Pengenalan Manipulasi Gen / Rekombinan DNA

KATA PENGANTAR

Puji syukur penulis haturkan atas kehadirat Tuhan Yang Maha Esa karena berkat
rahmat dan hidayah-Nya lah penulis dapat menyelesaikan makalah yang berjudul,
PENGENALAN MANIPULASI GEN ( REKAYASA GENETIKA ) dengan baik.
Penulis juga mengucapkan terima kasih kepada :
- Dra. M. Dwi Wiwik Ernawati, M.Kes selaku dosen mata kuliah Biokimia II yang telah
membimbing penulis,
- Drs. Haryanto, M.Kes selaku dosen mata kuliah Biokimia II yang telah membimbing penulis,
- Teman-teman kelas pendidikan kimia regular yang juga membantu,
- Dan orang tua yang telah memberikan dukungan moril dan materil.
Penulis menyadari terdapat beberapa kekurangan dan kesalahan dalam penulisan
makalah ini. Untuk itu, penulis mohon maaf karena masih dalam proses pembelajaran.
Semoga makalah ini dapat bermanfaat bagi kita semua.




Jambi, Oktober 2014


Penulis




Pengenalan Manipulasi Gen / Rekombinan DNA


DAFTAR ISI

KATA PENGANTAR .........................................................................................................i
DAFTAR ISI .......................................................................................................................ii

BAB I PENDAHULUAN
1.1 Latar Belakang .........................................................................................................1
1.2 Rumusan masalah ....................................................................................................2
1.3 Tujuan ......................................................................................................................2
BAB II PEMBAHASAN
2.1 Sejarah Perkembangan .............................................................................................5
2.2 Pengertian Rekayasa Genetika ................................................................................6
2.3 Tujuan Rekayasa Genetika ......................................................................................6
2.4 Rekayasa Genetika ...................................................................................................6
2.5 Macam-Macam Enzim ..........................................................................................13
2.6 Penerapan Rekayasa Genetika .................................................................................14
2.7 Dampak Rekayasa Genetika..................................................................................15

BAB III PENUTUP
A. Kesimpulan ......................................................................................................16
B. Saran ................................................................................................................16

DAFTAR PUSTAKA ..........................................................................................................17





Pengenalan Manipulasi Gen / Rekombinan DNA
BAB I
PENDAHULUAN

1.1 Latar Belakang

Genetika disebut juga ilmu keturunan, berasal dari kata genos (bahasa latin), artinya
suku bangsa-bangsa atau asal-usul. Secara Etimologikata genetika berasal dari kata genos
dalam bahasa latin, yang berarti asal mula kejadian. Namun, genetika bukanlah ilmu tentang
asal mula kejadian meskipun pada batas-batas tertentu memang ada kaitannya dengan hal itu
juga. Genitika adalah ilmu yang mempelajari seluk beluk alih informasi hayati dari generasi
kegenerasi. Oleh karena cara berlangsungnya alih informasi hayati tersebut mendasari adanya
perbedaan dan persamaan sifat diantara individu organisme, maka dengan singkat dapat pula
dikatakan bahwa genetika adalah ilmu tentang pewarisan sifat .Dalam ilmu ini dipelajari
bagaimana sifat keturunan (hereditas) itu diwariskan kepada anak cucu, serta variasi yang
mungkin timbul didalamnya.

Genetika perlu dipelajari, agar kita dapat mengetahui sifat-sifat keturunan kita sendiri
serta setiap makhuk hidup yang berada di lingkungan kita. kita sebagai manusia tidak hidup
autonom dan terinsolir dari makhuk lain sekitar kita tapi kita menjalin ekosistem dengan
mereka. karena itu selain kita harus mengetahui sifat-sifat menurun dalam tubuh kita, juga
pada tumbuhan dan hewan. Lagi pula prinsip-prinsep genetika itu dapat disebut sama saja
bagi seluruh makluk. Karena manusia sulit dipakai sebagai objek atau bahan percobaan
genetis, kita mempelajari hukum-hukumnya lewat sifat menurun yang terkandung dalam
tubuh-tumbuhan dan hewan sekitar. Genetika bisa sebagai ilmu pengetahuan murni, bisa pula
sebagai ilmu pengetahuan terapan. Sebagai ilmu pengetahuan murni ia harus ditunjang oleh
ilmu pengetahuan dasar lain seperti kimia, fisika dan metematika juga ilmu pengetahuan
dasar dalam bidang biologi sendiri seperti bioselluler, histologi, biokimia, fiosiologi, anatomi,
embriologi, taksonomi dan evolusi. Sebagai ilmu pengetahuan terapan ia menunjang banyak
bidang kegiatan ilmiah dan pelayanan kebutuhan masyarakat.

Rekayasa genetika dalam arti paling luas adalah penerapan genetika untuk kepentingan
manusia. Dengan pengertian ini kegiatan pemuliaaan hewan atau tanaman melalui seleksi
dalam populasi dapat dimasukkan. Demikian pula penerapan mutasi buatan tanpa target dapat
pula dimasukkan. Masyarakat ilmiah sekarang lebih bersepakat dengan batasan yang lebih
sempit, yaitu penerapan teknik-teknik genetika molekular untuk mengubah susunan genetik
dalam kromosom atau mengubah sistem ekspresi genetik yang diarahkan pada kemanfaatan
tertentu.










Pengenalan Manipulasi Gen / Rekombinan DNA
1.2 Rumusan Masalah

Bagaimanakah konsep dari manipulasi gen ?
Apa saja manfaat dan dampak dari manipulasi gen ?
Bagaimanakah langkah-langkah dalam manipulasi gen ?
Enzim apa saja yang berperan dalam manipulasi gen ?


1.3 Tujuan

Untuk mengetahui konsep dari manipulasi gen.
Untuk mengetahui manfaat dan dampak dari manipulasi.
Untuk mengetahui bagaimana langkah-langkah dalam manipulasi gen.
Untuk mengetahui enzim-enzim yang berperan dalam manipulasi gen.




























Pengenalan Manipulasi Gen / Rekombinan DNA
BAB II

PEMBAHASAN



2.1 Sejarah Perkembangan

Sejarah perkembangan genetika sebagai ilmu pengetahuan dimulai menjelang akhir
abad ke 19 ketika seorang biarawan austria bernama Gregor Johann Mendel berhasil
melakukan analisis yang cermat dengan interpretasi yang tepat atas hasil-hasil percobaan
persilangannya pada tanaman kacang ercis (Pisum satifum). Sebenarnya, Mendel bukanlah
orang pertama yang melakukan percobaan- percobaan persilangan. Akan tetapi, berbeda
dengan para pendahulunya yang melihat setiap individu dengan keseluruhan sifatnya yang
kompleks, Mendel mengamati pola pewarisan sifat demi sifat sehingga menjadi lebih mudah
untuk diikuti. Deduksinya mengenai pola pewarisan sifat ini kemudian menjadi landasan
utama bagi perkembangan genetika sebagai suatu cabang ilmu pengetahuan, dan Mendelpun
di akui sebagai bapak genetika.

Karya Mendel tentang pola pewarisan sifat tersebut dipublikasikan pada tahun 1866 di
Proceedings of the Brunn Society for Natural History. Namun, selama lebih dari 30 tahun
tidak pernah ada peneliti lain yang memperhatikannya. Baru pada tahun 1900 tiga orang ahli
botani secara terpisah, yaitu Hugo de Vries di belanda, Carl Correns di jerman dan Eric von
Tschermak-Seysenegg di Austria, melihat bukti kebenaran prinsip-prinsip Mendel pada
penelitian mereka masing-masing. Semenjak saat itu hingga lebih kurang pertengahan abad
ke-20 berbagai percobaan persilangan atas dasar prinsip-prinsip Mendel sangat mendominasi
penelitian di bidang genetika. Hal ini menandai berlangsungnya suatu era yang dinamakan
genetika klasik.

Selanjutnya, pada awal abad ke-20 ketika biokimia mulai berkembang sebagai cabang
ilmu pengetahuan baru, para ahli genetika tertarik untuk mengetahui lebih dalam tentang
hakekat materi genetik, khususnya mengenai sifat biokimianya. Pada tahun 1920-an, dan
kemudian tahun 1940-an, terungkap bahwa senyawa kimia materi genetika adalah asam
dioksiribonekleat (DNA). Dengan ditemukannya model struktur molekul DNA pada
tahun1953 oleh J.D.Watson dan F.H.C. Crick dimulailah era genetika yang baru, yaitu
genetika molekuler.

Perkembangan penelitian genetika molekuler terjadi demikian pesatnya. Jika ilmu
pengetahuan pada umumnya mengalami perkembangan dua kali lipat (doubling time) dalam
satu dasa warsa, maka hal itu pada genetika molekuler hanyalah dua tahun. Bahkan,
perkembangan yang lebih revolusioner dapat disaksikan semenjak tahun 1970-an, yaitu pada
saat dikenalnya teknologi manipulasi molekul DNA atau teknologi DNA rekombinan atau
dengan istilah yang lebih populer disebut rekayasa genetika.

Saat ini sudah menjadi berita biasa apabila organisme- organisme seperti domba, babi
dan kera, didapatkan melalui teknik rekayasa genetika yang disebut kloning . sementara itu,
pada manusia telah di lakukan pemetaan seluruh genom atau dikenal sebagai proyek genom
manusia (human genom project), yang diluncurkan pada tahun 1990 dan diharapkan selesai
Pengenalan Manipulasi Gen / Rekombinan DNA
pada tahun 2005. ternyata pelaksaan proyek ini berjalan justru lebih cepat dua tahun dari pada
jadwal yang telah ditentukan.


2.2 Pengertian Rekayasa Genetika

Rekayasa Genetika adalah teknik yang dilakukan manusia mentransfer
(memindahkan) gen (DNA) yang dianggap menguntungkan dari satu organisme kepada
susunan gen (DNA) dari organisme lain.

Adapun langkah-langkah yang dilakukan dalam rekayasa genetika secara sederhana
urutannya sebagai berikut :
Mengindetifikasikan gen dan mengisolasi gen yang diinginkan.
Membuat DNA/AND salinan dari ARN Duta.
Pemasangan cDNA pada cincin plasmid
Penyisipan DNA rekombinan kedalam tubuh/sel bakteri.
Membuat klon bakteri yang mengandung DNA rekombinan
Pemanenan produk.

Teknologi Rekayasa Genetika merupakan inti dari bioteknologi didefinisikan sebagai
teknik in-vitro asam nukleat, termasuk DNA rekombinan dan injeksi langsung DNA ke
dalam sel atau organel; atau fusi sel di luar keluarga taksonomi; yang dapat menembus
rintangan reproduksi dan rekombinasi alami, dan bukan teknik yang digunakan dalam
pemuliaan dan seleksi tradisional.

Prinsip dasar teknologi rekayasa genetika adalah memanipulasi atau melakukan
perubahan susunan asam nukleat dari DNA (gen) atau menyelipkan gen baru ke dalam
struktur DNA organisme penerima. Gen yang diselipkan dan organisme penerima dapat
berasal dari organisme apa saja. Misalnya, gen dari sel pankreas manusia yang kemudian
diklon dan dimasukkan ke dalam sel E. Coli yang bertujuan untuk mendapatkan insulin.



2.3 Tujuan Rekayasa Genetika

Rekayasa genetika pada tanaman mempunyai target dan tujuan antara lain
peningkatan produksi, peningkatan mutu produk supaya tahan lama dalam penyimpanan
pascapanen, peningkatan kandunagn gizi, tahan terhadap serangan hama dan penyakit
tertentu (serangga, bakteri, jamur, atau virus), tahan terhadap herbisida, sterilitas dan fertilitas
serangga jantan (untuk produksi benih hibrida), toleransi terhadap pendinginan, penundaan
kematangan buah, kualitas aroma dan nutrisi, perubahan pigmentasi.

Rekayasa Genetika pada mikroba bertujuan untuk meningkatkan efektivitas kerja
mikroba tersebut (misalnya mikroba untuk fermentasi, pengikat nitrogen udara,
meningkatkan kesuburan tanah, mempercepat proses kompos dan pembuatan makanan
ternak, mikroba prebiotik untuk makanan olahan), dan untuk menghasilkan bahan obat-
obatan dan kosmetika.



Pengenalan Manipulasi Gen / Rekombinan DNA
2.4 Rekayasa Genetika

Secara tradisional, pemuliaan tanaman, dan rekayasa genetika sebenarnya telah
dilakukan oleh para petani melalui proses penyilangan dan perbaikan tanaman. Misalnya
melalui tahap penyilangan dan seleksi tanaman dengan tujuan tanaman tersebut menjadi lebih
besar, kuat, dan lebih tahan terhadap penyakit. Selama puluhan bahkan ratusan tahun yang
lalu, para petani dan para pemulia tanaman telah berhasil memuliakan tanaman padi, jagung,
dan tebu, sehingga tanaman-tanaman tersebut mempunyai daya hasil tinggi dan memiliki
kualitas panen yang lebih baik. Proses pemindahan gen pada pemuliaan tradisional dilakukan
melalui proses penyerbukan dengan perantaraan angin maupun bantuan serangga penyerbuk.
Proses penyerbukan ini sering kali melibatkan bantuan manusia, misalnya melalui
penyerbukan dengan cara memindahkan serbuk sari tanaman yang satu ke ujung putik
tanaman lainnya.

Prinsip rekayasa genetika sama dengan pemuliaan tanaman, yaitu memperbaiki sifat-
sifat tanaman dengan menambahkan sifat-sifat ketahanan terhadap cekaman mahluk hidup
pengganggu maupun cekaman lingkungan yang kurang menguntungkan serta memperbaiki
kualitas nutrisi makanan. Rekayasa genetika adalah kelanjutan dari pemuliaan secara
tradisional. Dalam arti paling luas merupakan penerapan genetika untuk kepentingan manusia akan
tetapi masyarakat ilmiah sekarang lebih bersepakat dengan batasan yang lebih sempit, yaitu penerapan
teknik-teknik genetika molekuler untuk mengubah susunan genetik dalam kromosom atau mengubah
sistem ekspresi genetik yang diarahkan pada kemanfaatan tertentu.

Obyek rekayasa genetika mencakup hampir semua golongan organisme, mulai dari
bakteri, fungi, hewan tingkat rendah, hewan tingkat tinggi, hingga tumbuh-tumbuhan. Bidang
kedokteran dan farmasi paling banyak berinvestasi di bidang yang relatif baru ini. Sementara
itu bidang lain, seperti ilmu pangan, kedokteran hewan, pertanian (termasuk peternakan dan
perikanan), serta teknik lingkungan juga telah melibatkan ilmu ini untuk mengembangkan
bidang masing-masing. Tidak seperti halnya pemuliaan tanaman secara tradisional yang
menggabungkan seluruh komponen materi genetika dari dua tanaman yang disilangkan,
rekayasa genetika memungkinkan pemindahan satu atau beberapa gen yang dikehendaki dari
satu tanaman ke tanaman lain.

Keunggulan rekayasa genetika adalah mampu memindahkan materi genetika dari
sumber yang sangat beragam dengan ketepatan tinggi dan terkontrol dalam waktu yang lebih
singkat. Melalui proses rekayasa genetika ini, telah berhasil dikembangkan tanaman yang
tahan terhadap organisme pengganggu seperti serangga, penyakit dan gulma yang sangat
merugikan tanaman. Rekayasa genetika bermain pada tingkat molekuler khususnya DNA.
Beberapa tahapan yang digunakan dalam rekayasa genetika yaitu isolasi DNA, manipulasi
DNA, perbanyakan DNA dan visualisasi hasil manipulasi DNA, DNA rekombinan, dan
Kloning Gen.









Pengenalan Manipulasi Gen / Rekombinan DNA
Tahapan dalam Manipulasi DNA
.

1. Isolasi DNA


Isolasi DNA merupakan langkah mempelajari DNA. Salah satu prinsisp isolasi DNA
yaitu dengan sentrifugasi. Sentrifugasi merupakan teknik untuk memisahkan campuran
berdasarkan berat molekul komponennya. Molekul yang mempunyai berat molekul besar
akan berada di bagian bawah tabung dan molekul ringan akan berada pada bagian atas tabung
(Mader 193). Hasil sentrifugasi akan menunjukkan dua macam fraksi yang terpisah, yaitu
supernatan pada bagian atas dan pelet pada bagian bawah.

Isolasi DNA dengan teknik sentrifugasi akan mengendapkan DNA. Supaya hasil isolasi
berupa DNA murni yang tidak tercampur dengan molekul-molekul lain maka dalam proses
isolasinya dicampurkan berbagai macam larutan. Larutan A berfungsi sebagai resuspensi
yaitu penggabunagn kembali pelet yang telah terbentuk dengan larutan yang dicampurkan.
Selain itu larutan A juga berfungsi sebagai buffer dan pengkelat. Pemilihan buffer tersebut
dilihat dari kemampuan buffer menghasilhkan arus listrik. Larutan B yang terdiri atas SDS
dan NaOH berfungsi sebagai larutan pelisis. NaOH sendiri dapat mendenaturasi protein.
Sedangkan larutan C befrungsi untuk merenarutasikan kembali. Etanol 70% yang digunakan
dalam proses isolasi berfungsi untuk mengeluarkan endapan garam karena Na
+
bermuatan
positif dan DNA bermuatan negatif. Larutan ddH
2
O yang ditambahkan berfungsi agar
endapan DNA yang dihasilkan didapat dengan konsentrasi yang cukup tinggi. Larutan di
vortex untuk memudahkan bakteri tersuspensi. Bakteri yang telah diendapkan tersebut kana
lisis dengan penambahan larutan buffer. Agar proses lisisnya bakteri sempurna maka larutan
dibolak-balik secara halus. Bakteri yang telah lisis ini ditandai dengan munculnya lendir.
Ciran DNA yang dihasilkan kemudina dipisahkan dari endapannya. Cairan ini ditambahkan
RNase untuk melisiskan RNA supaya hasil yang diisolasi berupa DNA murni.

DNA yang telah diisolasi diuji kualitas dan kuantitasnya melalui elektroforesis dan
spektrofotometer. Elektroforesis memisahkan DNA, RNA, dan protein berdasarkan bobot
molekul dan muatanya dengan menggunakan media pemisah. DNA bermuatan negatif
sehingga pada elektroforesis DNA akan bergerak dari kutub negatif ke kutub positif.
Kecepatan pergerakan ini tergantung pada ukuran molekul DNA, kerapatan media gel yang
dilalui DNA, serta arus listrik yang diberikan untuk bermigrasi molekul DNA. Sebelum
Pengenalan Manipulasi Gen / Rekombinan DNA
proses elektroforesis suspensi DNA dicampur dengan peyangga muatan berwarna loading
dye. Penambahan warna ini berfungsi untuk menambah densitas sehingga DNA bearada di
bagian bawah sumur, selain itu pewarna ini digunakan untuk memudahkan meletakan contoh
DNA ke dalam sumur dan bergerak ke arah anoda dengan laju yang dapat diperkirakan
sehingga dapat digunakan sebagai tanda migrasi DNA.

DNA hasil elektroforesis yang terlihat di atas lampu UV dapat dilihat pergerakannya.
Hasil elektroforesis DNA total menunjukkan adanya pita-pita DNA yang diisolasi dari
bakteri Escherichia coli yang kemungkinan adalah DNA plasmid (Gambar 1). Hal ini dapat
dilihat dari pergerakannya yang tinggi. Pergerakan DNA di agarose berhubungan dengan
besar molekul. Sehingga pergerakan yang tinggi ini menunjukan ukuran DNA yang tidak
terlalu besar. Plasmid merupakan DNA sirkuler yang ukurannya relatif kecil. Hal ini
menunjukkan bahwa DNA total yang diisolasi mempunyai keutuhan yang tinggi. Akan tetapi
pada beberapa kelompok pergerakan DNA tiadak dapat diamati. Kejadian ini dapat terjadi
karena kesalahan teknis saat memasukan DNA ke dalam sumur gel agarose. Bisa jadi DNA
yang dimasukan tidak masuk benar-benar ke dalam sumur gel sehingga saat elektroforesis
DNA tidak bergerak. Selain itu kesalahan juga dapat terjadi karena DNA yang telah masuk
ke dalam sumur tersedot kembali masuk ke dalam pipet mikro. Sehingga sumur tidak berisi
DNA.
2. Manipulasi DNA

Untuk memanipulasi DNA, diperlukan beberapa perangkat penting meliputi gunting
untuk memotong molekul DNA, lem/perekat untuk menggabungkan molekul DNA, dan
gergaji untuk membelah molekul DNA.

a. Pemotongan molekul DNA

Pada proses pemotongan molekul DNA, gunting yang dimaksud bukanlah gunting
yang biasa kita pakai untuk memotong sesuatu, tetapi merupakan suatu enzim yang
dihasilkan oleh mikroorganisme tertentu. Enzim ini dikenal dengan nama enzim restriksi.
Setiap enzim restriksi mempunyai tempat pemotongan yang spesifik pada suatu urutan
molekul DNA. Sebagai contoh adalah enzim EcoRI yang selalu memotong DNA pada posisi
G !

AATTC (tanda ! merupakan tempat pemotongan), seperti terlihat pada molekul di
bawah ini :


Pengenalan Manipulasi Gen / Rekombinan DNA

Mekanisme pemotongannya adalah sebagai berikut :



Gambar 2. Mekanisme pemotongan enzim EcoR1


Hingga saat ini, sudah ribuan enzim restriksi yang diperoleh dari
mikroorganisme. Beberapa diantaranya yang terkenal dan sering digunakan adalah
enzim EcoRV, HindIII, SacI, TaqI, BamHI, MspI dan lain-lain (tabel 1).


Tabel 1. Macam-macam Enzim Restriksi







Pengenalan Manipulasi Gen / Rekombinan DNA
b. Penggabungan molekul DNA

Proses penggabungan (ligasi) antara dua molekul DNA menggunakan lem/perekat
berupa enzim, yang dikenal dengan nama enzim ligase. Enzim ini berfungsi mensintesis
pembentukan ikatan fosfodiester yang menghubungkan nukleotida yang satu dengan
nukleotida di sebelahnya. Berikut adalah contoh penggabungan dua molekul DNA (A dan B)
menjadi molekul AB :





















3. Polymerase Chain Reaction (PCR)

Pembelahan molekul DNA sangat penting dalam proses amplifikasi DNA melalui
teknik Polymerase Chain Reaction (PCR) atau reaksi berantai polimerase. Reaksi berantai
polimerase atau lebih umum dikenal sebagai PCR (kependekan dari istilah bahasa Inggris
polymerase chain reaction) merupakan suatu teknik atau metode perbanyakan (replikasi)
DNA secara enzimatik tanpa menggunakan organisme. Dengan teknik ini, DNA dapat
dihasilkan dalam jumlah besar dengan waktu relatif singkat sehingga memudahkan berbagai
teknik lain yang menggunakan DNA.
Pengenalan Manipulasi Gen / Rekombinan DNA


Secara prinsip, PCR merupakan proses yang diulang-ulang antara 2030 kali siklus.
Setiap siklus terdiri atas tiga tahap. Berikut adalah tiga tahap bekerjanya PCR dalam satu
siklus:
1. Tahap peleburan (melting) atau denaturasi. Pada tahap ini (berlangsung pada suhu
tinggi, 9496 C) ikatan hidrogen DNA terputus (denaturasi) dan DNA menjadi
berberkas tunggal. Biasanya pada tahap awal PCR tahap ini dilakukan agak lama
(sampai 5 menit) untuk memastikan semua berkas DNA terpisah. Pemisahan ini
menyebabkan DNA tidak stabil dan siap menjadi templat ("patokan") bagi primer.
Durasi tahap ini 12 menit.
2. Tahap penempelan atau annealing. Primer menempel pada bagian DNA templat yang
komplementer urutan basanya. Ini dilakukan pada suhu antara 4560 C. Penempelan
Pengenalan Manipulasi Gen / Rekombinan DNA
ini bersifat spesifik. Suhu yang tidak tepat menyebabkan tidak terjadinya penempelan
atau primer menempel di sembarang tempat. Durasi tahap ini 12 menit.
3. Tahap pemanjangan atau elongasi. Suhu untuk proses ini tergantung dari jenis DNA
polimerase (ditunjukkan oleh P pada gambar) yang dipakai. Dengan Taq-polimerase,
proses ini biasanya dilakukan pada suhu 76 C. Durasi tahap ini biasanya 1 menit.
Lepas tahap 3, siklus diulang kembali mulai tahap 1. Akibat denaturasi dan renaturasi,
beberapa berkas baru (berwarna hijau) menjadi templat bagi primer lain. Akhirnya terdapat
berkas DNA yang panjangnya dibatasi oleh primer yang dipakai. Jumlah DNA yang
dihasilkan berlimpah karena penambahan terjadi secara eksponensial.

4. Elektroforesis

Untuk menganalisis hasil manipulasi DNA dapat dilihat melalui elektroforesis.
Elektroforesis adalah suatu teknik yang menggunakan medan listrik untuk memisahkan
molekul berdasarkan ukuran. Karena mengandung fosfat yang bermuatan negatif, DNA akan
bergerak menuju elektroda positif dalam medan listrik.
Pengurutan DNA (DNA Sekuensing)
Urutan nukleotida DNA dari sebagian besar organisme masih tidak diketahui.
Mengetahui urutan dari DNA suatu oganisme atau suatu klon fragment DNA memberikan
informasi yang sangat berharga untuk studi lanjutan. Urutan dari suatu gen dapat digunakan
untuk memprediksi fungsi dari gen, untuk membandingkannya dengan urutan yang sama dari
organisme yang berbeda, dan untuk mengidentifikasi mutasi atau keselahan dalam urutan
DNA.
karena genom dari sebagian besar organisme terdiri dari milyaran nukleotida seh
ingga molekul DNA yang digunakan untuk reaksi sekuensing harus dipotong terlebih dahulu
menjadi fragmen yang lebih kecil dengan menggunakan enzim restriksi.
DNA rekombinan

Secara alami, proses rekombinasi dapat terjadi sehingga memungkinkan suatu gen
dapat berpindah dari satu organisme ke organisme lain. Persitiwa tersebut biasanya terjadi
diantara organisme yang memiliki kekerabatan yang dekat. Dengan kemajuan teknologi
molekuler, perpindahan gen dapat terjadi meskipun antara organisme yang tidak memiliki
hubungan kekerabatan. Misalnya gen manusia yang dipindahkan ke bakteri atau ke hewan
seperti babi. Teknik penggabungan molekul DNA tersebut dikenal sebagai Teknik
rekombinan DNA.

Pengenalan Manipulasi Gen / Rekombinan DNA

Gambar : DNA Rekombinan terjadi karena ada penggabugan DNA dari sumber yang berbeda





5. Kloning Gen

Kloning merupakan suatu teknik untuk menghasilkan banyak salinan dari satu gen
tunggal, kromosom, atau keseluruhan individu. Klon (clone) berasal dari kata Yunani yang
berarti ranting. Jaringan-jaringan non reproduktif digunakan untuk pengklonan keseluruhan
individu. Secara alami, seringkali proses kloning terjadi. Misalnya pada tanaman kentang
yang mampu berkembang biak secara vegetatif yaitu mampu menghasilkan tanaman baru
dari tuber (umbi). Dalam hal ini, kentang bisa dikatakan mengalami proses kloning.






Pengenalan Manipulasi Gen / Rekombinan DNA
2.5 Macam-macam Enzim
Terdapat berbagai macam enzim yang dapat berperan secara teknis untuk membelah
dan menggabungkan molekul-molekul DNA. Enzim-enzim tersebut adalah sebagai berikut :
1. Endonuklease Restriksi (Endo R)
Enzim-enzim restriksi adalah endonuklease endonuklease yang mengenali rangkaian
DNA basa spesifik dalam DNA Spiral rangkap dan membelah kedua rantai dupleks.
Kebanyakan enzim restriksi mengenali rangakain spesifik dari empat sampai enam pasang
basa dan menghidrolisis suatu ikatan fosfodier pada tiap rantai dalam daerah ini. Tempat
pembelahan ini mempunyai simetri rotasi lipat dua, rangkaian pasangan basanya disebut
polindrom. Tempat-tempat pembelahan terletak simetrik terhadap sumbu lipat dua.
Telah ditemukan lebih dari 350 enzim rentriksi dengan berbaagai variasi tempat
pengenalan dan tempat pembelahan. Hasil pembelahan berupa fragmen DNA untai rangkap
berujung tumpul atau fragmen-fragmen DNA dengan ekor-ekor untai tunggal.
2. Transferase Deoksinukleotidil Terminal (TdT)
TdT mengkatalisis adisi suatu deoksiribonukleotida tunggal ke ujung (terminal) 3-OH
polideoksioribonukleotida. Aktivitas utama TdT tidak memerlukan hanya satu
dioksinukelotida trifosfat untuk berlangsungnya polimerisasi. Sembarang d NTP atau
kombinasi d NTP atau kombinasi d NTP akan dipakai sebagai substrat.
3. Ligase DNA
Ligase DNA mengkatalisis pembentukan ikatan fosofodiester antara dua rantai DNA.
Enzim ini membutuhkan gugus-OH bebas pada ujung 3 satu rantai DNA dan gugus PO
pada ujung 5 rantai DNA lainnya. Ligase DNA tak dapat menyambung dua molekul DNA
untai tunggal. Rantai-rantai DNA yang digabungkan oleh ligase DNA harus merupakan
bagian dari molekul DNA spiral rangkap. Ligase DNA membentuk ikatan fosfodiester hanya
jika ada paling sedikit beberapa pasangan basa dalam daerah sambungan ini. Ligase DNA
menutup takik yaitu suatu ikatan fosfifiester yang terbuka hanya pada satu untai rantai spiral
rangkap DNA. Proses penggabungan ini sangat penting dalam penyambungan rantai-rantyai
DNA.

Pengenalan Manipulasi Gen / Rekombinan DNA
2.6 Penerapan Rekayasa Genetika


a) Bidang pertanian dan bahan pangan
Ditemukannya tomat Flavr Savr yang tahan
Ditemukannya sapi dengan produksi susu meningkat 20%
Ditemukannya kopi super
Ditemukannya tanaman ber-pestisida
Ditemukannya vaksin penyakit mulut dan kuku
Jagung dengan protein tinggi

b) Bidang kesehatan dan farmasi
Diproduksinya insulin dengan cepat dan murah
Adanya terapi genetic
Diproduksinya interferon
Diproduksinya beberapa hormon pertumbuhan

c) Bidang Industri
Terciptanya bakteri yang mampu membersihkan lingkungan tercemar
Bakteri yang dapat mengubah bahan tercemar menjadi bahan tidak berbahaya
Bakteri pembuat aspartanik.









Pengenalan Manipulasi Gen / Rekombinan DNA
2.7 Dampak Rekayasa Genetika

a. Dampak di bidang sosial ekonomi
Dampak ekonomi yang tampak adalah paten hasil rekayasa, swastanisasi dan
kosentrasi bioteknologi pada kelompok tertentu, memberikan pengaruh yang sangat luas
pada masyarakat. Produk bioteknologi dapat merugikan petanikecil. Penggunakan hormon
pertumbuhan sapi dapat meningkatkan produksi susu sapi sampai 20%, niscaya akan
menggusur peternak kecil.

b. Dampak di bidang kesehatan
Produk rekayasa di bidang kesehatan ini memang sudah ada yang menimbulkan
masalah yang serius. Contohnya adalah penggunaan insulin hasil rekayasa menyebabkan
31 orang meninggal di inggris. Tomat Flavr Savr diketahui mengandung gen resisten
terhaap antibiotic. Susu sapi yang disuntik dengan hormone BGH disinyalir mengandung
bahan kimia baru yang punya potensi berbahaya bagi kesehatan manusia.

c. Dampak di bidang etika dan moral
Menyisipkan gen makhluk hidup kepada makhluk hidup lain memiliki dampak etika
yag serius. Menyisipkan gen makhluk hidup lain yang tidak berkerabat5 dianggap sebagai
pelanggaran terhadap hukum alam dan sulit diterima manusia. Bahan pangan transgenic
yang tidak berlabel juga membawa konsekuensi bagi penganut agama tertentu. Penerapan
hak paten pada organism hasil rekayasa merupakan pemberian hak pribadi atas organism.
Hal ini bertentangan dengan banyak nilai-nilai budaya yang mengghargai nilai intrinsic
makhluk hidup.



Pengenalan Manipulasi Gen / Rekombinan DNA
BAB III
PENUTUP


3.1 Kesimpulan

Rekayasa Genetika adalah teknik yang dilakukan manusia mentransfer
(memindahkan) gen (DNA) yang dianggap menguntungkan dari satu organisme
kepada susunan gen (DNA) dari organisme lain.
Adapun langkah-langkah yang dilakukan dalam rekayasa genetika secara
sederhana urutannya sebagai berikut :
Mengindetifikasikan gen dan mengisolasi gen yang diinginkan.
Membuat DNA/AND salinan dari ARN Duta.
Pemasangan cDNA pada cincin plasmid
Penyisipan DNA rekombinan kedalam tubuh/sel bakteri.
Membuat klon bakteri yang mengandung DNA rekombinan
Pemanenan produk.

Rekayasa genetika bermain pada tingkat molekuler khususnya DNA. Beberapa
tahapan yang digunakan dalam rekayasa genetika yaitu isolasi DNA, manipulasi
DNA, perbanyakan DNA dan visualisasi hasil manipulasi DNA, DNA rekombinan,
dan Kloning Gen.
Terdapat berbagai macam enzim yang dapat berperan secara teknis untuk
membelah dan menggabungkan molekul-molekul DNA, yaitu:
Endonuklease Restriksi (Endo R)
Ligase DNA
Transferase Deoksinukleotidil Terminal (TdT)
Endonuklease Restriksi (Endo R)

3.2 Saran
Penulis berharap rekayasa Genetika ( Manipulasi Gen ) yang telah disajikan dalam bab
pembahasan dapat dijadikan referensi ataupun tambahan wawasan bagi pembaca sehingga
bermanfaat suatu saat.




Pengenalan Manipulasi Gen / Rekombinan DNA

DAFTAR PUSTAKA



Campbell, N.A, etc. 2009. Biologi. 8th edition. San Fransisco : Pearson Benjamin Cumming

Djuminar, A. 2006. Biologi Molekuler. Bandung : Poltekkes Jurusan Analis Kesehatan

F, Robert, dkk. 1995. Basic Genetics. England : Wm.C. Brown Publishers

J, Peter,Russell.1994. Fundamental of Genetics. New York : HarperCollins College Publishers

Nur Azhar, T. 2008. Dasar-dasar Biologi Molekuler. Bandung : Penerbit Widya Padjadjaran
http://id.shvoong.com/exact-sciences/1999578-rekayasa-genetika/
http://bebas.ui.ac.id/v12/sponsor/Sponsor-Pendamping/Praweda/Biologi/0153%20Bio%203-7e.htm