Kelompok 12

1. M. Al Qodri Ramadhan
2. M. Firstra Lucky Nando
3. Faradiyan Kencana
4. Ade Tia Ningrum
5. Widia Ariska
6. Ayu Trimutia
7. Latifatul Luthfia
8. Leny Yulita Maulana
9. Happya Ghazianni
10. Ratna Sari Indrayani
11. Irene Rita Sihombing
 Elektroforesis adalah teknik pemisahan suatu partikel/
spesies/ ion atau partikel koloid berdasarkan kemampuan
berpindah melalui medium konduktif, biasanya berupa larutan
bufer, sebagai respon adanya suatu medan listrik (Harvey
2000)
adanya pergerakan komponen bermuatan positif (+) pada kutub
negatif (-) serta komponen bermuatan negatif (-) pada kutub
positif (+). Pegerakan yang terjadi disebut "elektrokinetik" .
Hasil yang didapatkan dari elektroforesis adalaha
elektroforegram yang memberikan informasi mengenai
seberapa cepat perpindahan komponen (tm) atau biasa disebut
kecepatan migrasi. Besaran yang digunakan sama dengan pada
proses kromatografi.
1. Elektroforesis Kertas
Elektroforesis kertas adalah jenis elektroforesis yang
terdiri dari kertas sebagai fase diam dan partikel bermuatan
yang terlarut sebagai fase gerak, terutama ialah ion-ion
kompleks.
2. Elektroforesis Gel
elektroforesis yang menggunakan gel sebagai fase diam
untuk memisahkan molekul-molekul. Awalnya elektoforesis gel
dilakukan dengan medium gel kanji (sebagai fase diam) untuk
memisahkan biomolekul yang lebih besar seperti protein-
protein. Kemudian elektroforesis gel berkembang dengan
menjadikan agarosa dan poliakrilamida sebagai gel media.
3. Elektroforesis Kapiler (gatuy)

metode elektroforesis yang digunakan untuk

memisahkan asam amino, protein, lipid, karbohidrat, dan
nukleotida dengan resolusi tinggi yang dilakukan pada pipa
kapiler berisi buffer
1. Celluloce Asetat
2. Larutan Buffer : a. Komposisi
b. Konsentrasi
c. pH
3. Medan Elektrik : a. Voltase
b. Aliran Listrik
c. Tahanan
Metoda Elektroforesis gel agarose didasarkan pada pergerakan
molekul bermuatan dalam media penyangga matriks stabil di
bawah pengaruh medan listrik. Media yang umum digunakan
adalah gel agarose dan poliakrilamid.
Elektroforesis gel agarosa digunakan untuk memisahkan
fragmen DNA yang berukuran lebih besar dari 100 pb dan
dijalankan secara horizontal.
Gel Agarosa dapat melakukan pemisahan sampel DNA dengan
ukuran dari beberapa ratus hingga 20.000 pasang basa (pb).
Temukan Mikroba Di Dalam

Berapa banyak spesies yang memiliki Wolbachia?

ELEKTROFORESIS GEL AGAROSA
(LENY)

Elektroforesis gel adalah teknik yang banyak digunakan untuk analisis

asam nukleat dan protein. Elektroforesis gel agarosa secara rutin
digunakan untuk persiapan dan analisis DNA.

Gel elektroforesis adalah prosedur yang memisahkan molekul

berdasarkan laju pergerakannya melalui gel di bawah pengaruh medan
listrik.

Kami akan menggunakan elektroforesis gel agarosa untuk menentukan

keberadaan dan ukuran produk PCR. Produk PCR menunjukkan
keberadaan Wolbachia.
DNA bermuatan negatif
Ketika ditempatkan pada bidang elektrikal, maka akan bermigrasi ke
kutub positif

Agarosa digunakan untuk pergerakan DNA dan memisahkan berdasarkan

ukuran
H O2
 

DNA

- +

Power Polimerase agarose menyerap,

mengikuti pergerakan DNA
Scanning Electron Micrograph
of Agarose Gel (1×1 µm) 
Seberapa cepat DNA akan bergerak?
Kekuatan dari bidang elektrikal, buffer, kepadatan gel agarose….
Ukuran dari DNA
*DNA yang kecil akan bergerak lebih cepat daripada DNA
yang lebuh besar
…elektroforesis gel memisahkan DNA berdasarkan ukuran
DNA

small
large

- +

Power
Didalam gel agarose, garis DNA bermigrasi
sebanding dengan Log10 dari berat molekulnya
 Agarose

D-galactose 3,6-anhydro
L-galactose

•Menariknya gel agarose sudah

dipakai di bagian timur sejak
abad ke-17

•Agarosa pertama kali

*Lina Hesse, technician and illustrator for
a colleague of Koch was the first to
suggest agar for use in culturing bacteria
digunakan pada bidang biologi
ketika Robert Koch memakainya
untuk media kultur bakteri TB
pada 1882

Agarosa adalah ikatan polimer yang di ekstrak dari ganggang laut

Membuat Gel Agarosa
(ratna)
Agarosa dibuat dengan
mengkombinasi antara bubuk
agarose dengan buffer solution
Buffer

Flask for boiling

Agarose
 Electrophoresis Equipment

Power supply

Gel tank Cover

Electrical leads


Casting tray

Gel combs
Gel casting tray & combs
 Preparing the Casting Tray

Seal the edges of the casting tray and put in the combs. Place the casting
tray on a level surface. None of the gel combs should be touching the
surface of the casting tray.
 Agarose Buffer Solution
Campurkan bubuk agarose dengan larutan buffer. Gunakan
tabung yang ukurannya beberapa kali lebih besar dari banyaknya
buffer yang dipakai
 Melarutkan agarosa

Larutan Agarosa tidak larut dalam suhu ruang (kiri).

Larutan agarose yang telah dipanaskan akan larit
sampai bening (kanan).
Gently swirl the solution periodically when heating to allow all the grains of
agarose to dissolve.
***Be careful when boiling - the agarose solution may become superheated and
may boil violently if it has been heated too long in a microwave oven.
 Manuangkan gel

Biarkan larutan agarose dingin, sekitar (60°C) kemudian tuangkan

secara perlahan larutan agarose tadi ke wadah penmapang.
Hindari gelembung udara
Sebagian gel comb direndamkan pada larutan agarosa
ade

When cooled, the agarose polymerizes, forming a flexible gel. It

should appear lighter in color when completely cooled (30-45
minutes). Carefully remove the combs and tape.
Place the gel in the electrophoresis chamber.
 DNA

buffer     
wells

Anode
Cathode (positive)
(negative)

Add enough electrophoresis buffer to cover the gel to a depth

of at least 1 mm. Make sure each well is filled with buffer.
 Sample Preparation

Mix the samples of DNA with the 6X sample loading buffer (w/
tracking dye). This allows the samples to be seen when loading onto
the gel, and increases the density of the samples, causing them to sink
into the gel wells.

6X Loading Buffer: 
 Bromophenol Blue (for color)
 Glycerol (for weight)
 Loading the Gel

Carefully place the pipette tip over a well and gently expel the
sample. The sample should sink into the well. Be careful not to
puncture the gel with the pipette tip.
 Running the Gel

Place the cover on the electrophoresis chamber, connecting the

electrical leads. Connect the electrical leads to the power supply. Be
sure the leads are attached correctly - DNA migrates toward the anode
(red). When the power is turned on, bubbles should form on the
electrodes in the electrophoresis chamber.
 Cathode
(-)

 wells
DNA  Bromophenol Blue
(-)


Gel

Anode
(+)

After the current is applied, make sure the Gel is running in the
correct direction. Bromophenol blue will run in the same direction as
the DNA.
 DNAAA Ladder Standard
 12,000 bp
-
 5,000

DNA  2,000
migration  1,650

Note: bromophenol blue

 1,000
migrates at
 850
approximately the same
rate as a 300 bp DNA  650
molecule  500
 400
bromophenol blue  300
 200
+  100
Inclusion of a DNA ladder (DNAs of know sizes) on the gel makes it easy to
determine the sizes of unknown DNAs.
As an alternative to purchasing costly DNA ladders, one can be created
using meal worm (Tenebrio molitor) DNA and a restriction enzyme.

http://people.uis.edu/rmosh1/DNAexerciseVIIa02.pdf
• Ethidium bromideStaining the
binds to DNA andGel
fluoresces under UV light,
allowing the visualization of DNA on a Gel.
• Ethidium bromide can be added to the gel and/or running
buffer before the gel is run or the gel can be stained after it has
run.

fara

***CAUTION! Ethidium bromide is a powerful mutagen and is

moderately toxic. Gloves should be worn at all times.
Safer alternatives to Ethidium Bromide

 Methylene Blue
 BioRAD - Bio-Safe DNA Stain
 Ward’s - QUIKView DNA Stain
 Carolina BLU Stain

…others

advantages disadvantages
Inexpensive Less sensitive
Less toxic More DNA needed on gel
No UV light required Longer staining/destaining time
No hazardous waste disposal
 Staining the Gel

• Place the gel in the staining tray containing warm diluted stain.
• Allow the gel to stain for 25-30 minutes.
• To remove excess stain, allow the gel to destain in water.
• Replace water several times for efficient destain.
Ethidium Bromide requires an ultraviolet light source to visualize
 Visualizing the DNA (ethidium bromide)
DNA ladder DNA ladder
 1 2 3 4 5 6 7 8 

wells

 5,000 bp
 2,000
 1,650
 1,000
 850
 650
 500
PCR Product  400
 300
 200
Primer dimers  100

+ - - + - + + -
Samples # 1, 4, 6 & 7 were positive for Wolbachia DNA
 Visualizing the DNA (QuikVIEW stain)

DNA ladder

wells

PCR  2,000 bp
 1,500
Product  1,000
 750
 500
 250
+ - - - - + + - - + - +

Samples # 1, 6, 7, 10 & 12 were positive for Wolbachia DNA

March 12, 2006