1

TATA TERTIB PRAKTIKUM

1. Praktikum dimulai pukul 13.30 WIB.

2. Praktikan wajib hadir 10 menit sebelum acara dimulai;
3. Mengenakan pakaian sopan, berkerah dan bersepatu tertutup, PDL diperbolehkan asal
dikancing;
4. Membawa kartu praktikum, worksheet, dan laporan sebagai SYARAT MASUK
LABORATORIUM;
5. Minggu ke-1 harap membawa foto berwarna 3x4 untuk kartu praktikum;
6. Inhal diperbolehkan hanya sekali dengan alasan yang logis dan disertai surat keterangan
serta diurus maksimal 1 hari sebelum pelaksanaan inhal;
7. Bagi praktikan yang inhal wajib menghubungi asisten golongan asal dan asisten golongan
inhal;
8. Nilai pre-test di bawah 60 selama tiga kali, nilai laporan akan dipotong 10%;
9. Bagi praktikan yang melakukan kecurangan saat mengerjakan soal akan mendapat nilai 0;
10. Keterlambatan lebih dari 15 menit tidak diperbolehkan memasuki lab (inhal ke gol lain);
11. Laporan acara praktikum dikumpulkan seminggu setelah pelaksanaan praktikum kecuali
laporan acara persilangan tanaman.
12. Pada acara Isolasi DNA Tanaman, praktikan wajib membawa jas praktikum, masker, dan
sarung tangan lateks.
13. Sesudah melakukan acara praktikum, praktikan diwajibkan membersihkan dan
mengembalikan alat-alat yang dipakai pada tempatnya. Praktikan yang menghilangkan atau
merusakkan alat diwajibkan mengganti dengan barang yang sama;
14. Nilai akhir praktikum adalah kombinasi proporsional dari nilai pre- test, laporan, keaktifan
dan responsi;
15. Hal-hal yang belum tercantum dalam tata tertib ini akan diatur kemudian.

2
 FORMAT LAPORAN DAN PROPORSI PENILAIAN
Judul
Penulis
Intisari : 10%
Pendahuluan : 20%
Bahan dan Metode : 10%
Hasil dan Pembahasan : 40%
Kesimpulan : 10%
Daftar Pustaka * : 5%
Lampiran : 5%
*) Syarat pustaka yaitu 2 jurnal internasional dan 2 jurnal Indonesia minimal tahun 2015.

PROPORSI NILAI AKHIR PRAKTIKUM

Pretest & Asistensi : 20%
Responsi : 40%
Laporan : 30%
Keaktifan : 10%

JADWAL PELAKSANAAN PRAKTIKUM

Acara Golongan A Golongan B Ruang

Asistensi 15 Februari 2020 Auditorium

Siklus Sel dan Pengamatan
24 - 28 Feb 13 - 17 April Lab Genetika
Kromosom Tanaman
Simulasi Hukum Mendel 2 - 6 Mar 4 - 8 Mei Biomet Timur
Biologi Bunga, Polen, dan Kantung
9 - 13 Mar 27 April - 1 Mei Lab Genetika
Embrio
Pencandraan Tanaman 23 - 27 Mar 20 - 24 April Biomet Timur

Persilangan Tanaman 23 - 27 Mar 20 - 24 April Biomet Timur

Isolasi DNA Tanaman 16 - 20 Mar 11 - 15 Mei Lab Genetika

Responsi Auditorium

3
 ACARA I
SIKLUS SEL DAN PENGAMATAN KROMOSOM TANAMAN

Tujuan

Praktikum siklus sel dan pengamatan kromosom tanaman bertujuan untuk:

1. Mengamati fase-fase beserta perilaku kromosom selama siklus sel

2. Menunjukkan ciri khas dari kromosom selama siklus sel
3. Mengamati sel yang mengalami poliploidisasi dan membandingkan dengan sel normal

Kata Kunci: siklus sel, kromosom, mitosis, poliploidisasi

Latar Belakang
Sel merupakan unit terkecil kehidupan yang menentukan struktur dan fungsi biologis
dari suatu organisme. Tanaman merupakan organisme tingkat tinggi sehingga selnya memiliki
struktur eukariota. Perbedaan utama sel eukariota dengan sel prokariota (organisme tingkat
rendah) adalah ukurannya yang lebih besar dan strukturnya yang lebih kompleks. Sel eukariot
memiliki inti sel (nucleus) berisi materi genetik dan terbagi atas ruang-ruang (compartment)
berupa organel yang menjalankan fungsinya masing-masing. Fitur menarik dari sel tanaman
dibandingkan dengan sel hewan adalah keberadaan dinding sel yang terdiri dari selulosa,
hemiselulosa, dan pektin. Pada kajian genetik, inti sel dari suatu organisme merupakan aspek
yang menarik karena keberadaan materi genetik berupa Deoxyribo Nucleic Acid (DNA) yang
bersifat diwariskan ke keturunannya.
Mahluk hidup mengalami siklus hidup berupa pertumbuhan dan perkembangan yang
dimulai ketika organisme tersebut dilahirkan hingga mencapai fase reproduksi. Pertumbuhan
dan perkembangan suatu organisme tidak dapat dilepaskan dari siklus sel. Selama hidupnya sel
mahluk hidup mengalami pembelahan yang bersifat biner. Pembelahan sel dapat
diklasifikasikan menjadi dua macam berdasarkan sel anak yang dihasilkan, yaitu mitosis dan
meiosis. Pembelahan mitosis menghasilkan sel anak dengan susunan genetik berupa kromosom
yang jumlahnya sama dengan sel induknya. Meiosis menghasikan sel anakan dengan kromosom
yang berjumlah setengah dari sel induknya. Pembelahan mitosis terjadi pada sel-sel tubuh
(gonosome), sedangkan meiosis terjadi pada sel kelamin (autosome).
Mitosis didahului dengan interfase yang berisi pertumbuhan sel dan penggandaan materi
genetik berupa DNA di dalam inti sel. Selanjutnya pada fase mitosis, sel yang telah tumbuh dan
materi genetik yang telah mengganda terbagi menjadi dua sel baru. Interfase terdiri dari
beberapa tahapan, yaitu G1, S, dan G2. G1 disebut juga sebagai tahap gap pertama, secara fisik

4
ukuran sel menjadi lebih besar, organel-organel mengganda, dan terbentuk molekul-molekul
yang diperlukan untuk tahap selanjutnya. Tahap kedua yaitu S (Synthesizes), sel melakukan
penggandaan DNA di inti sel dan microtubule bernama centrosome yang berfungsi memisahkan
DNA pada tahap mitosis. Fase terakhir pada interfase, G2, pertumbuhan sel menjadi sempurna
yang ditandai dengan berlanjutnya pertumbuhan sel, protein, dan organel. Komponen di dalam
sel mulai terorganisasi sebagai persiapan mitosis. Fase G2 menandai selesainya interfase dan
dimulainya Mitosis (M) (Gambar 1).
Fase mitosis terdiri dari 4 tahap, yaiut profase, metafase, anafase, dan telofase.
Profase ditandai dengan menghilangnya membran inti sel dan materi genetik terkondensasi
menjadi struktur kromosom yang kompak. Kromosom yang telah mengganda terlihat sebagai
dua kromatid identik yang dihubungkan oleh sentromer. Tahap selanjutnya adalah metafase
yang dicirikan dengan posisi kromosom yang sejajar dengan bidang ekuator. Benang
gelendong/spindle melekat di sentromer pada masing-masing kromosom. Kondensasi dan
penebalan kromosom maksimal pada tahap ini, sehingga kromosom terlihat lebih pendek.
Anafase merupakan tahap ketiga yang ditandai dengan bergeraknya masing-masing kromatid
yang telah berpisah dari kromosom kea rah kutub yang berlawanan. Pemisahan diawali dengan
pembelahn sentromer dan ditarik oleh benang gelendong ke kutub yang berlawanan bersama
dengan kromatidnya. Tahap terakhir, yaitu telofase ditandai dengan terbentuknya kembali
membran pada inti sel yang telah terpisah. Sel membelah menjadi dua dan diikuti dengan
terbentuknya dinding sel baru yang berasal dari bahan dinding sel yang sama. Sitoplasma
terbagi menjadi dua buah sehingga terbentuk dua sel anakan dengan jumlah kromosom yang
sama dengan sel tetuanya.

Gambar 1. Ilustrasi siklus sel dan pembelahan mitosis (sumber: www.khanacademy.org)

5
 Manipulasi pembelahan sel dapat dilakukan untuk tujuan tertentu dalam bidang pertanian,
salah satunya adalah poliploidisasi. Poliploidisasi adalah penggandaan spontan set kromosom
lengkap (ploidi) dari suatu organisme. Ploidi dapat dinotasikan sebagai an=bx=c, dengan a
merupakan kondisi sel dengan kriteria 1= sel kelamin, 2= sel tubuh, dan 3= sel endosperma, b
merupakan tingkat ploidi (2x= diploid, 3x= triploid, 4x=tertraploid, dst.), x merupakan bilangan
dasar kromosom, dan c merupakan jumlah kromosom keseluruhan dari suatu organisme
(Gambar 2). Apabila suatu organisme mengalami poliploidisasi, maka tingkat ploidy dan
jumlah kromosomnya meningkat menjadi dua kali lipat. Sebagai contoh bawang merah
memiliki bilangan ploidi 2n=2x=16, setelah mengalami poliploidisasi maka bilangan ploidinya
menjadi 2n=4x=32.

Gambar 2. Ilustrasi ploidi dari suatu organisme

Induksi poliploidi dilakukan dengan mengganggu pembentukan dan kinerja benang
spindel selama mitosis. Ketika tahap mitosis, DNA di dalam sel telah melakukan penggandaan
apabila benang spindel terganggu maka tidak terjadi penarikan kromosom ke kutub yang
berlawanan dan pembelahan sel tidak terjadi. Dengan kata lain, sel yang mengalami
poliploidisasi mengandung materi genetik sebanyak dua kali dibandingkan dengan sel
induknya. Salah satu cara untuk menginduksi poliploidisasi pada tanaman yang paling populer
adalah dengan menggunakan senyawa kimia bernama kolkisin. Kolkisin mengganggu
pembentukan dan kinerja benang spindel sehingga proses mitosis tidak sempurna. Poliploidisasi
dimanfaatkan untuk beberapa keperluan dalam bidang pertanian, diantaranya adalah
pembentukan varietas tanaman tanpa biji (seedless) dan peningkatan ukuran organ vegetative
tanaman yang bernilai ekonomi.

Cara Kerja

Pengamatan fase mitosis

Pengamatan fase mitosis dilakukan menggunakan bagian akar dari bawang merah (Allium cepa
L.) yang bersifat normal dan telah diploiploidisasi. Bawang merah digunakan sebagai eksplan
6
karena ukuran kromosomnya yang besar dan mudah diamati. Bahan dan alat yang digunakan
adalah larutan fiksatif Carnoy, zat pewarna aceto carmine, object glass, de glass, tusuk gigi,
silet, dan kompor spiritus. Cara kerja pengamatan fase mitosis adalah sebagai berikut:

1. Bawang merah ditumbuhkan pada media air selama 3-4 hari hingga muncul akar
2. Ujung akar dipotong sepanjang ± 4 milimeter (mm) pada pukul 09.00-10.00 sewaktu sel
sedang aktif membelah.
3. Potongan akar dimasukkan ke dalam larutan fiksatif Carnoy (campuran alkohol
absolut:asam asetat glasial perbandingan 3:1) dan difiksasi selama 15-20 menit.
4. Potongan ujung akar yang telah difiksasi direndam ke dalam pewarna aceto carmine
0.5% (0.5 g carmine dilarutkan dalam 45 cc asam asetat glasial dan 55 cc aquadestilata).
5. Larutan dipanaskan di atas kompor spiritus sehingga pewarna meresap dalam jaringan
ujung akar.
6. Pemanasan dihentikan bila larutan sudah mulai mendidih dan potongan ujung akar mulai
terlihat bergerak.
7. Preparat ujung akar yang telah difiksasi dan diwarnai diambil menggunakan pinset dan
diletakkan di atas object glass dan dipotong sepanjang 1 mm dari ujung, lalu di tutup
dengan deglass.
8. Deglass diketuk dan ditekan menggunakan tusuk gigi hingga preparat menjadi satu
lapisan sel.
9. Preparat diamati di bawah mikroskop, dimulai dari perbesaran lemah hingga kuat.

Instruksi Kerja

1. Lakukan pengamatan terhadap semua fase pembelahan sel pada tanaman normal atau
poliploid (fase pembelahan awal dapat diamati di bagian ujung, sedangkan fase lebih
lanjut diamati pada bagian pangkal.
2. Amati bentuk kromosom dan hitung jumlahnya pada tanaman normal atau poliploid.

Kisi-kisi Pembahasan
 Jelaskan mengenai pembelahan sel, fase di dalamnya, dan ciri khas setiap fase pada
tanaman normal dan poliploid.
 Bandingkan tahap pembelahan sel dan karakteristik kromosom (visual dan jumlah) pada
tanaman normal dan poliploid.
 Jelaksan alasan penggunaan tanaman bawang merah sebagai eksplan.
 Gunakan gambar sel yang diambil dari mikroskop pada laporan

7
 ACARA II
SIMULASI HUKUM MENDEL
Tujuan
Praktikum simulasi hukum Mendel bertujuan untuk:
1. Memahami segregasi Mendel.
2. Melakukan simulasi persilangan monohybrid dan dihybrid untuk membuktikan hukum
segregasi Mendel.
3. Melakukan simulasi persilangan back cross
4. Melakukan simulasi seleksi pada populasi hasil persilangan yang sudah dilakukan

Kata Kunci: persilangan, hukum mendel, monohibrid, dihibrid, back cross, seleksi.

Latar Belakang
Gregor Mendel (1822-1884) merupakan orang pertama yang mengadakan percobaan
perkawinan silang dengan menggunakan tanaman ercis (Pisum sativum). Percobaan- percobaan
tersebut telah meletakkan dasar untuk ilmu genetika (Suryo, 2005), sehingga lahirlah Hukum
mendel I dan Hukum Mendel II. Hukum mendel I disebut dengan segregasi bebas yang
diilustrasikan dengan persilangan monohibrida. Hukum mendel II disebut dengan asortasi bebas
yang diilustrasikan dengan persilangan dihibrid.
Suatu program pemuliaan tanaman tidak lepas dari kegiatan persilangan dan seleksi.
Persilangan dilakukan untuk mendapatkan variabilitas tanaman dan individu baru, sedangkan
seleksi dilakukan untuk mendapatkan tanaman unggul, seragam dan memiliki homozigositas
yang tinggi dari variablitias yang sudah dibuat melalui persilangan (Acquaah, 2007). Untuk
mengakumulasi sifat-sifat yang diinginkan dari suatu persilangan, maka salah satu metode yang
dapat dilakukan yaitu membuat persilangan back cross. Back cross merupakan persilangan
antara F1 dengan salah satu tetuanya. Persilangan ini bertujuan untuk mengakumulasi sifat dari
donor parent agar terakumulasi pada recurrent parent. Dengan demikian sifat-sifat yang baik
akan muncul pada keturunannya.
Cara Kerja
Bahan dan Alat
1. Empat macam warna kancing, masing-masing 200 buah dengan ukuran yang sama
2. Empat buah kantong plastic
Prosedur
Simulasi persilangan monohibrid:
1. Disiapkan dua kantong plastik
8
2. Masing-masing kantong diisi dengan dua warna kancing yang terdiri dari kancing X dan
kancing Y, jumlah kancing Y sama dengan kancing X.
3. Diambil satu kancing secara acak dari masing-masing kantung.
4. Catat hasil yang didapat, kemudian kembalikan kancing ke kantung plastic.
5. Kocok kantung plastik setiap selesai mengambil satu kancing
6. Lakukan pengambilan sebanyak kriteria yang saudara peroleh (80, 100, 120)
7. Uji seluruh data dengan menggunakan chi-square
8. Jelaskan dan simpulkan simulasi yang telah dilakukan

Percobaan 1. Uji Hukum Mendel melalui simulasi monohibrid dengan rasio F2; 3:1
Tabel 1. Analisis persilangan monohybrid, rasio fenotipe F2 (3:1) untuk 80/100/120 kali
pengambilan
Kelas Observed (O) Expected (E) (O-E)2 (O-E)2/E
AA: Aa 60
aa 20
Total 80
*Keterangan: Kancing x untuk alel A, kancing Y untuk alel a.
(𝑂−𝐸)2
Hitung 𝑋 2 = ∑ { }
𝐸

𝑋 2 tabel (0,05:1) = 3,841

Penarikan kesimpulan: 𝑋 2 hitung > 𝑋 2 tabel, maka rasio yang diperoleh menyimpang dari
Hukum Mendel.

Percobaan 2. Uji Hukum Mendel melalui simulasi monohybrid dengan rasio F2; 1:2:1.
Tabel 2. Analisis persilangan monohybrid, rasio fenotipe F2 (1:2:1) untuk 80/100/120 kali
pengambilan
Kelas Observed (O) Expected (E) (O-E)2 (O-E)2/E
AA 20
Aa 40
aa 20
Total 80
*Keterangan: Kancing x untuk alel A, kancing Y untuk alel a.
(𝑂−𝐸)2
Hitung 𝑋 2 = ∑ { }
𝐸

𝑋 2 tabel (0,05:2) = 5,991

Penarikan kesimpulan: 𝑋 2 hitung > 𝑋 2 tabel, maka rasio yang diperoleh menyimpang dari
Hukum Mendel.
9
Percobaan 3. Uji Hukum Mendel melalui simulasi dihibrid dengan rasio F2 9:3:3:1
1. Digunakan empat kantung dan empat macam warna kancing. Dua kantung masing- masing
berisi kancing X dan Y. Dua kantung lagi berisi kancing P dan Q.
2. Lakukan pengamilan sebanyak 80 atau 100 kali sesuai kriteria yang Saudara peroleh
3. Uji seluruh data dengan menggunakan chi-square
4. Jelaskan dan simpulkan simulasi yang telah dilakukan
Tabel 3. Analisis persilangan dihybrid, rasio fenotipe F2 (9:3:3:1) untuk 80/100/120 kali
pengambilan
Kelas Observed (O) Expected (E) (O-E)2 (O-E)2/E
A_B_ 45
A_bb 15
aaB_ 15
aabb 5
Total 80
Keterangan: Kancing x untuk alel A, kancing Y untuk alel a. Kancing P untuk alel B, kancing Q
untuk alel b.
(𝑂−𝐸)2
Hitung 𝑋 2 = ∑ { }
𝐸

𝑋 2 tabel (0,05:3) = 7,815

Penarikan kesimpulan: 𝑋 2 hitung > 𝑋 2 tabel, maka rasio yang diperoleh menyimpang dari
Hukum Mendel.

Percobaan 4. Analisis persilangan back cross dengan rasio F1: 1:1

Untuk persilangan back cross
1. Disiapkan dua kantung plastik. Satu kantong berisi kancing X dan Y (jumlah kancing X
sama dengan kancing Y), satu kantong yang lain berisi kancing X (jumlah kancing X sama
dengan jumlah kancing X dan Y pada kantong satunya).
2. Ambil satu buah kancing secara acak dari maisng-masing kantung.
3. Catat hasil yang didapat, kemudian kembalikan kancing ke kantung plastic.
Tabel 4. Analisis persilangan back cross dengan rasio F1; 1:1
Kelas Observed (O) Expected (E) (O-E)2 (O-E)2/E
Aa 40
aa 40
Total 80
Keterangan: Kancing X untuk alel A, kancing Y untuk alel a.

10
 (𝑂−𝐸)2
Hitung 𝑋 2 = ∑ { }
𝐸

𝑋 2 tabel (0,05:1) = 3,841

Penarikan kesimpulan: 𝑋 2 hitung > 𝑋 2 tabel, maka rasio yang diperoleh menyimpang dari
Hukum Mendel.

Percobaan 5. Simulasi Seleksi

1. Seleksi dilakukan pada hasil persilangan monohibrid dengan rasio F2; 3:1
2. Digunakan dua kantung plastik dengan dua warna kancing yang terdiri dari kancing X dan
kancing Y, jumlah kancing Y sama dengan kancing X.
3. Ambil satu buah kancing secara acak dari masing-masing kantung.
4. Lakukan pengamilan (sebanyak 80, 100, 120) kali sesuai kriteria yang Saudara peroleh.
5. Apabila terambil kancing Y untuk alel a pada masing-masing kantong maka dieliminasi
(seleksi dilakukan pada genotipe homozigot resesif a).
6. Uji seluruh data dengan menggunakan chi-square.
7. Jelaskan dan simpulkan simulasi yang telah dilakukan
Tabel 5. Table Simulasi seleksi pada persilangan monohibrid
Kelas Observed (O) Expected (E) (O-E)2 (O-E)2/E
AA:Aa 80
aa 40
Total 80
Keterangan: Kancing X untuk alel A, kancing Y untuk alel a.
(𝑂−𝐸)2
Hitung 𝑋 2 = ∑ { }
𝐸

𝑋 2 tabel (0,05:1) = 3,841

Penarikan kesimpulan: 𝑋 2 hitung > 𝑋 2 tabel, maka rasio yang diperoleh menyimpang dari
Hukum Mendel.

Kisi-Kisi Pembahasan
 Jelaskan persilangan monohybrid, dihibrid, hokum mendel I dan II.
 Jelaskan persilangan back cross, tujuan dan manfaatnya untuk kegiatan pemuliaan
tanaman
 Jelaskan manfaat dan tujuan seleksi
 Data hasil yang diperoleh dibandingkan kesesuaiannya dengan hukum Mendel.
 Penelitian terbaru yang terkait dengan persilangan monohibrid atau dihibrid, back cross
dan seleksi
11
Daftar Pustaka
Acquaah, G. 2007. Principle of plant genetics and breeding. 1st ed. Blackwell Publishing.
Australia.
Pamandungan, Y., A. Purwantoro, P. Basunanda. 2012. Prediksi genotipe tetua jagung berbulir
unguberdasarkan kesesuaian nisbah harapan pada bulir S1 dan S2. Eugenia 18
(3):221—229.
Suryo. 2005. Genetika. Gadjah Mada University Press, Yogyakarta.
Mangoendidjojo, W. 2003. Dasar- dasar Pemuliaan tanaman. Knisius. Yogyakarta.

12
 ACARA III
BIOLOGI BUNGA, POLEN, DAN KANTUNG EMBRIO

Tujuan
Praktikum biologi bunga, polen, dan kantung embrio bertujuan untuk:
1. Mengenal dan mempelajari bagian-bagian bunga dan fungsinya.
2. Mengetahui bentuk polen beberapa tanaman.
3. Mempelajari metode pengamatan viabilitas polen.
4. Menghitung viabilitas polen tanaman sampel dan kemampuan polen untuk
berkecambah.
5. Mengamati dan mempelajari sel telur pada tanaman.

Kata kunci: biologi bunga, bunga jantan, bunga betina, polen, kantung embrio

Latar Belakang
Mempelajari biologi bunga sebagai alat reproduksi tanaman memiliki peranan penting
dalam keberhasilan persilangan dalam program pemuliaan tanaman. Secara umum biologi
bunga terdiri dari (Gambar 1):
1. Putik (pistil): organ reproduksi betina
a. Kepala putik (stigma)
b. Tangkai putik (style)
c. Bakal buah (ovary)
2. Benang sari (stamen): organ reproduksi jantan
a. Kepala sari (anther)
b. Tangkai sari (filamen)
3. Mahkota (corolla): helai mahkota disebut petal
4. Kelopak (calyx): helai kelopak disebut sepal
5. Dasar bunga (receptacle)
6. Tangkai bunga (pedicel)

13
 Gambar 1. Struktur bunga

Biologi dan struktur bunga menentukan sistem penyerbukan tanaman yang dapat dibagi
menjadi dua macam yaitu tanaman menyerbuk sendiri (self pollinated plant) dan tanaman
menyerbuk silang (cross pollinated plant). Berdasarkan strukturnya bunga dapat dibagi menjadi
dua yaitu bunga lengkap (perfect flower) dan bunga tidak lengkap (imperfect flower). Bunga
lengkap didefinisikan sebagai bunga yang memiliki dua macam organ reproduksi (putik dan
benang sari) dan dua macam perhiasan bunga (mahkota dan kelopak). Sedangkan bunga tidak
lengkap adalah bunga yang minimal tidak memiliki satu dari keempat bagian pada bunga
lengkap.
Berdasarkan kelengkapan organ reproduksinya, bunga dapat dikelompokkan menjadi:
1. Bunga sempurna: dalam satu bunga terdapat putik dan benang sari, disebut juga
bunga hermaprodit. Contohnya: padi, kedelai, kacang hijau, kacang panjang, cabai,
tomat.
2. Bunga tidak sempurna: dalam satu bunga terdapat salah salah satu putik atau benag
sari saja. Contohnya: jagung, kelapa sawit, salak, pepaya.

Berdasarkan bunga yang dimilikinya, tanaman dapat dibagi menjadi:

1. Monocious : bunga jantan dan bunga betina terdapat pada satu tanaman.
2. Dioecious : bunga jantan dan betina terletak pada tanaman yang berbeda.
3. Andromonoecious : pada satu tanaman terdapat bunga jantan dan bunga hermaprodit.
4. Gynomonoecious : pada satu tanaman terdapat bunga betina dan bunga hermaprodit.
5. Trimonoecious : pada satu tanaman terdapat bunga betina, bunga jantan, dan
bunga hermaprodit.
Polen merupakan pembawa materi ganetik jantan sehingga viabilitas polen (kemampuan
polen untuk hidup, berkembang, dan berkecambah jika berada dalam kondisi yang sesuai)

14
 sangat penting dalam keberhasilan persilangan buatan. Jumlah dan kualitas polen yang
diproduksi oleh bunga merupakan komponen utama yang menentukan keberhasilan
penyerbukan. Kualitas polen biasanya dilihat dari viabilitas polen yaitu proporsi polen yang
viabel terhadap jumlah seluruh polen yang teramati. Peran uji viabilitas polen yaitu untuk
mendapatkan indikasi kemampuan polen dalam menyebarkan sel sperma pada kantung
embrio (embryo sac) selama proses penyerbukan-pembuahan, membantu memantau vigor
polen selama masa penyimpanan, penelitian mengenai interaksi genetik dengan polen,
perbaikan dan perkembangan tanaman serta penelitian mengenai self-incompatibility dan
fertiltas dari polen tersebut.

Gambar 2. Uji viabilitas polen dengan pewarnaan acetocarmin pada tanaman faba bean.
Polen fertil ditandai dengan warna merah penuh sedangkan polen steril berwarna putih.

Cara kerja

1. Pengamatan Biologi Bunga

Bahan
Bunga : padi, tomat, cabai, kakao, pepaya, anggrek, kelapa.

Intruksi kerja
1. Amati morfologi bunga masing-masing jenis tanaman yang digunakan sebagai
preparat praktikum. Gunakan kaca pembesar untuk mengamati bagian-bagian bunga
yang berukuran kecil.
2. Gambar bunga beserta bagian-bagiannya secara lengkap.
3. Identifikasi waktu membuka dan menutup bunga, waktu antesis dan reseptif organ
kelamin bunga, dan tipe penyerbukan bunga berdasar struktur bunganya.
4. Identifikasi pengamatan saudara dengan informasi pustaka rujukan yang relevan.

15
2. Pengamata Polen dan Kantung Embrio
a. Uji Viabilitas Polen : Pewarnaan
Polen dikumpulkan dari bunga yang baru saja mekar dan ditampung dalam
petridish atau wadah yang lain. Polen difiksasi dengan acetic acid ethyl alchohol (1:3
v/v) selama satu jam dan kemudian dimasukkan dalam 70% ethyl alcohol sampai
digunakan. Polen diambil dengan pipet dan diletakkan dalam object glass dan diwarnai
dengan acetocarmin. Polen diamati dibawah mikroskop dengan perbesaran 10× atau
40×. Polen masuk dalam kategori fertil, jika berwarna merah penuh, sedangkan polen
yang tidak viabel berbentuk kisut, lebih kecil dan berwarna putih.
Hitung polen yang viabel dan tidak viabel di lima sampel pemotretan pada posisi
berbeda dari masing-masing object glass. Tentukan persentase polen yang viabel.

b. Uji Viabilitas Polen : Perkecambahan Tabung Polen

Buatlah larutan media perkecambahan polen dengan komposisi: 12% (w/v)
sukrosa; 0,01% (w/v) H3BO3, pH medium diatur sekitar 6,4 dengan penambahan 0,1 M
HCl atau 0,1 M NaOH. Kepadatan polen diatur 1.500 polen/1 ml medium. Kultur polen
diinkubasi dalam ruang bersuhu 25oC di atas shaker dengan kecepatan 100 rpm. Amati
setiap jam untuk mengetahui tahap perkecambahan polen dan ukurlah panjang tabung
polen. Pengamatan dilakukan di bawah mikroskop perbesaran 40×. Rekamlah sebanyak
5 kali pada posisi yang berbeda dari masing- masing obyek.
Hitung polen yang berkecambah di lima sampel pemotretan pada posisi berbeda
dari masing-masing object glass. Ukurlah panjang tabung polen yang terbentuk.

c. Pengamatan Kantung Embrio

Bahan yang digunakan untuk pengamatan embrio adalah tanaman Torenia spp. Untuk
mengamati kantung embrio langkah yang dikerjakan adalah:
1. Pilihlah bunga yang sudah mekar kemudian buang mahkota dan kelopaknya
kemudian letakkan di object glass.
2. Pada object glass ambil pistil kemudian pisahkan ovary (bakal buah) dari style
(tangkai putik). Pada ovary secara perlahan dengan menggunakan jarum
keluarkan ovule.
3. Berikan air di atas ovule tersebut kemudian secara perlahan letakkan kertas tisu
pada air tersebut agar air terserap oleh kertas tisu. Hati-hati jangan sampai ovule
terserap tisu.

16
Kisi-Kisi Pembahasan
 Gambar dan sebutkan bagian-bagian bunga pada tanaman contoh
 Sebutkan tanaman-tanaman yang termasuk dalam kelompok bunga sempurna, bunga
tidak sempurna, bunga lengkap, dan bunga tidak lengkap.
 Jelaskan bagaimana biologi bunga menentukan sistem penyerbukan tanaman.
 Jelaskan pengertian polen dan kantung embrio.
 Jelaskan faktor-faktor yang memengaruhi perkecambahan polen.
 Jelaskan bentuk dan tipe kantung embrio yang diamati.

17
 ACARA IV
PENCANDRAAN TANAMAN

Tujuan
Praktikum pencandraan tanaman bertujuan untuk:
 Mengetahui teknik mencandra beberapa varietas tanaman berdasarkan karakter
morfologinya.
 Mengetahui perbedaan-perbedaan karakter antar varietas dalam satu komoditas
tanaman.

Latar Belakang
Pencandraan adalah teknik penggambaran sifat-sifat tanaman dalam tulisan verbal
yang dapat dilengkapi dengan gambar, data penyebaran, habitat, asal-usul, dan manfaat dari
golongan tanaman yang dimaksud. Pemuliaan tanaman t e r d i r i atas tiga aspek, yaitu
keragaman, seleksi, dan hibridisasi. Salah satu keterampilan khusus bagi pemulia tanaman
adalah pencandraan tanaman. Fungsi pencandraan tanaman antara lain mengidentifikasi
keragaman tanaman yang menjadi dasar untuk melakukan seleksi dalam kegiatan pemuliaan
tanaman, membedakan keragaman pada tingkat spesies, serta sebagai panduan dalam
pengamatan dan identifikasi plasma nutfah dengan berbagai sifat penting.
Pencandraan dilakukan secara visual dengan mengamati penampilan fenotipik
tanaman pada lingkungan tertentu. Faktor penilaian berupa sifat-sifat agronomi, morfologi,
serta kenampakan atau sifat lain yang menjadi penciri dari suatu varietas dengan yang
lainnya. Berbagai bagian tanaman yang dideskripsikan antara lain adalah organ vegetatif
yang mencakup akar, batang, dan daun, serta organ generatif yang mencakup susunan
bunga, buah, serta biji. Deskripsi tanaman merupakan catatan mengenai cara hidup
tanaman, morfologi dan fase-fase tertentu pada kehidupan tanaman yang diperoleh dari
tanaman dan bagian-bagiannya yang teramati. Catatan deskripsi yang diperoleh biasanya
menunjukkan keterangan khusus yang dapat menjadi pembeda antar spesies dalam genus
yang sama.
Biodiversity International adalah badan internasional yang menangani identifikasi dan
konservasi plasma nutfah di dunia. Badan ini sebelumnya bernama The International Board
for Plant Genetic Resources (IBPGR) yang dibentuk pada tahun 1974. Kemudian pada tahun
1993 IBPGR berganti nama menjadi International Plant Genetic Resources Institute (IPGRI)

18
dan dibentuk Biodiversity International pada tahun 2006 sebagai pengganti dari IPGRI. Di
Indonesia, mandat pemberdayaan dan konservasi plasma nutfah diberikan kepada Kementrian
Pertanian melalui Komisi Nasional Sumber Daya Genetik (Komnas SDG) yang dibentuk
pada tahun 2006. Komnas SDG sebelumnya bernama Komisi Nasional Plasma Nuftah.
Salah satu tugas lembaga-lembaga tersebut ialah menyusun panduan karakterisasi
tanaman yang biasanya terdiri dari paspor data dan deskriptor. Paspor data adalah informasi
tentang asal aksesi yang berisi laporan detail tentang lokasi koleksi dan informasi-informasi
lain yang relevan. Sedangkan deskriptor adalah karakteristik yang dapat diidentifikasi dan
diukur guna memfasilitasi klasifikasi, penyimpanan, pemanggilan, dan penggunaan data
(Kartikaningrum et al. 2004). Sebagai contoh desktiptor padi dan tomat yang dikeluarkan
oleh Biodiversity International (Gambar 1).

Gambar 1. Deskriptor pada padi dan tomat.

Penampilan fenotipik tanaman yang dapat diamati dikelompokan menjadi karakter

kualitatif dan kuantitatif. Karakter-karakter ini dibedakan berdasarkan jenis pengamatan,
jumlah gen yang mengendalikan, dan besarnya pengaruh lingkungan. Pengamatan pada
karakter kualitatif berdasarkan skala tertentu sedangkan pada karakter kualitatif berdasarkan
satuan besaran tertentu. Karakter kualitatif dikendalikan oleh satu atau beberapa gen utama
yang ekspresinya hampir tidak dipengaruhi oleh lingkungan, sedangkang karakter kuantitatif
dikendalikan oleh banyak gen minor yang sangat dipengaruhi oleh faktor lingkungan. Contoh
karakter kualitatif adalah warna dan bentuk baik pada daun, buah, maupun batang. Contoh
karakter kuantitatif adalah tinggi tanaman, bobot buah, bobot biji per tanaman.

19
Cara Kerja

Bahan Tanaman
Bahan tanaman yang digunakan adalah padi, jagung, cabai, dan tomat.
Kegiatan
Mahasiswa mengamati karakter kualitatif dan kuantitatif berdasarkan deskriptor yang
dikeluarkan oleh Biodiversity International (IBPGR, IPGRI) atau Komnas SDG.

Padi
 Karakter kualitatif
1. Sudut kemiringan daun bendera
2. Bentuk malai padi
 Karakter Kuantitatif
1. Tinggi tanaman
2. Jumlah anakan
3. Jumlah anakan produktif
Jagung
 Karakter kualitatif
1. Warna batang
2. Susunan biji pada tongkol
3. Warna biji
 Karakter Kuantitatif
1. Tinggi tanaman
2. Jumlah daun
3. Panjang tongkol
Cabai
 Karakter kualitatif
1. Bentuk daun
2. Warna batang
3. Posisi bunga
 Karakter Kuantitatif
1. Tinggi tanaman
2. Panjang buah
3. Bobot buah

20
Tomat
 Karakter kualitatif
1. Tipe daun
2. Bentuk buah
 Karakter Kuantitatif
1. Tinggi tanaman
2. Panjang buah
3. Diameter buah
4. Bobot buah
Kacang Tunggak
 Karakter kualitatif
1. Bentuk daun
2. Warna batang
3. Warna daun
 Karakter Kuantitatif
1. Tinggi tanaman
2. Panjang polong

Kisi-kisi Pembahasan

 Jelaskan pengertian pencandraan tanaman.

 Jelaskan arti penting pencandraan pada manajemen sumber daya genetik dan
pemuliaan.
 Sebutkan perbedaan karakter kualitatif dan kuantitatif.
 Sebutkan karakter kualitatif dan kuantitatif yang membedakan antar varietas dalam
satu jenis tanaman

21
Daftar Pustaka

Bioversity International, IRRI, and WARDA. 2007. Descriptors for wild and cultivated
rice (Oryza spp.). Bioversity International, Rome, Italy; International Rice Research
Institute, Los Banos, Philippines; WARDA, Africa Rice Center, Cotonou, Benin.
IBPGR, 1991. Descriptors for Maize. International Maize and Wheat Improvement Center,
Mexico City/International Board for Plant Genetic Resources, Rome
IPGRI. Descriptors for tomato (Lycopersicon spp.).
IPGRI, AVRDC, and CATIE. 1995. Descriptors for Capsicum (Capsicum spp.).
International Plant Genetic Resources Institute, Rome, Italy; the Asian Vegetable
Research and Development Center, Taipei, Taiwan, and the Centro Agronómico
Tropical de Investigación y Enseñanza, Turrialba, Costa Rica.
Kartikaningrum, S., D. Widiastoety, dan K. Effendie. 2004. Panduan Pencandraan
Tanaman Hias: Anggrek dan Anthurium. Departemen Pertanian Badan Penelitian
dan Pengembangan Pertanian Komisi Nasional Plasma Nutfah. Bogor

22
 ACARA V
PERSILANGAN TANAMAN

Tujuan
Praktikum persilangan tanaman bertujuan untuk mengetahui teknik kastrasi dan hibridisasi
serta aplikasinya di lapangan.

Kata Kunci: hibridisasi, jagung, terong, selft-pollinated, cross-pollinated.

Latar Belakang
Pemuliaan tanaman merupakan salah satu kegiatan dalam bidang pertanian yang fokus
pada memanipulasi dan memperbaiki kualitas tanaman agar menjadi tanaman unggul yang
memiliki banyak manfaat untuk manusia. Pemuliaan tanaman juga merupakan ilmu dan seni
yang diterapkan dalam perakitan susunan genetik tanaman. Kegiatan pemuliaan mencakup
tiga pilar yang menyusunnya, yaitu keragaman, seleksi, dan hibridisasi. Keragaman genetik
dapat diperoleh dengan beberapa cara, diantaranya yaitu; hibridisasi, mutasi, poliploidisasi,
fusi sel, dan transformasi genetik. melakukan persilangan/ hibridisasi.
Hibridisasi merupakan cara yang paling konvensional dan yang paling banyak
digunakan. Hibridisasi dilakukan dengan menyilangkan dua organisme dengan susunan
genetik yang berbeda sehingga dapat diperoleh keturunan yang memiliki rekombinasi sifat
tetua-tetuanya. Setiap tanaman memiliki prosedur hibridisasi yang berbeda, tergantung sifat
biologi bunganya.
Tanaman autogami atau tanaman berpenyerbuk sendiri merupakan tanaman yang secara
alami melakukan penyerbukan sendiri dengan proporsi keturunannya yang merupakan hasil
penyerbukan sendiri lebih dari 95 %. Tanaman autogami memiliki bunga sempurna, yaitu
bunga yang memiliki alat kelamin jantan (benang sari) dan kelamin betina (putik) sekaligus,
serta didukung dengan struktur morfologi yang mendorong terjadinya penyerbukan sendiri
seperti memiliki mahkota yang menutupi kelamin jantan dan betina. Apabila posisi kepala
putik lebih rendah dan dikelilingi oleh benang sari, maka penyerbukan akan terjadi ketika
bunga mekar karena kepala putik akan menerobos benang sari dan mengakibatkan serbuk sari
mengenai permukaan kepala putik
Tanaman allogami merupakan tanaman yang secara alami melakukan penyerbukan
silang. Hal-hal yang menyebabkan tanaman allogami lebih sering melakukan penyerbukan
silang di antaranya adalah apabila tanaman tersebut hanya memiliki satu alat kelamin saja
atau berumah dua (dioceous), sehingga diperlukan tanaman lain dengan alat kelamin lawan
23
jenisnya untuk menyerbuki atau diserbuki, memiliki struktur alat kelamin yang sedemikian
rupa yang mendukung penyerbukan silang sebagai contoh perbedaan waktu antesis dan
reseptif, atau apabila terdapat self-incompatibility pada bunga tanaman tersebut yang tidak
memungkinkannya melakukan penyerbukan sendiri. Persilangan sendiri secara terus menerus
pada tanaman allogami berpotensi besar menyebabkan terakumulasinya alel-alel resesif
sehingga vigor tanaman menurun atau disebut inbreeding depression. Sementara itu,
pemuliaan tanaman allogami banyak diarahkan untuk pembentukan kultivar hibrida, yaitu F1
dari hasil persilangan dua atau lebih tetua yang memiliki latar genotipe berbeda.
Overdominansi yang terjadi pada kultivar hibrida akan menyebabkan F1 memiliki sifat yang
lebih baik dibandingkan dengan tetuanya atau disebut heterosis.
Praktikum ini akan dilakukan persilangan dengan menggunakan tanaman jagung dan
solanaceae. Terong termasuk famili Solanaceae, genus Solanum. Bunga terong merupakan
bunga hermaprodit atau lebih dikenal dengan bunga berkelamin dua, dalam satu bunga
terdapat alat kelamin jantan dan betina (benang sari dan putik), sehingga secara umum
akan terjadi penyerbukan sendiri pada bunga terong. Jika ingin dilakukan persilangan dengan
bunga lain atau untuk menghindari persilangan yang tidak diinginkan (outcrossing), maka
perlu dilakukan kastrasi dan emaskulasi. Kastrasi adalah membersihkan bagian tanaman yang
ada di sekitar bunga yang akan diemaskulasi dari kotoran, serangga, serta mahkota, dan bila
perlu, kelopak. Emaskulasi adalah penghilangan kelamin jantan sehingga tidak dapat
menyerbuki putiknya sendiri. Emaskulasi sebaiknya dilakukan sebelum bunga mekar untuk
menjamin agar putik benar-benar belum terjadi outcrossing. Selanjutnya, bunga yang sudah
diemaskulasi agar diisolasi dengan menutupinya dari lingkungan luar agar tidak terserbuki
oleh polen yang didatangkan angin, serangga, atau agen polinasi lainnya hingga waktunya
akan diserbuki dengan polen dari bunga jantan yang diinginkan.

Manfaat hibridisasi dalam pemuliaan tanaman:

1. Mengumpulkan sifat baik tetua pada keturunannya.
2. Memperoleh keturunan dengan sifat yang lebih baik dari tetuanya (hybrid vigor atau
heterosis).
3. Menghindari kemandulan akibat self-sterility atau self-incompatibility.
4. Menghasilkan keragaman secara lebih efektif.
5. Menghindarkan terjadinya kemunduran akibat inbreeding (inbreeding depression).

24
Cara kerja
Alat
Pinset dan forcep hibridisasi, jarum preparat, loupe, vacuum emasculator, pentil sepeda,
kantong kertas, label, tabung air panas, kuas pengumpul tepung sari, grunting.

Bahan
Tanaman yang sedang berbunga dan siap dilakukan penyerbukan.

 Jagung
1. Pilih tanaman yang akan diserbuki sendiri dan disilangkan.
2. Tongkol ditutup dengan kantong dari kantong plastik putih (glassine bag) sebelum
rambut keluar dari ujung tongkol.
3. Setelah semua rambut-rambut muncul, bunga jantan (tassel) dibungkus dengan
kantong yang kuat (tassel bag) untuk mengumpulkan tepung sari. Untuk
persilangan digunakan tepung sari dari tanaman yang lain.
4. Keesokan harinya kantong yang telah berisi tepung sari diambil dengan hati-hati
dan digunakan untuk menyerbuki tongkol yang sudah siap menerima tepung sari
(reseptif).
5. Apabila rambut sudah terlalu panjang dapat dipotong dengan pisau/gunting agar
rata, kemudian tepung sari ditaburkan di atas permukaan potongan rambut
tersebut.
6. Kantong ditutupkan kembali pada tongkol yang telah diserbuki, diberi klip dan
label persilangan yang dibuat.
Pada waktu melakukan persilangan, tangan supaya bersih dari tepung sari
tanaman lain agar tidak terjadi penyerbukan oleh tepung sari asing yang tidak
dikehendaki.
 Solanaceae
1. Pembungaan tanaman solanaceae biasanya dimulai 6 sampai 8 minggu setelah
bibit dipindah ke pertanaman.
2. Dipilih bunga yang akan mekar pagi hari berikutnya.
3. Buang semua benang sari menggunakan pinset. Pengambilan benang sari harus
hati-hati agar tidak merusak putik.
4. Bungkus bunga yang telah dikastrasi dengan kantong kertas.

25
 5. Kumpulkan kepala sari dari tanaman lain, tusuk dengan jarum agar pecah,
kumpulkan tepung sarinya, kemudian taburkan (lekatkan) di atas kepala putik
yang telah masak (ditandai oleh kemilau bila terkena cahaya/matahari).
6. Bunga yang telah diserbuki dibungkus kembali dan diberi label persilangan.

Kisi-Kisi Pembahasan
 Tujuan dan manfaat persilangan
 Tipe penyerbukan tanaman dan hubungannya dengan teknik persilangan
 Tipe penyerbukan tanaman yang sudah disilangkan beserta teknik persilangannya
 Tujuan persilangan tanaman yang digunakan dan manfaatnya untuk kegiatan
pemuliaan tanaman.
 Contoh penelitian terbaru yang berkaitan dengan persilangan pada tanaman yang
dilakukan.

Daftar Pustaka
Acquaah, G. 2007. Principle of plant genetics and breeding. 1st ed. Blackwell Publishing.
Australia.
Bhandari, M. M. 1979. Practical in Plant Breeding 2nd ed. Oxford & tBH Publishing Co.
New Delhi. Chandraratna, M. F. 1964. Genetics and Breeding of Rice.
Halloran G. M., R. Knight, K. S. McWhirter, and D. H. B. Sparrow. 1979. A Course Manual
in Plant Breeding. Australian Vice-Chancellors' Committee, Brisbane.

26
 ACARA VI
ISOLASI DNA TANAMAN
Tujuan

Praktikum isolasi DNA tanaman bertujuan untuk:

1. Mengenalkan konsep dasar isolasi DNA dari jaringan tanaman
2. Melakukan isolasi DNA tanaman menggunakan beberapa metode
3. Melakukan pengukuran kuantitas dan kualitas DNA yang telah diisolasi

Latar belakang
Tujuan utama kegiatan pertanian adalah memaksimalkan pertumbuhan dan
perkembangan mahluk hidup, terutama tanaman, sehingga dapat memberikan manfaat yang
semaksimal mungkin. Salah satu jalan yang dapat ditempuh adalah melalui penggunaan
kultivar unggul sebagai bahan tanam. Kultivar unggul dihasilkan dari penggabungan karakter
yang menguntungkan dari beberapa tetua melalui persilangan buatan yang diikuti dengan
seleksi. Sifat pada mahluk hidup dikendalikan oleh suatu unit yang disebut sebagai gen.
Dalam perkembangannya, diketahui bahwa gen terdiri dari molekul yang bernama Deoxyribo
Nucleic Acid (DNA). DNA merupakan unit pewarisan sifat dan materi genetik berisi
seperangkat informasi mengenai fungsi seluler yang akan menentukan arah pertumbuhan,
perkembangan, dan reproduksi pada sebagian besar mahluk hidup.
DNA terdiri dari 3 komponen utama, yaitu basa nitrogen, gula deoksiribosa, dan
gugus fosfat. Informasi yang disimpan oleh DNA disusun oleh empat macam basa nitrogen
yaitu adenin (A), guanin (G), sitosin (C), dan timin (T). Meski hanya terdiri dari 4 macam,
urutan dan struktur dari basa DNA sangatlah bervariasi pada mahluk hidup, sehingga terdapat
keragaman yang tinggi baik pada organisme yang berbeda maupun pada organisme yang
sama. Basa DNA berpasangan antara satu dengan yang lainnya, yaitu A dengan T dan G
dengan C sehingga membentuk unit berupa pasangan basa (base pair). Setiap basa terikat
dengan gula deoksiribosa dan gugus fosfat yang membentuk unit baru bernama nukleotida.
Nukleotida tersusun dalam bentuk untaian ganda yang membentuk struktur bernama double
helix. DNA pada tanaman tingkat tinggi terletak pada dua lokasi, yaitu di dalam dan di luar
inti sel. Mayoritas DNA tanaman terletak pada inti sel sedangkan sebagian lainnya terletak
pada organela lain di luar inti sel, yaitu mitokondria dan kloroplas.
Kemajuan bioteknologi memungkinkan peneliti untuk mengembangkan alat berbasis
DNA, rekayasa genetik, dan editing genom pada tanaman. Sebelum dapat melakukan hal

27
tersebut, DNA harus dapat diisolasi dari jaringan tanaman. Jaringan tanaman terdiri dari
berbagai macam polisakarida, selulosa, protein, lipida, dan senyawa lainnya. Uniknya, sel
pada tanaman memiliki dinding (cell wall) yang tidak dimiliki oleh sel hewan. Hal tersebut
memberikan konsekuensi terhadap metode isolasi DNA tanaman. Secara umum terdapat 4
prinsip dasar isolasi DNA tanaman, yaitu pemecahan sel (lisis), pemisahan DNA dengan
jaringan yang telah dihancurkan, presipitasi, dan purifikasi (opsional).
Pemecahan sel pada jaringan dapat dilakukan dengan beberapa cara, diantaranya
adalah dehidrasi jaringan menggunakan nitrogen cair, mekanis melalui penggerusan, dan
kimiawi dengan menggunakan senyawa kimia dan deterjen. Deterjen yang umum digunakan
adalah Sodium Dodecyl Sulphate/SDS atau Cetyl Trimethyl Ammonium Bromide/CTAB).
Selanjutnya dilakukan pemisahan antara DNA dengan jaringan yang telah dihancurkan
menggunakan senyawa organik seperti fenol atau kloroform, tahap ini dibantu dengan proses
sentrifugasi. Presipitasi dilakukan menggunakan etanol absolut atau isopropanol untuk
mengendapkan DNA yang telah dipisahkan dari jaringan yang telah dihancurkan. Isolasi
diakhiri dengan proses purifikasi untuk mendegradasi Riboxy Nucleic Acid (RNA)
menggunakan RNAse.
DNA yang telah diisolasi perlu diukur kuantitas dan kualitasnya sebelum dapat
digunakan untuk keperluan yang lebih lanjut. Pengukuran kuantitas dan kualitas DNA dapat
dilakukan melalui berbagai cara seperti absorbansi, fluorsensi, dan elektroforesis. Salah satu
adalah metode yang umum digunakan adalah absorbansi menggunakan spektrofotometer.
Molekul DNA menyerap gelombang dengan panjang 260 nanometer (A260), sehingga
kuantitasnya dapat diukur. Senyawa lain yang turut serta selama proses isolasi seperti protein
umumnya menyerap gelombang dengan panjang 280 nanometer (A280). Dengan demikian,
kemurnian DNA dapat diukur melalui penghitungan rasio A260/A280. DNA dengan kemurnian
yang baik dikatakan memiliki nilai rasio A260/A280 yang berkisar antara 1.7-2.0.

Cara Kerja
Isolasi DNA secara sederhana
Metode isolasi DNA secara sederhana dilakukan dengan menggunakan bahan-bahan
yang udah ditemui yaitu garam dapur dan sabun cuci piring. Bahan yang digunakan adalah
buah stroberi, mangga, dan papaya, garam dapur, tidak beryodium), alcohol (etanol atau
isopropanol), sabun cuci piring, dan aquadestilata. Alat yang digunakan adalah plastik klip,
gelas beker, dan kertas saring. Cara kerja isolasi DNA secara sederhana adalah sebagai
berikut:

28
 1. Buah (kondisi dingin lebih baik) dengan jumlah yang mencukupi dimasukkan
kedalam plastik klip. Haluskan buah dengan hati-hati tanpa merusak plastik.
2. Larutan lisis dibuat dengan melarutkan sabun cuci piring (2 sendok teh) dan garam (1
sendok teh) pada 100 ml aquadestilata.
3. Larutan lisis yang telah dibuat dimasukan ke dalam plastik berisi buah yang telah
dihaluskan. Plastik ditekan supaya buah halus dan larutan lisis tercampur dengan
sempurna. Lakukan dengan hati-hati supaya tidak muncul gelembung plastik.
4. Isi plastik dituangkan ke gelas beker yang telah diberi kertas saring di atasnya.
Lakukan dengan hati-hati sehingga kotoran tidak ikut masuk ke dalam gelas beker.
5. Alkohol dingin ditambahkan ke dalam gelas beker yang telah berisi hasil saringan
pada tahap sebelumnya. Lakukan hingga terjadi pemisahan materi pada gelas beker.
6. DNA akan mengendap di atas permukaan gelas beker.

Isolasi DNA secara cepat

Penelitian pada tingkat DNA di bidang pertanian seringkali melibatkan sampel dalam
jumlah banyak. Selain sampel yang berjumlah banyak, kualitas dan kuantitas DNA yang
diisolasi harus memenuhi syarat tertentu. Metode isolasi DNA secara sederhana atau
konvensional seringkali tidak dapat memenuhi kebutuhan tersebut. Guna mengatasi hal
tersebut, saat ini terdapat perangkat cepat atau kit yang dapat digunakan untuk mengisolasi
DNA pada sampel berjumlah banyak dengan kualitas dan kuantitas yang terjamin. Sampel
yang akan diisolasi pada sub acara ini adalah daun tanaman. Dalam praktikum kali ini akan
digunakan kit dari produsen ThermofisherTM untuk melakukan isolasi DNA secara cepat.
Cara kerja penggunaan kit DNA adalah sebagai berikut:

1. Sampel berupa daun basah (diambil dari daun muda yang telah tumbuh membuka
sempurna) ditimbang sebanyak ± 0.1 g dan dimasukan ke dalam micro tube (kapasitas
1.5 ml). Catatan: alat potong yang digunakan harus dicuci menggunakan alkohol jika
akan digunakan untuk memotong sampel yang lain.
2. Dua butir gotri dan buffer lisis A sebanyak 350 µL dimasukkan ke dalam micro tube
berisi sampel daun. Microtube diletakkan pada mesin penggerus (grinder) selama 20
detik sebanyak 2 kali.
3. Setelah proses penggerusan selesai, gotri dikeluarkan dari microtube. Buffer lisis B
sebanyak 50 µL dan RNAse sebanyak 20 µL dimasukkan ke dalam microtube untuk
di-vortex selama ± 1 menit.

29
4. Larutan diinkubasi pada suhu 65 °C selama 10 menit pada waterbath. Setelah selesai,
diamkan selama 2 menit. Precipitation solution sebanyak 130 µL ditambahkan ke
dalam microtube dan dibolak-balik selama 2 hingga 3 kali.
5. Larutan diinkubasi selama ± menit pada lemari pendingin dengan suhu ± 20 °C.
6. Larutan disentrifugasi selama 5 menit pada kecepatan 14000 rotasi per menit (rpm).
7. Larutan bening pada bagian atas (supernatant) yang terpisah diambil sebanyak 400
µL dan dipindahkan ke dalam microtube 1.5 ml yang baru.
8. Binding solution dan etanol absolut (96 %) masing-masing sebanyak 400 µL
ditambahkan ke dalam microtube dan di-vortex selama 1 menit.
9. Campuran larutan yang telah ter-vortex diambil sebanyak 600 µL dan dimasukkan
pada filter column (terdiri dari 2 bagian, yaitu spin dan collection tube) dilanjutkan
dengan sentrifugasi selama 1 menit pada kecepatan 8000 rpm.
10. Larutan yang terdapat pada collection tube dibuang, tahap 8 dan 9 diulang kembali
pada 600 µL campuran larutan yang tersisa pada micro tube 1.5 ml menggunakan
filter column yang sama.
11. Endapan DNA pada filter column dicuci menggunakan wash buffer 1 sebanyak 500
µL, sentrifugasi selama 1 menit pada kecepatan 10000 rpm dan larutan dibuang pada
collection tube.
12. Larutan wash buffer 2 ditambahkan sebanyak 500 µL dan disentrifugasi selama 3
menit pada kecepatan 10000 rpm, buang larutan pada collection tube.
13. Sentrifugasi dilakukan selama 1 menit pada 14000 rpm untuk mengeringkan filter
column.
14. Spin column dipindahkan pada microtube 1.5 ml baru yang baru dan ditambahkan
larutan elution buffer sebanyak 100 µL pada bagian tengah filter.
15. Larutan diinkubasi pada suhu ruang selama 5 menit dan kemudian disentrifugasi
selama 1 menit pada kecepatan 1000 rpm.
16. Larutan DNA disimpan pada suhu 4 °C atau -20 °C untuk penyimpanan jangka
panjang.

Instruksi Kerja
1. Lakukan isolasi DNA menggunakan dua metode, yaitu cara sederhana dan cepat
menggunakan kit.
2. Lakukan pengukuran kualitas dan kuantitas DNA menggunakan spektrofotometri.

30
Kisi-kisi pembahasan
 Prinsip umum isolasi DNA dari jaringan tanaman, perbedaannya dengan jaringan
hewan.
 Bandingkan dua metode isolasi DNA yang dilakukan pada praktikum ini,
sebutkan dan jelaskan kelebihan serta kekurangannya secara singkat dan jelas.
 Sebutkan fungsi bahan-bahan seperti sabun cuci, garam, dan alkohol dalam
metode isolasi DNA secara sederhana.
 Bahas mengenai kualitas dan kuantitas DNA yang didapatkan dari kedua metode
isolasi, sebutkan faktor-faktor yang mempengaruhinya.

31
 ASISTEN PRAKTIKUM

A1 A2 A3 A4 A5
Galih Mufi G Alka Arisma Ayu Widya Hanifah Luthfi Galih Mufi G
Febriana Indah Aminatul A Sri Wulandary Alfain Nisa H Ginanjar P
Aslam Jauhari Aslam Jauhari Idayatul Hanifa Aulia Hasanah Verra Ferdiana

B1 B2 B3 B4 B5
Febriana Indah Junita Solin Ayu Widya Monica Shinta Ginanjar P
Monica Shinta Sri Wulandary Aulia Hasanah Idayatul Hanifa Farida Muthia
Aminatul A Bagus Kresna Farida Muthia Alfain Nisa Alka Arisma

DAFTAR TANAMAN
A1 A2 A3 A4 A5
- Kacang Panjang - Tomat Mawar - Kacang Panjang - Cabai Bara - Kacang Panjang
Fagiola - Tomat Intan Fagiola - Cabai Ungara Fagiola
- Kacang Panjang - Cabai Wijaya - Kacang Panjang - Kacang Panjang - Kacang Panjang
Kanton Tavi - Cabai Ungara Kanton Tavi Fagiola Kanton Tavi
- Tomat Mawar - Cabai Ungara - Kacang Panjang - Tomat Mawar
- Tomat Intan - Cabai Dewata Kanton Tavi - Tomat Intan
B1 B2 B3 B4 B5
- Tomat Intan - Kacang Panjang - Cabai Bara - Tomat Intan - Kacang Panjang
- Tomat Mawar Fagiola - Cabai Wijaya - Tomat Mawar Fagiola
- Cabai Ungara - Kacang Panjang - Kacang Panjang - Cabai Dewata - Kacang Panjang
- Cabai Dewata Kanton Tavi Fagiola - Cabai Ungara Kanton Tavi
- Cabai Wijaya - Kacang Panjang - Cabai Ungara
- Cabai Dewata Kanton Tavi - Cabai Bara

32