Persiapan awal untuk membuat preparat adalah pemotongan dengan ketebalan yang dapat dilihat
di mikroskop cahaya. Setelah itu dilakukan preservasi agar jaringan tetap mempertahankan
strukturnya. Tetapi, preservasi dapat menghilangkan lipid dan membuat bentuk sel agak berubah
atau terdistorsi.
b. Mikroskop cahaya
1. Bright field
2. Virtual
3. Fluorescence
4. Fase Kontras
5. Konfokal
6. Polarizing
c. Mikroskop elektron
1. TEM
2. SEM
Selain dengan mikroskop pengamatan juga dapat dilakukan dengan metode lain bergantung pada
hal yang ingin dilihat. Metode-metode lainnya yaitu:
1. Autoradiography : untuk melihat makromolekul yang disintesis
2. Tissue Culture: Kultur (in vitro) pada sel dan jaringan dalam suatu cawan petri berisi
garam, asam amino dan vitamin. Biasanya yang dikultur hanya jaringan selapis.
Umumnya tidak immortal, tetapi ada yang immortal dan membentuk cell lineage, yaitu
HeLa cell.
3. Enzyme Histochemistry: melokalisasi stuktur sel berdasar aktivitas enzim yang dapat
dideteksi oleh substrat dari enzim tersebut. Contoh dari enzim yang dapat dideteksi
adalah phosphatase, dehydrogenase, peroxidase.
4. Visualizing Spesific Molecule: pemberian senyawa penanda yang dapat berikatan dengan
molekul yang ingin diamati
5. Immunohistochemistry : prinsipnya dengan mereaksikan reaksi antara antigen dan
antibodi sehingga dapat lebih spesifik dalam mendeteksi protein.
6. Hybridization Techniques: teknik untuk mengetahui adanya sequence DNA tertentu
dalam suatu sel dengan cara hibridisasi dengan RNA atau DNA yang direaksikan dengan
jaringan atau sel yang telah dibuat preparat.