SINTESIS ASAM NUKLEAT

Nadia Huda Apriliana

1306370474
Kelompok Urasil
Abstrak. Di dalam inti sel para peneliti menemukan suatu molekul yang bersifat asam karena
penemuannya di dalam inti sel dan sifatnya yang asam maka para peneliti menamakan asam
nukleat meski belakangan ini asam nukleat juga ditemukan di luar inti. Asam Nukleat merupakan
senyawa majemuk yang dibuat dari banyak nukleotida. Nukleotida mengandung 3 komponen
utama yaitu gula pentosa, gugus fosfat dan basa nitrogen. Terdapat dua jenis asam nukleat yaitu
Deoxyribo Nucleid Acid (DNA) dan Ribo Nucleid Acid (RNA). Bila nukleotida mengandung ribose,
maka asam nukleat yang terjadi adalah RNA (Ribnucleic acid = asam ribonukleat) yang berguna
dalam sintesis protein. Bila nukleotida mengandung deoksiribosa, maka asam nukleat yang terjadi
adalah DNA (Deoxyribonucleic acid = asam deoksiribonukleat) yang merupakan bahan utama
pembentukan inti sel. Sebelum sel mengalami pembentukan inti dan sebelum protein di sintesis,
terlebih dahulu DNA dan RNA harus di sintesis. Sintesis DNA dan RNA ini merupakan sintesis dari
asam nukleat. Sintesis DNA dikenal dengan replikasi DNA yang melibatkan reaksi polimerasi dari
DNA sedangkan sintesis RNA yang biasanya ditemui saat sintesisi protein hanya terjadi di tahap
transkripsi yang terdiri atas tahap inisiasi, elongasi dan terminasi)
Kata Kunci: RNA, DNA, Replikasi DNA, helikase, primase, enzim polimerase, ligase, transkripsi
RNA, inisiasi, elongasi, terminasi,
Materi:
I.

SINTESIS DNA
DNA (deoxyribonucleic acid) atau asam deoksiribosa nukleat (ADN) merupakan tempat
penyimpanan informasi genetic. Saat suatu sel membelah secara mitosis, tiap-tiap sel hasil
pembelahan mengandung DNA penuh dan identik seperti induknya. Dengan demikian, DNA harus
secara tepat direplikasi sebelum pembelahan dimulai. Replikasi DNA inilah yang merupakan
sintesis DNA. Replikasi DNA yaitu proses perbanyakan bahan genetik atau pengkopian rangkaian
molekul bahan genetik( DNA atau RNA) sehingga dihasilkan molekul anakan yang sangat identik.
Dalam sintesis DNA, dikenal dengan 3 metode sintesis yaitu metode konservatif, metode
dispersive dan metode semi konservatif.

Gambar 1. Model Replikasi DNA

DNA memiliki bentuk fisik berupa untaian rantai ganda yang dikenal dengan istilah double helix.
Saat awal replikasi double helix pada utaian DNA harus terurai. Untaian heliks ganda pada DNA ini
mengandung basa nitrogen yang saling komplementer sehingga dibutuhkan enzim dalam
pemutusan ikatan hydrogen dalam basa komplementer tersebut. Enzim tersebut adalah enzim
helicase. Proses replikasi dalam molekul DNA juga dimulai pada suatu titik yang
disebut dengan Origin of Replication (Ori). Pada titik ini, DNA akan membentuk seperti
gelembung kecil,dimana ikatan hidrogen antara basa-basa terputus dan pasangan
basanya terpisah. Heliks mulai membuka uliran (Ma, et.al., 1998). Pemutusanikatan tersebut
terjadi pada rantai yang kaya akan ikatan A-T. Hal tersebutdikarenakan ikatan antara adenin dan
timin yang hanya merupakan ikatan rangkapvdua, sedangkan pada ikatan antara sitosin dan
guanin adalah ikatan rangkap tiga. Struktur yang dihasilkan dalam proses ini disebut
dengan Replication Fork.

Gambar 2. Pemutusan ikatan hydrogen pada basa-basa nitrogen

Dalam pemutusan untaian ganda tersebut diperlukan DNA girase yang akan membuat
energi yang dibutuhkan saat pemutusan tersebut tidak terlalu besar. Selain itu juga akan ada
single-strand binding protein pada masing-masing rantai DNA agar masing-masing rantai tersebut
menjadi stabil.

Gambar 3 single-strand binding protein pada struktur Replication Fork

Hasil pemutusan ikatan hydrogen ini menghasilkan dua DNA dengan rantai tunggal.
Mekanisme replikasi pada kedua rantai yang telah dipisahkan tersebut adalah sama atau idientik.
Masing-masing rantai untaian tunggal atau rantai polinukleotida tersebut akan menjadi rantai dasar
(template) untuk membentuk dua untai rantai DNA baru. Di untaian tunggal DNA terjadi pengikatan

primase RNA pada titik awal rantai induk 3-5 dengan bantuan enzim primase. Primase RNA dapat
menarik nukleotida RNA yang berikatan dengan nukleotida DNA dari untai 3-5 dikarenakan
ikatan hidrogen antar basanya. Nukleotida RNA adalah primer (starter) untuk ikatan nukleotida
DNA.

Gambar 4. Tahap pembentukan RNA primer

Pembentukan nukleotida DNA dilakukan oleh DNA polymerase III. DNA polimerase hanya
dapat mereplikasi dalam satu arah, (hanya bekerja dari ujung 5 ke ujung 3) sehingga muncul dua
mekanisme duplikasi dari rantai DNA.
a. Cetakan 5-3
Cetakan 5-3 disebut sebagai leading strand karena DNA polimerase III dapat membaca cetakan
dan secara kontinu menambah nukleotida(komplemen dari cetakan nukleotida, sebagai contoh
adenin berlawanan dengan timin).
b. Cetakan 3-5
Cetakan 3-5 tidak dapat dibaca dengan DNA polimerase III. Replikasi dari cetakan ini rumit dan
DNA barunya disebut lagging strand. Pada lagging strand RNA primase menambah lebih banyak
RNA primer. DNA polimerase II membaca cetakan. Jarak antara dua RNA primer disebut sebagai
fragmen Okazaki.

Gambar 5. Tahap pembentukan leading strand dan lagging strand

Gambar 6. Fragmen Okazaki

RNA primer penting untuk DNA polimerase III berikatan dengan nukleotida. Kemudian RNA
primer dipindahkan oleh DNA Polimerase I pada lagging strand. Jarak didekatkan dengan adanya
pengaruh DNA polymerase (menambahkan nukleotida komplementer pada jarak tersebut) dan
DNA ligase (menambahkan fosfat pada gap antara fosfat dan gula).

Gambar 7. Tahap pembacaan fragmen oleh DNA polimerase I

Langkah terakhir dari tahapan replikasi DNA adalah terminasi. Tahapan ini terjadi ketika
DNA polymerase mencapai titik akhir untai. Kita dapat dengan mudah memahami bahwa pada
akhir tahapan lagging strand, ketika RNA primer dipindahkan tidak mungkin bagi DNA polymerase
untuk mengisi kekosongan tersebut (karena tidak ada primer). Sehingga, ujung dari untai induk
dimana primer terakhir tidak direplikasi. Ujung dari DNA linear terdiri dari DNA noncoding yang
berulang ulang dan disebut telomere. Sebagai hasilnya, bagian dari telomere dipindahkan pada
tiap siklus replikasi DNA.
Replikasi DNA tidak sempurna sebelum terjadi mekanisme perbaikan terhadap
kesalahankesalahan yang mungkin terjadi selama replikasi. Enzim seperti nuklease akan
memindahkan nukleotida yang salah dan DNA polimerase akan mengisi kekosongan (gap)
tersebut.

Gambar 8. DNA hasil replikasi

Gambar 9. Rangkaian tahap Replikasi DNA

II.

SINTESIS RNA
RNA merupakan RNA ( ribonucleic acid ) atau asam ribonukleat merupakan
makromolekul yang berfungsi sebagai penyimpan dan penyalur informasi genetik. RNA dapat
disintesis dengan berlangsungnya sintesis protein. Pada tahap sintesis protein terdapat dua tahap
transkripsi dan translasi dan pada tahap transkripsi lah RNA disintesis.cProses transkripsi adalah
pembentukan molekul RNA sesuai pesan yang diberikan oleh DNA. Pada tahap ini informasi
genetik diberikan kepada molekul RNA yang terbentuk selaku perantara dalam sintesis protein.
Transkripsi juga merupakan sintesis RNA dari salah satu rantai DNA, yaitu rantai cetakan atau
sense, sedangkan rantai komplemennya disebut rantai antisense. Rentangan DNA yang
ditranskripsi menjadi molekul RNA disebut unit transkripsi. Informasi dari DNAuntuk sintesis protein
dibawa oleh mRNA. RNA dihasilkan dari aktifitas enzim RNA polimerase. Enzim polimerasi
membuka pilinan kedua rantai DNA hingga terpisah danmerangkaikan nukleotida RNA. Enzim
5

RNA polimerase merangkai nukleotida-nukleotidaRNA dari arah 5 ke 3, saat terjadi perpasangan

basa di sepanjang cetakan DNA. Urutannukleotida spesifik di sepanjang cetakan DNA. Urutan
nukleotida spesifik di sepanjang DNA menandai dimana transkripsi suatu gen dimulai dan diakhiri.
Transkripsi terdiri dari 3 tahap yaitu: inisiasi (permulaan), elongasi (pemanjangan), terminasi
(pengakhiran) rantai mRNA.

Inisiasi
Inisiasi merupakan tahapan awal dari sintesis RNA. Sama halnya dengan sintesis pada
DNA, untaian dari molekul DNA harus di pisah terlebih dahulu. Pemisahan pertama terjadi di
promoter. pengikatan enzim ke urutan promotor dalam DNA (biasanya ditemukan upstream dari
gen). DNA helix ganda dibuka oleh aktivitas helikase enzim. Di promoer juga tempat dimana RNA
polimerase yang akan membuka rantai untaian tersebut. RNA polimerase melekat atau berikatan
dengan promoter dibantu oleh adanya faktor sigma. Faktor sigma atau kofaktor merupakan
subunit RNA polimerase. Setelah promoter berikatan dengan kumpulan protein yang disebut
kofaktor-kofaktor. Kumpulan antara promoter, RNA polimerase, dan kofaktor-kofaktor ini disebut
kompleks inisiasi transkripsi. Selanjutnya, RNA polimerase membuka rantai ganda DNA. Setelah
proses inisiasi terjadi maka faktor sigma akan berdisosiasi dari RNA polimerase, bersama-sama
dengan DNA dan RNA nasen (RNA yang baru disintesis), akan membentuk kompleks terner atau
kompleks yang terdiri atas tiga komponen. Dengan adanya kompleks terner ini RNA polimerase
dapat berjalan di sepanjang molekul DNA.

Elongasi

Pada tahap elongasi ini, RNA mengalami pertumbuhan memanjang seiring dengan
pembentukan pasangan basa nitrogen DNA pada ujung 3 nya. Sehingga, proses elongasi RNA
berlangsung dari arah 5 ke 3, sementara RNA polimerasenya sendiri bergerak dari arah 3 ke 5 di
sepanjang untai DNA template. Pembentukan RNA analog dengan pembentukan pasangan basa
nitrogen pada replikasi.

Terminasi

Terminator adalah bagian gen yangg terletak disebelah hilir dari bagian struktural yg
berperanan dalam pengakhiran (terminasi) proses transkripsi. Fungsi terminator adalah
memberikan sinyal pada enzim RNA polimerase agar menghentikan proses transkripsi.
Berakhirnya proses elongasi RNA juga ditandai oleh terlepasnya enzim RNA polimerase beserta
kofaktor-kofaktornya dari untai DNA template. Begitu pula halnya dengan molekul RNA hasil
sintesis. Terlepasnya RNA polimerase dan kofaktor-kofaktor tersebut dikarenakan telah dicapainya
suatu urutan basa tertentu.
Terminasi transkripsi dapat terjadi oleh dua macam sebab, yaitu terminasi yang hanya
bergantung kepada urutan basa cetakan (disebut terminasi diri) dan terminasi yang memerlukan
kehadiran suatu protein khusus (protein rho). Di antara keduanya terminasi diri lebih umum
dijumpai. Inisiasi transkripsi berikutnya tidak harus menunggu selesainya tahapan transkripsi
sebelumnya. Hal ini dikarenakan, ketika RNA polimerase telah melakukan pemanjangan 50 hingga
60 nukleotida, promoter dapat mengikat RNA polimerase yang lain. Pada gen-gen yang
ditranskripsi dengan cepat re-inisiasi transkripsi dapat terjadi berulang-ulang sehingga gen
tersebut akan terselubungi oleh sejumlah molekul RNA dengan tingkat penyelesaian yang
berbeda-beda.

Gambar 10. Tahap-tahap transkripsi RNA

PERBEDAAN SINTESIS ASAM NUKLEAT SEL EUKARIOT DAN PROKARIOTIK
Replikasi DNA
Perbedaan antara replikasi DNA prokariotik dan eukariotik sebagian besar terkait dengan
kontras dalam ukuran dan kompleksitas DNA dan sel-sel dari organisme ini. Sel eukariotik ratarata memiliki 25 kali lebih banyak DNA dari sel prokariotik. Pada sel prokariotik, hanya ada satu
titik asal, replikasi terjadi dalam dua arah berlawanan pada saat yang sama, dan berlangsung
dalam sitoplasma sel. Sel eukariotik di sisi lain, memiliki beberapa tempat asal, dan menggunakan
replikasi searah dalam inti sel. Sel prokariotik memiliki satu atau dua jenis polimerase, sedangkan
eukariota memiliki empat atau lebih. Replikasi juga terjadi pada tingkat yang jauh lebih cepat
dalam sel prokariotik, dibandingkan pada eukariota. Beberapa bakteri mengambil hanya 40 menit,
sementara sel-sel hewan seperti manusia bisa memakan waktu hingga 400 jam. Selain itu,
eukariota juga memiliki proses yang berbeda untuk mereplikasi telomere pada ujung kromosom
mereka. Dengan kromosom melingkar mereka, prokariota tidak memiliki ujung untuk mensintesis.
Terakhir, replikasi pendek dalam prokariota terjadi hampir terus-menerus, tetapi sel eukariotik
hanya mengalami replikasi DNA selama S-fase dari siklus sel.
Transkripsi RNA
Pada eukariotik terdapat berbagai macam atau kelas gen dan dari setiap gen dibutuhkan
RNA polimerase yang berbeda-beda. Macam-macam RNA polimerase pada eukariotik adalah
sebagai berikut:

RNA polimerase I (RNA Pol I) mentranskripsi sebagian besar gen rRNA. Enzim ini terdapat
di dalam nukleoli.

RNA polimerase II (RNA Pol II) mentranskripsi semua gen penyandi protein dan beberapa
gen RNA nuklear kecil (snRNA). Enzim ini terdapat di dalam nukleoplasma.

RNA polimerase III (RNA Pol III) mentranskripsi gen-gen tRNA, 5S rRNA, U6 snRNA dan
beberapa RNA kecil lainnya. Enzim ini terdapat di dalam nukleoplasma.
7

Dikarenakan sel prokariot merupakan sel yang tidak memiliki membran inti, tempat
pelaksaan transkripsi tidak dapat dibedakan dengan translasi. Sehingga, memungkinkan translasi
mRNA dimulai saat transkripsi masih berlangsung. Sedangkan untuk eukariot sebelum RNA bisa
meninggalkan nukleus, transkrip RNA eukariotik dari gen pengode protein dimodifikasi dalam
berbagai cara, menghasilkan Mrna akhir yang fungsional.

Kesimpulan
Asam Nukleat merupakan senyawa majemuk yang dibuat dari banyak nukleotida.
Nukleotida mengandung 3 komponen utama yaitu gula pentosa, gugus fosfat dan basa nitrogen.
Terdapat dua jenis asam nukleat yaitu Deoxyribo Nucleid Acid (DNA) dan Ribo Nucleid Acid (RNA).
DNA tersebut dapat melakukan proses sintesis DNA ( replikasi DNA ). Replikasi DNA adalah
proses penggandaan rantai ganda DNA. Pada sel, replikasi DNA terjadi sebelum pembelahan sel.
Sedangkan RNA dapat melakukan sintesis yang tahap pembentukannya ada di dalam tahap
sintesis protein yaitu tahap transkripsi. Transkripsi RNA teridiri atas Inisiasi, elongasi dan terminasi
Sintesis asam nukleat yang merupakan sintesis DNA dan RNA memilki beberpa perbedaan
yang terjadi pada sel eukariotik dan prokariotik. Pada replikasi DNA perbedaan dapat dilihat dari
waktu berlangsungnya, kecepatan replikasi,, ukuran dan kompleksibilitas DNA. Sedangkan pada
transkripsi RNA perbedaan dapat diliat dari tempat pelaksanaan transkripsi nya dengan translasi
serta RNA polymerase yang digunakan.

DAFTAR PUSTAKA

Necel. (2009). DNA dan RNA. [Online] dari : www.scribd.com/doc/23427509/DNA dan RNA.
[Diakses pada : 22 Februari 2015]
Campbell, Neil A, Reece, Jane B, dkk. 2011. Biology Ed.9. United States : Pearson
Yuwono, Triwibowo. 2007. Biologi Molekular. Jakarta : Erlangga
Colome, Jaime. Cano, Raul. Stansfield, William. 2006. Biologi Molekular dan Sel. Jakarta;
Erlangga
Nuning. (2014). Sintesis Protein. [Online] dari: http://www.academia.edu/4590317/Sintesis_Protein
[Diakses Pada: 22 Februari 2015]
Damayantie, E. (2011). Replikasi DNA dan Abnormalitasnya pada Pertumbuhan Sel Tumor.
[Online] dari : http://www.academia.edu/5085250/makalah._Replikasi_DNA
[Diakses pada : 22 Februari 2015]