Teodas Autodock

Penambatan molekul (molecular docking) adalah metode komputasi yang

bertujuan meniru peristiwa interaksi suatu molekul ligan dengan protein yang menjadi
targetnya pada uji in-vitro (Motiejunas & Wade, 2006).

Di dalam penambatan molekul, molekul ligan ditambatkan pada situs aktif

atau situs lambat dari suatu protein yang sedang diam (statik), dengan menyertakan
molekul ko-faktor dan atau H2O di dalamnya atau tidak. Dari sini, diperoleh data
mengenai posisi dan orientasi ligan-ligan itu di dalam situs aktif atau situs tambat
tersebut. Dari data ini, dapat disimpulkan gugus-gugus fungsional ligan yang penting
untuk interaksinya, sehingga tidak boleh dihilangkan, dan gugus-gugus fungsionalnya
yang dapat ditingkatkan kekuatan interaksinya. (Motiejunas & Wade, 2006).

Komputasi docking banyak digunakan untuk studi interaksi protein-ligan dan

untuk penemuan dan pengembangan obat. Biasanya, proses dimulai dengan target
struktur yang diketahui, seperti struktur kristalografi dari enzim yang berkepentingan
dengan obat. Docking kemudian digunakan untuk memprediksi konformasi terikat dan
mengikat energi bebas dari molekul kecil ke target. Eksperimen docking tunggal
berguna untuk mengeksplorasi fungsi target, dan penyaringan virtual, di mana
perpustakaan besar senyawa merapat dan diberi peringkat, dapat digunakan untuk
mengidentifikasi inhibitor baru untuk pengembangan obat. (Forli et al., 2016)

AutoDock adalah paket perangkat lunak open-source gratis untuk docking

komputasi dan penyaringan virtual molekul kecil ke reseptor makromolekul. Suite saat
ini mencakup beberapa alat pelengkap:

 AutoDock Vina: program docking komputasi turnkey yang didasarkan pada fungsi
penilaian sederhana dan pencarian konformasi gradien-optimasi cepat.
 AutoDock: program docking komputer berdasarkan medan gaya energi bebas
empiris dan metode pencarian algoritma genetika Lamarckian yang cepat.
 Raccoon2: alat grafis interaktif untuk skrining virtual dan analisis.
 AutoDockTools (ADT): antarmuka pengguna grafis interaktif (GUI) untuk
persiapan, pemasangan dan analisis koordinat5.
 AutoLigand: program untuk memprediksi situs optimal ligan yang mengikat
reseptor

(Forli et al., 2016)

Kelebihan metode pemodelan molekul (molecular docking) adalah dapat

digunakan untuk memprediksi aktivitas suatu senyawa sebelum dilakukan sintesis
sehingga mengurangi penggunaan pelarut dan bahan bahan kimia yang dapat
mencemari lingkungan. Ada beberapa program computer yang dapat digunakan untuk
molecular docking. Ada yang berbasis linux seperti Autodock Vina, dan ada yang
berbasis windows seperti Autodock. Auto Dock vina adalah piranti lunak yang
dikembangkan untuk penambatan dan penapisan virtual. Vina dikembangkan oleh
molecular graphics lab. Menggunakan Auto Dock vina, kecepatan proses penambatan
dapat mencapai dua kali lipat dibandingkan Autodock (Mukesh & Rakesh, 2011).

Daftar Pustaka

Forli S., Huey, R., Pique, M.E., Sanner, M.F., Goodsell, D.S., Olson,A.J. 2016.
Computational Protein-Ligand Docking and Virtual Drug Screening with the
AutoDock Suite. Nature Protocols. Vol.11 No.5. Page 905-919

Motiejunas, D., Wade, R. 2006. Structural, Energetics, and Dynamic Aspect of Ligand-
Receptor Interaction, Comprehensive medicinal chemistry, Oxford : Elsevier

Mukesh, B., Rakesh, K. 2011. Molecular docking: a review. International Journal of

Research in Ayurveda & Pharmacy, 2(6):1746-1751.