Nama : Ratnamaya Uzma

NPM : 200110200303

Kelas : E

Penuliaan Ternak

Tugas Rangkuman Jurnal EBV

Principles of Estimation Values (Prinsip Estimasi Nilai Pemuliaan)

Dalam sistem pemuliaan hewan, kita memberi peringkat dan memilih hewan berdasarkan
nilai pemuliaan mereka yang sebenarnya (TBV atau “A”: nilai genetik aditif). Sehingga harus
menggunakan fenotipe yang diamati untuk mendapatkan perkiraan nilai pemuliaan (EBV atau Â).
Perubahan genetik akibat seleksi berdasarkan EBV akan lebih rendah dibanding seleksi pada nilai
pemuliaan sejati. Respon relatif sebanding dengan akurasi EBV, dan akurasi antara 0 dan informasi
fenotipik untuk memperkirakan nilai pemuliaan hewan adalah fenotipe hewan itu sendiri. Tapi
dapat menggunakan informasi dari kerabat, seperti bapak, bendungan, saudara kandung dan
keturunan. Sistem evaluasi genetik komersial menghasilkan EBV untuk setiap hewan untuk semua
sifat relevansi. Evaluasi didasarkan pada prosedur statistik yang mengarah ke Best Linear Unbiased
Prediction (BLUP) nilai pemuliaan. Pencantuman informasi secara otomatis dalam metode BLUP,
asal informasi dalam database melalui pengetahuan silsilah. Dalam topik ini kita akan membahas
prinsip pendugaan nilai pemuliaan. Pertama penyajian informasi fenotipik diubah menjadi EBV.
Heritabilitas sifat itu penting, Kedua, akurasi EBV. Karena semakin tinggi akurasi, semakin tinggi
respons terhadap seleksi berdasarkan EBV. Berhubungan erat dengan akurasi adalah varians EBV
dan Varians Kesalahan Prediksi EBV. Varians EBV menunjukkan seberapa besar perbedaan nilai
EBV. Varians Kesalahan Prediksi memberikan informasi tentang ketidakpastian EBV.

1. Prinsip Pendugaan Nilai Pemuliaan

1.1.Komponen Variasi
Nilai Breeding berdasarkan perbedaan fenotipik antara hewan karena perbedaan
fenotipik ini disebabkan oleh komponen genetik. Perbedaan fenotipik terjadi karena perbedaan
genetik maupun nongenetik. Perbedaan diukur sebagai varians, varians fenotipik adalah jumlah
varians genetik dan nongenetik. Varians genetik aditif adalah varians dalam nilai pemuliaan, yaitu
bagian dari perbedaan genetik yang diturunkan ke keturunannya dapat lebih mudah diperkirakan,
Efek genetik nonaditif disebabkan oleh efek dominasi serta efek epistatik. Efek ini dapat
menjelaskan mengapa beberapa pejantan membuat kombinasi yang sangat baik dengan sapi
tertentu (petani menyebutnya 'nicking'), tetapi efek ini sulit diperkirakan (karena pejantan yang
sama tidak sering digunakan untuk sapi yang sama), mereka relatif kecil dan oleh karena itu efek
nonaditif sulit dalam pemuliaan.
Karena itu Fenotipe terdiri dari nilai pemuliaan dan efek residu:
P=A+E
Kami menggunakan "E" untuk 'efek lingkungan, meskipun ini sebenarnya adalah efek residual,
juga mengandung efek genetik non-aditif Perbedaan fenotipik disebabkan oleh perbedaan nilai
pemuliaan ditambah perbedaan efek residu.

VP = VA + VE Keterangan:
VP = Varians Fenotipik

VA = Varians Genetik Aditif

VE = Varians Residual (atau Lingkungan)

Tabel 1. Kinerja 5 sapi jantan dan efek sebenarnya yang mendasarinya

Fenotipe P A E
berat anting Deviasi fenotipik Nilai Genetik Aditif Efek sisa

314 + 14 +3 + 11

306 +6 +7 -1

302 +2 -3 +5

293 -7 +4 - 11

289 - 11 -7 -4

• Perbedaan fenotipik disebabkan oleh perbedaan nilai pemuliaan (A) dan efek residual (E)
• Perbedaan A dan E tidak berhubungan, yaitu hewan dengan A positif tidak memiliki lebih
banyak kesempatan untuk memiliki E positif (atau negatif).
• Perbedaan E umumnya lebih besar dari perbedaan A
• Hewan dengan fenotipe terbaik belum tentu memiliki nilai perkembangbiakan terbaik,
• Memilih hewan pada fenotipe akan memberi hewan rata-rata nilai pemuliaan positif (ada
korelasi P dan A)

Adalah umum bahwa perbedaan dalam E lebih besar daripada perbedaan dalam A. Ukuran
untuk perbedaan adalah varians. Varians secara formal dihitung sebagai jumlah deviasi kuadrat.
Nilai rata-rata untuk P, A dan E adalah nol. Varians dan deviasi standar pada contoh Tabel 2.1
adalah

VP = 101 SDP = 10
VA = 32 SDA = 5.7
VE = 71 SDE = 8.4
Oleh karena itu, sekitar 30% dari perbedaan fenotipik yang diamati disebabkan oleh nilai
pemuliaan (A). Angka ini disebut heritabilitas.

Heritabilitas = Varians genetik aditif/Varian fenotipik = VA / VP

Dalam contoh kita, heritabilitas yang tepat adalah 32 / 101 = 0,32

1.2.Memperkirakan Nilai Pemuliaan

Informasi untuk memperkirakan nilai pemuliaan adalah fenotipe. Untuk tujuan

menggunakan perbedaan fenotipik antara hewan, atau lebih khusus, penyimpangan fenotipik. Nilai
pemuliaan sebagai proporsi penyimpangan, menjadi proporsi variasi total yang disebabkan oleh
variasi nilai pemuliaan. Proporsi ini sama dengan heritabilitas. Ketika informasi yang digunakan
adalah penyimpangan fenotipik hewan, nilai pemuliaan diperkirakan sebagai:

EBV = h2.P

dimana h2 adalah simbol heritabilitas dan P adalah deviasi fenotipik. Heritabilitas merupakan
parameter populasi, yaitu nilainya konstan. Itu hanya dapat bervariasi antara sifat yang sama di
lingkungan yang sangat berbeda. Korelasi antara nilai pemuliaan dan fenotipe sama dengan h.
Proporsi variasi yang dijelaskan oleh nilai pemuliaan adalah h2. Notasi ini setara dengan
pemodelan statistik, menggunakan r2 untuk proporsi varians yang dijelaskan oleh model, dan r
untuk korelasi antara nilai yang diamati dan nilai yang diprediksi. Penggunaan nilai fenotipik
absolut, tetapi menggunakannya sebagai penyimpangan dari mean, Semakin besar heritabilitas
suatu sifat, semakin kami percaya bahwa perbedaan fenotipik yang diamati disebabkan oleh nilai
pemuliaan.

Perbedaan nilai pemuliaan berdasarkan perbedaan fenotipe yang diamati. Jika kita
meregresi nilai pemuliaan pada pengamatan fenotipik, kemiringan garis regresi menentukan
perbedaan yang kita miliki dalam nilai pemuliaan per unit perbedaan fenotipe. Kemiringan ini
sama dengan heritabilitas. Ini dapat diturunkan dari teori genetik kuantitatif, karena kemiringan
garis regresi adalah

B xy - cov( x,y) = cov(P, A) -var(A) - H2

var(y)

mengingat bahwa cov(P,A) = cov(A+E, A) = cov(A,A) = var(A). Ini adalah derivasi teoretis,
karena dalam praktiknya kita tidak dapat mengamati nilai pemuliaan yang sebenarnya (A).
Namun, dapat memperkirakan heritabilitas, dengan pengetahuan h2 dan fenotipe, kita dapat
memperkirakan nilai pemuliaan.
Gambar 1: Pendugaan nilai pemuliaan berdasarkan prinsip regresi nilai pemuliaan sejati (A)
pada fenotipe (P)

Contoh

Pada Tabel 1, sapi jantan terbaik memiliki berat tahunan 314 kg. Rata-rata orang sezamannya
adalah 300 kg. Heritabilitas bobot semusim adalah 0,32. Berapa EBV banteng?

EBV = h2.P = 0,32 x (+14) = + 4,5 kg

Tabel 2. Kinerja 5 sapi jantan, efek sebenarnya yang mendasari dan EBV s

Fenotipe yang Diamati

(Berat Tahunan) P A E EBV

314 + 14 + 3 + 11 + 4,5 306 + 6 + 7 - 1 + 1.9

302 +2 -3 +5 + 0,6

293 - 7 + 4 - 11 - 2.2 289 - 11 - 7 - 4 - 3,5

• Ranking berdasarkan EBV tidak sama persis dengan ranking berdasarkan true breeding
value (A),

• Hewan dengan EBV tertinggi rata-rata memiliki nilai pemuliaan sejati yang lebih tinggi
• Ada kesalahan prediksi pada setiap EBV (menjadi perbedaan antara A dan EBV).

Estimasi EBV mungkin tampak sangat buruk untuk individu hewan, tetapi sebagai kriteria
untuk mencapai perubahan genetik, EBV adalah yang paling efisien, seperti yang akan dibahas
nanti dalam topik ini. Sadarilah juga bahwa dengan lebih banyak informasi, terutama informasi
tentang keturunan, EBV akan lebih dekat dengan Pada kenyataannya, kita tidak dapat melihat A,
dan oleh karena itu kita tidak akan mengetahui kesalahan prediksi. Ekspektasi kesalahan prediksi
adalah nol (artinya nol – rata-rata). kesalahan prediksi tergantung pada akurasi (lihat nanti di topik
ini). Dengan lebih banyak informasi yang tersedia, kesalahan prediksi menjadi lebih kecil, dan
EBV perlahan-lahan akan bergerak menuju nilai pemuliaan yang sebenarnya. Dengan akurasi 1,
kesalahan prediksi akan menjadi nol. Hal penting yang perlu diperhatikan adalah bahwa hewan
dengan EBV terbaik tidak memiliki peluang lebih besar untuk memiliki kesalahan prediksi negatif
dibandingkan hewan dengan EBV terburuk, yaitu setiap hewan memiliki peluang yang sama untuk
berubah ke atas daripada ke bawah jika lebih banyak informasi tersedia.

1.3.Mengoreksi untuk Efek Tetap

Estimasi nilai pemuliaan memiliki dua aspek. Yang pertama adalah tentang menurunkan
koefisien regresi, yaitu seberapa banyak informasi yang kita kaitkan dengan nilai pemuliaan. Ini
akan dibahas lebih detail di topik berikutnya. Aspek lainnya adalah bahwa nilai pemuliaan harus
didasarkan pada perbandingan yang adil antara individu, yaitu mereka tidak boleh bias oleh fakta
bahwa beberapa hewan memiliki lebih banyak kesempatan untuk mewujudkan fenotipe yang baik
daripada yang lain. Efek sistematis yang mempengaruhi fenotipe disebuttetap efek, misalnya efek
jenis kelamin hewan, kawanan (kawanan) atau kelompok manajemennya, musim kelahirannya,
apakah ia dilahirkan sebagai tunggal atau kembar, dll. Untuk efek tetap yang dapat diamati, kita
dapat melakukan koreksi. Hal ini berbeda denganacak efek lingkungan "E" yang tidak dapat kita
amati, dan tidak dapat dikoreksi.
Koreksi untuk efek tetap akan dibahas lebih rinci ketika kita membahas model linier dan BLUP.
Namun, prinsipnya adalah bahwa untuk perbandingan yang adil di antara hewan, kita perlu
mempertimbangkan fenotipe yang diamati sebagai penyimpangan dari rata-rata yang diharapkan,
yaitu sebagai penyimpangan dari rata-rata kelompok kontemporer.

Jadi meskipun Bert adalah banteng yang lebih besar, EBV-nya lebih rendah. Dia lebih besar
terutama karena berada di kawanan yang baik. Mengoreksi efek tetap masuk akal, dan merupakan
alasan utama mengapa memilih pada EBV lebih masuk akal daripada memilih pada fenotipe.
Namun, pada saat yang sama hal ini menimbulkan banyak kebingungan karena para peternak
mungkin bertanya-tanya mengapa hewan mereka yang paling tampan tidak memiliki EBV terbaik.
Perhatikan bahwa ada kemungkinan bahwa kawanan Bert menggunakan sapi jantan yang lebih
baik, dan dalam hal ini koreksinya tidak adil. Namun, dalam prosedur BLUP, ada koreksi bersama
untuk kawanan dan pejantan yang digunakan dalam kawanan ini, dan BLUP akan
mempertimbangkan hal tersebut (ini adalah salah satu alasan utama mengapa BLUP diperkenalkan
dalam evaluasi sapi perah pada tahun 1970-an) . Selain mengoreksi efek kelas tetap, seperti di atas,
kami juga dapat mengoreksi efek berkelanjutan seperti usia. Pada contoh di bawah ini, kami
menggunakan koreksi untuk berat 12 kg/bulan (asumsikan kami telah memperkirakan dari data
bahwa pertumbuhan per bulan adalah 12 kg). Setiap hewan disesuaikan dengan berat badan
tahunan, dengan menyesuaikan berat badan mereka sesuai dengan usia. Misalnya, Frank diukur
pada 11 bulan, dan kami memperkirakan akan menjadi 12 kg lebih berat jika diukur pada 12 bulan.
Oleh karena itu, ia mendapat kredit ekstra 12 kg, dan kami menempatkan bobotnya yang diperbaiki
12 bulan pada 302 kg.
 1.4.Sifat Nilai Perkiraan Pemuliaan

Akurasi EBV Akurasi didefinisikan sebagai korelasi antara nilai pemuliaan yang
sebenarnya dan perkiraan. Simbol akurasi adalah rsaya Karena EBV sering diindikasikan sebagai
Indeks (I), - lihat Topik 3- nilai pemuliaan yang sebenarnya memiliki simbol A dan r adalah simbol
umum untuk korelasi. Akurasinya antara 0 dan 1 (atau 0% dan 100%). Dalam kasus ekstrim tanpa
informasi, akurasi nilai pemuliaan adalah 0, dan dengan jumlah informasi yang sangat besar,
akurasi akan mendekati 1. Tabel 2.3 menunjukkan contoh akurasi. Ini menggambarkan bahwa:

• Akurasi lebih tinggi ketika lebih banyak informasi yang digunakan, misalnya dari
kerabat dan keturunan
• Akurasi lebih tinggi untuk sifat-sifat dengan heritabilitas yang lebih tinggi, tetapi efek
heritabilitas menjadi lebih kecil dengan lebih banyak informasi yang digunakan
• Keakuratan rata-rata tetua tergantung pada akurasi EBV induk dan bukan pada
heritabilitas (tetapi perhatikan bahwa dengan heritabilitas rendah akan lebih sulit bagi
tetua untuk mencapai akurasi tertentu)
• Keakuratan informasi dari kerabat agunan (yaitu saudara kandung) terbatas pada 0,5
untuk HS dan 0,71 untuk FS. Tes keturunan diperlukan untuk mendapatkan akurasi yang
lebih tinggi