target genom Proyek 100.000 Genom
Kasus (pasien yang terkena dampak) Urutan genom per kasus Total genom yang diurutkan
Kanker Sekitar 25000 Tumor Sekitar 50.000

Darah
Penyakit langka Sekitar 17000 Sabar Sekitar 50.000
Ibu*
Ayah*
Total Sekitar 42000 Sekitar 100.000
* Dalam beberapa kasus, mungkin saja itu adalah kerabat dekat lainnya.
Pendekatan genom utuh, baik GWAS maupun sekuensing penuh, kini digunakan oleh kelompok kolaboratif ilmuwan dan konsorsium
untuk menyelidiki kecenderungan genetik terhadap penyakit dan kontribusi mutasi somatik.
Untuk membantu mengatasi kesenjangan dalam pemahaman kita tentang gen yang terlibat dalam penyakit langka dan kelainan serta gen yang kompleks
terkait dengan kanker, serta untuk meningkatkan pemahaman tentang genom kita secara keseluruhan, Proyek 100.000 Genom
dimulai pada tahun 2012 oleh Genomics England (dimiliki dan didanai oleh Departemen Kesehatan Inggris).
Proyek 100.000 Genom dan Kemitraan Genom Skotlandia

Proyek 100.000 Genom ditetapkan dengan dua target. Pertama, mengurutkan seluruh genom 'normal' dan 'tumor' secara lengkap
dari sekitar 50.000 pasien kanker, agar dapat mengidentifikasi semua perubahan genom kanker;
dan kedua, mengurutkan genom secara lengkap dari sekitar 17.000 pasien penyakit langka bersama dengan dua pasien yang sangat mirip
kerabat (idealnya ibu dan ayah) (Tabel 11). Analisis trio orang tua-anak memudahkan identifikasi de novo
mutasi yang mungkin berkontribusi terhadap penyakit, serta pengenalan varian yang mungkin jinak (ada pada orang sehat
induk). Kemitraan Genom Skotlandia (SGP) berencana untuk mengurutkan genom setidaknya 3000 individu, dengan tujuan
yang mirip dengan Proyek 100.000 Genom.
Setiap pengurutan genom menghasilkan sekitar 200 GB data, yang merupakan tantangan besar bagi penyimpanan data dan
analisis, serta keamanan data. Namun demikian, manfaatnya tidak hanya mencakup diagnosis molekuler untuk ribuan pasien penyakit
langka, namun juga sejumlah besar data yang akan berkontribusi pada pemahaman kita tentang peran penyakit langka.
variasi genom dan mutasi pada penyakit, dan untuk pengembangan pendekatan diagnostik yang lebih baik dan ditingkatkan
terapi yang ditargetkan untuk perubahan utama.
Pengubah genetik
Kompleksitas dan interaksi antara jalur biokimia dan proses fisiologis dalam tubuh
Artinya, penting untuk mempertimbangkan tidak hanya varian patogen dalam satu gen, namun juga memperhitungkannya
potensi efek varian genetik lain di tempat lain dalam genom. Hal ini dicontohkan dengan sindrom QT panjang
(LQTS; dinamakan berdasarkan perubahan yang terlihat pada jejak irama jantung elektrokardiogram, di mana 'interval QT' adalah
sangat berkepanjangan) yang muncul sebagai cacat pada aktivitas listrik jantung yang mempengaruhi sekitar 1 dalam tahun 2000
individu, dan dapat mengakibatkan kematian mendadak. Penyebab paling umum dari LQTS autosomal dominan adalah hilangnya fungsi
varian dalam satu salinan gen KCNQ1. Beberapa varian umum pada gen lain, NOS1AP, telah dibuktikan
memiliki efek kecil namun signifikan pada interval QT, bahkan pada individu sehat. Varian di NOS1AP ini dapat menyebabkan
pemanjangan interval QT lebih lanjut yang dikaitkan dengan peningkatan risiko kematian jantung mendadak pada karier
dari varian KCNQ1 yang patogen.
Varian dalam beberapa gen telah diidentifikasi sebagai pengubah potensial fenotip penyakit paru-paru pada CF, dan kemungkinan besar
bahwa banyak pengubah genetik ada untuk sebagian besar penyakit genetik. Identifikasi dan pemahaman tentang
pengubah genetik dan mekanisme yang digunakannya akan memperluas jangkauan target terapi potensial, dan
juga memungkinkan informasi prognosis dan stratifikasi risiko yang lebih baik. Diharapkan inisiatif seperti 100.000 Genom
Project dan SGP akan berkontribusi pada identifikasi pengubah genetik tersebut.
Menyelidiki kecenderungan kanker

Ada banyak contoh di mana varian patogen yang sama menyebabkan tingkat keparahan penyakit yang berbeda di tempat yang berbeda
individu. Untuk banyak varian, penetrasi (proporsi individu dengan varian yang menunjukkan tipe feno) kurang dari 100%, dan ekspresi
(pola efek yang diamati pada individu dengan varian) juga dapat bervariasi.
Misalnya, varian BRCA1 patogen yang diturunkan dikaitkan dengan kecenderungan terkena kanker payudara dan ovarium.
10.1042/EBC20170053
Namun, beberapa wanita mewarisi varian BRCA1 yang jelas-jelas bersifat patogen, namun tidak terpengaruh selama hidup mereka.
Wanita yang mewarisi varian BRCA1 patogen yang sama mungkin terkena kanker payudara saja (unilateral atau bilateral), kanker
ovarium, atau kanker payudara dan ovarium, dan faktanya jenis kanker lain juga dapat dilihat sebagai konsekuensi dari BRCA1
yang diturunkan. varian. Perbedaan dalam penetrasi dan ekspresi kemungkinan besar bergantung pada kombinasi faktor
lingkungan dan genetik. Jadi, meskipun individu-individu tersebut membawa varian patogen yang berisiko tinggi, banyak gen lain
yang berkontribusi terhadap risiko penyakit secara keseluruhan.
Mayoritas kanker muncul pada individu yang tidak membawa varian patogen berisiko tinggi (seperti varian BRCA1/2). Namun
demikian, susunan genetik seseorang mempengaruhi kemungkinan terjadinya kanker, memberikan perlindungan terhadap risiko,
atau meningkatkan kecenderungan. Dengan membandingkan genotipe individu yang menderita satu jenis kanker dengan mereka
yang tidak menderita satu jenis kanker, kita dapat mulai membangun informasi tentang risiko relatif yang mungkin dimiliki oleh
varian gen tertentu, dan juga menghubungkan risiko tersebut dengan kondisi tertentu. Studi semacam ini biasanya melibatkan
pendekatan GWAS (lihat Gambar 28 dan 29), namun juga dapat diungkapkan dengan analisis sekuens genom lengkap. Misalnya,
SNP tertentu mungkin dikaitkan dengan perlindungan bagi individu dari dampak buruk asap rokok pada paru-paru, namun mungkin
berdampak kecil pada kejadian kanker paru pada non-perokok. Demikian pula, varian lain mungkin meningkatkan risiko kanker,
namun hanya pada perokok. Oleh karena itu, risiko kanker paru-paru yang disebabkan oleh varian tersebut bergantung pada status
merokok. Demikian pula, alel risiko mungkin mencerminkan pola makan atau faktor lingkungan lainnya, atau mungkin menunjukkan
hubungan penyakit yang tidak bergantung pada kondisi lingkungan yang diketahui. Sehubungan dengan kanker, penelitian-
penelitian tersebut memberikan harapan besar untuk pencegahan kanker di masa depan, karena membangun profil risiko bagi
individu akan memfasilitasi pilihan gaya hidup yang terinformasi dan tindakan pengobatan pencegahan (seperti yang saat ini terjadi
pada operasi profilaksis untuk pembawa varian patogen BRCA1 dan BRCA2).
Mengidentifikasi mutasi penyebab atau pemicu kanker Sel kanker menampung

ratusan, bahkan ribuan mutasi somatik, namun hanya sebagian kecil yang bersifat penyebab proses kanker; sebagian besar
umumnya merupakan mutasi 'penumpang'. Dengan membandingkan urutan genom sel kanker dengan genom yang tidak
terpengaruh dari individu yang sama (dari jaringan non-kanker, biasanya darah), semua mutasi somatik yang terjadi pada sel
kanker dapat diidentifikasi. Kemudian dengan membandingkan gen-gen yang telah mengalami mutasi, antara kanker-kanker yang
muncul pada ratusan orang yang berbeda, kita dapat menentukan gen-gen mana yang umumnya bermutasi pada suatu jenis
kanker tertentu. Karena sebagian besar mutasi terjadi secara acak, kemungkinan terjadinya mutasi penumpang pada gen tertentu
pada beberapa sampel kanker adalah rendah. Sebaliknya, jika terjadi mutasi penyebab, hal ini akan memberikan keuntungan
pertumbuhan pada sel dan sel tersebut akan diseleksi selama 'evolusi' kanker. Oleh karena itu, gen yang ditemukan bermutasi
pada beberapa sampel kanker yang berbeda merupakan kandidat mutasi pendorong. Sifat dan fungsi gen tersebut kemudian
dapat diteliti untuk menilai apakah gen tersebut memang berkontribusi terhadap proses kanker.
Memahami kontribusi alel risiko dan peran semua mutasi terkait kanker sangat penting untuk memungkinkan desain dan
keberhasilan penyampaian terapi baru yang menargetkan mutasi tertentu yang ada pada kanker tertentu.
Selain itu, tampaknya diagnosis genetik di masa depan akan bertujuan untuk mengidentifikasi tidak hanya varian penyebab utama
penyakit langka dan kompleks, namun juga varian pengubah genetik yang dapat memengaruhi keparahan dan perkembangan
penyakit: pendekatan genomik, bukan pendekatan genetik.
Pengujian genetik di laboratorium diagnostik Pendahuluan Kemajuan teknologi,

khususnya teknologi
pengurutan DNA, telah menyebabkan identifikasi lebih banyak gen yang kehilangan atau perubahan fungsinya dapat menyebabkan
penyakit. Hal ini pada gilirannya meningkatkan kebutuhan akan pengujian genetik, untuk memastikan diagnosis potensial, untuk
memberikan informasi mengenai risiko kekambuhan (misalnya, pada kehamilan berikutnya) dan untuk memfasilitasi pengujian
pada kerabat jika diperlukan. Kisaran tes yang tersedia di laboratorium diagnostik genetik telah berubah secara dramatis dalam
beberapa tahun terakhir, dengan tes yang memakan waktu seperti Southern blot digantikan oleh pendekatan dengan waktu
penyelesaian yang jauh lebih cepat.
Karyotyping
Pengujian genetik berakar pada kemampuan memvisualisasikan keseluruhan kromosom dalam proses yang dikenal sebagai
karyotyping (lihat Gambar 2). Proses ini biasanya memerlukan kultur sel (dapat memakan waktu 1-2 minggu) dan menghentikan
sel dalam metafase, yaitu tahap siklus sel di mana kromosom berada dalam bentuk paling padat sehingga paling mudah untuk
divisualisasikan. Dalam analisis kariotipe awal, kromosom yang dicitrakan disusun secara sederhana, berdasarkan ukuran dan
posisi sentromernya. Kemajuan dalam prosedur ini terjadi pada tahun 1970an ketika berbagai teknik pengikatan dikembangkan, termasuk
10.1042/EBC20170053
G-banding, saat ini merupakan teknik yang paling banyak digunakan di Inggris dan AS. Setelah pencernaan trypsin, pewarna Giemsa
digunakan untuk mewarnai kromosom, dengan daerah kaya AT dan miskin gen lebih mudah diwarnai dibandingkan daerah kaya gen.
Pola yang dihasilkan memungkinkan kromosom untuk dibedakan dan dengan demikian memungkinkan adanya kelainan besar
seperti penghapusan, duplikasi, inversi dan translokasi untuk dinilai. Salah satu kelemahan kariotipe adalah kurangnya resolu si;
secara umum perubahan kurang dari 3–4 Mb hampir tidak mungkin dideteksi.
Hibridisasi fluoresensi in situ Perkembangan selanjutnya,

pada tahun 1980-an, adalah hibridisasi fluoresensi in situ (FISH), yang menggunakan probe DNA berlabel untuk menilai keberadaan,
jumlah salinan, dan lokasi rangkaian DNA komplementer dalam genom individu melalui hibridisasi. Sampel yang diselidiki dapat terdiri
dari sel interfase atau sel kultur yang ditangkap dalam metafase, dan diimobilisasi pada permukaan, biasanya pada kaca objek.
Setelah inkubasi dengan probe yang ditandai dengan fluoresensi diikuti dengan pencucian untuk menghilangkan probe yang tidak
terikat, pengikatan probe dilihat menggunakan mikroskop fluoresensi (Gambar 39).
Contoh kondisi yang mungkin berguna bagi FISH adalah sindrom DiGeorge (DGS), suatu kondisi genetik yang biasanya disebabkan
oleh mikrodelesi berukuran 3 kb atau kurang, termasuk gen TBX1, pada 22q11.2. Kariotipe konvensional tidak memiliki resolusi yang
cukup untuk mengidentifikasi penghapusan tersebut. Namun, dengan menggunakan probe FISH untuk gen TBX1, penghapusan
tersebut dapat dengan mudah diidentifikasi. Berbagai jenis probe FISH dapat digunakan, termasuk probe lokus tunggal (seperti probe
TBX1), probe sentromerik (yang mengenali sentromer kromosom tertentu), probe subtelomer (yang menargetkan urutan unik yang
dekat dengan telomer) dan cat kromosom (yang dapat menargetkan konten non-repetitif dari seluruh kromosom). Pewarnaan
kromosom dapat memudahkan identifikasi asal usul kromosom dari bagian-bagian penyusun kromosom yang disusun ulang.
Kelemahan FISH adalah biaya probe ($50–100) ditambah waktu yang dibutuhkan untuk analisis, sehingga ada batasan jumlah lokus
yang layak secara ekonomi untuk diuji pada satu pasien. Oleh karena itu, pengembangan mikroarray selanjutnya telah menggantikan
penggunaan IKAN, terutama jika gambaran klinisnya tidak mempersempit wilayah genom yang mungkin terlibat.
Uji Mutasi Spesifik Meskipun kariotipe dan

FISH menawarkan gambaran kromosom dalam skala besar, seringkali diperlukan resolusi pada tingkat nukleotida. Kondisi dimana
perubahan genetik yang mendasari diketahui memungkinkan rancangan pengujian spesifik yang dapat digunakan dalam konteks
klinis. Dengan menggunakan CF sebagai contoh, diketahui bahwa dengan menguji serangkaian 31 varian patogen tertentu, hampir
90% kasus CF pada populasi Kaukasia dapat dideteksi. Salah satu pendekatan yang digunakan dikenal sebagai PCR spesifik alel
(atau sistem mutasi refraktori amplifikasi, ARMS).
PCR spesifik alel ini didasarkan pada prinsip bahwa komplementaritas pada situs pengikatan primer ke-3 sangat penting agar
amplifikasi dapat terjadi. Meskipun ketidaksesuaian basa pada titik lain dalam primer dapat ditoleransi, ketidaksesuaian pada ujung
ketiga mencegah amplifikasi pada fase ekstensi PCR. Dengan demikian, dimungkinkan untuk merancang dua set primer – satu yang
cocok dengan alel 'normal' dan satu set yang ujung ketiga dari satu primer saling melengkapi dengan alel patogen (Gambar 40).
Dengan menentukan kumpulan primer mana yang menghasilkan produk PCR, dapat ditentukan apakah alel normal, patogen, atau
kedua-duanya terdapat pada individu. Proses ini diulangi untuk beberapa varian, sering kali dilakukan secara bersamaan dalam reaksi
yang sama.
Beberapa teknik lain, termasuk reverse dot blot dan uji ligasi oligonukleotida merupakan alternatif yang perlu dipertimbangka n
ketika mendeteksi varian patogen yang mempengaruhi satu atau beberapa nukleotida. Untuk kondisi di mana perubahan patogenik
lebih cenderung berupa penghapusan atau duplikasi, misalnya DGS atau Duchenne Muscular Dystrophy (DMD), teknik seperti
multiplex ligation-dependent probe amplification (MLPA) dapat digunakan (Gambar 41). Meskipun FISH (Gambar 39) juga dapat
mendeteksi penghapusan seperti yang ditemukan di DGS, MLPA, dengan menggunakan beberapa probe yang lebih kecil di wilayah
genom yang lebih besar, dapat memberikan pandangan resolusi yang lebih tinggi mengenai tingkat penghapusan apa pun. Namun
FISH mampu memberikan informasi posisi kromosom dari sekuens target, sedangkan MLPA hanya menginformasikan nomor salinannya.
Urutan sanger Teknik yang

dijelaskan di atas berguna dalam mendeteksi kondisi di mana sudah ada pengetahuan tentang di mana kemungkinan varian patogen
berada dalam gen, misalnya diketahui bahwa p.Phe508del menyumbang sekitar 70% alel CF di seluruh dunia, yang mana dapat
dengan mudah dideteksi menggunakan PCR spesifik alel. Namun, banyak kondisi yang tidak memiliki bagian dari mutasi yang umum,
contoh yang baik adalah kecenderungan bawaan terhadap kanker payudara, dimana varian patogen tersebar ke seluruh gen yang
relevan, termasuk BRCA1 dan BRCA2. Untuk mendeteksi jenis perubahan ini, sering kali perlu menentukan urutan seluruh gen pada
pasien dan kemudian membandingkannya dengan genom referensi untuk mengidentifikasi perubahan pada pasien. Selama bertahun-
tahun hal ini telah dilakukan dengan menggunakan
10.1042/EBC20170053
Gambar 39.
IKAN (A) Satu atau lebih probe berlabel fluoresensi diperlukan untuk target yang ingin dideteksi. Sampel pasien yang mengandung DNA kr omosom
(yang dapat berupa sel yang dikultur untuk IKAN metafase atau sel yang tidak dikultur untuk IKAN interfase) diimobilisasi pad a slide mikroskop. Probe
dan kromosom didenaturasi dan dibiarkan berhibridisasi bersama, sehingga melokalisasi probe fluoresen ke wilayah di mana terd apat DNA kromosom
komplementer. (B) Probe untuk mendeteksi sindrom DiGeorge. Satu probe (merah) menargetkan lokus DiGeorge pada 22q11.2 (termasuk gen TBX1),
dan probe kontrol (hijau) yang menargetkan gen pada 22q13 (ARSA dan SHANK3) membantu mengidentifikasi kedua salinan kromosom 22. Perhatikan
bahwa probe FISH adalah sangat panjang, biasanya ratusan kb, agar target dapat terdeteksi; ini berarti penghapusan kecil mung kin terlewatkan. (C)
Mikroskop fluoresensi digunakan untuk memvisualisasikan hasilnya; gambar di sini mencakup inti interfase serta penyebaran met afase. Materi
kromosom telah diberi warna biru oleh DAPI. Kromosom 22 yang normal ditandai dengan 'n' pada penyebaran metafase dan pada sisipan; probe
merah dan hijau berhibridisasi (adanya dua titik terpisah untuk setiap probe disebabkan oleh adanya kromatid saudara yang masing-masing memiliki
salinan lokus yang relevan). Kromosom 22 dengan penghapusan lokus DiGeorge (ditunjukkan dengan 'd' pada metafase dan sisipan) menunjukkan
hibridisasi hanya pada probe kontrol. Perhatikan bahwa inti interfase hanya menunjukkan jumlah lokus yang ada (dua lokus kontrol hijau dan satu lokus
DiGeorge merah), bukan lokasinya terhadap satu sama lain. Perhatikan juga bahwa pada inti interfase, kromosom sangat memanjang sehingga lokus
pada kromosom yang sama pun menjadi terpisah jauh. Gambar IKAN milik West of Scotland Genetics Service. Ideogram kromosom dari Halaman Dekorasi Ge
10.1042/EBC20170053
Gambar 40. PCR spesifik alel dengan memposisikan varian pada ujung ke-3 dari
satu primer (A) Seperti semua PCR, diperlukan primer maju dan mundur, salah satunya adalah primer umum (di sini primer maju)
dan satu lagi yang akan memiliki versi spesifik untuk setiap alel (di sini primer terbalik). Spesifisitasnya dihasilkan oleh urutan pada
ujung ke-3 primer. Untuk pengujian SNP dengan dua alel, dua amplifikasi PCR disiapkan, keduanya berisi primer umum, namun
berisi versi alternatif dari primer spesifik alel. (B) Pengujian untuk T/C SNP. (1) Salah satu versi primer terbalik mempunyai huruf A
di ujung ke-3; ini cocok dengan alel T, dan perluasan dapat terjadi dari primer ketika alel T ada, sehingga produk PCR diperoleh dari
homozigot atau heterozigot untuk T (TT atau TC). (2) Primer terbalik dengan A pada ujung 3 tidak memungkinkan perluasan,
sehingga PCR akan gagal jika hanya terdapat alel C (homozigot CC). (3) Primer terbalik yang diakhiri dengan G tidak memungkinkan
amplifikasi PCR jika templat hanya berisi alel T (homozigot TT). (4) Primer terbalik yang diakhiri dengan G memungkinkan perluasan
jika terdapat alel C (CC atau TC).
Sanger sequencing, sebuah teknik yang pertama kali dikembangkan pada tahun 1970an, namun telah mengalami banyak pengembangan
untuk menghasilkan metode otomatis yang digunakan saat ini (Gambar 42).
Pengujian aneuploidi dengan Kariotipe PCR fluoresensi kuantitatif adalah pendekatan tradisional
untuk mendiagnosis aneuploidi, tetapi proses lengkapnya memakan waktu sekitar 1-2 minggu karena waktu yang dibutuhkan untuk
membiakkan sel. Untuk memberikan hasil yang cepat, misalnya untuk pengujian selama kehamilan, IKAN interfase juga telah digunakan,
namun baru-baru ini PCR fluoresensi kuantitatif (QF-PCR) telah menjadi teknik pilihan untuk pengujian aneuploidi awal. Ini melibatkan
analisis mikrosatelit dengan variabilitas populasi yang tinggi. Jumlah salinan setiap kromosom yang diuji disimpulkan dari kombinasi jumlah
alel mikrosatelit berbeda yang ada, dan rasionya (Gambar 43). Untuk setiap kromosom yang akan diuji (biasanya 13, 18, 21 dan terkadang
termasuk kromosom seks) empat atau lima lokus dianalisis sepanjang kromosom.
Pendekatan ini umumnya efektif dalam mengidentifikasi trisomi dengan cepat (hari berikutnya), dan temuan positif dapat dikonfirmasi
dengan kariotipe atau tes lain jika diinginkan. Kadang-kadang satu atau lebih lokus yang digunakan bersifat homozigot sehingga tidak
informatif, namun hasil dari lokus lain pada kromosom tersebut umumnya bersifat informatif, sehingga hasilnya dapat dilaporkan. Kekerabatan
kemungkinan besar akan menghasilkan beberapa mikrosatelit yang tidak informatif, sehingga memungkinkan untuk menggunakan lokus
tambahan, atau jika gagal, menggunakan IKAN/kariotipe.
Pendekatan baru dalam diagnostik Apabila terdapat

kecurigaan yang jelas terkait dengan gen atau kelompok gen tertentu, pengujian spesifik, seperti dibahas di atas, mungkin merupakan
pendekatan diagnostik yang paling hemat biaya (Gambar 44). Namun tidak selalu mungkin untuk menentukan dengan tepat gen atau
wilayah genom yang relevan dari gejala pasien. Dalam keadaan seperti ini, pendekatan genom utuh sering kali digunakan sebagai strategi
lini pertama. Keterlambatan perkembangan dan kesulitan belajar, misalnya, dapat dikaitkan tidak hanya dengan aneuploidi penuh, tetapi
juga dengan perolehan dan/atau kehilangan segmen DNA yang besar yang mungkin merupakan konsekuensi dari mikrodelesi,
mikroduplikasi, atau penataan ulang translokasi/inversi orang tua yang tidak seimbang atau varian gen tertentu.
10.1042/EBC20170053
Gambar 41. Uji MLPA dan penerapannya untuk diagnosis DGS (A) Wilayah
DNA yang pendek, kira-kira 50–70 bp, dipilih sebagai target, ditandai dengan S dan T (1). Pasangan probe oligonukleotida beruntai tunggal dirancang
untuk setiap target (2), dengan setengah dari rangkaian target terdapat pada probe 'kiri' dan separuh lainnya pada probe 'kan an'. Setiap probe kiri berisi
urutan tambahan 'F' dan setiap probe kanan berisi urutan tambahan 'R'. Probe yang tepat juga berisi urutan 'pengisi' yang pan jangnya berbeda untuk
setiap target yang akan dideteksi. DNA genom didenaturasi dan probe dibiarkan melakukan anil (3). Pasangan probe yang dianil akan terletak berdekatan
satu sama lain pada DNA target (4) sehingga memungkinkan DNA ligase untuk menggabungkan probe kiri dan kanan menjadi satu molekul (5). Probe
yang diikat didenaturasi menjauh dari target (6), dan kemudian dilakukan amplifikasi PCR (7) menggunakan pasangan primer yang sama untuk semua
probe yang diikat (berlabel fluoresensi F dan komplemen R). Kuantitas akhir dari setiap produk yang diamplifikasi bergantung pada jumlah salinan urutan
target dalam genom sampel. (B) Untuk setiap target, jumlah produk fluoresen dari sampel uji dibandingkan dengan jumlah produk dari genom kontrol,
dan rasionya diplot. Plot ini menggambarkan hasil MLPA yang khas untuk 29 rangkaian target di wilayah 22q11 untuk pasien yang diduga menderita
DGS. Gen yang ditargetkan oleh masing-masing probe ditunjukkan di bawah plot; jarak sepanjang sumbu X menunjukkan jarak sepanjang kromosom.
Rasio sekitar 1,0 menunjukkan jumlah salinan normal (kotak biru).
Namun hasil untuk 14 target (termasuk dua untuk gen TBX1) memberikan rasio hanya 0,5, yang menunjukkan pengurangan separuh jumlah salinan
(satu salinan, bukan dua yang diharapkan dari dua salinan lengkap kromosom 22). Hasil ini menegaskan diagnosis DGS.
(C) Wilayah kromosom 22 yang menjadi target probe MLPA dari kit 'P250-B2 DiGeorge' dari MRC-Holland. Sindrom mata kucing (CES) disebabkan oleh
duplikasi wilayah yang ditunjukkan oleh bilah hijau; duplikasi dapat diidentifikasi dengan rasio amplifikasi 1,5 dibandingkan dengan kontrol. Sekitar 90%
kasus DGS disebabkan oleh penghapusan 3 Mb, ditandai dengan bilah biru, dan mencakup sekitar 60 gen, sementara sekitar 8% kas us mengalami
penghapusan 1,5 Mb, ditunjukkan dengan bilah ungu, yang melibatkan 28 gen.
Sejumlah kecil kasus memiliki penghapusan atipikal yang mungkin lebih besar dari 3 Mb. Meskipun FISH yang menggunakan probe TBX1 (merah) dapat
mengidentifikasi penghapusan di wilayah tersebut, MLPA dapat memberikan gambaran yang lebih akurat mengenai tingkat ketidakse imbangan karena
jumlah probe yang digunakan lebih banyak. Kit DiGeorge P250-B2 juga berisi probe yang menargetkan wilayah relevan pada kromosom 4q, 8p, 9q, 10p,
dan 17p, di mana ketidakseimbangan salinan menghasilkan fenotipe yang tumpang tindih dengan DGS; sehingga pengujian MLPA tunggal dapat menilai
beberapa wilayah target. Ideogram kromosom dari Halaman Dekorasi Genom NCBI.
10.1042/EBC20170053
Gambar 42. Pengurutan Sanger Otomatis

(A) Produk PCR (1) dihasilkan dari wilayah yang akan diurutkan sehingga terdapat miliaran molekul templat untuk reaksi pengurutan.
Primer pengurutan dianil ke produk PCR yang didenaturasi (2). Campuran deoksinukleotida trifosfat (dNTPs) dan dideoksinukleot ida
trifosfat (ddNTPs) ditambahkan (3), yang digunakan oleh DNA polimerase (4) untuk mensintesis untai baru. Keempat ddNTP masing-
masing diberi label dengan pewarna fluoresen yang berbeda: ddATP hijau, ddCTP biru, ddGTP kuning, dan ddTTP merah. Ketika
dNTP telah ditambahkan, sintesis DNA dapat dilanjutkan seperti biasa. Namun, ddNTP adalah terminator rantai, sehingga setelah
ddNTP ditambahkan, sintesis akan berakhir; warna fluoresensi rantai yang diakhiri akan menunjukkan nukleotida mana yang ada
pada posisi tersebut (di sini fluoresensi merah menunjukkan T). Karena terdapat miliaran templat, dan karena ddNTP ditambahka n
secara acak, mengakhiri rantai berbeda pada posisi berbeda, miliaran rantai terminasi dihasilkan, dengan banyak rantai termin asi
pada setiap posisi nukleotida. (B) Produk reaksi sekuensing didenaturasi menjauhi cetakan dan dielektroforesis untuk memisahkannya
berdasarkan ukuran; rantai terpendek akan bergerak paling cepat. Detektor berbasis laser mencatat warna fluoresensi yang
dipancarkan saat setiap produk pengurutan melewatinya. (C) Data dari detektor diproses untuk menghasilkan 'elektroferogram',
yang mana puncak-puncak berturut-turut mewakili produk yang masing-masing nukleotidanya lebih panjang dari yang sebelumnya,
sehingga urutannya dapat dibaca dengan menggunakan warna fluoresen untuk mengidentifikasi nukleotida( s) pada posisi itu dalam
DNA. Di sini urutan kontrolnya adalah TTACAGC, sedangkan sampel pasien menunjukkan substitusi T heterozigot di tengah-tengah
urutan ini: karena ada dua alel berbeda pada pasien, keduanya diwakili dalam jejak urutan pada posisi ini, ditandai dengan bi ntang
merah muda .
Microarrays
Microarray memungkinkan analisis simultan terhadap ratusan ribu target individu di seluruh genom. Untuk analisis keseluruhan
genom, genotipe SNP berdasarkan susunan telah banyak menggantikan pendekatan hibridisasi genom komparatif susunan
sebelumnya (aCGH), jadi hanya susunan SNP yang akan dijelaskan di sini. Ada beberapa pendekatan (atau 'platform') yang
berbeda untuk susunan SNP, namun semuanya didasarkan pada 'probe' oligonukleotida untuk setiap target yang akan diuji, yang
tidak bergerak pada permukaan padat (Gambar 45).
DNA dari sampel pasien dapat difragmentasi, didenaturasi, dan dihibridisasi ke microarray; setiap titik pada
microarray akan menangkap rangkaian pelengkapnya dari sampel pasien, asalkan rangkaian tertentu ada dalam
genom pasien. Jumlah DNA pasien yang ditangkap di setiap titik akan sebanding dengan jumlah urutan yang ada
dalam sampel. Proses hibridisasi dioptimalkan sedemikian rupa sehingga hanya kecocokan komplementer sempurna
yang dapat terjadi. Dengan demikian hibridisasi dapat peka terhadap perbedaan nukleotida tunggal, memungkinkan
genotipe untuk menentukan alel mana dari SNP tertentu yang ada, misalnya dengan menempatkan satu titik pada
susunan untuk masing-masing dua alel. Susunan SNP yang khas dapat digunakan untuk melakukan genotipe ratusan
ribu SNP dari seluruh genom pasien, dan interpretasi rasio alel ditambah fluoresensi total (Gambar 46) dapat
mengungkapkan beberapa ketidakseimbangan kromosom (Gambar 47).
10.1042/EBC20170053
Gambar 43. QF-PCR

Beberapa lokus mikrosatelit (di sini R, S dan T) pada kromosom yang relevan dianalisis dengan PCR menggunakan sepasang primer mengapit
yang sesuai, salah satunya diberi label fluoresen, sehingga semua produk akan berfluoresensi , dan kuantitas produk dapat diukur berdasarkan
jumlah produk fluoresen yang dihasilkan. Lokus tertentu dipilih berdasarkan variabilitas yang tinggi (banyak alel berbeda) da lam populasi. (A)
Jika terdapat dua salinan kromosom, seharusnya terdapat dua salinan dari setiap mikrosatelit, yang idealnya memiliki nomor pe ngulangan
yang berbeda. Jadi pada lokus R satu kromosom mempunyai 12 pengulangan, sedangkan kromosom lainnya mempunyai 14 pengulangan.
Setelah analisis PCR dan elektroforesis (lihat Gambar 42), dua puncak produk dihasilkan, satu untuk setiap alel, dengan rasio 1:1. Pola yang
sama diamati pada lokus S dan T. (B) Trisomi seharusnya menghasilkan tiga salinan dari setiap mikrosatelit. Jika terdapat tiga alel berbeda
(seperti untuk lokus R), tiga puncak, dengan rasio 1:1:1, akan dihasilkan oleh analisis. Jika dua kromosom berbagi alel yang sama sedangkan
yang lainnya berbeda (seperti untuk lokus S dan T) maka akan terdapat dua puncak dengan perbandingan 1:2 atau 2:1. Jadi disom i dapat
dibedakan dari trisomi berdasarkan jumlah puncak yang dihasilkan dan rasio di antara keduanya. Perhatikan bahwa jika semua kromosom
yang ada mempunyai alel yang sama pada lokus tertentu, maka hanya satu puncak yang dihasilkan dan oleh karena itu lokus tersebut tidak informatif.
Susunan SNP lebih efektif daripada kariotipe dalam mengungkap kelainan kromosom, karena resolusinya lebih tinggi: biasanya
50 kb, dengan resolusi 10 kb di wilayah kritis untuk susunan SNP diagnostik, dibandingkan dengan sekitar 3–4 Mb untuk kariotipe.
Urutan generasi berikutnya Meskipun microarray

menyediakan cakupan seluruh genom dengan resolusi tinggi, banyak kondisi genetik yang diakibatkan oleh perubahan yang jauh
lebih kecil, biasanya SNV atau indel kecil. Pengurutan sanger memberikan data yang akurat, namun meskipun dikawinkan secara
otomatis, umumnya hanya satu atau dua gen yang dapat dianalisis dalam satu waktu. Sejumlah teknologi baru, yang secara kolektif
disebut sebagai pengurutan generasi berikutnya (NGS), mengatasi keterbatasan pengurutan Sanger dan dapat menyediakan
seluruh rangkaian genom manusia dengan 'pengurutan paralel besar-besaran'. DNA dari sampel pasien dapat difragmentasi dan
kemudian fragmen tersebut dapat diurutkan sebagai bagian dari susunan masif yang menghasilkan jutaan atau bahkan miliaran
'pembacaan' rangkaian pendek setiap kali proses. Bioinformatika kemudian digunakan untuk memetakan semua pembacaan ini ke
genom referensi, yang kemudian dapat dirangkai menjadi keseluruhan rangkaian genom untuk individu tersebut (Gambar 48).
Perbedaan dari urutan referensi diidentifikasi oleh perangkat lunak, dan di sinilah keterbatasan pendekatan seluruh genom mul ai
terlihat. Karena banyaknya variasi yang ada di setiap genom manusia, tugas menyaring informasi untuk mengidentifikasi varian yang
relevan sangatlah besar. Faktanya, pada tahun 2010 Elaine Mardis menggambarkan pendekatan genom keseluruhan sebagai
'genom $1.000, analisis $100.000' sebagai pengakuan atas fakta bahwa meskipun mendapatkan rangkaian genom lengkap sekarang
relatif murah, analisis selanjutnya memerlukan masukan waktu dan tenaga yang besar. Pengembangan pendekatan bioinformatika yang lebih baik akan memb
10.1042/EBC20170053
Gambar 44. Memilih pengujian yang

sesuai Jika varian patogen dalam suatu famili diketahui, maka pengujian umumnya akan menggunakan pengujian khusus untuk
varian tersebut. Untuk diagnosis baru, tes yang paling tepat dan hemat biaya harus dipilih berdasarkan teknologi dan keahlian yang
tersedia di laboratorium serta gambaran klinis pasien. Temuan definitif (biru, bergaris bawah) dapat dilaporkan dalam kasus di mana
varian keluarga tertentu sedang diuji, atau di mana varian patogen yang jelas merupakan penyebab fenotip pasien terdeteksi.
Perhatikan bahwa penggunaan beberapa teknik, seperti kariotipe, menurun seiring dengan munculnya pendekatan berbasis NGS dan
array. *Ada kemungkinan panel gen NGS dapat digunakan di masa depan meskipun gen penyakitnya diketahui. Singkatan: ASP, PCR
spesifik alel; NGS, pengurutan generasi berikutnya; SS, pengurutan Sanger; WES, seluruh rangkaian exome; WGS, sekuensing seluruh genom.
Gambar 45. Microarray dasar

Microarray (1) adalah grid yang terdiri dari ratusan ribu 'titik' mikroskopis; setiap titik (2) berisi miliaran salinan 'penyelidikan' oligonu-
kleotida yang mewakili target tertentu. Probe beruntai tunggal ini akan mampu berhibridisasi, dan karenanya menangkap (3), ssDNA
komplementer dari sampel yang didenaturasi – misalnya DNA dari pasien (untaian ungu). Label fluoresen (burst kuning) dapat
ditempelkan pada DNA pasien sebelum hibridisasi untuk memudahkan deteksi – keberadaan dan jumlah label di setiap titik pada
susunan ditentukan dengan pemindaian seluruh susunan.
10.1042/EBC20170053
Gambar 46. Data susunan SNP dapat mengungkapkan ketidakseimbangan jumlah salinan dan homozigositas yang terkait dengan
kekerabatan dan UPD. Untuk kemudahan tampilan dan interpretasi dalam susunan SNP, dua alel dari masing -masing SNP secara
konvensional ditetapkan sebagai A dan B, oleh karena itu, untuk SNP T/C, T akan menjadi alel 'A' dan C akan menjadi alel 'B'. Setiap SNP
di-genotipe dan hasilnya diplot (sebagai titik hijau) menurut posisi di sepanjang kromosom dalam 'rasio alel B', yaitu 0% untuk AA, 50% untuk
AB, dan 100% untuk BB. Trisomi terungkap oleh frekuensi alel B sebesar 33 dan 66%, dan peningkatan fluoresensi secara keseluruhan.
Pada monosomi hanya terdapat satu alel untuk setiap SNP sehingga tidak akan terjadi heterozigositas, dan total fluoresensi ha nya setengah
dari nilai yang diharapkan. Homozigositas jangka panjang akibat UPD atau kekerabatan akan menghasilkan tingkat fluoresensi normal.
Keadaan lain juga dapat didiagnosis, misalnya mosaikisme (campuran dua atau lebih garis sel) akan menyebabkan rasio alel B yang tidak seimbang.
Gambar 47. Susunan SNP menunjukkan area kehilangan dan perolehan di seluruh genom pada plot
'LogR' resolusi tinggi (A) untuk 22 autosom dan kromosom seks menunjukkan jumlah salinan seimbang untuk sebagian besar kromosom.
Bintang merah muda menunjukkan duplikasi (pergeseran LogR ke atas) yang mempengaruhi ujung kromosom 2p, yang diperluas di (i).
Bintang biru menunjukkan penghapusan yang mempengaruhi terminal 15q, yang diperluas pada (ii). Bintang hijau menunjukkan hilangnya
kromosom X, namun hal ini mencerminkan hanya ada satu kromosom X pada pria. (B) Plot frekuensi alel B mengkonfirmasi duplikasi 2p (i)
dan penghapusan 15q (ii); setiap titik mewakili hasil untuk satu SNP – ada 843551 SNP yang terwakili dalam larik ini. (C,D) Sampel dalam
hal ini berasal dari anak pembawa translokasi timbal balik yang seimbang. Kromosom 2 dan 15 orang tua digambarkan pada (C), d engan
panah yang menunjukkan titik putusnya. Hasil array menunjukkan bahwa anak tersebut menerima susunan yang tidak seimbang dari orang
tuanya: kromosom 2 normal bersama dengan translokasi 15 (D). Perhatikan bahwa hasil array (A,B) juga menunjukkan duplikasi ma teri
kromosom 15 (panah kuning) yang terkait dengan breakpoint translokasi. Ini mungkin berada di bawah resolusi kariotipe standar , tetapi
terlihat jelas dari hasil susunannya. Keuntungan dan kerugian kecil dapat dilihat pada kromosom lain jika diamati lebih dekat ; ini mungkin
mewakili CNV. Gambar array milik West of Scotland Genetics Service menggunakan Illumina CytoSNP 850K Beadchip; gambar kromoso m
dihasilkan menggunakan CyDAS (www.cydas.org).
10.1042/EBC20170053
Gambar 48. Analisis data NGS

Tangkapan layar mencakup satu ekson dari analisis sampel pasien dengan panel gen epilepsi yang memeriksa urutan ekson dan
daerah mengapit dari 104 gen. (A) Bagian atas tangkapan layar memberikan konteks kromosom (dalam hal ini 14q32). Jendela
'kedalaman baca' memberikan indikasi berapa kali setiap nukleotida diwakili di antara semua pembacaan. Pembacaan individual
ditampilkan sebagai bilah biru (pembacaan untaian depan) atau hijau (pembacaan untaian terbalik) di 'tumpukan'. Setiap pembacaan
panjangnya kira-kira 100 nukleotida, dan mewakili keluaran dari satu dari jutaan reaksi pengurutan paralel yang masif. Pembacaannya
diselaraskan dengan segmen yang cocok dari urutan referensi genom, untuk menghasilkan tampilan 'tumpukan'. Jika urutan pembacaan
berbeda dari urutan referensi, maka nukleotida disorot dalam warna berbeda. Perbedaan yang terlihat hanya pada satu atau dua
pembacaan kemungkinan merupakan kesalahan pengurutan (misalnya, yang ditandai dengan panah oranye), sedangkan panah merah
muda menunjukkan posisi di mana sekitar 50% pembacaan berbeda dari referensi, yang menunjukkan varian heterozigot . Di bagian
bawah diperlihatkan struktur intron/ekson: datanya untuk ekson 65 ditambah urutan mengapit gen DYNC1N1. (B) Tampilan diperbesar
ke varian heterozigot yang terdeteksi pada nukleotida pertama ekson 65 (basa kedua kodon); ini adalah varian berkarakter yang dikenal
sebagai rs138428684, hadir dalam 1 per 1000 alel Eropa, mengubah asam amino berkode dari treonin menjadi arginin pada posisi
3981 dalam protein yang dikodekan. Pembaca dapat menjelajahi varian ini di database seperti browser genom Ensembl
(www.ensembl.org) dengan memasukkan nama varian (rs138428684) ke dalam kotak pencarian. Gambar milik West of Scotland
Genetics Service menggunakan perangkat lunak SeqVar.
10.1042/EBC20170053
tidak diragukan lagi akan menurunkan biaya analisis, namun pengurutan seluruh genom (WGS) saat ini berada di luar cakupan
diagnostik rutin dalam konteks layanan kesehatan.
Alternatif untuk WGS adalah pengurutan seluruh exome (WES), di mana urutan ekson secara khusus ditangkap/diperkuat
dari sampel untuk diurutkan, atau alat bioinformatika menghapus urutan non-coding dari analisis selanjutnya. WGS tipikal akan
menghasilkan 3–4 juta varian per genom, sedangkan WES hanya akan menghasilkan 30.000–60.000. Dalam kasus di mana
varian tertentu menyebabkan hilangnya fungsi (misalnya omong kosong, pergeseran bingkai) pada gen yang sebelumnya
dikaitkan dengan kondisi pasien, atau di mana varian tertentu telah dilaporkan sebagai penyebab kondisi tersebut, maka
diagnosis yang jelas dapat dibuat. dapat disediakan. Namun, sejumlah besar VUS teridentifikasi selama NGS, khususnya varian
missense, atau varian yang mungkin memengaruhi penyambungan. Hal ini dapat dianalisis secara silico, misalnya berdasarkan
sifat asam amino baru dibandingkan dengan asam amino asli, atau konservasi asam amino antar spesies, atau potensi untuk
membuat atau menghancurkan situs pengenalan sambungan pada RNA.
Skala dan kesulitan yang terkait dengan analisis varian berarti bahwa pendekatan yang lebih disukai untuk banyak kondisi
genetik adalah dengan menggunakan panel gen yang mewakili kumpulan gen spesifik yang diketahui terkait dengan kondisi
tertentu, misalnya epilepsi, kardiomiopati, kanker bawaan. predisposisi atau bahkan panel yang lebih luas, seperti untuk kondisi
onset pediatrik yang resesif. Bahkan dengan penurunan target pengurutan, masalah VUS masih signifikan, dan banyak pasien
masih belum mendapatkan diagnosis. Ketika pengetahuan meningkat, misalnya dengan studi fungsional oleh laboratorium
penelitian, beberapa VUS akan diklasifikasikan ulang menjadi jinak atau patogen. Namun, posisi saat ini adalah bahwa teknologi
NGS melampaui kemampuan kita dalam memanfaatkan informasi yang dihasilkan secara efektif demi kepentingan pasien.
Varian yang diperkirakan mempunyai dampak parah pada protein yang dikodekan (misalnya omong kosong atau pergeseran
bingkai) mudah diklasifikasikan sebagai patogen. Namun, varian yang mungkin memengaruhi kuantitas atau urutan mRNA
(misalnya, varian yang memengaruhi aktivitas penyambungan atau promotor) lebih sulit diinterpretasikan hanya dengan
menggunakan urutan DNA. Meskipun analisis in silico dapat membantu, pendekatan optimalnya adalah menyelidiki transkrip
yang dihasilkan, dengan mengisolasi RNA dari sampel pasien dan mengubahnya menjadi DNA komplementer (cDNA) untuk
dianalisis. Tentu saja, pola transkripsi dan penyambungan banyak gen bersifat spesifik pada jaringan, sehingga mungkin
diperlukan biopsi jaringan dibandingkan sampel darah. Analisis berbasis RNA saat ini jarang dilakukan di laboratorium diagnostik,
dengan pengecualian diagnostik kanker (lihat di bawah). Namun demikian, teknologi NGS juga dapat diterapkan pada analisis
cDNA, dan pendekatan 'RNA-seq' ini, yang saat ini digunakan secara luas dalam penelitian, memiliki potensi besar dalam diagnostik klinis.
Peran patologi molekuler dalam diagnosis dan penatalaksanaan kanker Sel kanker mengakumulasi mutasi dalam jumlah
besar, banyak di antaranya adalah penumpang, namun beberapa di antaranya merupakan pendorong fenotip kanker. Identifikasi
mutasi pendorong yang terdapat pada kanker pasien tertentu dapat membantu terapi langsung. Penerapan diagnostik genetik
yang relatif baru adalah dalam bidang patologi molekuler, yang dengan cepat menjadi disiplin inti dalam penatalaksanaan
kanker. Imunohistokimia sering digunakan untuk mendeteksi kadar protein tertentu pada bagian jaringan akibat kanker, misalnya
deteksi ekspresi berlebih HER2 untuk menginformasikan keputusan tentang penggunaan obat Herceptin. Namun, banyak
pendekatan diagnostik genetik yang digunakan untuk kelainan bawaan juga dapat diterapkan untuk penyelidikan kanker. Adanya
penataan ulang genom yang terkait dengan diagnosis tertentu dan/atau keberhasilan terapi tertentu (Gambar 35) dapat
diidentifikasi dengan menggunakan kombinasi spesifik probe FISH yang diterapkan pada sel interfase atau bagian jaringan.
Demikian pula, teknik termasuk PCR spesifik alel dan pengurutan DNA dapat digunakan untuk mengidentifikasi mutasi yang
memiliki signifikansi diagnostik atau terapeutik, dan MLPA dapat digunakan untuk mengidentifikasi perubahan jumlah salinan
gen. Kehadiran transkrip terkait kanker, khususnya transkrip fusi seperti yang berasal dari fusi gen BCR-ABL, dapat dinilai
dengan amplifikasi PCR pada cDNA. Pendekatan berbasis PCR tersebut memiliki sensitivitas yang jauh lebih tinggi dibandingkan
FISH; misalnya interfase IKAN dapat mendeteksi satu sel leukemia per 200 sel normal, sedangkan PCR menggunakan cDNA
dapat mendeteksi satu sel leukemia per juta sel. Tingkat sensitivitas ini sangat penting dalam memantau respons terhadap
terapi, dan dalam deteksi dini kekambuhan (dengan munculnya kembali transkrip fusi dalam sampel darah). Faktanya,
sensitivitas PCR dimanfaatkan dalam pengembangan 'biopsi cair', yang menargetkan sirkulasi DNA kanker yang ada dalam
darah, dan berpotensi menggantikan biopsi jaringan yang invasif.
Seperti semua diagnosis genetik, pendekatan berbasis NGS mulai berperan dalam patologi molekuler, dan hal ini tidak
mengherankan, mengingat banyaknya mutasi pada setiap individu kanker. Panel gen dapat diterapkan pada analisis ratusan
target dalam DNA kanker untuk mengetahui perubahan yang memberikan informasi relevan dengan diagnosis, prognosis, dan
respons terhadap terapi. Meskipun pendekatan berbasis PCR yang disebutkan di atas efektif dalam mengidentifikasi transkrip
fusi, jumlah target yang dapat dinilai dalam satu pengujian sangat terbatas, dan oleh karena itu beberapa fusi akan terlewatkan.
RNA-seq mewakili pendekatan yang ampuh untuk menyaring ratusan target fusi potensial dalam satu pengujian, dan akan
sangat berguna dalam identifikasi awal fusi gen yang relevan pada masing-masing pasien. Mengikuti
10.1042/EBC20170053
identifikasi fusi, pendekatan standar berbasis PCR dapat digunakan untuk memantau pasien tersebut sehubungan dengan fusi
yang teridentifikasi.
Ringkasan Jelas
sekali, laboratorium genetika layanan kesehatan memiliki banyak pendekatan berbeda untuk mendeteksi varian patogen, baik yang
diturunkan atau terkait dengan jaringan kanker. Oleh karena itu, salah satu peran kunci ilmuwan klinis adalah memastikan bahw a
pendekatan yang paling tepat dan hemat biaya digunakan untuk setiap sampel pasien. Hal ini juga mengharuskan dokter yang
merujuk pasien untuk analisis genetik memberikan gambaran klinis yang cukup jelas dan menyeluruh, untuk memandu analisis
genetik yang tepat. Namun, meningkatnya penggunaan pendekatan berbasis NGS akan memfasilitasi analisis genetik yang lebih
komprehensif sehingga akan meningkatkan tingkat keberhasilan diagnostik.
Diagnosis, Penatalaksanaan dan Terapi Penyakit Genetik Saat mempertimbangkan penyakit genetik, penting untuk
mengingat dampak penyakit genetik terhadap kehidupan individu, keluarga, dan masyarakat. Diagnosis, penatalaksanaan dan
terapi merupakan aspek penting dari penyakit genetik dan isu-isu ini dibahas secara singkat di bagian ini. Mendapatkan diagnosis
yang jelas sering kali penting karena beberapa alasan, yang berpotensi mengarahkan intervensi terapeutik, penatalaksanaan, atau
menginformasikan keputusan reproduksi. Diagnosis juga dapat berguna untuk mendapatkan akses terhadap dukungan yang
relevan, baik finansial, sosial, atau praktis. Selain itu, banyak orang yang kesulitan mendapatkan diagnosis, melaporkan kele gaan
yang luar biasa ketika diagnosis akhirnya ditegakkan. Pengujian genetik dapat dilakukan kapan saja selama hidup seseorang yang
bergejala atau berisiko tinggi. Namun, dalam beberapa situasi, diperlukan proaktif dalam menguji seluruh populasi agar interv ensi
dapat dilakukan tepat waktu.
Hal ini ditandai dengan program skrining genetik.
Skrining bayi baru lahir Skrining

bayi baru lahir untuk mengetahui kondisi genetik telah digunakan selama beberapa dekade untuk mendeteksi dan mengobati
kondisi genetik dan berpotensi mencegah terjadinya akibat yang serius. Diagnosis dan pengobatan kondisi resesif autosomal
fenilke-tonuria (PKU) (lihat Tabel 6), adalah salah satu kisah suksesnya. Dalam situasi ini kedua orang tua adalah karier dan secara
fenotip tidak terpengaruh namun dengan peluang seperempat untuk memiliki anak yang terkena dampak. Individu yang terkena
dampak kekurangan enzim fenilala-sembilan hidroksilase yang mengubah fenilalanin menjadi tirosin dan ini menyebabkan
penumpukan racun fenilalanin dalam tubuh. Hal ini berdampak buruk pada perkembangan otak khususnya, dan menyebabkan kerusakan perma
Skrining PKU pada bayi baru lahir di Inggris dimulai pada tahun 1969 dan mengidentifikasi bayi yang terkena dampak dengan
mengukur kadar feni-lalanin dalam bercak darah yang diambil dari tumit antara 5 dan 8 hari setelah lahir. Setelah PKU didiagnosis,
diet ketat bebas fenilalanin diterapkan yang idealnya harus dilanjutkan sepanjang hidup (walaupun kepatuhan kurang penting
selama masa dewasa kecuali pada kehamilan). Jika pola makan ini diterapkan sebelum hari ke 23 kehidupan, individu tersebut
tidak akan menderita kerusakan otak dan kemungkinan besar akan menjalani kehidupan normal. Pengujian untuk kondisi lain
seperti CF dan penyakit sel sabit kini juga ditawarkan secara rutin dan kondisi baru ditambahkan ke dalam program sebagai bagian
dari proses peninjauan rutin. Spektrometri Massa dengan kemampuannya memberikan wawasan tentang metabolom telah terbukti
signifikan dalam perkembangan ini dan kemungkinan besar akan berkontribusi pada perluasan lebih lanjut.
Tes genetik pra-nikah untuk thalassemia Meskipun skrining bayi baru lahir
berupaya mengidentifikasi bayi yang terkena dampak sejak dini, strategi lain ditujukan untuk mencegah konsepsi dari individu yang
terkena dampak. Secara khusus, tes pranikah atau prakonsepsi mengidentifikasi pasangan yang keduanya merupakan pembawa
penyakit yang sama sehingga mereka dapat membuat pilihan yang tepat. Contoh kondisi di mana tes pra-nikah berhasil digunakan
adalah talasemia dan anemia sel sabit serta penyakit Tay–Sachs. Program skrining pra-nikah untuk thalassemia yang dilaporkan
secara luas di Siprus dimulai pada tahun 1973, dengan pasangan diminta untuk menunjukkan sertifikat yang menyatakan bahwa
mereka telah diuji untuk status karier thalassemia sebelum pernikahan dapat dilangsungkan secara sah. Di sebagian besar negar a
di mana hal ini dilakukan, pernikahan antara dua individu pembawa penyakit tidak dilarang, namun struktur sosial di banyak
komunitas menyatakan bahwa hal ini tidak dianjurkan. Di tempat lain, para pemimpin agama, misalnya di beberapa komunitas
Yahudi, telah menggunakan informasi genetik (dengan persetujuan penuh dari masing-masing individu) sebagai bagian dari
pertimbangan pernikahan mereka. Hal ini dianggap dapat diterima dan disambut baik oleh masyarakat, yang selama bertahun-tahun
telah menderita akibat tingginya insiden penyakit Tay–Sachs, suatu kesalahan metabolisme bawaan yang fatal.
10.1042/EBC20170053
Gambar 49. Prosedur Amniosentesis

Dengan panduan USG, jarum tipis dimasukkan melalui dinding perut ke dalam kantung ketuban. Sejumlah kecil cairan ketuban
kemudian dikeluarkan dan dianalisis. Cairan ketuban mengandung campuran sel, yang sebagiannya adalah janin.
Oleh BruceBlaus, CC BY-SA 4.0, dari Wikimedia Commons.
Diagnosis prenatal
Diagnosis prenatal (PND), pengujian kondisi tertentu pada janin yang belum lahir, juga ditawarkan oleh layanan genetika.
Persyaratan awal dari setiap PND adalah sampel diperoleh dari janin. Hal ini dapat dilakukan dengan beberapa cara, terutama
pengambilan sampel chorionic villus (CVS) antara usia kehamilan 10 dan 14 minggu, dan pengambilan sampel cairan ketuban, biasanya
antara usia kehamilan 14 dan 20 minggu (Gambar 49). Karena keduanya memiliki risiko keguguran yang intrinsik (masing-masing 1–2%
dan 0,5–1%), keduanya cenderung hanya ditawarkan jika terdapat risiko penyakit yang besar. Pada akhir kehamilan, pengambilan
sampel darah tali pusat juga mungkin dilakukan, dengan risiko keguguran yang serupa dengan CVS. Keuntungan dari amniosentesis
dan kordosentesis adalah keduanya mewakili jaringan janin dibandingkan jaringan plasenta – walaupun keduanya berasal dari embrio,
terdapat kemungkinan adanya mosaikisme, sehingga plasenta dan janin memiliki genotipe yang berbeda sehingga kecil risiko kesalahan
diagnosis menggunakan amniosentesis dan kordosentesis. sebuah CVS.
Setelah sampel diperoleh melalui CVS atau amniosentesis, pengujian dapat dilakukan. Tes genetik yang digunakan bergantung pada
penyebab PND; QF-PCR (Gambar 43) untuk aneuploidi saat ini merupakan langkah rutin, dan pengujian tambahan dapat dilakukan
secara langsung (untuk kondisi tertentu atau ketidakseimbangan kromosom yang berisiko bagi janin) atau pendekatan genom
keseluruhan seperti rangkaian SNP (Gambar 47 ), dimana kelainan dengan etiologi yang tidak diketahui telah terdeteksi pada USG.
Individu yang menjalani prosedur ini paling sering memilih untuk mengakhiri kehamilan jika ditemukan masalah genetik, sementara yang
lain menggunakan pengetahuan tersebut untuk memungkinkan mereka mempersiapkan kelahiran anak yang terkena dampak.
D
10.1042/EBC20170053
h
Gambar 50. NIPD untuk trisomi 21 (A)
DNA bebas sel janin (cfDNA) dari sirkulasi janin melintasi plasenta ke dalam sirkulasi ibu, yang kemudian mengandung cfDNA ib u dan janin. (B) cfDNA dikumpulkan
dari sampel darah ibu. CfDNA ibu cenderung memiliki fragmen yang lebih panjang dibandingkan cfDNA janin sehingga pemisahan dapat dilakukan namun tidak mudah.
Namun secara umum, tidak ada tahap pemisahan. Dalam kasus di mana janin terkena trisomi 21, akan terdapat lebih banyak fragme n cfDNA janin yang berasal dari
kromosom 21 (berwarna merah dan ditandai dengan tanda bintang) dibandingkan dengan kasus di mana janin tidak terpengaruh. (C) Total cfDNA dianalisis dengan
pengurutan DNA menggunakan NGS, sehingga memungkinkan penghitungan berapa banyak pembacaan yang telah diperoleh dari setiap k romosom. Jika terdapat
representasi berlebihan fragmen kromosom 21 pada sampel cfDNA maka akan terjadi peningkatan representasi pembacaan sekuens NG S yang cocok dengan
kromosom 21 (tanda bintang). Analisisnya sering kali diukur dengan menghitung rasio (misalnya) pembacaan kromosom 21 terhadap pembacaan kromosom 1. Jika
hanya terdapat cfDNA janin, rasio chr 21:chr 1 diharapkan menjadi 1:1 untuk janin yang tidak terkena dampak, dan 1,5:1 untuk janin yang terkena dampak, namun
terdapat tambahan cfDNA ibu disomik dalam sampel.
berarti rasionya akan semakin rendah.
Skrining kehamilan dan diagnosis prenatal non-invasif Secara tradisional, perempuan telah
ditawari tes skrining darah ibu pada awal kehamilan, yang hasilnya menempatkan mereka dalam kategori risiko tinggi atau
rendah untuk trisomi DS lainnya. Dalam sampel darah ibu, kadar sejumlah protein diukur dan hasil ini digabungkan dengan
pengukuran ultrasonografi dan faktor-faktor seperti usia untuk menilai risiko. Wanita dalam kategori risiko tinggi kemudian
ditawarkan PND menggunakan CVS atau amniosentesis untuk mendapatkan sampel.
Namun, sensitivitas dan spesifisitas yang relatif rendah dari tes skrining darah ibu tradisional menghasilkan hasil positif palsu
(kehamilan yang tidak terkena dampak ditempatkan dalam kategori risiko tinggi dan oleh karena itu menjalani tes diagnostik invasif,
dengan risiko keguguran yang melekat) serta negatif palsu (terkena dampak). kehamilan dimana ibu diyakinkan secara salah dengan
ditempatkan pada kategori risiko rendah).
Oleh karena itu, baru-baru ini, diagnosis prenatal non-invasif (NIPD) telah ditawarkan dalam skema percontohan di Inggris, dalam
upaya untuk mengurangi jumlah kehamilan sehat yang hilang akibat tes diagnostik dan menawarkan lebih banyak pilihan bagi
perempuan. Dalam NIPD, sampel darah ibu diambil sejak usia kehamilan sekitar 7 minggu dan seterusnya dan dianalisis secara
langsung, menggunakan DNA janin bebas sel dalam sirkulasi ibu (Gambar 50). Jumlah DNA yang ada dapat diukur dan risiko aneuploidi
diberikan dengan sensitivitas dan spesifisitas yang sangat tinggi (sekitar 99% untuk DS).
Skrining ini dapat ditindaklanjuti dengan pengujian diagnostik jika diperoleh hasil yang berisiko tinggi. NIPD juga dapat diterapkan pada
beberapa kelainan bawaan, misalnya dengan menguji jenis kelamin janin berdasarkan keberadaan kromosom Y (untuk kelainan resesif
terkait X) atau mencari varian patogen dari pihak ayah.
Diagnosis genetik praimplantasi dan tiga orang tua bayi Sebagai alternatif terhadap diagnosis
prenatal dan kemungkinan penghentian kehamilan yang terkena dampak, beberapa pasangan lebih memilih untuk mencegah
implantasi embrio yang terkena dampak. Diagnosis genetik pra-implantasi (PGD) adalah pendekatan yang menggabungkan
IVF dan teknologi genetik untuk memastikan hanya embrio yang tidak terpengaruh oleh kondisi genetik tertentu yang
ditanamkan ke dalam rahim (Gambar 51). Setelah IVF, dan tumbuh hingga kira-kira tahap 8 sel, 1 atau 2 sel dikeluarkan
dari blastokista yang sedang berkembang dan, tergantung pada kondisi yang diuji, menjalani analisis berbasis FISH atau
PCR, untuk mencari varian atau ketidakseimbangan tertentu. Hanya embrio yang tidak terpengaruh yang kemudian
ditanamkan. PND tindak lanjut dianjurkan selama kehamilan karena terkadang keterbatasan teknis dapat menyebabkan hasil
yang salah pada tahap analisis genetik. PGD telah berhasil digunakan untuk sejumlah kondisi, termasuk kelainan gen tunggal dan kelain
Lebih jauh lagi, seperti yang telah dibahas sebelumnya, dalam sebuah keluarga dengan kelainan mitokondria, penularan ke generasi
berikutnya dapat dicegah dengan menggunakan pendekatan baru yang dikenal sebagai terapi penggantian mitokondria, yang
menggabungkan sel telur dari ibu dan donor, baik sebelum atau sesudah pembuahan.
10.1042/EBC20170053
Gambar 51. Diagnosis genetik pra-implantasi melalui biopsi embrio awal

Prosedur IVF tradisional (1) digunakan untuk menghasilkan embrio yang telah dibuahi (2), yang dibiarkan berkembang hingga tahap 8 sel (3).
Satu atau dua sel kemudian dikeluarkan untuk analisis genetik (4) dan hanya embrio tanpa kondisi yang diuji yang ditanamkan ke
dalam rahim ibu (5).
Pengobatan yang dipersonalisasi

Selain penyediaan informasi diagnostik untuk penyakit genetik, pengobatan juga merupakan bidang yang penting untuk ditangani.
Meskipun terapi umum telah digunakan selama berabad-abad, konsep pengobatan yang dipersonalisasi telah lama dipandang sebagai 'cawan
suci' genetika. Tercakup dalam gagasan memberikan pengobatan yang tepat kepada pasien yang tepat pada waktu yang tepat, pengobatan
yang dipersonalisasi bergantung pada kemampuan untuk secara spesifik mendiagnosis aspek molekuler dan genetik yang mendasari kondisi
tersebut.
Pada beberapa jenis kanker, pendekatan yang dipersonalisasi, sampai batas tertentu, merupakan hal yang umum. Dalam pengobatan
kanker payudara, hanya pasien yang kankernya mengekspresikan reseptor hormon spesifik pada permukaan selnya yang akan ditawar i
perawatan hormonal seperti tamoxifen bagi mereka yang tumornya mengekspresikan reseptor estrogen secara berlebihan. Pendekatan serupa
pada leukemia (penggunaan obat imatinib untuk menargetkan sel kanker dengan translokasi BCR -ABL) telah digunakan selama beberapa
tahun dan kini mulai digunakan pada kanker paru-paru (menggunakan erlotonib untuk menargetkan sel kanker yang memiliki mutasi EGFR)
dan berbagai jenis penyakit lainnya. lainnya (Gambar 52 dan 53).
Baru-baru ini, pendekatan yang dipersonalisasi untuk kelainan gen tunggal, misalnya CF mulai digunakan. Untuk CF, telah dikembangkan
obat yang menargetkan kerusakan protein spesifik yang disebabkan oleh mutasi tertentu, misalnya beberapa mutasi yang menyebab kan
protein membentuk saluran yang tidak dapat membuka dan menutup dengan baik. Obat yang disebut KALYDECO (ivacaftor) dapat digunakan
pada pasien ini untuk membantu saluran tetap terbuka sehingga ion dapat lewat secara normal melalui saluran terbuka.
10.1042/EBC20170053
Gambar 52. Status mutasi EGFR menentukan hasil terapi erlotinib (A) EGFR adalah
reseptor transmembran yang memiliki domain tirosin kinase (TK). Dengan tidak adanya EGF, reseptor normal berada dalam keadaan
tidak aktif. (B) Ketika EGF berikatan, domain TK mengalami perubahan konformasi dan menjadi aktif, menghasilkan sinyal untuk
proliferasi sel. (C) Mutasi terkait kanker pada EGFR menyebabkan hiperaktivasi EGFR yang merupakan pendorong utama
tumorigenesis. (D) Inhibitor TK erlotinib berikatan dengan EGFR dan mencegah pensinyalan hilir. Oleh karena itu, jika mutasi EGFR
mendorong tumorigenesis, erlotinib dapat memblokir proses ini. (E) Akuisisi mutasi kedua yang mencegah pengikatan erlotinib
menyebabkan resistensi terhadap inhibitor ini.
Gambar 53. Status mutasi EGFR harus ditentukan untuk memastikan bahwa erlotinib hanya digunakan dalam kasus di mana
ia akan memberikan
manfaat. Mutasi pengaktifan EGFR dan mutasi resistensi TKI dikelompokkan dalam domain tirosin kinase (lihat Gambar 52) antara
asam amino 688 dan 875 protein EGFR, sehingga analisis mutasi dapat difokuskan pada rangkaian pengkodean untuk wilayah ini.
Singkatan: NSCLC, kanker paru-paru non-sel kecil.
Terapi gen/pengeditan gen Meskipun

pengobatan yang dipersonalisasi untuk kanker dan CF menargetkan protein yang terkena dampak, terapi yang menangani aspek
genetik yang mendasarinya, untuk memastikan bahwa protein fungsional dapat dihasilkan, juga memiliki daya tarik yang besar. Secara garis besar,
10.1042/EBC20170053
Gambar 54. Pendekatan terapeutik potensial untuk DMD

(A) Pada otot yang sehat, protein distrofin berfungsi sebagai penghubung antara serat aktin dalam sel dan kompleks distroglikan (DGC) dalam
membran sel, mencegah kerusakan sel selama kontraksi otot. (B) Dengan tidak adanya distrofin, sel otot mengalami kerusakan selama
kontraksi, yang pada akhirnya menyebabkan kematian sel otot. Sejumlah pendekatan terapeutik dapat dilakukan (pendekatan dalam kotak
merah muda telah diujicobakan pada pasien DMD, dengan beberapa keberhasilan dilaporkan; nama obat yang relevan ditulis dalam huruf hijau). (1)
Terapi sel induk, dengan menyuntikkan sel induk otot yang sehat dan cocok dengan jaringan dari donor, atau sel induk dari pas ien yang telah
diisolasi, dikultur secara in vitro, dan kemudian dilakukan modifikasi genom (lihat 6,7) untuk memperbaiki kerusakan sebelumnya. untuk
menyuntikkan kembali ke pasien. (2) Protein utropin memiliki struktur dan fungsi yang mirip dengan distrofin, namun biasanya tidak diekspresikan
dalam jumlah yang cukup untuk menggantikan distrofin; dengan mengatur ekspresi gen utropin, fungsi distrofin dapat digantikan (C); pendekatan
ini efektif pada model mouse. (3) Sebagian besar (sekitar 15%) DMD disebabkan oleh mutasi yang tidak masuk akal yang menyebabkan
penghentian translasi prematur, dan oleh karena itu akan menghasilkan fragmen protein yang tidak berfungsi. Dengan menggunaka n obat
penekan omong kosong, yang mempengaruhi ribosom untuk membaca kodon omong kosong dengan memasukkan asam amino dan
melanjutkan translasi, protein distrofin panjang penuh dapat dihasilkan (D). (4) Sekitar 70% DMD disebabkan oleh penghapusan atau duplikasi
ekson, yang menyebabkan pergeseran bingkai; sebagian lesi mikro juga menyebabkan pergeseran bingkai. Dengan menggunakan molek ul
yang menargetkan proses penyambungan, dan menyebabkan ekson terpilih dilewati (dihilangkan selama penyambungan), kerangka pembacaan
dapat dipulihkan, menghasilkan versi protein distrofin yang lebih pendek, yang, bagaimanapun, masih mampu membentuk tautan an tara aktin
dan DGC (E). Meskipun tidak sama dengan distrofin normal, protein distrofin yang lebih pendek ini berhubungan dengan gejala yang jauh lebih
ringan, yaitu distrofi otot Becker (BMD). Melewati ekson juga dapat digunakan untuk melewatkan ekson yang menyimpan mutasi ya ng tidak
masuk akal. (5) Gen distrofin ukuran penuh terlalu besar untuk diakomodasi dalam vektor terapi gen saat ini, namun karena versi distrofin yang
lebih pendek efektif dalam memulihkan fungsi, terapi gen dengan minigen merupakan suatu kemungkinan. (6) Pengeditan genom menggunakan
strategi seperti CRISPR-Cas dapat digunakan untuk memperbaiki perubahan patogen dalam genom, baik dengan menargetkan sel induk
secara in vitro yang diambil dari pasien sebelum disuntikkan kembali ke pasien, atau dengan mengirimkan CRISPR-Cas sistem langsung ke
sel otot. (7) Pengeditan genom (exon snipping) untuk menghilangkan ekson tertentu dari genom merupakan pendekatan alternatif untuk
menghasilkan gen dalam bingkai yang bebas dari varian patogen.
terapi bertujuan untuk menggantikan gen yang rusak dengan mengirimkan salinan kerja baru ke dalam sel, sedangkan pengeditan gen bertujuan
untuk memperbaiki gen yang rusak.
Salah satu kondisi yang mempelajari pendekatan ini adalah DMD, suatu kelainan resesif terkait-X yang menyebabkan degenerasi dan kelemahan
otot progresif. DMD terutama disebabkan oleh penghapusan dan duplikasi yang besar (dan lebih jarang mutasi yang tidak masuk akal) pada gen
distrofin dan individu yang terkena hampir tidak menghasilkan distrofin, sehingga mengakibatkan kerusakan sel otot. Laki-laki dengan kondisi ini
biasanya menggunakan kursi roda pada usia 12 tahun dan rata-rata umur penderita adalah sekitar 30 tahun.
Dalam kondisi seperti DMD, dimana mutasi yang mendasarinya diketahui, berbagai pendekatan telah dicoba (Gambar 54). Hal ini diharapkan
dapat menyebabkan lompatan ekson, sehingga mesin pengolah RNA tidak menyertakan orang yang terkena dampak
10.1042/EBC20170053
Gambar 55. Penggunaan CRISPR/Cas9 pada DMD
Dalam sel induk pasien, CRISPR/Cas9 dapat digunakan untuk menghilangkan bagian gen distrofin yang menampung mutasi.
Sel-sel tersebut kemudian akan memperbaiki DNA, menciptakan gen yang bila diekspresikan, akan menghasilkan bentuk protein yang lebih pendek namun fungsional.
Ketika sel-sel tersebut kemudian tumbuh dan berdiferensiasi menjadi sel rangka dan otot jantung yang kemudian dapat ditransplantasikan k e pasien sehingga
menghasilkan fenotipe yang lebih ringan. Hal ini telah dicapai pada tikus dan pengobatan yang sama berpotensi diterapkan pada manusia.
ekson, dapat menyebabkan kondisi yang lebih ringan, mirip dengan dstrofi otot Becker (BMD). Mengganti gen dis-trofin melalui
pengiriman partikel adenovirus juga telah dicoba, meskipun bukannya tanpa kesulitan karena ukuran gen dan reaksi kekebalan
terhadap partikel virus.
Uji klinis yang menggunakan terapi gen memiliki jalur yang sangat sulit, dengan kematian seorang pasien akibat defisiensi
ornithine transcarbamoylase (OTC) (Jesse Gelsinger) pada satu uji coba dan perkembangan leukemia pada uji coba lainnya.
Bahkan dalam kondisi yang tampaknya secara alami dapat menerima terapi gen (misalnya CF dengan patofisiologi yang dipahami
dengan baik dan relatif mudahnya akses ke jaringan yang terkena), mencapai ekspresi gen pengganti yang stabil dan berkelanjutan
terbukti sulit.
Keberhasilan baru-baru ini dalam mengobati gangguan neuromuskular atrofi otot tulang belakang (SMA) dengan menggunakan
pengobatan yang dikenal sebagai terapi oligonukleotida antisense telah membangkitkan banyak minat. Karena kondisi ini
disebabkan oleh hilangnya gen yang disebut SMN1, penelitian difokuskan pada upaya mengembalikan fungsi homolognya, yaitu
gen SMN2. Dalam kondisi normal SMN2 sebagian besar tidak berfungsi karena mutasi titik yang mengakibatkan ekson 7 tersambung.
Terapi oligonukleotida antisense menggunakan oligonukleotida yang berikatan dengan mRNA SMN2 dan mengubah cara
penyambungannya, memungkinkan protein SMN2 menggantikan SMN1 yang tidak ada. Uji coba sejauh ini sangat berhasil,
dengan setiap indikasi bahwa ini merupakan terobosan luar biasa dalam mengobati kondisi parah dan membatasi hidup ini.
Kegembiraan besar juga menyelimuti munculnya teknologi pengeditan gen, khususnya penggunaan sistem CRISPR Cas9
(clustered regular interspaced short palindromic repeats (CRISPR)related nuclease 9), sebuah alat pengeditan genom yang
berfungsi sebagai 'gunting molekuler'. untuk memotong sepotong DNA tertentu. Terbuat dari dua komponen dan berasal dari
pertahanan kekebalan bakteri, Cas9 adalah nuklease, dipandu ke targetnya oleh RNA pemandu tunggal yang berikatan dengan
urutan cDNA-nya. Kompleks Cas9-RNA menciptakan penggabungan ujung non-homolog DSB spesifik atau dengan perbaikan
yang diarahkan secara homologi jika terdapat DNA donor yang sesuai. Hal ini memungkinkan modifikasi urutan yang tepat untuk
mengedit cacat genetik dan menggantinya dengan urutan yang diinginkan. Penelitian terbaru, misalnya pada model tikus DMD
menunjukkan harapan dan ada harapan bahwa teknik ini juga dapat diterapkan pada manusia (Gambar 55), meskipun kesulitan
seperti spesifisitas dan efisiensi perbaikan masih harus diatasi sepenuhnya, begitu pula dengan permasalahan yang ada. imunogenisitas.
Meskipun demikian, hal ini merupakan bidang yang menarik dan mempunyai harapan besar untuk masa depan.
D
10.1042/EBC20170053
Gambar 56. Biaya per genom dari waktu

ke waktu Sebagai perbandingan, perkiraan penurunan biaya seperti yang diperkirakan oleh hukum Moore, model yang umum digunakan
untuk melacak perkembangan teknologi, telah terlampaui pada sekitar tahun 2008. Gambar milik National Human Genome Research
Institute https://www .genome.gov
Tantangan dalam memberikan layanan genetika

Pendahuluan Seiring
dengan semakin banyaknya pilihan yang tersedia bagi pasien, petugas kesehatan, dan ilmuwan, kita menghadapi serangkaian masalah
dan dilema dalam genetika.
Genom manusia lengkap pertama diurutkan dengan biaya $1 miliar selama 13 tahun. Saat ini, genom lengkap dapat diurutkan dalam 1 jam
dengan biaya sekitar $1000 (Gambar 56). Ketika kita memahami dasar genetik dari meningkatnya jumlah penyakit, dan ketika pengurutan
genom lengkap semakin tersedia, tampaknya akan terjadi benturan antara efektivitas biaya dan 'hak untuk mengetahui' pasien. Selain itu,
meskipun pengurutan genom manusia relatif mudah, interpretasi data ini merupakan masalah yang jauh lebih kompleks, yang disoroti oleh
masalah seputar VUS.
VUS
VUS menimbulkan dilema yang semakin besar bagi sektor layanan kesehatan karena, meskipun ada kemampuan untuk mendeteksi
hampir semua varian dalam genom manusia, kemampuan untuk memahami informasi ini masih belum bisa mengimbanginya.
Sederhananya, meskipun mungkin untuk mengidentifikasi bahwa telah terjadi, misalnya perubahan basa tunggal pada gen tertentu,
namun jauh lebih sulit untuk menentukan dampak perubahan tersebut pada tingkat protein atau bahkan sel. Varian diselidiki menggunakan
serangkaian algoritme komputer, sebuah proses panjang yang mengkaji aspek-aspek seperti konservasi antar spesies, kesamaan asam
amino, struktur domain protein, dll., namun tidak selalu memberikan hasil yang pasti (lihat Tabel 2).
Seperti dijelaskan sebelumnya, setiap individu memiliki sekitar 3 juta variasi genomnya, yang sebagian besar tidak berbahaya. Memutuskan
varian mana, jika ada, yang ditemukan bertanggung jawab atau mungkin mempengaruhi suatu kondisi tertentu merupakan sebuah hal yang
potensial. Tantangan yang sama adalah masalah varian mana yang harus diungkapkan kepada pasien, dan apa penjelasannya. Seiring dengan
meningkatnya kemampuan kita untuk membuat katalog dan berbagi informasi tentang varian, signifikansinya kemungkinan akan menjadi lebih
jelas. Memastikan bahwa pasien selalu mengikuti perkembangan penemuan signifikan yang relevan dengan layanan kesehatan mereka mungkin
merupakan sebuah tantangan. Yang terakhir, jika penafsiran VUS dalam layanan genetika pascakelahiran, anak-anak, dan orang dewasa
merupakan hal yang rumit, maka tantangannya bahkan lebih besar lagi dalam genetika prakelahiran, di mana kurangnya informasi fenotip menjadi penyebab utama.
10.1042/EBC20170053
ketakpastian. Selain itu, permasalahan penyimpanan data juga semakin penting, karena adanya kekhawatiran bahwa sistem layanan
kesehatan akan kesulitan mengimbangi peningkatan jumlah data yang dihasilkan.
Pengujian langsung ke konsumen Meskipun

individu yang terkena penyakit genetik biasanya diperiksa oleh layanan rumah sakit genetika, dalam dekade terakhir ketersediaan pengujian
genetik 'Langsung ke Konsumen' (DTC) telah meningkat secara eksponensial. Pengujian DTC 'dijual' langsung ke pelanggan tanpa
keterlibatan layanan/penyedia layanan kesehatan dan melalui perusahaan seperti '23andMe' dan 'Living DNA', individu dapat diuji baik
untuk informasi keturunan maupun kesehatannya. Sebagai contoh, '23andMe' (pada saat artikel ini ditulis) menawarkan untuk menyaring
pelanggan berdasarkan status karier mereka untuk 40 penyakit dan kerentanan mereka terhadap sepuluh kondisi tambahan (termasuk
penyakit Alzheimer, Parkinson, dan Celiac), serta menawarkan wawasan tentang ' ciri-ciri seperti tipe daun telinga, preferensi rasa manis
dan rambut keriting. Sampel, umumnya air liur atau pertukaran pipi dikirim melalui pos dan hasilnya dikomunikasikan secara online setelah
jangka waktu kurang lebih 3 bulan.
Pengujian yang dilakukan oleh perusahaan-perusahaan ini umumnya berbasis susunan SNP dan berkisar dari pengujian mutasi yang
sudah ada (misalnya tes skrining pembawa CF untuk 29 mutasi pada gen CFTR) hingga pengujian kerentanan yang sangat kontroversial.
Misalnya dalam tes yang digunakan untuk menentukan risiko seseorang terkena penyakit Parkinson, dua SNP pada gen LRRK2 dan GBA
digunakan untuk memberikan perkiraan risiko individu terkena penyakit tersebut.
Bukti seputar SNP ini cukup meyakinkan, namun hanya dua dari beberapa SNP yang telah dilaporkan. Badan Pengawas Obat dan Makanan
AS mencabut izin '23andMe' untuk menyediakan informasi kesehatan pada tahun 2013 karena kekhawatiran mengenai 'alasan panduan
medis dan keakuratan data yang dikumpulkan', namun izin ini telah diaktifkan kembali karena sejumlah kondisi terbatas. Tidak
digabungkannya pengujian genetik dengan konseling genetik profesional telah menimbulkan kekhawatiran dan beberapa penelitian
menunjukkan bahwa banyak konsumen tidak dapat sepenuhnya memahami implikasi dari hasil pengujian mereka. Hal ini pada gilirannya
dapat meningkatkan tekanan pada dokter umum, yang kemungkinan besar akan berkonsultasi dengan pasien untuk mendapatkan bantuan
dalam menafsirkan informasi ini.
Informasi siapa itu?

Seiring bertambahnya jumlah informasi genetik yang dihasilkan, pertanyaan tentang kepemilikan data menjadi semakin relevan. Baik di
dalam maupun di luar keluarga, seringkali tidak jelas siapa yang berhak mengetahui informasi genetik tertentu. Pertimbangkan situasi di
mana seorang anak telah didiagnosis dengan DS, dan lebih khusus lagi dengan DS yang diakibatkan oleh translokasi yang terjadi pada
salah satu orang tuanya (terhitung sekitar 4% kasus). Anggota keluarga lainnya (misalnya, saudara kandung dari orang tua karier) mungkin
juga berisiko mempunyai anak yang terkena dampak serupa.
Pertanyaan untuk mengkomunikasikan hasil tes kepada anggota keluarga lainnya umumnya diserahkan pada kebijaksanaan keluarga itu
sendiri, namun hal ini mungkin bukan informasi yang ingin mereka sampaikan. Emosi seperti rasa bersalah dan menyalahkan, serta
dinamika keluarga yang ada, semuanya ikut berperan ketika informasi pribadi tersebut diungkapkan. Oleh karena itu, kerabat yang berisiko
mungkin tidak mendapat informasi. Demikian pula, orang dewasa muda yang menerima hasil tes prediktif yang 'terkena dampak' untuk
kondisi seperti HD secara bersamaan juga mengetahui hasil orang tuanya karena hampir pasti bahwa mereka mewarisi alel yang terkena
dampak ini dari salah satu orang tuanya. Hal ini terlepas dari apakah orang tuanya ingin diuji atau tidak. Dalam kasus seperti ini, pasien
diberi tahu selama konseling pra-tes bahwa mereka mungkin tidak ingin mengungkapkan kepada anggota keluarga bahwa mereka sedang
mempertimbangkan tes, dengan alasan bahwa setelah hasilnya diketahui, sangat sulit untuk menyembunyikan berita tersebut.
Mungkin yang lebih menimbulkan perdebatan adalah pertanyaan tentang siapa, jika ada, di luar keluarga yang berhak mengakses hasil
tes genetik. Tentu saja hasil tersebut mungkin akan sangat berguna bagi layanan publik tertentu, misalnya kepolisian, namun etika dalam
memberikan informasi masih belum jelas. Badan pengatur seperti Badan Pengemudi dan Perizinan Kendaraan Inggris juga mempunyai
kepentingan dalam informasi tes genetik – misalnya dari pasien yang kondisi genetiknya membuat mereka mungkin tidak aman untuk terus
memegang SIM.
Asuransi juga merupakan isu penting dengan moratorium penggunaan hasil tes genetik oleh perusahaan asuransi di Inggris hingga
tahun 2019. Beberapa orang berpendapat bahwa kuesioner kesehatan saat ini yang diperlukan untuk mendapatkan asuransi sudah
menyaring beberapa informasi, misalnya riwayat keluarga dengan HD. , dan dengan memasukkan hasil pengujian genetik, mereka yang
tidak berisiko tidak akan dikenakan sanksi yang tidak adil. Namun, mengharuskan pengungkapan hasil genetik pada saat permohonan
dapat menghalangi beberapa orang untuk melakukan pengujian genetik yang berguna, atau dapat menghalangi orang-orang rentan lainnya
untuk mendapatkan asuransi yang relevan. Oleh karena itu, meskipun pemahaman dan interpretasi data genetik merupakan tantangan bagi
komunitas ilmiah dan penyedia layanan kesehatan, isu-isu yang mencakup hal tersebut memerlukan perdebatan etis dan undang-undang yang menduku
Catatan penutup
Selama beberapa dekade terakhir, peran genetika dalam dunia kedokteran telah berubah secara dramatis, dimulai sebagai suatu spesialisasi
yang menangani kondisi yang relatif jarang terjadi pada populasi, dan menjadi suatu disiplin ilmu yang mendukung perkembangan.
10.1042/EBC20170053
dalam bidang perawatan pasien yang lebih luas. Pemahaman yang lebih baik mengenai kontribusi kecenderungan genetik dan perubahan
epigenetik terhadap penyakit umum, dan peran perubahan genetik dalam respons terhadap terapi, berarti bahwa genetika akan relevan
bagi semua orang dalam populasi. Pendidikan, baik bagi para profesional kesehatan maupun pasien mereka, akan memainkan peran
penting dalam memastikan bahwa perkembangan baru dalam genetika dan genomik terus berhasil diterjemahkan dan diterapkan ke dalam
praktik klinis. Akan ada peningkatan kebutuhan akan ilmuwan klinis, ahli teknologi genetika, dan ahli bioinformatika untuk menyediakan
layanan laboratorium, serta peningkatan kebutuhan akan dokter, konselor genetik, dan perawat yang memahami teknologi genetika dan
genom baru. Selain itu, akan ada kebutuhan besar bagi generasi ilmuwan penelitian selanjutnya untuk mengatasi kesenjangan besar yang
masih ada dalam pemahaman kita dan untuk menghasilkan pendekatan inovatif dalam penerapan pengetahuan kita untuk memberikan
layanan kesehatan yang hemat biaya. Bagi siapa pun yang sedang menjajaki pilihan karier, genetika dan genomik seharusnya memberikan
banyak kemungkinan menarik dan bermanfaat di masa depan!
Ucapan Terima Kasih Kami

berterima kasih kepada Layanan Genetika Skotlandia Barat yang telah memberikan gambaran hasil diagnostik.
Kepentingan yang bersaing

Para penulis menyatakan bahwa tidak ada persaingan kepentingan yang terkait dengan naskah.
Kontribusi penulis
Bagian utama artikel ini ditulis sebagai berikut:
- Genom dan variasi manusia oleh Maria Jackson - Struktur

kromosom dan kelainan kromosom oleh Gerhard HW May - Kelainan gen tunggal oleh Gerhard
HW May - Kromosom seks, X dan Y oleh Joanna B.
Wilson - Kelainan mitokondria oleh Leah Marks - Epigenetika oleh
Maria Jackson - Gangguan kompleks oleh Maria
Jackson dan Leah Marks - Kanker:
mutasi dan epigenetika oleh Joanna B. Wilson - Genomics oleh Maria
Jackson dan Joanna B. Wilson - Pengujian genetik di laboratorium
diagnostik oleh Maria Jackson dan Leah Marks - Diagnosis,
Manajemen dan terapi penyakit genetik oleh Leah Marks - Tantangan dalam memberikan layanan
genetika oleh Leah Marks
Singkatan ACH,
achondroplasia; AS, sindrom Angelman; BMD, distrofi otot Becker; BRCA, kerentanan kanker payudara; CDK, kinase yang bergantung
pada siklin; cDNA, DNA komplementer; CF, fibrosis kistik; cfDNA, DNA bebas sel; CFTR, pengatur konduktansi transmembran CF;
CNP, salin polimorfisme nomor; CNV, varian nomor salinan; CVS, pengambilan sampel villus korionik; DMD, distrofi otot Duchenne;
DNMT, DNA metil transferase; DS, sindrom Down; DSB, putusnya untai ganda; DSD, gangguan perkembangan seks; DTC, langsung ke
konsumen (uji genetik); IKAN, hibridisasi fluoresensi in situ; GWAS, studi asosiasi genom; TOPI, histon asetil transferase; HD, penyakit
Huntington; HDAC, histon deasetilase; HIF, faktor yang diinduksi hipoksia; ICF, Defisiensi Imun, ketidakstabilan sentromerik, dan sindrom
anomali wajah; ISCN, Sistem Internasional untuk Tata Nama Sitogenetik Manusia; IVF, fertilisasi in vitro; kb, pasangan kilobase (1000
bp); LHON, neuropati optik herediter Leber; LQTS, sindrom QT panjang; MAF, frekuensi alel minor; Mb, juta bp; MLPA, amplifikasi probe
bergantung ligasi multipleks; NGS, pengurutan generasi berikutnya; NIPD, diagnosis prenatal non-invasif; NOR, wilayah penyelenggara
nukleolus; PAR, wilayah pseudoautosomal; PCD, kematian sel terprogram; PGD, diagnosis genetik pra-implantasi; PND, diagnosis pra-
kelahiran; PWS, sindrom Prader – Willi; QF-PCR, PCR fluoresensi kuantitatif; rDNA, DNA ribosom; SGP, Kemitraan Genom Skotlandia;
SMA, atrofi otot tulang belakang; SNP, polimorfisme nukleotida tunggal; SNV, varian nukleotida tunggal; SRY, wilayah penentu jenis
kelamin Y; SS, pengurutan Sanger; SSR, pengulangan urutan sederhana; STR, pengulangan tandem pendek; T1D, diabetes tipe 1;
T2D, diabetes tipe 2; TDF, faktor penentu testis; TK, tirosin kinase; TKI, penghambat tirosin kinase; TSG, gen penekan tumor; UPD,
disomi uniparental; VNTR, pengulangan tandem nomor variabel; VUS, varian yang signifikansinya tidak diketahui; WES, seluruh
rangkaian exome; WGS, pengurutan seluruh genom; Xa, kromosom X aktif; Xi, kromosom X tidak aktif; XIC, pusat inaktivasi X.
c 2018 Penulis. Ini adalah artikel akses terbuka yang diterbitkan oleh Portland Press Limited atas nama Biochemical Society dan didistribusikan di bawah Creative Commons 715
10.1042/EBC20170053
Bacaan lebih lanjut Genom dan
Variasi Manusia Gonzaga-Jauregui, C., Lupski, JR dan Gibbs, RA

(2012) Pengurutan genom manusia dalam kesehatan dan penyakit. Ann. Pendeta Med. 63, 35–61,
https://doi.org/10.1146/annurev-med-051010-162644
Murphy, E. (2018) Pengetikan DNA forensik. Ann. Pendeta Kriminol. 1, 497–515, https://doi.org/10.1146/annurev-criminol-032317-092127 Richards, S., Aziz, N.,
Bale, S., Bick, D., Das, S., Gastier-Foster, J. dkk. (2015) Standar dan pedoman untuk interpretasi varian urutan: rekomendasi konsensus bersama dari American College of Medical
Genetics and Genomics dan Association for Molecular Pathology. Genet. medis. 17, 405–424, https://doi.org/10.1038/gim.2015.30 Samuels, ME dan Friedman, JM (2015) Mosaik
genetik dan garis keturunan germline. Gen (Basel) 6, 216–
237, https://doi.org/10.3390/genes6020216
Struktur kromosom dan kelainan kromosom Untuk mempelajari lebih lanjut

tentang genetika umum, bacalah salah satu dari banyak buku teks yang tersedia. Berikut ini tersedia secara gratis
secara online Griffiths, AJF, Miller, JH, Suzuki, DT, Lewontin, RC dan Gelbart, WM (2000) Pengantar Analisis Genetik, ,kW
e-H7 Freeman, New York,
https://www.ncbi.nlm.nih.gov/books/NBK21766/
Kromosom seks, X dan Y Bonora, G. dan Disteche, CM

(2017) Aspek struktural kromosom X yang tidak aktif. Fil. Trans. R.Soc. B Biologi. Sains. 372, 20160357, (dan lainnya dalam volume 12 kontribusi untuk masalah pertemuan diskusi
'Inaktivasi kromosom X: penghormatan kepada Mary Lyon'), https://doi.org/10.1098/rstb.2016.0357
Fiot, E., Zenaty, D., Boizeau, P., Haignere, J., Dos Santos, S. dan Leger, J (2016) Dosis gen kromosom X sebagai penentu gangguan pra dan
pertumbuhan pascakelahiran dan tinggi badan orang dewasa pada sindrom Turner. euro. J. Endokrinol. 174, 281–288, https://doi.org/10.1530/EJE-15-1000
Gamble, T. dan Zarkower, D. (2012) Penentuan jenis kelamin. Biografi saat ini. 22:, 257–262, https://doi.org/10.1016/j.cub.2012.02.054 Gilbert, SF (2000)
Biologi Perkembangan, 6th Lombardi, LM, Baker, SA , Penentuan Jenis Kelamin Kromosom pada Mamalia Sinauer Associates
dan Zoghbi, HY (2015) Gangguan MECP2: dari klinik ke tikus dan sebaliknya. J.Klin. Menginvestasikan. 125, 2914–2923,
https://doi.org/10.1172/JCI78167
Pinheiro, I. dan Heard, E. (2017) Inaktivasi kromosom X: pemain baru dalam inisiasi pembungkaman gen. Resolusi F1000. 6, 344–354,
https://doi.org/10.12688/f1000research.10707.1 Stevant,
I. , Papaioannour, MD dan Nef, S. (2018) Sejarah singkat penentuan jenis kelamin. mol. Sel. Endokrinol., https://doi.org/10.1016/j.mce.2018.04.004 Tanaka, SS dan Nishinakamura, R.
(2014) Regulasi penentuan jenis kelamin pria: pembentukan genital ridge dan aktivasi Sry pada tikus. Sel. mol. Ilmu Kehidupan. 71,
4781–4802, https://doi.org/10.1007/s00018-014-1703-3
Kelainan gen tunggal Chial, H. (2008)

Genetika Mendelian: pola pewarisan dan kelainan gen tunggal. Nat. Pendidikan 1, 63 Davis, PB (2001) Fibrosis kistik. dokter anak.
Wahyu 22, 257–264, https://doi.org/10.1542/pir.22-8-257 Martiniano, SL, Sagel, SD dan Zemanick, ET (2016) Fibrosis
kistik: sistem model untuk pengobatan presisi. Saat ini. Pendapat. dokter anak. 28:, 312–317,
https://doi.org/10.1097/MOP.0000000000000351
Nopoulos, PC (2016) Penyakit Huntington: kelainan degeneratif gen tunggal pada striatum. Klinik Dialog. ilmu saraf. 18, 91–98 Ornitz, DM dan Legeai-Mallet, L.
(2017) Achondroplasia: perkembangan, patogenesis, dan terapi. Dev. Dyn. 246, 291–309,
https://doi.org/10.1002/dvdy.24479
Schmidt, BZ, Haaf, JB, Leal, T. dan Noel, S. (2016) Modulator pengatur konduktansi transmembran fibrosis kistik pada fibrosis kistik: perspektif saat ini. Klinik. Farmakol. 8:,
127–140
Gangguan mitokondria Chinnery, P (2000)
Ikhtisar Gangguan Mitokondria. SourceGeneReviewsR (Adam, MP, Ardinger, HH, Pagon, RA, Wallace, SE, Bean, LJH,
Stephens, K. dan Amemiya, A., eds), hal. 1993–2018, Universitas Washington, Seattle, Seattle (WA)
Chong, JX, Buckingham, KJ, Jhangiani, SN, Boehm, C., Sobreira, N., Smith, JD dkk. (2015) Dasar genetik fenotipe Mendel: penemuan,
tantangan, dan peluang. Saya. J.Hum. Genet. 97, 199–215, https://doi.org/10.1016/j.ajhg.2015.06.009 Nightingale, H., Pfeffer, G.,
Bargiela, D., Horvath, R. dan Chinnery, PF (2016) Terapi yang muncul untuk gangguan mitokondria. Otak 139, 1633–1648,
https://doi.org/10.1093/brain/aww081
Reznichenko, A., Huyser, C. dan Pepper, M. (2016) Transfer mitokondria: implikasi terhadap teknologi reproduksi berbantuan. Aplikasi. Terjemahan. Genom. 11,
40–47, https://doi.org/10.1016/j.atg.2016.10.001
Epigenetika Barlow,
DP dan Bartolomei, MS (2014) Pencetakan genom pada mamalia. Pelabuhan Musim Semi Dingin. Perspektif. biologi. 6, a018382,
https://doi.org/10.1101/cshperspect.a018382
Lobo, I. (2008) Pencetakan genom dan pola pewarisan penyakit. Nat. Pendidikan 1, 66 Schuebel, K., Gitil, M.,
Domschke, K. dan Goldman, D. (2016) Memahami epigenetika. Int. J. Neuropsikofarmakol. 19, 1–10,
https://doi.org/10.1093/ijnp/pyw058
10.1042/EBC20170053
Soshnev, AA, Josefowicz, SZ dan Allis, CD (2016) Lebih besar dari jumlah bagian: kompleksitas epigenom dinamis. mol. Sel 62, 681–694, https://doi.org/10.1016/
j.molcel.2016.05.004 Ventura-Junca, P., Irarr azaval,
´ ´ ´
I., Rolle, AJ, Guti errez, JI, Moreno, RD dan Santos, MJ (2015) Fertilisasi in vitro (IVF) pada mamalia: perubahan epigenetik
dan perkembangan. Implikasi ilmiah dan bioetika untuk IVF pada manusia. biologi. Res. 48:, 68, https://doi.org/10.1186/s40659-015-0059-y
Zoghbi, HY dan Beaudet, AL (2016) Epigenetika dan penyakit manusia. Pelabuhan Musim Semi Dingin. Perspektif. biologi. 8:, a019497,
https://doi.org/10.1101/cshperspect.a019497
Gangguan kompleks Chial, H. dan

Craig, J. (2008) Studi asosiasi genome-wide (GWAS) dan obesitas. Nat. Pendidikan 1, 80 Prasad, RB dan Groop, L.
(2015) Genetika diabetes tipe 2 – jebakan dan kemungkinan. Gen 6, 87–123, https://doi.org/10.3390/genes6010087 Schulz, LC (2010) Musim Dingin Kelaparan Belanda
dan asal mula perkembangan kesehatan dan penyakit. Proses. Natal. Akademik. Sains. AS 107, 16757–16758,
https://doi.org/10.1073/pnas.1012911107
Kanker: mutasi dan epigenetika Aunan, JR, Cho, WC dan

Søreide, K. (2017) Biologi penuaan dan kanker: tinjauan singkat tentang ciri-ciri molekuler yang sama dan berbeda. Penuaan Dis. 8,
628–642, https://doi.org/10.14336/AD.2017.0103
Burotto, M., Chiou, VL, Lee, JM. dan Kohn, EC (2014) Jalur MAPK pada berbagai penyakit ganas: Sebuah perspektif baru. Kanker 120, 3446–3456, https://doi.org/10.1002/
cncr.28864
Delbridge, AR, Valente, LJ dan Strasser, A. (2012) Peran mesin apoptosis dalam penekanan tumor. Pelabuhan Musim Semi Dingin. Perspektif. biologi. 4,
a008789
Feinberg, AP, Koldobskiy, MA dan Gondor, A. (2016) Modulator epigenetik, pengubah dan mediator dalam etiologi dan perkembangan kanker. Nat. Putaran.
Genet. 17, 284–299, https://doi.org/10.1038/nrg.2016.13
¨
Fischer, M. dan Muller, GA (2017) Kontrol transkripsi siklus sel: kompleks DREAM/MuvB dan RB-E2F. Kritik. Pendeta Biokimia. mol. biologi. 52, 638–
662, https://doi.org/10.1080/10409238.2017.1360836
Hanahan, D. dan Weinberg, RA (2011) Ciri-ciri kanker: generasi penerus. Sel 144, 646–674, https://doi.org/10.1016/j.cell.2011.02.013 Pereira, B. (2016) Profil mutasi
somatik dari 2.433 kanker payudara menyempurnakan lanskap genomik dan transkriptomiknya. Nat. Komunitas. 7, 11479,
https://doi.org/10.1038/ncomms11479
Sebelumnya, I., Lewis, PD dan Mattos, C. (2012) Survei komprehensif tentang mutasi Ras pada kanker. Res Kanker. 72, 2457–2467 Ryana,
BM dan Faupel-Badgerb, JM (2016) Ciri-ciri kondisi pramaligna: dasar molekuler untuk pencegahan kanker. Semin. Onkol. 43,
22–35, https://doi.org/10.1053/j.seminoncol.2015.09.007 Sherr, CJ
(2004) Prinsip penekanan tumor. Sel 116, 235–246, https://doi.org/10.1016/S0092-8674(03)01075-4 Weinberg, RA (2014) Biologi Kanker,
Penelitian Kanker ke-2 Inggris, http:// , Ilmu Karangan Bunga, ISBN: 978-0-8153-4219-9/978-0-8153-4220-5
www.cancerresearchuk.org/health-professional/data-and-statistics
Genomics Feero,
WG dan Gutmacher, AE (2014) Genomics, pengobatan yang dipersonalisasi, dan pediatri. Akademik. dokter anak. 14, 14–22,
https://doi.org/10.1016/j.acap.2013.06.008
Genomics England (2018) proyek 100.000 genom. https://www.genomicsengland.co.uk/ Naidoo, N.,
Pawitan, Y., Soong, R., Cooper, DN dan Ku, C.-S. (2011) Genetika dan genom manusia satu dekade setelah dirilisnya rancangan urutan
gen manusia. Bersenandung. Genomik 5, 577–622, https://doi.org/10.1186/1479-7364-5-6-577
Rehm, HL (2017) Mengembangkan layanan kesehatan melalui genomik pribadi. Nat. Pendeta Genet. 18, 259–267, https://doi.org/10.1038/nrg.2016.162
Kemitraan Genom Skotlandia (2018), https://www.scottishgenomespartnership.org/
Pengujian genetik di laboratorium diagnostik Bishop, R. (2010) Penerapan

hibridisasi fluoresensi in situ (FISH) dalam mendeteksi penyimpangan genetik yang penting secara medis. biosci. Horiz. 3, 85–95,
https://doi.org/10.1093/biohorizons/hzq009
Ferrie, RM, Schwarz, MJ, Robertson, NH, Vaudin, S., Super, M., Malone, G. dkk. (1992) Pengembangan, multiplexing, dan penerapan tes ARMS untuk mutasi umum pada gen
CFTR. Saya. J.Hum. Genet. 51, 251–262 Frese, KS, Katus, HA dan Meder, B.
(2013) Urutan generasi berikutnya: dari pemahaman biologi hingga pengobatan yang dipersonalisasi. Biologi (Basel) 2,
378–398
Katsanis, SH dan Katsanis, N. (2013) Pengujian genetik molekuler dan masa depan genomik klinis. Nat. Pendeta Genet. 14, 415–426,
https://doi.org/10.1038/nrg3493
Kchouk, M., Gibrat, J.-F. dan Elloumi, M. (2017) Generasi teknologi pengurutan: dari generasi pertama hingga generasi berikutnya. biologi. medis. (Aligarh) 9, 395,
https://doi.org/10.4172/0974-8369.1000395
Norbury, G. dan Norbury, CJ (2006) Analisis DNA: apa dan kapan harus diminta? Lengkungan. Dis. Anak. 91, 357–360, https://doi.org/10.1136/adc.2005.089219 O'Connor, C.
(2008) Kariotipe untuk kelainan kromosom. Nat. Pendidikan 1, 27 O'Connor, C. (2008) Hibridisasi
fluoresensi in situ (FISH). Nat. Pendidikan 1, 171 Stuppia, L., Antonucci, I., Palka, G. dan Gatta,
V. (2012) Penggunaan uji MLPA dalam diagnosis molekuler perubahan salinan gen pada genetik manusia
penyakit. Int. J.Mol. Sains. 13, 3245–3276, https://doi.org/10.3390/ijms13033245
10.1042/EBC20170053
Wiszniewska, J., Bi, W., Shaw, C., Stankiewicz, P., Kang, SH, Pursley, AN dkk. (2014) Kombinasi analisis genom CGH plus SNP dalam satu pengujian untuk pengujian klinis yang
optimal. euro. J.Hum. Genet. 22, 79–87, https://doi.org/10.1038/ejhg.2013.77
Xuan, J., Yu, Y., Qing, T., Guo, L. dan Shi, L. (2013) Urutan generasi berikutnya di klinik: janji dan tantangan. Lett Kanker. 340, 284–295, https://doi.org/10.1016/
j.canlet.2012.11.025
Diagnosis, pengelolaan dan terapi penyakit genetik Aronson, SJ dan Rehm, HL (2015) Membangun
landasan genomik dalam pengobatan presisi. Alam 526, 336–342, https://doi.org/10.1038/nature15816
Chaterji, S., Ahn, EH dan Kim, D.-H. (2017) Rekayasa genom CRISPR untuk penelitian sel induk berpotensi majemuk manusia. Theranostik 7, 4445–4469,
https://doi.org/10.7150/thno.18456 Eid,
A. dan Mahfouz, MM (2016) Pengeditan genom: jalan CRISPR/Cas9 dari bangku ke klinik. Contoh. mol. medis. 48, e265,
https://doi.org/10.1038/emm.2016.111
Lockyer, E. (2016) Potensi CRISPR-Cas9 untuk mengobati kelainan genetik. biosci. Horiz. 9, https://doi.org/10.1093/biohorizons/hzw012 Martiniano, SL, Sagel, SD
dan Zemanick, ET (2016) Fibrosis kistik: sistem model untuk pengobatan presisi. Saat ini. Pendapat. dokter anak. 28, 312–317,
https://doi.org/10.1097/MOP.0000000000000351
¨
Plones, T., Engel-Riedel, W., Stoelben, E., Limmroth, C., Schildgen, O. dan Schildgen, V. (2016) Patologi molekuler dan pengobatan yang dipersonalisasi: fajar
era baru dalam diagnostik pendamping – pertimbangan praktis tentang diagnostik pendamping untuk Kanker Paru-paru non-sel kecil. J.Pribadi. medis. 6, 3, https://doi.org/
10.3390/jpm6010003
Schmidt, BZ, Haaf, JB, Leal, T. dan Noel, S. (2016) Modulator pengatur konduktansi transmembran fibrosis kistik pada fibrosis kistik: arus
perspektif. Klinik. Farmakol. 8, 127–140
Schneller, JL, Lee, CM, Bao, G. dan Venditti, CP (2017) Pengeditan genom untuk kesalahan metabolisme bawaan: maju menuju klinik. Pengobatan BMC
15, 43, https://doi.org/10.1186/s12916-017-0798-4
Sumaily, KM dan Mujamammi, AH (2017) Fenilketonuria: pandangan baru pada topik lama, kemajuan dalam diagnosis laboratorium, dan strategi terapeutik. Int.
J.Ilmu Kesehatan. 11, 63–70
Tantangan dalam memberikan layanan genetika Blashki, G., Metcalfe, S. dan

Emery, J. (2014) Genetika dalam praktik umum. Australia. keluarga. Fis. 43, 428–431 Harris, A., Kelly, SE dan Wyatt, S.
(2013) Konseling pelanggan: peran yang muncul bagi konselor genetik di pasar pengujian genetik langsung ke konsumen.
J.Genet. Hitungan. 22, 277–288, https://doi.org/10.1007/s10897-012-9548-0
Roberts, JS, Dolinoy, D. dan Tarini, B. (2014) Masalah yang muncul dalam genomik kesehatan masyarakat. Ann. Pendeta Genomics Hum. Genet. 15, 461–480,
https://doi.org/10.1146/annurev-genom-090413-025514
Su, P. (2013) Pengujian genetik langsung ke konsumen: pandangan komprehensif. Yale J.Biol. medis. 86, 359–365
Lampiran. Daftar istilah Asetilasi/asetiltransferase
Proses asetilasi melibatkan penambahan gugus asetil (O=C–CH3) pada molekul target, misalnya protein, melalui kerja enzim asetiltransferase yang sesuai.
Alel Suatu bentuk tertentu dari gen tertentu, biasanya salah satu dari beberapa versi yang berbeda dalam urutan dan mungkin berbed a dalam fenotipe. Beberapa alel yang
berbeda (versi gen yang urutannya berbeda) dapat ada dalam suatu populasi (beberapa cukup umum), sehingga menimbulkan variasi fenotipik. Perbedaan garis germinal dari
database sekuens untuk genom referensi manusia disebut polimorfisme, atau yang lebih jarang disebut varian. Polimorfisme dan varian muncul dalam kumpulan gen garis kuman
melalui mutasi. Oleh karena itu perbedaan antara apa yang disebut alel polimorfik atau varian dan apa yang disebut alel mutan oleh penelitian para ahli genetika, dapat menjadi
kabur. Secara umum, frekuensi alel dalam suatu populasi dan sejauh mana alel tersebut menyebabkan penyakit atau tidak, menent ukan sebutannya. Dengan demikian, definisi
yang diterima saat ini yang digunakan oleh ahli genetika medis, sehubungan dengan genom referensi manusia adalah: varian pato gen, kemungkinan varian patogen, VUS,
kemungkinan varian jinak, dan varian jinak.
PCR spesifik alel Suatu metode berbasis PCR di mana alel tertentu diamplifikasi, memfasilitasi genotip lokus, biasanya dengan menempatkan varian nukleotida pada ujung
ke-3 primer PCR maju atau mundur.
Aneuploidi Jumlah kromosom yang tidak normal dalam sel, dengan satu atau lebih kromosom tambahan atau kromosom hilang.
Angiogenesis Proses 'menumbuhkan' pembuluh darah baru dari pembuluh darah yang sudah ada sebelumnya.
Antisipasi Antisipasi dapat terjadi pada beberapa kondisi genetik ketika varian patogen diturunkan dari satu generasi ke generasi berikutnya. Dalam kasus tersebut, usia
timbulnya gejala menurun dari satu generasi ke generasi berikutnya, dan sering kali tingkat keparahan gejala juga meningkat.
Oligonukleotida antisenseDeoksinukleotida pendek yang melengkapi rangkaian 'indra' DNA.
Apoptosis Ini adalah bentuk 'kematian sel terprogram'. Fenomena ini terjadi ketika sebuah sel secara genetik ditentukan untuk mati atau menerima sinyal internal dan/atau
eksternal untuk menghancurkan dirinya sendiri. Sel tersebut terurai menjadi bagian -bagian komponen yang dibuang atau didaur ulang dengan rapi dan tidak menyebabkan
peradangan. Contoh klasik dari apoptosis normal terjadi selama pembentukan jari tangan dan kaki dalam perkembangan. Selama embriogenesis mamalia, sebagai 'kemunduran
evolusioner', jari-jari terbentuk, dihubungkan oleh anyaman.
Sel-sel yang membentuk jaring tersebut diprogram untuk mati dan seiring dengan perkembangannya, sel-sel tersebut mati melalui apoptosis, sehingga memisahkan jari-jarinya.
10.1042/EBC20170053
AsosiasiKejadian suatu polimorfisme spesifik bersama-sama dengan suatu sifat tertentu lebih sering daripada yang diperkirakan oleh perubahan.
Autosome Kromosom yang bukan merupakan kromosom seks.
Pertumbuhan jinak/tumor Hal ini disebabkan oleh pertumbuhan sel baru yang terbatas sehingga benjolan kecil (terkadang besar) terbentuk di dalam jaringan,
namun tidak berkembang menjadi invasif. Contoh klasiknya adalah tahi lalat atau nevus pada kulit. Tumor jinak sebagian besar tidak berbahaya, namun beberapa
dapat mengalami mutasi lebih lanjut menjadi kanker.
Varian jinak Suatu varian alel yang diyakini tidak berpengaruh pada kesehatan baik dalam keadaan heterozigot maupun homozigot.
Bialel Berkaitan dengan kedua alel suatu gen; misalnya ekspresi bialelik berarti produk dihasilkan dari kedua salinan gen.
Karsinogen Agen apa pun yang bertindak meningkatkan risiko kanker. Tidak semua karsinogen bersifat mutagen, tetapi banyak juga yang bersifat mutagen.
Gen kandidat Suatu gen yang dianggap memiliki peluang tinggi untuk terlibat dalam fenotip tertentu, sering kali disebabkan oleh jalur yang diketahui terlibat di
dalamnya.
Siklus sel Proses dimana sel membelah menjadi dua sel. Siklus biasanya mengikuti empat tahap: G1 (celah atau pertumbuhan 1), S (sintesis DNA), G2
(celah atau pertumbuhan 2), terakhir mitosis (perhatikan pada meiosis, siklus sel mengikuti pola yang berbeda, seperti dijelaskan di bawah) . G1, S dan G2
bersama-sama membentuk 'interfase'.
DNA bebas sel (cfDNA)DNA yang tidak terkandung di dalam sel dan ditemukan dalam jumlah kecil di sirkulasi atau cairan lain, misalnya urin.
Proliferasi sel Istilah yang digunakan ketika sel membelah secara mitosis, sehingga menghasilkan peningkatan jumlah sel.
Kromatin Menjelaskan cara genom manusia diatur/dikemas dalam sel. Biasanya, DNA melilit inti protein histon, membentuk nukleosom.
Sentromer Penyempitan kromosom seperti pinggang yang memisahkan lengan pendek dan lengan panjang. Selama pembelahan sel, serat gelendong
menempel pada sentromer untuk memisahkan kromatid yang direplikasi.
Chimera Suatu organisme yang terdiri dari sel-sel yang berbeda secara genetik, yang dapat dihasilkan melalui fusi embrio awal.
Kodon Tiga nukleotida berturut-turut yang menginstruksikan ribosom untuk memasukkan asam amino tertentu ke dalam pasang polipep yang sedang tumbuh,
atau untuk menghentikan translasi. Perhatikan bahwa sebenarnya hanya masuk akal untuk berbicara tentang kodon dalam rangkaian mRNA, tetapi kodon
juga biasanya disebut ketika menggambarkan triplet nukleotida dalam rangkaian pengkodean DNA genom.
DNA komplementer (cDNA) Ini dihasilkan dengan menggunakan enzim transkriptase balik untuk membuat salinan DNA (salinan 'pelengkap') dari RNA yang
telah diisolasi dari sampel (misalnya, darah atau jaringan). CDNA ini dapat digunakan untuk menganalisis pola penyambungan dan tingkat transkripsi relatif.
Heterozigot majemuk Individu dengan (biasanya) varian patogen pada kedua salinan gen, yang variannya berbeda satu sama lain, misalnya pasien CF dengan
p.Phe508del pada satu salinan gen CFTR dan p.Gly542X memengaruhi gen tersebut. lainnya
menyalin.
Consanguineous Merujuk pada keluarga dimana kedua orang tuanya memiliki setidaknya satu nenek moyang yang sama.
Varian nomor salinan (CNV)/polimorfisme nomor salinan (CNP) Segmen genom kita yang ukurannya berkisar dari 1000 hingga jutaan bp, dan yang, pada
individu sehat, dapat bervariasi dalam jumlah salinan dari nol hingga beberapa salinan. Jika frekuensi populasi mencapai 1% atau lebih, hal ini dapat
disebut sebagai polimorfisme nomor salinan.
Sitogenetika Ilmu yang mempelajari tentang kromosom.
De novo bahasa Latin untuk 'baru; mulai dari awal'. Digunakan untuk menggambarkan mutasi yang baru muncul, bukan varian yang diwarisi dari orang tua.
Dideoksinukleotida Digunakan dalam pengurutan DNA Sanger, bagian deoksiribosa dari nukleotida ini tidak memiliki gugus hidroksi 3 sehingga, meskipun
dideoksinukleotida dapat dimasukkan ke dalam rantai DNA yang sedang tumbuh, mereka tidak memungkinkan penambahan nukleotida lebih lanjut,
sehingga rantai tersebut dihentikan. .
Diferensiasi Proses dimana sel dan jaringan memperoleh karakteristik khusus, misalnya selama perkembangan embrio.
Diploid Memiliki dua salinan setiap autosom, dan dua kromosom seks. Ini adalah keadaan normal sebagian besar sel somatik manusia.
Gangguan perkembangan seks (DSD) Berbagai kelompok kondisi yang mempengaruhi perkembangan gonad dan/atau diferensiasi seksual dan mencakup
pembalikan jenis kelamin sebagian atau seluruhnya sehubungan dengan genotipe XX atau XY.
Dominan Versi gen alel atau mutan yang mengarah ke fenotipe ketika berada dalam keadaan heterozigot (misalnya alel lainnya bertipe liar) disebut dominan,
juga sering digunakan untuk menggambarkan suatu kondisi.
Kompensasi dosis Mekanisme dimana ketidakseimbangan dosis gen (jumlah salinan gen) dikompensasi oleh ekspresi gen yang berbeda. Hal ini terutama
relevan pada gen yang berada pada kromosom X yang tidak memiliki homolog kromosom Y. Pada mamalia, proses inaktivasi kromosom X mengakibatkan
hanya satu salinan dari dua alel pada sel betina yang tersedia untuk berekspresi, hal ini diseimbangkan dengan fakta bahwa sel jantan hanya memiliki satu alel.
Disgenesis Perkembangan suatu organ yang cacat atau tidak normal, misalnya gonad.
Elektroforogram Merupakan visualisasi hasil pemisahan molekul secara elektroforesis; dalam hal analisis genetik, molekul DNA dapat dipisahkan berdasarkan
ukurannya, dan dideteksi dengan menggunakan label fluoresen yang sebelumnya ditempelkan pada DNA tersebut.
DNA.
10.1042/EBC20170053
PeningkatUrutan DNA spesifik yang sering kali berdekatan dengan wilayah pengkodean suatu gen, yang berfungsi dalam regulasi gen, misalnya dengan
mengikat faktor transkripsi.
Modifikasi epigenetikIni mengacu pada tanda modifikasi yang tidak mengubah urutan DNA, namun dapat mempengaruhi ekspresi gen dan mencakup
metilasi basa DNA (biasanya sitosin pada mamalia), dan metilasi, fosforilasi dan asetilasi protein yang membungkus DNA, histon.
Epigenetika Ilmu yang mempelajari perubahan fungsi gen yang diwariskan secara mitosis dan/atau meiosis dan bukan merupakan konsekuensi
dari perubahan urutan DNA.
Exome Bagian genom yang mengkode protein – kumpulan lengkap semua ekson.
Exon Suatu bagian dari gen penyandi protein yang mengkodekan bagian dari rangkaian protein; di dalam gen, ekson dipisahkan oleh ra ngkaian
intervensi (intron) dan untuk menghasilkan mRNA yang berfungsi, ekson yang relevan harus disambung untuk menghasilkan rangkaian pengkodean yang
tidak terputus.
Ekspresi 1.
Ekspresi gen mewakili proses termasuk transkripsi dan translasi yang mengarah pada produksi produk (misalnya, protein) dari gen 2. Ekspresi juga
digunakan untuk menggambarkan
sifat fisik (atau fenotipe) yang dihasilkan sebagai konsekuensi varian; istilah ekspresivitas adalah sejauh mana ciri-ciri yang diamati berbeda antara
individu-individu yang memiliki genotipe yang sama.
Frameshift Ribosom menerjemahkan molekul mRNA satu kodon triplet pada satu waktu, dalam 'kerangka pembacaan' yang berkesinambungan.
Setiap mutasi yang menyebabkan penyisipan atau penghapusan sejumlah nukleotida ke dalam mRNA, yang bukan kelipatan tiga, meny ebabkan
pergeseran kerangka pembacaan ini. Hal ini biasanya menyebabkan pemotongan dini pada polipeptida yang dihasilkan.
Gametolog Gen yang memiliki homolog pada kromosom X dan Y yang tidak mengalami persilangan pada meiosis. Ini tidak disebut alel karena faktanya
mereka tidak bergabung kembali dan karena itu berevolusi secara independen pada dua kromosom.
Amplifikasi gen Duplikasi suatu gen, seringkali di tempat gen aslinya, sehingga menghasilkan banyak salinan. Gen yang diduplikasi mungkin bertipe
liar atau mutan dan duplikasi biasanya menghasilkan ekspresi berlebih.
Genom Kumpulan lengkap informasi genetik (biasanya DNA) suatu organisme, termasuk semua gen ditambah semua rangkaian lainnya, dan pada
manusia mencakup inti dan mtDNA.
Genomik Berbeda dengan genetika, yang sering berfokus pada gen tunggal, genomik mewakili studi tentang kelompok besar gen, seringkali seluruh
genom dari satu atau lebih organisme.
Genotipe Susunan genetik suatu sel atau organisme, berkaitan dengan urutan gen dan genom secara keseluruhan. Seringkali genotipe pada satu atau
beberapa lokus saja yang dipertimbangkan. Genotipe adalah proses menentukan alel mana yang ada pada satu atau lebih lokus.
Sel germinal Sel yang akan membentuk gamet, menjadi oosit haploid atau sel sperma setelah berdiferensiasi.
Mosaik gonad Mempunyai sel-sel dengan genotipe yang berbeda dalam salah satu atau kedua gonad, sering kali merupakan akibat dari mutasi
somatik, dengan konsekuensi bahwa mutasi yang tampaknya de novo, yang tidak terdapat pada orang tua, dapat ditularkan ke lebih dari satu anak.
Haploid Hanya memiliki satu salinan dari setiap autosom, dan satu kromosom seks. Keadaan gamet yang biasa.
HaploinsufisiensiIni terjadi ketika salah satu alel dari pasangan gen homolog dalam organisme diploid hilang atau tidak terekspresikan dan ini
menghasilkan fenotip yang abnormal. Alel yang tersisa terekspresikan, namun hanya dapat menyediakan separuh tingkat normal produk gen dan ini
tidak cukup untuk sepenuhnya menjalankan fungsi yang diperlukan. Mutasi hilangnya fungsi tersebut bersifat dominan karena menimbulkan fenotipe.
Hemizigot Hanya memiliki satu lokus/alel di dalam sel.

Heteroplasma Kehadiran genom mitokondria yang berbeda dalam sel.
Heterozigot Memiliki dua alel berbeda pada satu lokus.
Histone acetyl transferase (HAT)/histone deacetylase (HDAC) Enzim ini menambah atau menghilangkan gugus asetil (O=C–CH3) dari protein histon
yang menyebabkan perubahan struktur kromatin yang mempengaruhi fungsi DNA.
Homolog 1.
Ini adalah istilah genetik yang mengacu pada gen yang berkerabat berdasarkan keturunan evolusioner, yaitu homolog yang berevolusi dari gen yang
sama pada organisme purba. Ada juga subdivisi dari istilah homolog. Paralog: menunjukkan keturunan dalam satu spesies, misalnya gen RAS manusia
(HRAS, NRAS, dan KRAS) merupakan paralog satu sama lain. Pada organisme nenek moyang, gen RAS mengalami duplikasi dan tiga di antaranya
masih ada pada manusia (dan banyak mamalia lainnya) saat ini yang telah berevolusi untuk mengambil peran yang sedikit berbeda . Ortolog:
menunjukkan gen yang sama pada spesies berbeda, misalnya HRAS manusia dan HRas tikus adalah ortolog.
2. Dalam organisme diploid, setiap autosom dan kromosom X pada wanita (dan juga setiap gen pada kromosom ini), mempunyai homolog,
sehingga terdiri dari pasangan kromosom homolog yang terdapat dalam inti sel diploid.
Homoplasmi Kehadiran hanya genom mitokondria yang identik di dalam sel.
Homozigot Memiliki dua alel identik pada satu lokus.
Ideogram Representasi grafis dari kariogram sel atau organisme.
Pencetakan (kromosom atau genomik) Proses di mana tanda epigenetik dilekatkan pada lokus tertentu dengan cara yang spesifik dari
orang tua, yang menyebabkan perbedaan ekspresi gen yang diturunkan dari pihak ibu dan pihak ayah.
10.1042/EBC20170053
Indel Istilah yang menggambarkan varian apa pun yang mewakili penyisipan atau penghapusan (atau kombinasi keduanya) nukleotida pada posisi tertentu,
dibandingkan dengan genom referensi.
Peradangan Ini menggambarkan respon imun, biasanya berupa luka atau infeksi, namun penyebabnya tidak diketahui. Sel kekebalan memasuki jaringan yang
rusak atau terinfeksi dan melepaskan faktor yang dirancang untuk memperbaiki luka dan melawan infeksi. Peradangan yang berlangsung singkat, misalnya
sebagai respons terhadap luka kecil, disebut peradangan akut. Peradangan yang berkepanjangan, terkadang tidak diketahui penyebabnya, disebut
peradangan kronis dan dapat merusak jaringan jika terus berlanjut.
In silico Dilakukan dengan menggunakan komputer; misalnya penerapan perangkat lunak atau algoritma yang menggunakan informasi yang ada untuk
memprediksi pengaruh varian DNA.
Intron Segmen suatu gen, di antara dua segmen pengkode (ekson), dengan kata lain suatu rangkaian intervensi, yang ditranskripsi menjadi RNA dan
kemudian dihilangkan dengan cara penyambungan selama pembuatan mRNA akhir.
Karyogram Suatu representasi (biasanya fotografis) dari kromosom suatu sel, disusun berpasangan.
Karyotype Jumlah dan penampilan kromosom dalam nukleus.
KinaseKinase adalah enzim yang menambahkan gugus fosfat ke substratnya. Protein kinase memfosforilasi (melalui transfer gugus fosfat ke atom oksigen
rantai samping asam amino) substrat proteinnya pada residu serin, treonin, atau tirosin.
Lokus Istilah genetik mengacu pada lokasi spesifik dalam genom, biasanya menentukan posisi gen atau rangkaian DNA yang diinginkan. Jamak: lokus.
Metafase Salah satu fase siklus pembelahan sel mitosis, di mana kromosom menjadi terkondensasi dan terlihat di bawah mikroskop cahaya.
Metastasis (metastasis jamak)/penyakit metastasis Sel kanker yang membelah di luar kendali dan telah menyebar (dari lokasi tumor primer) ke jaringan
atau organ lain di seluruh tubuh.
Meiosis Tahap akhir pembelahan sel germinal untuk menghasilkan empat gamet haploid, yang masing-masing berbeda secara genetik. Sel germinal mengalami
replikasi DNA dan kemudian, sebelum pemisahan 'kromatid saudara' yang direplikasi, kromosom homolog berpasangan dan mengalami rekombinasi, sehingga
DNA tertukar atau 'disilangkan'. Kemudian terjadi dua putaran pembelahan sel: Meiosis I dan Meiosis II. Pada Meiosis I, pasangan kromosom berpisah menjadi
sel anak, pada Meiosis II, kromatid saudara terpisah menjadi sel anak. Pada beberapa organisme dan produksi sperma mamalia, keempat produk meiosis
membentuk gamet. Pada mamalia betina, hanya satu sel yang berkembang menjadi ovum atau oosit, dengan pembelahan sitoplasma yang asimetris, tiga
inti meiosis lainnya diekstrusi sebagai badan polar.
Metilasi/metiltransferase Proses metilasi melibatkan penambahan gugus metil (CH3) pada molekul target, misalnya DNA atau protein, melalui kerja enzim
metiltransferase yang sesuai.
Microarray Seperangkat target, paling sering probe DNA, disusun dalam kotak untuk memfasilitasi pengujian. Microarray DNA, termasuk array SNP,
biasanya berisi ratusan ribu probe yang sampel DNA atau RNAnya dapat dihibridisasi.
Mikrodelesi/mikroduplikasi Penghapusan/duplikasi yang secara umum didefinisikan berada di bawah resolusi kariotipe sehingga kurang dari 4–5 Mb,
namun lebih besar dari 1 kb. Namun, definisi yang tepat mungkin berbeda antar penulis.
Mikrosatelit Pengulangan tandem bilangan variabel yang unit pengulangannya umumnya memiliki panjang antara 2 dan 6 bp, dan menurut beberapa definisi
mencakup pengulangan mononukleotida.
Minisatelit Pengulangan tandem bilangan variabel yang unit pengulangannya umumnya memiliki panjang antara 10 dan 100 bp.
Frekuensi alel minor (MAF) Frekuensi munculnya alel paling umum kedua dalam suatu populasi.
Missense Suatu perubahan (mutasi), seringkali mempengaruhi satu nukleotida, yang menyebabkan perubahan kodon untuk satu asam amino tertentu
menjadi kodon untuk asam amino yang berbeda.
Mitosis Proses pembelahan sel somatik, sebagai bagian dari siklus sel setelah replikasi DNA, dimana sel diploid melewati tahapan: profase, metafase, anafase
dan telofase; untuk memisahkan kromosom menjadi dua inti. Ini diikuti oleh sitokinesis, pembelahan sitoplasma dan organel untuk menghasilkan dua sel
anak diploid.
Terapi penggantian mitokondriaSuatu modifikasi dari IVF dimana mitokondria embrio diperoleh dari orang lain selain ibu atau ayah dari anak tersebut.
Gen pengubah Suatu gen yang variasinya dapat mengubah tingkat keparahan atau fenotipe penyakit yang disebabkan oleh varian patogen pada lokus lain.
Patologi molekuler Studi dan diagnosis penyakit dengan analisis molekul seperti asam nukleat dan protein di dalam jaringan atau cairan tubuh.
Mosaik Suatu kondisi di mana sel-sel dengan genotipe atau kariotipe berbeda terdapat dalam satu individu, seringkali sebagai akibat dari mutasi somatik
atau non-disjungsi mitosis.
Mutagen Agen apa pun yang dapat menyebabkan mutasi DNA. Oleh karena itu, menurut definisi, semua mutagen berpotensi menjadi karsinogen.
Mutan lihat tipe Liar.
Mutasi Setiap perubahan yang diwariskan (melalui pembelahan sel somatik atau germline) dalam urutan DNA. Hal ini tidak harus mengakibatkan perubahan
fenotipik atau perubahan pada rangkaian protein yang dikodekan (yang merupakan mutasi diam-diam). Lihat juga definisi alel tipe liar (dan alel polimorfik,
varian, dan mutan).
10.1042/EBC20170053
Diagnosis prenatal non-invasif (NIPD) Suatu bentuk PND di mana DNA janin diperoleh dari darah ibu dan bukan dari sampel CVS atau cairan
ketuban.
Omong kosong Suatu perubahan (mutasi) yang mempengaruhi satu nukleotida yang menyebabkan perubahan kodon untuk satu asam amino
tertentu menjadi salah satu dari tiga kodon stop.
Onkogen Suatu gen yang produknya dapat berkontribusi positif terhadap proses kanker. Seringkali onkogen merupakan bentuk mutasi dari gen seluler
normal.
Varian patogen Varian yang berhubungan dengan penyakit.
Penetrasi Sejauh mana varian patogen menyebabkan gejala klinis yang dapat diamati, yaitu proporsi individu dengan varian yang menunjukkan
fenotipe penyakit. Varian dengan penetrasi 100% akan mempengaruhi semua pembawa, sedangkan untuk varian dengan penetrasi 80%, fenotipe
tertentu tidak akan terlihat pada 20% pembawa.
Fenotipe Penampilan, sifat dan perilaku suatu sel atau organisme yang merupakan konsekuensi langsung dari genotipenya.
Mutasi titik: Perubahan mutasi satu pasangan basa, ke salah satu dari tiga kemungkinan lainnya, atau penghapusan pasangan basa, atau
penambahan pasangan basa baru dalam barisan.
Poligenik Situasi dimana suatu sifat atau fenotipe dikendalikan oleh banyak gen.
Polimorfisme Setiap varian alel yang terdapat dalam suatu populasi dengan frekuensi minimal 1% dari seluruh alel.
Poliploidi Keadaan sel atau organisme yang mengandung lebih dari dua set lengkap semua kromosom. Triploidi menunjukkan adanya tiga set
kromosom, tetraploidi empat.
PrimerUrutan pendek DNA atau RNA yang dapat bertindak sebagai tempat awal sintesis untai DNA baru.
Kematian sel terprogram lihat Apoptosis.
Transfer pronuklear Suatu teknik di mana sel telur ibu dan juga sel telur donor dibuahi dengan sperma ayah.
Selanjutnya inti dari setiap sel telur yang telah dibuahi dikeluarkan dan inti sel telur donor kemudian diganti dengan inti sel telur donor
ibu.
Pseudogen Suatu lokus yang menyerupai gen pengkode protein, dan kemungkinan besar muncul melalui peristiwa duplikasi gen kuno, namun
karena mutasi, tidak mampu menghasilkan protein asli. Namun, Pseudogen mungkin memiliki peran pengaturan dalam ekspresi gen lain.
Quiescence Menjelaskan keadaan ketika sel tidak berada dalam siklus sel ( G0 reversibel).
Resesif Versi alel atau gen mutan yang hanya mengarah pada fenotipe ketika berada dalam keadaan homozigot (atau heterozigot dengan alel
patogen lain) disebut resesif. Juga digunakan untuk menggambarkan suatu kondisi.
Urutan referensi Urutan genom yang mewakili garis dasar untuk membandingkan urutan individu manusia; Urutan acuan tersebut dimaksudkan
bukan sebagai 'norma', namun hanya sebagai acuan untuk menggambarkan variasi manusia.
Senescence Menggambarkan keadaan ketika sel tidak dapat lagi membelah, sel berada pada G0 secara ireversibel. Mereka mungkin masih bisa berfungsi.
Kromosom seks Kromosom menentukan jenis kelamin genetik suatu organisme. Kromosom seks manusia adalah X dan Y, sel somatik laki-laki
masing-masing membawa satu, sel somatik perempuan membawa dua kromosom X.
Transduksi sinyalProses dimana sel mengubah sinyal eksternal menjadi tindakan respons. Misalnya, ketika faktor pertumbuhan berikatan
dengan reseptornya di permukaan sel, hal ini akan mengirimkan serangkaian sinyal di dalam sel, ke nukleus (atau target lain, seperti mitokondria),
yang dapat mengakibatkan perubahan ekspresi gen. mengakibatkan sel mengikuti tindakan baru (seperti memulai siklus sel).
Mutasi senyap Mutasi yang tidak menghasilkan efek fenotipik yang dapat diamati.
Sel somatik Terdiri dari semua sel tubuh, selain sel yang berkontribusi pada garis germinal.
Transfer spindel Suatu teknik di mana nukleus dikeluarkan dari sel telur ibu yang tidak dibuahi dan kemudian dimasukkan ke dalam sel telur donor
yang nukleusnya telah dikeluarkan. Pembuahan dengan sperma ayah kemudian terjadi.
Mutasi sinonim Mutasi pada daerah pengkode yang meskipun terjadi perubahan urutan DNA tidak mengubah urutan polipeptida yang
dihasilkan (karena redundansi kode genetik).
Tetraploidi Memiliki empat set kromosom lengkap – yaitu empat kali jumlah haploid.
Telomer Urutan spesifik, berulang, terdapat di ujung kromosom linier yang melindungi ujung kromosom dan memainkan peran kunci dalam
pemeliharaan dan stabilitas kromosom.
Translokasi Ini menggambarkan penataan ulang yang besar, yang sering terlihat melalui analisis kariotip, dimana sebagian besar satu
kromosom telah berpindah dan bergabung dengan kromosom lain. Translokasi timbal balik adalah ketika dua kromosom telah bertukar sebagian
besar secara efektif. Dalam translokasi Robertsonian, dua kromosom akrosentrik kehilangan lengan pendeknya dan menyatu di titik pusat.
tromere.
Faktor transkripsiProtein yang, biasanya, berikatan dengan DNA (sering kali sebagai bagian dari kompleks protein) dan mengatur (naik atau turun)
ekspresi gen yang biasanya terletak di, atau dekat, tempat pengikatan.
Triploidi Memiliki tiga set kromosom lengkap – yaitu tiga kali jumlah haploid.
Trisomi Tiga salinan kromosom tertentu, misalnya tiga salinan kromosom 21 pada sindrom Down.
Gen penekan tumor (TSG) Gen yang produknya dapat menghambat pertumbuhan sel tumor, seringkali melalui penghambatan perkembangan
siklus sel. Satu atau lebih TSG sering kali dibungkam dalam sel kanker.
10.1042/EBC20170053
Ubiquitin Sebuah protein kecil yang terdiri dari 76 asam amino, yang dapat berikatan secara kovalen dengan protein lain, melalui ligase ubiquitin,
menghasilkan berbagai efek pengaturan potensial yang mencakup penargetan degradasi, dan perubahan lokalisasi atau aktivitas protein yang
ada di mana-mana.
Disomi uniparental (UPD) Suatu situasi di mana kedua homolog suatu kromosom berasal dari orang tua yang sama.
Varian Setiap urutan DNA yang berbeda dari urutan genom referensi.
Varian yang signifikansinya tidak pasti (VUS) Klasifikasi yang diterapkan pada varian yang pengaruh fenotipenya tidak jelas, dan tidak cukup
bukti untuk mendukung klasifikasi jinak atau patogen.
Alel tipe liar Suatu istilah yang digunakan oleh para ahli genetika penelitian untuk menunjukkan alel yang paling umum ditemukan dalam suatu
populasi. Alel berbeda yang umumnya ditemukan dalam suatu populasi disebut sebagai polimorfisme, atau alel yang lebih langka, varian. Ahli
genetika medis cenderung tidak menggunakan istilah tipe liar dan malah mengacu pada genom referensi manusia (lihat juga Alel) . Alel mutan
adalah alel yang telah mengalami perubahan urutan akibat mutasi somatik. Varian patogen konstitusional sering disebut oleh para ahli genetika
penelitian sebagai alel 'mutan' (dan istilah ini dapat ditemukan dalam literatur ilmiah), namun terminologi ini tidak disukai oleh para ahli genetika
medis.
Inaktivasi kromosom X Pembungkaman ekspresi yang hampir sempurna pada salah satu dari dua kromosom X pada setiap sel mamalia
betina, kecuali gamet. Proses ini dimulai pada awal perkembangan embrio dan berlanjut sepanjang kehidupan dewasa.

Translate - The Genetic Basis of Disease Jackson, 2018

Diunggah oleh

Informasi Dokumen

Judul Asli

Hak Cipta

Format Tersedia

Bagikan dokumen Ini

Bagikan atau Tanam Dokumen

Opsi Berbagi

Apakah menurut Anda dokumen ini bermanfaat?

Apakah konten ini tidak pantas?

Hak Cipta:

Format Tersedia

Translate - The Genetic Basis of Disease Jackson, 2018

Diunggah oleh

Hak Cipta:

Format Tersedia

Machine Translated by Google

Esai Biokimia (2018) 62 643–723 https://doi.org/

Dasar genetik penyakit

Korespondensi: Gerhard HW May (gerhard.may@glasgow.ac.uk)

memberikan umpan balik mengenai

Gambar 1. Beberapa jenis varian yang ditemukan pada

Genom dan variasi manusia Genom manusia dan urutan

Gambar 2. Pita Giemsa (G-banding) membentuk kariogram (A)

Variasi versus mutasi Definisi mutasi

Tabel 1 Kandungan DNA dan gen kromosom manusia

1 248956422 2047 1964 1233

Tabel 2 Badan Internasional untuk Penelitian Klasifikasi Varian Kanker

Tabel 3 Perbandingan minisatelit dan mikrosatelit

Nomor dalam genom manusia Sekitar 1500 Sekitar 500.000

Variasi antara individu yang sehat

Variasi antar populasi

Mutasi de novo dan mosaikisme Sebagian besar varian

Kelainan numerik Kelainan dimana

Gambar 3. Struktur kromosom dan tata nama pita Ideogram

Contoh sindrom yang disebabkan oleh aneuploidi Kebanyakan aneuploidi

Gambar 4. Prinsip meiosis dan non-disjungsi Untuk

Gambar 5. Hasil pembuahan (A)

Tabel 4 Aneuploidi yang layak

Kelainan struktural Kerusakan DNA,

Gambar 6. Pemisahan translokasi timbal balik (A)

Tabel 5 Beberapa sindrom mikrodelesi dan mikroduplikasi

Ciri-ciri fenotipik yang khas

Mikrodelesi, mikroduplikasi, CNV Analisis genetik molekuler pasien

Kromosom seks X dan Y Pendahuluan Penentuan jenis kelamin

Gambar 7. Kromosom X dan Y menentukan perkembangan seksual pria atau wanita

Gambar 8. Peta skema kromosom X dan Y Gambar

Daerah pseudoautosomal Selama oogenesis

SRY, DAX1 dan penentuan jenis kelamin Gen SRY terletak

Proses inaktivasi X Pada awal perkembangan

Varian gen tunggal patogen Haemofilia A, contoh

Sindrom Rett, sebuah contoh pewarisan dominan terkait-X Sindrom Rett

Kelainan gen tunggal Pendahuluan Banyak

Cara pewarisan dan contoh Penyakit Mendel dapat dikenali

Autosomal dominan Seseorang

Tabel 6 Contoh Penyakit Mendel

Pola warisan Penyakit Gen/wilayah Sifat varian Perkiraan frekuensi

Akondroplasia FGFR3 Mengaktifkan mutasi titik 1/15000 hingga 1/40000

Sindrom Rett MECP2 Mutasi missense, tidak normal 1/8500 perempuan

Hipofosfatemia terkait-X PHEX Penghapusan, penyisipan, missense, 1/20000

Gambar 10. Pewarisan dan silsilah autosomal dominan

X-linked dominan Varian patogen

Gambar 11. Warisan dan silsilah autosomal resesif (A)

Gambar 12. Warisan dan silsilah resesif tertaut-X (A)

Jenis varian dan dampaknya Gangguan Mendel disebabkan

Mutasi titik Mutasi titik

Penyisipan, penghapusan dan indels Istilah 'indel'

Contoh kelainan gen tunggal Kasus khusus dari mutasi

Gambar 13. Penyisipan dan

Penyakit Huntington Penyakit

Tabel 7 Contoh gangguan ekspansi berulang nukleotida

Gambar 14. Gejala CF bergantung pada aktivitas sisa CFTR Sisi

Gambar 15. Struktur mitokondria

Gangguan mitokondria Mitokondria –

Genom mitokondria Terletak di

Gambar 16. Rantai transpor elektron

Gambar 17. Genom mitokondria

Gambar 18. Warisan mitokondria

Gambar 19. Heteroplasma