Desain Laboratorium PCR

dr. Ridha Wahyutomo SpMK

Konsep Clean Room
 Cleanroom
• Cleanroom adalah ruang dan lingkungan yang terkendali
dengan ketat dan memiliki tingkat rendah polutan lingkungan
seperti debu, mikroorganisme di udara, partikel aerosol dan uap
kimia.
1889 1890 1930
Penerapan
Tinjauan Umum Laboratorium
Merupakan fasilitas kerja untuk melakukan pemeriksaan dan
penyelidikan ilmiah.
Letak adalah di lantai dasar, berdekatan dengan IGD dan
radiologi.
Mudah dijangkau dari poliklinik dan IRNA.
Jika ada lab cito dan IRJA serta Bank Darah maka hendaknya
tidak terlalu jauh sehingga menjadi satu kompleks lab.
Semua ruang harus ada pencahayaan dan ventilasi.
Menurut fungsi, secara garis besar ruangan dibagi menjadi:
Ruang penerimaan sampel
Ruang pemeriksaan
Ruang administrasi dan pengolahan hasil
Udara laboratorium harus segera dibuang atau ada aliran
buangan.
Ada ruang penunjang seperti ruang reagensia
Ruang cuci dan pembuangan sisa bahan pemeriksaan
Aliran listrik cukup dan stabil.
Pengadaan air bersih.
Ruang penerimaan specimen terpisah agar tidak kontaminasi.
Ada APAR
Tersedia bak cuci tangan.
Lantai
Dinding
Dinding yang bersifat
modular, memiliki panel
pengunci dengan sendi-
sendi penghubung yang
ditutup sela-selanya
mempergunakan epoxy.
Seluruh permukaan
dapat dibersihkan dan
didisinfeksi.
Plafon
Kuat Terang dan Tinggi
2,7 m
Laboratorium PCR
• Tujuan mempertimbangkan desain, lokasi, dan
penempatan PCR di area khusus bertujuan
untuk menghindari kontaminasi hasil PCR yang
telah dilakukan sebelumnya terhadap reaksi
PCR yang sedang berlangsung. Atau
kontaminasi dari molekul kloning dan
kontaminasi dari sampel lain.
persiapan daerah daerah
sampel pra PCR PCR
 RUANG PERSIAPAN SAMPEL
Ruangan khusus yang digunakan untuk
persiapan sampel saja.
 RUANG PRA PCR

Mempersiapkan sampel PCR atau mix

master PCR, primer dan kontrol.
 RUANG PCR

Terdiri atas ruang real time PCR, ruang

amplifikasi dan ruang post PCR untuk
menganalisa dan menginterpretasi hasil
PCR.
 Koridor Penghubung

Ruang
Clean Room Master Mix PCR
Persiapan
Persiapan + Ruang Analisis
Sampel Sampel
Reagen (Electrophoresis)
(BSC-2)
(BSC-1)

ARAH SAMPEL DAN PERGERAKAN STAF ATAU PEKERJA

Contoh LayOut Laboratorium PCR Flu Burung di Litbangkes
Work place for Post-PCR
Work place for Pre-PCR

Centri Autoc Frid Sink Sink Thermal cycler

Scale Camera
Storage fuge lave ge (3+1)
Reagents preparation
Thermal
cycler
RNA preparation Frid
Safety for real- Sink Electrophoresis
ge
Cabinet time chamber
Freezer PCR
(-20C) (1+1)

Freezer Mixing of master

(-80C) Freezer
Anteroom (-80C)
mix with positive Microwave
control oven

Amplification Detection

Mixing of master mix Safety Computer

with sample solution Cabinet Freezer
(-20C)
Change shoes
Fridge
Fridge Here!!

Corridor
 Kebutuhan Lab PCR

- Biosafety Cabinet II- Micropipet 2ul, 10ul,

200ul, 1000ul- Vortex- Freezer -70°c- Kulkas-
UV Lamp- Ruangan tekanan negatif EKSTRAKSI

- PCR Cabinet dengan sinar UV- Micropipet 2ul, 10ul, 200ul,

1000ul- Vortex- Freezer -70°c- Kulkas - Microcentrifuge 13000g-
PREPARATION
UV Lamp- Ruangan tekanan positif

- Alat Real Time PCR- PCR Plate- Kulkas- PCR ROOM

UV Lamp- Ruangan tekanan negatif
https://www.who.int/do
cs/default-
source/coronaviruse/p
eiris-protocol-16-1-
20.pdf?sfvrsn=af1aac7
3_4
Molecular Testing
RT-PCR SARS CoV 2
 Menggunakan minimal 2 target gen spesifik untuk SARS CoV 2 yang berbeda
(multiplex) + kontrol + reagen ekstraksi (manual)
 Gene
 E (Envelope) E
 N (Nucleocapsid) N, N1,N2
 Orf (open reading frame) Orf1, orf1ab, orf1a, orf1b, RdRp
 Gen E umumnya digunakan untuk skrining sedangkan gen N dan orf untuk
konfirmasi.
Interpretasi
Ct Value Hasil
≤40 Terdeteksi
>40 Tidak terdeteksi

• CT (Cycle Threshold):
akumulasi sinyal fluorescens
(jumlah siklus yang diperlukan
agar sinyal fluorescens dpt
melewati ambang
• Nilai CT berbanding terbalik
dengan load virus
• Dengan cut off 40 siklus:
Semakin mendekati 40,
semakin rendah load kuman
TCM GeneXpert
TCM GeneXpert
PCR PRAKTIS
iiPCR
Hasi iiPCR
Avian Influenza Regional Lab, January-March 2011
TERIMA KASIH
081392735964