Habitat alami selalu mengandung sejumlah faktor yang berbeda yang akan
mengakibatkan perubahan kehidupan mikrobe akuatik. Konsentrasi nutrien
tertentu dan substansi aktif yang terlalu rendah atau terlalu tinggi; demikian juga
nilai pH dan temperatur. Sejumlah mikrobe akuatik hanya dapat hidup di bawah
rentang dari pH dan temperatur, dengan rentang optimal yang terbatas.
a. Cahaya
Cahaya merupakan faktor ekologik penting baik dalam air maupun darat. Intensitas
cahaya tertentu yang dapat menembus kedalaman air. Misalnya, pada Laut Utara,
intensitas cahaya pada kedalaman 20 m hanya lebih kurang 1% pada permukaan,
sementara itu pada Laut Mediteriania masih berkisar lebih kurang 7,5%. Hal ini
tergantung oleh derajat turbiditas air, masih ditemukan kehidupan biologik aktif di
kedalaman 10-100 m, dan pada beberapa tempat di bawah 200 m. Indikasinya yang
sering di temukan adalah masih ada pertumbuhan alga. Hal tersebut dapat diukur
secara akurat dengan apa yang dinamakan tingkat kompensasi, dimana kuantitas
cahaya yang teergantikan oleh proses asimilasi dan respirasi tumbuhan hijau.
Tingkat kompensasi dapat di tentukan dengan cara menempatkan kultur alga
dalam botol selama 24 jam dengan variasi kedalaman yang berbeda beda di dalam
air.
Sejumlah kecil bakteri fotoototrof, misalnya bakteri hijau dan bakteri ungu
menggunakan energi dengan cara mereduksi CO2. Tetapi organisme anaerob tidak
mampu mendissosiasi H2O dengan menggunakan berbagai macam senyawa
organik, misalnya hidrogen donor. Hal demikian juga terjadi pada bakteri yang
dapat tumbuh di semua kondisis air anaerobik dimana masih didapatkan cahya
untuk menjaga keseimbangan fotosintesis dengan baik. Bila radiasi sinar matahari
tinggi, bakteri hijau dan bakteri ungu kemampuan mendekati permukaan menjadi
lebih sedikit.
Efek merusak cahaya menjadi lebih kuat terutama pada bakteri-bakteri yang tak
berpigmen. Tidak hanya cahaya ultraviolet yang memiliki efek demikian, tetapi
dalam jangka waktu lama juga dapat disebabkan oleh panjang gelombang cahaya
tampak. Bagian cahaya biru memiliki panjang gelombang 366-436 nm menghambat
oksidasi nitrit oleh bakteri Nitrobacter winogradskyi. Batas terbawah garis
penghambat pada 200-300 lux. Cahaya merah juga memiliki efek menghambat
mikrobe. Sebagai tambahan, bakteri Micrococcus denitrificans menjadi inaktif dan
akhirnya mati oleh cahaya. Telah ditemukan kerusakan sitokrom pada bakteri
Nitrosomonas europaea dan Nitrobacter winogradskyi oleh cahaya. Nitrobacter
terbunuh dengan 54.000 lux setelah 4 jam, tetapi Nitrosomonas setelah
memerlukan waktu 24 jam. Micrococcus denitrificans akan menagalami kerusakan
dengan intensitas cahaya 58.000 lux selama 24 jam. Dalam berbagai eksperimen
ditemukan bahwa 99% bakteri terbunuh setelah 16 jam oleh iluminasi. Sehingga
dalam hal ini dapat disimpulkan bahwa sensitivitas cahaya pada berbagai spesies
berbeda-beda.
b. Temperatur
Semua mikroorganisme dalam proses kehidupannya dipengaruhi oleh temperatur.
Bakteri, Cyanophyta, dan fungi dapat tumbuh hanya pada suatu batas rentang
temperatur -10 sampai dengan +90 C. Pada rentang tersebut temperatur
mempengaruhi laju pertumbuhan, kebutuhan nutrisi, enzimatik, dan komposisi
kimiawi dalam sel. Biosintesis kadang-kadang lebih rendah titik optimumnya
daripada bioenergitika. Pada kasus-kasus tertentu temperatur optimum lebih dekat
temperatur maksimum daripada temperatur minimum.