Asam deoksiribonukleat

Struktur molekul DNA. Atom karbon berwarna hitam, oksigen merah, nitrogen biru, fosfor hijau, dan hidrogen putih. Asam deoksiribonukleat, lebih dikenal dengan DNA (bahasa Inggris: deoxyribonucleic acid), adalah sejenis asam nukleat ang tergolong biomolekul utama pen usun berat kering setiap organisme. Di dalam sel, DNA umumn a terletak di dalam inti sel. Se!ara garis besar, peran DNA di dalam sebuah sel adalah sebagai materi genetik" artin a, DNA men impan !etak biru bagi segala akti#itas sel. Ini berlaku umum bagi setiap organisme. Di antara perke!ualian ang menonjol adalah beberapa jenis #irus (dan #irus tidak termasuk organisme) seperti $I% ($uman Immunodefi!ien! %irus).

Daftar isi

& Struktur ' (ungsi biologis o '.& )eplikasi o '.' *iosintesis protein + ,enggunaan DNA dalam teknologi o +.& DNA dalam forensik o +.' DNA dalam komputasi - Sejarah . )eferensi

Struktur
DNA merupakan polimer ang terdiri dari tiga komponen utama, aitu gugus fosfat, gula deoksiribosa, dan basa nitrogen. Sebuah unit monomer DNA ang terdiri dari ketiga komponen tersebut dinamakan nukleotida, sehingga DNA tergolong sebagai polinukleotida. )antai DNA memiliki lebar ''/'- 0, sementara panjang satu unit nukleotida +,+ 01&2. 3alaupun unit monomer ini sangatlah ke!il, DNA dapat memiliki jutaan nukleotida ang terangkai seperti rantai. 4isaln a, kromosom terbesar pada manusia terdiri atas ''5 juta nukleotida1'2.

Struktur untai komplementer DNA menunjukkan pasangan basa (adenin dengan timin dan guanin dengan sitosin) ang membentuk DNA beruntai ganda. )angka utama untai DNA terdiri dari gugus fosfat dan gula ang berselang6seling. 7ula pada DNA adalah gula pentosa (berkarbon lima), aitu '6deoksiribosa. Dua gugus gula terhubung dengan fosfat melalui ikatan fosfodiester antara atom karbon ketiga pada !in!in satu gula dan atom karbon kelima pada gula lainn a. Salah satu perbedaan utama DNA dan )NA adalah gula pen usunn a" gula )NA adalah ribosa. DNA terdiri atas dua untai ang berpilin membentuk struktur heliks ganda. ,ada struktur heliks ganda, orientasi rantai nukleotida pada satu untai berlawanan dengan orientasi nukleotida untai lainn a. $al ini disebut sebagai antiparalel. 4asing6masing untai terdiri dari rangka utama, sebagai struktur utama, dan basa nitrogen, ang berinteraksi dengan untai DNA satun a pada heliks. 8edua untai pada heliks ganda DNA disatukan oleh ikatan hidrogen antara basa6basa ang terdapat pada kedua untai tersebut. 9mpat basa ang ditemukan pada DNA adalah adenin (dilambangkan A), sitosin (:, dari cytosine), guanin (7), dan timin (;). Adenin berikatan hidrogen dengan timin, sedangkan guanin berikatan dengan sitosin.

Fungsi biologis
Replikasi

,ada replikasi DNA, rantai DNA baru dibentuk berdasarkan urutan nukleotida pada DNA ang digandakan. )eplikasi merupakan proses pelipatgandaan DNA. ,roses replikasi ini diperlukan ketika sel akan membelah diri. ,ada setiap sel, ke!uali sel gamet, pembelahan diri harus disertai dengan replikasi DNA supa a semua sel turunan memiliki informasi genetik ang sama. ,ada dasarn a, proses replikasi memanfaatkan fakta bahwa DNA terdiri dari dua rantai dan rantai ang satu merupakan <konjugat< dari rantai pasangann a. Dengan kata lain, dengan mengetahui susunan satu rantai, maka susunan rantai pasangan dapat dengan mudah dibentuk. Ada beberapa teori ang men!oba menjelaskan bagaimana proses replikasi DNA ini terjadi. Salah satu teori ang paling populer men atakan bahwa pada masing6masing DNA baru ang diperoleh pada akhir proses replikasi" satu rantai tunggal merupakan rantai DNA dari rantai DNA sebelumn a, sedangkan rantai pasangann a merupakan rantai ang baru disintesis. )antai tunggal ang diperoleh dari DNA sebelumn a tersebut bertindak sebagai <!etakan< untuk membuat rantai pasangann a. ,roses replikasi memerlukan protein atau en=im pembantu" salah satu ang terpenting dikenal dengan nama DNA polimerase, ang merupakan en=im pembantu pembentukan rantai DNA baru ang merupakan suatu polimer. ,roses replikasi diawali dengan pembukaan untaian ganda DNA pada titik6titik tertentu di sepanjang rantai DNA. ,roses pembukaan rantai DNA ini dibantu oleh beberapa jenis protein ang dapat mengenali titik6titik tersebut, dan juga protein ang mampu membuka pilinan rantai DNA. Setelah

!ukup ruang terbentuk akibat pembukaan untaian ganda ini, DNA polimerase masuk dan mengikat diri pada kedua rantai DNA ang sudah terbuka se!ara lokal tersebut. ,roses pembukaan rantai ganda tersebut berlangsung disertai dengan pergeseran DNA polimerase mengikuti arah membukan a rantai ganda. 4onomer DNA ditambahkan di kedua sisi rantai ang membuka setiap kali DNA polimerase bergeser. $al ini berlanjut sampai seluruh rantai telah benar6benar terpisah. ,roses replikasi DNA ini merupakan proses ang rumit namun teliti. ,roses sintesis rantai DNA baru memiliki suatu mekanisme ang men!egah terjadin a kesalahan pemasukan monomer ang dapat berakibat fatal. 8arena mekanisme inilah kemungkinan terjadin a kesalahan sintesis amatlah ke!il.

Penggunaan DNA dalam teknologi

DNA dalam forensik
Fingerprinting genetika Ilmuwan forensik dapat menggunakan DNA ang terletak dalam darah, semen, kulit, liur atau rambut ang tersisa di tempat kejadian kejahatan untuk mengidentifikasi kemungkinan tersangka, sebuah proses ang disebut fingerprinting genetika atau pemrofilan DNA (DNA profiling). Dalam pemrofilan DNA panjang relatif dari bagian DNA ang berulang seperti short tandem repeats dan minisatelit, dibandingkan. ,emrofilan DNA dikembangkan pada &>?- oleh genetikawan Inggris Ale! @effre s dari Ani#ersitas Bei!ester, dan pertama kali digunakan untuk mendakwa :olin ,it!hfork pada &>?? dalam kasus pembunuhan 9nderb di Bei!estershire, Inggris. *an ak urisdiksi membutuhkan terdakwa dari kejahatan tertentu untuk men ediakan sebuah !ontoh DNA untuk dimasukkan ke dalam database komputer. $al ini telah membantu in#estigator men elesaikan kasus lama di mana pelanggar tidak diketahui dan han a !ontoh DNA ang diperoleh dari tempat kejadian (terutama dalam kasus perkosaan antar orang tak dikenal). 4etode ini adalah salah satu teknik paling terper!a a untuk mengidentifikasi seorang pelaku kejahatan, tetapi tidak selalu sempurna, misaln a bila tidak ada DNA ang dapat diperoleh, atau bila tempat kejadian terkontaminasi oleh DNA dari ban ak orang.

DNA dalam komputasi

DNA memainkan peran penting dalam ilmu komputer, baik sebagai masalah riset dan sebagai sebuah !ara komputasi. )iset dalam algoritma pen!arian string, ang menemukan kejadian dari urutan huruf di dalam urutan huruf ang lebih besar, dimoti#asi sebagian oleh riset DNA, dimana algoritma ini digunakan untuk men!ari urutan tertentu dari nukleotida dalam sebuah urutan ang besar. Dalam aplikasi lainn a seperti editor teCt, bahkan algoritma sederhana untuk maslah ini biasan a men!ukupi, tetapi urutan DNA men ebabkan algoritma6

algoritma ini untuk menunjukkan sifat kasus6mendekati6terburuk dikarenakan jumlah ke!il dari karakter ang berbeda. ;eori database juga telah dipengaruhi oleh riset DNA, ang memiliki masalah khusus untuk menaruh dan memanipulasi urutan DNA. Database ang dikhususkan untuk riset DNA disebut database genomik, dam harus menangani sejumlah tantangan teknis ang unik ang dihubungkan dengan operasi pembandingan kira6kira, pembandingan urutan, men!ari pola ang berulang, dan pen!arian homologi.

Sejarah
DNA pertama kali berhasil dimurnikan pada tahun &?D? oleh ilmuwan Swiss (riedri!h 4ies!her di ;ubingen, @erman, ang menamain a nuclein berdasarkan lokasin a di dalam inti sel. Namun demikian, penelitian terhadap peranan DNA di dalam sel baru dimulai pada awal abad '5, bersamaan dengan ditemukann a postulat genetika 4endel. DNA dan protein dianggap dua molekul ang paling memungkinkan sebagai pembawa sifat genetis berdasarkan teori tersebut. Dua eksperimen pada dekade -56an membuktikan fungsi DNA sebagai materi genetik. Dalam penelitian oleh A#er dan rekan6rekann a, ekstrak dari sel bakteri ang satu gagal men6transform sel bakteri lainn a ke!uali jika DNA dalam ekstrak dibiarkan utuh. 9ksperimen $ershe dan :hase membuktikan hal ang sama dengan menggunakan pen!ari jejak radioaktif (radioactive tracers). 4isteri ang belum terpe!ahkan ketika itu adalah: bagaimanakah struktur DNA sehingga ia mampu bertugas sebagai materi genetikE ,ersoalan ini dijawab oleh (ran!is :ri!k dan kolegan a @ames 3atson berdasarkan hasil difraksi sinar6C DNA oleh 4auri!e 3ilkins dan )osalind (ranklin. :ri!k, 3atson, dan 3ilkins mendapatkan hadiah Nobel 8edokteran pada &>D' atas penemuan ini. (ranklin, karena sudah wafat pada waktu itu, tidak dapat dianugerahi hadiah ini. DNA sampah adalah sekuens DNA berulang ang ditemukan tersebar di dalam genom manusia ang (sebelumn a) belum diketahui fungsin a. Sekuens DNA ini, dikenal sebagai sekuens berulang Alu, dapat ditemukan hampir di setiap tempat pada sekuens panjang dari genom manusia ang tidak diketahui mengontrol fungsi genetik se!ara langsung. 8arena tanpa fungsi genetik ang jelas itulah ia disebut FDNA sampahG. Sekuens DNA (kadang6kadang disebut sekuens genetika) adalah sebuah sebuah seri huruf6huruf mewakilkan struktur primer dari molekul DNA atau <strand< n ata atau hipotetis. $uruf ang digunakan adalah A, C, G, dan T, mewakili empat nukleotida ang merupakan subunit dari untai DNA (adenin, sitosin, guanin, timin), dan biasan a ditulis berjejer tanpa spasi, seperti dalam sekuens berikut AAAGTCTGAC. Sekuens ini kadang disebut informasi genetik. Sebuah deretan dari nukleotida ang lebih dari empat jumlahn a dapat disebut sebuah sekuens.

*erhubungan dengan fungsi biologin a, sebuah sekuens dapat berupa sense atau antisense (lihat DNA), dan kode atau nonkode, sekuens DNA dapat juga membawa DNA sampah.

Sekuensing asam nukleat

Sekuensing asam nukleat atau pengurutan asam nukleat adalah proses penentuan urutan nukleotida pada suatu fragmen DNA atau )NA.

Daftar isi

& 8egunaan sekuensing asam nukleat ' Sekuensing DNA o '.& 4etode Sanger '.&.& 4etode Sanger asli '.&.' Sekuensing d e terminator '.&.+ Automatisasi dan pen iapan sampel o '.' 4etode 4aCam67ilbert o '.+ Sekuensing DNA skala besar + Sekuensing )NA - Bihat pula . ,ranala luar

Kegunaan sekuensing asam nukleat

Sekuens DNA men andikan informasi ang diperlukan bagi makhluk hidup untuk melangsungkan hidup dan berkembang biak. Dengan demikian, penentuan sekuens DNA berguna di dalam ilmu pengetahuan HmurniH mengenai mengapa dan bagaimana makhluk hidup dapat hidup, selain berguna dalam penerapan praktis. 8arena DNA merupakan !iri kun!i makhluk hidup, pengetahuan akan sekuens DNA dapat berguna dalam penelitian biologi manapun. Sebagai !ontoh, dalam ilmu pengobatan sekuensing DNA dapat digunakan untuk mengidentifikasi, mendiagnosis, dan mengembangkan pengobatan pen akit genetik. Demikian pula haln a, penelitian pada agen pen ebab pen akit (patogen) dapat membuka jalan bagi pengobatan pen akit menular. *ioteknologi, ang dapat pula memanfaatkan sekuensing DNA, merupakan bidang ang berkembang pesat dan berpotensi menghasilkan ban ak barang dan jasa berguna. 8arena )NA dibentuk dengan transkripsi dari DNA, informasi ang dikandung )NA juga terdapat di dalam DNA !etakann a sehingga sekuensing DNA !etakan tersebut sudah !ukup untuk memba!a informasi pada )NA. Namun demikian, sekuensing )NA dibutuhkan khususn a pada eukar ota, karena molekul )NA eukar ot tidak selalu sebanding dengan DNA !etakann a karena pemotongan intron setelah proses transkripsi.

Sekuensing DNA
Dewasa ini, hampir semua usaha sekuensing DNA dilakukan dengan menggunakan metode terminasi rantai ang dikembangkan oleh (rederi!k Sanger dan rekan6rekann a 1&2. ;eknik tersebut melibatkan terminasi atau penghentian reaksi sintesis DNA in vitro ang spesifik untuk sekuens tertentu menggunakan substrat nukleotida ang telah dimodifikasi.

sunting! "etode Sanger

7el sekuensing metode Sanger ang telah dilabel radioaktif. ,ada metode terminasi rantai (metode Sanger), perpanjangan atau ekstensi rantai DNA dimulai pada situs spesifik pada DNA !etakan dengan menggunakan oligonukleotida pendek ang disebut primer ang komplementer terhadap DNA pada daerah situs tersebut. Primer tersebut diperpanjang menggunakan DNA polimerase, en=im ang mereplikasi DNA. *ersama dengan primer dan DNA polimerase, diikutsertakan pula empat jenis basa deoksinukleotida (satuan pembentuk DNA), juga nukleotida pemutus atau penghenti rantai (terminator rantai) dalam konsentrasi rendah (biasan a di# deoksinukleotida). ,enggabungan nukleotida pemutus rantai tersebut se!ara terbatas kepada rantai DNA oleh polimerase DNA menghasilkan fragmen6fragmen DNA ang

berhenti bertumbuh han a pada posisi pada DNA tempat nukleotida tertentu tersebut tergabungkan. (ragmen6fragmen DNA tersebut lalu dipisahkan menurut ukurann a dengan elektroforesis gel poliakrilamida, atau sekarang semakin la=im dengan elektroforesis menggunakan tabung gelas berjari6jari ke!il (pipa kapiler) ang diisi dengan polimer kental. Seiring dengan perkembangann a, kini terdapat beberapa ma!am metode sekuensing terminasi rantai ang berbeda satu sama lain terutama dalam hal pendeteksian fragmen DNA hasil reaksi sekuensing.

"etode Sanger asli

,ada metode ang asli, urutan nukleotida DNA tertentu dapat disimpulkan dengan membuat se!ara paralel empat reaksi perpanjangan rantai menggunakan salah satu dari empat jenis basa pemutus rantai pada masing6masing reaksi. (ragmen6fragmen DNA ang kemudian terbentuk dideteksi dengan menandai (labelling) primer ang digunakan dengan fosfor radioaktif sebelum reaksi sekuensing dilangsungkan. 8eempat hasil reaksi tersebut kemudian dielektroforesis pada empat lajur ang saling bersebelahan pada gel poliakrilamida. $asil pengembangan metode ini menggunakan empat ma!am primer ang ditandai dengan pewarna berpendar (fluorescent dye). $al ini memiliki kelebihan karena tidak menggunakan bahan radioaktif" selain menambah keamanan dan ke!epatan, keempat hasil reaksi dapat di!ampur dan dielektroforesis pada satu lajur pada gel. 4etode ini dikenal sebagai metode dye primer se uencing.

Sekuensing dye terminator

:ontoh hasil ba!aan suatu sekuensing metode dye terminator. :ara lain pelabelan primer adalah dengan melabel pemutus rantain a, la=im disebut metode sekuensing dye terminator. 8eunggulan !ara ini adalah bahwa seluruh proses sekuensing dapat dilakukan dalam satu reaksi, dibandingkan dengan empat reaksi terpisah ang diperlukan pada penggunaan primer berlabel. ,ada !ara tersebut, masing6 masing dideoksinukleotida pemutus rantai ditandai dengan pewarna fluoresens, ang berpendar pada panjang gelombang ang berbeda6beda. :ara ini lebih mudah dan lebih !epat dibandingkan penggunaan primer berwarna, namun dapat menimbulkan ketidaksamaan tinggi kur#a atau pun!ak (peak) ang disebabkan oleh ketidaksamaan penggabungan pemutus rantai berwarna berukuran besar pada pertumbuhan DNA (ketidaksamaan tersebut bergantung pada DNA !etakan). 4asalah tersebut telah dapat dikurangi se!ara n ata dengan penggunaan ma!am6ma!am en=im dan pewarna baru ang meminimalkan perbedaan dalam penggabungan.

4etode ini kini digunakan pada sebagian besar usaha reaksi sekuensing karena lebih sederhana dan lebih murah. Primer-primer ang digunakan tidak perlu dilabel se!ara terpisah ( ang bisa jadi !ukup mahal untuk primer ang dibuat untuk sekali pakai), walaupun hal tersebut tidak terlalu bermasalah dalam penggunaan universal primer.

Automatisasi dan pen$iapan sampel

4esin sekuensing DNA automatis modern mampu mengurutkan +?- sampel berlabel fluoresens sekaligus dalam sekali batc! (elektroforesis) ang dapat dilakukan sampai 'kali sehari. $al tersebut han a men!akup proses pemisahan dan proses pemba!aan kur#a" reaksi sekuensing, pembersihan, dan pelarutan ulang dalam larutan pen angga ang sesuai harus dilakukan se!ara terpisah. Antuk memperoleh hasil reaksi berlabel ang dapat dideteksi dari DNA !etakan, metode <sekuensing daur< (cycle se uencing) paling la=im dilakukan. Dalam metode ini dilakukan berturut6turut penempelan primer (primer annealing), ekstensi oleh polimerase DNA, dan denaturasi (peleburan atau melting) untai6untai DNA !etakan se!ara berulang6 ulang ('./-5 putaran). 8elebihan utama sekuensing daur adalah lebih efisienn a penggunaan pereaksi sekuensing ang mahal (*igD e) dan mampun a mengurutkan templat dengan struktur sekunder tertentu seperti !airpin loop atau daerah ka a67:. Setiap tahap pada sekuensing daur ditempuh dengan mengubah temperatur reaksi menggunakan mesin pendaur panas (t!ermal cycler) ,:). :ara tersebut didasarkan pada fakta bahwa dua untai DNA ang komplementer akan saling menempel (berhibridisasi) pada temperatur rendah dan berpisah (terdenaturasi) pada temperatur tinggi. $al penting lain ang memungkinkan !ara tersebut adalah penggunaan en=im DNA polimerase dari organisme termofilik (organisme ang hidup di lingkungan bertemperatur tinggi), ang tidak mudah terurai pada temperatur tinggi ang digunakan pada !ara tersebut (I>.J:).

"etode "a%am#Gilbert
,ada waktu ang kira6kira hampir bersamaan dengan dikenalkann a metode sekuensing Sanger, 4aCam dan 7ilbert mengembangkan metode sekuensing DNA ang didasarkan pada modifikasi kimiawi DNA ang dilanjutkan dengan pemotongan DNA 1'2. 4etode ini mulan a !ukup populer karena dapat langsung menggunakan DNA hasil pemurnian, sedangkan metode Sanger pada waktu itu memerlukan kloning untuk membentuk DNA untai tunggal. Seiring dengan dikembangkann a metode terminasi rantai, metode sekuensing 4aCam67ilbert menjadi tidak populer karena kerumitan teknisn a, digunakann a bahan kimia berbaha a, dan kesulitan dalam scale-up.

Sekuensing DNA skala besar

4etode sekuensing DNA ang kini ada han a dapat merunut sepotong pendek DNA sekaligus. :ontohn a, mesin sekuensing modern ang menggunakan metode Sanger han a dapat men!akup paling ban ak sekitar &555 pasang basa setiap sekuensing 1+2. 8eterbatasan ini disebabkan oleh probabilitas terminasi rantai ang menurun se!ara

geometris seiring dengan bertambahn a panjang rantai, selain keterbatasan fisik ukuran dan resolusi gel. Sekuens DNA dengan ukuran jauh lebih besar kerap kali dibutuhkan. Sebagai !ontoh, genom bakteri sederhana dapat mengandung jutaan pasang basa, sedangkan genom manusia terdiri atas lebih dari + mil ar pasang basa. *erbagai strategi telah dikembangkan untuk sekuensing DNA skala besar, termasuk strategi primer "alking dan s!otgun se uencing. 8edua strategi tersebut melibatkan pembacaan ban ak bagian DNA dengan metode Sanger dan selanjutn a men usun hasil pemba!aan tersebut menjadi sekuens ang runut. 4asing6masing strategi memiliki kelemahan sendiri dalam hal ke!epatan dan ketepatan" sebagai !ontoh, metode s!otgun se uencing merupakan metode ang paling praktis untuk sekuensing genom ukuran besar, namun proses pen usunann a rumit dan rentan kesalahan. Data sekuens bermutu tinggi lebih mudah didapatkan bila DNA bersangkutan dimurnikan dari pen!emar ang mungkin terdapat pada sampel dan diamplifikasi. $al ini dapat dilakukan dengan metode reaksi berantai polimerase bila primer ang dibutuhkan untuk men!akup seluruh daerah ang diinginkan !ukup praktis dibuat. :ara lainn a adalah dengan kloning DNA sampel menggunakan #ektor bakteri, aitu memanfaatkan bakteri untuk <menumbuhkan< salinan DNA ang diinginkan seban ak beberapa ribu pasang basa sekaligus. *iasan a pro ek6pro ek sekuensing DNA skala besar memiliki persediaan pustaka hasil kloning sema!am itu.

Sekuensing RNA
)NA lebih tidak stabil daripada DNA di dalam sel dan lebih rentan terhadap penguraian oleh en=im nuklease se!ara laboratorium. Seperti ang telah disebutkan di atas, kadang kala sekuensing )NA diperlukan walaupun informasi ang dikandung )NA sudah terdapat di dalam DNA, khususn a pada eukar ota. Dalam sekuensing )NA, metode ang umum digunakan adalah mula6mula membentuk fragmen DNA dari )NA tersebut dengan en=im transkriptase balik. 4isaln a, DNA dapat disintesis dari !etakan m)NA dan disebut sebagai DNA komplementer (!DNA). (ragmen DNA tersebut kemudian dapat disekuensing dengan !ara6!ara seperti ang disebutkan di atas.

Reaksi berantai polimerase

T!ermocycler. ,:) umumn a dilakukan di laboratorium se!ara otomatis dengan alat ang dapat mengatur suhu reaksi ini. Reaksi berantai polimerase atau lebih umum dikenal sebagai PCR (kependekan dari istilah bahasa Inggris polymerase chain reaction) merupakan suatu teknik atau metode perban akan (replikasi) DNA se!ara en=imatik tanpa menggunakan organisme. Dengan teknik ini, orang dapat menghasilkan DNA dalam jumlah besar dalam waktu singkat sehingga memudahkan berbagai teknik lain ang menggunakan DNA. ;eknik ini dirintis oleh 8ar 4ullis pada tahun &>?+ dan ia memperoleh hadiah Nobel pada tahun &>>berkat temuann a tersebut. ,enerapan ,:) ban ak dilakukan di bidang biokimia dan biologi molekular karena relatif murah dan han a memerlukan jumlah sampel ang sangat ke!il.

Prinsip kerja PCR

Se!ara prinsip, ,:) merupakan proses ang diulang6ulang antara '5/+5 kali. Setiap siklus terdiri dari tiga tahap. *erikut adalah tiga tahap bekerjan a ,:) dalam satu siklus: &. ;ahap peleburan (melting) atau denaturasi. ,ada tahap ini (berlangsung pada suhu tinggi, >-/>DJ:) ikatan hidrogen DNA terputus (denaturasi) dan DNA menjadi berberkas tunggal. *iasan a pada tahap awal ,:) tahap ini dilakukan agak lama (sampai . menit) untuk memastikan semua berkas DNA terpisah. ,emisahan ini men ebabkan DNA tidak stabil dan siap menjadi templat (<patokan<) bagi primer. Durasi tahap ini &/' menit. '. ;ahap penempelan atau annealing. ,rimer menempel pada bagian DNA templat ang komplementer urutan basan a. Ini dilakukan pada suhu antara -./ D5J:. ,enempelan ini bersifat spesifik. Suhu ang tidak tepat men ebabkan tidak terjadin a penempelan atau primer menempel di sembarang tempat. Durasi tahap ini &/' menit. +. ;ahap pemanjangan atau elongasi. Suhu untuk proses ini tergantung dari jenis DNA6polimerase (, pada gambar) ang dipakai. Dengan ;aK6polimerase, proses ini biasan a dilakukan pada suhu LDJ:. Durasi tahap ini biasan a & menit.

Bepas tahap +, siklus diulang kembali mulai tahap &. ;ahap - pada gambar menunjukkan perkembangan ang terjadi pada siklus6siklus selanjutn a. Akibat denaturasi dan renaturasi, beberapa berkas baru (berwarna hijau) menjadi templat bagi primer lain. Akhirn a terdapat berkas DNA ang panjangn a dibatasi oleh primer ang dipakai. @umlah DNA ang dihasilkan berlimpah karena penambahan terjadi se!ara eksponensial.

Asam ribonukleat
Asam ribonukleat (bahasa Inggris:ribonucleic acid, )NA) sen awa ang merupakan bahan genetik dan memainkan peran utama dalam ekspresi genetik. Dalam dogma pokok (central dogma) genetika molekular, )NA menjadi perantara antara informasi ang dibawa DNA dan ekspresi fenotipik ang diwujudkan dalam bentuk protein.

Daftar isi

& Struktur )NA ' ;ipe6tipe )NA + (ungsi )NA - Interferensi )NA . ,ranala luar

Struktur RNA
Struktur dasar )NA mirip dengan DNA. )NA merupakan polimer ang tersusun dari sejumlah nukleotida. Setiap nukleotida memiliki satu gugus fosfat, satu gugus gula ribosa, dan satu gugus basa nitrogen (basa N). ,olimer tersusun dari ikatan berselang6 seling antara gugus fosfat dari satu nukleotida dengan gugus gula ribosa dari nukleotida ang lain. ,erbedaan )NA dengan DNA terletak pada satu gugus hidroksil tambahan pada !in!in gula ribosa (sehingga dinamakan ribosa). *asa nitrogen pada )NA sama dengan DNA, ke!uali basa timin pada DNA diganti dengan urasil pada )NA. @adi tetap ada empat pilihan: adenin, guanin, sitosin, atau urasil untuk suatu nukleotida. Selain itu, bentuk konformasi )NA tidak berupa pilin ganda sebagaimana DNA, tetapi ber#ariasi sesuai dengan tipe dan fungsin a.

Tipe#tipe RNA
)NA hadir di alam dalam berbagai ma!amMtipe. Sebagai bahan genetik, )NA berwujud sepasang pita (Inggris double-stranded #NA, ds)NA). 7enetika molekular klasik mengajarkan adan a tiga tipe )NA ang terlibat dalam proses sintesis protein: &. )NA6kurir (bahasa Inggris: messenger#NA, m)NA), '. )NA6ribosom (bahasa Inggris: ribosomal-#NA, r)NA), +. )NA6transfer (bahasa Inggris: transfer-#NA, t)NA). ,ada akhir abad ke6'5 dan awal abad ke6'& diketahui bahwa )NA hadir dalam berbagai ma!am bentuk dan terlibat dalam proses pas!atranslasi. Dalam pengaturan ekspresi genetik orang sekarang mengenal )NA6mikro (mi)NA) ang terlibat dalam <peredaman

gen< atau gene silencing dan small-interfering #NA (si)NA) ang terlibat dalam proses pertahanan terhadap serangan #irus.

Fungsi RNA
,ada sekelompok #irus (misaln a bakteriofag), )NA merupakan bahan genetik. Ia berfungsi sebagai pen impan informasi genetik, sebagaimana DNA pada organisme hidup lain. 8etika #irus ini men erang sel hidup, )NA ang dibawan a masuk ke sitoplasma sel korban, ang kemudian ditranslasi oleh sel inang untuk menghasilkan #irus6#irus baru. Namun demikian, peran penting )NA terletak pada fungsin a sebagai perantara antara DNA dan protein dalam proses ekspresi genetik karena ini berlaku untuk semua organisme hidup. Dalam peran ini, )NA diproduksi sebagai salinan kode urutan basa nitrogen DNA dalam proses transkripsi. 8ode urutan basa ini tersusun dalam bentuk HtripletH, tiga urutan basa N, ang dikenal dengan nama kodon. Setiap kodon berelasi dengan satu asam amino (atau kode untuk berhenti), monomer ang men usun protein. Bihat ekspresi genetik untuk keterangan lebih lanjut. ,enelitian mutakhir atas fungsi )NA menunjukkan bukti ang mendukung atas teori Hdunia )NAH, ang men atakan bahwa pada awal proses e#olusi, )NA merupakan bahan genetik uni#ersal sebelum organisme hidup memakai DNA.

&nterferensi RNA
Suatu gejala ang baru ditemukan pada penghujung abad ke6'5 adalah adan a mekanisme peredaman (silencing) dalam ekspresi genetik. 8ode genetik ang dibawa )NA tidak diterjemahkan (translasi) menjadi protein oleh t)NA. Ini terjadi karena sebelum sempat ditranslasi, m)NA di!ernaMdihan!urkan oleh suatu mekanisme ang disebut sebagai <interferensi )NA<. 4ekanisme ini melibatkan paling sedikit tiga substansi (en=im dan protein lain). 7ejala ini pertama kali ditemukan pada nematoda Caenor!abditis elegans tetapi selanjutn a ditemukan pada hampir semua kelompok organisme hidup.

Polymerase chain reaction 'PCR(

#eaksi berantai polimerase Polymerase c!ain reaction (<reaksi 1be2rantai polimerase<, ,:)) merupakan teknik ang sangat berguna dalam membuat salinan DNA. ,:) memungkinkan sejumlah ke!il sekuens DNA tertentu disalin (jutaan kali) untuk diperban ak (sehingga dapat dianalisis), atau dimodifikasi se!ara tertentu. Sebagai !ontoh, ,:) dapat digunakan untuk menambahkan situs en=im restriksi, atau untuk memutasikan (mengubah) basa tertentu pada DNA. ,:) juga dapat digunakan untuk mendeteksi keberadaan sekuens DNA tertentu dalam sampel.

,:) memanfaatkan en=im DNA polimerase ang se!ara alami memang berperan dalam perban akan DNA pada proses replikasi. Namun demikian, tidak seperti pada organisme hidup, proses ,:) han a dapat men alin fragmen pendek DNA, biasan a sampai dengan &5 kb (kbNkilo base pairsN&.555 pasang basa). (ragmen tersebut dapat berupa suatu gen tunggal, atau han a bagian dari suatu gen. ,roses ,:) untuk memperban ak DNA melibatkan serangkaian siklus temperatur ang berulang dan masing6masing siklus terdiri atas tiga tahapan. ;ahapan ang pertama adalah denaturasi !etakan DNA (DNA template) pada temperatur >-6>DJ:, aitu pemisahan utas ganda DNA menjadi dua utas tunggal. Sesudah itu, dilakukan penurunan temperatur pada tahap kedua sampai -.6D5J: ang memungkinkan terjadin a penempelan (annealing) atau hibridisasi antara oligonukleotida primer dengan utas tunggal !etakan DNA. ,rimer merupakan oligonukelotida utas tunggal ang sekuens6n a diran!ang komplementer dengan ujung fragmen DNA ang ingin disalin" primer menentukan awal dan akhir daerah ang hendak disalin. ;ahap ang terakhir adalah tahap ekstensi atau elongasi (elongation), aitu pemanjangan primer menjadi suatu utas DNA baru oleh en=im DNA polimerase. ;emperatur pada tahap ini bergantung pada jenis DNA polimerase ang digunakan. ,ada akhirn a, satu siklus ,:) akan menggandakan jumlah molekul !etakan DNA atau DNA target, sebab setiap utas baru ang disintesis akan berperan sebagai !etakan pada siklus selanjutn a.

)lektroforesis gel
Artikel utama$ %lektroforesis 9lektroforesis gel merupakan salah satu teknik utama dalam biologi molekular. ,rinsip dasar teknik ini adalah bahwa DNA, )NA, atau protein dapat dipisahkan oleh medan listrik. Dalam hal ini, molekul6molekul tersebut dipisahkan berdasarkan laju perpindahann a oleh ga a gerak listrik di dalam matriks gel. Baju perpindahan tersebut bergantung pada ukuran molekul bersangkutan. 9lektroforesis gel biasan a dilakukan untuk tujuan analisis, namun dapat pula digunakan sebagai teknik preparatif untuk memurnikan molekul sebelum digunakan dalam metode6metode lain seperti spektrometri massa, ,:), kloning, sekuensing DNA, atau immuno-blotting ang merupakan metode6 metode karakterisasi lebih lanjut. 7el ang digunakan biasan a merupakan polimer bertautan silang (crosslinked) ang porositasn a dapat diatur sesuai dengan kebutuhan. Antuk memisahkan protein atau asam nukleat berukuran ke!il (DNA, )NA, atau oligonukleotida), gel ang digunakan biasan a merupakan gel poliakrilamida, dibuat dengan konsentrasi berbeda6beda antara akrilamida dan =at ang memungkinkan pertautan silang (cross-linker), menghasilkan jaringan poliakrilamida dengan ukuran rongga berbeda6beda. Antuk memisahkan asam nukleat ang lebih besar (lebih besar dari beberapa ratus basa), gel ang digunakan adalah agarosa (dari ekstrak rumput laut) ang sudah dimurnikan. Dalam proses elektroforesis, sampel molekul ditempatkan ke dalam sumur ("ell) pada gel ang ditempatkan di dalam larutan pen angga, dan listrik dialirkan kepadan a.

4olekul6molekul sampel tersebut akan bergerak di dalam matriks gel ke arah salah satu kutub listrik sesuai dengan muatann a. Dalam hal asam nukleat, arah pergerakan adalah menuju elektroda positif, disebabkan oleh muatan negatif alami pada rangka gula6fosfat ang dimilikin a. Antuk menjaga agar laju perpindahan asam nukleat benar6benar han a berdasarkan ukuran ( aitu panjangn a), =at seperti natrium hidroksida atau formamida digunakan untuk menjaga agar asam nukleat berbentuk lurus. Sementara itu, protein didenaturasi dengan deterjen (misaln a natrium dodesil sulfat, SDS) untuk membuat protein tersebut berbentuk lurus dan bermuatan negatif. Setelah proses elektroforesis selesai, dilakukan proses pewarnaan (staining) agar molekul sampel ang telah terpisah dapat dilihat. 9tidium bromida, perak, atau pewarna <biru :oomassie< (Coomassie blue) dapat digunakan untuk keperluan ini. @ika molekul sampel berpendar dalam sinar ultra#iolet (misaln a setelah <diwarnai< dengan etidium bromida), gel difoto di bawah sinar ultra#iolet. @ika molekul sampel mengandung atom radioaktif, autoradiogram gel tersebut dibuat. ,ita6pita (band) pada lajur6lajur (lane) ang berbeda pada gel akan tampak setelah proses pewarnaan" satu lajur merupakan arah pergerakan sampel dari <sumur< gel. ,ita6pita ang berjarak sama dari sumur gel pada akhir elektroforesis mengandung molekul6molekul ang bergerak di dalam gel selama elektroforesis dengan ke!epatan ang sama, ang biasan a berarti bahwa molekul6molekul tersebut berukuran sama. <4arka< atau penanda (marker) ang merupakan !ampuran molekul dengan ukuran berbeda6beda dapat digunakan untuk menentukan ukuran molekul dalam pita sampel dengan meng6 elektroforesis marka tersebut pada lajur di gel ang paralel dengan sampel. ,ita6pita pada lajur marka tersebut dapat dibandingkan dengan pita sampel untuk menentukan ukurann a. @arak pita dari sumur gel berbanding terbalik terhadap logaritma ukuran molekul.

Kromosom

Gambar *+ 8romosom. (&) 8romatid. Salah satu dari dua bagian identik kromosom ang terbentuk setelah fase S pada pembelahan sel. (') Sentromer. ;empat persambungan kedua kromatid, dan tempat melekatn a mikrotubulus. (+) Bengan pendek (-) Bengan panjang. Kromosom merupakan struktur makromolekul besar ang memuat DNA ang membawa informasi genetik dalam sel. DNA terbalut dalam satu atau lebih kromosom. Sebuah kromosom (dalam bahasa Ounani c!roma N warna dan somaN badan) adalah seberkas DNA ang sangat panjang dan berkelanjutan, ang terdapat ban ak gen unsur regulator dan sekuens nukleotida lainn a. Dalam kromosom eukariota, DNA ang tidak terkondensasi berada dalam struktur order6 Kuasi dalam nukleus, dimana ia membungkus histon (protein struktural, 7ambar &), dan di mana material komposit ini disebut !hromatin. Selama mitosis (pembelahan sel), kromosom terkondensasi dan disebut kromosom metafase. $al ini men ebabkan masing6 masing kromosom dapat diamati melalui mikroskop optik. Setiap kromosom memiliki dua lengan, ang pendek disebut lengan p (dari bahasa ,eran!is petit ang berarti ke!il) dan lengan ang panjang lengan , (K mengikuti p dalam alfabet). ,rokariota tidak memiliki histon atau nukleus. Dalam keadaan santain a, DNA dapat diakses untuk transkripsi, regulasi, dan replikasi. 8romosom pertama kali diamati oleh 8arl 3ilhelm #on NPgeli pada &?-' dan !iri6 !irin a dijelaskan dengan detil oleh 3alther (lemming pada &??'. ,ada &>&5, ;homas $unt 4organ membuktikan bahwa kromosom merupakan pembawa gen.