Xu et al.

AMB Expr (2017) 7:40

DOI 10.1186 / s13568-017-0336-y

ORIGINAL ARTICLE Akses Terbuka

Komposisi komunitas mikroba di zona

fungsional yang berbeda sistem parut
oksidasi Carrousel untuk pengolahan air
limbah domestik
1,2 2* 1,2 1,2,3 *
Dong Xu , Sitong Liu , Qian Chen dan Jinren Ni

Abstrak

Keragaman komunitas mikroba dalam zona anaerobik, anoksik dan oksik-biologis dari sistem saluran oksidasi Carrousel
konvensional untuk pengolahan air limbah domestik secara sistematis diselidiki. Hasil pemantauan dari lumpur aktif yang
 diambil dari enam IPAL skala penuh menunjukkan bahwa Proteobacteria, Chloroflexi, Bacteroidetes, Actino-bacteria,
Verrucomicrobia, Acidobacteria dan Nitrospirae adalah filum yang dominan, dan Nitrospira adalah yang paling melimpah. dan
genus di mana-mana di tiga zona biologis. Zona anaerobik, anoxic- dan oxic berbagi kira-kira persentase yang sama di antara
50 genus yang paling melimpah, dan tiga genus (yaitu PeM15, Metha-nosaeta dan Bellilineaberbudaya) yang
tidakmenunjukkan kelimpahan diferensial yang secara statistik signifikan di zona anoxic. Illumina tinggi-throughput urutan yang
berkaitan dengan amonium organisme oksidator dan denitrifiers dengan TOP50 kelimpahan dalam semua sampel
Nitrospira,tak berbudaya Nitrosomonadaceae, Dechloromonas, Thauera, Denitratisoma, Rhodocyclaceae (norank)dan
Comamonadaceae (norank).Apalagi variabel lingkungan seperti suhu air, volume air, influen nitrogen amonium, permintaan
oksigen kimia influen (COD) dan COD efluen menunjukkan korelasi yang signifikan

terhadap komunitas mikroba menurut analisis uji permutasi Monte Carlo (p <0,05). Kelimpahan Nitrospira,tidak
berbudaya Nitrosomonadaceae dan Denitratisoma yang menunjukkan korelasi positif yang kuat dengan influent /
konsentrasi limbah COD dan ammonium nitrogen, sementara Dechloromonas, Thauera, Rhodocyclaceae
(norank)dan Comamonadaceae (norank)menunjukkan korelasi positif dengan volume yang air dan suhu.
Hubungan yang mapan antara komunitas mikroba dan variabel lingkungan di zona fungsional biologis yang
berbeda dari enam perwakilan IPAL di lokasi geografis yang berbeda menjadikan pekerjaan ini berpotensi
digunakan untuk evaluasi proses pengolahan air limbah praktis.

Kata kunci: parit oksida karenel, zona fungsional biologis, pengolahan air limbah, komunitas mikroba
struktur, Illumina tinggi-throughput sequencing

Pendahuluan parit oksidasimemiliki keuntungan berbeda dalam

Saluran oksidasi secara luas diterapkan dalam pengolahan
air limbah, terutama di instalasi pengolahan air limbah
skala kecil dan skala menengah (WWTPs) di Cina (Zhang
et al. 2016). Sebagai proses lumpur aktif yang
dimodifikasi,
* Korespondensi: liusitong@iee.pku.edu.cn;
nijinren@iee.pku.edu.cn; liusitong@iee.pku.edu.cn
konstruksi sederhana, operasi fleksibel Modus, endapan
lumpur rendah, dan kemampuan khusus nitrifikasi dan
deni-trifikasi dalam tangki yang sama. Sebuah parit
oksidasi sering digunakan untuk mencapai nitrifikasi dan
denitrifikasi secara bersamaan karena perubahan zona
aerobik dan anoksik dalam saluran, yang dapat dibentuk
dengan mengatur suplai oksigen dengan peralatan aerasi
permukaan atau aerasi permukaan yang dikombinasikan
dengan aerasi mikro (Ammary dan Radaideh 2005; Liu
dkk. 2010; Jin dkk. 2015; Zhou dkk. 2015).

2 Laboratorium Kunci Ilmu Air dan Sedimen,

Kementerian Pendidikan, Beijing 100871, Cina

Daftar lengkap informasi penulis tersedia di ujungartikel

© The Author (s) 2017. Artikel ini didistribusikan di bawah ketentuan Creative Commons Attribution 4.0 International
License (http://creativecommons.org/licenses/by/4.0/), yang memungkinkan penggunaan, distribusi, dan reproduksi
tidak terbatas di media apa saja, asalkan Anda memberikan kredit yang sesuai kepada penulis asli dan sumbernya,
berikan tautan ke lisensi Creative Commons, dan tunjukkan jika ada perubahan.
Xu et al. AMB Expr (2017) 7:40 Halaman 2 dari
13
organisme pengoksidasi amonium dan denitrifier di zona
fungsional yang berbeda dalam sistem oksidasi karbida
parit dipelajari. Fitur-fitur yang sangat beragam dari
mikroorganisme inti antara tiga zona fungsional biologis
Sistem lubang oksidasi karboel, biasanya dengan zona dan antara enamberbeda secara geografis
pra-anaerobik eksternal dan zona pra-anoksik internal,
adalah salah satu jenis saluran oksidasi yang paling umum
digunakan (Peng et al. 2008; Jin et al. 2014). Selokan
oksidasi karenel dirancang untuk mencapai kondisi yang
sangat baik untuk bakteri denitrifikasi dan nitrifikasi di
zona anoksik-oksida alternatif dalam sistem saluran yang
dilingkarkan. Dalam beberapa dekade terakhir, kondisi
operasional (misalnya suhu, waktu retensi hidraulik,
oksigen terlarut dan mode operasi), geometri parit, desain
aerator dan mode aerasi telah diteliti secara ekstensif untuk
mengoptimalkan proses perawatan dan meningkatkan
pemindahan nitrogen (Liu et al. 2010; Saida et al. 2010; Jin
et al. 2015). Berarti-sementara, model matematika juga
telah dikembangkan untuk mensimulasikan hidrodinamika,
transfer massa oksigen, oksidasi bon mobil, nitrifikasi dan
proses denitrifikasi, dan mengoptimalkan rumit bolak
aerobik dan kondisi anoxic di oksidasi parit (Saida et al.
2010; Xie et al . 2011;.Yang et al 2013;Lei dan Ni 2014).

Sebagai proses mediasi mikroba yang penting untuk

pengolahan air limbah dan pemindahan nitrogen, efisiensi
dan stabilitas sistem parut oksida karboel sepenuhnya
bergantung pada aktivitas mikroorganisme terpadu dan
sintetik yang memiliki fungsi berbeda yang melakukan
nitrifikasi, anammox dan denitri-fikasi ( Vanwonterghem
dkk. 2014; Rodríguez dkk. 2015). Baru-baru ini, beberapa
teknologi berbasis molekuler pada mikroba 16S rRNA
telah digunakan untuk menyelidiki struktur komunitas
mikroba dalam sistem parit oksidasi (Zheng et al. 2015;
Xia et al. 2016). Misalnya, Guo dkk. (2013) mempelajari
struktur komunitas bakteri nitrifikasi menggunakan
fluoresensi in situ hibridisasi (IKAN). Zhou et al. (2015)
mengidentifikasi nitrifikasi dan denitrifikasi simultan
dalam parit oksidasi dengan mengamati koeksistensi
bakteri nitrifikasi dan denitrifikasi serta beberapa
mikroorganisme mikro menggunakan FISH dan
polymerase chain reaction-denaturing metode
elektroforesis gel gradien. Jin et al. (2015) menyelidiki
efek dari mode aerasi yang berbeda pada komunitas
mikroba dari parit oksidasi Carrousel dengan tinggi-
throughput 454 Pyrosequencing, yang diaktifkan sampel
lumpur yang diambil sampelnya dari zona anoxic dan oxic
dan dicampur dengan proporsi yang sama.

Dalam penelitian ini, sekuensing tinggi-throughput

Illumina digunakan untuk mengungkapkan komunitas
mikroba penyelam-sity dan struktur lumpur diaktifkan
sampel dari enam IPAL skala penuh dengan sistem parut
oksidasi Carrousel. Populasi mikroba inti dan distribusi

lokasi IPAL yangdievaluasi. Lebih penting lagi, hubungan
antara komunitas mikroba dan variabel lingkungan hidup
ditetapkan, yang penting untuk diagnosis proses
pengolahan air limbah praktis.
Bahan dan metode
dan penentuan sampel
Pengambilan. Investigasi enam sistem selokan oksidasi
Carrousel skala penuh (semua dilengkapi dengan zona pra-
anaerobik eksternal dan zona pra-anoksik internal) masing-
masing milik enam IPAL di lokasi geografis yang berbeda
di Cina, diwakili oleh XJYQ, ZZLQ, HBLY, BJYF,
GDHZ dan MYYX. Deskripsi dari IPAL ini ditunjukkan
pada file tambahan 1: Tabel S1. Sampel lumpur anaerobik
(A1), anoxic- (A2) dan oxic- (O) dikumpulkan masing-
masing dari zona fungsional bio-logis yang sesuai dalam
sistem parut oksidasi Carrousel. Setiap sampel lumpur aktif
difiksasi di lokasi dengan mencampur dengan 50% etanol
(v / v) di lokasi, disimpan dalam kotak es untuk
dipindahkan dan disimpan pada -20 ° C di laboratorium
sebelum ekstraksi DNA. Konsentrasi kebutuhan oksigen
kimia (COD) dan nitrogen amonium dalam influen / efluen
dari IPAL diukur sesuai dengan prosedur analitis standar
(Clesceri et al. 1998). Tingkat pH dan DO ditentukan di
situs oleh sensor pH (pHS-25) dan sensor DO (WTW Oxi
340i), masing-masing.
Ekstraksi DNA
Genomik DNA diekstraksi dari masing-masing sampel
lumpur aktif menggunakan PowerWater DNA Isolation Kit
(MO BIO, CA, USA) sesuai dengan protokol pabrik.
Sampel DNA yang diekstraksi disimpan pada -20 ° C
untuk pengujian selanjutnya. DNA utuh dikonfirmasi pada
elektroforesis gel agarose 1,5%. Konsentrasi dan kualitas
DNA yang diekstraksi dinilai dengan
microspectrophotometry Nan-odrop2000 (Thermo
Scientific, DE, USA).
Polymerase chain reaction (PCR) amplifikasi dan
tinggi-throughput yang sekuensing
The hypervariable wilayah V3-V4 gen 16S rRNA
diamplifikasi dari seluruh DNA ekstrak dengan primer
barcode 340F (CCTACGGGNBGCASCAG) dan 805R
(GAC-TACNVGGGTATCTAATCC) di bawah berikut
Condi-tions: denaturasi awal pada 95 ° C selama 3 menit,
diikuti oleh 30 siklus pada 95 ° C selama 30 detik, 50 ° C
untuk 30 detik dan 72 ° C untuk 60 detik dan ekstensi akhir
pada 72 ° C selama 7 menit oleh PCR Lab-Cycler (
Sensoquest, Jerman). Campuran 50 µL PCR mengandung 5
µL10× buffer, 38,8 µL 5 ddH2O, 1 µL dNTP (10 mM), 2 µL
masing-masing primer, 0,2 µL KAPA Taq polimerase (KAPA
Biosystems, USA) dan 1 µL DNA genomik. Setelah
dikonfirmasi oleh 1,5% agarose
Xu dkk. AMB Expr (2017) 7:40 Halaman 3 dari
13
2013). Analisis komponen utama (PCA) dilakukan
menggunakan Canoco 4.5 (Microcomputer Power, USA).
Redun-menari analisis (RDA), suatu bentuk penahbisan
dibatasi, dipekerjakan untuk menganalisis hubungan antara
elektroforesis gel, produk PCR dicampur untuk kelimpahan genera inti dan variabel lingkungan menggunakan
mendapatkan konsentrasi yang sama dari fragmen DNA perangkat lunak R dengan paket vegan dan ggplot2.
untuk setiap sampel dan dimurnikan menggunakan
MinElute PCR Purification Kit (QIA-GEN, Jerman), dan
kemudian disekuensing menggunakan platform Illu-mina
Hiseq2500 PE250.

Tinggi-Throughput analisis sekuensing Data

Semua diperoleh dipasangkan-akhir berbunyi 16S rRNA

amplikon gen PCR kualitas disaring dan denoised untuk
menghapus kualitas rendah atau ambigu berbunyi.
Kemudian bacaan yang diperintahkan untuk dibaca di
bangsal dan sebaliknya digabung dengan PANDAseq
(Masella et al. 2012). Urutan chimeric yang diduga
diidentifikasi dan dikecualikan dengan saluran pipa
USEARCH61 (Edgar et al. 2011) di QIIME (Caporaso et
al. 2010). Set sekuens berkualitas tinggi yang tersisa
dikelompokkan ke dalam unit taksonomi operasional
(OTU) pada ambang kesamaan 97% menggunakan metode
UCLUST (Edgar 2010) yang disematkan pada QIIME.
Identitas taksonomi dari urutan perwakilan dari masing-
masing OTU dikodifikasi melalui proyek Ribosomal
Database Project (RDP) dengan database SILVA (Wang et
al. 2007). The Illumina sequencing data mentah yang
diperoleh dari penelitian ini disimpan di NCBI Sequence
Read Archive dengan aksesi No. SRP093686
(PRJNA354474).

Analisis statistik

Heatmap dari 50 genera teratas di setiap sampel dikontrak

menggunakan paket R. Perangkat lunak open source
Cytoscape v3.3.0 (Shannon et al. 2003) digunakan untuk
pengelompokan analisis jaringan untuk memvisualisasikan
OTU yang paling sederhana dan untuk membandingkan
kelimpahan mereka di antara sampel yang berbeda. Analisis
garis diskriminan linear (LDA) efek ukuran (LEfSe)
(http://huttenhower.sph.har-vard.edu/galaxy/) (Segata dkk.
2011) digunakan untuk mengidentifikasi Fitur diferensial
berlimpah di antara zona fungsional bio-logis yang berbeda
dari sistem Carrousel dan IPAL sampling yang berbeda. Fitur
diferensial diidentifikasi pada tingkat OTU (kelimpahan
relatif> 1%). Uji jumlah faktorial non-parametrik Kruskal-
Wallis (KW) digunakan untuk mendeteksi taxa dengan abun-
tarian diferensial yang signifikan. LDA digunakan untuk
mengevaluasi ukuran efek dari setiap sifat berlimpah
diferensial. Analisis LEfSe dibentuk di bawah nilai alfa untuk
uji Kruskal-Wallis adalah <0,05, dan ambang pada skor LDA
logaritmik untuk fitur diskriminatif adalah> 2,0 (Zhang et al.

Hasil
Biodiversity dan profil komunitas mikroba dalam
sistem Carrousel
Menggunakan Illumina Sequencing dari 16S rRNA Gene
Ampli-cons, 8017-10681 OTUs yang diperoleh dari
sampel sludge yang diaktifkan secara individu. OTU,
cakupan Good, Chao1, ACE, Shannon dan Simpson dari
masing-masing sampel dapat dilihat di file tambahan 1:
Tabel S2. Empat puluh delapan bakte-rial dan 7 filum
archaea diambil dari 164.591 sekuens efektif Illumina yang
diperoleh dari 18 sampel lumpur yang aktif, sedangkan
bacaan untuk filum archaea hanya menyumbang 1,22%
dari total filum.
Filum utama dalam setiap sampel (urutan per-centage di
atas 2% dalam setidaknya satu WWTP) adalah Pro-
teobacteria, Chloroflexi, Bacteroidetes, Actinobacteria,
Acidobacteria, Verrucomicrobia, Nitrospirae, Gemmati-
monadetes, Planctomycetes, Parcubacteria, TA06, Chlo -robi,
Woesearchaeota (DHVEG-6) dan Bakteri (norank) (Gbr. 1).
Proteobacteria adalah filum yang paling dominan dan
menyumbang 33,9-50,9% dari semua filum, diikuti oleh
Chloroflexi (12,1-18,8%), Bacteroidetes (6,6–20,8%), Act-
inobacteria (5,1-11,8%), Verrucomicrobia (1,4–9,4 %),
Acidobacteria (1,4-6,3%) dan Nitrospirae (0,8-6,1%). Pada
tingkat kelas untuk Proteobacteria, β-proteobakteria
mewakili 13,1-25,1% dari total urutan, diikuti oleh δ-
proteobakteria (5,2-9,0%), α-Proteobacteria (5,4-8,4%) dan
γ-proteobakteri (4.1–9.4%).
Pada tingkat genus, total 1594 genus diidentifikasi dalam 18
sampel lumpur aktif. Kelimpahan relatif dari 50 genera teratas
dari zona anaerob (A1), anoxic- (A2) dan oxic- (O) di enam
IPAL ditunjukkan pada Gambar 2. Ini 50 genera teratas milik
11 filum bakteri (termasuk-ing Nitrospirae, Proteobacteria
(α-, β-, γ-, δ- dan norank), Bacteroidetes, Gemmatimonadetes,
Actinobacteria, Chloroflexi, Verrucomicrobia, Parcubacteria,
Latescibac-teria, TA06 dan Acidobacteriapurba) dan filum
dari Woesearchaeota (DHVEG-6).
Genus yang paling melimpah adalah
Nitrospirakelimpahan relatif denganbervariasi dari 0,8
hingga 6,1% dalam sampel individu, sedangkan yang
kedua adalah Gemmatimonadaceae (milik
Gemmatimonadetesrelatif filum) dengan
kelimpahanbervariasi dari 1,1 hingga 3,6% dalam sampel
individu. The top 10 genera berlimpah lainnya terdeteksi di
semua sampel adalah Comamonadaceae (tidak ada
peringkat), Thauera, Nitrosomonadaceae, Dechloromonas
dan Rhodocyclaceae (no rank) milik β-proteobacteria,
Candidatus Microthrix milik Actinobacteria pyhlum,
OPB35 kelompok tanah (tidak ada peringkat) milik ke
Verru-comicrobia pyhlum, dan Chloroflexi (tidak ada
peringkat dan tidak disablon) milik Chloroflexi filum.
Xu et al. AMB Expr (2017) 7:40 Halaman 4 dari
13

Kesamaan Komposisi taksonomi

ZZLQ-O 13 9 8 6 15 9 9 5 4 5 β-proteobacteria

δ-proteobacteria
14 9 8 6 12 10 10 6 1 6

ZZLQ-A1

ZZLQ-A2 14 9 8 6 13 11 7 5 3 6 α-proteobacteria
γ-proteobacteria
20 9 7 5 12 15 6 42 5

MYYX-O

16 8 8 5 14 10 12 4 3 5 Kelas kecil di Proteobacter ia

MYYX-A2

MYYX-A1 15 8 7 4 16 11 9 4 4 4 Chloroflexi
XJYQ-A2 23 7 6 8 4 17 7 1 9 1 Bacteroidetes
XJYQ-O 25 9 7 9 3 16 6 2 7 1 Actinobacteria
22 8 7 8 3 21 5 2 7 1 Acidobacteria
XJYQ -A1
15 7 8 5 14 7 10 4 3 4 Verrucomicrobia
HBLY-A1
15 7 7 5 12 9 9 323 Nitrospirae
HBLY-O 6 6
14 7 12 9 7 6 2 5 Bacteria_norank
HBLY-A2
19 5 6 8 18 7 11 4 23 Gemmatimonadetes
BJYF-O
20 6 5 9 16 7 7 6 2 4 Planctomycetes
BJYF-A2
22 6 6 9 14 6 7 6 2 5 Parcubacteria
BJYF-A1
16 5 6 6 17 7 8 6 5 4 TA06
GDHZ-A2
16 5 6 6 19 7 9 6 4 4 Chlorobi
GDHZ-O
17 5 6 6 16 7 7 6 7 4 Woesearchaeota (DHVEG-6)
GDHZ-A1
Lainnya
0% 20% 40% 60% 80% 100%

Gambar. 1 Persentase dari filum utama dan kelas utama di Proteobacteria di setiap WWTP (persentase urutan di atas 2%
dalam setidaknya satu WWTP). Pengelompokan pada jarak filogenetik yang disajikan di kiri antara kasus dengan analisis
UniFrac unweighted. Satuan angka: persentase (%)
fisiologis dari clades yang berbeda dari bakteri
pengoksidasi amonium (AOB) (oksidasi amonium menjadi
Distribusi organisme pengoksidasi nitrit) , bakteri pengoksidasi nitrit (NOB) (oksidasi nitrit
amonium dan denitrifier menjadi nitrat), dan / atau oksidasi amonium lengkap
Nitrifikasi dan denitrifikasi terjadi pada sistem pengolahan (Comammox) (oksidasi lengkap amonium menjadi nitrat),
air limbah parit oksida Carrousel untuk katalisasi secara dan denitrifier (reduksi nitrat melalui nitrit dan produk
nitrogen oksida gas menengah ke din) -itrogen). Sekuens
Illumina terkait dengan organisme pengoksidasi amonium
dan denitrifier dari anaerob (A1), anoxic- (A2) dan oxic-
(O) sampel lumpur aktif dari enam IPAL ditunjukkan pada
Gambar. 3. Nitrospira (termasuk mendeteksi Candidatus
Nitrospira defluvii spp. Dan duatidak berbudaya Nitrospira
yang organisme) dapat melakukan oksidasi nitrit menjadi
nitrat, dengan kelimpahan relatif lebih dari 3% dari sampel
lumpur aktif dari IPAL yang diselidiki kecuali untuk
XJYQ. Nitrosomonadaceae (uncul-tured) sebagai
kelompok kontributor utama untuk oksidasi amonium ke
nitrit yang diduduki 1,5 hingga 3,8% dari setiap sampel
dari IPAL BJYF, GDHZ dan MYYX. Rasio NOB ke AOB
[yaitu Nitrospira/Nitrosomonad aceae (tidak berbudaya)]
berkisar 119- 687% dari semua sampel, dan HBLY dan
ZZLQ mungkin menyoroti proses nitrifikasi yang sangat
baik untuk rasio tinggi (406-687%).
Lima kelompok denitrifikasi, Dechloromonas, Thauera,
Denitratisoma, Rhodocyclaceae (norank) dan Coma-
monadaceae (norank) dengan kelimpahan relatif berkisar
antara
0,2 hingga 4,8% terdeteksi di semua sampel. Dechlo-romonas,
Thauera, Denitratisoma dan Rhodocyclaceae (norank) milik
Rhodocyclaceae keluarga.
PAC mengungkapkan bahwa sampel dari zona anaerobik
(A1), anoxic- (A2) dan oxic- (O) dari masing-masing
WWTP dikelompokkan bersama, tetapi kelimpahan relatif
oksidasi amonium dan denitrifers berbeda rupanya dengan
IPTP yang berbeda (Gambar. 3b). Di antara enam IPAL,
genera melimpah yang paling relatif terlibat dalam
transformasi nitrogen di BJYF adalah Dechloromonas
(3,1-3,8%), Nitrosomonadaceae (tidak berbudaya) (2,7-
3,8%) dan Deni-tratisoma (1,8%), dan di XJYQ adalah
Thauera ( 2,9–4,8%) dan Comamonadaceae (norank) (3,7-
4,3%), sedangkan yang di ZZLQ dan GDHZ dipamerkan
Nitrospira (4,8-6,1%) dan Rhodocyclaceae (norank) (2,5-
3,4%), masing-masing. XJYQ menyajikan kelimpahan
relatif tertinggi dari jumlah lima denitrifers di antara enam
IPAL, sedangkan MYYX adalah yang terendah. Perbedaan
kualitas air limbah dan faktor lingkungan dapat
menyebabkan perbedaan bakteri di antara IPAL.
Perbedaan kelimpahan antara 3 zona fungsional
biologis
Analisis jaringan klaster oleh Cytoscape diaplikasikan
untuk mendapatkan wawasan yang lebih baik ke dalam
perbedaan zona anaer-obic-, anoxic- dan oxic dalam sistem
parut oksidasi carrousel. Gambar 4 menunjukkan 50 OTU
yang paling banyak dan menyajikan distribusi relatif dan
abun-tarian antara 3 zona fungsional biologis. Nitro-spira
(termasuk Candidatus Nitrospira defluvii spp.
Xu dkk. AMB Expr (2017) 7:40
Halaman 5 dari 13

A2 A1 O O A1 A2 A2 O A1 A1 O
A2 A1 A2 O O A1 A2 Woodsholea
Latescibacteria_norank
Terrimonas
Parcubacteria_uncultured
bacterial Haliangium
Bacteroidetes_norank
Xanthomonadales_uncultured Hydrogenophilaceae_uncultured
Xanthomonadales Incertae Sedis_uncultured Cytophagaceae_uncultured
Hyphomicrobium Opitutus
Subkelompok 6_norank Caldilineaceae_uncultured
NS9 group_norank laut Rhodocyclaceae_norank
Anaerolineaceae_uncultured OPB35 group_norank tanah
Denitratisoma β-proteobacteria_norank
Anaerolineaceae_norank Comamonadaceae_norank
SC-I-84_norank Dechloromonas
Xanthomonadales_norank Saprospiraceae_uncultured
Blastocatella Proteobacter ia_norank
TK10_uncultured bakteri OM27 clade
Xanthomonadaceae_uncultured Candidatus Microthrix
Roseiflexus Thauera
480-2_norank Chloroflexi_norank
480-2_uncultured actinobacterium Woesearchaeota (DHVEG-6) Acidimicrobiales_norank
_norank TA06_norank Chloroflexi_uncultured
Bdellovibrio Nitrosomonadaceae_uncultured
NS9 laut group_uncultured bakteri Bacteria_norank
Sulfuritalea Gemmatimonadaceae_uncultured
BD1-7 clade Nitrospira
Chitinophagaceae_uncultured

XJYQ MYYX HBLY GDHZ ZZLQ BJYF

Gambar. 2 Peta panas untuk profil genera paling melimpah (top50) dari anaerob (A1), anoxic- (A2) dan oxic- ( O) zona di setiap IPAL. Itu
diskriminasi rasial menunjukkan kisaran persentase genus dalam sampel, berdasarkan pada kunci warna (skala log) di kanan atas

dan dua Nitrospira tak berbudaya organismelainnya)
adalah genus bakteri yang paling berlimpah dan di mana-
mana dengan kejadian dominan di antara 3 zona.
Organisme yang terlibat dalam amonium-oksidasi dan
denitrifikasi sebagai Nitrosomonadaceae, Denitratisoma,
Thauera, Dechlo-romonas juga dibagi oleh anaerobik,
anoxic-dan oxic-zones dengan persentase yang hampir
sama dari tingkat tertimbang nodus. Selanjutnya, zona
anaero-bic-, anoxic- dan oxic berbagi kira-kira persentase
yang sama di 50 OTU yang paling melimpah.
Fitur melimpah diferensial antara anaer-obic-, anoxic-
dan oxic-zones dalam sistem parut oksidasi carrousel
diidentifikasi oleh analisis LEfSe (Gbr. 5). Hasil penelitian
menunjukkan bahwa taksa dengansignifikan
kelimpahan diferensialhanya dideteksi dari zona anoxic
(A2). Gambar 5yang disajikan bahwa 13 clade mikroba
menunjukkan perbedaan yang signifikan secara statistik
dan konsisten secara biologis di zona anoxic. The signifi-
cantly diferensial taksa melimpah di anoxic-zona milik
seorang filum archaea dari euryarchaeota,dua kelas bakteri
Actinobacteria dan γ-Proteobacteria dan kelas archaea dari
Methanomicrobia,dan 3 gen-era berbudaya bakteri PeM15,
Methanosaeta dan Bellilinea ( Ara. 5b). γ-proteobakteria
memiliki yang tertinggi Skor LDA, diikuti oleh
Actinobacteria kelasdan Bel-lilinea genus(dalam filum
Chloroflexi, kelas dari Anaerolineae, urutan
Anaerolineales dan keluarga Anaerolineaceae).
Xu et al. AMB Expr (2017) 7:40 Halaman 6 dari
13

a b
BJYF-O
ZZLQ-A2 7 BJYF-A1
ZZLQ-A1 6 BJYF-A2
5

ZZLQ-O 4 GDHZ-O
3
P
XJYQ -A2 2 GDHZ -A1
C
1 2
0 (2
XJYQ - A1 GDHZ A2 0,
9
XJYQ-O HBLQ-O %
)
MYYX A2 HBLY -A1

MYYX -A1 MYYX-O HBLQ-A2

Nitrospira Rhodocyclaceae_norank
Dechloromonas Thauera
Nitrosomonadaceae_uncultured Denitratisoma
Comamonadaceae_norank

PC1 (51,1%)

Gambar. 3 Distribusi oksidasi amonium dan denitrifiers dari 18 sampel lumpur aktif. a Persentase oksidasi amonium dan denitri-
Fiers, b PCA berdasarkan kelimpahan
Gambar. 4 Profil pengelompokan jaringan Cytoscape memvisualisasikan atas 50 berlimpah Otus seluruh anaerob-zona
(A1)(merah),anoxic-zona (A2)(hijau)dan oxic-zone (O) (biru) dalam sistem selokan oksidasi karbol. Node pie chart ukuran disajikan
relatif kelimpahan OTU atas sampel masing-masing
Xu et al. AMB Expr (2017) 7:40
Halaman 7 dari 13

a: Methanosaeta
a b
γ-proteobakteria
b: Methanosaetaceae

Actinobacteria
c: Methanosarcinales
Bellilinea
Methanomicrobia d: Intrasporangiaceae
Euryarchaeota
e: Micrococcales
Methanosarcinales
Methanosaeta f: PeM15_unculturedbacterium
Methanosaetaceae
Micrococcales g: PeM15_unculturedbacterium

Intrasporangiaceae
h: PeM15
PeM15_unculturedba
… i: Bellilinea
PeM15_unculturedba Euryarchaeota

… Methanom icrobia

3 4 5 6 7
Skor LDA (log10) c
b

Fig. 5 LEfSe hasil analisis dari anaerobik, anoxic- dan oxic-zones dalam sistem pengoksidasi karboksisasi. sebuah nilai LDA
untuk fitur berbeda-beda melimpah, b Taksonomi representasi perbedaan konsisten secara statistik dan biologis. Perbedaan
ditunjukkan dalam warna taksa yang paling melimpah (kuning diwakili tidak signifikan, dan merah menunjukkan zona anoksik).
masing-masing lingkaran Diametersebanding dengan kelimpahan taksonomi
Enam skala penuh oksidasi Carrousel IPTP WWTP yang
dikirim ulang oleh XJYQ, ZZLQ, HBLY, BJYF, GDHZ
Kelimpahan perbedaan antara butiran oksidasi dan MYYX, yang secara geografis terletak di Northwest,
Carrousel yang terdistribusi secara geografis Central South wilayah, wilayah Tengah, Selatan dan Barat
Daya masing-masing, dari Cina diselidiki. 50 OTUs paling
banyak dan distribusi relatif dan kelimpahan antara 6 IPAL
dianalisis dengan analisis jaringan Cytoscape (Gambar 6).
Genera bakteri yang dominan dan di mana-mana di antara
semua 6 IPAL adalah Nitros-pira (termasuk Candidatus
Nitrospira defluvii spp. Dan berbudaya organisme
Nitrospira), CandidatusMicro-thrix, Anaerolineaceae,
chloroflexi takberbudaya, tak
berbudayaNitrosomonadaceae, Acidimicrobiales, Thauera,
Dechloromonas dan Denitratisoma;Namun, proporsi tari
liar dari masing-masing IPAL menunjukkan perbedaan
yang jelas.
Untuk mendapatkan wawasan tentang perbedaan dari
enam saluran oksidasi karbitel, analisis LEfSe digunakan
(Gbr. 7). Hasil penelitian menunjukkan bahwa perbedaan
signifikan abun-tarian terjadi di tiga IPAL yaitu GDZH,
MYYX dan ZZLQ, yang 36 clade taksonomi berlimpah
berlimpah ditemukan. Taksa Nitrospiraceae, Nitrospira,
Nitrospirae, Nitrospirales dan Acidobacteria di ZZLQ
memiliki skor LDA tertinggi di antara semua OTU.
Chloroflexi dan Haliangium menyajikan skor LDA
tertinggi di OTUs MYYX dan GDZH, masing-masing.
Taxa yang paling berbeda dalam ZZLQ milik dua filum
bakteri Nitrospirae dan Act-inobacteria, sementara itu di
MYYX milik dua filum bakte-rial dari Chloroflexi dan
Gemmatimonadales, dan bahwa di MYYX milik filum bakteri
Planc-tomycetes (Gambar . 7b). Pada tingkat keluarga, 7
perbedaan taksonomi clades terdeteksi di ZZLQ (termasuk
Hyphomicrobiaceae, Planctomycetaceae, Nitrospiraceae,
tanah yang tidakbakteri dikulturJG30-KF-CM45, bakteri tidak
dikulturkan KD4-96, DS-100 dan GR-WP33-58), sedangkan 2
dari MYYX (Gemmatimonadaceae dan I-10) dan satu di
GDZH (Haliangiaceae). Pada tingkat genus, juga 7 clade
taksonomi berbeda yang dideteksi dalam ZZLQ (termasuk
Hyphomicrobium, Planctomyces, Nitrospira, bakteri tanah tak
berultivasi JG30-KF-CM45, bakteri tak dikulturkan KD4-96,
DS-100 dantidak berbudaya Xanthomo - nadalesIncertaeSedis
yang), sementara 2 berbeda berlimpah clades taksonomi
terdeteksi di MYYX (tidak berbudaya Gemmatimonadaceae
dan bakteri yang tidak berbudaya I-10) dan satu di GDZH
(Haliangium). Kecuali genera dalam filum di atas, 4 genus
melimpah berbeda dari Hyphomicrobium (dalam
Hyphomicrobiaceae keluargadan Rhizobiales order dan α-
proteobacteria), bac-terium I-10 (dalam I-10 keluarga dan
Rhodospirillales urutandan α-proteobakteria), Haliangium
(dalam Haliangiaceae keluargadan δ-Proteobacteria calss)
dantidak berbudaya Xan-thomonadalesIncertaeSedis yang
(dalam Xanthomonadales rangka, γ-proteobacteria) juga
terdeteksi.
Xu et al. AMB Expr (2017) 7:40 Halaman 8 dari
13
 Gambar. 6 Penggabungan profil Jaringan sitoscape memvisualisasikan 50 OTU teratas di enam IPAL diwakili sebagai XJYQ (hijau),
ZZLQ (medium) aquamarine), HBLY (merah), BJYF (biru), GDHZ (ungu) dan MYYX (kuning), masing-masing. Node ukuran pie chart
menyajikan kelimpahan relatif dari OTU atas sampel masing-masing
Hubungan antara variabel lingkungan dan
komunitas mikroba
Hubungan antara variabel lingkungan dan kelimpahan
komunitas mikroba yang mengacu pada genera utama
(top50) kelimpahan relatif diidentifikasi oleh RDA
(Gambar 8). Sembilan variabel lingkungan termasuk
parameter lokasi geografis (yaitu bujur timur dan lintang
utara WWTP), operasi parameter dari setiap IPAL (yaitu
volume air, influen / konsentrasi efluen dari COD dan
nitrogen amonium), dan parameter fisikokimia setiap
sampel (yaitu suhu air dan oksigen terlarut) (file tambahan
1: Tabel S1) diselidiki. Panah menunjukkan arah dan
besarnya variabel lingkungan yang terkait dengan struktur
komunitas bakteri. Hasil penelitian menunjukkan bahwa
bujur timur dan oksigen terlarut tidak berkorelasi kuat
dengan komposisi komunitas mikroba sebagai variabel
lingkungan lainnya. Enam variabel lingkungan, yaitu suhu
air, lintang utara, volume air, influen nitrogen amonium,
COD influen dan COD efluen menunjukkan korelasi yang
signifikan terhadap komunitas mikroba menurut analisis uji
permutasi Monte Carlo (p <0,05). Juga, suhu air dan garis
lintang utara adalah faktor-faktor kejam yang membentuk
variasi komposisi komunitas mikroba. Di antara genera
organisme pengoksidasi amonium dan denitrifier,
kelimpahan Nitrospira, Nitrosomonadaceae
(takberbudaya) dan Denitratisoma menunjukkan korelasi
positif yang kuat dengan lintang utara dan konsentrasi
influen / efluen COD dan nitrogen amonium, masing-
masing, sementara Dechloromonas, Thauera,
Rhodocyclaceae (norank) dan Comamona-daceae (norank)
mempresentasikan korelasi positif dengan volume dan
suhu air.
Diskusi
Proteobacteria, Chloroflexi, Bacteroidetes, Actinobac-
teria, Verrucomicrobia, Acidobacteria dan Nitrospirae
mendominasi filum di zona anaerobik, anoksik-dan oksik
dalam sistem parut oksidasi Carrousel, dan