Analisa Biomol Pada Penderita Diabetes Melitus

Farkhan Faiq Imani

102022023
Fakultas Kedokteran dan Ilmu kesehatan Universitas Kristen Krida Wacana
Jl. Arjuna Utara No. 6 Jakarta Barat 11510
Email : farkhan.102022023@civitas.ukrida.ac.id
Abstrak
Biologi molekuler adalah ilmu multidisiplin yang berasal dari biokimia, genetika dan
biologi sel yang mempelajari mengenai aktivitas biologi pada level molekuler, termasuk
interaksi antara perbedaan tipe DNA, RNA, protein dan lainnya. Mekanisme yang terjadi
sangat penting untuk kita pelajari sehingga akan dapat menunjukkan gen apa yang
mempengaruhi suatu penyakit, identifikasi gen, DNA, serta teknik analisis apa yang bisa
digunakan untuk mengetahui penyakit tersebut, seperti diabetes melitus pada skenario ini,
contohnya dengan isolasi DNA menggunakan sampel darah yaitu dengan menggunakan uji
komet. Selain itu, terdapat PCR untuk memperbanyak DNA, gelombang elektroforesis untuk
memisahkan DNA dengan menggunakan muatan listrik dan juga akan mengetahui lebih
banyak mengenai cara kerjanya dan lainnya. Terdapat faktor pertumbuhan endotel vaskular
(VEGF) dan reseptornya (VEGFR) memiliki peran penting dalam angiogenesis fisiologis dan
patologis. Keluarga VEGF terdiri dari VEGF-A (umumnya disebut VEGF), VEGF-B, VEGF-
C, VEGF-D, dan faktor pertumbuhan plasenta (PlGF). 

Kata Kunci : biologi molekuler, DNA, PCR, VEGF-A

Abstract
Molecular biology is a multidisciplinary science derived from biochemistry, genetics
and cell biology that studies biological activities at the molecular level, including
interactions between different types of DNA, RNA, proteins and others. The mechanism
that occurs is very important for us to study so that it will be able to show what genes
affect a disease, identify genes, DNA, and others, as well as what analytical techniques can
be used to find out the disease, for example by isolation of DNA using blood samples,
namely by using a test. comet. In addition, there is PCR to amplify DNA, electrophoresis
waves to separate DNA using an electric charge and will also find out more about how it
works and others. Vascular endothelial growth factor (VEGF) and its receptor (VEGFR)
have important roles in physiological and pathological angiogenesis. The VEGF family
consists of VEGF-A (commonly referred to as VEGF), VEGF-B, VEGF-C, VEGF-D, and
placental growth factor (PlGF).
Key words : molecular biology, DNA, PCR, VEGF-A
Pendahuluan
Biologi molekuler merupakan salah satu cabang ilmu pengetahuan yang
mempelajari hubungan antara struktur dan fungsi molekul-molekul hayati serta
kontribusi hubungan terhadap pelaksanaan dan pengendalian berbagai proses
biokimia. Pada tahun 1970-an telah terjadi kontribusi yang sangat besar bagi
1

perkembangan biologi molekuler yang dimulai dari sistem biologi, khususnya

mekanisme alih informasi kehidupan pada bakteri dan bakteriofag, teknologi DNA
rekombinan (rekayasa genetika) dan lainnya. DNA adalah salah satu bahan utama yang
1

akan dibahas dalam mempelajari biologi molekuler. Kajian ini telah memberikan bukti
1

konklusif bahwa informasi genetik pada awalnya ditentukan oleh disposisi basa dalam
asam deoksiribonukleat (DNA), dan ditranskripsikan dalam molekul yang berbeda dari
asam ribonukleat (RNA), contohnya adalah messenger RNA, transfer RNA dan ribosomal
RNA. Setelah itu, informasi genetik diterjemahkan ke dalam berbagai protein dan enzim
1

tertentu. Di dalam kromosom terdapat mikrofibril elementer dan fibril yang lebih
1

kompleks yang menghasilkan struktur serat terlipat selama pembelahan sel mitosis dan
meiosis. Di dalam kromosom tunggal manusia terdapat beberapa sentimeter panjang
1

DNA yang dikemas rapat.   Setelah itu, kita dapat mengetahui mengenai pemanfaatan sel
1

punca (stem cell) yang bersifat totipotent, pemetaan pola-pola penyakit dan peta genom
dari mikroorganisme yang dapat membantu kita dalam memahami patogenesis dan
penyebab munculnya kemampuan virulensi mikroorganisme. Setelah itu, biologi
1

molekuler memberi pengetahuan yang komprehensif tentang sistem adaptasi dan

sumber patogen, pengetahuan imunologi yang komprehensif membuat kita lebih
mengetahui lagi mengenai pembentukan sistematika dasar pengenalan antigen dan
proses pembentukan responnya. Dasar biologi molekuler dan bioteknologi dapat
1

dipelajari dengan merujuk pada kasus keganasan atau kanker, diabetes dan lainnya.

Skenario 5
Seorang peneliti sedang melakukan penelitian mengenai prediksi terjadinya ulkus diabetika
pada pasien dengan Diabetes Melitus. Peneliti mengambil darah dari individu dengan ulkus
diabetika dan tanpa ulkus diabetika. Peneliti ingin melihat variasi pada gen VEGF-A
(Vascular Endothelial Growth Factor A) yang mengkode protein VEGF-A pada tiap individu
tersebut. VEGF-A merupakan salah satu growth factor yang berperan dalam proses
1
penyembuhan luka. Variasi basa nukleotida pada sekuens DNA di dalam gen VEGF-A akan
mempengaruhi proses penyembuhan luka.

Identifikasi Istilah

1. Ulkus diabetika adalah keadaan ditemukannya infeksi, atau tukak pada jaringan kulit
yang paling dalam di kaki pasien Diabetes Melitus.
2. Diabetes melitus adalah penyakit kronis yang ditandai dengan tingginya glukosa
(kadar gula) di dalam darah.
3. VEGF-A (Vascular Endothelial Growth Factor A) adalah protein yang membantu
proses pembentukan pembuluh darah baru.
4. Basa Nukleotida adalah suatu komponen organik yang memegang peranan penting
dalam metabolisme

Rumusan Masalah
Ulkus diabetika pada pasien DM disebabkan oleh variasi gen VEGF-A

Hipotesis
Variasi DNA pada gen VEGF-A mempengaruhi proses penyembuhan ulkus diabetika

Sasaran Belajar
1. Mahasiswa mengetahui mengenai Teknik analisa biologi molekuler
2. Mahasiswa mengetahui mengenai Isolasi DNA menggunakan sample darah
3. Mahasiswa mengetahui mengenai Amplifikasi DNA dengan cara PCR
4. Mahasiswa mengetahui mengenai elektroforesis gel dan sequencing dna
5. Mahasiswa mengetahui mengenai biomol
6. Mahasiswa mengetahui mengenai rekayasa genetika
7. Mahasiswa mengetahui mengenai mutasi gen
8. Mahasiswa mengetahui mengenai replikasi dna
9. Mahasiswa mengetahui mengenai sintesis protein
10. Mahasiswa mengetahui mengenai diabetes melitus
11. Mahasiswa mengetahui mengenai ulkus diabetika
12. Mahasiswa mengetahui mengenai penyembuhan luka

2
 13. Mahasiswa mengetahui mengenai VEGF-A

Pembahasan
Teknik analisa biomol
Teknik analisis biomolekuler merupakan metode analisis genetik berdasarkan
perubahan komposisi dan fungsi gen. Teknik analisis dasar biomolekuler menjelaskan
6

metode analisi dasar dalam biologi molekuler, meliputi isolasi DNA, elektroforesis, PCR dan
sekuensing DNA. Analisis biomolekuler diperlukan untuk mempermudah memahami
berbagai mekanisme molekuler termasuk identifikasi gen dan eksplorasi protein atau enzim
sehingga fungsi gen dan protein dapat diketahui.

Isolasi DNA menggunakan sample darah

Isolasi DNA adalah proses pengeluaran DNA dari tempatnya berada (ekstraksi
atau lisis) biasanya dilakukan dengan homogenisasi dan penambahan buffer ekstraksi
atau buffer lisis untuk mencegah kerusakan DNA. Pemisahan DNA dari materi seluler
lainnya merupakan hal yang signifikan dan mengharuskan penyalinan DNA menjadi
RNA dan translasi RNA menjadi protein berlangsung dalam kompartemen (ruang) yang
berbeda yaitu secara berturut-turut dalam nukleus dan sitoplasma. Terdapat organel-
organel bermembran ganda di dalam sitoplasma, termasuk mitokondria baik pada
tumbuhan maupun hewan. Oleh karena itu perlu dilakukan isolasi DNA pada tanaman
dan hewan untuk mengetahui dan mempelajari DNA dari tanaman dan hewan tersebut.
Sel eukariotik memiliki DNA lebih banyak, lengkap dengan komponen-komponen lain.
DNA tanaman dan hewan tersimpan dalam nukleus yang terbungkus oleh membran.
Isolasi DNA merupakan langkah yang tepat untuk mempelajari DNA. Prinsipnya ada dua,
yaitu sentrifugasi dan presipitasi. Sentrifugasi merupakan teknik untuk memisahkan
campuran berdasarkan berat molekul komponennya. Molekul yang mempunyai berat
molekul besar akan berada di bagian bawah tabung dan molekul ringan akan berada
pada bagian atas tabung. Hasil sentrifugasi akan menunjukkan dua macam fraksi yang
terpisah, yaitu supernatan pada bagian atas dan pelet pada bagian bawah. Presipitasi
merupakan langkah yang dilakukan untuk mengendapkan suatu komponen dari
campuran. DNA pada makhluk hidup dapat diisolasi secara sederhana. Pengisolasian
DNA secara sederhana dapat dilakukan dengan memecahkan dinding sel, membran
plasma dan membran inti baik secara mekanik maupun secara kimiawi. Isolasi DNA

3
merupakan suatu teknik yang digunakan untuk memperoleh DNA murni, yaitu tanpa
protein dan RNA dari suatu sel dalam jaringan.
Isolasi DNA dari darah dilakukan dengan melisiskan sel darah merah yang tidak mengandung
DNA genom agar dapat dipisahkan dari sel darah putih. Sel-sel darah putih yang sudah
dipisahkan kemudian dilisiskan dengan bantuan bahan pengawet DNA yaitu, deterjen anionik
yang dapat melarutkan komponen selular. Bahan pengawet DNA juga dapat mengurangi
aktivitas DNase yang terdapat di dalam sel. Bila perlu dapat ditambahkan RNase untuk
menyingkirkan kontaminasi RNA. Selanjutnya dengan presipitasi garam, DNA genom
dipisahkan dari protein plasma dan inti. Akhirnya DNA genom diisolasi dengan presipitasi
menggunakan alkohol dan pelarutan kembali endapan yang terbentuk dari larutan dapar yang
mengandung suatu bahan pengawet DNA.

Amplifikasi DNA dengan cara PCR

(Polymerase Chain Reaction, PCR) adalah suatu metode enzimatis untuk aplifikasi
DNA dengan cara in vitro. Pada proses PCR diperlukan beberapa komponen utama, yaitu
DNA cetakan, Oligonukleotida primer, Deoksiribonukelotida trifosfat, enzim DNA
Polimerase, dan komponen pendukung lain adalah senyawa buffer. Pada proses PCR
menggunakan menggunakan alat termosiklus. Sebuah mesin yang memiliki kemampuan
untuk memanaskan sekaligus mendinginkan tabung reaksi dan mengatur temperatur untuk
tiap tahapan reaksi. Ada tiga tahapan penting dalam proses PCR yang selalu terulang dalam
30-40 siklus dan berlangsung dengn cepat yaitu denaturasi, anneling, dan pemanjangan untai
DNA. Produk PCR dapat diidentifikasi melalui ukurannya dengan menggunakan
elektroforesis gel agarosa.

Elektroforesis gel
Elektroforesis merupakan cara pemisahan yang dilakukan berdasarkan
perbedaan ukuran berat molekul dan muatan listrik yang dikandung oleh makromolekul
tersebut. Pemisahan DNA yang berukuran kecil (<200 bp) menggunakan gel
poliakrilamida, sedangkan pemisahan DNA yang berukuran besar menggunakan gel
agarosa. DNA yang berada di dalam gen agarosa dapat terlihat dari penambahan GelRed
yang nantinya akan berikatan dengan DNA dan akan bersifat fluoresens dibawah sinar
UV. Beberapa peralatan yang diperlukan untuk pelaksanaan kegiatan ini adalah
microwave oven, electrophoresis apparatus, power supply, flask, comb, timbangan analitik,

4
spatula, vortex, mini centrifuge, tray untuk mencetak gel, gelas ukur, hot plate dan
magnetic stirrer, beaker glass, PH meter, box plastic, tabung Eppendorf, timer, pipet
mikro (0-10 μL, 10-100 μL, 100-1000 μL), tips (0-10 μL, 10-100 μL, 100-1000 μL),
sarung tangan, masker, kotak tempat es, parafilm, pengaduk, sendok plastik, dan kertas
tissue. Bahan kimia yang diperlukan dalam kegiatan ini, antara lain 1X buffer TAE (Tris
2

Base, Acetic Acid, EDTA), agarosa, tape, Ethidium Bromide, Bromophenol blue, sukrosa,
molecular weight marker, sampel DNA produk PCR, dH2O, sarung tangan (glove),
masker, parafilm. Beberapa hal yang harus diperhatikan untuk keselamatan kerja,
2

antara lain menggunakan jas laboratorium, selalu menggunakan sarung tangan dan
masker, selalu berhati-hati dalam menggunakan autoclave dan microwave oven,
ethidium bromide bersifat mutagen dan carcinogenic, oleh karena itu harus sangat
berhati-hati dalam menanganinya, radiasi ultra violet (UV) sangat berbahaya dapat
mengakibatkan luka bakar pada kulit dan merusak mata, gunakan masker pengaman,
ikuti dengan benar instruksi keselamatan dari pendamping dan harus selalu berhati-hati
dalam memasang dan mencabut kabel electrophoresis apparatus.

Sequencing DNA
Sekuensing DNA adalah proses penentuan urutan nukleotida pada suatu fragmen
DNA. Tujuan dari proses ini adalah untuk menentukan identitas maupun fungsi fragmen
suatu DNA dengan membandingkannya dengan fragmen DNA lain yang telah diketahui.
Suatu DNA dibangun oleh empat basa, yaitu adenin (A), timin (T), guanin (G), dan sitosin
(C). Teknik ini digunakan dalam riset dasar biologi maupun berbagai bidang terapan
seperti kedokteran, bioteknologi, forensik, dan antropologi. Berbagai macam cara bisa
dilakukan untuk merekonstruksi suatu DNA dari fragmennya. Namun, ada banyak
masalah yang timbul dalam penyusunan potongan DNA ini yang membuat proses
penyelesaiannya menjadi lebih susah. Bahkan untuk 1% hingga 3% DNA yang dibaca
pada proses sekuensing DNA menghasilkan beberapa kesalahan dan tidak
mempresentasikan sebuah bagian DNA dari suatu DNA yang utuh. Sehingga dalam
proses sekuensing DNA yang dilakukan, kita juga harus memverifikasi apakah basa yang
berpasangan merupakan komplemennya atau bukan. Adapun suatu pasangan basa
dikatakan komplemen apabila basa adenin (A) berpasangan dengan timin (T) dan
sebaliknya atau basa guanin (G) berpasangan dengan sitosin (S) dan sebaliknya. Dalam
20 tahun terakhir, algoritma yang digunakan dalam proses sekuensing DNA adalah
5
algoritma overlaplayout-consensus. Permasalahan yang dihadapi dengan penggunaan
algoritma ini adalah terlalu banyak kemungkinan hasil dalam proses rekonstruksinya.
Salah satu solusi untuk menghindari permasalahan tadi adalah dengan menggunakan
teori graf, yaitu lintasan Euler dan graf de Bruijn. Metode dengan lintasan Euler dan graf
de Bruijn ini akan mempermudah proses sekuensing DNA serta membuat algoritma
menjadi lebih efektif. Selain itu, dengan metode ini pula kita bisa mengerucutkan
berbagai kemungkinan sehingga kemungkinan yang akan didapat menjadi lebih sedikit.
Semakin panjang suatu sekuens DNA tentunya semakin banyak pula kemungkinannya.

Biomol
Biologi Molekuler adalah ilmu yang mempelajari sel maupunorganel yang ada di
dalam sel serta fungsinya sampai ke aras molekul penyusunnya. Biologimolekuler adalah
ilmu multidisiplin karena mencakup biologi sel, biokimia, dan genetika.

Rekayasa genetika
Rekayasa genetika merupakan suatu cara memanipulasikan gen untuk
menghasilkan mahluk hidup baru dengan sifat yang diinginkan. Rekayasa genetika
disebut juga pencakokan gen atau rekombinasi DNA. Rekombinasi DNA adalah proses
penggabungan DNA - DNA dari sumber yang berbeda. Tujuannya adalah untuk
menyambungkan gen yang ada di dalamnya. Oleh karena itu, rekombinasi DNA disebut
juga rekombinasi gen.

Mutasi gen
Mutasi titik (point mutation) merupakan perubahan kimiawi pada satu atau
beberapa pasangan basa dalam satu gen tunggal. Mutasi gen adalah mutasi yang terjadi
dalam lingkup gen. Peristiwa yang terjadi pada mutasi gen adalah perubahan urutan-
urutan DNA. Mutasi gen pada dasarnya merupakan mutasi titik.

Replikasi DNA
Replikasi DNA merupakan semikonservatif karena dapat memproduksi 2 untaian
DNA yang identikal, setiap untaian terdiri dari satu untaian baru dan satu untaian lama

6
Sintesis protein
Sintesis protein adalah proses pembentukan protein dari monomer peptida yang
diatur susunannya oleh kode-kode genetik. Proses sintesis protein dibagi menjadi dua
tahapan, yaitu transkripsi dan translasi. Transkripsi adalah DNA mencetak mRNA di
dalam nukleus, translasi adalah penerjemahan informasi genetik berupa urutan basa
nitrogen menjadi asam amino.

Diabetes melitus
Diabetes melitus (DM) didefinisikan sebagai suatu penyakit atau gangguan
metabolisme kronis dengan multietiologi yang ditandai dengan tingginya kadar gula
darah disertai dengan gangguan metabolisme karbohidrat, lipid dan protein sebagai
akibat insufisiensi fungsi insulin. Insufisiensi insulin dapat disebabkan oleh gangguan
atau defesiensi produksi insulin oleh sel-sel beta Langerhans kelenjar pankreas, atau
disebabkan oleh kurang responsifnya sel-sel tubuh terhadap insulin.

Ulkus diabetika
Ulkus Diabetika merupakan suatu infeksi yang disebabkan oleh invasi jaringan
disertai proliferasi mikroorganisme yang mengakibatkan terjadinya kerusakan jaringan
dengan atau tanpa respon peradangan pada sel inang. Infeksi kulit pada pasien DM
biasanya disebabkan oleh kurangnya kontrol pasien terhadap kadar glukosa darah,
sehingga kadar glukosa meningkat dan mengakibatkan berkurangnya efektivitas sel saat
melawan mikroba. Ada beberapa faktor yang menyebabkan ulkus diabetika, seperti
penyakit pembuluh darah perifer, neuropati autonomik, dan neuropati perifer kaki,
selain itu juga trauma yang menyebabkan kerusakan kulit.

Penyembuhan luka
Penyembuhan luka merupakan suatu proses yang kompleks karena adanya
kegiatan bioseluler dan biokimia yang terjadi secara berkesinambungan. Penggabungan
respon vaskuler, aktivitas seluler, dan terbentuknya senyawa kimia sebagai substansi
mediator di daerah luka merupakan komponen yang saling terkait pada proses
penyembuhan luka. Ketika terjadi luka, tubuh memiliki mekanisme untuk
mengembalikan komponenkomponen jaringan yang rusak dengan membentuk struktur
baru dan fungsional. Proses penyembuhan luka tidak hanya terbatas pada proses
7
regenerasi yang bersifat lokal, tetapi juga dipengaruhi oleh faktor endogen, seperti
umur, nutrisi, imunologi, pemakaian obat-obatan, dan kondisi metabolik. Proses
penyembuhan luka dibagi ke dalam lima tahap, meliputi tahap homeostasis, inflamasi,
migrasi, proliferasi, dan maturasi.

VEGF-A
VEGF merupakan gen yang menyandi polipeptida VEGF. Vascular endothelial
growth factor-A (disebut juga sebagai VEGF) merupakan suatu glikoprotein
homodimerik yang memunyai kemampuan untuk menginduksi angiogenesis dalam
meningkatkan permeabilitas vascular.
Vascular Endothelial Growth Factor pada luka DM dapat berfungsi dalam meningkatkan
penyembuhan dan memicu terjadinya kemotaksis dan angiogenesis.

Kesimpulan
 Diabetes melitus dapat menyebabkan berbagai komplikasi. Salah satunya adalah
ulkus diabetika. Ulkus diabetika adalah keadaan ditemukannya infeksi pada kaki penderita.
Ulkus diabetika diakibatkan karena penanganan yang terlambat. Oleh karena itu, untuk
mencegah dibutuhkan pengobatan sedini mungkin. Dari penjelasan disimpulkan bahwa,
Variasi basa nukleotida pada sekuens DNA di dalam gen VEGF-A juga akan mempengaruhi
proses penyembuhan luka. 

Daftar Pustaka
1. Susilowati RP. Kajian sel dan molekuler (hubungannya dengan penyakit pada manusia).
Cetakan kedua. Purwokerto: CV. Pena Persada; 2020. h. 224-247
2. Mayetti. Hubungan polimorfisme gen dan kadar angiopoetin 2 serta kadar vascular endothelial
growth factor dengan tingkat keparahan penyakit akibat infeksi virus dengue pada anak - eSkripsi
Universitas Andalas [Internet]. Scholar.unand.ac.id. 2017.
3. Takahashi S. Vascular endothelial growth factor (VEGF), VEGF receptors and their inhibitors for
antiangiogenic tumor therapy.Biological and Pharmaceutical Bulletin. 2011 Dec 1;34(12):1785-8.
4. Rahayu I, Timotius KH. Low level of plasma VEGF-A and C allele of -2578*C/A polymorphism
in the VEGF-A gene are risk factors of diabetic foot ulcer in Javanese ethnic [Internet].
ResearchGate. 2021.
5. Li X, Lu Y, Wei P. Association between VEGF genetic variants and diabetic foot ulcer in
Chinese Han population: a case–control study. Medicine. 2018 May;97(20).
6. Winaya A, Zainudin A. Teknik dasar analisis biologi molekuler [Internet]. Eprints.umm.ac.id.
2014.
8
7. Krismoni GY. Optimasi suhu annealing gen tetm dari bakteri Staphylococcus aureus pada pasien
ulkus diabetik. Jurnal Mahasiswa Farmasi Fakultas Kedokteran UNTAN. 2020 ;4(1).
8. Dewey, F. E., Stephen, P., Matthew, T. W., Stephen, R. Q., Euan, A. A. DNA sequencing:
Clinical applications of new DNA sequencing technologies. Circulation. 2012 Feb 21; 125(7):
931–944. 
9. Siswanto JE, Berlian T, Putricahya E, Panggalo LV, Yuniani L. Isolasi DNA pada sampel darah
tepi dan swab buccal pada bayi penderita ROP: Perbandingan hasil uji konsentrasi dan indeks
kemurnian. Jurnal Sari Pediatri. 2016;18(4):270-7.