OPTIMASI INTERAKSI SENYAWA HIPTOLIDA DAN ANALOG

DENGAN PLASMEPSIN I SEBAGAI ANTI MALARIA

MELALUI SIMULASI DINAMIKA MOLEKUL

Norma Gupita Anjani.1, Dr.Mukhammad Asy’ari,M.Si2, Purbowatiningrum Ria Sarjono.,M.Si2

1
Mahasiswa S1 Kimia, Fakultas Sains dan Matematika, Universitas Diponegoro
2
Dosen Laboratorium Biokimia, Fakultas Sains dan Matematika, Universitas Diponegoro

ABSTRAK
Hiptolida dan senyawa analognya memiliki kemiripan struktur dengan senyawa yang telah
memiliki aktivitas anti-malaria, yaitu lakton siklis pada strukturnya. Penelitian ini merupakan
penelitian lanjutan untuk mengoptipasi hasil penelitian docking (Aji, 2018) tentang interaksi
plasmepsin I dengan senyawa hiptolida dan analognya sebagai anti-malaria menggunakan
metode Molecular Dynamic (MD) molekul. Proses simulasi dinamika molekul dilakukan selama
20 ns (nano seconds) menggunakan perangkat lunak Gromacs versi 2019.6 pada suhu 300 K.
Dalam simulasi dinamika molekul, baik protein dan bioaktif akan berinteraksi dalam kondisi
dinamis (kondisi alaminya). Penelitian ini dilakukan melalui simulasi dinamika molekul
menggunakan perangkat lunak Gromacs versi 2019.6 pada kondisi suhu ruang (300 K) selama
20 ns (nano seconds). Protein yang digunakan adalah plasmepsin I (PM1) dengan kode PDB
3qs1 sebagai target malaria. Bioaktif yang digunakan adalah KNI-10006, hiptolida, sinrotolida
dan bufadienolida. Konformasi protein dan bioaktif dianalisis berdasarkan nilai RMSD (Root
Mean Squared Deviation). Interaksi bioaktif dan protein PM1 dianalisis melalui energi interaksi
elektrostatik dan Van der Waals. Analisis dan visualisasi dilakukan menggunakan perangkat
lunak VMD (Visual Molecular Dynamic), Chimera 1.11.2, Ligplot+v.1.4.5 dan Microsoft Excel.
Hasil penelitian menunjukkan bahwa bioaktif sinrotolida diprediksi memiliki potensi paling kuat
sebagai kandidat obat anti-malatia karena dapat membentuk interaksi yang kuat dan stabil dengan
residu target anti-malaria yaitu Asp32 dan Asp 215. Interaksi sinrotolida-PM1 diprediksi paling
kuat karena memiliki energi interaksi total paling negatif yaitu -309,156 kJ/mol. Konformasi
sinrotolida-PM1 juga paling stabil karena memiliki nilai RMSD (Root Mean Squared Deviation)
bioaktif dan protein paling kecil yaitu 0,333 nm dan 0,159 nm. Berdasarkan nilai binding affinity
yang semakin negatif menunjukkan bahwa proses simulasi dinamika molekul mampu
mengoptimalkan interaksi antara hiptolida dan analognya dengan sisi aktif plasmepsin I.
Kekuatan interaksi antara bioaktif dengan plasmepsin I ditentukan oleh residu penentu yang
berbeda yaitu Asp32, Asp215 (sinrotolida), Tyr 75 dan Phe109 (KNI-10006), dan Tyr189
(hiptolida dan bufadienolida). Cincin lakton pada hiptolida dan analognya berinteraksi langsung
dengan residu-residu penentu.

Kata Kunci: Hiptolida, molecular dynamic, plasmepsin 1, lakton, aspartat protease

Semarang, 10 Desember 2020

Mengetahui
Pembimbing I Pembimbing II

Dr.Mukhammad Asy’ari, M.Si Purbowatiningrum Ria, S.,M.Si

NIP. 197106231998021001 NIP.197303141999032992
OPTIMIZATION INTERACTION OF HYPTOLIDE COMPOUNDS AND ANALOGUE
WITH PLASMEPSIN I AS ANTI-MALARIA THROUGH
MOLECULAR DYNAMICS SIMULATION

Norma Gupita Anjani.1, Dr.Mukhammad Asy’ari,M.Si2, Purbowatiningrum Ria Sarjono.,M.Si2

1
College student S1 Chemistry, Faculty of Science and Mathematics, Diponegoro University
2
Lecturer of Biochemistry Laboratory, Faculty of Science Mathematics, Diponegoro University

ABSTRACT

Hiptolida and its analogue compounds have structural similarities with compounds that
have anti-malarial activity, namely cyclic lactones in their structure. This study is a follow-up
study to optimize the results of docking research (Aji, 2018) on the interaction of plasmepsin I
with hyptolide compounds and their analogues as anti-malarial using the molecular molecular
dynamic (MD) method. The molecular dynamics simulation process was carried out for 20 ns
(nano seconds) using the Gromacs software version 2019.6 at a temperature of 300 K. In
molecular dynamics simulations, both proteins and bioactives will interact in dynamic conditions
(natural conditions). This research was conducted through a molecular dynamics simulation
using the Gromacs software version 2019.6 at room temperature (300 K) for 20 ns (nano
seconds). The protein used was plasmepsin I (PM1) with a PDB code of 3qs1 as a malaria target.
The bioactives used were KNI-10006, hiptolide, synrotolide and bufadienolide. Protein and
bioactive conformations were analyzed based on the value of RMSD (Root Mean Squared
Deviation). Bioactive interactions and PM1 protein were analyzed by means of electrostatic and
Van der Waals interaction energies. Analysis and visualization were performed using VMD
(Visual Molecular Dynamic) software, Chimera 1.11.2, Ligplot + v.1.4.5 and Microsoft Excel.
The results showed that synrotolide bioactive is predicted to have the strongest potential as a
candidate for anti-malatian drugs because it can form a strong and stable interaction with the
anti-malarial target residues, namely Asp32 and Asp 215. Synrotolide-PM1 interaction is
predicted to be the strongest because it has the most total interaction energy. negative which is -
309.156 kJ / mol. Synrotolide-PM1 conformation is also the most stable because it has the lowest
bioactive RMSD (Root Mean Squared Deviation) values and protein, namely 0.333 nm and 0.159
nm. Based on the increasingly negative binding affinity value, it shows that the molecular
dynamics simulation process is able to optimize the interaction between the hiptolide and its
analogues with the active side of plasmepsin I. Phe109 (KNI-10006), and Tyr189 (hiptolide and
bufadienolide). The lactone rings on the hypipolide and their analogues interact directly with the
determining residues.

Keywords: Hiptolida, molecular dynamic, plasmepsin 1, lactone, aspartate protease

Semarang, 10 Desember 2020

Mengetahui
Pembimbing I Pembimbing II

Dr.Mukhammad Asy’ari, M.Si Purbowatiningrum Ria, S.,M.Si

NIP. 197106231998021001 NIP.197303141999032992