Mapping Restriction Enzyme

Analisis klinis dan forensik memerlukan karakterisasi gen tertentu atau daerah genomik pada
tingkat molekuler. Karena aktivitas spesifik urutannya (lihat Bab 1), endonuklease restriksi
menyediakan alat yang mudah digunakan untuk karakterisasi molekul DNA. Enzim restriksi
yang biasa digunakan di laboratorium memiliki empat hingga enam situs pengenalan pasangan
basa, atau pengikatan/ situs pemotongan, pada DNA. Setiap empat sampai enam pasangan basa
nukleotida urutan terjadi secara acak dalam waktu yang cukup lama peregangan DNA. Oleh
karena itu, situs pembatasan akan terjadi alami dalam DNA. Pemetaan situs pembatasan, yaitu,
menentukan di mana dalam urutan DNA pembatasan tertentu situs pengenalan enzim berada,
awalnya dikembangkan menggunakan plasmid bakteri melingkar kecil. NS peta yang dihasilkan
digunakan untuk mengidentifikasi dan mengkarakterisasi secara alami terjadi plasmid dan untuk
merekayasa konstruksi dari plasmid rekombinan.

Enzim endonuklease restriksi adalah enzim yang mengenali dan memotong kedua utas
dari asam deok siribonukleat (DNA) pada urutan pasang basa (sekuens) tertentu. Enzim ini
mencari sekuens spesifiknya dengan cara menempel pada DNA baik secara spesifik
maupun secara non-spesifik, kemudian berdifusi secara linear dengan kecepatan tertentu hingga
ditemukannya sekuens spesifik yang dikenalinya. Proses ini dipengaruhi oleh konsentrasi ion
Mg2+. Setelah sekuens spesifik dikenali, akan terjadi perubahan konformasi enzim dan DNA
(Anonim, 2006). Mekanisme pemotongan DNA oleh enzim endonuklease restriksi dapat
dilihat pada Gambar 1 berikut ini. Gambar 1. Mekanisme pemotongan DNA oleh enzim
restriksi (Pingoud dan Jelstch, 2001) Enzim ini ditemukan oleh Arber pada tahun 1962,
kemudian dipurifikasi dan dikarakterisasi oleh Nathans dan H. Smith pada tahun 1974
(Alberts et al., 1983). Penemuan akan enzim ini merupakan suatu penemuan besar di bidang
biologi molekuler dan membuahkan penghargaan Nobel bagi penemunya.
Pola fragmen yang dihasilkan oleh pembatasan pencernaan enzim dapat digunakan untuk
mengidentifikasi DNA dan untuk memantau perubahan tertentu dalam ukuran, struktur, atau
urutan dari DNA. Karena perbedaan bawaan atau somatik dalam urutan nukleotida dalam DNA
manusia, jumlah atau lokasi situs pembatasan untuk pembatasan tertentu enzim tidak semuanya
sama pada semua individu. lokasi dan urutan situs enzim restriksi pada DNA fragmen adalah
karakteristik molekuler dari DNA itu. Perbedaan yang dihasilkan dalam ukuran atau jumlah
pembatasan fragmen disebut polimorfisme panjang fragmen restriksi (RFLP). RFLP adalah dasar
dari yang pertama identifikasi dan pemetaan manusia berbasis molekul metode. RFLP juga dapat
digunakan untuk analisis klinis perubahan struktural pada kromosom yang terkait dengan
penyakit (translokasi, penghapusan, penyisipan, dll.).