Kelompok 1

Kontrol Molekuler Transkripsi dalam Eukariota

Transkripsi gen eukariotik diatur oleh interaksi antara protein dan sekuens DNA dalam
atau dekat gen.
Banyak penelitian saat ini tentang ekspresi gen eukariotik berfokus pada faktor-faktor yang
mengontrol transkripsi. Penekanan berat pada kontrol transkripsi ini sebagian disebabkan oleh
pengembangan teknik eksperimental yang memungkinkan aspek regulasi gen ini dianalisis secara
sangat rinci. Namun, itu juga karena daya tarik gagasan yang muncul dari studi gen prokariotik.
Dalam prokariota dan eukariota, transkripsi adalah peristiwa utama dalam ekspresi gen; karena itu
merupakan level paling mendasar di mana ekspresi gen dapat dikendalikan.
Urutan Dna Yang Terlibat Dalam Pengendalian T Ranscription
transkripsi dimulai pada promotor gen di tempat RNA polimerase. transkripsi dari
promotor gen eukariotik membutuhkan beberapa protein aksesori. Masing-masing protein ini
berikatan dengan urutan di dalam promotor untuk memfasilitasi RNA polimerase yang tepat pada
template untai DNA. Transkripsi gen eukariotik juga dikendalikan oleh berbagai faktor transkripsi
khusus, seperti yang terlibat dalam regulasi dan gen yang diinduksi hormon. Faktor-faktor ini
mengikat elemen respons. Transkripsi khusus faktor-faktor yang mengikat elemen tambahan ini
dapat berinteraksi dengan faktor-faktor transkripsi basal dan RNA polimerase, yang mengikat
promotor gen. Interaksi yang terjadi di antara yang khusus faktor transkripsi, faktor transkripsi
basal, dan RNA polimerase mengatur transkripsi aktivitas gen.
Enhancer menunjukkan tiga sifat: (1) mereka bertindak relatif besar jarak — hingga
beberapa ribu pasangan basa dari gen teregulasi mereka; (2)pengaruh pada ekspresi gen tidak
tergantung pada orientasi (3) efeknya tidak tergantung pada posisi. Ketiganya karakteristik
membedakan peningkat dari promotor, yang biasanya terletak di dalam gen dan yang berfungsi
hanya dalam satu orientasi. Enhancers bisa berukuran relatif besar, hingga beberapa ratus pasangan
basa. Enhancer memiliki aktivitas pengaturan parsial sendiri. Sebagian besar enhancer berfungsi
secara spesifik jaringan; yaitu, merangsang transkripsi hanya pada jaringan tertentu. Contoh yang
jelas dari spesifisitas jaringan ini berasal dari studi gen kuning pada Drosophila. Gen ini
bertanggung jawab untuk pigmentasi di banyak bagian tubuh — di sayap, kaki, dada, dan perut.
Lalat tipe liar menunjukkan pigmen hitam kecoklatan-hitam di semua struktur ini, sedangkan lalat
mutan menunjukkan pigmen kekuningan-coklat yang lebih terang. Namun, pada beberapa mutan,
ada pola mosaik pigmentasi, kecoklatan-hitam di beberapa jaringan dan kekuningan-coklat di yang
lain. Pola mosaik ini disebabkan oleh mutasi yang mengubah transkripsi gen kuning di beberapa
jaringan. Pamela Geyer dan Victor Corces telah menunjukkan bahwa gen kuning diatur oleh
beberapa enhancer, beberapa di antaranya berada di dalam intron. Jika, misalnya, penambah untuk
ekspresi di sayap bermutasi, bulu-bulu di sayap berwarna coklat kekuningan dari hitam kecoklatan.
Hasil penelitian menunjukkan bahwa protein yang berikatan dengan enhancer
mempengaruhi aktivitas protein yang mengikat promotor, termasuk faktor transkripsi basal dan
RNA polimerase. Kedua jenis protein tersebut dibawa ke dalam kontak fisik oleh kompleks
multimerik yang terdiri dari setidaknya 20 protein berbeda. Kompleks mediator ini tampaknya
membengkokkan DNA sedemikian rupa sehingga protein yang terikat pada enhancer adalah
dibandingkan dengan yang terikat pada promotor. Dengan cara ini, maka, protein terikat pada
enhancer melakukan kontrol atas transkripsi, yang dimulai pada promotor.

Protein yang terlibat dalam control transkripsi: Faktor transkripsi

Selama 3 dekade terakhir peneliti mengidentifikasi banyak protein pada eukaryotic yang
menstimulasi transkripsi. Protein ini mempunyai setidaknya dua struktur kimia penting yaitu :
Domain pengikatan DNA dan domain pengaktifan transkripsi. Domain ini akan menempati bagian
terpisah dari molekul atau bisa bertumpang-tindih. GAL4, faktor transkripsi pada ragi, domain
pengikatan DNA terletak dekat dengan asam amino terminal dari polipeptida. Dua domain
pengaktivasi transkripsi terdapat pada polipeptida ini, satu terletak di tengah dan satu terletak pada
gugus terminus karboksil. Pada protein reseptor steroid hormone, yang merupakan faktor
transkripsi pada hewan, domain pengikatan DNA letaknya terpusat dan terlihat tumpang-tindih
dengan domain pengaktivan transkripsi yang memanjang dari asam amino terminal. Reseptor
hormone steroid juga mempunyai domain ketiga yang berfungsi spesifik untuk mengikat hormone
steroid.
Aktivasi transkripsi tampaknya melibatkan interaksi fisik antara protein. Faktor transkripsi
yang terikat ke enchancer dapat melakukan kontak dengan satu atau lebih protein di enhancer lain,
atau dapat berinteraksi langsung dengan protein yang terikat di wilayah promotor. Melalui kontak
dan interaksi ini, domain faktor pengaktivasi transkripsi kemudian dapat menyebabkan konformasi
kompleks protein, membuka jalan untuk RNA Polimerase memulai transkripsi.
Faktor transkripsi pada eukaryotic mempunyai struktur spesifik yang merupakan hasil
asosiasi antara asam amino dalam rantai polipeptida. Salah satu motifnya adalah “zinc finger”,
peptide pendek yang melingkar ketika dua sistein dalam satu bagian polipeptida dan dua histidin
pada bagian lain yang terdekat terikat bersama oleh ion besi; segmen peptide diantara dua pasangan
asam amino keluar dari struktur utama protein seperti jari. Analisis mutasi mendemonstrasikan
bahwa “jari”ini memegang peran penting dalam pengikatan DNA.
Motif kedua adalah helix-turn-helix, hamparan tiga heliks pendek asam amino dipisahkan
dari satu sama lain secara bergantian. Analisis genetic dan biokimia memperlihatkan
bahwa segmen heliks paling dekat dengan terminal karboksil digunakan untuk pengikatan DNA;
segmen heliks lainnya berperan dalam pembentukan protein dimer. Pada beberapa faktor
transkripsi, motif helix-turn-helix tersusun atas daerah terlestarikan sekitar 60 asam amino yang
disebut homeodomain, karena mengkode gen homeotic pada drosophila. Analisis klasikal
memperlihatkan bahwa mutasi pada gen ini menghambat pertumbuhan pada sel tertentu.
Contohnya mutasi pada gen Antennapedia akan menyebabkan antenna tumbuh seperti kaki.
Fenotip aneh ini meruupakan contoh dari transformasi homeotic, subsitusi salah satu organ tubuh
selama proses perkembangan. Analisis molekuler dari gen homeotic ini menjelaskan bahwa
masing-masing homeodomain mengkodekan protein dan protein tersebut dapat mengikat pada
DNA. Protein homeodomain menstimulasi transkripsi gen-gen tertentu dengan cara spasial dan
 temporal pada perkembangan. Protein homeodomain juga ditemukan pada organisme lain,
termasuk manusia, dimana protein ini berperan penting sebagai faktor transkripsi.
Motif ketiga adalah leucine zipper, hamparan asam amino dengan leusin pada setiap posisi
kelipatan 7. Polipeptida dengan struktur ini dapat membentuk dimer melalui interaksi antar-leusin
pada setiap “zipper region”. Ketika dua zipper berikatan. ,menyebabkan perluasan kea rah yang
berlawanan, membentuk permukaan yang dapat mengikat DNA negative.
Motif keempat adalah helix-loop-helix, hamparan dua region heliks dari asam amino yang
terpisahkan oleh loop non-heliks. Daerah helical memungkinkan dimerisasi antara dua peptide.
Terkadang, helix-loop-helix berbatasan dengan dasar asam amino, sehingga dimerisasi terjadi,
asam amino dapat mengikat DNA negative. Protein dengan struktur seperti ini dilambangkan
dengan dasar HLH atau bHLH protein.
Faktor transkripsi dengan dimerisasi motif seperti zipper leusin atau helix-loop-helix, pada
prinsipnya, menggabungkan polipeptida yang sama strukturnya membentuk homodimer, atau
mereka dapat menggabungkan polipetida berbeda untuk membentuk heterodimer. Kedua
kemungkinan ini menggambarkan kompleksnya pola dari ekspresi gen dapat terjadi. Transkripsi
gen pada jaringan tertentu bergantng pada aktivasi heterodimer, yang hanya dapat terbentuk jika
polipeptida tertentu disintesis pada jaringan tersebut. Terlebih lagi, kedua polipeptida ini harus ada
dalam jumlah yang benar untuk mendukung pembentukan heterodimer di atas yang sesuai
homodimer. Oleh karena itu, modulasi halus dalam ekspresi gen dapat dicapai dengan menggeser
konsentrasi dua komponen heterodimer.

Kelompok 2

REGULASI POSTTRANSKRIPSIONAL EKSPRESI GEN OLEH RNA INTERFERENCE

RNA nonkode pendek dapat mengatur ekspresigen eukariotik dengan berinteraksi dengan mRNA
diproduksi oleh gen-gen ini.

Meskipun banyak regulasi gen eukariotik terjadi pada level transkripsi, penelitian terbaru
menunjukkan bahwa mekanisme posttranskripsi juga memainkan peran penting dalam mengatur
ekspresi gen eukariotik. Beberapa mekanisme ini melibatkan RNA kecil dan bukan pengkodean.
Dengan pasangan basa dengan urutan target dalam molekul mRNA, RNA kecil ini mengganggu
ekspresi gen. Oleh karena itu, jenis regulasi gen posttranskripsi ini disebut interferensi RNA, sering
disingkat RNAi. Sebagian besar jenis organisme eukariotik mampu RNAi. Di antara model
organisme genetik, fenomena ini telah dipelajari dengan baik di nematoda Caenorhabditis elegans,
di Drosophila, dan inArabidopsis. Itu juga ada pada mamalia, termasuk manusia. Seperti yang akan
kita lihat, kapasitas luas organisme eukariotik untuk mengatur ekspresi gen oleh RNAi telah
memungkinkan para ahli genetika untuk menganalisis fungsi gen dalam organisme yang tidak
setuju dengan pendekatan genetik standar.
RNAi Pathways

Fenomena interferensi RNA, yang dirangkum dalam Gambar 19.8, melibatkan molekul RNA kecil
yang disebut RNA interfering pendek (siRNAs) atau microRNAs (miRNAs). Molekul-molekul ini,
21 hingga 28 pasangan basa panjang, dihasilkan dari molekul RNA yang lebih besar dan beruntai
ganda oleh aksi enzimatik protein yang merupakan endonuklease spesifik RNA yang digandakan.
Karena endonucleases ini "memotong" RNA besar menjadi potongan-potongan kecil, mereka
disebut enzim Dicer. Nematoda Caenorhabditis elegans menghasilkan satu jenis enzim dicer;
Drosophila menghasilkan dua enzim dicer yang berbeda; dan Arabidopsis menghasilkan
setidaknya tiga. Pada C. elegans dan Drosophila, enzim ini bekerja di sitoplasma; di Arabidopsis,
mereka mungkin bertindak dalam nukleus. SiRNA dan miRNA yang dihasilkan oleh aktivitas
Dicer berpasangan sepanjang, kecuali pada 3 ujungnya, di mana dua nukleotida tidak berpasangan.

Dalam sitoplasma, siRNA dan miRNA menjadi dimasukkan ke dalam partikel ribonukleoprotein.
SiRNA untai ganda atau miRNA dalam partikel-partikel ini tidak terurai, dan salah satu untaiannya
dihilangkan. Untai tunggal RNA yang masih hidup kemudian dapat berinteraksi dengan molekul
RNA kurir tertentu. Interaksi ini dimediasi oleh pasangan-basa antara untai tunggal RNA dalam
kompleks RNA-protein dan urutan pelengkap dalam molekul RNA kurir. Karena interaksi ini
mencegah ekspresi gen yang menghasilkan mRNA, partikel RNA-protein disebut RNA-Induced
Silencing Complex (RISC).

RISC dari berbagai organisme bervariasi dalam ukuran dan komposisi. Namun, mereka semua
mengandung setidaknya satu molekul dari keluarga protein Argonaute yang bernama aneh. Fungsi
protein ini tidak sepenuhnya dipahami. Setiap kali pasangan-basa antara RNA dalam RISC dan
urutan target dalam mRNA sempurna atau hampir sama, RISC memotong mRNA target di tengah-
tengah daerah basepaired. MRNA yang terpecah kemudian terdegradasi. Setelah pembelahan,
RISC dapat berasosiasi dengan molekul mRNA lain dan menginduksi pembelahannya. Karena
RISC dapat digunakan berulang kali tanpa kehilangan adalah kemampuan untuk menargetkan dan
memotong mRNA, ia bertindak sebagai katalis. RNA terkait RISC yang menghasilkan pembelahan
mRNA biasanya disebut RNA interfering pendek. Kapan saja RNA di dalam RISC berpasangan
secara tidak sempurna dengan urutan targetnya, mRNA biasanya tidak terpotong; alih-alih,
terjemahan mRNA terhambat. RNA terkait RISC yang memiliki efek ini biasanya disebut
microRNA. Pada hewan, urutan yang ditargetkan oleh RISC ditemukan di 3 daerah molekul
mRNA yang tidak diterjemahkan, dan sering kali urutan ini hadir beberapa kali dalam 3 wilayah
yang tidak diterjemahkan (UTR). Di pabrik, urutan yang ditargetkan oleh RISC biasanya terletak di
dalam wilayah pengkodean mRNA, atau dalam 5 UTR mRNA.
Kelompok 3

SOURCES OF SHORT INTERFERING RNAs AND MicroRNAs

 SUMBER-SUMBER RNA YANG MENARIK SINGKAT DAN MicroRNA

Beberapa molekul RNA kecil yang menginduksi RNAi berasal dari transkrip gen
microRNA. Gen-gen ini, biasanya dilambangkan dengan simbol mir, ditemukan di genom
berbagai jenis eukariota; sekitar 100 gen mir hadir di Genom C. elegans dan Drosophila, dan
sekitar 250 terdapat dalam genom vertebrata. Awalnya, beberapa gen ini diidentifikasi melalui
analisis mutasi itu mengubah regulasi gen lain. Ketika gen mir ditentukan oleh mutasi ini dianalisis
pada tingkat molekuler, mereka ditemukan memiliki sedikit atau tidak ada proteincoding potensi.
Sebaliknya, mereka memiliki struktur yang aneh. Masing-masing berisi peregangan pendek
nukleotida diulang dalam orientasi berlawanan di sekitar intervensi pendek segmen DNA. Ketika
ditranskripsi, struktur pengulangan terbalik ini menghasilkan sebuah RNA yang dapat dilipat
kembali pada dirinya sendiri untuk membentuk batang untai ganda pendek di pangkalan dari loop
beruntai tunggal (Gambar 19.9a). Enzim yang disebut Drosha mengenali ini batang-loop wilayah
dan mengeluarkannya dari transkrip utama gen mir. Yang dibebaskan batang-loop kemudian
diekspor ke sitoplasma di mana ia dibelah oleh Dier untuk membentuk sebuah miRNA. Dalam C.
elegans, di mana proses ini ditemukan, Dicer menghapus loop dan memotong batang dengan
panjang 22 nukleotida pada masing-masing untaiannya. Setelah jatuh tempo dalam RISC, miRNA
sekarang beruntai tunggal dapat menargetkan urutan dalam mRNA diproduksi oleh gen lain.
Gambar 19.9b menunjukkan pasangan-pasangan antara miRNA dari gen C. elegans mir lin-4 dan
salah satu target miRNA ini di 3 UTR of mRNA dari gen penyandi protein, lin-14. Melalui
pasangan-pasangan ini, lin-4 miRNA merepresi terjemahan lin-14 mRNA.

Sejak ditemukannya gen-gen mir yang saling ditentukan ini, banyak mir lainnya gen telah
ditemukan dengan menggunakan program komputer untuk menyaring DNA genom urutan C.
elegans, Drosophila, dan organisme model lainnya untuk karakteristik struktur ulangi terbalik
Banyak kandidat gen mir yang diidentifikasi oleh ini pendekatan genomik berbasis komputer telah
diverifikasi dengan mendeteksi miRNA yang diturunkan dari gen-gen ini dalam ekstrak sel. Gen
yang mRNA-nya mengandung urutan yang ditargetkan oleh miRNA juga sedang diidentifikasi
oleh kombinasi analisis berbasis komputer dan eksperimen in vivo. Banyak dari gen ini yang
mengkode faktor transkripsi atau lainnya protein yang penting secara perkembangan.
 GAMBAR 19.9 Pengaturan ekspresi gen oleh gangguan RNA. (a) Struktur batang loop
dari transkrip dari C. elegans microRNA gen lin-4. (b) Pasangan-pasangan antara microRNA
berasal dari transkrip lin-4 dan urutan di 3 wilayah yang tidak diterjemahkan dari lin-14
messenger RNA.

Beberapa RNA yang menginduksi RNAi berasal dari transkripsi elemen lain dalam genom
seperti transposon dan transgen, dan mereka juga berasal dari Virus RNA. Cara-cara di mana jenis-
jenis gangguan RNA ini terbentuk tidak sepenuhnya pada tumbuhan dan nematoda, RNA yang
tidak biasa ini dapat disalin ke dalam RNA komplementer molekul oleh enzim yang dikenal
sebagai RNA-dependent RNA polimerase (RdRPs). Jika untai RNA komplementer tetap
berpasangan dengan template dari mana asalnya dibuat, molekul RNA untai ganda yang dihasilkan
dapat dipotong dadu menjadi siRNA oleh Dicertype enzim; kemudian, siRNA yang diproduksi
oleh Dicer dapat memasuki jalur RNAi dan menargetkan populasi RNA yang awalnya
memunculkan mereka. Dengan cara ini, berpotensi RNA bermasalah yang berasal dari transposon,
transgen, atau virus dapat menjadi target represi atau degradasi. Aplikasi RNAi ini mungkin
merupakan yang paling primitive fungsi untuk melindungi organisme dari infeksi virus dan
transposisi yang tidak terkendali. Oleh Sebaliknya, sistem berbasis miRNA yang rumit untuk
pengaturan gen terbukti pada organisme seperti C. elegans tampaknya mewakili aplikasi RNAi
yang sangat berkembang.

Para peneliti telah menemukan bahwa RNAi juga dapat diinduksi oleh untai ganda RNA
yang telah disiapkan secara in vitro dengan transkripsi dari gen atau gen cloning segmen (lihat
Tonggak Sejarah Genetika: Penemuan Gangguan RNA pada Situs Sahabat Mahasiswa). DNA
 ditranskripsi dalam dua arah dengan memasukkannya antara promotor dengan orientasi
berlawanan dalam vektor kloning yang sesuai atau dengan menyisipkan salinan terbalik DNA hilir
promotor tunggal (lihat Bab 16). Molekul RNA untai ganda yang berasal dari transkrip klon
tersebut dapatdimasukkan ke dalam sel yang dikultur; mereka juga dapat disuntikkan ke organisme
hidup. Sekali di dalam sel, RNA untai ganda memasuki jalur RNAi. Ini potong dadu menjadi
siRNA molekul, yang kemudian dimasukkan ke dalam kompleks RNA-protein dan ditargetkan
untuk mRNA yang mengandung urutan pelengkap. MRNA yang ditargetkan biasanya
terdegradasi. Jadi, merawat sel atau organisme dengan jenis double-stranded tertentu RNA
memiliki efek merobohkan atau merobohkan ekspresi gen yang sesuai dengan RNA itu. Oleh
karena itu setara dengan menginduksi amorf atau mutasi hipomorfik dalam gen. Dengan
menggunakan pendekatan ini, para ahli genetika telah dapat melakukannya untuk mempelajari
konsekuensi dari melenyapkan atau melemahkan ekspresi gen tertentu dalam berbagai organisme,
termasuk beberapa di mana analisis genetik sulit, lambat, atau tidak mungkin. Dengan demikian,
RNAi sekarang digunakan untuk menganalisis fungsi gen pada ikan, tikus, dan manusia, serta pada
organisme model yang lebih sederhana seperti C. elegans, Drosophila, dan Arabidopsis. Untuk
melihat satu aplikasi dari teknologi ini, kerjakan Memecahkannya: Menggunakan RNAi dalam
Penelitian Sel.

Kata Kunci

1. RNA dan mikroRNA yang mengganggu pendek dihasilkan dari prekursor beruntai ganda yang
lebih besar oleh aksi endonucleases tipe Dicer.

2. Dalam RNA-Induced Silencing Complexes (RISCs), siRNAs dan miRNAs menjadi untai
tunggal sehingga mereka dapat menargetkan urutan pelengkap dalam molekul RNA kurir.

3.Messenger RNA yang telah ditargetkan oleh siRNA dibelah, dan mRNA yang telah ditargetkan
oleh miRNA dicegah dari melayani sebagai template untuk sintesis polipeptida.

4. Ratusan gen untuk miRNA hadir dalam genom eukariotik. Transposon dan transgen dapat
merangsang sintesis siRNA.
 5. Gangguan RNA digunakan sebagai alat penelitian untuk merobohkan atau merobohkan ekspresi
gen dalam sel dan seluruh organisme.

Kelompok 4

Ekspresi Gen dan Organisasi Chromatin

Kromosom eukariotik terdiri dari bagian DNA dan protein yang kira-kira sama. Secara kolektif, kami
menyebut materi ini sebagai kromatin. Karakteristik kimia kromatin bervariasi sepanjang kromosom. Di
beberapa daerah, misalnya, histones, yang merupakan sebagian besar protein dalam kromatin, memiliki
asetilasi, dan di daerah lain, beberapa nukleotida dalam DNA dimetilasi. Modifikasi kimia ini dapat
memengaruhi aktivitas transkripsi gen. Aspek-aspek lain dari organisasi kromatin — misalnya, keberadaan
protein “pengemasan” — berperan dalam regulasi gen. Pada bagian ini, kami mempertimbangkan
bagaimana komposisi dan organisasi kromatin mempengaruhi ekspresi gen.

EUCHROMATIN DAN HETEROCHROMATIN

Variasi dalam kepadatan kromatin dalam inti sel menyebabkan pewarnaan diferensial bagian
kromosom. Bahan pewarnaan yang dalam disebut heterochromatin, dan bagian pewarnaannya yang
ringan disebut euchromatin. Apa, jika ada, apa arti fungsional dari berbagai jenis kromatin ini?

Kombinasi analisis genetik dan molekuler telah menunjukkan bahwa sebagian besar gen eukariotik
terletak di euchromatin. Terlebih lagi, ketika gen ekarromatik secara artifisial dialihkan ke lingkungan
heterokromatik, mereka cenderung berfungsi secara tidak normal, dan, dalam beberapa kasus, tidak
berfungsi sama sekali. Gangguan kemampuan ini berfungsi dapat menciptakan campuran karakteristik
normal dan mutan pada individu yang sama, suatu kondisi yang disebut sebagai variegasi efek-posisi.
Istilah ini digunakan karena variabilitas dalam fenotipe disebabkan oleh perubahan posisi gen ekarromatik,
khususnya dengan memindahkannya ke heterokromatin. Banyak contoh variegasi efek posisi telah
ditemukan di Drosophila, biasanya dalam hubungan dengan inversi atau translokasi yang memindahkan
gen euchromatic ke heterochromatin. Alel putih berbintik-bintik adalah contoh yang baik. Dalam hal ini,
alel tipe-liar dari gen putih telah dipindahkan dengan inversi, dengan satu istirahat di dekat lokus putih
euchromatik dan yang lainnya dalam heterokromatin basal dari kromosom X. Penataan ulang ini
mengganggu ekspresi normal gen putih dan menyebabkan fenotipe mata berbintik-bintik (Gambar 19.10).
Tampaknya, gen putih euchromatic tidak dapat berfungsi dengan baik di lingkungan heterokromatik. Ini
dan contoh-contoh lain telah mengarah pada pandangan bahwa heterokromatin menekan fungsi gen,
mungkin karena dikondensasi menjadi bentuk yang tidak dapat diakses oleh mesin transkripsi.

Perilaku gen putih pada lalat dengan kromosom X yang disusun ulang ini menunjukkan bahwa
ekspresi gen dapat dipengaruhi oleh kondisi yang tidak mengubah urutan nukleotida gen. Terlebih lagi,
karena gen putih diekspresikan dalam beberapa bercak mata, tetapi tidak pada gen yang lain, kita tahu
bahwa sekali kondisi ini terbentuk, mereka diwariskan secara klonal ketika sel-sel mata membelah. Karena
kondisi ini ditumpangkan pada struktur dasar gen putih, kami mengatakan bahwa mereka bersifat
epigenetik. Awalan bahasa Yunani "epi" berarti "di atas," dan di sini digunakan untuk menyampaikan
gagasan bahwa keadaan diwariskan selain dari urutan gen yang sebenarnya mengatur ekspresi gen. Dalam
hal ini, keadaan epigenetik yang diwariskan melibatkan beberapa aspek organisasi kromatin di dekat gen
putih yang direposisi. Pada bagian selanjutnya, kita akan menemukan contoh regulasi epigenetik ekspresi
gen lainnya.

Kelompok 5

ORGANISASI MOLEKULER DARI DNA AKTIF TRANSCRIPTIONALLY

Apa organisasi molekuler DNA aktif transkripsi? Apakah DNA ini lebih dari "Terbuka"
dari pada DNA yang tidak ditranskripsi? Pertanyaan-pertanyaan ini telah dijawab dengan
mengukur sensitivitas DNA dalam kromatin terhadap aksi deoksiribonuklease pankreas I (DNase
I), enzim yang memecah molekul DNA dan menurunkannya menjadi nukleotida penyusun. Pada
tahun 1976, Mark Groudine dan Harold Weintraub berdemonstrasi bahwa DNA aktif transkripsi
lebih sensitif terhadap DNase I daripada tidak ditranskripsi DNA. Groudine dan Weintraub
mengekstraksi kromatin dari sel darah merah ayam dansebagian mencerna dengan DNase I.
Kemudian mereka memeriksa sisa bahan kromatin untuk urutan dua gen, β-globin, yang secara
aktif ditranskripsi dalam sel darah merah, danovalbumin, yang tidak. Mereka menemukan bahwa
lebih dari 50 persen DNA β-globin telah dicerna oleh enzim DNase I, dibandingkan dengan hanya
10 persen dari ovalbumin DNA. Hasil ini sangat menyiratkan bahwa gen yang ditranskripsi secara
aktif lebih "terbuka" untuk menyerang nuclease. Penelitian selanjutnya telah menunjukkan bahwa
sensitivitas nuclease transkripsi gen aktif bergantung pada setidaknya dua protein non-histone
kecil, HMG14 dan HMG17 (HMG untuk grup mobilitas tinggi, karena mereka memiliki mobilitas
tinggi selama gel elektroforesis). Ketika protein ini dikeluarkan dari kromatin aktif, sensitivitas
nuclease akan hilang; ketika mereka ditambahkan lagi, maka akan dikembalikan.

Pengobatan kromatin terisolasi dengan konsentrasi DNase I yang sangat rendah

menyebabkan DNA membelah di beberapa situs tertentu, tepat disebut DNase I hipersensitif situs.
Beberapa situs ini telah terbukti terletak di bagian hulu transkripsigen aktif, baik di daerah
promotor atau penambah. Signifikansi fungsional dari situs-situs hipersensitif ini masih belum
jelas, tetapi beberapa bukti menunjukkan bahwa mereka mungkin menandai daerah di mana DNA
dilepas secara lokal, mungkin karena transkripsi telah dimulai. Dalam kasus gen manusia untuk β-
globin, beberapa situs hipersensitif DNase I terletak di daerah kontrol lokus (LCR) sepanjang 15-
kb-panjang dari gen itu sendiri (Gambar 19.11). Genβ-globin manusia berada di sebuah cluster
yang berukuran 28 kilobase di kromosom 11. Setiap gen dalam kluster adalah duplikat dari leluhur
β-globin gen. Seiring waktu evolusi, gen individu dalam gugus telah menyimpang satu sama lain
dengan mutasi acak sehingga hari ini, masing-masing dari mereka menyandikan sedikit polipeptida
yang berbeda. Dalam salah satu gen, mutasi yang tidak masuk akal telah menghapuskan
kemampuan untuk membuat polipeptida. Gen nonkode semacam itu disebut pseudogen, dan
memang demikian biasanya dilambangkan dengan huruf Yunani psi (ψ) —mereka, gen (ψ) dalam
gugus ini.

Gen-gen manusiaβ-globin diatur secara spasial dan temporal. Padahal, luar biasa Fitur dari
kluster gen ini adalah bahwa anggotanya diekspresikan pada waktu yang berbeda selama
pengembangan. Gen ε diekspresikan dalam embrio, kedua gen diekspresikan dalam janin, dan
βgen diekspresikan pada bayi dan orang dewasa. Aktivasi berurutan ini gen dari satu sisi ke sisi
lain dalam gugus ini tampaknya terkait dengan kebutuhan menghasilkan jenis hemoglobin yang
sedikit berbeda selama perkembangan manusia. Embrio, janin, dan bayi memiliki kebutuhan
oksigen yang berbeda, sirkulasi yang berbeda sistem, dan lingkungan fisik yang berbeda.
Pergantian temporal dalam gen β-globinekspresi rupanya merupakan adaptasi terhadap berbagai
kondisi yang berubah ini.

LCR dari gugus gen β-globin mengandung situs pengikatan untuk transkripsi faktor-faktor
yang mengaktifkan kembali gen individu untuk transkripsi. Preaktivasi adalah terdeteksi oleh
peningkatan sensitivitas DNA dalam LCR terhadap pencernaan dengan konsentrasi rendah DNase
I. Transkripsi gen β-globin muncul membutuhkan preaktivasi ini dan dirangsang oleh faktor-faktor
transkripsi yang mengikat peningkat spesifik dalam kompleks gen β-globin. Namun, jaringan dan
temporal spesifisitas ekspresi gen β-globin tergantung pada urutan yang tertanam dalam LCR.
Studi dengan tikus transgenik menunjukkan bahwa LCR bukan hanya koleksi besar peningkat yang
mengerahkan kendali atas berbagai gen β-globin. LCR harus berada dulu dari gen β-globin dan
dalam orientasi alami untuk mengendalikan ekspresi gen dengan benar. Artinya, berfungsi dengan
cara yang tergantung pada orientasi. Enhancers biasanya berfungsi dengan orientasi-independen
dan di posisi yang berbeda relatif terhadap promotor gen. LCR memiliki satu fitur lain yang
membedakannya dari perangkat tambahan sederhana: itu dapat mengontrol ekspresi gen β-globin
ketika seluruh kluster gen (LCR plus β-globin gen) dimasukkan dalam kromosom yang berbeda
posisi. Enhancer, sebaliknya, sering gagal berfungsi saat mereka dan gen yang terkait
ditransposisikan ke kromosom yang berbeda lokasi. Dengan demikian, LCR tampaknya
mengisolasi gen β-globin dari pengaruh kromatin di sekitar mereka.
 Gambar 19.11 Gugus gen β-globin pada kromosom manusia11.

Kelompok 6

Remodeling Chromatine

Percobaan yang menilai sensitivitas DNA terhadap pencernaan dengan dnase saya telah
menetapkan bahwa DNA yang ditransfer lebih mudah diakses nuklease menyerang daripada DNA
yang tidak ditranskripsikan. Apakah DNA yang ditranskrip dikemas dalam nukleosom? Jika ya,
perubahan struktural apa yang terjadi pada nukleosom selama transkripsi? Apakah mukleosom
"terbuka" dan "tertutup" ketika RNA polimerase melewati templat DNA? Upaya untuk menjawab
pertanyaan-pertanyaan ini telah melibatkan kombinasi pendekatan genetik dan biokimia yang telah
menunjukkan bahwa DNA yang ditranskripsi memang dikemas ke dalam nukleosom. Namun,
dalam DNA yang ditranskripsi, nukleosom diubah oleh multiprotein oomplex yang akhirnya
memfasilitasi aksi RNA polimerase. Perubahan nukleosom dalam persiapan untuk transkripsi ini
disebut remodeling chromatine.

Dua jenis umum kompleks remodeling kromatin telah diidentifikasi. Satu jenis terdiri dari enzim
yang memindahkan gugus asetil ke asam amino lisin pada posisi tertentu di histone nukleosom.
Sebagai kelas, enzim ini disebut histame acetyl transferae (HAl). Studi Numeus menunjukkan
bahwa asetilasi histone berkorelasi dengan peningkatan ekspresi gen, mungkin karena penambahan
gugus asetil melonggarkan hubungan antara DNA dan ectamers histone dalam nukleomom. Kinae-
enzim yang mentransfer gugus fosfat ke molekul juga dapat memainkan peran bersama dengan
kompleks kromatin-pemodelan ini. Telah diketahui, misalnya, bahwa asetilasi lisin-14 dalam histon
H4 sering didahului. oleh fosforilasi serin-10 dalam molekul itu. Bersama-sama, kedua modifikasi
histone H4 ini tampaknya "membuka" kromatin untuk meningkatkan aktivitas transkripsi.

Jenis lain dari kompleks pemodelan ulang kromatin mengganggu struktur nukleosom di sekitar
promotor gen. Kompleks yang paling banyak dipelajari dari kompleks ini adalah kompleks SWI /
SNF yang ditemukan di ragi roti. Kompleks ini dinamai untuk dua jenis mutasi (switching-
inhibited dan sukrosa nonfermenter) yang mengarah pada penemuan protein penyusunnya.
Kompleks terkait telah ditemukan di sel organisme lain, termasuk manusia. Kompleks SWI / SNF
terdiri dari setidaknya delapan protein. Ini mengatur transkripsi dengan menggeser octone histone
sepanjang DNA terkait dalam nukleosom; itu juga dapat mentransfer octamers ini ke lokasi lain
pada molekul DNA. Pergeseran nukleosom yang dikatalisis oleh kompleks SWI / SNF tampaknya
memberikan akses faktor transkripsi ke DNA. Faktor-faktor ini kemudian merangsang ekspresi
gen.

Kami telah membahas remodeling kromatin dari sudut pandang aktivasi gen. Namun, kromatin
aktif juga dapat direnovasi menjadi kromatin tidak aktif. Remodeling terbalik ini tampaknya
melibatkan dua modifikasi biokimiawi terhadap histone dalam nukleosom: deasetilasi, dikatalisis
oleh histone deacetylases (HDACs), dan metilasi, dikatalisasi oleh histone methyl transferases
(HMTs). Seperti dibahas di bagian selanjutnya, beberapa nukleotida dalam DNA juga dapat
dimetilasi oleh sekelompok enzim yang disebut DNA methyl transferases (DNMTs). Chromatin
yang telah mengalami modifikasi ini cenderung diam secara transkripsi.

Kelompok 7

METILASI DNA

Modifikasi kimia nukleotida juga tampaknya penting untuk regulasi gen pada beberapa
eukariota, terutama mamalia. Dari sekitar 3 miliar pasangan basa dalam genom mamalia yang khas,
sekitar 40 persen adalah pasangan basa G: C, dan sekitar 2 hingga 7 persen di antaranya
dimodifikasi dengan penambahan gugus metil ke sitosin (Gambar 19.12).

Sebagian besar sitosin teretilasi ditemukan dalam pasangan basa-basa dengan struktur 5 mC
pG 3 3 GpCm 5 di mana mC menunjukkan methylcytosine dan p antara C dan G menunjukkan
ikatan fosfodiester antara nukleotida yang berdekatan di setiap untai DNA. Struktur ini sering
disingkat dengan memberikan komposisi satu untai, dengan demikian, mCpG. Metukleat CpG
dinukleotida dapat dideteksi dengan mencerna DNA dengan enzim restriksi yang peka terhadap
modifikasi kimiawi dari situs pengenalan mereka. Sebagai contoh, enzim HpaII mengenali dan
memotong urutan CCGG; Namun, ketikasitosinkeduadalamurutaninidimetilasi,
HpaIItidakdapatmemotongurutan. Jadi, DNA
teretilasidantidaktermetilasimemberikanpolafragmenrestriksi yang
berbedaketikadicernadenganenzimini.

DinukleotidaCpGterjadilebihjarangdari yang diharapkanpadagenommamalia,

mungkinkarenamerekatelahbermutasimenjadidinukleotidaTpGselamaevolusi.Selainitu,
distribusidinukleotidaCpGtidakmerata, denganbanyaksegmenpendek DNA yang
memilikikepadatandinukleotidaCpG yang jauhlebihtinggidaripadadaerahgenomlainnya.Segmen
kaya CpGini, biasanyasekitar 1 hingga 2 kb panjang, disebutpulauCpG. Dalamgenommanusia,
adasekitar 30.000 pulausemacamitu, yang sebagianbesarterletak di dekatlokasiawaltranskripsi.
Analisismolekulertelahmenunjukkanbahwasitosin di pulau-pulauinijarang, jikapernah, termetilasi,
danbahwakeadaantidakterdermetilasiinikondusifuntuktranskripsi.Dengandemikian, DNA di
sekitarpulauCpGadalahhipersensitifterhadappencernaandenganDNase I,
dannukleosomnyabiasanyaagakberbedadarinukleosom di tempat lain dalamgenom — biasanya,
adasedikit histone H1, danbeberapahistonintidiasetilasi.

Di mana DNA teretilasiditemukan, ituterkaitdenganrepresitranskripsional.Ini paling

dramatis terlihatpadamamaliabetina di manakromosom X yang tidakaktifdimetilasisecaraluas.
Daerah genommamalia yang mengandungsekuensberulang, termasukdaerah yang kaya
unsurtransposabel, jugadimetilasi,
mungkinsebagaicaramelindungiorganismeterhadapefekburukdariekspresidanpergerakan
transposon. Mekanisme yang menyebabkan DNA teretilasimenjaditranskripsisecaradiam-
diamtidaksepenuhnyadipahami; Namun, setidaknyadua protein yang
menekantranskripsidiketahuiberikatandengan DNA teretilasi, dansalahsatunya, dinotasikan
MeCP2, telahterbuktimenyebabkanperubahandalamstrukturkromatin. Dengandemikian,
adakemungkinanbahwadinukleotidaCpGteretilasimengikat protein spesifikdanbahwa protein
inimembentukkompleks yang mencegahtranskripsi gen tetangga.

Keadaanteretilasiditransmisikansecaraklonalmelaluipembelahan sel. Ketikasekuens DNA

dimetilasi, keduauntaisekuenstersebutmemperolehgugusmetil.Setelah DNA direplikasi, masing-
masingdupleksanakperempuanakanmemilikisatuurutan DNA induk yang dimetilasidansatuurutan
yang tidaktermetilasi. Transferasemetil DNA, enzim yang menempelkangugusmetilke DNA,
dapatmengenaliasimetriinidanmenambahkangugusmetilkesekuens yang
tidaktermetilasi.Dengandemikian, keadaandimetilasisepenuhnyadibangunkembalidalamdupleks
DNA anak.Dengancaraini,
polametilasidapatditransmisikankuranglebihdengansetiamelaluisetiapputaranreplikasi DNA —
yaitu, melaluisetiappembelahan sel. Dalamhalini, metilasi DNA
adalahmodifikasikromatinepigenetik. AsetilasiHistonjugadianggapsebagaimodifikasiepigenetik,
meskipunbelumjelasbagaimanapolaasetilasiditransmisikanmelaluipembelahan sel. On the Edge
Edge: The Epigenetics of Twins membahaspotensisignifikansidarimodifikasiinipadamanusia.

Kelompok 8

MENANDAI

Metilasi DNA pada mamalia juga bertanggung jawab untuk

kasus-kasus yang tidak biasa di mana ekspresi gen
dikendalikan oleh asal orang tuanya. Sebagai contoh, pada
tikus, gen Igf 2, yang mengkode faktor pertumbuhan seperti
insulin, diekspresikan ketika diwariskan dari ayah tetapi tidak
dari ibu. Sebaliknya, gen yang dikenal sebagai H19
diekspresikan ketika diturunkan dari ibu tetapi tidak dari
ayah. Kapan pun ekspresi suatu gen dikondisikan oleh
asalnya orang tua, para ahli genetika mengatakan bahwa gen
tersebut telah dicantumkan — suatu istilah yang
dimaksudkan untuk menyampaikan gagasan bahwa gen
tersebut telah ditandai dengan suatu cara sehingga ia
“mengingat” dari mana induk itu berasal. Analisis molekuler
baru-baru ini menunjukkan bahwa tanda yang
mengkondisikan ekspresi suatu gen adalah metilasi satu atau
lebih dinukleotida CpG dalam gen tersebut sekitar. Dinukleotida teretilasi ini pada awalnya dibentuk pada
garis kuman orang tua (Gambar 19.13). Jadi, misalnya, gen Igf 2 dimetilasi dalam garis kuman betina tetapi
tidak pada garis kuman jantan. Pada saat pembuahan, gen Igf 2 yang termetilasi secara maternal
dikombinasikan dengan gen Igf 2 yang tidak termetilasi dari pihak ayah. Selama embriogenesis, keadaan
teretilasi dan tidak termetilasi dipertahankan setiap kali gen bereplikasi. Karena gen yang dimetilasi diam,
hanya gen Igf 2 yang disumbang oleh ayah yang diekspresikan pada hewan yang sedang berkembang.
Justru sebaliknya terjadi dengan gen H19, yang dimetilasi dalam garis kuman pria tetapi tidak pada garis
kuman wanita. Lebih dari 20 gen tercetak yang berbeda telah diidentifikasi pada tikus dan manusia. Untuk
masing-masing, jejak metilasi didirikan pada garis kuman orang tua. Namun, gen yang dimetilasi yang
diwarisi dari satu jenis kelamin dapat tidak dapat dimetilasi ketika melewati keturunan dari lawan jenis.
Dengan demikian, jejak metilasi direset setiap generasi, tergantung pada jenis kelamin hewan. Fakta
bahwa beberapa gen dimetilasi dalam satu jenis kelamin tetapi tidak pada jenis lainnya menyiratkan
bahwa faktor-faktor spesifik jenis kelamin mengendalikan mesin metilasi.

Kelompok 9

PENGENDALIAN HORMONAL DARI EKSPRESI GEN

 Komunikasi antar seluler adalah fenomena yang sangat penting pada tumbuhan dan hewan
tingkat tinggi. Sinyal yang berasal dari berbagai kelenjar dan / atau sel sekretori entah bagaimana
merangsang jaringan target atau sel target untuk mengalami perubahan dramatis dalam pola
metabolisme mereka. Perubahan-perubahan ini sering termasuk perubahan pola diferensiasi yang
mengubah pola ekspresi gen. Jenis molekul apa yang membawa sinyal-sinyal ini dari satu sel ke
sel lainnya? Bagaimana mereka memicu perubahan pola ekspresi gen? Hormon peptida seperti
insulin dan hormon steroid seperti estrogen dan testosteron (Gbr. 15.26) mewakili dua jenis sistem
sinyal yang digunakan dalam komunikasi antar sel. Pada hewan yang lebih tinggi, hormon
disintesis dalam berbagai sekretori khusus sel dan dilepaskan ke dalam aliran darah. Hormon
peptida biasanya tidak masuk sel karena ukurannya yang relatif besar. Efeknya tampaknya
dimediasi oleh protein reseptor yang terletak di membran sel target dan oleh tingkat intraseluler.
Dari AMP siklik. Hormon steroid, di sisi lain, adalah molekul kecil (Gbr. 15.26) yang siap masuk
sel melalui membran plasma. Begitu berada di dalam sel target yang tepat, hormon steroid terikat
erat dengan protein reseptor spesifik. Protein reseptor ini hanya ada dalam sitoplasma sel target
(contoh diferensiasi sel pada tingkat molekuler).

Gambar 15.26 Struktur kimia hormon seks steroid estrogen (wanita) dan testosteron
(pria). Hormon steroid adalah molekul yang relatif kecil (berat molekul sekitar 300) dengan
struktur empat cincin terkonjugasi yang disintesis dari kolesterol. Berbagai hormon steroid
memiliki rantai samping yang berbeda dan pola ikatan yang berbeda di dalam cincin. Perbedaan-
perbedaan ini memungkinkan mereka untuk dikenali oleh protein reseptor yang berbeda yang
ada dalam sitoplasma dari berbagai sel target.

Aktivasi Transkripsi oleh Hormon Steroid.

Studi autoradiografi menggunakan hormon steroid berlabel radioaktif telah menunjukkan

bahwa kompleks protein reseptor hormon cepat terakumulasi dalam inti sel target. Studi awal
oleh G. Tomkins dan rekannya pada tikus dan oleh B. W. O 'Malley dan rekannya pada ayam
telah memberikan bukti bahwa kompleks protein reseptor hormon ini mengaktifkan transkripsi
gen atau set gen tertentu (Gbr. 15.27). Studi selanjutnya menunjukkan bahwa setidaknya
beberapa
 kompleks protein-hormon reseptor ini mengaktifkan transkripsi gen target dengan
mengikat urutan DNA spesifik yang ada di daerah pengatur cis dari gen-gen ini (lihat bagian
berikut). Hipotesis lain adalah bahwa kompleks protein reseptor hormon berinteraksi dengan
protein kromosom non- histone spesifik (protein non-histone spesifik hanya hadir dalam
kromatin sel target?) Daripada langsung dengan DNA. Interaksi ini kemudian akan menstimulasi
transkripsi gen yang benar. Dalam kedua kasus, kompleks protein reseptor hormon ini akan
berfungsi sebagai regulator positif (atau "aktivator") transkripsi, seperti kompleks CAP-CAMP
pada prokariota (lihat Bab 14, Gambar 14.7).

Bukti awal bahwa protein kromosom nonhistone dapat mengontrol keadaan transkripsi
gen tertentu diperoleh oleh J. Stein, G. Stein, dan L Kleinsmith. Histon disintesis, seperti DNA,
selama fase S dari siklus sel. Ketika kromatin dari sel fase-S (fase sintesis DNA) ditranskripsi in
vitro, histone mRNA disintesis. Ketika kromatin dari fase G1 (periode setelah mitosis selesai,
tetapi sebelum S) digunakan, tidak ada histone mRNA yang disintesis. Ketika nonhiston
dihilangkan dari kromatin fase G1 dan diganti dengan protein kromosom nonhistone dari
kromatin fase-S, dan kromatin yang dilarutkan ini ditranskripsi secara in vitro, histone mRNA
disintesis. Di sisi lain, ketika nonhistones dalam chromatin yang dilarutkan berasal dari sel fase
G1 dan DNA dan histone berasal dari sel fase S, tidak ada histone mRNA yang disintesis. Hasil
ini menunjukkan bahwa protein non-histone dalam kromatin menentukan apakah gen yang
mengkode histone ditranskripsi. Karena itu, nampaknya protein kromosom nonhistone berperan
penting dalam regulasi ekspresi gen pada eukariota. Bukti jenis ini tentu tidak mengesampingkan
keterlibatan histones dalam regulasi transkripsi. Regulasi transkripsi pada eukariota mungkin
melibatkan interaksi spesifik antara DNA, histones, dan protein kromosom nonhistone.

Saat ini, seseorang tidak dapat mengecualikan kemungkinan bahwa modifikasi histone atau
protein kromosom non-histone terlibat dalam beberapa aspek ekspresi gen yang diatur hormon.
Di sisi lain, bukti yang tersedia hingga saat ini sangat menunjukkan bahwa kompleks protein
reseptor hormon mengaktifkan ekspresi gen dengan berinteraksi langsung dengan sekuens DNA
spesifik yang ada di daerah penambah atau promotor yang mengatur transkripsi gen target. Bukti
kuat yang mendukung interaksi langsung antara sekuens pengatur kompleks dan aksi-cis dari gen
target tersedia untuk glukokortikoid (yang menstimulasi peningkatan kadar gula darah), estrogen
(yang
 merangsang pengembangan fenotip jenis kelamin wanita), dan hormon tiroid (yang
mengendalikan laju metabolisme basal) pada hewan yang lebih tinggi.

Saat ini, seseorang tidak dapat mengecualikan kemungkinan bahwa modifikasi

histone atau protein kromosom non-histone terlibat dalam beberapa aspek ekspresi gen
yang diatur hormon. Di sisi lain, bukti yang tersedia hingga saat ini sangat menunjukkan
bahwa kompleks protein reseptor hormon mengaktifkan ekspresi gen dengan berinteraksi
langsung dengan sekuens DNA spesifik yang ada di daerah penambah atau promotor yang
mengatur transkripsi gen target. Bukti kuat yang mendukung interaksi langsung antara
sekuens pengatur kompleks dan aksi-cis dari gen target tersedia untuk glukokortikoid (yang
menstimulasi peningkatan kadar gula darah), estrogen (yang merangsang pengembangan
fenotip jenis kelamin wanita), dan hormon tiroid (yang mengendalikan laju metabolisme
basal) pada hewan yang lebih tinggi.

Gambar 15.27 Diagram yang menggambarkan efek hormon steroid terhadap

ekspresi gen. Hormon disintesis dalam sel sekretori khusus dan didistribusikan ke jaringan
varicus organisme melalui sistem sirkulasi. Ukurannya yang kecil (lihat Gambar 15.26)
memungkinkan mereka untuk masuk ke dalam sel melalui membran plasma. Sel target (sel
yang merespons kehadiran hormon steroid spesifik) mengandung protein reseptor yang
secara spesifik mengikat molekul hormon. Kompleks protein hormon-reseptor steroid
kemudian melewati pori-pori dalam amplop nucdear dan terakumulasi dalam inti sel target.
Kompleks protein reseptor hormon kemudian mengikat (mungkin sebagai dimer) ke urutan
DNA spesifik di daerah penambah atau promotor masing-masing gen yang diaktifkan oleh
hormon. Setelah terikat, kompleks hormon-reseptor entah bagaimana merangsang
transkripsi gen struktural. Agaknya, kompleks terikat meningkatkan pengikatan RNA
polimerase ke daerah promotor; dalam hal apa pun, ia berfungsi sebagai penggerak
transkripsi gen yang teregulasi.

Kelompok 10

HORMON GLUCOCORTICOID SEBAGAI BAHAN PENAMBAH

mamalia menghasilkan sejumlah besar hormon steroid berbeda yang menginduksi sejumlah besar
perubahan metabolisme pada sel yang berbeda dari berbagai jaringan. Seringkali, hormon steroid
yang diberikan akan memiliki efek berbeda pada tipe sel yang berbeda. walaupun mekanisme
dimana sebagian besar hormon steroid bertindak masih belum diketahui, hormon steroid spesifik
seperti glukokortikoid dan estrogen telah terbukti aktif gen target spesifik melalui interaksi yang
dimediasi protein dengan sekuens pengatur cis-acting. sekuens cis-acting ini biasanya disebut
enhancers walaupun mereka berbeda dari enhancers klasik dalam hal mereka mempengaruhi
transkripsi dari promotor terdekat hanya ketika kompleks protein reseptor hormon terikat.
hormon glukokortikoid memberikan contoh terbaik yang didokumentasikan dari ekspresi gen
yang diaktifkan hormon steroid. efek hormon glukokortikoid telah dianalisis dengan
menggunakan hormon sintetis yang disebut dexamethasome. ketersediaan hormon sintetis ini
telah memfasilitasi persiapan substrat hormon berlabel untuk studi lokalisasi dan mengikat
dan untuk studi in vitro pada transkripsi gen target yang dikloning. hormon glukokortikoid
bertindak dengan pertama-tama mengikat protein reseptor yang ada dalam sitoplasma sel
target. kompleks protein reseptor hormon kemudian terakumulasi dalam inti sel dan berikatan
dengan sekuens DNA spesifik yang disebut elemen respons glukokortikoid (GRE).tanpa
adanya hormon, protein reseptor dikaitkan dengan protein sitoplasma lain dan memiliki afinitas
rendah terhadap DNA. Bukti yang ada menunjukkan bahwa protein sitoplasma yang terkait
mencegah protein reseptor dari membentuk dimer, yang diyakini sebagai bentuk aktif, pengikatan
DNA dari reseptor. Agaknya, pengikatan hormon menyebabkan perubahan konformasi alosterik
dalam protein sitoplasma. protein reseptor kemudian dapat dimerisasi menjadi bentuk aktifnya.
kompleks reseptor hormon glukokortikoid mengaktifkan transkripsi gen target dengan mengikat
urutan GRE di peningkat yang terletak di dekat masing-masing gen. Pengikatan reseptor hormon ke
penambah pada gilirannya mengaktifkan promotor gen target yang berdekatan. Karena mekanisme
yang digunakan peningkat untuk merangsang transkripsi gen yang merespons masih belum pasti,
tahap terakhir dalam aktivasi hormon ekspresi gen ini masih harus dijelaskan. Jelas, pengikatan
kompleks hormon-reseptor ke penambah harus entah bagaimana menghasilkan promotor terbuka
yang memfasilitasi pemuatan dan transkripsi RNA polimerase. Kemungkinan besar ini melibatkan
beberapa mekanisme peningkatan pelepasan dua untai DNA yang terlokalisasi di wilayah promoter,
tetapi bagaimana tepatnya hal itu terjadi tidak diketahui.
Unsur-unsur respons hormon yang mengikat kompleks protein reseptor hormon steroid yang
berbeda mengandung urutan DNA yang berbeda seperti yang diharapkan karena set gen yang
berbeda merespons masing-masing hormon. Sebagai contoh, urutan konsensus inti elemen respon
hormon untuk glukokotikoid, hormon estrogen dan tiroid masing-masing adalah
5'GGTACANNNTGTTGT-3 ', 5'-GGTCANNNTG (A / T) CC-3' dan 5'-CAGGGACGTGACCGCA-3 '.
Menariknya, ketika sekuens asam amino dari delapan protein reseptor hormon steroid yang berbeda
dibandingkan, mereka semua menunjukkan organisasi yang sama. Daerah terminal N dari delapan
protein ini bertanggung jawab untuk aktivasi ekspresi gen begitu kompleks reseptor hormon telah
terikat dengan elemen respons hormon yang sesuai dari daerah penambah. Daerah protein reseptor
ini sangat bervariasi seperti yang diharapkan karena hormon yang berbeda mengaktifkan gen yang
berbeda. Daerah pusat dari protein reseptor mengandung domain pengikat DNA, dan daerah ini
sangat dilestarikan dengan dari 42 hingga 94 persen identitas asam amino antara pasangan protein
yang berbeda. Daerah terminal-C dari protein reseptor mengandung domain pengikat hormon;
wilayah ini menunjukkan tingkat konservasi menengah dengan 15 hingga 57 persen identitas asam
amino. Karena hormon steroid semuanya mengandung inti kolesterol dengan kelompok samping
yang berbeda, beberapa konservasi struktur akan diharapkan dalam domain pengikat hormon
seperti yang diamati.

Ecdysone dan Kromosom "Puffs" di Lalat

Di kromosom kelenjar saliva raksasa lalat dipteran tertentu, seperti spesies Drosopbila dan
tentan Chirono, masing-masing pita kromosom mengalami perubahan morfologis yang
mencolok pada waktu-waktu tertentu selama perkembangan. Pita-pita individual meluas
menjadi struktur-struktur difus yang tidak begitu padat yang disebut puff "(Gbr. 15.29);
fenomena ini sering disebut sebagai" puffing. "Setiap puff hampir secara pasti mewakili
segmen kromosom yang berada dalam keadaan sangat luas untuk memfasilitasi transkripsi
gen residen atau gen. Dengan cara hibridisasi in situ dan autoradiografi (lihat Bab 5-6, hal.
144 dan 107, masing-masing), puff telah terbukti mengandung sekuens DNA yang saling
melengkapi dengan RNA sekuens hadir dalam MRNA sitoplasma yang baru disintesis (lihat
Gambar 15.29). Selama pengembangan lalat dipteran, hormon steroid ecdysone dilepaskan
dan memicu molting. Pola yang sangat spesifik dari kromosom salep yang membengkak
selama masa molting ini. Jika larva D. melano Gaster dan C. tentans diobati dengan tahap
perkembangan ekdysone sebelum atau di antara molting, pola kembung kembung terjadi
yang identik dengan yang terjadi selama molting alami . Pola-pola puffing berurutan yang
diinduksi ecdysone ini memberikan demonstrasi yang meyakinkan tentang efek sterold
bormone pada ekspresi gen. Pola puffing yang diamati sangat apecific dan sepenuhnya dapat
diulang dari eksperimen ke eksperimen

berulang Selama keadaan awal pengembangan larva di D. melanogaster, embusan yang ada
sebelum perlakuan ecdy- regress, dan sejumlah kecil embusan baru terbentuk dalam 5 menit
setelah perawatan Embusan awal ini mengalami kemunduran dalam beberapa jam dan sekitar
100- 125 isapan baru muncul. Dengan menggunakan inhibitor sintesis protein, seperti
cycloheximide, pembentukan puff "akhir" telah terbukti membutuhkan sintesis protein
setelah pola engah yang diinduksi oleh ecdysone dipicu oleh satu atau lebih protein yang
dikodekan oleh transkrip gen yang disingkat dalam "awal". embusan.

Selain mengilustrasikan efek hormon steroid pada ekspresi gen, pola engah yang diinduksi
ecdysone memberikan bukti bagi keberadaan pola terprogram ekspresi gen pada protein.

Gambar 15. 29
Gambar 15.29 Photomicrograph (a) dan autoradiograph (b) dari polytene salivary
chromosome IV dari lalat tentronomus lalat, menunjukkan tiga isapan raksasa (panah) yang
merupakan karakteristik dari kromosom ini. Ketiga kepulan ini disebut cincin Balbiani (BR1,
BR2, dan BR3) menurut ahli sitologi yang pertama: menggambarkannya. Balbiani ring 2
(berlabel BR2) adalah embusan besar, yang telah terbukti mengarahkan sintesis transkrip
RNA 755 yang sangat besar. Molekul MRNA raksasa ini dipercaya menentukan sintesis
salah satu polipeptida saliva besar. Template untuk 755 MRNA raksasa telah ditunjukkan
berada di BR2; ini ditunjukkan dengan memurnikan radioaktif berlabel MRS 75S dari
polyribosom sitoplasma dan menggunakan mRNA berlabel ini untuk melakukan hibridisasi
in situ dan autoradiografi (lihat Bab 5-6, hal.144 dan hal. 107-109). Perhatikan Pelabelan
berat BR2 di (b). (Dari B. Daneholt, S. T. Case, J. Hyde, L Nelson, dan L Wieslander, Progr.
Dalam Nucleic Acid Res Molec. Biol 19: 319-334, 1976.)

Gambar Gambar 1530 Ilustrasi skematis dari sekuens kromosom yang diinduksi ecdysone
pada larva Drosopbila. Ecdysone adalah hormon steroid yang bertanggung jawab untuk
memicu peristiwa yang terkait dengan berganti bulu pada banyak serangga. Mode
tindakannya adalah seperti yang digambarkan dalam Gambar 15.27. Bukti bahwa puff adalah
situs transkripsi aktif disajikan pada Gambar 11.29b. Dalam waktu sekitar 5 menit setelah
injeksi larva Drosopbila dengan ecdysone, satu set pita tertentu dari kromosom kelenjar ludah
polytene mulai mengembang; ini selalu merupakan band yang sama. Mengepul di situs ini
berakhir dalam waktu sekitar 4 jam, dan pita baru mulai mengembangkan morfologi
kembung ini. Sekitar 10 jam setelah injeksi ecdysone, sekitar 100-125 band telah
membentuk engah. Pufi "telat" membutuhkan satu atau lebih produk protein yang disintesis
dari transkrip gen yang diproduksi dalam embusan "awal"; tiupan "terlambat" ini terbentuk
jika syrnthe- protein dihambat selama pengobatan eadysone. Dengan demikian, ecdy sone
adalah sinyal yang memicu program spesifik ekspresi gen sekuensial dalam sel target
Kelompok 12

Cara Mengatur Ekspresi Gen Eukariotik: Gambaran Umum

Ekspresi gen eukariotik dapat diatur di tingkat transkripsi, pemrosesan, atau translasi

DIMENSI REGULASI GEN EUKARYOTIK

Bagaimana trypanosomes menghindari serangan oleh kekebalan tubuh. Sistem adalah cerita tentang
regulasi gen. Gen vsg yang berbeda diekspresikan pada waktu yang berbeda yaitu, gen vsg diatur
untuk sementara. Di antara eukariota, terutama organisme multisel seperti kita, gen juga diatur
dalam dimensi spasial. Organisme multiseluler mengandung banyak tipe sel berbeda yang
diorganisasikan ke dalam jaringan dan organ. Gen tertentu mungkin diekspresikan dalam sel darah,
tetapi tidak pernah dalam sel saraf. Gen lain mungkin hanya memiliki profil ekspresi yang
berlawanan. Regulasi yang menciptakan perbedaan ekspresi gen seperti itu mendasari kompleksitas
anatomis dan fisiologis eukariota multiseluler.

Seperti pada prokariota, ekspresi gen pada eukariota melibatkan transkripsi DNA menjadi RNA dan
terjemahan selanjutnya dari RNA itu menjadi polipeptida. Namun, sebelum penerjemahan, sebagian
besar RNA eukariotik “diproses.” Selama pemrosesan, RNA dibatasi pada ujungnya 5,
polyadenylated pada ujungnya 3, dan diubah secara internal dengan kehilangan urutan intron bukan
pengkodeannya. RNA prokariotik biasanya tidak menjalani modifikasi terminal dan internal ini.

Ekspresi gen lebih rumit pada eukariota daripada prokariota karena sel eukariotik dikotak-kotakkan
oleh sistem membran yang rumit. Kompartementalisasi ini membagi sel menjadi organel yang
terpisah yang paling mencolok adalah nukleus; sel eukariotik juga memiliki mitokondria, kloroplas
(jika mereka adalah sel tumbuhan), dan retikulum endoplasma. Masing-masing organel ini
melakukan fungsi yang berbeda. Inti menyimpan bahan genetik, yai mitokondria dan kloroplas
merekrut energi, dan retikulum mengangkut bahan di dalam sel.

Pembagian sel eukariotik menjadi organel secara fisik memisahkan peristiwa ekspresi gen. Peristiwa
utama, transkripsi DNA menjadi RNA, terjadi padanukleus. Transkrip RNA juga dimodifikasi dalam
nukleus dengan capping, polyadenylation, dan penghilangan intron. RNA kurir yang dihasilkan
kemudian diekspor ke sitoplasma di mana mereka terkait dengan ribosom, banyak di antaranya
terletak pada membran retikulum endoplasma. Setelah dikaitkan dengan ribosom, mRNA ini
diterjemahkan menjadi polipeptida. Pemisahan fisik dari peristiwa ekspresi gen ini memungkinkan
regulasi terjadi di tempat yang berbeda. Regulasi dapat terjadi pada nukleus di baik tingkat DNA atau
RNA, atau di sitoplasma di tingkat RNA atau polipeptida.

TRANSKRIPSI DNA YANG DIKENDALIKAN

Pada prokariota, ekspresi gen diatur terutama dengan mengendalikan transkripsi DNA menjadi RNA.
Gen yang tidak ditranskripsikan tidak diekspresikan. Transkripsi terjadi pada prokariota ketika
molekul pengatur negatif seperti protein penekan lac telah dihilangkan dari sekitar gen dan molekul
pengatur positif seperti protein aktivator katabolit (CAP) / kompleks AMP siklik terikat
padanya6kontrol interaksi
apakah gen dapat diakses oleh RNA polimerase atau tidak. Lebih jauh, mekanisme yang telah
berevolusi untuk mengendalikan transkripsi dalam organisme ini merespon dengan cepat terhadap
perubahan lingkungan. Seperti yang kita diskusikan, ini kontrol pemicu rambut adalah strategi yang
efisien untuk kelangsungan hidup prokariotik.Kontrol transkripsi lebih kompleks pada eukariota
daripada prokariota. Salah satu alasannya adalah bahwa gen diasingkan dalam nukleus. Sebelum
sinyal lingkungan dapat memiliki efek pada tingkat transkripsi, mereka harus ditransmisikan
permukaan sel, tempat mereka biasanya diterima, melalui sitoplasma dan membran nuklir, dan ke
kromosom. Karena itu sel eukariotik perlu internal yang cukup rumit sistem pensinyalan untuk
mengontrol transkripsi DNA. Lain Faktor yang menyulitkan adalah banyak eukariota bersifat
multiseluler. Isyarat lingkungan mungkin harus melewati lapisan sel untuk memiliki dampak pada
transkripsi gen dalam jaringan tertentu. Komunikasi antar sel merupakan aspek penting dari regulasi
transkripsi eukariotik.

Seperti pada prokariota, regulasi transkripsional eukariotik dimediasi oleh interaksi proteinDNA.
Positif dan negatif protein regulator mengikat daerah DNA tertentu dan merangsang atau
menghambat transkripsi. Sebagai kelompok, protein ini disebut faktor transkripsi. Banyak jenis yang
berbeda telah diidentifikasi, dan sebagian besar tampaknya memiliki domain karakteristik yang
memungkinkan mereka berinteraksi dengan DNA. Struktur protein ini, dan sifat interaksinya dengan
DNA, akan dibahas di bagian selanjutnya.

Kelompok 13

ALTERNATE SPLICING OF RNA

Sebagian besar gen eukariotik memiliki intron, daerah nonkode yang mengganggu urutan yang
menentukan asam amino polipeptida. Setiap intron harus dihapus dari transkrip RNA gen agar
urutan pengkodean diekspresikan dengan benar. Seperti yang kita bahas di Bab 11, proses ini
melibatkan penyatuan yang tepat dari urutan pengkodean, atau ekson, ke dalam RNA messenger.
Pembentukan mRNA dimediasi oleh organel nuklir kecil yang disebut spliceosomes.

Gen dengan banyak intron menghadirkan masalah aneh pada mesin penyambungan RNA. Intron ini
dapat dihilangkan secara terpisah atau dalam kombinasi, tergantung pada bagaimana mesin splicing
berinteraksi dengan RNA. Jika dua intron berturut-turut dihilangkan bersama, ekson di antara
mereka juga akan dihapus. Dengan demikian, mesin splicing memiliki kesempatan untuk
memodifikasi urutan pengkodean RNA dengan menghapus beberapa eksonnya. Fenomena
penyambungan transkrip RNA dengan cara yang berbeda ini rupanya merupakan cara menghemat
informasi genetik. Alih-alih menduplikasi gen, atau potongan-potongan gen, penyambungan
transkrip alternatif memungkinkan gen tunggal untuk menyandikan polipeptida yang berbeda.

Salah satu contoh dari splicing alternatif terjadi selama ekspresi gen untuk troponin T, protein yang
ditemukan di otot rangka vertebrata; ukuran protein ini berkisar antara 150 hingga 250 asam amino.
Pada tikus, gen T troponin lebih dari 16 kb panjang dan mengandung 18 ekson yang berbeda
(Gambar 19.2). Transkrip gen ini disambungkan dengan berbagai cara untuk membuat susunan
besar mRNA. Ketika ini diterjemahkan, banyak polipeptida T troponin yang berbeda diproduksi.
Semua polipeptida ini berbagi asam amino dari ekson 1-3, 9-15, dan 18. Namun, wilayah yang
dikodekan oleh ekson 4-8 mungkin ada atau tidak ada, tergantung pada pola penyambungan, dan
tampaknya dalam kombinasi apa pun. Variasi tambahan disediakan oleh ada atau tidak adanya
daerah yang dikodekan oleh ekson 16 dan 17; jika 16 hadir, 17 tidak, dan sebaliknya. Bentuk
troponin T yang berbeda ini mungkin berfungsi dalam cara yang sedikit berbeda di dalam otot,
berkontribusi terhadap variabilitas aksi sel otot. Untuk menghargai variasi yang dapat dihasilkan
dengan penyambungan RNA secara alternatif, selesaikan melalui Solve It: Counting mRNAs.

GAMBAR 19.2 Penyambungan transkrip alternatif dari gen T troponin tikus. Hanya 3 dari 64 mRNA
yang mungkin ditampilkan.

PENGENDALIAN SIKLOPLASMIK STABILITAS RNA MESSENGER

Messenger RNA diekspor dari nukleus ke sitoplasma di mana mereka berfungsi sebagai template
untuk sintesis polipeptida. Begitu berada di sitoplasma, mRNA tertentu dapat diterjemahkan oleh
beberapa ribosom yang bergerak di dalamnya secara berurutan. Jalur perakitan translasi ini
berlanjut sampai mRNA terdegradasi. Oleh karena itu degradasi RNA Messenger adalah titik kontrol
lain dalam keseluruhan proses ekspresi gen.

MRNA yang berumur panjang dapat mendukung banyak putaran sintesis polipeptida, sedangkan
mRNA yang berumur pendek tidak bisa. MRNA yang terdegradasi dengan cepat harus diisi ulang
dengan transkripsi tambahan; jika tidak, polipeptida yang disandikannya akan berhenti disintesis.
Penghentian sintesis polipeptida ini, tentu saja, dapat menjadi bagian dari program pengembangan.
Begitu polipeptida berpengaruh, mungkin tidak diperlukan lagi; bahkan, sintesis lanjutannya
mungkin berbahaya. Dalam kasus seperti itu, degradasi mRNA yang cepat akan menjadi cara yang
wajar untuk mencegah sintesis polipeptida yang tidak diinginkan.

Umur panjang RNA Messenger dapat dipengaruhi oleh beberapa faktor. Ekor poli (A) tampaknya
menstabilkan mRNA. Urutan 3 wilayah yang tidak diterjemahkan (3 UTR) sebelum ekor poli (A) juga
tampaknya mempengaruhi stabilitas mRNA. Beberapa mRNA berumur pendek memiliki urutan yang
diulangi oleh AUUUA beberapa kali dalam 3 daerah yang tidak diterjemahkan. Ketika urutan ini
secara artifisial dipindahkan ke 3 daerah mRNA yang lebih stabil yang tidak diterjemahkan, mereka
juga menjadi tidak stabil. Faktor kimia, seperti hormon, juga dapat mempengaruhi stabilitas mRNA.
Dalam katak Xenopus laevis, gen vitellogenin diaktifkan secara transkripsi oleh hormon steroid
estrogen. Namun, selain menginduksi transkripsi gen ini, estrogen juga meningkatkan usia mRNA-
nya.

Penelitian baru-baru ini mengungkapkan bahwa stabilitas mRNA dan terjemahan mRNA menjadi
polipeptida juga diatur oleh molekul RNA kecil dan bukan pengkodean yang disebut RNA interfering
kecil (siRNAs) atau microRNAs (miRNAs). Molekul RNA pengatur ini, yang panjangnya antara 21 dan
28 nukleotida, dihasilkan dari RNA yang lebih besar dan beruntai ganda dalam berbagai organisme
eukariotik, termasuk jamur, tanaman, dan hewan. Pasangan-campur dan microRNA pendek dengan
urutan dalam mRNA tertentu; sekali dipasangkan, mereka menyebabkan mRNA dibelah dan
kemudian terdegradasi, atau mereka mencegah mRNA dari diterjemahkan menjadi polipeptida.

Pada tumbuhan, molekul-molekul RNA kecil ini memberikan pertahanan kritis terhadap infeksi oleh
virus RNA, dan pada tanaman dan hewan mereka mengatur ekspresi gen yang terlibat dalam
pematangan dan pengembangan. Kami akan membahasnya secara lebih rinci nanti dalam bab ini.

Kelompok 14

Induksi Aktivitas Transkripsi oleh Faktor Lingkungan dan Biologis

• Ekspresi gen eukariotik dapat diinduksi oleh faktor lingkungan seperti panas dan oleh
pensinyalan molekul seperti hormon dan faktor pertumbuhan.
Dalam studi mereka tentang operon laktosa di E. coli, Jacob dan Monod menemukan
bahwa gen untuk metabolisme laktosa secara khusus ditranskripsi ketika laktosa diberikan
kepada sel. Dengan demikian, mereka menunjukkan bahwa laktosa adalah penginduksi
transkripsi gen. Mengikuti jejak Yakub dan Monod, banyak peneliti telah berusaha
mengidentifikasi induser spesifik transkripsi gen eukariotik. Meskipun upaya-upaya ini telah
bertemu dengan keberhasilan yang cukup besar, tingkat keseluruhan di mana gen eukariotik
diinduksi oleh faktor-faktor lingkungan dan gizi tampaknya kurang dari pada prokariota. Di
sini kita akan mempertimbangkan dua contoh ekspresi gen yang diinduksi dalam eukariota.
SUHU: GEN HEAT-SHOCK
Ketika organisme mengalami tekanan suhu tinggi, mereka merespons dengan
mensintesis sekelompok protein yang membantu menstabilkan lingkungan seluler internal.
Protein heat shock ini, ditemukan pada prokariota dan eukariota, adalah salah satu polipeptida
yang paling dikonservasi yang dikenal. Perbandingan sekuens asam amino protein heat-shock
dari organisme yang beragam seperti E. coli dan Drosophila menunjukkan bahwa mereka
adalah 40 sampai 50 persen identik- sebuah temuan luar biasa mengingat lamanya waktu
evolusi yang memisahkan organisme ini.
Ekspresi protein heat-shock diatur pada tingkat transkripsional; yaitu, stres panas
secara khusus menginduksi transkripsi gen yang mengkode protein ini (_ Gambar 19.3).
Dalam Drosophila, misalnya, salah satu protein heat-shock yang disebut HSP70 (untuk
protein heat-shock, berat molekul 70 kilodalton) dikodekan oleh keluarga gen yang terletak di
dua cluster terdekat di salah satu autosom. Secara keseluruhan, ada lima hingga enam salinan
gen hsp70 ini dalam dua kelompok. Ketika suhu melebihi 33_C, seperti pada hari-hari musim
panas, masing-masing gen ditranskripsi menjadi RNA, yang kemudian diproses dan
diterjemahkan untuk menghasilkan polipeptida HSP70. Transkripsi gen hsp70 yang diinduksi
oleh panas ini dimediasi oleh polipeptida yang disebut faktor transkripsi heat-shock, atau
HSTF, yang terdapat dalam inti sel Drosophila. Ketika Drosophila mengalami stres akibat
panas, HSTF secara kimiawi diubah oleh fosforilasi. Dalam keadaan yang diubah ini, ia
berikatan secara spesifik dengan sekuens nukleotida di hulu gen hsp70 dan membuat gen
lebih mudah diakses oleh RNA polimerase II, enzim yang menyalin sebagian besar gen
penyandi protein. Transkripsi gen hsp70 kemudian distimulasi dengan penuh semangat.
Urutan yang mengikat HSTF terfosforilasi disebut elemen respon sengatan panas (HSE).
MOLEKUL SINYAL: GEN YANG MENANGGUNG HORMON
Pada eukariota multiseluler, satu jenis sel dapat memberi sinyal yang lain dengan
mengeluarkan hormon. Hormon bersirkulasi melalui tubuh, melakukan kontak dengan sel
target mereka, dan kemudian memulai serangkaian peristiwa yang mengatur ekspresi gen
tertentu. Pada hewan ada dua kelas hormon umum. Kelas pertama, hormon steroid, adalah
molekul kecil yang larut dalam lemak yang berasal dari kolesterol. Karena sifat lipidnya,
mereka memiliki sedikit atau tanpa kesulitan melewati membran sel. Contohnya adalah
estrogen dan progesteron, yang memainkan peran penting dalam siklus reproduksi wanita;
testosteron, hormon diferensiasi dan perilaku pria; glukokortikoid, yang terlibat dalam
mengatur kadar gula darah; dan ecdysone, hormon yang mengontrol kejadian perkembangan
pada serangga. Begitu hormon-hormon ini memasuki sel, mereka berinteraksi dengan protein
sitoplasma atau nuklir yang disebut reseptor hormon. Kompleks reseptor / hormon yang
terbentuk kemudian berinteraksi dengan DNA di mana ia bertindak sebagai faktor transkripsi
untuk mengatur ekspresi gen tertentu (Gambar 19.4).
Hormon kelas kedua, hormon peptida, adalah rantai linier asam amino. Seperti semua
polipeptida lainnya, molekul-molekul ini dikodekan oleh gen. Contohnya adalah insulin,
yang mengatur kadar gula darah, somatotropin, yang merupakan hormon pertumbuhan, dan
prolaktin, yang menargetkan jaringan di payudara mamalia betina. Karena hormon peptida
biasanya terlalu besar untuk dilewati secara bebas melalui membran sel, sinyal yang mereka
sampaikan harus ditransmisikan ke bagian dalam sel oleh protein reseptor yang terikat
membran (Gambar 19.5). Ketika hormon peptida berinteraksi dengan reseptornya, itu
menyebabkan perubahan konformasi pada reseptor yang akhirnya mengarah pada perubahan
protein lain di dalam sel. Melalui kaskade perubahan seperti itu, sinyal hormon
ditransmisikan melalui sitoplasma sel dan ke dalam nukleus, di mana ia akhirnya memiliki
efek mengatur ekspresi gen tertentu. Proses mentransmisikan sinyal hormon melalui sel dan
masuk ke nukleus disebut transduksi sinyal.
Ekspresi gen yang diinduksi hormon dimediasi oleh urutan spesifik dalam DNA.
Urutan ini, yang disebut elemen respons hormon (HREs), analog dengan elemen respons
sengatan panas yang dibahas sebelumnya. Mereka terletak di dekat gen yang mereka atur dan
berfungsi untuk mengikat protein spesifik, yang kemudian bertindak sebagai faktor
transkripsi. Dengan hormon steroid seperti estrogen, HRE terikat oleh kompleks hormon /
reseptor, yang kemudian merangsang transkripsi. Kekuatan tanggapan transkripsional ini
tergantung pada jumlah HRE yang ada. Ketika ada beberapa elemen respons, kompleks
hormon / reseptor mengikat secara kooperatif satu sama lain, secara signifikan meningkatkan
laju transkripsi; yaitu, gen dengan dua elemen respons ditranskripsi lebih dari dua kali lebih
giat dari gen dengan hanya satu. Dengan hormon peptida, reseptor biasanya tetap di membran
sel, bahkan setelah telah membentuk kompleks dengan hormon. Sinyal hormon karena itu
disampaikan ke nukleus oleh protein lain, beberapa di antaranya mengikat urutan di dekat gen
yang diatur oleh hormon. Protein ini kemudian bertindak sebagai faktor transkripsi untuk
mengontrol ekspresi gen.
Aktivitas transkripsi dapat disebabkan oleh banyak jenis protein lain yang bukan
hormon dalam pengertian klasik — yaitu, tidak diproduksi oleh kelenjar atau organ tertentu.
Ini termasuk berbagai molekul yang beredar dan bersirkulasi seperti faktor pertumbuhan
saraf, faktor pertumbuhan epidermal, dan faktor pertumbuhan turunan trombosit, dan molekul
non-sirkulasi lain yang terkait dengan permukaan sel atau dengan matriks antar sel. Meskipun
masing-masing protein ini memiliki kekhasan masing-masing, mekanisme umum di mana
mereka menginduksi transkripsi menyerupai hormon peptida. Interaksi antara protein
pensinyalan dan reseptor terikat-membran mengawali rangkaian peristiwa di dalam sel yang
akhirnya menghasilkan faktor transkripsi spesifik yang mengikat gen tertentu, yang kemudian
ditranskripsi.