Kode genetik atau yang sering disebut kodon adalah cara pengkodean urutan nukleotida

pada DNA atau RNA untuk menentukan urutan asam amino pada saat sintesis protein. Di dalam
setiap sel terdapat ribuan reaksi kimia dan enzim yang berfungsi mengatur jalannya semua
reaksi. Karena DNA mengkode protein, maka akan menentukan enzim apa yang diproduksi dan
akhirnya akan menentukan reaksi kimia yang terjadi di dalam sel.

Kodon tersusun atas tiga nukleotida

Terdapat 20 macam asam amino yang ditemukan pada sel dan keseluruhan asam amino
tersebut dikodekan dalam gen. Kode yang digunakan untuk mengkodekan asam amino spesifik
dikenal sebagai kodon. Setidaknya harus terdapat 20 kodon agar semua asam amino bisa
terkodekan. Kombinasi terkecil yang memungkinkan terbentuk setidaknya 20 kodon dari empat
macam nukleotida adalah 43 yang artinya satu kodon yang tersusun atas basa A,U,G,C harus
memiliki 3 nukleotida dalam satu kodon sehingga menghasilkan kemungkinan 64 kombinasi
kodon yang dikenal sebagai kodon triplet.
Mekanisme pembuktian kodon triplet dilakukan oleh Crick dan kawan-kawan pada tahun
1961. Crick menguji gen yang kemudian diberikan perlakuan berupa mutasi delesi dan adisi.
Crick berpendapat bahwa apabila mutasi disebabkan oleh penambahan atau pengurangan satu
pasang basa, maka supresornya juga berupa penambahan atau pengurangan satu pasangan basa.
Menurut Crick, adisi akan menghambat delesi tetapi tidak menghambat adisi lainnya, begitu juga
sebaliknya. Hasil dari eksperimen tersebut yaitu apabila terjadi penambahan satu pasang
nukleotida, maka seluruh asam amino yang dihasilkan setelah titik mutasi akan berubah total dan
menyebabkan mutasi. Ketika terjadi delesi satu pasangan basa pada mutan tersebut, maka asam
amino yang dihasilkan setelah titik delesi akan kembali normal. Ketika terjadi penambahan atau
pengurangan tiga pasangan nukleotida, maka asam amino yang dihasilkan relatif sama dengan
gen non mutan. Hal ini membuktikan bahwa kodon tersusun atas triplet nukleotida.
Hal penting yang ditemukan dari eksperimen tersebut yaitu.
a. Trinukleotida mampu memicu terjadinya ikatan spesifik antara aminoasil-tRNAS pada
ribosom. Contohnya 5’-UUG-3’ memicu pengikatan phenylalanyl-tRNAphe-.
b. RNA sintesis yang memiliki sekuens dinukleotida berulang mengatur sintesis kopolimer
yang tersusun atas pasangan asam amino.
 c. Molekul dengan sekuens trinukleotida yang berulang mengatur sintesis campuran tiga
homopolimer, misalnya poly UUGn mengatur sintesis tiga poliserin, poliarginin dan
polivaline

Gambar 1. Mekanisme Ekperimen Pembuktian Kodon Triplet oleh Crick

SIFAT-SIFAT KODE GENETIK:

Fitur utama dari kode genetik ini dikerjakan sejak tahun 1960-an. Memecahkan kode
adalah salah satu peristiwa paling menarik dalam sejarah sains, dengan informasi baru
dilaporkan hampir setiap hari. Pada pertengahan 1960-an, kode genetik sebagian besar
terpecahkan. Sifat sifat kode genetic:

1. Kode genetik terdiri dari kembar tiga nukleotida.

2. Kode genetik tidak ada yang saling tumpang tindih.
3. Kode genetik bebas koma yang berarti selama penerjemahan, kodon dibaca secara
berurutan.
 4. Kode genetik mengalami kemunduran. Semua kecuali dua asam amino ditentukan oleh
lebih dari satu kodon.
5. Kode genetik dipesan. Banyak kodon untuk asam amino yang diberikan dan kodon untuk
asam amino dengan sifat kimia yang serupa saling terkait erat, biasanya berbeda dengan
nukleotida tunggal.
6. Kode genetik berisi kode start dan stop.
7. Kode genetik hampir universal. Dengan pengecualian kecil, kodon memiliki arti yang
sama di semua organisme hidup, dari virus hingga manusia.

Penguraian Kode Genetik

Penguraian kode genetik menentukan beberapa hal antara lain
1. Kodon yang cocok dengan asam amino spesifik.
2. Dari 64 kombinasi kodon, berapa kombinasi kodon yang dipakai untuk
mengkodekan asam amino.
3. Bagaimana kode asam amino ditandai agar bisa dibedakan antara satu dengan
lainnya.
4. Apakah spesies yang berbeda menggunakan kodon yang sama atau berbeda
(universalitas kodon).
Penemuan pertama tahun 1961, oleh M. W. Nirenberg (peraih hadiah Nobel tahun 1968)
dan J. H. Matthael serta S. Ochoa (peraih hadiah Nobel tahun 1959) menunjukkan bahwa
molekul RNA sintetik dapat digunakan untuk menyusun mRNA yang digunakan dalam sintesis
protein in vitro. Jika molekul mRNA sintetik dapat diketahui secara pasti susunan basanya
maka mRNA tersebut dapat digunakan untuk menentukan kode mana yang sesuai dengan asam
amino tertentu.
Pembuktian kodon pertama oleh Nirenberg dan Matthei menggunakan urutan basa poly
U yang ternyata mensintesis polyfenilalanin (rantai asam amino fenilalanin). Dengan demikian
maka kodon UUU mengkodekan fenilalanin. Eksperimen lebih lanjut dilakukan oleh Khorana
dan menemukan bahwa proses translasi atau sintesis protein di ribosom diaktivasi oleh
pasangan nukleotida atau kodon khusus. Dengan menggunakan seluruh kemungkinan
kombinasi kodon yang berjumlah 64 kombinasi pada eksperimen seperti aminoacyl-tRNA
binding, maka dapat dikonfirmasi kode asam amino apa saja yang terdapat pada 64 kombinasi
kodon tersebut
 Gambar 2. Tabel Kodon dan Asam Amino yang Dihasilkan
Dari hasil tersebut, muncul pertanyaan yaitu apakah seluruh hasil uji yang dilakukan
secara in vitro juga akan valid atau tetap berlaku pada kondisi in vivo? Apakah pasangan kodon
dan asam amino bersifat universal atau berbeda antar spesiesnya? Dari hasil eksperimen
diketahui bahwa hasil eksperimen tersebut juga valid pada proses secara in vivo dan juga
bersifat universal dengan pengecualian pada beberapa spesies atau kondisi seperti adanya
mutasi. Ketika sekuens gen pada mRNA nukleotida dibandingkan dengan sekuens yang
mengkodekan polipeptida tersebut, terdapat suatu kecocokan yang artinya keduanya memiliki
hubungan dan sesuai dengan kombinasi kodonnya. Hal ini juga terjadi pada organisme yang
materi genetiknya tersimpan pada RNA seperti beberapa virus dimana kromosomnya ekivalen
dengan mRNA organisme yang menyimpan materi genetiknya di DNA.

Degenerasi dan “Wobble” (Goyah)

Pada umumnya, satuasam amino tidakhanyadikodekan oleh satukodon,
melainkandikodekan oleh beberapakodon. Hal inidikenalsebagaidegenerasi. Sebagaicontoh,
asam amino leusin, serin, dan arginindikodekan oleh enamkodon yang berbeda,
isoleusindikodekan oleh tigakodon yang berbeda, dan asam amino lainnyadikodekan oleh
empatkodon yang berbeda. Degenerasi pada kodegenetiktidakterjadisecaraacak,
namunumumnyakodonsebuahasam amino tertentudibedakanberdasarkansusunanbasa nitrogen,
basaketigaatau 3’ basakodon.
Ada duatipedegenerasiyaitu :
1. Degenerasiparsialterjadiketikabasaketigatersusunatas salah satudariduapirimidin(U atauC)
atauduapurin(A atauG) yang
kemudianberubahataubergantidaripurinmenjadipirimidinataupirimidinmenjadipurin.
2. Degenerasilengkapterjadiketikaadapenggantianbasaketiga pada kodon oleh
nukleotidaapapunnamunkodontetapakanmengkodekanasam amino yang sama.
Contohnyavalin yang dikodekandenganurutan GUU, GUC, GUA, dan GUG,
apabilaterjadipenggantianbasa di basaketigamakatidakakanterjadiperubahanasam amino
yang dihasilkan.
Kodegenetikdidesainsedemikianrupauntukmeminimalisirmutasi yang dapatbersifatletal.
Sebagianbesarmutasi pada basaketigakodontidakakanmengubahasam amino yang
akandihasilkan. Asam amino yang memilikisifatkimia yang
miripumumnyahanyamemilikibedasatubasa pada kodonnya. Mekanismesubstitusi juga
berpotensimenghasilkanproduk yang non aktif yang
merupakanbagiandarimekanismememinimalisirdampakletaldarimutasi.
Karena adanyadegenerasikodegenetik, makaharusadabeberapa tRNA berbeda yang
dapatmengenalikodonberbeda yang membawaasam amino yang sama, atauantikodondari tRNA
harussesuaidenganpasanganbasadaribeberapakodon yang berbedanamunmerujuk pada
satuasam amino. Beberapa tRNA adayang spesifiuntukasam amino tertentu, namunbeberapa
tRNA mengenalilebihdarisatukodon. Ikatanhidrogenantarabasadalamantikodon tRNA dan
kodon mRNAterbentukkuathanya pada duabasapertama pada kodonsehinggaikatan di
basaketikaakanmenjadikurangstabilsehinggaakan “goyah”
Hipotesis“goyah”inimemungkinkansatu tRNA dapatberikatandenganlebihdarisatukodon
yang mengkodekanasam amino yang sama. Contohnyayaituasam amino serindibawa olehtiga
tRNA namundikodekan oleh enamkodon. Tiga tRNA serintersebutditandaikemudianditeliti dan
hasilnyayaitu
1. tRNAser1 (antikodon AGG) berikatandengankodon UCU dan UCC.
2. tRNAser2 (antikodon AGU) berikatandengankodon UCU dan UCC.
3. tRNAser3 (antikodon UCG) berikatandengankodon AGU Dan AGC.
Dari uraiandiatas, denganadanyastrukturikatanhidrogen yang “goyah” ini, makamemungkinkan
tRNA berikatandengankodonasam amino yang
bukanpasangannyanamuntetapdalamsatugolonganyaitupurindenganpurin, dan
pirimidindenganpirimidin.Beberapa tRNA memilikibasainosin. Hipotesis Crick
tentang“ikatangoyah”inimemprediksibahwainosindapatberpasangandengan adenine, urasil,
atausitosin (kecuali guanin).

Gambar 3. KombinasiPasangan Basa Nitrogen yang

MembentukIkatanHidrogen yang “goyah”
KodonInisiasi dan Terminasi
Kodegenetikselainberfungsiuntukmengkodekanasam amino, juga
berfungsisebagaipenandadalam proses translasi. Tigakodonyaitu UAA, UAG, dan UGA
menentukanterminasirantaipolipeptidaataudikenalsebagaikodon start. Kodoninidikenali
oleh protein faktorpemula, bukan oleh tRNA . Salah satujenis protein iniadalah RF- 1
yang spesifikmengenali UAA dan UAG, dan RF- 2 yangmenyebabkanpenghentian proses
translasi di kodon UAA dan UAG.Duakodon lain yaitu AUG dan GUG dikenali oleh
tRNA inisiatornamunhanyaketikadiikuti oleh sekuensnukleotida yang sesuaiyaitu AUG
dikenali oleh tRNAmet(pembawametionin), dan GUG dikenali oleh tRNA valin
(pembawavalin)
UniversalitasKodon
Secaraumum, semuakodegenetikmenunjukkankesamaan pada
semuaorganismeyaitukodonnyamengkodekanasam amino yang sama. Namun,
adabeberapapengecualianseperti pada mitokondriamanusia, khamir, dan
organismelainnya, di mana UGA merupakankodonuntuktriptofanpadahalUGA
merupakankodonterminasi(stop) pada sistemnonmitokondrialatausintesis protein biasa.
Selainitu, pada mitokondriakhamir, CUA mengkodekanthreonin yang
 berbedadenganorganisme lain yang mengkodekanleusin. Pada mamaliamitokondria,
AUA mengkodekanmetionin, bukanisoleusinseperti yang dikodekan pada
mekanismesintesis protein biasanya. Selainpengecualiantersebut, kodegenetik pada
seluruhorganismesifatnyasama..
1. Apakahsemuakodegenetikmenunjukkankesamaan pada semuaorganisme? Jelaskan!
Jawab:
Secaraumum, semuakodegenetikmenunjukkankesamaan pada
semuaorganismeyaitukodonnyamengkodekanasam amino yang sama. Namun,
adabeberapapengecualianseperti pada mitokondriamanusia, khamir, dan
organismelainnya, di mana UGA merupakankodonuntuktriptofanpadahalUGA
merupakankodonterminasi(stop) pada sistemnonmitokondrialatausintesis protein biasa.
Selainitu, pada mitokondriakhamir, CUA mengkodekanthreonin yang
berbedadenganorganisme lain yang mengkodekanleusin. Pada mamaliamitokondria,
AUA mengkodekanmetionin, bukanisoleusinseperti yang dikodekan pada
mekanismesintesis protein biasanya. Selainpengecualiantersebut, kodegenetik pada
seluruhorganismesifatnyasama.

2. Bagaimana mekanisme pembuktian kodon triplet yang dilakukan oleh Crick dan kawan-
kawan pada tahun 1961?
Jawab:
Crick menguji gen yang kemudian diberikan perlakuan berupa mutasi delesi dan
adisi. Crick berpendapat bahwa apabila mutasi disebabkan oleh penambahan atau
pengurangan satu pasang basa, maka supresornya juga berupa penambahan atau
pengurangan satu pasangan basa. Menurut Crick, adisi akan menghambat delesi tetapi
tidak menghambat adisi lainnya, begitu juga sebaliknya. Hasil dari eksperimen tersebut
yaitu apabila terjadi penambahan satu pasang nukleotida, maka seluruh asam amino yang
dihasilkan setelah titik mutasi akan berubah total dan menyebabkan mutasi. Ketika terjadi
delesi satu pasangan basa pada mutan tersebut, maka asam amino yang dihasilkan setelah
titik delesi akan kembali normal. Ketika terjadi penambahan atau pengurangan tiga
pasangan nukleotida, maka asam amino yang dihasilkan relatif sama dengan gen non
mutan. Hal ini membuktikan bahwa kodon tersusun atas triplet nukleotida.