Isolasi Dan Karakterisasi Bakteri Tanah Sawah Di Desa Sukawali Dan Desa Belimbing, Kabupaten Tangerang

Available online at AL-KAUNIYAH: Journal of Biology
Website: http://journal.uinjkt.ac.id/index.php/kauniyah
AL-KAUNIYAH; Journal of Biology, 10(2), 2017, 105-113
ISOLASI DAN KARAKTERISASI BAKTERI TANAH SAWAH DI DESA

SUKAWALI DAN DESA BELIMBING, KABUPATEN TANGERANG
ISOLATION AND CHARACTERIZATION OF RICE FIELD SOIL BACTERIA IN SUKAWALI
VILLAGE AND BELIMBING VILLAGE, TANGERANG REGENCY
Arief Pambudi*, Susanti, Taufiq Wisnu Priambodo
Program Studi Biologi, Fakultas Sains dan Teknologi, Universitas Al Azhar Indonesia,
Kompleks Masjid Agung Al Azhar, Jl. Sisingamangaraja, Kebayoran Baru Jakarta Selatan 12110, Indonesia.
Telp/fax (021)72792753/ (021)7244767
*Corresponding author: pambudi@uai.ac.id
Naskah Diterima: 17 Februari 2017; Direvisi: 20 Juni 2017; Disetujui: 06 Juli 2017
Abstrak
Penggunaan pupuk kimia secara berlebih dapat menyebabkan kerusakan tanah dan menyebabkan
ekosistem yang ada didalamnya terganggu. Plant growth-promoting rhizobacteria (PGPR) adalah
bakteri yang hidup di daerah rizosfer tanaman yang dapat berperan sebagai biofertilizer,
biostimulan dan bioprotektan. Penelitian ini bertujuan untuk memperoleh dan mengetahui
karakteristik bakteri tanah yang berasal dari dua area persawahan, lokasi pertama di Desa Sukawali
(TGR 1) dan lokasi kedua di Desa Belimbing (TGR 2), Kabupaten Tangerang. Penelitian dilakukan
dengan mengambil sampel tanah, kemudian sampel dikultur dalam media agar nutrien dengan
pengenceran bertingkat. Total bakteri dihitung dan isolat yang diperoleh diuji kemampuan dan
karakternya dalam menambat nitrogen (BPN), melarutkan fosfat (BPF), menghasilkan indole acetic
acid (IAA), menghasilkan Hidrogen Cyanide (HCN), aktivitas katalase, jenis Gram dan karakter
motilitas. Total bakteri yang dapat tumbuh dari kedua lokasi sebanyak 2,4x106 CFU/g dan 1,8x106
CFU/g. Kedua lokasi diperoleh total 45 isolat dengan seluruhnya positif BPN, 42 isolat positif BPF,
24 isolat menghasilkan IAA, 27 isolat menghasilkan HCN, 43 isolat katalase positif, 39 isolat Gram
positif, 6 isolat Gram negatif, serta 41 isolat motil. Berdasarkan uji yang dilakukan, terdapat 16
isolat yang berpotensi sebagai pupuk hayati.
Kata kunci: Bakteri tanah; Rizosfer sawah; PGPR; Pupuk hayati
Abstract
Excessive use of chemical fertilizer may cause soil damage and disturb the ecosystem. Plant
growth-promoting rhizobacteria (PGPR) is a consortium bacteria that live in plant rhizosphere
which acts as biofertilizer, biostimulant, and bioprotectant. The objective of this research is to
isolate and investigate the characteristics of soil bacteria originating from two rice fields in
Sukawali Village (TGR 1) and Belimbing Village (TGR 2), Tangerang Regency. The research was
conducted by collecting soil samples and then culturing the bacteria onto nutrient agar medium
with serial dilution. The total bacteria were calculated and the isolates obtained were examined for
their ability and characteristics on nitrogen-fixation, phosphate solubilization, IAA production,
HCN production, catalase activity, Gram assay, and motility. The total plate count from both TGR
1 and TGR 2 were 2.4x106 CFU/g and 1.8x106 CFU/g, respectively. From these locations 45
isolates obtained were positive nitrogen-fixer, 42 isolates were phosphate solubilizer, 24 isolates
were IAA producer, 27 isolates were HCN producer, 43 isolates were catalase positive, 39 isolates
were Gram-positive, 6 isolates were Gram-negative, and 41 isolates were motile. On the whole
results, it was concluded that there were 16 isolates that could potential as biofertilizer.
Keywords: Biofertilizer; PGPR; Rice field rhizosphere; Soil bacteria
Permalink/DOI: http//:dx.doi.org/10.15408/kauniyah.v10i2.4907
Copyright © 2016, AL-KAUNIYAH: Journal of Biology,

P-ISSN: 1978-3736, E-ISSN: 2502-6720
AL-KAUNIYAH: Journal of Biology, 10(2), 2017
PENDAHULUAN terlarut, hingga menghasilkan fitohormon

Padi (Oryza sativa) merupakan tanaman (Vacheron et al., 2013).
yang dijadikan salah satu makanan pokok di Penelitian mengenai isolasi bakteri
Indonesia. Jumlah penduduk yang bertambah sawah pada daerah perkotaan telah dilakukan
di Indonesia sebanyak 2% setiap tahunnya sebelumnya pada daerah Bekasi (data tidak
menyebabkan kebutuhan beras terus dipublikasi). Selain Bekasi, daerah perkotaan
bertambah. Indonesia merupakan negara lain yang merupakan penyangga Ibukota
terbesar ketiga yang memproduksi beras setiap adalah Tangerang. Sebesar 63% lahan di
tahunnya setelah China dan India, yaitu Kabupaten Tangerang digunakan untuk
sebanyak 75,36 juta ton dengan konsumsi per pertanian (sawah maupun bukan sawah).
kapita sebesar 140 kg/orang/tahun (Van der Penelitian ini bertujuan untuk mengisolasi dan
Schaar, 2016). Namun, saat ini Indonesia mengkarakterisasi bakteri tanah sawah yang
masih mengimpor beras dari negara lain karena berasal dari dua area persawahan di Kabupaten
produksi padi domestik tidak dapat mencukupi Tangerang. Dua lokasi persawahan ini dipilih
kebutuhan masyarakat Indonesia (BPS, 2016). sebagai perlakuan duplo. Umur dan varietas
Sekitar 90% lahan pertanian padi juga padi yang ditanam sama saat pengambilan
merupakan pertanian rakyat dengan rata-rata sampel, sehingga kondisi kedua lokasi
luasan lahan kurang dari 0,8 Ha dan masih dianggap sama. Penelitian ini bermanfaat
dikelola secara tradisional sehingga biaya sebagai sumber informasi mengenai gambaran
produksi cukup tinggi. komunitas bakteri tanah sawah di Kabupaten
Salah satu penyebab tingginya biaya Tangerang. Dari penelitian ini diharapkan
produksi adalah konsumsi penggunaan pupuk diperoleh isolat-isolat potensial PGPR asal
kimia. Kebanyakan petani menggunakan daerah urban yang cenderung lebih terpapar
pupuk kimia untuk mendapatkan hasil panen pada kondisi tidak ideal bagi pertanian
yang bagus, tanpa memikirkan efek jangka sehingga bakteri yang hidup lebih tahan
panjang. Aplikasi pupuk kimia memang terhadap cekaman.
mampu meningkatkan produksi, namun
penggunaan dalam jangka panjang, selain MATERIAL DAN METODE
meningkatkan biaya produksi juga dapat Waktu dan Tempat Penelitian
mempengaruhi kondisi tanah. Perubahan Pengambilan sampel tanah dilakukan
kondisi tanah akibat aplikasi pupuk kimia pada dua lokasi sawah, yaitu di Desa Sukawali,
berlebih dapat menyebabkan penurunan Kecamatan Pakuhaji dan Desa Belimbing,
kualitas tanah dalam jangka waktu yang Kecamatan Kosambi Kabupaten Tangerang
panjang. Eksploitasi lahan secara terus (Gambar 1). Kegiatan penelitian dilakukan
menerus menyebabkan kerusakan pada tanah mulai bulan Juli-Desember 2016.
dan mempengaruhi produktivitas padi (Triyono
et al., 2013). Perbaikan kualitas dan kesuburan Pengambilan Sampel
tanah dapat menjadi salah satu pendekatan Usia padi saat pengambilan sampel tanah
untuk meningkatkan produksi padi dan berkisar antara 25−40 hari setelah tanam.
mengurangi konsumsi pupuk kimia. Pengukuran derajat keasaman tanah dengan
Plant growth-promoting rhizobacteria menggunakan pH meter dilakukan terlebih
(PGPR) adalah bakteri tanah yang dahulu. Tanah diambil dengan menggunakan
menguntungkan untuk pertumbuhan tanaman. plastik steril dari daerah perakaran padi dengan
PGPR dapat hidup di dalam akar tanaman dan kedalaman 0−20 cm pada lima titik untuk
berasosiasi dengan tanaman (Beneduzi et al., setiap lokasi. Sampel kemudian dimasukkan ke
2012). Menurut Gupta et al. (2015) PGPR dalam plastik steril, dicampur menjadi
berfungsi sebagai biokontrol karena dapat campuran komposit, lalu dibawa ke
menginduksi resistensi tanaman terhadap laboratorium dengan menggunakan cool box
pathogen. Selain sebagai biokontrol, PGPR (Kesaulya et al., 2015). Sampel tanah
berfungsi sebagai biofertilizer karena dapat digunakan sebagai sumber inokulum dan
memicu pertumbuhan tanaman dengan cara digunakan untuk analisis tanah di
memfiksasi nitrogen, menyediakan fosfat Laboratorium Tanah IPB.
106 | Copyright © 2016. AL-KAUNIYAH: Journal of Biology, P-ISSN: 1978-3736, E-ISSN: 2502-6720
Enumerasi Bakteri Tanah untuk mendapatkan tingkat pengenceran 10-2,

Sampel tanah yang diambil kemudian begitu seterusnya hingga pengenceran 10-6.
dikultur dengan menggunakan metode Hasil pengenceran 10-4, 10-5 dan 10-6 diambil
pengenceran serial seperti dilakukan oleh sebanyak 1 mL kemudian dikultur ke dalam
Juwita et al. (2013) dengan sedikit modifikasi. cawan petri bersamaan dengan 25 mL media
Sebanyak 10 g sampel tanah dihomogenisasi Nutrient Agar (NA) dengan cara pour plate,
dengan 90 mL NaCl fisiologis, kemudian setelah itu diinkubasi selama 18 jam pada suhu
dikocok. Suspensi tanah dalam NaCl fisiologis ruang. Tiap pengenceran dilakukan 2
ini adalah pengenceran 10-1. Sebanyak 1 mL pengulangan (duplo).
suspensi sampel tanah dimasukkan kedalam
tabung reaksi yang berisi 9 mL NaCl fisiologis
Gambar 1. Lokasi pengambilan sampel tanah sawah TGR 1 (A) dan TGR 2 (B)
Perhitungan Total Plate Count (TPC) dan dan didiamkan hingga padat. Isolat bakteri
Pengamatan Morfologi Koloni Bakteri diinokulasi, lalu diinkubasi pada suhu ruang
Tanah selama 48 jam. Isolat yang mampu melarutkan
Setelah diinkubasi, dilakukan fosfat akan menghasilkan zona bening di
perhitungan bakteri dengan menggunakan sekitar koloni (HiMedia Laboratories, 2011a).
metode Total Plate Count (TPC). Syarat
perhitungan bakteri dengan metode TPC Uji Kemampuan Bakteri Penambat
adalah jumlah koloni dalam petri berisi 25−250 Nitrogen
koloni (SNI No. 01−2332.3−2006 2006). Sebanyak 39,1 g media Jensen’s
Setelah jumlah koloni dihitung, dilakukan dilarutkan kedalam 1000 mL akuades,
pengambilan koloni tunggal yang terdapat kemudian dipanaskan hingga mendidih dan
dalam petri kemudian diinokulasi kembali ke disterilisasi dengan autoklaf pada suhu 121 °C
media NA yang baru untuk selanjutnya selama 15 menit. Isolat bakteri tunggal
diinkubasi selama 18 jam. Setelah diinkubasi, diinokulasi lalu diinkubasi pada suhu ruang
dilakukan pengamatan morfologi makroskopis selama 8 hari. Isolat yang memiliki
koloni, meliputi pigmentasi, bentuk, tepi kemampuan untuk memfiksasi nitrogen akan
koloni, elevasi, tekstur, tampilan, dan properti tumbuh dalam media Jensen’s (HiMedia
optik berdasarkan perbandingan dengan Laboratories 2011b).
literatur pendukung. Koloni tunggal yang
tumbuh kemudian diberi kode isolat dan Uji kemampuan bakteri penghasil IAA
dikaraterisasi lebih lanjut. Uji kemampuan bakteri penghasil IAA
menggunakan 100 mL media NB yang
Uji Kemampuan Pelarut Fosfat mengandung tambahan L-triptofan 200 ppm.
Sebanyak 16,3 g media Pikovskaya Isolat bakteri yang akan diuji dikultur dalam
dilarutkan ke dalam 1000 mL akuades, media NB selama 5 hari pada suhu 28oC.
kemudian dipanaskan hingga mendidih. Kemudian kultur dipanen dengan sentrifugasi
Setelah itu larutan disterilisasi dengan autoklaf 8000 rpm selama 10 menit. Supernatan
selama 15 menit pada suhu 121°C. Media sebanyak 2 mL diambil kemudian ditambah-
kemudian dituang ke dalam cawan petri steril kan 2 tetes asam orthofosforik dan 4 mL
Copyright © 2016, AL-KAUNIYAH: Journal of Biology, P-ISSN: 1978-3736, E-ISSN: 2502-6720 | 107
reagen salkowski. Setelah itu diinkubasi Uji Motilitas

kedalam ruang gelap selama 30 menit, lalu Uji motilitas dilakukan dengan
larutan tersebut diukur OD-nya pada panjang menusukkan kultur isolat pada media NA
gelombang 535 nm (Dewi et al., 2015). menggunakan jarum ose. Bakteri yang motil
Konsentrasi IAA (μg/mL) ditentukan dari ditandai dengan pertumbuhan bakteri
persamaan kurva standar IAA. menyebar dari bekas tusukan jarum ose setelah
inkubasi 24 jam sedangkan bakteri yang tidak
Uji Penghasil HCN motil hanya akan tumbuh pada daerah tusukan
Uji penghasil HCN dilakukan seperti jarum ose.
yang diuraikan dalam Bakker & Schippers
(1987). Isolat bakteri sebanyak 1 mL dikultur Uji Gram
dengan menggunakan media King’s B yang Uji Gram dilakukan dengan meneteskan
ditambahkan dengan larutan glysin 4,4 g/L. KOH 3% di atas object glass, kemudian
Setelah itu di bagian tutup petri diberi kertas ditambahkan isolat bakteri. Isolat bakteri
whatman yang sebelumnya direndam dalam diambil menggunakan tusuk gigi steril, lalu
larutan 2% natrium karbonat dalam 0,5% asam dicampurkan ke dalam KOH 3% selama ±60
pikrat. Perubahan warna kertas Whatman detik. Bakteri Gram negatif akan menghasilkan
setelah 4 hari menjadi orange atau cokelat suspensi kental seperti lendir saat tusuk gigi
menunjukkan hasil positif bahwa isolat diangkat (Powers, 1995).
menghasilkan HCN.
HASIL
Uji Katalase Perhitungan Total Plate Count (TPC) dan
Uji dilakukan dengan cara meneteskan Analisis Tanah
3% H2O2 di atas object glass, kemudian TPC yang didapatkan pada lokasi TGR 1
ditambahkan isolat bakteri. Isolat bakteri menunjukkan hasil yang lebih tinggi
diambil menggunakan tusuk gigi steril, lalu dibandingkan dengan TGR 2, namun dari
dicampurkan dengan larutan H2O2 3%. Isolat jumlah total isolat justru sebaliknya, TGR 2
bakteri yang bereaksi positif akan membentuk lebih kaya jumlah isolatnya (Tabel 1).
gelembung udara, hal tersebut menunjukkan Perbedaan pola nilai TPC dan total isolat antar
bahwa isolat memiliki enzim katalase yang kedua lokasi berkaitan dengan tekstur fisik dan
dapat memecah hidrogen peroksida (H2O2) kimia tanah (Tabel 2).
menjadi air dan oksigen (Huda et al., 2012).
Tabel 1. Enumerasi bakteri tanah sawah

Jumlah koloni (TPC) Total
Lokasi Pengenceran Nilai pH
I II (CFU/g) isolat
10-4 190 210
TGR 1 2,4x106 20 6,5
10-5 55 64
10-4 137 204
TGR 2 1,8x106 25 6,0
10-5 27 25
Tabel 2. Hasil analisis beberapa parameter penting pada sampel tanah kedua lokasi
Tekstur
C-Org N-Total Rasio P K KTK
Lokasi Pasir
(%) (%) C/N (%) (ppm) (ppm) (cmol(+)/kg) Debu (%) Liat (%)
(%)
TGR 1 4,39 0,24 18,29 66,16 412,97 42,17 9,03 61,82 29,15
TGR 2 2,74 0,25 10,96 64,94 279,02 32,34 10,47 60,43 29,10
30 25 A 30 25 B C 20 D
15
20 15
17 12
20 20 10
10 8
10 10
3 5
0 0 0
0 0 0
TGR 1 TGR 2 TGR 1 TGR 2 TGR 1 TGR 2
Positif Negatif Positif Negatif Positif Negatif
25 20
23 E 30 24 F 30 G
20
21
17 18
20 20
15
10 10 10 4
3 1 2
5 2
0 0
0 0
TGR 1 TGR 2 TGR 1 TGR 2 TGR 1 TGR 2
Positif Negatif Motil Non-motil Gram positif Gram negatif
Gambar 2. Hasil uji BPF (A), BPN (B), penghasil IAA (C), penghasil HCN (D), katalase (E),
motilitas (F), dan jenis Gram (G)
Kemampuan Jumlah Kode Isolat

BPF, BPN, 16 TGR 2.7; TGR 1.8; TGR
HCN, IAA, 1.17, TGR 2.12; TGR 2.11
Katalase TGR 1.16; TGR 1.14; TGR
2.24; TGR 2.9; TGR 1.7;
TGR 1.20; TGR 2.22; TGR
1.2; TGR 2.20; TGR 1.3;
TGR 2.6
IAA, Katalase 2.23; TGR 2.17; TGR 2.8
BPF, BPN, 1 TGR 2.5
HCN, IAA
HCN, Katalase 2.15; TGR 1.1; TGR 2.19;
TGR 2.4; TGR 2.18; TGR
1.5
BPN, HCN, 1 TGR 1.13
IAA, Katalase
Katalase 2.2; TGR 2.14; TGR 1.19;
TGR 2.13; TGR 1.10; TGR
1.15; TGR 1.6; TGR 1.12;
TGR 2.3
BPF, BPN, 1 TGR 2.25
HCN
BPN, IAA, 1 TGR 1.18
Katalase
BPN, Katalase 1 TGR 1.11
Total 45
Gambar 3. Pemetaan keseluruhan isolat berdasarkan lima karakteristik PGPR yang diujikan
Karakterisasi Kemampuan Isolat Sebagai hasilan HCN, dan kemampuan katalase.

PGPR Motilitas dan jenis gram hanya merupakan data
Secara umum, keseluruhan isolat dari pendukung. Sebanyak 45 isolat yang diperoleh
kedua lokasi menunjukkan hasil yang lebih kemudian dilakukan pemetaan karakter melalui
banyak positif pada karakter yang diujikan diagram venn (Gambar 3) menggunakan
(Gambar 2). Karakter yang dijadikan perhatian webtool Ugent (http://bioinformatics.psb.ugen
dalam potensi sebagai PGPR antara lain t.be/webtools/Venn/) dan Lucidchart
kemampuan pelarut fosfat (BPN), fiksasi (www.lucidchart.com). Analisis yang dilaku-
nitrogen (BPN), penghasilan IAA, peng- kan melalui diagram venn berhasil membagi
ke-45 isolat menjadi 9 kelompok berdasarkan untuk memudahkan mengikat unsur hara dan
kemampuan karakter yang dimiliki (Gambar air (Hayati et al., 2012).
3). Kelompok dengan anggota terbanyak
adalah kelompok yang memiliki kelima Uji Bakteri Pelarut Fosfat (BPF)
karakter yang diujikan, yaitu sebanyak 16 Uji BPF ditandai dengan terbentuknya
isolat. Keenambelas isolat ini yang berpotensi zona bening pada sekitar koloni bakteri yang
untuk dikembangkan sebagai PGPR. diuji pada media Pikovskaya karena
dipecahnya Ca3(PO4)2 yang terdapat pada
PEMBAHASAN media Pikovskaya. Ketersediaan fosfat dalam
TPC dan Analisis Tanah tanah umumnya rendah, karena fosfat terikat
Nilai TPC yang lebih tinggi di lokasi dalam bentuk Fe-fosfat dan Al-fosfat pada
TGR 1 tidak menunjukkan bahwa lokasi TGR tanah asam atau dalam bentuk Ca3(PO4)2 pada
1 lebih subur dibandingkan TGR 2. Data hasil tanah basa, sehingga fosfat tidak dapat begitu
analisis tanah yang ditampilkan pada Tabel 2, saja digunakan oleh tanaman (Suliasih &
justru TGR 2 yang dapat dikatakan lebih subur Rahmat, 2007). BPF berfungsi untuk
karena memiliki nilai rasio C/N yang lebih melarutkan fosfat yang terdapat pada tanah
rendah. Nilai rasio C/N merupakan indikator yang pernah dipupuk oleh fosfat, sehingga
yang sangat sensitif untuk mengetahui kondisi menyediakan unsur hara bagi tanaman. BPF
kesuburan tanah (Ge et al., 2013). Semakin menyediakan unsur hara P bagi tanaman
tinggi nilai rasio C/N, maka semakin lambat dengan melalui 3 mekanisme: menghasilkan
laju dekomposisi bahan organik tanah oleh senyawa pelarut P (asam organik, siderofor,
mikroorganisme. Hal ini yang menyebabkan proton, ion hidroksil, CO2); sekresi enzim
jumlah isolat yang ditemukan di lokasi TGR 2 pelarut P; serta melepas P dalam proses
lebih banyak. Nilai TPC bisa saja lebih tinggi degradasi substrat (Sharma et al., 2013).
di TGR 1, namun kemungkinan besar bakteri Interaksi antara tanaman padi dan BPF
yang tumbuh di TGR 1 lebih seragam lebih banyak terjadi pada daerah perakaran
dibandingkan TGR 2. Keragaman jenis lebih (rizosfer) dibandingkan endosfer dan non-
mencerminkan kekayaan hayati dibandingkan rizosfer (Pahnwar et al., 2013). Daerah
kelimpahan yang tinggi. Kekayaan hayati yang perakaran khususnya pada tanaman padi, akan
lebih tinggi merupakan indikasi bahwa lokasi mensekresi asam organik (oksalat, malat,
tersebut merupakan habitat yang nyaman bagi maupun sitrat) yang akan menjadi senyawa
keberadaan makhluk hidup khususnya atraktan bagi BPF. Sekresi asam organik oleh
mikroorganisme. akar dapat membuat kondisi rizosfer menjadi
Hal lain yang mendukung TGR 2 lebih lebih asam yang ditandai dengan turunnya pH
banyak memiliki keragaman jenis isolat adalah seperti terlihat pada lokasi TGR 2 yang lebih
kondisi tekstur tanah. TGR 1 lebih tinggi asam dibanding TGR 1 (Tabel 1). Hal ini dapat
persentase debunya dan liatnya, sementara menjadi penyebab pada TGR 2, sebanyak
komposisi pasirnya lebih rendah dibandingkan 100% isolat yang ditemukan mempunyai
dengan TGR 2 (Tabel 2). Tingginya persentase kemampuan melarutkan fosfat dibandingkan
debu liat serta persentase pasir yang rendah TGR 1 yang hanya 85%.
membuat struktur tanah pada TGR 1 menjadi
lebih padat karena partikel tanahnya lebih Uji Bakteri Penambat Nitrogen (BPN)
kecil. Partikel tanah yang lebih kecil Seluruh isolat, baik yang berasal dari
menyebabkan porositas tanah menjadi lebih TGR 1 maupun TGR 2 berdasarkan kultur
rendah dan tanah menjadi lebih padat. pada media Jensen menunjukkan BPN positif.
Padatnya tanah dapat menghalangi kolonisasi Nitrogen merupakan unsur hara esensial bagi
dan mobilitas bakteri di dalam tanah sehingga tanaman, nitrogen memiliki sifat yang cepat
semakin padat tanah, maka semakin kecil pula hilang jika berada di dalam tanah disebabkan
keragaman dan populasi bakteri (Chau et al., volatilisasi (penguapan), nitrifikasi, denitrifi-
2011). Tanaman lebih menyukai kondisi tanah kasi atau tercuci oleh air (hanyut) dan erosi
yang lebih gembur karena memiliki ruang pori (Sari & Prayudyaningsih, 2015). Walaupun
Nitrogen bebas yang terdapat diatmosfer
mencapai 80%, namun tidak dapat digunakan
langsung oleh tanaman, sehingga diperlukan memberikan hasil yang sama sebesar 60%
mikroba untuk memfiksasi nitrogen bebas. positif. Sianida merupakan metabolit sekunder
Menurut Dewi (2007) bakteri penambat dari beberapa mikroorganisme. HCN berperan
nitrogen dibedakan menjadi dua kelompok, sebagai biokontrol dengan menghambat
pertama kelompok Rhizobium yang mampu pertumbuhan organisme patogen (Agbodjato et
bersimbiosis dengan tanaman dan kedua al., 2015). HCN bekerja dengan cara
kelompok Azotobacter yang tidak bersimbiosis menghambat kerja enzim yang memiliki
dengan tanaman. Bakteri dapat memfiksasi kofaktor berupa ion logam seperti Cu2+ seperti
nitrogen dengan cara mengubah nitrogen pada sitokrom C oksidase (Martínez-Viveros et
organik menjadi ammonia melalui proses al., 2010). Bakteri yang mampu memproduksi
deaminasi. Ammonia dapat diubah oleh bakteri HCN umumnya adalah Pseudomonas.
melalui dua cara, langsung diasimilasi atau Pseudomonas memproduksi HCN di
diubah terlebih dahulu dalam reaksi nitrifikasi endorizosfer dengan cara mengubah glikosida
(Pajares & Bohannan, 2016). sianogenik yang terdapat dalam akar tanaman
(Bakker & Schippers, 1987). Bakteri mem-
Uji Bakteri Penghasil IAA produksi sianida dengan prekursor glisin yang
Berdasarkan persentase, isolat yang ada di dalam media (Noori & Saud, 2012).
positif memproduksi IAA lebih banyak
ditemukan di TGR 1 (55%) dibandingkan TGR Uji Motilitas dan Gram
2 (52%). Konsentrasi IAA tertinggi terdapat Hasil uji motilitas dari 2 lokasi
pada isolat TGR 2.17 yaitu sebesar 0,116 didapatkan 4 bakteri yang bersifat nonmotil
ppm. Hasil yang didapatkan sangat kecil. dan 41 bakteri yang bersifat motil. Uji
Rendahnya IAA yang dihasilkan bisa motilitas berfungsi untuk mengetahui
disebabkan kondisi yang masih belum pergerakan sel bakteri. Alat yang digunakan
optimum dalam proses uji, karena bakteri untuk bergerak adalah flagella sehingga
kemungkinan kultur yang diuji sudah tua (120 sel bakteri dapat menyebar ke berbagai arah
jam). Hal ini berbeda dengan yang dilakukan pada media. Selain sebagai alat gerak, flagel
Dewi et al., (2015) yang melakukan pengujian berperan sebagai alat lekat dan faktor virulensi
saat kultur berumur 72 jam. terhadap inang (Haiko & Westerlund-
L-triptofan berfungsi sebagai prekursor Wikström, 2013).
untuk biosintesis hormon auksin pada Hasil uji dari 2 lokasi didapatkan 39
mikroorganisme, dalam tanah triptofan berasal isolat merupakan bakteri Gram positif dan 6
dari eksudat akar atau sel-sel yang rusak. isolat bakteri Gram negatif. Bakteri gram
Auksin dibiosintesis dari asam amino dengan negatif memiliki peptidoglikan yang tipis
prekursor triptofan dan dibantu oleh enzim sehingga mudah terekstraksi oleh etanol
IAA oksidase, hasilnya adalah IAN (Indolaseto (alkali) dan meningkatkan permeabilititas
nitril), TpyA (Asam Indol piruvat) dan IAAld dinding sel bakteri. Uji Gram dengan
(Indol asetat dehid) suatu substansi yang mirip menggunakan larutan KOH 3% akan
dengan auksin namun mempunyai aktifitas melarutkan dinding sel bakteri gram negatif
yang lebih kecil. Perubahan triptofan menjadi dan menyebabkan keluarnya lendir yang
IAA melalui beberapa reaksi, yaitu deaminasi, merupakan materi genetik (DNA) dari bakteri
dekarboksilasi dan reaksi hidrolisis. Reaksi (Powers, 1995).
deaminasi mengubah triptofan menjadi TpyA
dengan bantuan enzim multispesifik amino- Uji Katalase
transferase, dilanjutkan dengan reaksi dekar- Hasil uji katalase dari 2 lokasi didapat-
boksilasi secara enzimatis yaitu mengubah kan 43 isolat yang mampu mendegradasi
TpyA menjadi IAAld dan reaksi hidrolisis hidrogen peroksida dan 2 isolat yang tidak
IAAld menjadi IAA dengan bantuan enzim mampu mendegradasi hidrogen peroksida.
IAAld oksidase (Ahemad & Kibret, 2014). Hidrogen peroksida merupakan zat toksik yang
berbahaya untuk tanaman karena mampu
Uji Hidrogen Sianida (HCN) menghancurkan sel dengan cepat. Beberapa
Kemampuan penghasil HCN pada isolat bakteri memiliki enzim katalase atau
asal TGR 1 dan TGR 2 secara persentase peroksidase yang mampu mengubah hidrogen
peroksida menjadi air dan oksigen (Hidayat & antagonists and biocontrol agents.
Alhadi, 2012). Genetics and Molecular Biology, 35(4),
1044-1051.
KESIMPULAN [BPS]. Badan Pusat Statistik. 2016. Laporan
Total bakteri di TGR 1 lebih banyak Bulanan: Data Sosial Ekonomi. Jakarta:
dibandingkan TGR 2, yaitu sebanyak 2,4x106 Badan Pusat Statistik Nasional.
CFU/g dan 1,8x106 CFU/g namun dengan jenis Chau J. F., Bagtzoglou A.C., & Willig, M. R.
isolat yang lebih banyak di TGR 2 (25 isolat) (2011). The effect of soil texture on
dibanding TGR 1 (20 isolat). Analisis tanah richness and diversity of bacterial
pada kedua lokasi menunjukkan TGR 2 lebih community. Environmental Forensic, 12,
subur dibandingkan TGR 1 berdasarkan rasio 333-341.
C/N, kondisi pH, dan tekstur tanah. Dewi, I. R. (2007). Fiksasi N Biologi pada
Berdasarkan Karakterisasi PGPR yang Ekosistem Tropis. [Tesis]. Bandung:
dilakukan, diperoleh 16 isolat yang berpotensi Universitas Padjajaran.
sebagai pupuk hayati. Analisis kadar IAA Dewi, T. K., Arum, E. S., Imamuddin, H., &
perlu dilakukan kembali pada umur kultur 72 Antonius, S. (2015). Karakterisasi
jam untuk memastikan kemampuan isolat mikroba perakaran (PGPR) agen penting
menghasilkan IAA. Selain itu, perlu dilakukan pendukung pupuk organik hayati. Jurnal
identifikasi lebih lanjut pada 16 isolat terpilih. Prosiding Seminar Nasional Masyarakat
Biodiversitas Indonesia, 1(2), 289-295.
UCAPAN TERIMA KASIH Ge, S., Xu, H., Ji, M., & Jiang, Y. (2013).
Terimakasih kepada Kementerian Riset, Characteristics of soil organic Carbon,
Teknologi dan Pendidikan Tinggi atas Grant total Nitrogen, and C/N ratio in Chinese
DRPM Skim Penelitian Dosen Pemula tahun apple orchards. Open Journal of Soil
2016 dengan nomor surat 794/K3/KM/SPK.LT Science, 3, 213-217
/2016. Gupta, G., Parihar, S. S., Ahirwar, N. K.,
Snehi, S. K., & Singh, V. (2015). Plant
REFERENSI growth-promoting Rhizobacteria
Agbodjato, N. A., Noumavo, P. A., Baba- (PGPR): current and future Prospects for
Moussa F., Salami, H. A., Sina, H., development of sustainable agriculture.
Sèzan, A., Bankolé, H., Adjanohoun , A., Microbial & Biochemical Technology,
& Baba-Moussa, L. (2015). 7(2), 96-102.
Characterization of potential plant Haiko, J., & Westerlund-Wikström, B. (2013).
growth-promoting rhizobacteria isolated The role of the bacterial flagellum in
from maize (Zea mays L.) in Central and adhesion and virulence. Biology, 2,
Northern Benin (West Africa). Applied 1242-1267.
and Environmental Soil Science, Hayati, E., Sabaruddin, & Rahmawati. (2012).
(901656), 1-9. Pengaruh jumlah mata tunas dan
Ahemad, M., & Kibret, M. (2013). komposisi media tanam terhadap
Mechanisms and application s of plant pertumbuhan setek tanaman jarak pagar
growth-promoting rhizobacteria: Current (Jatropha curcas L.). Jurnal Agrista,
perspective. Journal of King Saud 16(3), 129-134.
University–Science, 26, 1-20 Hidayat, R., & Alhadi, F. (2012). Identifikasi
Bakker, A. W., & Schippers, B. (1987). Streptococcus equi dari Kuda yang
Microbial cyanide production in the Diduga Menderita Strangles. Jurnal Ilmu
rhizosphere in relation to potato yield Pertanian Indonesia, 17(3), 199-203.
reduction and Pseudomonas spp HiMedia Laboratories. (2011a). Technical
mediated plant growth-stimulation. Soil Data: Pikovskayas Agar M520. Mumbai:
Biology and Biochemistry, 19(4), 451- HiMedia™ publications.
457. HiMedia Laboratories. (2011b). Technical
Beneduzi, A., Ambrosini, A., & Passaglia, L. Data: Jensen’s Medium M710. Mumbai:
M. P. (2012). Plant growth-promoting HiMedia™ publications.
rhizobacteria (PGPR): their potential as
Huda, C., Salni, & Melki. (2012). Penapisan Powers, E. M. (1995). Efficacy of the ryu
aktivitas antibakteri dari bakteri yang nonstaining KOH technique for rapidly
berasosiasi dengan karang lunak determining Gram reactions of food-
Sarcophyton sp. Maspari Journal, 4(1), borne and waterborne bacteria and
69-76. yeasts. Applied and Environmental
Juwita, D. A., Suharti, N., & Rasyid, R. Microbiology. 61(10), 3756-3758.
(2013). Isolasi jamur pengurai pati dari Sari, R., & Prayudyaningsih, R. (2015).
tanah limbah sagu. Jurnal Farmasi Rhizobium: pemanfaatannya sebagai
Andalas, 1(1), 35-41. bakteri penambat nitrogen. Info Teknis
Kesaulya, H., Baharuddin, Zakaria, B., & Eboni, 2(1), 51-56.
Syaiful, S. A. (2015). Isolation and Sharma, S. B., Sayyed, R. Z., Trivedi, M. H.,
physiological characterization of PGPR & Gobi, T. A. (2013). Phosphate
from potato plant rhizosphere in medium solubilizing microbes: sustainable
land of Buru island. Procedia Food approach for managing Phosphorus
Science, 3, 190-199. deficiency in agricultural soils. Springer
Martínez-Viveros, O., Jorquera, M. A., Plus, 2(587), 1-14.
Crowley, D.E., Gajardo, G., & Mora, M. Suliasih & Rahmat. (2007). Aktivitas fosfatase
L. (2010). Mechanisms and practical dan pelarutan kalsium fosfat oleh
considerations involved in plant growth beberapa bakteri pelarut fosfat.
promotion by Biodiversitas, 8(1), 23-26.
rhizobacteria. Journal of Soil Science Triyono A, Purwanto, & Budiyono. (2013).
and Plant Nutrition, 10(3), 293-319 Efisiensi penggunaan pupuk -N untuk
Noori, M. S. S. & Saud, H. M. (2012). pengurangan kehilangan nitrat pada
Potential plant growth promoting activity lahan pertanian. Prosiding Seminar
of Pseudomonas sp. Isolated from paddy Nasional Pengelolaan Sumber Daya
soil in Malaysia as biocontrol agent. Alam dan Lingkungan. 526-531.
Journal of Plant Pathology and Vacheron, J., Desbrosses, G., Bouffaud, M. L.,
Microbiology, 3(2), 1-4 Touraine, B., Moënne-Loccoz, Y.,
Pahnwar, Q. A., Jusop, S., Naher, U. A., Muller, D., Legendre, L., Wisniewski-
Othman R., & Razi, M. I. (2013). Dyé, F., & Prigent-Combaret, C. (2013).
Application of potential Phosphate- Plant growth-promoting rhizobacteria
Solubilizing Bacteria and organic acids and root system functioning. Frontier
on Phosphate Solubilization from Plant Science, 4(356). 1-19.
Phosphate Rock in aerobic rice. The Van der Schaar, R. M. A. (2016). Rice: The
Scientific World Journal, International Rice Market. Retrived from
272409, 1-10. http://www.indonesia-investments.com/
Pajares, S., & Bohannan, B. J. M. (2016). id/doingbusiness/commodities/rice/item1
Ecology of Nitrogen fixing, nitrifying, 83 [8 Agustus 2016].
and denitrifying microorganisms in
tropical forest soils. Frontiers in
Microbiology, 7(1045), 1-20

Isolasi Dan Karakterisasi Bakteri Tanah Sawah Di Desa Sukawali Dan Desa Belimbing, Kabupaten Tangerang

Diunggah oleh

Informasi Dokumen

Judul Asli

Hak Cipta

Format Tersedia

Bagikan dokumen Ini

Bagikan atau Tanam Dokumen

Opsi Berbagi

Apakah menurut Anda dokumen ini bermanfaat?

Apakah konten ini tidak pantas?

Hak Cipta:

Format Tersedia

Isolasi Dan Karakterisasi Bakteri Tanah Sawah Di Desa Sukawali Dan Desa Belimbing, Kabupaten Tangerang

Diunggah oleh

Hak Cipta:

Format Tersedia

Available online at AL-KAUNIYAH: Journal of Biology

ISOLASI DAN KARAKTERISASI BAKTERI TANAH SAWAH DI DESA

Copyright © 2016, AL-KAUNIYAH: Journal of Biology,

PENDAHULUAN terlarut, hingga menghasilkan fitohormon

Enumerasi Bakteri Tanah untuk mendapatkan tingkat pengenceran 10-2,

reagen salkowski. Setelah itu diinkubasi Uji Motilitas

Tabel 1. Enumerasi bakteri tanah sawah

Positif Negatif Positif Negatif Positif Negatif

Positif Negatif Motil Non-motil Gram positif Gram negatif

Kemampuan Jumlah Kode Isolat

Karakterisasi Kemampuan Isolat Sebagai hasilan HCN, dan kemampuan katalase.

Anda mungkin juga menyukai