Diterjemahkan dari bahasa Inggris ke bahasa Indonesia - www.onlinedoctranslator.

com

PENDAHULUAN DAN GENOME

MANUSIA

Ahmad Hamim Sadewa

 PENGANTAR
GENETIKA MANUSIA

Ahmad Hamim Sadewa

 GARIS
BESAR
1. Prinsip genetika medis
2. Kelainan Genetik

3. Kelainan Gen Tunggal

4. Kelainan Kromosom

5. Gangguan Multifaktorial
 Genetika Medis

Spesialisasi di bidang medis yang berkaitan dengan

diagnosis, pengobatan dan penanganan kelainan
keturunan
Berada pada garis terdepan penelitian-penelitian mengenai
sifat-sifat herediter dan keanekaragaman manusia
bersama-sama dengan cabang ilmu lain seperti biokimia,
biologi molekuler dan biologi sel.
Human Genome Project : menentukan urutan/isi dari
genom manusia secara lengkap 🡪 menentukan variasi-
variasi gena yang berperan dalam kondisi sehat dan sakit.
Genetika Anak

Pada awalnya, genetika manusia fokus pada kasus

penyakit genetik yang terdeteksi saat masa anak-anak
(genetika pediatrik)
Saat ini, genetika manusia diterapkan pada berbagai
bidang ilmu
Kerajaan
Hemofilia
Peta Kromosom
• Dimulai pada tahun 1990, Proyek Genom Manusia
merupakan upaya selama 13 tahun. Proyek ini awalnya
direncanakan akan berlangsung selama 15 tahun,
namun kemajuan teknologi yang pesat mempercepat
tanggal penyelesaian hingga tahun 2003. Tujuan proyek
adalah untuk
• mengenaliseluruh sekitar 30.000 gen dalam DNA
manusia,
• menentukanurutan 3 miliar pasangan basa kimia yang
membentuk DNA manusia,
• tokoinformasi ini dalam database,
• memperbaikialat untuk analisis data,
• transferteknologi terkait dengan sektor swasta,
• alamatmasalah etika, hukum, dan sosial (ELSI) yang
mungkin timbul dari proyek.
 Genetika Medis (lanjutan)

Genetika Manusia : ilmu tentang variasi dan keturunan

manusia
Genetika Medis : berkaitan dengan bagian dari variasi
genetik manusia yang penting dalam praktik kedokteran
dan penelitian medis, berisi banyak disiplin ilmu :
Sitogenetika: studi tentang kromosom
Genetika molekuler dan biokimia : studi tentang struktur
dan fungsi gen individu
Genomics : studi tentang genom, organisasi dan
fungsinya
 Genetika Medis (lanjutan)

Genetika Populasi : mempelajari variasi genetik dalam

populasi manusia dan menentukan faktor-faktor yang
menentukan frekuensi alel
Genetika Perkembangan: studi tentang kontrol genetik
terhadap perkembangan manusia
Genetika Klinis: penerapan genetika pada diagnosis dan
perawatan pasien
Kepentingan Mempelajari Genetika Manusia

1. memahami fungsi gen sebagai dasar proses

kehidupan
2. memahami peran gen dalam kondisi sehat dan sakit
3. Mengidentifikasi distribusi suatu alel dalam populasi
4. Mengetahui fenotip yang muncul akibat pengobatan
dan polimorfisme
5. Memahami interaksi gen-gen dan gen-lingkungan
6. Memahami peran gen pada kanker dan proses
degeneratif
7. Diagnosis prenatal dan skrining populasi dan terapi
(sidik jari DNA)
 Kelainan Genetik

Hampir semua penyakit disebabkan oleh

kombinasi gen dan lingkungan, namun peran
relatif dari komponen genetik bisa besar atau
kecil.

Kelainan yang seluruhnya atau sebagian disebabkan oleh

faktor genetik dapat dibedakan menjadi tiga jenis utama :
1. Kelainan gen tunggal
2. Kelainan kromosom
3. Gangguan multifaktorial
Aplikasi

1. Nutrigenomik
2. Farmakogenomik
3. Imunogenetik
4. Onkogenetik
5. Genetik populasi
6. Genetika forensik
7. Terapi gen
Penerapan lain dari Genetika Manusia
1. Genetika Olahraga
2. Diagnostik dan Konseling Prenatal
3. Sidik jari DNA 🡪 identifikasi korban bencana (DVI)
4. Faktor risiko penyakit dan prediksinya
5. Dll.
Mutasi gen yang mengurangi
ekspresi pada beberapa
kanker
Daftar miRNA yang digunakan untuk
uji klinis
 Gangguan Gen
Tunggal
Disebabkan oleh gen mutan individu; dapat dikenali dari
silsilah keluarga
Mutasi gen mungkin terjadi hanya pada satu kromosom
atau pada kedua kromosom (dominan atau resesif); pada
autosom atau kromosom seks
Mutasi gen mungkin terdapat pada genom inti atau genom
mitokondria
Mutasi gen menyebabkan kesalahan kritis pada informasi
genetik yang dibawa oleh satu gen
 Gangguan Gen Tunggal
(lanjutan)
Frekuensinya jarang terjadi, yang tertinggi adalah satu
dari 500 individu (1:500). Namun, jika digabungkan dalam
seluruh populasi, frekuensi keseluruhannya adalah
sekitar 2%.
Total frekuensi di antara populasi adalah 0,36%, di antara
anak-anak yang dirawat di rumah sakit adalah 6 – 8%.

Kelainan gen tunggal di Indonesia : Thalassemia, Distrofi

Musculorum Duchenne (DMD), Defisiensi Glukosa-6
fosfat Dehidrogenase (G6PD)
Warisan Dominan Autosomal
Warisan Dominan Terkait-X
Warisan Resesif Terkait-X
 Kelainan Kromosom

Disebabkan oleh cacat pada segmen kromosom (heteroploid,

aneuploid, inversi, penghapusan dll)
Down Syndrome disebabkan oleh trisomi kromosom no
21
Frekuensi keseluruhan dalam populasi adalah sekitar 7 dari
1000 bayi lahir hidup dan sekitar setengah dari semua aborsi
spontan pada trimester pertama
Triploidi
Disjungsi Kromosom
 Gangguan
Multifaktorial
Bertanggung jawab atas sejumlah gangguan perkembangan
yang mengakibatkan cacat bawaan dan banyak gangguan
umum pada kehidupan dewasa

Penyakit ini disebabkan oleh kombinasi variasi gen yang

secara bersama-sama dapat menghasilkan atau
mempengaruhi terjadinya cacat serius, sering kali disertai
dengan faktor lingkungan.
Kelainan multifaktorial cenderung kambuh dalam keluarga
namun tidak menunjukkan pola silsilah yang khas dari
kelainan gen tunggal
Frekuensinya adalah 5% pada populasi anak-anak hingga
lebih dari 60% pada seluruh populasi
Kelainan multifaktorial cenderung kambuh dalam keluarga
namun tidak menunjukkan pola silsilah yang khas dari
kelainan gen tunggal
Frekuensinya adalah 5% pada populasi anak-anak hingga
lebih dari 60% pada seluruh populasi
Misalnya hipertensi, diabetes melitus
ASAM NUKLIK DAN
GENOME MANUSIA

Ahmad Hamim Sadewa

Jurusan Biokimia Fakultas Kedokteran

Universitas Gadjah Mada
 Isi

A. Struktur Asam Nukleat

B.Organisasi Asam Nukleat
C. Fungsi Asam Nukleat
D. Metabolisme Asam Nukleat
 ASAM
NUKLEAT
Asam nukleat merupakan makromolekul yang
terdiri dari nukleotida (polinukleotida)
Purin dan pirimidin adalah heterosiklik yang
mengandung nitrogen, senyawa siklik yang cincinnya
mengandung karbon dan unsur lain (atom hetero).
Adenin dan guanin adalah purin; timin, urasil dan
sitosin adalah pirimidin
Nukleosisimerupakan turunan purin dan pirimidin
yang gulanya terikat pada cincin nitrogen.
Gula dihubungkan melalui aikatan beta-N-
glikosidik,menjadi N-1 dari pirimidin atau menjadi N-9
dari purin
Mononukleopasang surutadalah nukleosisidengan
fosforil
gugus diesterifikasi menjadi gugus hidroksil gula.
Purin, Pirimidin dan Nukleosida
 Nukleotida

Angka dengan bilangan prima (misalnya 2′ atau 3′)

menunjukkan gula, angka tanpa bilangan prima
menunjukkan basa.
Awalan “d” (deoksi) menunjukkan bahwa gula tersebut
adalah 2′-deoksi-D-ribosa, tanpa awalan “d” menunjukkan
bahwa gula tersebut adalah D-ribosa.
AMP, ADP dan ATP
Tata Nama Basa, Nukleosida dan Nukleotida
 ASAM
NUKLEAT
Ada dua asam nukleat berdasarkan ribosa: DNA
adalah deoksiribosa; RNA ribosa
DNA adalah dasar kimiawi dari hereditas,
disusun menjadi gen, unit dasar informasi
genetik
DNA mengandung 4 deoksinukleotida : deoksi
adenilat, guanilat, sitidilat, dan timidilat
RNA mengandung urasil, bukan timin
Jalur informasi dasar : DNA ke RNA ke protein
adalah dogma utama biologi molekuler
 DNA

Materi genetik, pada eukariota DNA terdapat

dalam nukleus, pada prokariota DNA tersebar di
sitoplasma (baru-baru ini dikenal sebagai
nukleoid)
Pada manusia, DNA juga ada di mitokondria
(DNA mitokondria =mtDNA)
DNA terikat pada nukleoprotein (histone)
membentuk nukleosom. Bersama dengan
protein nonhiston dan RNA membentuk
kromatin (eu- dan hetero- kromatin ).
Protein nonhiston termasuk enzim yang penting
untuk replikasi dan translasi DNA.
 Kromatin
Kromatin yang tidak aktif secara transkripsi dikemas
secara padat selama interfase seperti yang diamati dengan
mikroskop elektron
studi Heterokromatin
dan disebut sebagaiheterokromatin
konstitutifselalu kental dan
karenanya tidak aktif. Hal ini ditemukan di daerah
dekat sentromer kromosom dan di ujung kromosom
(telomer).
Heterokromatin fakultatifkadang-kadang
terkondensasi, tetapi di lain waktu ditranskripsi secara
aktif sehingga tidak terkondensasi dan muncul
sebagai eukromatin.
Kromatin yang aktif secara transkripsi memiliki noda
yang kurang padat dan disebut sebagaieukromatin.
Salah satu tujuan molekul penyusun kromatin,
khususnya histon, adalah untuk memadatkan
DNA.
genom: semua DNA terkandung di dalam sel. Manusia
memiliki 3 miliar pasangan basa genom inti dan 16.500
pasangan basa genom mitokondria.

Kromatin menunjukkan partikel bola padat yang

disebutnukleosom,yang berdiameter sekitar 10
nm dan dihubungkan oleh filamen DNA

Histon inti : H2A, H2B, H3 dan H4 membuat

histon oktamer, terikat erat.
Histon H1 paling tidak terikat erat dengan histon
Struktur DNA Nuklir
diusulkan olehWatson dan Crick
Setiap molekul linier terdiri dari 2 untai yang
dihubungkan oleh ikatan hidrogen antara basa
purin dan pirimidin
adenin bergabung dengan timin, melibatkan
pembentukan 2 ikatan hidrogen
guanin bergabung dengan sitosin, melibatkan
pembentukan 3 ikatan hidrogen
Kedua untai DNA tersebut bersifat
komplemen, adenin = timin dan guanin =
sitosin
Basa dihubungkan dengan deoksiribosa melalui
ikatan N-glikosidik, basa purin dan pirimidin
disatukan oleh tulang punggung fosfodiester antara
2 gugus deoksiribosil
2 helai tersebut adalahantiparalel, satu untai
berjalan pada jarak 5' – 3', untaian lainnya
berjalan pada jarak
Kedua untaian 3' – 5'yang basanya
tersebut,
disatukan oleh ikatan hidrogen, berputar
mengelilingi poros tengah membentuk aheliks
ganda dengan
Satu untai tangan
bertindak kanan
sebagai auntai templat,
yang sebaliknya dianggap sebagaiuntaian
pengkodean
DNA tangan kanan heliks ganda (DNA
B)

alur utama
Tempat
pengik
atan
alur kecil protein
 3'
untaian
antiparalel
5'

5'

3'
DNA menyediakan templat untuk replikasi, transkripsi
Karakteristik DNA
Denaturasiterjadi dengan menurunkan
konsentrasi garam atau meningkatkan suhu,
menghasilkan DNA beruntai tunggal.
Penurunan suhu
mengakibatkanrenaturasiataupenempaan ulang.

Hibridisasi: DNA beruntai tunggal bergabung

dengan DNA atau RNA komplemen lainnya.
 Organisasi DNA
DNA (gen) disusun menjadi wilayah pengkode (ekson)
yang akan diterjemahkan menjadi protein dan wilayah
nonkode (intron/intervening sequence = IVS) yang tidak
akan diterjemahkan menjadi protein.
Selama pematangan mRNA, daerah nonkode akan
dihilangkan melalui proses yang disebut splicing.

Pada manusia, 30.000 gen telah dikarakterisasi; namun,

para ilmuwan percaya bahwa jumlah gen setidaknya harus
80.000.
Semua gen hanya terdiri dari 3% genom manusia, lainnya
adalah intron dan DNA ekstragenik
Exon dan Intron dalam
Gen
Penyambung
an RNA
DNA Berulang Manusia
Ada 3 kategori utamaurutan berulangatauberulang:
1. Pengulangan terminal : misalnya pengulangan telomer (TTAGGG)n
2. Pengulangan Tandem: salinan-salinan yang terletak berdekatan satu sama
lain, baik secara langsung maupun terbalik
• DNA satelit - biasanya ditemukan di sentromer dan heterokromatin
• Minisatelit - unit berulang dari sekitar 10 hingga 60 pasangan basa,
ditemukan di banyak tempat dalam genom, termasuk sentromer
(misalnya VNTR)
• Mikrosatelit - ulangi unit kurang dari 10 pasangan basa; ini termasuk
telomer, yang biasanya memiliki 6 hingga 8 unit pengulangan pasangan
basa (misalnya STR)
3. Pengulangan yang diselingi (atau unsur inti/elemen transposabel yang
diselingi
• transposon DNA
• Retrotransposon
• LTR-retrotransposon (HERV)
• non LTR-retrotransposon
• SIN (SpendekSAYAdiselingiNjernihEelemen)
• GARIS (LongSAYAdiselingiNjernihEelemen)
• SVA (terdiri dari 3 komponen : SINE, VNTR, Alu)
Pada primata, mayoritas LINE adalah LINE-1 dan mayoritas SINE adalah milik
Perbedaan antara variabel jumlah tandem repeat
(VNTR) dan short tandem repeat (STR)
 Persamaan antara VNTR dan STR

1. VNTR dan STR adalah dua jenis pengulangan tandem.

2. VNTR dan STR adalah wilayah struktural genom eukariotik.
3. Baik VNTR dan STR terdiri dari DNA nonkode.
4. Baik VNTR maupun STR diwarisi dari orang tuanya.
5. Baik VNTR dan STR terdiri dari urutan berulang, disusun berdekatan satu
sama lain dalam sebuah larik.
6. VNTR dan STR menghasilkan polimorfisme genetik.
7. VNTR dan STR tersebar di seluruh genom.
8. VNTR dan STR digunakan sebagai penanda genetik dalam genetika forensik.
9. Mutasi pada VNTR dan STR menyebabkan penyakit genetik.
 Elemen Transposon/Transposable
atau “gen pelompat”

❑Urutan DNA yang dapat bergerak dalam genom

❑Disebut jugaelemen DNA seluleratauelemen yang dapat dipindahkan
❑Transposisi: Proses dimana urutan ini disalin dan disisipkan ke situs
baru dalam genom
❑Mungkin memiliki pengaruh yang signifikan terhadap evolusi
Bagaimana transposon ditemukan

❑tahun 1940-an,Barbara
McClintockmenemukan unsur
transposabel pertama dijagung,
memperoleh hadiah Nobel
pada tahun 1983.
❑Akhir tahun 1960an,
transposisi juga ditemukan
diBakteri.
Barbara McClintock
http://en.wikipedia.org/wiki/Barbara_McClintock
 Dua Kategori:
Transposon DNA dan
Retrotransposon

A. Transposon DNA
✔ Sebagian besar elemen seluler
dibakteriadalah transposon DNA
"potong dan "Salin dan
✔ Sebaliknya, sebagian besar elemen
tempel" tempel"
seluler dieukariotaadalah
retrotransposon, tetapi transposon
DNA eukariotik juga terjadi.
✔ Sekitar 42% genom manusia terdiri
dari retrotransposon, sedangkan
transposon DNA berjumlah sekitar
2–3%.
sangat burukdkk., Biologi Sel Molekuler, 7thed.
Gambar 10-8
B. Retrotransposon

1. Retrotransposon pengulangan terminal panjang (LTR):

2. Retrotransposon non-LTR: jenis transposon yang paling umum pada mamalia

Struktur umum retrotransposon LTR eukariotik

sangat burukdkk., Biologi Sel Molekuler, 7thed. Gambar 10-11
1. Transposon LTR

sangat burukdkk., Biologi Sel Molekuler, 7thed. Gambar 10-

12

Retrovirus endogen (ER) adalah jenis retrotransposon LTR yang

penting pada mamalia, termasuk pada manusia di mana Human ERVs
(HERVs) membentuk 8% genom.
Retrotransposon
2. Retrotransposon Non-LTR

A. elemen yang diselingi panjang(GARIS): L1 (paling umum), L2, L3

≈6 kb pada manusia
memperhitungkan21%dari genom
Contoh : Terdapat >500.000 salinan L1 dalam genom manusia, yang dihasilkan dari aktivitas
mobilisasi mereka yang berkelanjutan. Elemen L1 membentuk ~17% genom manusia, yang
menjadikannya TE paling sukses dalam genom manusia berdasarkan massa.

B. elemen diselingi pendek(SINE) : Alu (paling umum), B1, B2

≈300 bp pada manusia
memperhitungkan13%dari genom
Contoh :Arthrobacter luteus (Alu)keluarga adalah keluarga elemen berulang dalam genom
manusia. ModernAluelemen memiliki panjang sekitar 300 bp. Ada lebih dari satu
jutaAluelemen tersebar di seluruh genom manusia, dan diperkirakan sekitar 10,7% genom
manusia terdiri dariAluurutan.
 Organisasi Genom Manusia

Genom Manusia
3000 Mb

Gen dan urutan DNA

terkait 900 Mb ekstragenik
2100 Mb

Pengkodean DNA Tanpa DNA Nomor salinan

DNA 90 Mb Pengkodean berulang unik dan rendah
810 Mb 420 Mb 1680 Mb

Pseudogen Fragmen Intron, pemimpin,

gen trailer
DNA mitokondria

Lingkaran tertutup/melingkar, ada dalam bentuk

relaks dan superkoil, terdiri dari kira-kira 16.500
bp. Mirip dengan plasmid bakteri.
Mengandung 37 gen (mengkodekan 13 mRNA
kompleks pernapasan, 2 gen rRNA, dan 22 gen
tRNA)
Tidak mengandung intron
Diwarisi hanya dari ibu
Struktur DNA mitokondria manusia
 RNA

Ditranskripsi dari DNA, struktur berbeda

Terlibat dalam sintesis protein (mRNA : cetakan

untuk prot synt, tRNA : molekul adaptor untuk
transkripsi, rRNA : pembentukan ribosom)

Terlibat dalam replikasi (oligonukleotida)

danPemrosesan RNA(snRNA, snRNP atau
snurp, hnRNA : prekursor mRNA)
Bertindak sebagai enzim (ribozim: peptidil
transferase)
 DNA vs RNA
DNA RNA
deoksiribosa ribosa
timin urasil
untai ganda untai tunggal
guanin = sitosin, adenin = timin Tidak sama
Denaturasi menjadi untai tunggal
Hidrolisis dengan alkali menjadi
mononukleotida
1.mRNA
Menyampaikan informasi dalam gen ke mesin
sintesis protein
Disintesis dalam nukleus, diterjemahkan dalam
sitoplasma
Pembatasandi ujung 5': 7-metilguanosin dan
2-O-metilpurin
Ekor Poli(A).: residu adenilat tambahan pada
ujung 3' (20 – 200 molekul)
Capping dan ekor poli(A) penting untuk
menstabilkan RNA (mencegah serangan
eksonuklease), juga untuk mengarahkan RNA ke
ribosom.
UTR : wilayah yang belum diterjemahkan,
bagian 3` dan 5` RNA yang tidak dapat
ditranskripsi
mRNA
mRNA
2.tRNA
Adaptor untuk terjemahan mRNA. Ada 20
spesies tRNA yang sesuai dengan masing-
masing dari 20 asam amino
Struktur primernya memungkinkan lipatan dan
saling melengkapi intrastrand, sehingga tampak
seperti daun semanggi
D-loopterdiri dari dihydrouridine
Loop antikodonberinteraksi dengan mRNA
TψC loopterdiri dari ribotimidin dan
pseudouridin
Lingkaran
variabel akseptor(ujung 3') asam amino menempel
Lengan
tRNA
3.rRNA
Ribosom: struktur nukleoprotein (rRNA dan
protein) bertindak sebagai mesin untuk
sintesis protein
Ribosom mamalia mengandung 2 nukleoprotein
utama, salah satunya berukuran besar60an(5S,
5,8S, 28S rRNA dan 50 polipeptida) dan
sebagian kecil40an(18S rRNA dan 30
polipeptida)
4. RNA stabil kecil
RNA stabil kecil ada sebagai
ribonukleoprotein, didistribusikan dalam
nukleus dan sitoplasma penyambungan RNA
snRNA(snRNP/snurps):
dan regulasi gen
5.RNA nonkode pendek/MicroRNA(miRNA)
adalah molekul RNA pendek, memiliki sangat sedikit nukleotida
(rata-rata 22). MiRNA adalah regulator pasca-transkripsi yang
berikatan dengan rangkaian komplementer pada mRNA target,
biasanya mengakibatkan represi translasi, degradasi target,
dan pembungkaman gen.
6. RNA tanpa kode panjang (lncRNA)
Pengatur ekspresi gen.
Ribosom 40S Ribosom 80S
Referensi

Nussbaum RL, McInnes RR, Willard HR. 2007.

Thompson dan Thompson Genetika dalam
Kedokteran 7thEd. Saunders, Philadelphia.
Strachan T dan Baca AP. 2004. Genetika Molekuler
Manusia 3rdEd. Penerbitan Sains Garland, AS.
Coklat, TA. Genom 3rdEd. 2007. Penerbitan Sains
Garland, AS.