MURTIARNI PUTRI

06101010025
REPLIKASI DNA
2012 06.27
Replikasi DNA merupakan proses penggandaan / duplikat rantai DNA menghasilkan
DNA yang baru. Terdapat tiga hipotesis mengenai replikasi DNA yaitu :
1. Hipotesis pertama, menyatakan bahwa pada proses replikasi DNA, DNA yang lama
akan tetap dan langsung menghasilkan double helix yang baru, disebut dengan
konservatif.
2. Hipotesis kedua yaitu, menyatakan bahwa double helix akan terputus putus dan
selanjutnya segmen segmen tersebut akan membentuk segmen-segmen baru
yang bergabung dengan segmen-segmen lama dan akan membentuk DNA yang
baru. Hipotesis ini disebut dispersif.
3. Hipotesis ketiga yaitu, menyatakan bahwa dua pita spiral dari double helix akan
memisahkan diri dan setiap pita tunggal mencetak pita pasangannya, disebut
dengan semi konservatif.
Teori mengenai replikasi DNA oleh Watson dan Crick menyatakan bahwa proses
replikasi DNA terjadi secara semikonservatif. Hipotesis ini mendapat dukungan kuat
dari M.S.Meselson dan F.W. Stahl. Mereka melakukan percobaan dengan menggunakan
baktei Escherichia coli sebagai organisme percobaan.
Replikasi heliks DNA dimulai dengan pemisahan kedua untaian DNA yang saling
melengkapi. Setiap untaian kemudian bertindak sebagai cetakan untuk pembentukan
sebuah molekul DNA baru melalui penambahan deoksiribonukleosid trifosfat secara
berurutan. Nukleotid yang harus ditambahkan pada setiap tahapan dipilih melalui
suatu proses yang mengharuskannya membentuk perpasangan basa komplementer
dengan nukleotid berikutnya dalam untaian induk, sehingga dengan demikian
membentuk sebuah untaian DNA baru yang saling melengkapi dengan untaian induk.
Pada akhirnya informasi genetik diduplikasi secara keseluruhan sehingga terbentuklah
dua buah heliks rangkap DNA yang lengkap, masing- masing mempunyai urutan
nukleotid yang identik dengan urutan pada heliks DNA induk yang bertindak sebagai
cetakan. Karena setiap molekul DNA turunan tersusun dari sebuah untaian asli dan
sebuah untaian bentukan baru.

Enzim yang berperan dalam proses replikasi DNA :

1. Enzim Helicase
Enzim ini berfungsi untuk memotong untaian DNA yang doble heliks pada proses
replikasi DNA menggunakan enegi kimia.
2. Enzim topoisomerase
Berfungsi untuk membantu helicase untuk memotong untaian DNA dengan
mengurangi tegangan untaian DNA.
3. Enzim DNA polimerase
Berfungsi untuk memperpanjang untaian DNA baru.
4. Enzim Ligase
Berfungsi untuk melekatkan fragmen-fragmen okazaki.
5. Enzim Primerase
Enzim yang memungkinkan akses pembentukan RNA primer.

Tahapan replikasi DNA :

1. Struktur DNA yang doble helix diputuskan ikatannya oleh enzim DNA helicase
membentuk DNA dengan untaian tunggal. Proses awal pemutusan atau titik awal
 replikasi ini disebut dengan ORI ( The Origin of Replication ). Dan akan membentuk
percabangan untaian struktur DNA ( replication fork ).
2. Struktur DNA tunggal yang terbentuk distabilkan oleh protein-protein pengikat DNA
yag disebut Single Srand Biding protein ( SSB ).
3. Helikase pada proses sintesis DNA yang baru akan berikatan dengan enzim
primerase untuk memungkinkan akses pembentukan RNA primer.
4. Enzim polimerase akan memulai replikasi DNA dan akan memperpanjang untaian
DNA yang terbentuk, yaitu leadding strand ( DNA yang disintesis secara kontinu
dan lagging strand (DNA yang disintesis dalam framen yang pendek ( 1-5kb) yang
disebut fragmen Okazaki.
5. leading strand dan lagging strand selama selama replikasi DNA. DNA polimerase
memenjangkan untaian hanya dalam arah 5-3. Sedangkan lagging strand harus
tumbuh kontinu dengan arah 3-5.
6. Enzim ligase kemudian berperan dalam menyambungkan fragmen-fragmen
tersebut.

Kesalahan-kesalahan dalam replikasi DNA menyebab mutasi. Salah satu ciri yang
paling mengesankan dalam replikasi DNA adalah ketelitiannya. Dalam proses tersebut
terdapat beberapa mekanisme pengoreksi yang bertugas membuang nukleotid yang
salah posisi; akibatnya, urutan nukleotid dalam sebuah molekul DNA disalin dengan
kesalahan kurang dari satu untuk setiap 109 nukleotid yang ditambahkan.
Bagaimanapun, jarang sekali mesin replikasi melewatkan beberapa buah nukleotid,
atau justru menambahkan nukleotid lebih dari semestinya, atau memasangkan sebuah
T padahal semestinya adalah C, atau memasangkan sebuah A padahal seharunya G.
Setiap perubahan seperti ini dalam urutan DNA adalah sebuah kesalahan genetik
disebut mutasi, yang akan terus disalindan di transmisikan ke semua generasi sel
berikutnya, karena urutan DNA yang salah secar lugu akan diangga sebagai urutan
yang benar. Akibat yang ditimbulkan oleh kesalahan semacam ini bisa besar, karena
perubahan sebuah nukleotid tunggal saja dapat menimbulkan pengaruh-pengaruh
yang tidak sepele terhadap sel, tergantung dari di bagian mana mutasi telah terjadi.
Para pakar genetika menyakini bahwa gen-gen menentukan struktur setiap protein.
Dengan demikian, mutasi dalam sebuah gen yang disebabkan oleh berubahnya urutan
DNA, myngkin menagkibatkan tidak aktifnya protein yang sangat penting dan ini
menyebabkan sel yang bersangkutan mati. Sebuah mutasi mungkindapat terjadi di
bagian tidak penting sehingga tidak menimbulkan pengaruh sama sekali, mutasi ini
disebut dengan silent mutasi.
Kesalahan pemasangan awal antara nukleotida yang baru masuk dan nukleotida
yang sudah ada di untai cetakan 100.000 kali lebih umum terjadi suatu tingkat
kesalahn sebesar 1 dalam 10.000 pasangan basa. Salah satu mekanisme perbaikan
DNA, perbaikan salah pasang ( mismatch repair ), memperbaiki kesalahan-kesalahan
yang terjadi ketika DNA disalin. Selama replikasi DNA, DNA polimerase sendirilah yang
melakukan perbaikan salah pasang. Polimerase ini mengoreksi setiap nukleotida
terhadap cetakannya begitu nukleotida ditambahkan pada untaian.
Selain perbaikan kasalahan replikasi, pemeliharaan informasi genetik yang dikode
dalam DNA juga menuntut perbaikan kerusakan pada DNA yang ada. Molekul-molekul
DNA selalu terancam oleh agen fisis dan kimiawi yang bisa melukai. Zat-zat kimia
reaktif, emisi radioaktif, sinar X, dan cahaya ultraviolet dapat mengubah nukleotida
dengan cara yang dapat berpengaruh pada informasi genetik yang terkode, umumnya
berpengaruh buruk.
Seperti halnya perbaikan salah pasang, kebanyakan mekanisme perbaikan DNA
rusak memanfaatkan struktur pasangan basa yang dimiliki DNA. Biasanya, satu
segman dari untai yang mengandung kerusakan dipotong habis dan dibuang( dieksisi,
excised ) oleh suatu enzim pemotong DNA yaitu Nuklease. Dan celah yang terbentuk
diisi dengan nukleotida-nukleotida yang pasangannya sesuai dengan nukleotida yang
terdapat dalam untai yang tidak rusak. Enzim yang terlibat dalam pengisian celah ini
adalah DNA polimerase dan DNA ligase. Perbaikan DNA tipe ini disebut perbaikan
eksisi ( excision repair ).

Pengertian Replikasi DNA

Replikasi adalah proses duplikasi DNA secara akurat. genom manusia pada satu sel
terdiri sekitar 3 milyar dan pada saat replikasi harus diduplikasi secara akurat (persis
tidak boleh ada yang salah). Replikasi adalah transmisi vertical (dari sel induk ke sel
anak supaya informasi genetik yang diturunkan sama dengan sel induk). Replikasi
hanya terjadi pada fase S (pada mamalia), Replikasi terjadi sebelum sel membelah dan
selesai sebelum fase M.

Salah satu sumber kesalahan DNA adalah pada kesalahan replikasi yang
dipengaruhi oleh berbagai factor, diantaranya karena kondisi lingkungan dan
kesalahan replikasi sendiri sehingga menyebabkan terjadinya mutasi. Supaya replikasi
sel dari generasi ke generasi tidak terjadi kesalahan maka perlu ada repair DNA. Selain
karena kesalahan replikasi, DNA juga sangat rentan terhadap bahan kimia, radiasi
maupun panas (hal yang dapat menyebabkan mutasi pada DNA pada saat replikasi).
Replikasi terjadi dengan proses semikonservatif karena semua DNA double helix.
Hasil replikasi DNA double strand. Kedua DNA parental strand bisa menjadi template
yang berfungsi sebagai cetakan untuk proses replikasi: Semikonservaative process.
Primer strand : Pada 3 dia akan melepaskan 2P dipakai sebagai energy untuk
menempelkan, tetapi pada 5 P tidak bisa dilepas karena ketiga P dibutuhkan sehigga
tidak ada energy sehingga tidak pernah terjadi sintesis dari 3-5, tetapi dari 5-3, jadi
yang menambah selalu ujung 3.

Perbedaan Replikasi DNA dan Trankripsi DNA

Enzim yang berperan dalam proses transkripsi dan replikasi berbeda Pada proses
transkripsi, enzim yang berperan RNA polymerase. transkripsi DNA : terjadi pada saat
akan terjadi sintesis protein (ekspresi gen); yang dipakai cetakan hanya salah satu
untai DNA(3-5)
replikasi DNA : sebelum fase mitosis (fase S) dalam siklus sel; kedua untai induk
dipakai sebagai cetakan untuk di replikasi.

DNA polymerase
Pada proses replikasi DNA terdapat enzim sentral, yaitu DNA polymerase. Pada
proses replikasi, DNA polymerase hanya bisa menempel pada gugus OH (hidroksil)
dimana gugus OH hanya ada pada ujung 3 sedangkan ujung 5 adalah ujung fosfat.
(ciri utama DNA polymerase). Ciri kedua: DNA polymerase tidak bisa mensintesis/
menempelkan DNA ke pasangan-nya kalau tidak ada primer (lokomotif). Sifat dari DNA
polymerase dia hanya bisa mensintesis DNA dari arah 5-3 sehingga pertumbuhan
dari 5-3 karena penambahan pada ujung 3, dimana pada ujung 3 ada ujung
hidroksil.
Ciri lain DNA polymerase: membutuhkan primer, tidak bisa mensintesis DNA tanpa
adanya primer, primer yang dipakai adalah RNA (sekitar 4-5 basa dan dilanjutkan
DNA). DNA yang dibutuhkan adalah DNA primase untuk meletakkan RNA pada
tempatnya. DNA primase untuk mensintesis RNA sebagai lokomotif (4-5 basa). Bila
lokomotif sudah jadi maka akan di-take over oleh DNA polymerase, dan yang
ditambahkan adalah DNA.
Pada Proses replikasi di butuhkan titik awal (replication origin) biasa di singkat ORI.
Contoh pada plasmid (prokariot), terdapat proses replikasi yang dimulai pada
replication origin dan mengembang sampai dihasilkan 2 plasmid yang sama persis.
Tetapi pada eukariot (mamalia) lebih kompleks tetapi tetap membutuhkan replication
origin.
Pada mamalia ada beberapa replication origin (replication bubble) yang akan
bergabung satu sama lain. DNA harus terbuka dahulu baru bisa digandakan. Origin
replication disebut sebagai unique sequence yang merupakan pertanda sebagai
tempat proses/titik mulai terjadinya replikasi, dimana ada protein tertentu yang akan
mengenali sequence. Pada bakteri (prokariot) hanya butuh satu titik ORI (origin of
replication) sedangkan pada mamalia (eukariot) butuh beberapa ORI karena kalau
hanya 1 ORI akan butuh waktu 3 minggu untuk mereplikasi 3 milyard DNA. Sehingga
pada mamalia ada 30.000 titik ORI yang bekerja secara bersamaan sehingga fase S
untuk replikasi hanya butuh beberapa jam saja.
Untuk replikasi perlu sequence tertentu yaitu yang disingkat (ACS) merupakan
urutan basa yang sangat terjaga karena urutan basa tersebut dikenali oleh protein
Origin Recognition Complex (ORC) sehingga bila ORC mengenali sequence maka
replikasi dapat dimulai. ORI lebih global sedangkan ACS sudah pada sequence (pada
urutan basa tertentu). Replikasi terjadi pada fase S sedangkan transkripsi bisa terjadi
pada fase S atau G1 dimana terjadi sintesis protein maka bisa terjadi transkripsi.
Saat awal akan di mulainya repliaksi, pada G1 akhir ORC mengenali sequence ACS,
kemudian ada molekul lain, juga helikase yang membentuk pre-replicative complex
(pre-RC). selanjutnya pada fase S degradasi fosporilasi ORC, degradasi fosforilasi Cdc6
maka terbentuk bubble replication. Helikase membuka pilinan, topoisomerase yang
memotong pada titik tertentu.
secara singkat dalam siklus sel : Pada fase G2/M sudah ada 2 copy. Pada fase G1
persiapan, S proses replikasi, G2/M sudah selesai

Proses replikasi DNA

Pertama adanya replication origin, kemudian pembukaan local DNA helix dan
adanya RNA primer synthesis. Replikasi:> ORC menempel pada ACS (ORI) :> sehingga
pilinan membuka dengan bantuan helikase. Helikase akan menempel untuk membuka
pilinan (helix). DNA double helix (bentuk terpilin). Untuk mereplikasi bila bentuknya
terpilin tidak akan pernah bisa sehingga perlu dibuka pilinannya. Bila membuka pilinan
pada salah satu ujung maka ujung yang lain akan semakin kuat pilinannya sehingga
perlu daerah tertentu yang dipotong untuk membuka pilinan tesebut yang dilakukan
oleh helikase. Perlu DNA primase untuk membuat RNA primer sintesis, karena DNA
polymerase tidak bisa mensintesis tanpa ada primer.
Kemudian terjadi proses replikasi. Karena arah DNA anti parallel maka perlu
Leading-strand dan lagging strand. Dari ORI didapatkan 2 replication fork.
Ada ORI dan helikase yang membuka pilinan terus sampai terbentuk replication
bubble.
Proses replikasi yang di perlukan utama:
1. ORI
2. Helikase
3. Replication bubble
Selanjutnya perlu primase untuk membuka primary. Merah RNA, Biru DNA. Bubble
semakin besar, replikasi berlanjut dan 1 ORI akan membentuk 2 replication fork.

Replication fork pada plasmid

Terdapat 2 parental strand (run occusite direction) yang bersifat antiparalel: 5-3
dan 3-5. DNA polymerase hanya mensintesis/mempolimerasi dari arah 5-3. Satu
strain bisa secara kontinyu disintesis yaitu yang 5-3 (leading strain). Sementara yang
3-5 tidak bisa dibentuk, tetapi tetap harus dibentuk dengan 5-3, sehingga perlu satu
strain yang terbentuk dari small discontinue peaces yang disebut sebagai lagging
strain. Small peaces disebut okazaki fragmen.

Pada leading strand karena arahnya sudah dari 5-3 maka tinggal menambah saja.
Sedangkan pasangannya (lagging strain) karena arahnya 3-5 maka hanya diam,
tetapi pada titik tertentu akan ditambahkan primase lagi dan akan mensintesis lagi
dari arah 5-3 (okazaki fragmen: fragmen2 potongan kecil yang terjadi pada saat
replikasi pada lagging strain)-> Pada lagging strand arahnya dari 3-5
Okazaki fragment: fragment potongan kecil pada saat replikasi yang terjadi pada
lagging strand template. Yang terjadi pd Okazaki fragment (OF): kita punya RNA primer
sehingga di OF ada RNA-DNA hybrid. Tetapi RNA harus dibuang oleh RNase H. Setelah
itu untuk menggantikan RNA dibutuhkan polymerase delta (delta) yang bisa bersifat
exonuclease tetapi juga bisa bersifat endonuclease, yaitu mereplace atau
menempatkan dNTP. Pada saat RNA dibuang maka akan digantikan dengan DNA
polymerase delta yang baru sampai hilang sama sekali. Tetapi masih belum lengkap
karena masih ada celah sehingga perlu DNA ligase untuk menempelkan. Akhirnya
diperoleh 2 strain yang sama persis.
Protein yang dibutuhkan dalam replication fork yaitu:
Helicase: fungsinya untuk membuka (unwinding) parental DNA
Single-stranded DNA-binding protein: untuk menstabilisasi unwinding, untuk
mencegah DNA yang single-stranded agar tetap stabil (tidak double straded lagi).
Topoisomerase: untuk memotong (breakage) pada tempat-tempat tertentu.

DNA Polimerase yang memiliki DNA single-strand binding protein monomer yang
bertugas untuk mencegah supaya DNA tidak hanya menempel dengan lawannya
tetapi juga bisa membentuk hairpins.
Karena sudah terbuka sehingga ada basa-basa tertentu yang saling berpasangan
sehingga terbentuk hairpins. Supaya tidak terbentuk hairpins maka didatangkan single
strand binding protein supaya tetap lurus dan tidak berbelok-belok.
Topoisomerase, cirinya memotong DNA pada tempat tertentu sehingga mudah
untuk memutar karena sudah dipotong. Tugasnya adalah memasangkan kembali DNA
yang terpotong.
Protein aksesori :
Brace protein, : Replication factor C (RFC), supaya DNA polimerasenya menempelnya
stabil (tidak mudah terlepas dari DNA template).
Sliding-clamps protein, supaya kedudukannya stabil dan tidak goyang2.

Proses pada leading dan lagging strand berlangsung secara bersamaan, tetapi
proses pada lagging bertahap. Ada DNA polimerase dan sliding clamps. Sintesis terjadi
pada leading strand terlebih dahulu. Pada tahap tertentu DNA primase akan
ditambahkan sehingga clamps-nya datang lagi. Setelah proses replikasi selesai maka
RNA akan segera dibuang digantikan dengan DNA yang baru.
Perangkat untuk replikasi: DNA polimerasi, brace, clamp, DNA helicase, single-
strand binding protein, primase, topoisomerase.
Setelah direplikasi ujung DNA harus ada telomere (ujung DNA). Bila tidak ada
telomere maka kromosom akan saling menempel sehingga kromosom tidak 46 tetapi
dalam bentuk gandeng2 (tidak diketahui).

Chromosome end:
Pada lagging strand, di akhir replikasi ujungnya akan dihilangkan, RNA juga akan
dihilangkan, sehingga hasil replikasi menjadi lebih pendek. Hal ini terjadi karena
menggunakan primer RNA untuk proses replikasi, dan RNA primer setelah replikasi
harus dibuang dan tidak bisa digantikan. Untuk mengatasinya maka diadakan
telomerase yang dibuat berkali-kali. (slide 76: TTGGGGTTGGGTTGGGG). Telomer dibuat
oleh enzim telomerase. Telomer: ujung yang merupakan non coding DNA sehingga
kalau memendek tidak akan menjadi masalah karena tidak mengkode apapun. Telomer
diadakan untuk mengantisipasi pada saat replikasi karena DNA akan memendek.
EXTENDS 3 PRIMARY GENE --> TELOMERE, dan enzim yang membuatnya : telomerase.
Semua sel selain stem sel tidak punya telomere. Pada saat sel replikasi maka akan
selalu memendek. Sampai pada suatu titik tertentu yang merupakan signal bagi sel
untuk berhenti membelah. Karena kemampuan sel untuk membelah dibatasi oleh
panjangnya telomerase. Pada saat telomere memendek sampai batas tertentu maka
akan memberikan sinyal bagi sel untuk berhenti membelah. Sedangkan pada stem sel
yang memiliki telomerase, maka kemampuan membelahnya tidak terbatas karena
pada saat telomere habis maka telomerase akan membentuk telomere baru. Hal ini
yang dimanfaatkan oleh sel kanker karena sel kanker memiliki telomerase sehingga sel
kanker dapat terus membelah. Manusia memiliki kemampuan replikasi sel yang
terbatas karena keterbatasan telomere, shg bila telomere habis sel akan berhenti
membelah.