Pencemaran bahan awal atau produk oleh bahan atau produk lain harus dihindarkan. Risiko
pencemaran silang ini dapat timbul akibat tidak terkendalinya debu, gas, uap, percikan atau
organism dari bahan atau produk yang sedang diproses, dari sisa yang tertinggal pada alat dan
pakaian kerja operator. Tingkat risiko pencemaran ini tergantung dari jenis pencemar dan
produk yang tercemar. Di antara pencemar yang paling berbahaya adalah bahan yang dapat
menimbulkan sensitisasi kuat, preparat biologis yang mengandung mikroba hidup, hormon
tertentu, bahan sitotoksik, dan bahan lain berpotensi tinggi. Produk yang paling terpengaruh
oleh pencemaran adalah sediaan parenteral, sediaan yang diberikan dalam dosis besar
dan/atau sediaan yang diberikan dalam jangka waktu yang panjang.
Tiap tahap proses, produk dan bahan hendaklah dilindungi terhadap pencemaran mikroba dan
pencemaran lain. Tindakan pencegahan terhadap pencemaran silang dan efektifitasnya
hendaklah diperiksa secara berkala sesuai prosedur yang ditetapkan. Pencemaran silang
hendaklah dihindari dengan tindakan teknis atau pengaturan yang tepat, misalnya:
1. produksi di dalam gedung terpisah (diperlukan untuk produk seperti penisilin, hormon
seks, sitotoksik tertentu, vaksin hidup, dan sediaan yang mengandung bakteri hidup dan
produk biologi lain serta produk darah).
2. tersedia ruang penyangga udara dan penghisap udara.
3. memperkecil risiko pencemaran yang disebabkan oleh udara yang disirkulasi ulang
atau masuknya udara yang tidak diolah atau udara yang diolah secara tidak memadai.
4. memakai pakaian pelindung yang sesuai di area di mana produk yang berisiko tinggi
terhadap pencemaran silang diproses.
5. melaksanakan prosedur pembersihan dan dekontaminasi yang terbukti efektif, karena
pembersihan alat yang tidak efektif umumnya merupakan sumber pencemaran silang.
6. menggunakan sistem self-contained.
7. pengujian residu dan menggunakan label status kebersihan pada alat.