SOAL TUGAS 1E PB METHODS

1. Apa yang dimaksud dengan segregasi? Mengapa dapat terjadi segregasi pada
tanaman? Kapan biasanya segregasi terjadi pada tanaman? Apa yang dimaksud
dengan “populasi masih bersegregasi?”.
Jawab:

Segregasi secara umum dapat diartikan sebagai sebuah peristiwa pemisahan.

Dalam ilmu biologi, segrerasi diartikan sebagai pemisahan suatu faktor dari gamet
parental yang akan diturunkan kepada anaknya.

Hukum pemisahan (segregation) dari Mendel, juga dikenal sebagai Hukum

Pertama Mendel, Hukum segregasi bebas menyatakan bahwa
pada pembentukan gamet (sel kelamin), kedua gen induk (Parent) yang merupakan
pasangan alel akan memisah sehingga tiap-tiap gamet menerima satu gen dari
induknya. Hukum segregasi mendel menyatakan bahwa pasangan alel memisahkan
pembentukan gamet dan secara acak bersatu pada saat pembuahan.

Segregasi terjadi pada tanaman disebabkan karena tanaman melakukan proses

reproduksi melalui proses fertilisasi (pembuahan). Menurut Hukum Mendel I (law of
segregation) segregasi atau pemisahan alel terjadi saat pembentukan gamet. Pasangan
alel gen akan terpisah dan memisahkan masing-masing gennya selama pembentukan
gamet (secara meiosis) yang kemudian secara acak bersatu saat fertilisasi.

Populasi masih bersegregasi merupakan populasi yang terdiri dari genotip-

genotip yang secara susunan gen masih bersifat heterizigot dan secara fenotipik masih
bersifat heterogen serta masih bersegregasi pada generasi selanjutnya.

2. Apa yang dimaksud dengan parameter genetik? Jelaskan apa saja yang termasuk ke
dalam parameter genetik!
Jawab:

Parameter genetik adalah besaran yang menggambarkan kondisi genetik suatu

organisme, sehingga dapat diprediksi dalam nilai tertentu. Heritabilitas, Ripitabilitas,
dan Korelasi Genetik termasuk ke dalam parameter genetik.

Parameter genetik terbagi menjadi 3, yaitu:

a. Heritabilitas

Heritabilitas adalah nilai yang menjelaskan seberapa besar keragaman fenotipe

dapat diwariskan pada turunan berikutnya. Nilai heritabilitas berdasarkan
komponen ragamnya dapat dibedakan menjadi heritabilitas arti luas (H2BS) dan
heritabilitas arti sempit (H2NS). Nilai heritabilitas arti luas dapat dihitung dengan
membandingkan nilai ragam genetic dengan ragam fenotipenya yang kemudian
dikalikan dengan 100%, sedangkan nilai heritabilitas arti sempit dapat dihitung
dengan membandingkan antara ragam aditif dengan ragam fenotipenya yang
 kemudian dikali dengan 100%. Karena menggunakan ragam aditif dalam
perhitungannya, maka nilai heritabilitas arti sempit mampu menunjukkan laju
perubahan yang dapat dicapai dengan proses seleksi untuk suatu sifat dalam
populasi.

Konsep heritabiitas :

pengertian luas : h2 = VG / VP

Dalam arti sempit h2 = VA / VP

Heritabilitas juga mengartikan hubungan antara sifat yang sama tetapi pada
generasi berbeda yi. Generasi orang tua dan anaknya.

b. Repeatability

Ripitabilitas (repeatability) = daya ulang, artinya suatu nilai (dalam persen)

untuk menunjukkan sampai seberapa kekuatan suatu sifat (variabel) muncul secara
beurutan (lebih dari satu kali/ berulang) selama hidupnya

Sifat-sifat yang dapat dhihitung ripitabilitasnya ( r ) adalah sifat yang muncul

lebih dari 1 kali seperti produksi daging, telur, produksi anak. Merupakan bentuk
hubungan/ korelasi pada sifat yang sama tetapi pada periode produksi yang
berutan/ selanjutnya. Perhitungan/ estimasi dengan analisis korelasional, dengan
metode sidik ragam/ Anova, metode percobaan

Repeatability adalah proporsi varians fenotipik yang disebabkan oleh efek

permanen (efek genetik dan efek lingkungan). Dinyatakan dalam suatu nilao untuk
menunjukkan sampai seberapa kekuatan suatu sifat (variabel) muncul secara
berurutan (lebih dari satu kali/berulang) selama hidupnya.

c. Korelasi genetik

Korelasi genetik adalah bentuk hubungan dari dua sifat/ variabel yang terjadi
karena adanya seleksi. Derajat hubungan antara suatu variable (karakter) dengan
variable lainnya. Dengan mengetahui nilai korelasi suatu karakter, kita dapat
mengetahui hubungan antar karakter tersebut. Nilai korelasi berkisar dari -1 sampai
1, jika mendekati nilai -1 atau 1 artinya terdapat hubungan yang sangat erat antar
karekter-karakter tersebut, sedangkan jika mendekati nilai 0 artinya hubungan antar
karakter tidak erat.

3. Mengapa bisa terjadi variasi pada tanaman? Faktor apa saja yang menentukan
terjadinya variasi?
Jawab:

Variasi dapat dibedakan menjadi variasi genetic dan non genetic. Keduanya dapat
disebabkan oleh beberapa hal seperti, terjadinya mutasi , kesalahan dalam pemisahan
krosomom, (aneuploidi,triploidi), dsb.
 Variasi genetik adalah istilah yang digunakan untuk menggambarkan variasi
dalam urutan DNA di setiap genom. Variasi Genetik yaitu variasi yang dihasilkan
oleh factor keturunan (gen) yang bersifat kekal dan diwariskan secara turun temurun
dari satu sel ke sel yang lain.

Variasi non genetic (variasi lingkungan) adalah variasi yang ditentukan oleh
factor lingkungan yang ada di sekitarnya dan tidak diwariskan ke keturunannya Faktor
yang menentukan terjadinya variasi :

a. Adaptasi : adalah kemampuan atau kecenderungan makhluk hidup dalam

menyesuaikan diri dengan lingkungan baru untuk dapat tetap hidup dengan baik
b. Adaptasi morfologi : Adalah penyesuaian pada organ tubuh yang disesuaikan
dengan kebutuhan organisme hidup
c. Adaptasi fisiologi : Adalah penyesuaian yang dipengaruhi oleh lingkungan sekitar
yang menyebabkan adanya penyesuaian pada alat-alat tubuh untuk
mempertahankan hidup dengan baik.
d. Adaptasi tingkah laku : Adalah penyesuaian mahkluk hidup pada tingkah laku /
perilaku terhadap lingkungannya
4. Pada generasi dasar, variasi terbagi menjadi variasi pada generasi segregating
population dan non-segregating. Apakah perbedaan pada keduanya? Bagaimana
mengukur adanya variasi pada suatu karakter?
Jawab:
Variasi pada generasi segregating population memiliki lebih banyak variasi
dibandingkan dengan generasi non-segregating. Hal ini dikarenakan pada generasi
segregating population sudah mengalami perubahan- perubahan dari proses segregasi,
berbeda dengan yang nonsegregating yang masih dalam kondisi stagnan atau sedikit
terjadi perubahan. Jadi perbedaan keduanya yaitu jumlah variasi yang terjadi.
Cara mengukur adanya variasi pada suatu karakter yakni dengan cara penanda
genetik dan pendekatan sifat kuantitatif.
5. Apa yang dimaksud dengan inherit (pewarisan)?
Jawab:

Pewarisan adalah turunnya suatu sifat, keragaman, maupun karakter dari suatu
individu. Dalam halnya pemuliaan tanaman, pewarisan diartikan sebagai turunnya
sifat baik secara fenotif maupun genotif dari keturunan sebelum kepada keturunan
setelahnya.

6. Apa yang dimaksud dengan heritabilitas (daya mewaris)? Apakah ada rumusnya?
Bagaimana menghitungnya? Jelaskan arti heritabilitas sempit dan luas. Apa sajakah
manfaat mengetahui heritabilitas?
Jawab:

Heritabilitas adalah nilai yang menjelaskan seberapa besar keragaman fenotipe

dapat diwariskan pada turunan berikutnya. Heritabilitas arti luas (H atau H2BS)
adalah nisbah varians genotipik terhadap varians fenotipik.
 Heritabilitas arti luas digunakan apabila bekerja dengan klone atau galur
homozigot atau hibrida F1, karena pengaruh aditifnya tidak akan berubah-ubah.

Heritabilitas arti sempit (h2 atau H2NS) adalah nisbah varians genetik aditif
terhadap varians fenotipik. Heritabilitas dalam arti sempit adalah yang paling banyak
digunakan karena dugaannya sangat bermanfaat, yaitu dapat mengetahui laju
perubahan yang dapat dicapai dari seleksi untuk sifat di dalam suatu populasi.
Digunakan apabila bekerja dengan populasi segregasi awal dan populasi heterogen .
Pada populasi demikian yang berubah-ubah adalah genetik aditifnya. Adapun rumus
untuk heretabilitas yaitu sebagai berikut :

Manfaat mengetahui heritabilitas adalah:

a. Dapat menjadi salah satu pertimbangan utama dalam menentukan metode seleksi
yang cocok bagi suatu populasi pemuliaan tanaman.
b. Apabila nilai heritabilitas tinggi, maka dengan seleksi sederhana mungkin sudah
berhasil, missal seleksi massa.
c. Mengetahui laju perubahan yang dapat dicapai dari seleksi untuk sifat dalam
suatu populasi.
d. Untuk menentukan pelaksanaan seleksi untuk generasi pertama atau generasi
tertentu.
7. Apa pentingnya mengetahui parameter varians? Varians terdiri atas varians fenotipik,
genotipik dan lingkungan. Jelaskan apa perbedaannya!
Jawab:
Parameter varians perlu diketahui sehingga keragaman genetik pada suatu
populasi dapat diamati dan pendugaan heritabilitas juga dapat dilakukan
a. Varians fenotipik dipegaruhi oeh variasi genotip dan variasi lingkungan, yang
berupa faktor-faktor luar seperti makanan, suhu, kelembaban bersamaan dengan
faktor turunan yang diperoleh dari kedua induknya.
b. Varians genetika adalah adalah keragaman sifat genetik yang dapat dipengaruhi
oleh beberapa faktor, misalnya introduksi tanaman yang baru ke dalam kelompok
tanaman asli yang menyebabkan terjadi perkawinan di antara kedua bangsa
tanaman tersebut, metode inbreeding, dan efek seleksi.
c. Varians lingkungan merupakan hasil interaksi antara varians genetik dengan
lingkungan. Interaksi dapat berupa penanaman multi lokasi, missal pada tempat
dan waktu yang berbeda.
8. Adakah perbedaan cara mengestimasi varians pada data fenotipe dan data berbasis
molekuler? Jelaskan!
Jawab:
Ada Data fenotipe digunakan untuk penentuan lokus gen pengendali karakter
kualitatif, sedangkan data berbasis molekuler digunakan untuk menentukan lokus gen
pengendali karakter kuantitatif.
a. Data fenotipe
Pencarian lokus gen yang mengendalikan sifat kualitatif membutuhkan waktu
lebih singkat dibandingkan dengan gen yang mengendalikan karakter kuantitatif
 karena tidak membutuhkan peta genetik lengkap. Pemetaan gen-gen pengendali
karakter kualitatif dapat dipercepat melalui bulk segregant analysis (BSA).
Teknik ini umumnya digunakan dalam pemetaaan gen-gen yang pola
pewarisannya sederhana (kualitatif).
b. Data Berbasis Molekuler
Pada pencarian lokus gen yang mengendalikan sifat kuantitatif digunakan
metode QTL. Data yang dibutuhkan dalam identifikasi marka DNA yang terkait
dengan QTL ialah data kuantitatif fenotipik setiap individu dalam suatu populasi
yang bersegregasi dan data molekuler (genotipik) dari masing-masing individu
(misalnya homozigot tetua A, heterozigot, atau homozigot tetua B), sesuai dengan
jenis populasi yang digunakan.
9. Mutasi dimanfaatkan dalam pemuliaan tanaman salah satunya untuk mendapatkan
variasi. Sebutkan apa saja jenis mutasi yang biasa dilakukan dalam pemuliaan
tanaman dan jelaskan bagaimana prosedur yang dilakukan!
Jawab:
Mutasi merupakan teknik yang banyak digunakan dalam upaya untuk
meningkatkan keragaman genetik tanaman guna mendapat sifat baru dengan tujuan
untuk perbaikan genetik tanaman terutama pada tanaman yang diperbanyak secara
vegetatif. Dikatakan mutasi apabila perubahan materi genetik pada makluk hidup
terjadi secara spontan dan acak serta diwariskan. Jenis – jenis mutasi yang bisa
dilakukan dalam pemuliaan tanaman diantaranya mutasi gen dan mutasi kromosom:
a. Mutasi gen (mutasi titik)
Mutasi gen adalah mutasi yang terjadi pada tingkatan gen, dan perubahanya
terjadi pada pasangan basa nitrogen pembentuk gen. disebut dengan mutasi titik
karena mutasi gen terjadi pada daerah yang sempit (perubahan beberapa pasang
basa).
Mutasi gen bisa dibedakan menjadi substitusi pasangan basa dan
penambahan atau pengurangan pasangan basa.
 Substitusi pasangan basa
Mutasi yang terjadi akibat perubahan satu pasang basa nitrogen pada suatu gen
merupakan arti dari substitusi pasang basa. Perubahan tersebut menyebabkan
perubahan pada protein (dikode gen) dan menebabkan kelainan yang
membahayakan. Substitusi pasangan basa dapat dibedakan menjadi transisi dan
transversi
1) Transisi merupakan perubahan sesama jenis basa (pada basa purin dengan basa
purin lain, atau basa pirimidin dengan basa pirimidin lain). Misalnya urutan
basa nitrogen GCA yang berubah menjadi ACA.
2) Transversi merupakan perubahan basa purin dengan basa pirimidin atau
sebaliknya. Misalnya saja burutan basa nitrogen GCA yang berubah menjadi
TCA.
 Penambahan atau pengurangan pasangan basa Penambahan atau pegurangan
pasangan basa dikenal juga sebagai mutasi ubah rangka. Disebut ubah rangka
karena apabila terjadi perubahan basa nitrogen, maka urutan kodon dalam gen
 akan berubah secara keseluruhan. Mutasi ubah rangka dapat dibedakan menjadi
dua, yaitu adisi dan delesi.
1) Adisi merupakan penambahan basa nitrogen, misalnya urutan awal adalah
GCAACA mengalami penambahan sehingga menjadi TGC-AAC-A...
2) Delesi merupakan pengurangan basa nitrogen, misalnya uutan basa GCA-
ACA mengalami pengurangan sehingga menjadi CAA-CA..
b. Mutasi Kromosom
Mutasi kromosom atau aberasi kromosom adalah perubahan struktur atau
perubahan jumlah terjadi pada kromosom. Mutasi kromosom umumnya bersifat
fenotipik karna akibat terlihat lebih jelas daripada mutasi gen. Mutasi secara
alami terjadi pada waktu pembelahan meiosis (pada sel) akibat peristiwa pindah
silang atau gagal pisah.
Mutasi yang paling banyak terjadi pada kromosom tanaman akibat pengaruh
adiasi (bahan mutagen) adalah pecahnya benang kromosom (chromosome
breakage atau chromosome aberration). Hal ini terbagi menjadi 4 kelompok
yaitu, duplikasi (penggandaan/duplications), delesi (pengurangan/deletions),
translokasi (translocations), dan inversi (inversions).
Perubahan struktur kromosom
Perubahan struktur kromosom dapat dibedakan menjadi:
1) Delesi merupakan hilangnya beberapa gen dalam kromosom akibat patahnya
suatu kromosom.
2) Duplikasi kromosom merupakan penambahan gen yang sebelumnya sudah ada
akibat dari penambahan ruas kromosom.
3) Inversi merupakan melilitnya lengan kromosom, kemudian patah, tetapi
kembali menyatu (terbalik) pada tempat yang berbeda sehingga terjadi penataan
struktur kromosom kembali. Disebut inversi parasentrik bila sentromer berada
di luar ruas yang terbalik, sedangkan apabila sentromer berada di dalam diruas
yang terbalik disebut inversi perisentrik
4) Translokasi merupakan perpindahan segmen kromosom yang berisi gen-gen.
Apabila terjadi pertukaran segmen antar kromosom (saling tukar menukar)
disebut sebagai translokasi resiprok. Namun apabila terjadi perpindahan segmen
kromosom menuju kromosom lain tanpa pertukaran disebut translokasi non
resiprok.
5) Duplikasi merupakan penambahan bagian kromosom pada kromosom normal,
sehingga dalam satu kromosom sel terdapat dua atau lebih bagian yang sama.
Kromosom normal telah mengadakan replikasi (pembelahan) terlebih dahulu,
kemudian mengalami patah di dua tempat. Salah satu patahan kromosom pindah
dan menyambung kromosom pasangan replikasinya. Akibatnya, proses
duplikasi tersebut disertai dengan terbentuknya kromosom yang mengalami
delesi.
Terdapat beberapa prosedur yang dapat dilakukan, yaitu:
a) Menumbuhkan kalus atau suspensi sel pada beberapa siklus.
b) Meregenerasikan tanaman dalam jumlah besar dari kultur yang telah mengalami
siklus yang lama.
 c) Seleksi untuk sifat tertentu pada tanaman hasil regenerasi atau turunannya,
melalui seleksi in vitro menggunakan cekaman.
d) Pengujian dan seleksi varian sampai generasi lanjut pada sifat yang diinginkan.
e) Perbanyaan pada mutan yang sudah stabil untuk mendapatkan genotipe baru.
10. Chacha adalah seorang mahasiswi pertanian yang sedang melakukan penelitian
tanaman padi generasi F5 hasil persilangan dengan karakter yang diamati yaitu
panjang malai, jumlah anakan produktif, jumlah bulir isi, jumlah bulir hampa, bobot
100 biji kering dan berat total bulir isi (Data Terlampir). Hitunglah nilai varians
(fenotipik, genotipik. lingkungan) dan heritabilitas (heritabilitas luas dan sempit) pada
masing masing karakter dengan ketentuan:
a. Kelompok 1: Panjang malai (Indramayu)
b. Kelompok 2: Jumlah anakan produktif (Indramayu)
c. Kelompok 3: Jumlah bulir isi (Indramayu)
d. Kelompok 4: Jumlah bulir hampa (Indramayu)
e. Kelompok 5: Bobot 100 biji kering (Indramayu)
f. Kelompok 6: Berat total bulir isi (Indramayu)
g. Kelompok 7: Panjang malai (Jatinangor)
h. Kelompok 8: Jumlah anakan produktif (Jatinangor)
i. Kelompok 9: Jumlah bulir isi (Jatinangor)
j. Kelompok 10: Jumlah bulir hampa (Jatinangor)
k. Kelompok 11: Bobot 100 biji kering (Jatinangor)
l. Kelompok 12: Berat total bulir isi (Jatinangor)
Jawab:
JAWABAN NO.10 ADA DI FILE ECXEL