Pnotein: Struktur Ordo Tinggi
Peter J. Kennelly, PhD & Vicfor W. Rodwell, PhD
PERAN BIOMEDIs
Di alam, bentuk mengikuti fungsi. Agar suatu polipeptida
yang baru dibentuk dapat matang menjadi protein yang
berfungsi secara biologis dan mampu mengatalisis suatu
reaksi metabolik, menggerakkan sel, atau membentuk
makromolekul sebagai kerangka yang menentukan integritas
struktural rambut, tulang, tendon, dan gigi, polipeptida
tersebut harus mengalami pelipatan membentuk susunan
tiga-dimensi tertentLl, atau konformasi. Selain itu, selama
p€matangan dapat terjadi penambahan gugus kimiawi
baru atau pengeluaran segm€n peptida yang dibutuhkan
sementara melalui modifikasi Pascatranslasi. Defisiensi
genetik tersebut atau gizi yang mengganggu pematangan
protein berefek buruk pada kesehatan' Contoh defisiensi
genetik adalah penyakit Creutzfeldt-Jakob, snap ie, penyakit
Alzheimer, dan bou ine spongiform encep halopathy ("penyakit
sapi gila'). Skorbut merupakan contoh defisiensi gizi yang
mengganggu pematangan prorein.
KONFORMASI VERSUS KONFIGURASI
Istilah konfigurasi dan konformasi sering membingungkan.
Konfigurasi merujuk pada hubungan geometrik antara
susunan tertentu atom-atom, Contohnya, susunan yang
membedakan asam L-amino dari D-amino. Pertukaran an-
tara berbagai alternatif bentuk-bentuk konfgurasi memerlu-
kan pemutusan ikatan kovalen. Konformasi merujuk
pada hubungan spasial setiap atom dalam sebuah molekui.
Pertukaran bentuk-bentuk konformasi terjadi tanpa Pe-
mutusan ikatan kovalen, dengan pemeliharaan konfigurasi,
dan biasanya meialui rotasi di sekital ikatan-ikatan tunggal.
PROTEIN PADA AWATNYA
DI KLASI FI KASI KAN BERDASARKAN
KARAKTE RI STI K KASARNYA
Para ilmuwan semula meneliti hubungan struktur-fungsi
dalam protein dengan memisahkan protein menjadi kelas-
kelas berdasarkan sifat, seperti kelarutan, bentuk, atau
adanya gugus nonprotein. Contohnya, protein yang dapat
32
diekstraksi dari sel dengan menggunakan larutan air pada
kekuatan ionik dan pH faali diklasifikasikan sebagai larut.
Untuk mengekstraksi protein membran integral' membran
perlu dilarutkan dengan detergen. Protein globular adalah
molekul padat yang agak bulat dan memiliki rasio aksial
(rasio ukuran terpendek terhadap ukuran terpanjang)
tidak lebih dari 3. Sebagian besar enzim adalah protein
globular. Sebaliknya, banyak protein struktural mengadopsi
konformasi yang sangat memanjang. Berbagai protein
fibrosa ini memiliki rasio aksial sebesar 10 atau lebih.
Lipoprotein dan glikoprotein masing-masing me-
ngandung lipid dan karbohidrat yang terikat secara kovalen.
Mioglobin, hemoglobir-r, sitokrom, dan banyak metalopro-
tein lain mengandung ion logam yang terikat erat. Kini telah
terdapat skema klasifikasi yang lebih teliti berdasarkan ke-
miripan atau homologi sekuens asam amino dan struktur
tiga-dimensi. Namun, banyak istilah klasifikasi lama masih
tetap digunakan.
PROTEIN DIBENTUK
DENGAN MENGGUNAKAN
PRINSIP MODUTAR
Protein melaksanakan fungsi fisik dan katalitik yang
kompleks dengan menempatkan gugus-gugus kimia tertentu
di susunan tiga-dimensi yang tepat. Perancah polipeptida
(polypeptide scffild yang mengandung gugus-gugus ini
harus mengadopsi konformasi yang efisien secara fungsional
dan kuat secara fisik. Secara sepintas, biosintesis polipeptida
yang terdiri dari puluhan ribu atom tampaknya merupakan
tugas yang sangat sulit. Jika kita memandang bahwa sebuah
polipeptida biasa dapat mengadopsi >1050 konformasi
berbeda, maka membentuk lipatan menjadi konformasi yang
sesuai dengan fungsi bioiogis agaknya akan jauh lebih sulit.
Seperti diuraikan di Bab 3 dan 4, pembentukan rantai utama
polipeptida protein menggunakan sekumpuian kecil building
blocks ataumodul, asam-asam amino yang disatukan melalui
suatu ikatan umum, ikatan peptida. Jalur modular bertahap
menyederhanakan pelipatan dan pemrosesan polipeptida
yang baru dibentuk menjadi protein matang.

EMPAT ORDO STRUKTUR PROTEIN
Sifat "modular pada sintesis dan pelipatan protein terdapat
dalam konsep ordo struktur protein: struktur primer,
sekuens asam amino dalam suatu rantai polipeptida; struktur
sekunder, pelipatan segmen-segmen pendek (3 sampai 30
residu) polipeptida yang berdekatan menjadi unit-unit yang
teratur secara geometris; struktur tersier, penyusunan unit
struktural sekunder menjadi unit fungsional yang lebih
besar misalnya polipeptida matang dan domain-domain
komponennya; dan struktur kuaterner, jumlah dan tipe
unit polipeptida pada protein oligomerik dan susunan
spasialnya.
STRUKTUR SEKUNDER
lkoton Pepfido Membqtosi Kemungkinon
Konformqsi Sekunder
Rotasi bebas hanya dapat terjadi mengelilingi dua dari tiga
ikatan kovalen rantai utama polipeptida: ikatan cr-karbon
(Co) ke karbon karbonil (Co), dan ikatan Ccr ke nitrogen
(Gambar 3-4). Karakter ikatan-rangkap parsial pada ikatan
pepdda yang menghubungkan Co dengan cr-nitrogen
mengharuskan karbon karbonil, otr<sigen karbonil, dan ct-
nitrogen tetap koplanar sehingga rotasi tidak dapat terjadi.
Sudut yang mengelilingi ikatan Ccr-N disebut sudut phi
(O), dan yang mengelilingi ikatan Co-Ccr disebut sudut
psi (V). Untuk asam amino selain glisin, sebagian besar
kombinasi sudut phi dan psi tidak dapat terjadi karena
hambatan sterik (Gambar 5-1). Konformasi prolin bahkan
lebih terbatas karena tidak adanya rotasi bebas pada ikatan
N-Ccr.
Regio-regio struktur sekunder yang teratur, terbentuk
jika serangkaian residu aminoasil mengadopsi sudut phi dan
psi yang serupa. Segmen-segmen panjang polipeptida (mis.
lengkung) dapat memiliki berbagai sudut tersebut. Sudut-
sudut yang mendefinisikan dua tipe paling umum struktur
sekunder, heliks cr (a belix) dan lembar B (B sheet), masing-
masing termasuk di dalam kuadran kiri bawah dan atas pada
plot Ramachandran (Gambar 5-1).
Heliks Alfo
Rantai utama polipeptida pada suatu heliks cr berpuntir
sama besarnya mengelilingi masing-masing karbon cr
dengan sudut phi sekitar -57 derajat dan sudut psi sekitar
-47 derqat. Satu putaran sempurna heliks mengandung
rata-rata 3,6 residu aminoasil, dan jarak per pvaran Qtitch-
nya) adalah 0,54 nm (Gambar 5-2). Gugus R pada masing-
masing residu aminoasil dalam sebuah heliks o menghadap
keluar (Gambar 5-3). Protein hanya mengandung asam L-
BAB 5: PROTEIN: STRUKTUR ORDO TINGGI /33
,tru ,"
-90 0 90
0
Gambar 5-1, Plot Ramachandran sudut-sudut phi (<D) dan psi (Y)
rantai utama untuk sekitar 1000 residu non-glisin di B protein vang
strukturnya diuraikan dengan resolusi tinggi. Titik-titik mewakili
kombinasi yang dapat terjadi dan ruang kosong mewakili kombinasi
sudut phi dan psi yang tidak mungkin terjadi. {Diproduksi ulang dengan
izin dari Richardson lS: The anatomy and taxonomy of protein structures. Adv
Protein Chem 1981;34:'167. Hak cipta O 1981. Dicetak ulang dengan izin
dari Elsevier.)
amino, dengan heliks a ktnan (right handed) sebagai heliks
yang lebih stabil, dan hanya heliks ct kinan yang terdapat di
protein. Diagram skematis protein memperlihatkan heliks cr
sebagai silinder.
Stabilitas suatu heliks ct terutama disebabkan oleh ikatan
hidrogen yang terbentuk antara oksigen pada karbonil ikatan
peptida dan atom hidrogen pada nitrogen ikatan peptida
residu keempat di sebelah hilir rantai polipeptida (Gambar
5-4). Kemampuan untuk membentuk ikatan hidrogen
dalam jumlah maksimal, yang diperkuat oleh interaksi
van der \7aals di bagian inti pada struktur yang terkemas
rapat ini, merupakan kekuatan pendorong termodinamik
bagi terbentuknya heliks o. Karena nitrogen ikatan peptida
pada prolin tidak memiliki sebuah atom hidrogen untuk
disumbangkan ke ikatan hidrogen, prolin hanya dapat
diakomodasikan secara stabil pada putaran pertama heliks ct.
Jika berada di tempat lain, prolin mengganggu konformasi
heliks. Karena ukurannya yang kecil, glisin juga sering
menyebabkan penekukan di heliks u.
Banyak heliks c memiliki gugus R yang dominan
hidrofobik di salah satu sisi sumbu dan dominan hidrofilik
di sisi yang lain. Heliks amfifatik ini beradaptasi baik
terhadap pembentukan pertemuan antara regio polar dan
nonpolaq misalnya bagian interior protein yang hidrofobik
dengan lingkungan airnya. Kelompok-kelompok heliks
amfifatik dapat menciptakan suatu kanal, atau pori yang
34 / BAGIAN l: STRUKTUR & FUNGSI PROTEIN & ENZIM
pitch 0,54-nm
i3,6 residu)
t 3rd ed. Freeman, 1995. Hak Cipta O 1995 W.H. Freeman and Company )
0,15 nm
I
Gambar 5-2. Orientasi atom-atom rantai utama pada suatu peptida
mengelilingi sumbu heliks cr.
memungkinkan molekul polar tertentu menembus membran
sel hidrofobik.
Lembor Betq
Struktur sekunder reguler kedua (karena itu diberi nama
"beta") yang dapat dikenali dalam protein adalah lembar B (B
sheet).Ftesidu-residu asam amino pada iembar p, jika dilihat
dari tepi, membentuk polazigzagatau lipatan dengan gugus
R residu-residu berdekatan yang mengarah berlawanan.
'fidak seperti rantai utama pada heliks o yang padat, tulang
punggung pepdda pada lembar B sangat melebar. Tetapi,
seperti heliks cr, stabilitas lembar p terutama disebabkan
oleh ikatan hidrogen antara oksigen karbonil dan hidrogen
amida ikatan peptida. Namun, berbeda dengan heliks cr'
ikatan-ikatan ini terbentuk dengan segmen-segmen lembar
F y"rg berdekatan (Gambar 5-5).
Lembar-lembar p yang saling berinteraksi dapat tersusun
membentuk lembar B paralel, dengan segmen-segmen
rantai polipeptida berdekatan yang memiliki arah amino
Gambar 5-3. Pandangan ke bawah melalui sumbu suatu heliks cr.
Rantai samping (R) terletak di bagian luar heliks. Radius van der
Waals atom-atom lebih besar daripada yang diperlihatkan di sini;
karena itu, di dalam heliks hampir tidak terdapat ruang bebas (Sedikit
dimodifikasi dan diproduksi ulang, dengan izin, dari Styer L: Biochemistty,
ke karboksil yang sama, atau lembar antiparalel, yang
segmen-segmennya tersebut berjalan dalam arah berlawanan
(Gambar 5-5). Kedua konfigurasi ini memungkinkan
terbentuknya jumlah ikatan hidrogen yang maksimal antara
segmen-segmen, atau untai lembar tersebut. Sebagian besar
lembar B tidaklah benar-benar datar, tetapi cenderung agak
terpuntir ke kanan. Kelompok-kelompok untai lembar B
yang terpuntir membentuk inti banyak protein globular
(Gambar 5-6). Diagram skematis menggambarkan lembar
B sebagai tanda panah yang menun.iukkan arah amino ke
terminal karboksil.
Gelungon & Tekukon
Sekitar separuh residu pada protein globular "tipikal"
terletak di heliks cr dan lembar p dan separuh di gelungan
(toops), l:elokan (turn), tekukan (bends), dan fitur konformasi
tambahan lainnya. Belokan dan tekukan merujuk pada
segmen pendek asam amino yang menyatukan dua unit
struktur sekunder, misalnya dua untai iembar p antiparalel
yang berdekatan. Belokan B melibatkan empat residu
aminoasil, yang residu pertamanya berhubungan melalui
ikatan hidrogen ke residu keempat sehingga terbentuk suatu
belokan tajam 180 derajat (Gambar 5-7). Prolin dan glisin
sering terdapat di belokan P.
Gelungan adalah regio yang mengandung residu melebihi
jumlah minimal yang diperiukan untuk menghubungkan
regio-regio yang berdekatan pada struktur sekunder. Gelung-

Gamhar 5-4. lkatan hidrogen (garis titik-titik) yang terbentuk antara
atom H dan O menstabilkan suatu polipeptida dalam konformasi
o-heliks. (Dicetak ulang dengan izin dari Haggis CH, et al: lntroduction
to Molecular Biology. \Niley, 1964. Dicetak ulang dengan izin Pearson
Education Limited.)
an yang kbnformasinya ireguler memiliki peran biologis
penting. Pada banyak enzim, gelungan yang menjembatani
domain-domain yang berperan dalam pengikatan substrat
sering mengandung residu aminoasil yang ikut serta dalam
katalisis. Pada protein pengikat DNA, misalnya represor
dan faktor transkripsi, motif heliks-gelungan-heliks mem-
bentuk bagian pengikat oligonukleotida. Motif struktural,
misalnya motif heliks-galungan-hehks yang berada di an-
tara struktur sekunder dan tersier sering dinamai struktur
supersekunder. Karena terletak di permukaan protein se-
hingga terpajan oleh pelarut, banyak geiungan dan tekukan
membentuk bagian yang mudah diakses, atau epitop untuk
pengenalan dan pengikatan antibodi.
Meskipun tidak memiliki regularitas struktural yang
jelas, namun gelungan terdapat dalam konformasi spesifik
yang distabilkan melalui ikatan hidrogen, jembatan garum,
dan interaksi hidrofobik dengan bagian lain protein.
Namun, tidak semua bagian protein selalu teratur. Protein
dapat mengandung bagian-bagian yang "berantakan", sering
BAB 5: PROTEIN: STRUKTUR ORDO TINGGI /3s
<t
r{>
6t.fi\
;lF>
Gambar 5-5. Jarak dan sudut ikatan pada ikatan hidrogen lembar
B terlipat antiparalel dan paralel. Tanda panah menunjukkan
arah masing-masing untai. Atom cx,-nitrogen pendonasi hidrogen
diperlihatkan sebagai lingkaran berwarna. lkatan hidrogen
ditunjukkan dengan garis putus-putus. Agar penyajian jelas, gugus
R dan hidrogen dihilangkan. Atas: Lembar B antiparalel. Pasangan
ikatan hidrogen berselang-seling antara saling berdekatan dan
berjauhan serta berorientasi agak tegak lurus terhadap rantai utama
polipeptida. Bawah: Lembar B paralel. lkatan hidrogen berjarak
teratur tetapi miring dengan arah berlainan.
di terminal amino atau karboksil ekstrem dan ditandai oleh
fleksibilitas konformasi yang tinggi. Pada banyak keadaan,
bagian yang "berantakan" ini menjadi teratur setelah berikatan
dengan ligan. Fleksibilitas struktural ini memungkinkan
bagian ini bekerja sebagai tombol pengendali ligan yang
memengaruhi struktur dan fungsi protein.
Struktur Tersier & Kuqterner
Istilah "struktur tersier" merujuk pada konformasi tiga-
dimensi keseluruhan suatu polipeptida. Dalam ruang tiga-
dimensi, struktur ini menunjukkan bagaimana gambaran
struktur sekunder-heliks, lembaran, tekukan, belokan, dan
gelungan-tersusun membentuk domain dan bagaimana
domain-domain ini berhubungan satu sama lain dalam
ruang. Domain adalah suatu bagian dari struktur protein
yang mampu melakukan tugas kimia atau fisika tertentu,
misalnya mengikat substrat atau ligan lain. Domain lain dapat
berfungsi menghubungkan protein dengan membran atau
36 / BAGIAN l: STRUKTUR & FUNGSI PROTEIN & ENZIM
Gambar 5-6. Contoh struktur tersier protein. Atas: Enzim triosa
fosfat isomerase. Perhatikan susunan yang elegan dan simetris
dari lembar B dan heliks cr yang berselang-seling. (Sumbangan J
Richardson.) Bawah: Dua struktur domain dari subunit suatu
enzim homodimerik, HMC-KoA reduktase kelas ll bakteri. Seperti
ditunjukkan oleh residu bernomor, polipeptida tunggal berawal di
domain besar, masuk domain kecil, dan berakhir di domain besar.
(Sumbangan C Lalvrence, V Rodwell, dan C Stauffacher, Purdue University.)
berinteraksi dengan molekul regulatorik yang memodulasi
fungsi protein tersebut. Suatu polipeptida kecil misalnya
triosa fosfat isomerase (Gambar 5-6) atau mioglobin (Bab 6)
dapat mengandung satu domain. Sebaliknya, protein kinase
mengandung dua domain. Protein kinase mengatalisis
pemindahan sebuah gugus fosforil dari ATP ke peptida atau
protein. Bagian terminal amino pada poiipeptida, yang kaya
n -/too*
HlcH
LN-
t /
,., ,/ -co>- H
" --
H-N
7""-"')' \
U C:O
\./^-^ -... u*N
CH
"'\ ,/ \r /'cHoH
Gambar 5-7. Suatu betokan 0 (p-turn) yang menghubungkan dua
segmen pada lembar p antiparalel. Caris putus-putus menunjukkan
ikatan hidrogen .antara asam amino pertama dan keempat pada
segmen empat-residu Ala-Cly-Asp-Ser.
akan lembar B, mengikat AIB sementara domain terminal
karboksil, yangkaya akan heliks cr, mengikat peptida atau
substrat protein (Gambar 5-8). Gugus yang mengatalisis
pemindahan fosforil terletak di gelungan yang berada di
pertemuan kedua domain.
Pada sebagian kasus, protein tersusun oleh lebih dari satu
polipeptida, atau protomer. Struktur kuaterner menentukan
komposisi polipeptida pada suatu protein dan, untuk protein
oligomerik, hubungan spasial antara subunit-subunitnya
atau protomer-protomernya. Protein monomerik terdiri
dari satu rantai polipeptida. Protein dimerik mengandung
dua rantai polipeptida. Homodimer mengandung dua
salinan dari rantai polipeptida yang sama, sedangkan pada
heterodimer polipeptidanya berbeda. Huruf Yunani (o' F,
y, dst) digunakan untuk membedakan subunit-subunit yang
berbeda pada suatu protein heterooligomerik, dan subskrip
menunjukkan jumlah masing-masing jenis subunit. Sebagai
contoh, ct, menunjukkan protein homotetramerik, dan
cx.2pzT adalah suatu protein dengan lima subunit dari tiga
tipe berbeda.
Karena bahkan protein kecil mengandung ribuan atom,
penggambaran struktur protein yang menunjukkan posisi
setiap atom umumnya terlalu rumit untuk diinterpretasi.
Oleh karena itu, diagram skematis sederhana digunakan
untuk melukiskan fitur-fitur kunci pada struktur tersier
dan kuaterner protein. Diagram pita (Gambar 5-6 dan 5-
8) menelusuri konformasi rantai utama polipeptida' dengan
silinder dan tanda panah masing-masing menunjukkan
regio heliks cr dan lembar B. Pada penggambaran yang lebih
sederhana lagi, segmen-segmen garis yang menghubungkan

I kait.
Gambar 5-B. Struktur domain. Protein kinase mengandung dua
domain. Domain terminal amino atas mengikat donor fosforii
ATP (warna terang). Domain terminal karboksil di sebelah bawah
diperlihatkan mengikat suatu substrat peptida sintetik (warna
gelap).
karbon cx, menunjukkan jaiur rantai utama polipeptida.
Diagram skematis ini sering mencakup rantai samping asam-
asam amino tertentu yang menekankan hubungan spesifik
antara struktur dan fungsi.
BANYAK FAKTOR YANG MENSTABILKAN
STRUKTUR TERSIER & KUATERNER
Ordo-ordo tinggi pada struktur protein distabilkan
terutama-dan sering secara eksklusif-oleh interaksi
nonkovalen. Hal yang utama dari berbagai interaksi tersebut
adalah interaksi hidrofobik yang mendorong kebanyakan
rantai samping asam amino hidrofobik ke bagian interior
protein yang melindunginya dari air.
Kontributor signifikan lain adalah ikatan hidrogen
dan jembatan garam antara karboksilat asam aspartat dan
giutamat dan rantai samping dengan muatan berlawanan
dari residu lisil, arginil, dan histidil berproton. Sementara
secara individual relatif lemah dibandingkan ikatan kovalen
BAB 5: PROTEIN: STRUKTUR ORDO TINGGI / 37
tipikal (80-120 kkal/mol), secara kolektif interaksi ini
menimbulkan derajat stabilitas yang tinggi pada konformasi
protein yang fungsionai secara biologis, sepertt Wl.cro fastener
yang memanfaatkan kekuatan kumulatif banyak simpul dan
Sebagian protein mengandr-ing ikatan disulfida (S-S)
kovalen yang menghubungkan gugus-gugus suifhidril residu
sisteinil. Pembentukan ikatan disulfida melibatkan oksidasi
gugus sulfhidril sisteinil dar.r memerlukan oksigen. Ikatan
disulfida intrapolipeptida semakin meningkatkan stabilitas
konformasi berlipat suatu peptida, sementara ikatan disulfida
antarpolipeptida menstabilkan struktur kuaterner protein
oligomerik tertentu.
STRUKTUR TIGA.DIMENSI DITENTUKAN
DENGAN KRISTATOGRAFI SINAR-X
ATAU SPEKTROSKOPI NMR
Kristologrqfi Sinqr'X
Seteiah John Kendreu' berhasil memecahkan misteri struktur
tiga-dimensi miogiobin pada tahun 1960, kristalograsi
sinar-X mulai digunakan untuk mengetahui struktur ribuan
protein dan banyak virus. Agar strukturnya dapat diketahui
dengan kristalografi sinar-X, suatu protein mula-mula
harus diendapkan dalam kondisi yang dapat membentuk
kristal-kristal besar teratur. Untuk menciptakan kondisi
yang sesuai, dilakukan percobaan dengan menggunakan
beberapa mikroliter larutan protein dan suatu matriks
variabel (suhu, pH, keberadaan garam atau zat terlarut
organik misainya polietilen glikol) untuk menciptakan
kondisi optimal bagi pembentukan kristal. Kristal yang
telah diletakkan pada kapiler quartz mula-mula diradiasi
monokromatik dengan panjang gelombang
dengar.r sinar-X
sekitar 0,15 nm untuk memastikan bahwa kristal tersebut
adalah protein bukan garam. Kristal protein kemudian
dibekukan dalam nitrogen cair untuk pengumpulan data
beresolusi-tinggi selanjutnya. Pola difraksi yang terbentuk
sewaktu sinar-X dibiaskan oleh atom dalam perjalanannya
direkam pada sebuah lempeng fotografik atau ekuivalen
komputernya sebagai pola titik-titih melingkar dengan
intensitas beragam. Data yang didapatkan dalam titik-titik
ini kemudian dianalisis dengan menggur.rakan pendekatan
matematis yang disebut sintesis Fourier yang menjumlahkan
fungsi gelombang. Amplitudo gelombang berkaitan dengan
intensitas titik, tetapi karena gelombang tidak berada
dalam fase yang sama, hubungan antara fase-fasenya harus
ditentukan. Pendekatan tradisional yang dilakukan untuk
mengatasi "masalah fhse" adalah dengan menggunakan
isomorphous displacement. Sebelum iradiasi ke dalam
kristal dimasukkan atom dengan karakteristik sinar-X
tertentu di posisi-posisi tertentu di struktur primer protein.
38 / BAGIAN l: STRUKTUR & FUNGSI PROTEIN & ENZIM
Isomorp hous disp lacement atom berat biasanya menggunakan
air raksa atau uranium, yarrg mengikat residu sistein.
Pendekatan alternatif adalah dengan menggunakan protein
rekombinan yang disandi oleh plasmid dengan selenium yang
menggantikan sulfur pada metionin. Ekspresi menggunakan
suatu pejamu bakteri yang auksotrofik untuk biosintesis
metionin dan medium tertentu dengan selenometionin
yang menggantikan metionin. Pendekatan paling mutakhir
adalah dengan memanfaatkan semakin banyaknya struktur
tiga-dimensi yang telah diketahui. Jika struktur yang sedang
diteliti serupa dengan struktur yang telah dipecahkan, maka
digunakan molecular rE lacement pada model yang sudah
ada sebagai pengganti isomorphous displacement dengan
memakai atom berat serta merupakan cara menarik untuk
memperoleh data. Yang terakhiq hasil dari penentuan fase
dan penjumlahan Fourier adalah profil densitas elektron
atau peta tiga-dimensi mengenai mekanisme pengikatan
atau hubungan atom satu sama lain.
Kristologrqfi Sinqr'X Lque
Kemampuan sebagian enzim yang telah mengkristal untuk
mengataiisis reaksi kimia merupakan petunjuk kuat bahwa
struktur yang diketahui melalu'i kristalografi memang
mewakili struktur yang terdapat bebas dalam larutan.
Namun, kristalografi klasik memberikan gambaran suatu
protein yang pada dasarnya statik yang dapat mengalami
perubahan struktural bermakna seperti yang menyertai
katalisis enzim. Pendekatan Laue menggunakan difraksi
sinar-X polikromatik, dan banyak kristal. Proses memutar
kristal dalam berkas sinar-X yang memakan waktu dapat
dihindari sehingga waktu pajanan dapat berlangsung sangat
singkat. Untuk mendeteksi gerakan residu atau domain suatu
enzim sewaktu katalisis digunakan kristal yang mengandung
analog substrat inaktif atau "terkurung" yang menjadi
substrat hanya setelah terpajan oleh cahaya tampak. Hal ini
memicu katalisis. Data yang diperoleh bahkan dalam waktu
sesingkat beberapa nanodetik kemudian dapat dianalisis
untuk memperlihatkan perubahan struktur yang terjadi
selama kataiisis.
Spekrroskopi Nucleo r l$agnelic Resonqnce
Spektroskopi nuclear magnetic resonAnce (NMR), suatu
pelengkap kristalografi sinar-X yang sangat bermanfaat,
mengrtkur ab so r b ance energi elektromagnetik frekuensi radio
oleh nukleus atom tertentu. Isotop "aktif-NMR'dari unsur-
unsur yang secara bioiogis relevan antara lain adalah
rH, 13C,
15N, dan 3tP. Frekuensi, atau pergeseran kimia, saat suatu
nukleus tertentu menyerap energi adalah fungsi dari gugus
fungsional tempat nukleus tersebut berada dan kedekatan
dengan nukleus aktif-NMR lainnya. Spektroskopi NMR
dua-dimensi memungkinkan kita memperoleh gambaran
tiga-dimensi suatu protein yang akan dibuat dengan
menentukan kedekatan nukleus-nukleus ini satu sama lain.
Spektroskopi NMR menganalisis protein dalam larutan air
yang menghindari keharusan membentuk kristal. Karena
itu, dengan menggunakan spektroskopi NMR kita dapat
mengamati perubahan dalam konformasi yang menyertai
pengikatan ligan atau katalisis. Namun, hanya spektrum
protein yang relatif kecil, berukuran <30 kDa, yang dapat
dianalisis dengan teknologi yang ada sekarang.
Pembentukqn Model Molekul
Metode lain yang semakin sering digunakan untuk
melengkapi penentuan empiris struktur tiga-dimensi protein
adalah pemakaian teknologi komputer untuk membentuk
model molekular. Jika struktur tiga-dimensi telah diketahui,
program dinamika molekul (molecular dynamics) dapat
digunakan untuk menyimulasikan dinamika konformasi
suatu protein serta cara faktor, seperd suhu, pH, kekuatan
ionik, atau substitusi asam amino dalam memengaruhi
gerakan-gerakan tersebut. Program molecular doching
menyimulasikan interaksi yang terjadi ketika suatu protein
menjumpai substrat, inhibitor, atau ligan lain. Penapisan
virtual untuk mencari molekul yang kemungkinan besar
berinteraksi dengan bagian-bagian kunci suatu protein yang
penting dari segi biomedis saat ini digunakan secara luas
untuk mempermudah penemuan obat baru. Pada homologlr
modeling, struktur tiga-dimensi suatu protein digunakan
sebagai cetakan untuk membuat sebuah model protein lain.
Pada akhirnya, par^ ilmuwan berharap dapat merancang
suatu program komputer y^ng dapat memerkirakan
konformasi tiga-dimensi suatu protein secara langsung dari
sekuens primernya.
PELIPATAN PROTEIN
Protein adalah molekul yang konformasinya dinamis dan
dapat mengalami pelipatan lfolding) dan penguraian dalam
kisaran waktu milidetik, serta dapat mengalami pelipatan-
penguraian ratusan atau ribuan kali selama hidupnya.
Bagaimana proses pelipatan yang luar biasa ini dicapai?
Pelipatan membentuk keadaan asli tidak memerlukan
pencarian yang melelahkan terhadap semua struktur yang
mungkin terbentuk. Protein yang mengalami denaturasi
bukanlah sekadar gulungan acak. Kontak-kontak asli tetap
disukai, dan regio-regio struktur asli akan menetap bahkan
pada keadaan denaturasi. Ribosom dapat ikut serta dalam
pelipatan awal suatu protein, tetapi tidak pada pelipatan
berikutnya atau setelah protein dipindahkan ke dalam suatu
organel. Konsentrasi protein yang sangat tinggi di dalam
sel juga dapat memengaruhi kinetika pelipatan protein.

Di bawah akan dibahas faktor-faktor yang mempermudah
pelipatan dan penguraian lipatan, serta konsep terkini dan
kemtrngkinan mekanismenya didasarkan pada lebih dari 40
tahun eksperimen yang umumnya in vitro.
Konformosi Asli Suqtu Protein
Menguntungkqn Secorq Termodinqmis
Jumlah kombinasi sudut phi dan psi yang menentukan
kemungkinan konformasi bahkan suatu polipeptida yang
relatif kecil-l5 kDa-sangatlah besar. Protein dituntun
melalui labirin kemungkinan yang sangat luas ini oleh
termodinamika. Karena konformasi suatu protein yang
secara biologis relevan-atau asli-umumnya merupakan
konformasi yafig secara energetis menguntungkan,
pengetahuan tentang konformasi asli diperinci dalam sekuens
primer. Namun, jika kita menunggu suatu polipeptida
menemukan konformasi aslinya melalui eksplorasi acak
terhadap semua kemungkinan konformasi, proses ini
memerlukan waktu miliaran tahun untuk selesai. Jelaslah,
pelipatan protein di sel berlangsung secara lebih teratur dan
terarah.
Pelipofon Bersifot Modulqr
Pelipatan protein umumnya terjadi melalui proses bertahap.
Pada tahap pertama, sewaktu polipeptidayang baru dibentuk
keluar dari ribosom, segmen-segmen pendek protein
tersebut mengalami pelipatan membentuk unit struktural
sekunder yang menghasilkan regio-regio lokal struktur
teratur. Pelipatan kini direduksi menjadi pemilihan susunan
yang sesuai untuk elemen struktur sekunder yang jumlahnya
relatif sedikit. Pada tahap kedua, gaya-gaya yangmendorong
regio hidrofobik ke bagian dalam protein menjauhi pelarut
mendorong polipeptida yang telah sebagian terlipat menjadi
"globulus cair" tempat modul-modul struktur sekunder
tertata-ulang untuk mencapai konformasi matang protein.
Proses ini teratur, tetapi tidak kaku. Terdapat cukup
fetsibilitas dalam cara dan urutan bagaimana elemen-
elemen struktur sekunder dapat ditata ulang. Secara
umum, setiap elemen struktur sekunder atau supersekunder
mempermudah pelipatan dengan mengarahkan proses
pelipatan menuju konformasi alami dan menjauhi alternatif-
alternatif yang ddak produktif. Untuk protein oligomerik,
masing-masing protomer cenderung mengalami pelipatan
sebelum protomer tersebut berikatan dengan subunit lain.
Profein Tombohon Membontu Pelipoton
Pada kondisi in vitro yang sesuai, banyak protein akan secara
spontan kembali melipat setelah sebelumnya didenaturasi
(yi. penguraian lipatan) dengan pemberian asam atau basa,
BAB 5: PROTEIN: STRUKTUR ORDO TINGGI / 39
bahan kaotropik, .atau detergen. Namun, tidak seperti
in vivo, pelipatan ulang dalam kondisi
proses pelipatan
laboratorium tersebut berlangsung jauh lebih lambat. Selain
itu, sebagian protein gagal melipat kembali secara sponran in
vitro sering membentuk agregat taklarut, yaitu kompleks
acak polipeptrda yang tidak melipat atau hanva melipat
sebagian serta disatukan oleh interaksi hidrofobik. Agregat
ini mencerminkan jalan buntu yang tak-produktif dari
proses pelipatan. Sel-sel menggunakan protein tambahan
(auxiliary proteins) wtuk mempercepat proses pelipatan dan
menuntunnya menuju kesimpulan yang produktif.
Chaperones
Protein chaperones (pendamping) ikut serta dalam pelipatan
lebih dari separuh protein mamalia. Famlli chaperone hsp70
(heat shock proteinT\-kDa) mengikat sekuens pendek asam-
asam amino hidrofobik di polipeptida yang baru disintesis
yang melindungi polipeptida ini dari pelarut. Chaperone
mencegah agregasi sehingga memberikan kesempatan untuk
terbentuknya elemen struktural sekunder yang sesuai serta
penataan selanjutnya menjadi globulus cair. Famili chaperone
hsp60 yang kadang-kadang disebut cbaperonins, berbeda
dalam sekuens dan struktur dari hsp70 dan homolognya.
Hsp60 bekerja pada tahap lanjut proses pelipatan. sering
bersama dengan chaperone hsp70. Rongga di bagian tengah
chaperone hsp60 yang berbentuk donat memberikan suatu
lingkungan terlindung tempat suatu polipeptida dapat
melipat sampai semua regio hidrofobik terbenam di bagian
interiornya sehingga tidak terjadi agregasi.
Disulfido lsomerqge Protein
Ikatan disulfida antaradan di dalam polipeptidamenstabilkan
struktur tersier dan kuaterner. Namun, pembentukan
ikatan disulfida tidaklah spesifik. Dalam kondisi oksidasi,
suatu sistein dapat membentuk ikatan disulfida dengan
residu sisteinil manapun yangdapat dialses. Dengan
-SH
mengatalisis pertukaran disulfida,pemutusan ikatan S-S
dan penyambungannya kembali dengan pasangan sistein
yang berbeda, protein disulfida isomerase mempermudah
O O --,ZrO
..^. l]
:''\
-il-"[
-h -li
N /-+ ,/-ftr
Ai
6i + i \t-i
U1
^J
\
Gambar 5-9.lsomerisasi ikatan N-cr, prolil peptida dari konfigurasi
crs ke trans secara relatif terhadap rantai utama polipeptida.
40 / BAGIAN l: STRUKTUR & FUNGSI PROTEIN & ENZIM
pembentukan ikatan disulfida yang menstabilkan konformasi
asli protein.
Prolin -cis, frons'lsomerose
Semua ikatan peptidx f,-p16-lsmpat X mewakili semua
residu-disintesis dalam konfigurasi trans. I\amun, pada
ikatan X-pro protein matang, sekitar 60lo adalah cis.
Konfigurasi cis paling sering pada belokan B. Isomerisasi
dari trans menjadi czi dikatalisis oleh enzim prolin-cis,rrans'
isomerase (Gambar 5-9).
Pelipoton Adoloh Suqtu Proses Dinqmik
Protein adalah molekul yattg secara konformasional
dinamis serta dapat melipat dan terurai ratusan atau ribuan
kali dalam masa hidupnya. Bagaimana protein kembali
melipat dan memulihkan konformasi fungsionalnya setelah
lipatannya terurai? Pertama-tama, penguraian lipatan jarang
menyebabkan randomisasi total rantai polipeptida di dalam
sel. Oleh karena itu, protein yang telah terurai tersebut
mempertahankan sejumlah kontak dan regio struktur
sekunder yang mempermudah proses pelipatan ulang. Kedua,
protein "pendamping" dapat "menyelamatkan' protein yang
telah terurai yang secara termodinamis terperangkap dalam
"jalan-buntu" pelipatan dengan menguraikan regio-regio
hidrofobik dan memberikan kesempatan kedua agar protein
tersebut kembali melibat secara produktie dan glutation
dapat mengurangi ikatan disulfida yang tidak sesuai dan
terbentuk sewaktu terjadi pajanan oleh bahan pengoksidasi
misalnya Or, hidrogen peroksida, atau superoksida (Bab 51).
GANGGUAN KONFORMASI PROTEIN
DAPAT MEMILIKI KONSEKUENSI
PATOTOGIS
Prion
Ensefalopati spongiform yang dapat menular, atau penyakit
prion adalah penyakit neurodegeneratif fatal yang ditandai
oleh perubahan spongiform, glioma astrositik, dan
lenyapnya neuron akibat pengendapan agregat protein tak-
larut dalam sel neuron. Ensefalopati ini mencakup penyakit
Creutzfeldt-Jakob pada manusia, scrapie pada domba, dan
bouine spongiform encephalopathy (penyakit sapi gila) pada
hewan ternak. vCJD, suatu varian dari penyakit Creutzfeldt-
Jakob yang mengenai pasien lebih muda, berkaitan dengan
gangguan perilaku dan psikiatrik yang timbul dini. Penyakit
prion dapat bermanifestasi sebagai penyakit infeksi, genetik'
atau sporadik. Karena tidak ada gen virus atau bakteri yang
rnenyandi protein prion patologis yang dapat ditemukan,
sumber dan mekanisme penularan penyakit prion selama
ini tidak diketahui. Saat ini, diketahui bahwa penyakit prion
adalah penyakit konformasi protein yang ditularkan melalui
perubahan konformasi, dan karenanya sifat fisik, suatu
protein yang endogen bagi tubuh manusia. Pada manusia,
protein terkait-prion, PrB adalah suatu glikoprotein yang
disandi oleh iengan pendek kromosom 20 dan dalam keadaan
normal bersifat monomerik serta kaya heliks a. Protein
sebagai cetakan bagi perubahan
prion patologis berfungsi
konformasi PrP normal yang dikenal sebagai PrPc, menjadi
PrPsc. PrPsc kaya akan lembar B dengan banyak rantai
samping aminoasil hidrofobik yang terpajan oleh pelarut.
Oleh karena itu, molekul PrPsc berikatan secara kuat satu
sama lain yang membentuk agregat resisten protease tak-
larut. Karena satu prion patologis atau protein terkait-prion
dapat menjadi cetakan bagi perubahan konformasi banyak
molekul PrPc, penyakit prion dapat ditularkan hanya melalui
protein tanpa keterlibatan DNA atau RNA.
Penyokir Alzheimer
Pelipatan ulang atau kesalahan pelipatan protein lain yang
endogen bagi jaringan otdk manusia, B-amiloid adalah
gambaran utama pada penyakit Alzheimer. Sementara kausa
utama penyakit Alzheimer masih belum diketahui, nalnun
plak senilis khas dan berkas neurofrbril (neurof'brilkry
bundles) mengandung agregat protein B-amiloid, suatu
polipeptida 43-kDa yang dihasilkan oleh pemutusan
proteolitik protein yang lebih besar yang dikenal sebagai
protein prekursor amiloid. Pada pasien penyakit Alzheimer,
kadar p-amiloid meningkat, dan protein ini mengalami
transformasi konformasional dari keadaan kaya-heliks cr
yang mudah larut menjadi keadaan yangkaya akan lembar
F y"rg rentan mengalami penggumpalan. Apolipoprotein
E
diperkirakan berperan sebagai mediator potensial perubahan
konformasi ini.
Tqlqsemio Beto
Talasemia disebabkan oleh cacat genetik yang mengganggu
sintesis salah satu subunit polipeptida hemoglobin (Bab 6)'
Selama "ledakan" sintesis hemoglobin yang terjadi sewaktu
pembentukan sel darah merah, suatu molekul pendamping
(chaperone) spesifik yang disebut u-hemoglobin+tabilizing
protein (AHSP) mengikat subunit cr hemoglobin bebas
yang menunggu penyatuan ke dalam multimer hemoglobin'
Tanpa moiekul pendamping ini, subunit-subunit ct-
hemoglobin bebas akan menggumpal, dan endapan yang
terjadi menimbulkan efek sitotolaik pada eritrosit yang
sedang terbentuk. Penelitian dengan menggunakan mencit
yang telah dimodifikasi secara genetis mengisyaratkan adanya
peran AHSP dalam memodulasi keparahan talasemia-p
pada manusia.

KOTAGEN MERUPAKAN CONTOH
PERAN PENGOTAHAN PASCATRANSTASI
DATAM PEMATANGAN PROTEIN
Pemotongqn Protein Sering Meliborkqn
Pembentukon & Pemutusqn lkoton Kovolen
Pematangan protein menjadi struktur akhirnya sering
melibatkan pemutusan atau pembentukan (atau keduanya)
ikatan kovalen, suatu proses modifikasi pascatranslasi.
Banyak polipeptida pada awalnya disintesis sebagai
prekursor berukuran besar yang disebut proprotein.
Segmen-segmen polipeptida "tambahan' pada proprotein
ini sering berfungsi sebagai leader sequence (sekuens
pemimpin/pendahulu) yang membawa polipeptida ke
organel tertentu atau mempermudah polipepdda melewati
membran. Segmen-segmen lain menjamin bahwa aktivitas
protein yang berpotensi membahayakan, misalnya protease
tripsin dan kimotripsin tetap terhambat sampai protein
tersebut mencapai tujuan akhirnya. Namun, jika kebutuhan-
kebutuhan transien tersebut telah terpenuhi, regio-regio
pepdda yang mubazir tersebut kemudian dihilangkan dengan
proteolisis selektif. Modifikasi kovalen lain dapat terjadi
yang menyebabkan fungsi kimia prorein yang bersangkutan
bertambah. Pematangan kolagen merupakan contoh kedua
proses tersebut.
Kologen Adqloh Protein Fibroso
Kolagen adalah protein fibrosa (berserar) yangpaling banyak
dan membentuk lebih dari 25o/o massa protein dalam tubuh
manusia. Protein fibrosa penting lainnya adalah keratin
dan miosin. Protein-protein fibrosa ini merupakan sumber
utama kekuatan struktural sel (yi. sitoskeleton) dan jaringan.
Kulit memperoleh kekuatan dan kelenturannya dari jalinan
serat kolagen dan keratin yang bersilangan, semenrara rulang
dan gigi diperkuat oleh jaringan serat kolagen yang analog
dengan kawat baja yang memperkuat beton. Kolagen juga
terdapat di jaringan ikat, misalnya ligamentum dan tendon.
Perlunya kekuatan regang yang tinggi untuk memenuhi
kebutuhan peran struktural ini memerlukan bentuk protein
memanjang yang ditandai oleh sekuens asam amino berulang
dan struktur sekunder yang reguler.
Kologen Membenfuk Heliks Tripelyong Unik
topokolagen terdiri dari tiga serat, masing-masing mengan-
dung sekitar 1000 asam amino, yang disatukan dalam suatu
konformasi unik, heliks tripel kolagen (Gambar 5-10). Serat
kolagen matang membentuk suatu batang memanjang de-
ngan rasio aksial sekitar 200. Grdapat tiga untai polipeptida
yang saling menjalin, memuntir ke kiri, dan saling membung-
BAB 5: PROTEIN: STRUKTUR ORDO TINGGI / 4l
kus satu sama iain secara kinan untuk membentuk heliks tri-
pel kolagen. Puntiran yang saling bertentangan (kida1-kinan)
pada superheliks dan polipeptida-polipeptida komponennya
menyebabkan heliks tripel kolagen sangat resisten terhadap
penguraian (unwinding)-prinsip serupa digunakan dalam
kabel baja penyangga jembatan gantung. Heliks tripel kola-
gen memiliki 3,3 residu per puntiran dan satu kenaikan per
residu hampir dua kali lipat dibandingkan dengan kenaikan-
nya pada heliks cr. Gugus R masing-masing untai polipep-
tida pada heliks tripel terkemas sedemikian rapat sehingga
supaya pas, salah satunya harus glisin. Oleh karena iru, setiap
residu asam amino ketiga pada kolagen adalah residu glisin.
Pengaturan bergiliran ketiga untai menghasilkan posisi yang
sesuai untuk glisin di seluruh heliks. Kolagen juga kaya akan
prolin dan hidroksiprolin, sehingga terbentuk pola Gly-X-Y
berulang (Gambar 5-10) dengan Y yang umumnya berupa
prolin atau hidroksiprolin.
Heiiks tripel kolagen distabilkan oleh ikatan hidrogen
antara residu di rantai polipeptida yang berbeda. Gugus
hidroksil residu hidroksiprolil juga ikut serta membentuk
ikatan hidrogen antar-rantai. Stabilitas juga diperkuat
oleh ikatan silang kovalen yang rerbentuk antara residu
lisil modifikasi baik di dalam maupun di antara rantai
polipeptida.
Kologen Disintesis Sebogoi Suotu
Prekursor Besqr
Kolagen pada awalnya disintesis sebagai sebuah polipeptida
prekursor besar, yaitu prokolagen. Banyak residu prolil
dan lisil prokolagen mengalami hidroksilasi oleh prolil
hidroksilase dan lisil hidrolailase, yang enzim yang
memerlukan asam askorbat (vitamin C; lihat Bab 27 tx
44). Residu hidroksiprolil dan hidroksi-lisil menghasilkan
ikatan hidrogen tambahan yang mampu menstabilkan
protein matang. Selain itu, glukosil dan galaktosil transferase
melekatkan residu glukosil atau galaktosil pada gugus
hidroksil residu hidroksilisil tertentu.
Bagian tengah polipeptida prekursor ini kemudian
berikatan dengan molekul lain untuk membentuk heliks
tripel yang khas. Proses ini disertai oleh pengeluaran
Sekuens
-Gly- X -Y- Gly * X-Y- Gly * X -Y -
asam amino
Slruktur20 4efi:cqsftfryftr.
Heliks lripel
Gamhar 5-10, Struktur primer, sekunder, dan tersier kolagen.
42 / BAGIAN l: STRUKTUR & FUNGSI PROTEIN & ENZIM
perpanjangan terminal karboksil dan terminal amino
globular dari polipeptida prekursor melalui proses proteolisis
Selektif, Residu lisil tertentu dimodifikasi oleh lisil oftsidase,
suatu protein yang mengandung tembagayang mengubah
gugus s-amino menjadi aldehid. Aidehid kemudian dapat
mengalami kondensasi aldol untuk membentuk ikatan
rangkap C-C atau membentuk basa Schiff (eneimin)
dengan gugus e-amino residu lisil yang belum termodifikasi
yang kemudian direduksi untuk membentuk ikatan tunggal
C-N. Ikatan kovalen ini mengikatsilangkan masing-masing
polipeptida dan menyebabkan serat kolagen menjadi sangat
kuat dan kaku.
Penyokit Gizi & Genetik
Dopot Menggonggu Pemotongon Kologen
Rangkaian proses rumit dalam Pematangan kolagen
merupakan suatu model yang menggambarkan konsekuensi-
konsekuensi biologis pematangan polipeptida yang tidak
sempurna. Defek biosintesis kolagen yang paling dikenal
adalah skorbut (scurty), akibat defisiensi vitamin C (dalam
makanan) yang diperlukan oleh prolil dan lisil hidroksilase.
Berkurangnya jumlah residu hidroksiprolin dan hidroksilisin
yang ditimbulkannya mengganggu stabilitas konformasi serat
kolagen sehingga timbul perdarahan gusi, pembengkakan
sendi, gangguan penyembuhan luka, dan akhirnya kematian.
Sindrom Menkes, yang ditandai oleh rambut kusut dan
retardasi pertumbuhan, mencerminkan defisiensi tembaga
(dalam makanan) yang diperlukan oleh lisil oksidase, yang
mengatalisis suatu tahap kunci dalam pembentukan ikatan-
silang kovalen yang memperkuat serat-serat kolagen.
Penyakit genetik pada biosintesis kolagen antara lain
adalah beberapa bentuk osteogenesis imperfekta, yang
ditandai oleh kerapuhan tulang. Pada sindrom Ehlers-
Danlos, sekelompok penyakit jaringan ikat yang berkaitan
dengan gangguan integritas struktur-struktur penunjang,
defek pada gen yang menyandi o kolagen-l, prokolagen l/-
peptidase, atau lisil hidrolailase menyebabkan sendi menjadi
terlalu lentur dan kelainan kulit (lihat iugaBab 47)'
RINGKASAN
. Protein dapat diklasifikasikan berdasarkan kelarutan,
bentuk, fungsinya, atau keberadaan suatu gugus
prostetik, misalnYa heme.
. Struktur primer suatu polipeptida yang disandi oleh gen
adalah sekuens asam-asaln aminonya. Struktur sekunder
terbentuk akibat pelipatan polipeptida menjadi motif-
motif yang disatukan oleh ikatan hidrogen, misalnya
heliks a, lembar terlipat B, tekukan B, dan gelungan.
Kombinasi dari berbagai motif ini dapat menghasilkan
motif supersekunder.
Struktur tersier berkaitan dengan hubungan antara
domain-domain struktural sekunder. Struktur kuaterner
protein dengan dua polipeptida atau lebih (protein
oligomerik) berkaitan dengan hubungan spasial antara
berbagai tipe polipeptida.
Struktur primer distabilkan oleh ikatan peptida kovalen.
Struktur dengan ordo yang lebih tinggi distabilkan
oleh gaya-gaya lemah-ikatan hidrogen, ikatan
garam (elektrostatik), dan asosiasi gugus R hidrofobik
multipel.
Sudut phi (@) suatu polipeptida adalah sudut
mengelilingi ikatan Co-N; sudut psi (V) adalah sudut
yang mengelilingi ikatan Co-Co. Sebagian besar kom-
binasi sudut phi-psi tidak dapat terjadi akibat hambatan
sterik. Sudut phi-psi yang membentuk heliks cr dan
Iembar ct masing-masing terletak di kuadran kiri bawah
dan atas plot Ramachandran.
Pelipatan protein adalah suatu proses yang masih belum
dipahami. Secara umum, segmen-segmen pendek
dari polipeptida yang baru dibentuk akan melipat
membentuk unit-unit struktural sekunder. Gaya-gaya
yang membenamkan regio-regio hidrofobik dari pelarut
kemudian mendorong polipeptida yang separuh melipat
menjadi suatu "globulus cair" temPat modul-modul
struktur sekunder tertata-ulang untuk menghasilkan
konformasi asli protein.
Protein yang membantu pelipatan antara lain adalah
protein disulfi da isomerase, prolin- cis,nans-isomerase'
dan chaperonr-r (molekul pendamping) yang ikut serta
dalam pelipatan lebih dari separuh protein mamalia'
Chaperone melindungi polipeptida yang baru dibentuk
dari pelarut dan membentuk lingkungan yang
memungkinkan munculnya elemen'elemen struktur
sekunder untuk kemudian menyatu membentuk
globulus cair.
Teknik-teknik untuk mempelajari struktur protein
ordo tinggi antara lain adalah kristalografi sinar-X,
spektroskopi NMR, ultrasentrifugasi analitik, filtrasi
gel, dan elektroforesis gel.
Kolagen merupakan contoh keterkaitan erat antara
struktur protein dan fungsi biologisnya. Penyakit pem-
atangan kolagen antara lain adalah sindrom Ehlers-
Danlos dan penyakit defisiensi vitamin C' skorbut-
Prion-partikel protein yang tidak memiliki asam
nukleat-menyebabkan ensefalopati spongiformis in-
feksiosa yang fatal seperti penyakit Creutzfeldt-Jakob,
scrapie, dan bouine spongiform encephalopathy. Penyakit
prion berkaitan dengan perubahan struktur sekunder-
tersier suatu protein alami, PrPc. Jika PrPc berinteraksi
dengan bentuk patologiknya, PrPSc, konformasinya
berubah dari struktur yang dominan helila-ct menjadi
struktur lembar-cr yang khas untuk PrPSc.
 BAB 5: PROTEIN: STRUKTUR ORDO TINGGI / 43

\ML: The many roles of computation in drug discovery.

REFERENSI
Branden C, Tooze J: Introduction to Protein Stntcture. Garland,
1991'
Burkhard B Stetefeld J, Strelkov SV: Coiled coils: A highly versatile
protein folding moftif. tends Cell Biol 2001 ; :82.
11
Collinge J: Prion diseases of humans and animals: Their causes and
molecular basis. Annu Rev Neurosci 2001;24:519.
Frydman J: Folding of newly translated proteins in vivo: The role of
molecular chaperones. Annu Rev Biochem 2001;70:603.
Gothel SF, Marahiel MA: Peptidyl-prolyl cis-trans isomerases, a
superfamily of ubiquitous folding catalysts. Cell Mol Life sci
1999;55:423.
Hajdu J, et al: Analyzing protein functions in four dimensions. Nat
Struct Biol 2000;7:1006.
Hardy J: Toward Alzheimer therapies based on generic knowledge.
AnnuRevMed,2004;55:15.
Ho BK, Thomas A, Brasseur R: Revisiting the Ramachandran plot:
Hard-sphere repulsion, electrostatics, and H-bonding in the
cr-helix. protein Sci 2003;12:2509.
Ice GE et al: Polychromatic x-ray microdiffraction studies of
mesoscale sffucture and dynamics. J Synchrotron Rad
2005 12:155.
Irani DN, Johnson RT: Diagnosis and prevention of bovine
spongiform encephalopathy and variant Creutzfeldt-Jakob
disease. Annu Rev Med 2003;54:305.
lorgensen
Science 2004;303: 1 B I 3.
Kong Y et al: Loss of alpha-hemoglobin-stabilizing protein impairs
er1'thropoiesis and exacerbates beta-thalassemia. J Clin Invest
2004;174:1457.
Myers JK, Oas TG. Mechanism of fast protein folding. Annu Rev
Biochem 2002;71:783.
Myllyharju J: Prolyl 4-hydroxylases, the key enzymes of collagen
biosynthesis. Matrix Biol 2003;22:15.
Radord S. Protein folding: Progress made and promises ahead.
Tiends Biochem Sci 2000;25:61i.
Sadana A, Vo-Dinh T: Biochemical implications of protein folding
and misfolding. Biotechnol Appl Biochem 2001;33:7.
Segrest MP et al: The amphipathic alpha-helix: A multifunctional
structural morif in plasma lipoproteins. Adv Protein Chem
1995;45:1.
Stoddard BL et al: Millisecond Laue srrucrures of an enzyme-
product complex using photocaged substrate analogs. Nat
Struct Biol 1998;5:891.
young
JC, Moarefi I, Hartl FIJ: Hsp90: A specialized but essential
protein-foldingtool.JCellBiol2001;154:267.