KELOMPOK 2 :

Muh. Agus Mauluddin

122210101103

Ahcmad Subhan Z.

132210101088

Muh. Iqbal MH

132210101104

Dwi Anggita

142210101104

Inge Cellianada

142210101105
Pertanyaan dan Jawaban Diskusi Bioteknologi
Bioinformatika dan Perancangan Primer

1. Jelaskan jalur signaling dari protein THRA! (12-18)

Hormon

Tiroid

(THS)

adalah

regulator

penting

dari

pertumbuhan,

perkembangan, dan metabolisme. Tindakan TH dimediasi oleh T3 (3,5,3-triiodo-Lthyronine). Hormon tiroid, L-tiroksin (T4) dan T3 masuk ke dalam sel melalui protein
transporter. Meskipun bentuk utama dari TH dalam darah adalah T4, selang waktu
akan diubah ke hormon T3 yang lebih aktif dalam sel. T3 mengikat reseptor hormon
tiroid nuklear (TRS), yang berfungsi sebagai faktor transkripsi ligan dan mengontrol
ekspresi gen target (aksi genom). Mekanisme Nongenemik aksi dimulai pada reseptor
integrin. Membran plasma alpha (v) beta (3)-integrin memiliki situs mengikat yang
berbeda untuk T3 dan T4. Salah satu situs mengikat T3 dan mengaktifkan jalur

posphatidylinositol 3-kinase (PI3K). Situs pengikatan lainnya mengikat keduanya

yaitu T3 dan T4 dan mengaktifkan jalur kinase ERK1/2 MAP.
2. Apa pengaruh TM pada produk primer? (13-18)
Tm merupakan salah satu parameter pemilihan primer yang baik. Tm
merupakan temperature yang di perlukan oleh separuh primer duplek untuk
mengalami disosiasi atau lepas ikatan. Suhu leleh (Tm) primer 50-60oC dengan selisih
Tm antara kedua primer < 5oC. Dalam memilih primer, yang diperhatikan adalah
selisih suhu antara kedua primer karena Tm akan mempengaruhi pemilihan suhu
annealing pada proses PCR.
suhu annealing tinggi akan menyulitkan terjadinya ikatan primer dengan DNA
template sehingga akan menghasilkan produk PCR yang rendah (kurang efisien).
Suhu annealing terlalu rendah akan menyebabkan terjadinya penempelan primer
pada DNA template yang tidak spesifik.
3. Apa yang terjadi jika hasil pencarian BLAST tidak 100 %? (14-93)
Primer yang sudah dirancang diuji spesifisitasnya di nucleotide BLAST di
website NCBI. Jika pada protein THRA bernilai ident 100% dan query cover 100%.
Ini menunjukkan bahwa primer yang dirancang telah spesifik dengan nucleotide target
dari Homo sapiens, tidak untuk DNA target lainnya. Jika hasil Blast tidak 100%
menunjukkan bahwa primer yang kita miliki tidak memiliki mempunyai persamaan
100% dengan nucleotide target. Dampaknya primer tersebut tidak hanya akan
mengamplifikasi daerah yang kita inginkan, dapat menempel pada daerah lain di
genom organisme target serta menempel pada DNA organisme lain yang mungkin
tercampur bersama DNA Homo sapiens pada protein THRA ketika isolasi DNA.
4. Apa fungsi positif THRA selain berperan pada penyakit Papillary Thyroid
Carcinoma? (14-71)
Hormon tiroid

(THS)

adalah

regulator

penting

dari

pertumbuhan,

perkembangan dan metabolisme. Proetin ini memperantarai respons hormon tiroid.

Reseptor ini sering berfungsi sebagai heterodimer dengan faktor transkripsi lain
seperti reseptor retinoat X dan reseptor asam retinoat. Kerja TH terutama dimediasi
oleh T3 (3,5,3'-triiodo-L-thyronine). hormon tiroid, L-tiroksin (T4) dan T3 masuk ke
dalam sel melalui protein transporter. Meskipun bentuk utama dari TH dalam darah
adalah T4, waktunya akan diubah ke T3 hormon lebih aktif dalam sel. Mutasi titik
pada gen THRA, menimbulkan reseptor T3 abnormal, merupakan penyebab dari

sindroma resistensi general. Yang salah satu penyakitnya adalah Papillary Thyroid
Carcinoma.
5. Jelaskan bagaimana cara menentukan codon start dan codon stop beserta
penjelasannya? (12-88)
Kodon start sendiri adalah kodon pertama yang di terjemahkan pada saat
translasi dengan di bantu oleh factor inisiasi agar dapat di kenal oleh ribosom. Kodon
start pada protein THRA adalah ATG. Kodon stop pada protein THRA adalah
TGA,TAA, TAG. Stop kodon disebut juga kodon terminal yang tidak menyandikan
asam amino. Kodon stop menyebabkan proses translasi berakhir dengan bantuan
factor pelepasan untuk melepas ribosom.
6. Apa perbedaan dari jalur signaling THRA dengan jalur pathways? (14-43)
Pada jalur signaling THRA menjelaskan tentang jalur mediasi dari protein
THRA. Sedaangkan jalur pathways menjelaskan mekanisme kerja dari protein THRA.