Pengolahan air limbah secara biologis dilakukan untuk mengurangi tingkat BOD
suatu limbah sehingga aman dibuang ke lingkungan. Proses yang paling umum digunakan
diantaranya adalah proses lumpur aktif. Proses ini secara prinsip merupakan proses
aerobik dimana senyawa organik dioksidasi menjadi CO2, H2O, NH4 dan sel biomassa
baru. karakteristik dari proses ini adalah kualitas air output yang tinggi. Tujuan dari
penanganan dengan proses lumpur aktif diantaranya adalah penghilangan BOD,
nitrifikasi, serta denitrifikasi.
Terdapat empat proses utama yang terjadi pada sistem lumpur aktif, yaitu tangki
aerasi, tangki pengendapan, resirkulasi lumpur, serta penghilangan lumpur sisa. Reaksi
biokimia dengan komponen organik lumpur berada di biological reactor (aeration tank).
Biomassa terbentuk karena adanya substrat dalam lumpur. Pengendapan biomassa terjadi
dalam tangki pengendapan sekunder. Bagian solid dalam tangki tersebut kemudian
disirkulasi ke dalam tangki aerasi untuk mempertahankan konsentrasi biomassa dalam
reaktor sehingga berpengaruh terhadap efisiensi sistem. Lumpur sisa dari pengolahan ini
kemudian diarahkan menuju tempat pengolahan lumpur. Sehingga dapat diketahui
bahwa terdapat tiga jenis lumpur yang terlibat dalam proses ini, yaitu lumpur sisa,
lumpur biomassa yang berada pada bak aerasi, serta lumpur sekunder yang berada pada
tangki pengendapan.
Masalah yang sering ditemukan pada sistem lumpur aktif dintaranya adalah
bulking. Bulking merupakan fenomena saat lumpur aktif berubah menjadi keputih-putihan
dan sulit mengendap. Bulking terjadi ketika mikrorganisme berfilamen tumbuh dalam
jumlah yang besar. Kerugian dari fenomena ini diantaranya kehilangan lumpur aktif yang
besar sehingga mengurangi efektivitas pengolahan limbah, serta menyebabkan
permasalahan lingkungan dan kerusakan pada alat. Hal ini menyebabkan cairan
supernatan yang dihasilkan memiliki tingkat kekeruhan yang cukup tinggi. Masalah
lainnya adalah foaming. Terdapat beberapa foam yang tidak hilang dengan percikan air
maupun antifoam. Foaming dapat disebabkan oleh bakteri berfilamen Nocardia dan M.
parvicella. Penyebab lainnya adalah rendahnya DO, rendahnya rasio F/M, kekurangan
nutrien pada limbah (sumber N/P), serta pH < 6.