Modifikasi DNA adalah sebuah peristiwa yang umum

dan disebabkan oleh faktor eksogen (faktor yg datang

dari luar seperti terkena sinar radiasi dll) dan faktor
endogen (faktor yg berasal dari dalam seperti faktor
keturunan).
Modifikasi DNA sendiri artinya yaitu terjadi perubahan
di dalam DNA tersebut. DNA itu tidak sesuai dgn
struktur yg seharusnya dan ini dinamakan DNA adduct
DNA adduct (kondisi di mana terdapat senyawa yg
berikatan dgn DNA & membentuk ikatan kovalen yg
dapat menyebabkan terjadinya mutasi dan memicu
terjadinya pembentukan sel yang tak terkontrol dan
bisa jadi adalah tumor) menyebabkan penyumbatan
pada saat proses replikasi DNA polimerase dan juga
kesalahan replikasi pada kasus dimana produk adduct
dapat dilewati.
 Dalam setiap sel di tubuh manusia setidaknya 50.000-
100.000 yg mengalami kerusakan, dan beberapa
contohnya ada digambar berikut.
Abasic site = tempat kerusakan basa penyusun DNA
N7-metil deoksiguanin = penambahan gugus metil
pada struktur dasar (struktur guanin)
8-oxo deoksiguanin = deoksiguanin yang teroksidasi
(merupakan kerusakan DNA yg sering terjadi)
1,N2-etheno-deoksiguanin = dibentuk dalam DNA
sebagai hasil paparan monomer vinil klorida dan
bersifat mutagenik (dapat menyebabkan peubahan
kromosom yang dapat merubah genetika)
M1 deoksiguanin = malondialdehida (kerusakan karena
mengalami oksidasi juga
 Kerusakan dapat terjadi akibat menelan bahan kimia
(misalnya polutan, produk alami) yang merusak DNA atau
dari kontribusi proses seluler alami (misalnya,
pembentukan spesies oksigen reaktif, metilasi
(penambahan gugus metil ke dalam nukleotida DNA) yang
menyimpang oleh S-adenosylmethionine (donor metil)
Sudah tau lo kalo DNA itu bisa mengalami kerusakan. Naah
selain bisa rusak, DNA juga dapat memperbaiki
kerusakanannya sendiri.
Namun, saking banyaknya kerusakan yg terjadi kadang2
DNA itu tdk mampu (kesulitan) dlm memperbaiki banyak
lesi (tempat terjadinya kerusakan)
Beberapa masalah datang ketika mencoba menggabungkan
DNA polymerase (enzim yg membantu reaksi polimerisasi
deoksiribonukleotida menjadi rantai DNA) dengan DNA
yang dimodikasi yaitu adalah penyumbatan
(mengakibatkan kematian sel), kesalahan kode, dll.
 Karena DNA tadi tidak mampu menangani kerusakan
pada dirinya sendiri, ada yg namanya Translesion DNA
polymerase. TLP ini kerjanya yaitu dengan
menggantikan DNA normal waktu melewati tempat
kerusakan. Proses ini dinamakan Translesion DNA
sintesis (TLS)
Translesion DNA polymerases diantaranya ada
Sulfolobus solfataricus Dpo4 (DNA polimerase 4) and
human (h) DNA polymerase (pol) (eta), (iota), and
(kappa) and REV1, yg mana semua itu merupakan Y-
Family of DNA polymerases.
Paradigma umum untuk aktivitas DNA polimerase
ditunjukkan pada Gambar 4, di mana E menunjukkan
polimerase, D DNA (sebenarnya oligonukleotida), dan
N sebuah nukleosida trifosfat (dNTP = dATP, dCTP,
dGTP, & dTTP).
 TUJUAN
Memberikan pandangan mengenai jalur TLS
dan bagaimana DNA polimerase menangani
kerusakan yg terjadi
 Ini adalah siklus katalitik penggabungan DNA polimerase
dengan nukleotida. Pada awalnya enzim membentuk
kompleks biner dengan DNA yaitu kompleks E-D, kemudia
dNTP ditambahkan menyebabkan terbentuknya kompleks
terner. Setelah itu enzim menjadi aktif dalam keadaan
tertutup [Perubahan konformasi (ke E*)], diikuti oleh
transfer nukleotidil (pembentukan ikatan fosfodiester =
Ppi), selanjutnya terjadi reaksi lagi menyebabkan pelepasan
piroposfat/Ppi yang diikuti enzym yg kembali terbuka dan
tidak aktif
Perubahan konformasi (ke E*) diikuti oleh transfer nukleotidil (pembentukan
ikatan fosfodiester). Pirofosfat harus dilepaskan dari enzim dan, karena
perubahan konformasi terjadi, harus dibalik untuk menyelesaikan siklus
katalitik. Akhirnya, oligonukleotida dilepaskan (dan yang baru terikat), atau
DNA Polimerase berpindah ke posisi berikutnya untuk memulai siklus baru.
 Uji elektroforesis Gel telah menunjukkan
perilaku kompleks dari penyisipan dNTP
berlawanan dgn 1,N2-etheno-Guanin (1,N2--
G) oleh Dpo4.
Kemudian dia melakukan uji elektroforesis gel
dengan menggunakan 1,N2-etheno-G (1,N2--
G) dan N2, 3--G sebagai DNA yg rusaknya
 Penjelasan tabel
B = Hanya wilayah template yang terlibat dalam
pemasangan yg ditampilkan. Basa yang
digarisbawahi adalah lokasi pemasangan/
penggabungan dNTP (digantikan dengan G).
DNA template adalah DNA untai ganda yang
membawa urutan basa fragmen atau gen yang
akan digandakan. Urutan basa ini disebut juga
urutan target (target sequence).
kcat / KM menghasilkan konstanta laju yang
mengukur efisiensi katalitik. Ukuran efisiensi ini
sangat membantu dalam menentukan apakah
tingkat penciptaan produk atau jumlah substrat di
lingkungan.
 Meskipun Dpo4 dan hpol menunjukkan pola
pengkodean serupa dengan N2,3--G (Tabel 1),
tetapi struktur dasarnya tampaknya sangat
berbeda.
Dpo4 memposisikan dCTP (deoksi sitosin 3
posfat) (basa yang benar berlawanan dengan
N2,3--G menggunakan pseudo-Watson-Crick
pairing) dan menempatkan dTTP (deoksi
timidin 3 posfat) berlawanan N2,3--G
menggunakan pasangan "sheared" (Gambar
10)
 Posisi hpol baik dCTP dan dTTP berlawanan
dengan N 2 , 3--G menggunakan pasangan
Hoogsteen, namun dengan basa yang benar
(dCTP) membentuk dua ikatan hidrogen bukan
hanya satu (dTTP) ( Gambar 11 ).
 Sebagai kesimpulan, sulit untuk memprediksi
pasangan basa non-kanonik, diantaranya (i) a
priori, hanya dapat menggambar struktur
pasangan yang wajar, atau (ii) menganalisis
struktur NMR dari oligonukleotida berpasangan.
Polimerase berbeda juga menggunakan
mekanisme yang berbeda untuk mencapai hasil
yang sama. Lagi, kita lihat kekuatan dari enzim
untuk mengendalikan reaksi serupa dengan
sendirinya dengan cara tertentu.
 Pada intinya dia ingin memperbaiki kerusakan
DNA dengan jalan translesion DNS polimerase
yang dapat melakukan sintesis DNA dan
melewati jalur yang rusak