Organisasi, administrasi, dan finansial pada Direktorat Jenderal Badan Peradilan Umum dan
Peradilan Tata Usaha Negara Departemen Kehakiman dan Hak Asasi Manusia, Pengadilan
Tinggi, Pengadilan Tinggi Tata Usaha Negara, Pengadilan Negeri, dan Pengadilan Tata Usaha
Negara, terhitung sejak tanggal 31 Maret 2004dialihkan dari Departemen Kehakiman dan Hak Asasi
Manusia ke Mahkamah Agung
Organisasi, administrasi, dan finansial pada Direktorat Pembinaan Peradilan
Agama Departemen Agama, Pengadilan Tinggi Agama/Mahkamah Syariah Provinsi, dan Pengadilan
Agama/Mahkamah Syariah, terhitung sejak tanggal 30 Juni 2004dialihkan dari Departemen Agama ke
Mahkamah Agung
Organisasi, administrasi, dan finansial pada Pengadilan Militer, Pengadilan Militer Tinggi,
dan Pengadilan Militer Utama, terhitung sejak tanggal 1 September 2004dialihkan dari TNI ke
Mahkamah Agung. Akibat perlaihan ini, seluruh prajurit TNI dan PNS yang bertugas pada pengadilan
dalam lingkup peradilan militer akan beralih menjadi personel organik Mahkamah Agung, meski
pembinaan keprajuritan bagi personel militer tetap dilaksanakan oleh Mabes TNI.
Peralihan tersebut termasuk peralihan status pembinaan kepegawaian, aset,
keuangan, arsip/dokumen, dan anggaran menjadi berada di bawah Mahkamah
Agung.