4/5/2016
MIKROBIOLOGI – 7
MICROBIAL GENETICS
Pendahuluan
• Reproduksi seksual pada ekariot  menghasilkan sel
anakan yg menerima 1 set kromosom (n kromosom) dr
masing-masing parentalnya
• Prokariot tidak bereproduksi secara seksual dan
prosesnya tidak analog dengan ekariot krn semua gen
ditransfer dan dilanjutkan dgn rekombinasi
• Manfaat tranfer gen dan rekombinasi:
– Alat penelitian yang penting untuk analisis struktur genetik
organisme
– Alat yang penting untuk mengkonstruksi organisme baru
untuk aplikasi praktis
Manfaat Genetika Mikrobia
4. Mikroorganisme memproduksi banyak senyawa penting
untuk industri  manipulasi genetik dpt meningkatkan
produknya
5. Banyak penyakit genetik disebabkan mikroorganisme
berbahaya  genetika mikroorganisme  penyebab
penyakit  mengontrol & mencegah pertumbuhannya dlm
tubuh hewan/manusia/tumbuhan
6. Konjugasi memainkan peranan penting dlm aliran gen yang
mempunyai sifat khusus, misal resistensi antibiotik 
pemahaman proses ini membantu mengerti bagaimana gen
dapat ditrasfer dari organisme yang satu ke yang lain atau
dari satu spesies ke spesies lain.
Pendahuluan
• Transfer gen:
– Merupakan suatu cara  transfer bahan genetik dari satu
organisme ke organisme lain
– dapat terjadi dgn beberapa cara dan biasanya disertai dengan
rekombinasi genetik  pembentukan organisme baru
• Rekombinasi genetik:
– Merupakan proses  sebagian atau seluruh molekul DNA dari 2
sumber yang terpisah, saling bertukar atau menjadi satu
membentuk unit yang tunggal
– Umumnya akibat dr adaptasi thdp perubahan lingkungan
– Molekul DNA dipertukarkan dalam jumlah yang relatif besar
(seluruh gen/sejumlah gen/semua kromosom)
Manfaat Genetika Mikrobia
1. Gen adalah basis fungsi sel. Penelitian dasar tentang
genetika mikrobia penting untuk memahami fungsi
mikroorganisme
2. Mikroorganisme mempunyai sistem sederhana untuk studi
genetik  memahami mekanisme genetik pada semua
organisme
3. Mikroorganisme digunakan untuk isolasi dan duplikasi gen
spesifik dari organisme lain  teknik molekular kloning.
Mutasi dan Mutan
• Mutasi = perubahan sifat keturunan pd urutan basa dari
asam nukleat genom suatu organisme
• Suatu strain yg membawa perubahan akibat mutasi disebut
Mutan
• Strain yg diisolasi dr alam disebut strain tipe liar (wild-type)
• Penulisan genotip organisme  terdiri dari 3 huruf kecil
yang merupakan singkatan (ditulis italik), diikuti dengan 1
huruf besar yang menunjukkan gen khusus yang terlibat
misal gen hisC dari E. coli yang mengkode protein HisC.
• Mutasi dari gen hisC ditulis hisC1, dst.
1
 4/5/2016

Penulisan Fenotip
• Ditulis huruf kapital, diikuti dengan huruf kecil dan • Sembarang gen dapat mengalami mutasi
simbol plus/minus (superscript) • Sel / organisma dengan gen termutasi  mutan
• Contoh: • Organisma induk yang tak termutasi  wild type
– E. coli His+ : strain yg mempunyai kemampuan untuk
• Mutasi di alam sangat jarang (1 dalam jutaan sel)
mensintesis sendiri histidin • Tipe mutasi point (neutral, missense dan
– E. coli His- : strain yg tidak mempunyai kemampuan untuk nonsense)
mensintesis histidin sendiri. • Tipe mutasi frameshift (penambahan /
– Mutasi pada gen hisC akan menghasilkan fenotip His- apabila pengurangan)
meniadakan fungsi produk gen. • Mutagen (UV, X ray, nitrous acid, acridine orange
dye, ethyl methane sulfonate, nitrosoguanidine)

MUTASI TITIK MUTASI PERGESERAN FRAME

Netral : AAU  AAC tetap sintesis Penyisipan
asparagin • see the cat and the rat  tersisip d
• see thd eca tan dth era t…
Missense : AAU (asparagin)  AAG
(lisin)
Penghilangan
Non-sense : UAU (tirosin)  UAG • see the cat and the rat  hilang e
(STOP) • set hec ata ndt her at..

a b
• Mutasi mengarah pada suatu perubahan
senyawa kimia pada DNA. Mutan merupakan
individu yang mengalami perubahan pada
satu atau lebih basa DNAnya:
• perubahan ini dapat diwariskan dan
irreversibel (kecuali terjadi mutasi-balik ke
urutan awal).

a. Mutan yang resisten terhadap antibiotik

b. Aspergillus nidulans mutan (wild type =pigmen hijau)

2
 4/5/2016

Kerusakan gen tersebut dapat disebabkan oleh: 3 Tipe

mutasi
1). Perubahan pada proses transkripsi
2). Perubahan pada urutan asam amino dari
protein yang merupakan produk gen

Isolasi Mutan

• Seleksi = metode genetik yg sangat potensial utk isolasi mutan dr

populasi yg mengandung organisme parental yg jumlahnya
million (juta) atau billion (milyar).

• Seleksi terhadap mutan/mikroorganisme rekombinan  sering

dilakukan di laboratorium dan industri penghasil antibiotik
(antibiotik yg diproduksi dan digunakan utk membunuh
organisme patogen harus melalui seleksi yg ketat terhadap
resistensi antibiotik)

• Salah satu metode seleksi adalah dengan replica plating

• Auksotrof = mutan nutrisional yg membutuhkan tambahan faktor
pertumbuhan/nutrisi tambahan utk pertumbuhannya, sedangkan
prototrof adalah parental tipe liar yg menurunkan jasad
auksotrof.

Teknik replika plating

3
 4/5/2016

Hasil replika plating MUTAGEN

 Sinar X : menghilangkan elektron
dalam atom dan molekul -->
perubahan basa purin & pirimidin
UV : dimerisasi timin deformasi
susunan DNA
Nitrous acid : abnormalisasi purin &
pirimidin

Macam & Identifikasi Mutagen

• Macam mutagen:
– Senyawa kimia, contoh: nitrosoguanidin (senyawa peng-
alkil)
– Radiasi: sinar UV
– Ionisasi radiasi: sinar X, sinar kosmis, dll.
– Mutagen biologi: elemen transposon
• Semua mutagen ini dapat menyebabkan perubahan struktur
atau susunan basa-N pada DNA  bila tidak segera
diperbaiki akan berakibat fatal  sel mati
• Salah satu metode untuk menguji apakah senyawa kimia
bersifat mutagen atau tidak  The Ames Test

Jenis sinar berdasar panjang gelombang

Ames test
 A test developed by Bruce Ames to determine a
chemical is a mutagen

 Why the Ames test is so useful

a. it is fast: require just a few days to complete
b. can be performed easily
c. many compounds can be tested at one time
d. it is very sensitive: can detect one mutation per
billion cells
e. can detect mutagens formed as a result of
normal cellular function

4
 4/5/2016

Elements of Ames test Doing the Ames test

A.Tryptophan requiring Salmonella typhimurium:
requires tryptophan to grow tryp- bacteria
B.Smooth endoplasmic reticulum from mouse liver:
contains liver enzymes that detoxify ingested
material. These enzymes can produce mutagens
from normally non-mutagenic chemicals that are
ingested.
C.Chemical in question

Results of Ames test

 If chemical is a mutagen then tryp- bacteria will be mutated to
tryp+ bacteria

Rekombinasi Genetik
Prinsip
• Rekombinasi genetik melibatkan pertukaran atau terjadinya
penyatuan bahan genetik secara fisik antarunsur genetik Mekanisme
• Rekombinasi homolog/umum adalah pertukaran genetik rekombinasi
antara urutan DNA yang homolog dari 2 sumber yg genetik
berbeda  sangat penting bagi semua organisme
• Pada bakteri melibatkan partisipasi protein RecA yang
dikode oleh gen recA  mekanisme alami yang sangat
ekstensif terjadi dalam sel.

Deteksi terjadinya rekombinasi genetik

pada medium selektif
Rekombinasi genetik pada prokariot
• Pada prokariot, rekombinasi genetik (transfer fragmen DNA
homolog dr kromosom donor ke resipien) dengan cara:
– Transformasi: melibatkan DNA bebas yg terdapat dlm lingkungan sbg
donor
– Transduksi: transfer DNA donor yg diperantarai oleh virus
– Konjugasi: transfer bahan genetik krn adanya sel yg saling kontak dan
adanya plasmid konjugatif yg dipunyai oleh sel donor
• Setelah DNA ditransfer dan terdapat di dalam sel resipien maka
terjadi rekombinasi homolog. Jika tidak terjadi rekombinasi maka
fragmen DNA yg ditransfer akan hilang (tidak mampu bereplikasi
sendiri  karena hanya berupa fragmen DNA)

5
 4/5/2016

Transformasi Genetik
• 3 tahap yg terjadi dlm proses transformasi genetik:
– Sel dlm keadaan kompeten (kompetensi sel)
– Pengambilan DNA (uptake of DNA)
– Integrasi DNA yg ditransformasi
• Sel mampu mengambil dan mentransformasi molekul DNA
dari lingkungan apabila sel dlm keadaan kompeten
• Hanya beberapa strain tertentu yg kompeten dan kemampuan
ini terkait dengan sifat yg diturunkan
• Protein yg terlibat dlm kompetensi adalah:
– protein pengikat DNA yg berasosiasi dgn membran
sel
– autolisin dinding sel
– bermacam-macam nuklease

Competence for natural genetic transformation

Kompetensi Sel pd Beberapa Bakteri
• Induksi terjadinya kompetensi pd Streptococcus dan Bacillus,
tergantung dari medium dan tahap pertumbuhan dari kultur
– Pada Bacillus + 20% dr sel menjadi kompeten dan keadaan ini
dipertahankan sampai beberapa jam
– Pada Streptococcus 100% sel dpt menjadi kompeten, tetapi hanya
beberapa menit selama siklus pertumbuhan.
• Pada bakteri, bentuk DNA yg diambil dr lingkungan berbeda antara
spesies yg satu dengan yg lain.
– Pada Haemophilus (Gram -), DNA yg diambil ke dalam sel dlm
bentuk double stranded, walaupun yg digabungkan ke dalam
genom via rekombinasi adalah segmen yang single stranded.
– Pada Streptococcus dan Bacillus (Gram +), DNA yg diambil dlm
bentuk single stranded. Pd banyak kasus, DNA double stranded
DNA akan terikat lebih efektif ke dlm sel.

6

Mekanisme Transformasi Genetik
• Transformasi mempunyai peranan penting dlm transfer gen di
alam.
• Mekanismenya:
1. DNA akan terikat di permukaan sel oleh adanya protein
pengikatan DNA
2. Selama pemasukan molekul DNA, fragmen DNA double
stranded didegradasi salah satu pita-nya oleh nuklease dan
pita lain dimasukkan ke dalam sel
3. DNA yg telah dimasukkan akan diikat oleh protein kompeten-
spesifik yg mencegah supaya tidak terdegradasi oleh nuklease
yg terdapat di sitoplasma sel dan dibawa ke kromosom.
4. Oleh RecA protein akan diintegrasikan ke genom sel resipien
melalui proses rekombinasi
TRANSFORMASI
• Bentuk paling sederhana dari rekombinasi
• Bakteri resipien memperoleh gen dari
fragmen DNA bebas
• Sel penerima harus dalam kondisi kompeten
• Biasanya terjadi pada fase pertumbuhan
eksponensial akhir
• DNA plasmid tidak mengalami seperti ini di
• alam
• Terjadinya transformasi genetik di alam dlm frekwensi yg rendah
• Di laboratorium, utk membuat kompetensi sel perlu adanya
• Pada bidang rekayasa genetika yg sering menggunakan E. coli
4/5/2016
REKOMBINASI
• Rekombinasi terjadi antara 2 kromosom yang
homolog
• Antar kromosom homolog terdapat gen yang
serupa pada titik yang bersesuaian (allel : gen
yang berbeda)
• Pada eukaryot rekombinasi gen terjadi pada
proses meiosis (titik pindah silang : chiasma)
• Pada prokaryot terjadi perpindahan gen (donor ke
resipien) melalui : transformasi, transduksi dan
konjugasi
Frekuensi Transformasi Genetik
atau tidak terjadi setiap saat pd kondisi alam  dikarenakan
kompetensi sel hanya terjadi pd strain tertentu dan terjadi
hanya pada saat tertentu.
perlakuan dengan melakukan variasi medium kultur, suhu dan
faktor yg lain.
 untuk membuat kompeten sel E.coli dengan perlakuan
menggunakan ion kalsium pd konsentrasi tinggi dan disimpan
dlm suhu dingin atau dengan cara lain yaitu dengan
elektroforesis.
7
 4/5/2016

47

8
 4/5/2016

TRANSDUKSI
• Perpindahan gen dengan perantaraan virus
• Virus yang menginfeksi bakteri : bakteriofaga (faga)
• Faga meninjeksikan DNA, replikasi, DNA inang
terdegradasi
• Faga mengendalikan sintesis protein faga baru
• Kombinasi acak terjadi antara DNA inang dengan
transducing phage (faga tertransduksi)
• Faga dilepas setelah sel inang lisis
• Faga transduksi menginfeksi sel inang baru
• Sel inang baru memperoleh rekombinasi gen baru

Transduksi
• Pada transduksi, DNA ditransfer dari sel ke sel
melalui virus.
• Transduksi umum: DNA sel inang yg diturunkan
dari genom sel inang menjadi bagian dr genom
virus matang
• Transduksi khusus: DNA dr sel inang
diintegrasikan secara langsung ke genom virus
dgn cara menggantikan bbrp gen virus

Transduksi

9
 4/5/2016

Plasmid
• Plasmid = unsur genetik yg dapat melakukan replikasi scr
independen/tidak tergantung dari replikasi kromosom karena
mempunyai gen yg berfungsi untuk replikasi
• Terdapat di dalam sel, berupa asam nukleat
• Pada E.coli telah ditemukan lebih dari 300 macam plasmid
• Umumnya plasmid adlh double stranded dan sirkular (tp ada yang
linear), ukuran 1-1000 kb, jumlahnya di dalam sel 1-100 kopi (copy
number). Semua plasmid yg berada pd sel yg sama harus bersifat
kompatibel thdp yg lain.
• Keberadaan plasmid di dlm sel memengaruhi fenotip sel-nya. Pd
beberapa kasus, plasmid pd Rhizobium dpt menghasilkan
kemampuan dlm berinteraksi dgn tanaman.
• Plasmid dpt digandakan dan ditransfer dr sel parental ke sel
anakan. Mekanisme transfer plasmid dr sel ke sel disebut
konjugasi dan fungsi konjugasi dikode oleh plasmid tertentu.

Plasmid Konjugatif
• Sebelum proses konjugasi, plasmid harus direplikasi
terelebih dahulu sehingga masing-masing sel yg melakukan
konjugasi mempunyai kopi plasmid
• Fungsi yg lain dr plasmid konjugatif adalah untuk
memobilisasi transfer DNA kromosom dari satu sel ke sel
yg lain.
• Beberapa plasmid konjugatif dpt mentransfer informasi
genetik diantara organisme yg hubungan kekerabatannya
jauh, misal dari bakteri Gram negatif ke bakteri Gram
positif, diantara bakteri dan tanaman, dan diantara bakteri
dan jamur.

10
 4/5/2016

Plasmid Resistensi
• Terdapat suatu kelompok plasmid yg digolongkan
plasmid resisten, yaitu plasmid yg menimbulkan sifat
resisten terhadap antibiotik atau inhibitor
pertumbuhan
• Keberadaan bakteri yg resisten thdp beberapa
antibiotik memberikan sumbangan yg besar pada dunia
kedokteran, hal ini berhubungan dengan kenaikan kadar
antibiotik yg digunakan untuk treatment penyakit
infeksi  aplikasi dlm penelitian

Plasmid Virulensi
• Secara fisiologi dan karakterisasi genetik, mikrobia
mempunyai kemampuan utk membentuk koloni pada sel
inang dan menginfeksi
• 2 karakteristik utama berkaitan dengan virulensi:
– kemampuan mikroorganisme untuk menempel dan
membentuk koloni pada sisi spesifik sel host
– pembentukan suatu senyawa (toksin, enzim, dan molekul lain)
yg menyebabkan kerusakan sel inang.
• Karakteristik di atas terkait dengan gen yg terdapat pada
plasmid
• Sifat virulensi selain terkait dengan gen pada plasmid,
juga terkait dengan mobile genetic element, yaitu
transposon dan bakteriofag.

Virulensi pada Bakteri Patogen Virulensi pada Bakteri Patogen

• Virulensi pd bakteri patogen  gen yg terdapat pd plasmid.
• Strain enteropatogenik (E. coli): • Staphylococcus aureus:
– mempunyai kemampuan membentuk koloni pd usus kecil – Bersifat virulen (terkait dengan gen pada plasmid 
dan memproduksi toksin penyebab simtom diare. mengkode protein virulensi yaitu koagulase,
– Kolonisasi membutuhkan protein CFA (colonization factor hemolisin, fibrinolisin dan enterotoksin )
antigen) yg dikode oleh plasmid. – Bakteri ini juga resisten terhadap antibiotik multiple
– Ada 2 macam toksin yg diproduksi (dikode oleh gen pada (sifat ini juga terkait dengan plasmid)
plasmid) yaitu hemolisin (lisis sel darah merah) dan
enterotoksin (menginduksi sekresi secara ekstensif air dan
garam ke saluran  bertanggung jawab dlm menginduksi
diare)

11
 4/5/2016

Plasmid lain
• Terdapat juga protein yg terkait dengan plasmid yaitu bakteriosin
(suatu agen yg diproduksi oleh bakteri yg berguna untuk
menghambat atau membunuh spesies lain yg berhubungan
kekerabatan dekat atau strain yg berbeda pada spesies yg sama)
• Contoh kolisin (E. coli), substilisin (B. subtilis), nisin A (bakteri
asam laktat  penghambat yang kuat pada pertumbuhan bakteri
Gram positif  sering digunakan sebagai senyawa preservatif
pada industri makanan)
• Plasmid dapat direkayasa  dengan menyisipkan gen dari
sumber yang berbeda pada plasmid untuk membentuk DNA
rekombinan atau untuk melipatkan jumlah plasmid per sel-nya 
untuk mempelajari struktur dan fungsi plasmid maupun bahan
genetik yang disisipkan
KONJUGASI
• Proses perpindahan gen dari kontak sel ke sel
• Dikenal sebagai reproduksi seksual primitif (Note
: berbeda dengan eukaryot i.e plasmogami)
• Hanya materi genetik yang berpindah, dapat
berupa plasmid, fragmen (besar) kromosom atau
seluruh kromosom
• Berbeda dengan transformasi atau transduksi
hanya terjadi perpindahan fragmen (kecil)
kromosom)
• Pili seks berperan

Konjugasi dan Mobilisasi Kromosom

• Konjugasi = mekanisme yg terkait dgn plasmid konjugatif,
tujuan: mentransfer kopi plasmid-nya ke sel inang lain.
• Umumnya elemen genetik yang lain (plasmid lain atau DNA
kromosom sel inang) dimobilisasi pd saat konjugasi (ditemukan
plasmid F (E. coli) yang dapat memobilisasi DNA kromosom
sel inang)
• Konjugasi melibatkan sel donor (yg mempunyai plasmid
konjugatif/male) dan sel resipien (yg tidak mengandung
plasmid konjugatif/female)
• Sel donor mempunyai kemampuan utk mensintesis struktur
permukaan yaitu berupa sex pilus (mempunyai pili)

Konjugasi dan Mobilisasi Kromosom

• Keberadaan plasmid F menghasilkan 3 perubahan yang
berbeda pada sifat sel :
– Kemampuan untuk mensintesis pilus F
– Mobilisasi DNA untuk ditransfer ke sel lain
– Perubahan reseptor permukaan sehingga sel tidak terlalu
lama sebagai resipien dalam konjugasi
• Plasmid F dapat terintegrasi ke dlm kromosom dan
memobilisasinya selama konjugasi  diperantarai oleh
daerah yg homolog antara DNA kromosom dan plasmid

12
 4/5/2016

Genetika Organisme Ekariot

Deteksi
konjugasi • Model: khamir  transfer genetik dan rekombinasi
terjadi selama reproduksi seksual
• S. cereviceae dapat berupa sel haploid (16 kromosom)
dan sel diploid (32 kromosom)  pertumbuhan sel
melibatkan fase haploid dan diploid sel
• Pada kebanyakan mikroorganisme ekariotik, fase diploid
merupakan fase transit.
• Meiosis  menghasilkan sel haploid  dapat berfusi
menjadi zigot diploid dan mitosis

Genetika Organisme Ekariot

• Penggunaan khamir sebagai model  mudah
dikembangbiakkan dan mempunyai nilai ekonomis yang tinggi
• Khamir tumbuh sebagai sel uniseluler, dan masing masing sel
haploid dari khamir dapat berlaku sebagai gamet
(perbedaannya terletak pada struktur dan hanya dapat
dibedakan apabila dilakukan mating)  berfusi membentuk
sel diploid.
• Sel tempat gamet dibentuk disebut ascus sedangkan sel
dalam ascus disebut ascospora
• Khamir mempunyai plasmid yg disebut DNA sirkuler 2m

13
4/5/2016

14