MAKALAH

DYNAMIC OF GENES IN POPULATION

( Pertemuan Ke 3)
Untuk Memenuhi Tugas Mata Kuliah Biosistematik, Taksonomi Dan Evolusi
Dosen Pengampu Prof. Dr. Agr. Mohamad Amin, S.Pd, M.Si

Disusun Oleh:
1. Idris Hermawan
2. Itsna Fauziyyah
3. Monalisa Taihuttu
4. Nando Watung
5. Yusri Juma

UNIVERSITAS NEGERI MALANG

FAKULTAS MATEMATIKA DAN ILMU PENGEATAHUAN ALAM
PASCASARJANA BIOLOGI
TAHUN 2017
1. GENETIKA POPULASI
1.1 Latar Belakang
Evolusi adalah proses perubahan susunan genetik populasi. Akibatnya, komponen
paling dasar dari proses evolusi adalah perubahan frekuensi gen dengan waktu. Genetika
populasi berhubungan dengan perubahan genetik yang terjadi di dalam populasi. Masalah
mendasar dalam genetika populasi evolusioner adalah untuk menentukan bagaimana
frekuensi alel mutan akan berubah pada waktunya di bawah pengaruh berbagai kekuatan
evolusioner. Selain itu, dari sudut pandang jangka panjang, penting untuk menentukan
probabilitas bahwa varian mutan baru sepenuhnya akan menggantikan yang lama dalam
populasi, dan untuk memperkirakan seberapa cepat dan seberapa sering proses
penggantiannya. Tidak seperti perubahan morfologi, banyak perubahan molekuler cenderung
hanya memiliki efek kecil pada fenotip dan, akibatnya, pada kebugaran organisme. Dengan
demikian, frekuensi varian molekuler tunduk pada efek kesempatan yang kuat, dan unsur
kesempatan harus diperhitungkan saat berhadapan dengan evolusi molekuler.
Genetika Populasi adalah cabang dari ilmu genetik yang terfokus pada sifat turun
temurun yang muncul pada populasi (kumpulan dari individu). Populasi genetik mempelajari
tentang populasi konstitusi genetika yang berubah dari generasi ke generasi berikutnya. Sifat
turun-temurun berubah seiring dengan peristiwa evolusi. Genetika Populasi lebih menitik-
beratkan pada suatu group atau populasi daripada individu-individu, artinya lebih
memfokuskan pada frekuensi alel dan frekuensi genotip dari satu generasi ke generasi
berikutnya dalam suatu populasi daripada membahas penyebaran genotip-genotip dan variasi
fenotip yang dihasilkan dari perkawinan tunggal.

1.1.2 Populasi dan Penyatuan Gen

Populasi adalah kumpulan dari individu-individu yang dihubungkan oleh ikatan
perkawinan dan induk, dengan kata lain populasi adalah kumpulan dari individu-individu
yang sejenis (1spesies). Ikatan dari induk yang menghubungkan antar anggota pada populasi
yang sama selalu ada, tetapi perkawinan selalu tidak ada pada organisme yang reproduksinya
secara aseksual. Populasi mendelian adalah kumpulan dari interbreeding, individu yang
melakukan reproduksi secara seksual dimana populasi mendelian adalah reproduksi yang
melibatkan perkawinan individu.
Evolusi adalah bahwa genotip pada individu tidak dapat berubah selama hidupnya,
bahkan individu bersifat ephemeral (juga pada beberapa organisme seperti pohon konifer
yang mungkin dapat hidup lebih dari beberapa ribu tahun). Pada evolusi, unit yang
bersangkut paut adalah Populasi. Kelangsungan dari populasi diatur oleh mekanisme
hereditas biologi. Populasi mendelian berfokus pada spesies. Spesies adalah unit evolusi yang
bebas. Perubahan genetik menempati pada populasi lokal dapat dikembangkan ke semua
anggota spesies yang berbeda. Spesies tidak selalu didistribusikan secara homogen tetapi
mereka dapat lebih bertahan hidup atau kurang pada populasi lokal. Populasi lokal adalah
suatu grup dari individu-individu yang memiliki spesies yang sama, bersama pada wilayah
yang sama
Gen pools ini adalah pengumpulan dari genotip yang semua individual di sebuah
populasi untuk organisme diploid. Gen pools pada sebuah populasi dengan N individual
terdiri dari 2N haploid genom. Setiap genom terdiri dari semua informasi genetik yang
menerima dari satu induk. Gen pools ada populasi di N individual ada 2N gen untuk tiap
lokus gen dan pasangan N pada kromosom homolog.

1.1.3 Variasi Genetik Dan Evolusi

Teori modern tentang evolusi didasarkan pada Charles Darwin (1809-1882) dan teori
klasiknya, On The Virgin of Spesies dipublikasikan pada tahun 1859. Kehadiran dari variasi
hereditas pada populas alami merupakan titik awal dari pendapat Darwin tentang evolusi
melalui suatu proses seleksi alam. Darwin berpendapat bahwa beberapa variasi hereditas
alami mungkin dapat lebih menguntungkan daripada yang lainnya dalam hal bertahan hidup
dan reproduksi dalam masa hidupnya.
Korelasi langsung diantara sejumlah variasi genetik dalam populasi dan rata-rata
perubahan evolusioner oleh seleksi alam telah didemonstrasikan secara matematis dengan
baik oleh Sir Ronald A. Fisher dalam Teori Fundamental Seleksi Alam (1930) : rata-rata
peningkatan kemapuan populasi pada setiap waktu adalah sebanding dengan kemampuan
variasi genetik pada waktu tersebut.
Teori Fundamental mengaplikasikan variasi alela pada lokus gen tunggal, dan hanya
dibawah kondisi lingkungan tertentu. Akan tetapi korelasi diantara variasi genetik dan
kesempatan evolusi secara intuisis telah jelas. Dengan sejumlah besar lokus variabel
(berubah-ubah) dan lebih banyak alela yang ada pada masing-masing lokus variabel. Maka
semakin besar kemungkinan perubahan frekuensi beberapa alela kepada lainnya. Hal ini tentu
saja dibutuhkan, karena akan ada seleksi untuk merubah beberapa sifat dan variasi tersebut
akan sesuai dengan perubahan sifat yang terseleksi tersebut.
1.2 PERUBAHAN DALAM FREKUENSI ALLEL
Lokasi kromosom atau genom suatu gen disebut lokus, dan bentuk alternatif gen pada
lokus tertentu disebut alel. Dalam sebuah populasi, lebih dari satu alel dapat ditemukan di
lokus. Proporsi relatif alel disebut frekuensi alel atau frekuensi gen. Sebagai contoh, mari kita
asumsikan bahwa dalam populasi haploid dengan ukuran individu N, dua alel, A1 dan A2,
hadir pada lokus tertentu. Mari kita asumsikan lebih lanjut bahwa jumlah salinan alel A1
dalam populasi adalah n1 dan jumlah salinan alel A2 adalah n2. Kemudian frekuensi alel
sama dengan n1 / N dan n2 / N2 untuk alel A1 dan A masing-masing. Perhatikan bahwa n1+
n2 = N, dan n1 / N + n2 / N = 1. Himpunan semua alel yang ada pada populasi di semua
lokus disebut kolam gen.
Evolusi adalah proses perubahan susunan genetik populasi. Agar mutasi baru menjadi
signifikan dari sudut pandang evolusioner, ia harus meningkat frekuensi dan akhirnya
menjadi tetap pada populasi e, (semua individu pada generasi berikutnya akan berbagi alel
mutan yang sama) Jika tidak meningkatkan frekuensi , mutasi hanya memiliki sedikit efek
pada sejarah evolusi spesies ini, Bagi alel mutan untuk meningkatkan frekuensi, faktor selain
mutasi harus ikut berperan. Faktor utama yang mempengaruhi frekuensi alel pada populasi
adalah seleksi alam dan drift genetik acak. Dalam studi evolusioner klasik yang melibatkan
sifat morfologi, seleksi alam telah dianggap sebagai kekuatan pendorong utama dalam
evolusi. Pada coritrast, drift genetik acak diperkirakan telah memainkan peran penting dalam
evolusi pada tingkat molekuler. Ada dua pendekatan matematis untuk mengaitkan perubahan
genetik pada populasi: deterministik dan stokastik.
Model deterministik lebih sederhana. Ini mengasumsikan bahwa perubahan frekuensi
alel pada populasi dari generasi ke generasi terjadi dengan cara yang unik dan dapat
diprediksi dengan jelas dari pengetahuan tentang kondisi awal. Sebenarnya, pendekatan ini
hanya berlaku bila dua syarat terpenuhi: (i) populasi tidak terbatas ukurannya, dan (2)
lingkungan tetap konstan seiring waktu atau perubahan sesuai dengan peraturan
deterministik. Kondisi ini jelas tidak pernah terpenuhi di alam, dan oleh karena itu
pendekatan deterministik murni mungkin tidak cukup untuk menggambarkan perubahan
temporal pada frekuensi alel. Fluktuasi acak atau tidak dapat diprediksi pada frekuensi alel
juga harus diperhitungkan, dan berhubungan dengan fluktuasi memerlukan pendekatan
matematis yang berbeda. Model stokastik berasumsi bahwa perubahan frekuensi alel terjadi
secara probabilistik. Artinya, dari pengetahuan tentang kondisi dalam satu generasi,
seseorang tidak dapat memprediksi secara jelas frekuensi alel pada generasi berikutnya; Kita
hanya bisa menentukan probabilitas frekuensi alel tertentu yang mungkin akan dicapai. Jelas,
model stokastik lebih disukai daripada deterministik, karena didasarkan pada asumsi yang
lebih realistis. Namun, deterministik jauh lebih mudah untuk diobati secara matematis dan,
dalam keadaan tertentu, mereka menghasilkan perkiraan yang cukup akurat. Diskusi berikut
membahas seleksi alam secara deterministik.

1.3 SELEKSI ALAM

Seleksi alam didefinisikan sebagai reproduksi diferensial individu atau genotip
genetis dalam suatu populasi. Diferensial reproduksi disebabkan oleh perbedaan antara
individu dalam sifat seperti kematian, kesuburan, fekunditas, keberhasilan kawin, dan
kelangsungan hidup keturunan. Seleksi alam didasarkan pada ketersediaan variasi genetik
antar individu dalam karakter yang terkait dengan keberhasilan reproduksi. Bila populasi
terdiri dari individu yang tidak berbeda satu sama lain dalam sifat seperti itu, maka tidak
tergantung seleksi alam. Seleksi dapat menyebabkan perubahan frekuensi alel lembur.
Namun, perubahan frekuensi alel belaka dari generasi ke generasi tidak selalu
mengindikasikan bahwa seleksi sedang berjalan. Proses lain, seperti drift genetik acak, dapat
membawa perubahan temporal pada frekuensi alel juga. Menariknya, begitu juga sebaliknya :
kurangnya perubahan frekuensi alel tidak selalu menunjukkan bahwa seleksi tidak ada.
Kesesuaian genotip, yang biasa disebut w, adalah ukuran kemampuan individu
untuk bertahan dan bereproduksi. Namun, karena ukuran populasi biasanya dibatasi oleh
daya dukung lingkungan dimana populasi berada, keberhasilan evolusioner individu
ditentukan bukan oleh kecocokan mutlaknya, namun dengan kecocokan relatifnya
dibandingkan dengan genotipe lainnya di populasi. Di alam, kemampuan genotip tidak
diharapkan tetap konstan pada semua generasi dan dalam segala kondisi lingkungan. Namun,
dengan menetapkan nilai kecocokan yang konstan untuk setiap genotipe, kita dapat
merumuskan teori atau model sederhana, yang berguna untuk memahami dinamika
perubahan dalam struktur genetik populasi yang disebabkan oleh seleksi alam. Dalam kelas
model yang paling sederhana, kita berasumsi bahwa kecocokan organisme ditentukan
semata-mata oleh susunan genetiknya.
Mutasi yang terjadi pada fraksi genom-genom mungkin atau tidak mungkin
mengubah fenotipe organisme. Dalam kasus yang terjadi, mungkin atau tidak mungkin
mempengaruhi kebugaran dari organisme yang membawa mutasi. Sebagian besar mutasi baru
yang muncul dalam populasi mengurangi kemampuan pembawa mereka. Mutasi seperti ini
disebut merusak, dan mereka akan dipilih melawan dan akhirnya dihapus dari populasi. Jenis
seleksi ini disebut seleksi negatif atau pemurnian. Kadang-kadang, mutasi baru mungkin
sama cocoknya dengan alel terbaik dalam populasi. Mutasi semacam itu selektif netral, dan
nasibnya tidak ditentukan oleh seleksi. Dalam kasus yang sangat jarang terjadi, mutasi
mungkin timbul yang meningkatkan kebugaran pembawanya.
Pada kondisi ideal frekuensi gen / genotip suatu populasi dari satu generasi ke
generasi lain akan konstan , syarat kondisi ideal :
- Tidak terjadi mutasi
- Tidak terjadi seleksi alam
- Tidak terjadi migrasi : imigrasi atau emigrasi
- Jumlah populasi harus besar
- Semua genotip mempunyai viabilitas dan fertilitas yang sama
Dari semua syarat kondisi ideal tersebut , hampir tidak ada dialam yang dapat terpenuhi,
dengan kata lain frekwensi gen /genotip suatu populasi akan berubah dan evolusi tetap
berlangsung.
Seleksi alam dapat terjadi di semua lingkungan organisme, dari mulai lingkungan
darat, laut dan udara. Ada beberapa jenis seleksi alam yang terjadi pada lingkungan hidup
organisme, yaitu:
1. Seleksi Stabilisasi (penstabilan)
Seleksi ini terjadi pada semua populasi dan cenderung memperkecil keekstriman atau
penonjolan didalam kelompok. Seleksi penstabilan mengurangi kemampuan
menghasilkan variasi dalam suatu populasi, dengan demikian mengurangi pula
kesempatan mengalami perubahan evolusi.
2. Seleksi Direktional (terarah)
Jika kondisi lingkungan berubah, terjadi tekanan seleksi terhadap suatu jenis yang
menyebabkan spesies tersebut beradaptasi pada kondisi baru. Didalam populasi , akan
ada range atau rentang individu yang berdasarkan dengan salah satu karakter.
3. Seleksi disruptif (mengganggu)
Meskipun jenis seleksi ini kurang umum, namun bentuk seleksi ini penting dalam
mencapai perubahan evolusi. Seleksi distruktif dapat terjadi jika faktor-faktor
lingkungan mengambil sejumlah bentuk yang terpisah.

1.3 RANDOM GENETIC DRIFT

Random Genetic Drift merupakan perubahan frekuensi alel dari satu generasi ke
generasi berikutnya yang terjadi karena alel pada suatu keturunan merupakan sample acak
dari induknya, selain itu juga terjadi karena peranan probatilitas (kemungkinan) dalam
penentuan apakah suatu individu akan bertahan hidup dan berproduksi atau tidak.
Semakin kecil populasi, semakin besar dampak genetic drift yang terjadi. karena
ada sedikit individu dan kolam gen yang lebih kecil. Jika efek drift genetik cukup kuat, alel
mungkin benar-benar dikeluarkan dari populasi, mengurangi jumlah variasi dalam kolam gen
populasi.

1.3.1 Ada dua tipe utama genetic drift

1. bottleneck populasi adalah ketika ukuran populasi menjadi sangat kecil dengan sangat
cepat. Hal ini biasanya disebabkan oleh peristiwa lingkungan yang dahsyat, yang memburu
spesies yang hampir punah, atau kerusakan habitat. Bila ukuran populasi berkurang begitu
cepat, banyak alel hilang dan variasi genetik dari populasi menurun.
2. Founder effect adalah ketika beberapa individu dalam suatu populasi menjajah lokasi baru
yang terpisah dari populasi lama. Ini juga sangat mengurangi ukuran populasi, sekaligus
mengurangi variabilitas genetik populasi.

Gambar.1 (founder effect)

Seperti disebutkan, seleksi alam bukanlah satu-satunya faktor yang dapat

menyebabkan perubahan frekuensi alel. Perubahan frekuensi alel juga bisa terjadi secara
kebetulan, dalam hal ini perubahannya tidak terarah tapi acak. Faktor penting dalam
menghasilkan fluktuasi acak pada frekuensi alel adalah sampling acak gamet dalam proses
reproduksi. Sampling terjadi karena, pada sebagian besar kasus di alam, jumlah gamet yang
tersedia pada generasi manapun jauh lebih besar daripada jumlah individu dewasa yang
diproduksi di generasi berikutnya. Dengan kata lain, hanya sebagian kecil gamet yang
berhasil berkembang menjadi dewasa. Pada populasi diploid yang menganut pada segregasi
Mendelian, pengambilan sampel masih dapat terjadi bahkan jika tidak ada kelebihan gamet,
yaitu jika masing-masing individu menyumbang dua gemet ke generasi berikutnya.
Alasannya adalah heterozigot dapat menghasilkan dua jenis gamet, namun kedua gamet yang
diteruskan ke generasi berikutnya mungkin memiliki tipe yang sama.
Untuk melihat efek sampling, mari kita pertimbangkan situasi ideal dimana semua
individu dalam populasi memiliki kebugaran dan seleksi yang sama tidak beroperasi. Kami
selanjutnya menyederhanakan masalahnya dengan mempertimbangkan populasi dengan
generasi non overlapping (mis., Sekelompok individu yang bereproduksi secara bersamaan
dan segera mati setelahnya), sehingga setiap generasi yang diberikan dapat dibedakan secara
jelas dari generasi sebelumnya dan generasi berikutnya. Sehingga dapat di asumsikan bahwa
ukuran populasi tidak berubah dari generasi ke generasi.
Populasi yang sedang dipertimbangkan diploid dan terdiri dari N individu, sehingga
pada lokus tertentu, populasi mengandung gen 2N. Kasus sederhana dari satu lokus dengan
dua alel, A1 dan A 2, dengan frekuensi p dan q = 1 - p. Saat 2N gamet diambil sampelnya
gen pools tak terbatas, probabilitas, Pi, bahwa sampel tersebut mengandung alel i persis tipe
A1 yang diberikan oleh fungsi probabilitas binomial.

Dimana ! menunjukkan faktorial, dan (2N)! = 1 x 2 x 3 x ... x (2N). Karena Pi selalu lebih
besar dari 0 untuk populasi di mana kedua alel hidup berdampingan (yaitu, 0 <p <1),
frekuensi alel dapat berubah dari satu generasi ke generasi tanpa bantuan seleksi.
Proses perubahan frekuensi alel semata-mata akibat efek kebetulan disebut random
genetic drift. Kita harus mencatat, bagaimanapun, bahwa genetik acak drift juga bisa
disebabkan oleh proses selain sampling gamet. Misalnya, perubahan stokastik dalam
intensitas seleksi juga dapat membawa perubahan acak pada frekuensi alel.
Mari kita ikuti dinamika perubahan frekuensi alel karena proses drift genetik acak
di generasi berikutnya. Frekuensi alel A1 ditulis sebagai Po, P1, P2, ..., Pt, di mana subskrip
menunjukkan jumlah generasi. Frekuensi awal alel A1 adalah Po. Dengan tidak adanya
pilihan, kita mengharapkan Pi sama dengan Po, dan seterusnya untuk semua generasi
berikutnya. Fakta bahwa populasi terbatas, bagaimanapun berarti bahwa p, sama dengan Po
hanya rata-rata (yaitu, ketika mengulangi proses pengambilan sampel dalam jumlah tak
terbatas). Pada kenyataannya, sampling hanya terjadi satu kali pada setiap generasi, dan pi
biasanya berbeda dari pada generasi kedua, frekuensi P2 tidak lagi bergantung pada po tetapi
hanya pada pi. Demikian pula, pada generasi ketiga, frekuensi P3 akan bergantung pada baik
po maupun pi tapi hanya pada P2. Dengan demikian, sifat yang paling penting dari random
genetic drift adalah perilaku kumulatifnya: Dari generasi ke generasi, frekuensi alel akan
cenderung menyimpang lebih banyak dari frekuensi awalnya.

Gambar.2 Dua kemungkinan hasil drift genetik acak pada populasi dengan ukuran 25 dan Po = 0,5. Pada setiap generasi,
25 alel diambil sampelnya dengan penggantian dari generasi sebelumnya. Dalam populasi yang ditunjukkan oleh garis abu-
abu, alel menjadi tetap pada generasi 27; Pada populasi lainnya, alel hilang dalam generasi 49. Diubah dari Li (1997).

Dalam istilah matematika, mean dan varians dari frekuensi alel A1 pada generasi t,
dilambangkan dengan pt dan V (pt), masing-masing, diberikan oleh

dimana Po menunjukkan frekuensi awal A1. Perhatikan bahwa meskipun frekuensi rata-rata
tidak berubah seiring waktu, varians meningkat seiring waktu; Artinya, dengan setiap
generasi yang lewat, frekuensi alel akan cenderung menyimpang lebih jauh dari nilai awal
mereka. Namun, perubahan frekuensi alel tidak akan sistematis ke arahnya.
Setelah frekuensi alel mencapai 0 atau 1, frekuensinya tidak akan berubah pada
generasi berikutnya. Kasus pertama disebut sebagai kehilangan atau kepunahan, dan fiksasi
kedua. Jika proses pengambilan sampel berlanjut untuk jangka waktu yang lama, probabilitas
kemungkinan tersebut mencapai kepastian. Dengan demikian, hasil akhir dari drift genetik
acak adalah fiksasi satu alel dan hilangnya yang lainnya. Ini akan terjadi kecuali ada masukan
alel konstan ke dalam populasi oleh proses seperti mutasi atau migrasi, atau kecuali
polimorfisme dipertahankan secara aktif oleh jenis seleksi yang menyeimbangkan.
 Gambar.3 Kemungkinan mempertahankan frekuensi alel awal yang sama dari waktu ke waktu untuk dua alel
netral secara selektif. N = 5 dan p = 0,5.

1.3.2 Ukuran Populasi Efektif

Parameter dasar dalam biologi populasi adalah ukuran sensus populasi, N, yang
didefinisikan sebagai jumlah total individu dalam suatu populasi. Dari sudut pandang
genetika populasi dan evolusi, bagaimanapun jumlah individu yang relevan yang harus
dipertimbangkan hanya terdiri dari individu-individu yang berpartisipasi aktif dalam
reproduksi. Karena tidak semua individu berperan dalam reproduksi, ukuran populasi yang
penting dalam proses evolusi berbeda dengan ukuran sensus. Bagian ini disebut ukuran
populasi efektif dan dilambangkan dengan Ne. Wright (1931) memperkenalkan konsep
ukuran populasi yang efektif, yang didefinisikan secara ketat sebagai ukuran populasi ideal
yang memiliki efek sampling acak yang sama pada frekuensi alel seperti populasi aktual.
Misalnya, populasi dengan ukuran sensus N, dan diasumsikan bahwa frekuensi alel
A1 pada generasi t adalah P. Jika jumlah individu yang mengambil bagian dalam reproduksi
adalah N, maka varians frekuensi alel A1 pada generasi berikutnya, Pt + i, dapat diperoleh
dari Persamaan rumus di atas dengan menetapkan t = 1.

Dalam prakteknya, karena tidak semua individu dalam populasi berperan dalam proses
reproduksi, varians yang diamati akan lebih besar dari pada yang diperoleh dari Persamaan
2.14. Ukuran populasi yang efektif adalah nilai yang disubstitusi untuk N agar dapat
memenuhi Persamaan 2.14, yaitu,
Secara umum, Ne lebih kecil, kadang jauh lebih kecil, dari N. Sebagai contoh, ukuran
populasi nyamuk Anopheles gambiae yang efektif di Kenya diperkirakan sekitar 2.000 -
sekitar enam lipat lebih kecil dari ukuran besar populasi.
Berbagai faktor dapat berkontribusi terhadap perbedaan ini. Misalnya, dalam
populasi dengan generasi yang tumpang tindih (dan khususnya jika variasi jumlah keturunan
di antara individu sangat hebat), pada suatu waktu tertentu sebagian populasi akan terdiri dari
individu baik dalam tahap pre-reproduktif atau pasca-produktif mereka. Karena stratifikasi
usia ini, ukuran efektifnya bisa jauh lebih kecil dari ukuran sensus. Misalnya, menurut Nei
dan Imaizumi (1966), pada manusia, Ne hanya sedikit lebih besar dari N / 3.
Pengurangan ukuran populasi efektif dibandingkan dengan ukuran sensus juga
dapat terjadi jika jumlah jantan yang terlibat dalam reproduksi berbeda dengan jumlah
wanita. Hal ini terutama diucapkan pada spesies poligami, seperti mamalia sosial dan burung
teritorial, atau spesies di mana kasta yang tidak bereproduksi ada (misalnya, lebah sosial,
semut, rayap, dan tikus mol). Jika populasi terdiri dari jantan Nm dan betina Nf (N = Nm +
Nf), Ne peroleh dengan

Perhatikan bahwa kecuali jumlah perempuan yang mengambil bagian dalam proses
reproduksi sama dengan jantan, Ne akan selalu lebih kecil dari N. Sebagai contoh ekstrem,
mari kita asumsikan bahwa dalam populasi dengan ukuran N di mana jenis kelamin sama
jumlahnya, semua betina (N / 2) tapi hanya satu jantan yang ambil bagian dalam proses
reproduksi. Dari Persamaan rumus di atas, kita mendapatkan Ne = 2N / (1 + N / 2). Jika N
jauh lebih besar dari 1, sehingga N / 2 + 1 = N / 2, maka Ne menjadi 4, berapapun ukuran
populasi sensusnya.
Ukuran populasi yang efektif juga dapat jauh berkurang karena variasi jangka
panjang dalam ukuran populasi, yang pada gilirannya disebabkan oleh faktor-faktor seperti
bencana lingkungan, mode reproduksi siklik, dan kejadian kepunahan dan reklamasi lokal.
Ukuran populasi efektif jangka panjang pada suatu spesies untuk periode generasi ke generasi
peroleh
dimana Ni adalah ukuran populasi generasi ke-i. Dengan kata lain, Ne sama dengan mean
yang harmonis dari nilai Ni, dan akibatnya mendekati nilai terkecil Ni dari yang terbesar.
Demikian pula, jika sebuah populasi melewati hambatan, ukuran populasi efektif jangka
panjang akan sangat berkurang bahkan jika populasi telah lama mendapatkan kembali ukuran
sensus pra-hambatannya.

1.4 GENES SUBTITUTION

Substitusi gen didefinisikan sebagai proses dimana alel mutan benar-benar
menggantikan alel tipe dominan atau liar dalam populasi. Dalam proses ini, alel mutan
muncul dalam populasi sebagai satu salinan dan menjadi tetap setelah beberapa generasi
tertentu. Tidak semua mutan mencapai fiksasi. Sebenarnya, sebagian besar hilang setelah
beberapa generasi. Waktu yang dibutuhkan alel baru untuk menjadi tetap disebut waktu
fiksasi. Mutasi baru muncul terus menerus dalam populasi. Akibatnya, penggantian gen
terjadi berturut-turut, dengan satu alel menggantikan yang lain dan menjadi dirinya sendiri
diganti pada waktunya oleh alel yang lebih baru.
Proses evolusi sebagai rangkaian substitusi gen di mana alel baru, masing-masing
timbul sebagai mutasi dalam satu tunggal individu, semakin meningkatkan frekuensi mereka
dan akhirnya menjadi tetap dalam populasi. Alel yang menjadi tetap berbeda dalam
urutannya dari alel yang digantikannya. Artinya, substitusi alel baru untuk a Yang lama
adalah substitusi dari urutan baru untuk urutan sebelumnya. Jika digunakan skala waktu
dimana satu unit waktu lebih besar dari waktu fiksasi Urutan DNA pada lokus tertentu akan
tampak berubah terus menerus. Dalam matematis ada dua metode yang paling sering
digunakan yaitu Jukes and Cantor's one-parameter model, dan model dua parameter Kimura.

1.4.1 Model one-parameter Jukes dan Cantor

Skema substitusi model Jukes dan Cantor (1969) ditunjukkan pada Gambar 4. Model
sederhana ini mengasumsikan bahwa substitusi terjadi dengan probabilitas yang sama di
antara empat jenis nukleotida. Dengan kata lain, tidak ada bias dalam arah perubahan.
Misalnya, jika nukleotida yang sedang dipertimbangkan adalah A, itu akan berubah menjadi
T, C, atau G dengan probabilitas yang sama. Sebaliknya, probabilitasnya baik T, C atau G
berubah menjadi A juga sama. Dalam model ini, tingkat substitusi untuk setiap nukleotida
adalah 3 per satuan waktu, dan tingkat substitusi di masing dari tiga kemungkinan arah
perubahan adalah . Karena modelnya melibatkan Parameter tunggal, , disebut model satu
parameter.
 Mari kita asumsikan bahwa nukleotida yang berada di lokasi tertentu dalam urutan
DNA adalah A pada waktu 0. Pertama, kita bertanya, Berapakah probabilitas bahwa situs ini
akan melakukannya ditempati oleh A pada waktu t? Probabilitas ini dilambangkan dengan PA
(t). Sejak kita mulai dengan A, probabilitas bahwa situs ini ditempati oleh A di waktu 0 adalah
PA (0) = 1. Pada waktu 1, probabilitas masih ada A di situs ini adalah diberikan oleh

PA(1) = 1 3 (3.1)

dimana 3a adalah probabilitas A berubah menjadi T, C, atau G, dan 1 - 3 adalah probabilitas

bahwa A tetap tidak berubah.
Probabilitas memiliki A pada waktu 2 adalah

PA(2) = (1 - 3 )PA(1) + [ 1- PA(1)] (3.2)

untuk mendapatkan persamaan ini, kita mempertimbangkan dua kemungkinan skenario: (1)
nukleotida tetap tidak berubah dari waktu 0 ke waktu 2, dan (2) nukleotida telah berubah
menjadi T, C, atau G pada waktu 1, namun kemudian kembali ke A pada waktunya 2
(Gambar 5). Probabilitas nukleotida menjadi A pada waktu 1 adalah PA (1), dan probabilitas
bahwa ia tetap A pada waktu 2 adalah 1 - 3. Produk ini dua variabel independen memberi
kita probabilitas untuk skenario pertama, yang merupakan istilah pertama dalam Persamaan
3.2. Probabilitas nukleotida tidak menjadi A pada waktu 1 adalah 1 - PA (1), dan
kemungkinannya untuk balik ke A pada waktu 2 adalah . Produk dari kedua variabel ini
memberi kita probabilitas untuk skenario kedua, dan merupakan istilah kedua dalam
Persamaan 3.2.

GAMBAR 4. Model one-parameter substitusi nukleotida. Tingkat substitusi di setiap arah adalah .

Menggunakan formulasi di atas, kita dapat menunjukkan bahwa terulangnya persamaan

berikut berlaku untuk setiap t:
 PA(t+1) = (1 - 3)PA(t) + [1 - PA(t)] (3.3)

dapat di lihat bahwa Persamaan 3.3 juga akan berlaku untuk t=0, karena PA (O) = 1, dan
karenanya PA (O + 1) = (1 - 3) PA (O) + [1 - PA (0)] = 1 - 3, yang identik dengan Persamaan
3.1. Kita dapat menulis ulang Persamaan 3.3 dalam hal jumlah perubahan di PA (t) per satuan
waktu sebagai

GAMBAR 5. Dua kemungkinan skenario menurut model satu parameter untuk memiliki A di sebuah situs pada
waktu t = 2, mengingat bahwa situs tersebut memiliki A pada waktu 0

Sejauh ini kita telah mempertimbangkan proses diskrit-waktu. Kita bisa, bagaimana pun,
perkiraan Proses ini dilakukan dengan model waktu kontinyu, dengan memperhatikan PA(t)
sebagai tingkat perubahan pada waktu t. Dengan pendekatan ini, Persamaan 3.4 ditulis ulang
sebagai

Ini adalah persamaan diferensial linear orde pertama, dan solusinya diberikan oleh

Sejak kami mulai dengan A, probabilitas bahwa situs tersebut memiliki A pada waktu 0
adalah 1. Dengan demikian, PA (o) = 1, dan akibatnya,
Sebenarnya, Equation 3.6 bertahan terlepas dari kondisi awalnya. Sebagai contoh, Jika
nukleotida awal bukan A, maka PA (O) = 0, dan probabilitas memiliki A pada posisi ini pada
waktu t adalah

Persamaan 3.7 dan 3.8 cukup untuk menggambarkan proses substitusi. Dari
Persamaan 3.7, kita dapat melihat bahwa, jika nukleotida awal adalah A, maka PA (t) menurun
secara eksponensial dari 1 sampai (Gambar 6). Di sisi lain, dari Persamaan 3.8 kita melihat

bahwa jika nukleotida awal bukan A, maka PA (t) akan meningkat monoton dari 0 sampai .
ini juga berlaku untuk T, C, dan G.
Di bawah model Jukes-Cantor, probabilitas masing-masing dari keempat nukleotida
tersebut Pada kesetimbangan adalah . Setelah mencapai kesetimbangan, tidak akan ada lagi

perubahan probabilitas, yaitu, PA (t) = PT (t) = PC (t) = PG (t) = untuk semua waktu
berikutnya.
Sejauh ini, kami fokus pada situs nukleotida tertentu dan diperlukan PA(t) sebagai
sebuah probabilitas Namun, PA(t) juga bisa diartikan sebagai frekuensi A dalam a Urutan
DNA pada waktu t. Misalnya, jika kita memulai dengan urutan yang dibuat seluruhnya
adenin, maka PA(o) = 1, dan PA(t) adalah frekuensi yang diharapkan dari A dalam urutan pada
waktu t. Frekuensi A yang diharapkan pada urutan ekuilibrium akan menjadi , dan begitu
juga frekuensi yang diharapkan dari T, C, dan G. Setelah mencapai ekuilibrium, tidak ada
perubahan lebih lanjut dalam frekuensi nukleotida yang diharapkan terjadi. Namun, frekuensi
sebenarnya dari nukleotida akan tetap ada tidak berubah hanya dalam urutan DNA dengan
panjang tak terbatas. Dalam prakteknya, Panjang sekuens DNA terbatas, dan begitu fluktuasi
frekuensi nukleotida cenderung terjadi. Setelah Persamaan 3.7 dapat ditulis ulang dalam
bentuk yang lebih eksplisit untuk diperhitungkan fakta bahwa nukleotida awal adalah A dan
nukleotida pada waktu t juga A.
GAMBAR 6. Perubahan temporal dalam probabilitas, P, memiliki nukleotida tertentu Pada posisi diawali dengan nukleotida
yang sama (upper line) atau dengan yang berbeda nukleotida (garis bawah). Garis putus-putus menunjukkan frekuensi
ekuilibrium (P = 0,5). = 5 x 10-9 substitusi per situs per tahun.

Jika nukleotida awal adalah G bukan A, maka dari Persamaan 3.8 kita dapatkan

Karena semua nukleotida setara dengan model Jukes-Cantor, PGA(t) = PCA (t) = PTA (t).

Sebenarnya, kita dapat mempertimbangkan probabilitas umum, Pij(t), bahwa nukleotida akan
menjadi j pada waktu t, mengingat bahwa i itu pada waktu 0. Dengan menggunakan
generalisasi ini notasi dan persamaan 3.9, kita dapatkan

Dengan cara yang sama, dari Persamaan 3.10 kita memperoleh

1.4.2 Model dua parameter Kimura

Asumsi bahwa semua substitusi nukleotida terjadi dengan probabilitas yang sama,
Seperti dalam model Jukes dan Cantor, tidak realistis dalam kebanyakan kasus. Sebagai
contoh, transisi (yaitu, perubahan antara A dan G atau antara C dan T) umumnya lebih sering
daripada transversions. Untuk memperhitungkan hal ini, Kimura (1980) mengusulkan sebuah
model dua parameter (Gambar 7). Dalam skema ini, tarifnya Substitusi transisi pada masing-
masing lokasi nukleotida adalah per satuan waktu, sedangkan tingkat masing-masing jenis
substitusi transversional adalah P per satuan waktu.
GAMBAR 7. Model Dua parameter substitusi nukleotida. Tingkat transisi () mungkin tidak sama dengan laju
transversion ().

Mari kita pertama-tama mempertimbangkan kemungkinan bahwa situs yang memiliki A pada
waktu 0 akan memiliki A pada waktu t. Setelah satu unit waktu, probabilitas A berubah
menjadi adalah ac, dan probabilitas A berubah menjadi C atau T adalah 2. Jadi,
probabilitasnya dari yang tersisa tidak berubah setelah satu unit waktu

Pada waktu 2, probabilitas memiliki A di situs ini diberikan oleh jumlah dari probabilitas dari
empat skenario yang berbeda: (1) A tetap tidak berubah pada t = 1 dan t = 2; (2) A berubah
menjadi G pada t = 1 dan dikembalikan oleh transisi ke A pada t = 2; (3) A berubah menjadi
C pada t = 1 dan dikembalikan oleh transversion ke A pada t = 2; dan (4) A berubah menjadi
T pada t = 1 dan dikembalikan oleh transversion ke A pada t = 2 (Gambar 8). Karenanya,

Dengan ekstensi kita memperoleh persamaan berikut untuk kasus umum:

Setelah menulis ulang persamaan ini sebagai jumlah perubahan PAA(t) per satuan waktu, dan
setelah mendekati model diskrit-waktu oleh waktu kontinyu model, kita mendapatkan
persamaan diferensial berikut:
Demikian pula, kita bisa mendapatkan persamaan untuk PTA (t), PCA (t), dan PGA (t), dan
dari himpunan ini dari empat persamaan, kita sampai pada solusi berikut:

GAMBAR 8. Empat skenario yang mungkin, menurut Kimura (1980) dua parameter Model, untuk memiliki A pada sebuah
situs pada waktu t = 2, mengingat bahwa situs tersebut memiliki A pada waktu 0.

Kami mencatat dari Persamaan 3.11 bahwa dalam model Jukes-Cantor, probabilitasnya
bahwa nukleotida di situs pada waktu t identik dengan bahwa pada saat 0 adalah sama untuk
keempat nukleotida. Dengan kata lain, PAA (t) = PGG (t) = Pcc (t) = PTT (t). Karena dari
simetri skema substitusi, persamaan ini juga berlaku untuk Kimura's dua parameter model.
Kita akan menunjukkan probabilitas ini dengan X (t). Karena itu,

Pada ekuilibrium, yaitu pada t = -c, Persamaan 3,18 dikurangi menjadi X (-) = 1/4. Jadi,
seperti di kasus model Jukes dan Cantor, frekuensi kesetimbangan dari keempatnya
nukleotida adalah X. Di bawah model Jukes-Cantor, Persamaan 3.12 berlaku terlepas dari
apakah Perubahan dari nukleotida i ke nukleotida adalah transisi atau transversion.
Sebaliknya, dalam model dua parameter Kimura, kita perlu membedakannya perubahan
transisi dan transversional. Kita ditunjukkan oleh Y (,) probabilitasnya bahwa nukleotida
awal dan nukleotida pada waktu t berbeda dari masing-masing lain oleh sebuah transisi.
Karena simetri skema substitusi, Y (t) = PAG (t) = PGA (t) = PTC (t) = PCT (t). Bisa
ditunjukkan itu
Probabilitasnya, Z (t), yaitu nukleotida pada waktu t dan nukleotida awal Berbeda dengan
jenis transversion tertentu yang diberikan oleh

Perhatikan bahwa setiap nukleotida tunduk pada dua jenis transversion, namun hanya satu
nukleotida jenis transisi Misalnya, jika nukleotida awal adalah A, maka keduanya mungkin
Perubahan transversional adalah A --- C dan A - T. Oleh karena itu, probabilitasnya bahwa
nukleotida awal dan nukleotida pada waktu t berbeda dengan salah satu dari keduanya Jenis
transversion dua kali probabilitas yang diberikan pada Persamaan 3.20. Perhatikan juga
bahwa X (t) + t) + 2Z (t) = 1.

1.5 POLIMOFISME GENETIK

Sebuah populasi dikatakan monomorfik apabila hanya terdapat satu alel pada lokus
dan sebuah lokus dikatakan polimorfik apabila terdapat dua atau lebih alel dalam populasi.
Namun, jika salah satu alel memiliki frekuensi yang sangat tinggi, sekitar 90% atau lebih,
maka tidak ada alel yang mungkind dapat diamati dalam sampel kecuai ukuran sampel sangat
besar. Dengan demikian, secara praktis, lokus dikatakan polimorfik apabila frekuensi alel
umumbya kurang dari 99%.

1.5.1 Keragaman Gen

Cara sederhana untuk mengukur tingkat polimorfisme dalam populasi adalah dengan
menghitung rata-rata proprosi lokus polimorfik (P) , yaitu dengan cara membagi jumlah lokus
polimorfik dengan jumlah total lokus sampel. Misalnya, jika 4 dari 20 lokus yang polimorfik,
P = 4/20 = 0.20. Ukuran ini, mungkin bergantung pada jumlah individu yang diamati, karena
semakin kecil ukuran sampel, semakin sulit untuk mengidentifikasi lokus polimorfiknya.
Ukuran yang lebih tepat untuk menguku variabilitas genetik adalah dengan
menghitung rata-rata heterozigositas yang diharapkan (mean expected heterozygosity).
Ukuran ini 1) tidak bergantung pada polimorfisme yang berubah-ubah, 2) dapat dihitung
lasngsung dari frekunensi alel yang sudah diketahui, dan 3) tidak dipengaruhi oleh pengaruh
pengambilan sampel (sampling). Keragaman gene pada lokus, atau heterosigositas lokus
tunggal yang diharapkan, didefinisikan sebagai

di mana xi = frekuensi alel ke-i

m = jumlah total alel pada lokus
untuk lokus tertentu, h merupakan probabilitas dua alel untuk terpilih secara acak dari
populasi yang berbeda satu sama lainnya. Rerata nilai h pada semua lokus yang dipelajari
(H), bisa digunakan untuk memperkirakan tingkat variabilitas genetik antar populasi, dengan
cara

Di mana hi = keragaman gen pada lokus ke i

n = jumlah lokus
random genetik drift merupakan anti polimorfik dalam evolusi. Dengan demikia,
keragaman gen diperkirakan menurun akibat genetic drift. Ketiadaan mutasi, menyebabkan
keragaman gen akan menurun dengan fraksi 1/2Ne setiap generasi, di mana Ne merupakan
ukuran populasi yang efektif.

1.5.2 Keragaman Nukleotida

Ukuran keragaman gen h dan H digunakan secara ekstensif untuk data elektroforesik
dan ezim retriksi. Ukuran-ukuran tersebut tidak cocok untuk data sekuen DNA, karena
tingkat variasi pada tingkat DNA di alam cukup luas. Secara khusus, ketika terdapat sekuen
yang panjang, setiap sekuen dalam sampel mungkin akan berbeda satu atau lebih
nukleotidanya dari yang lainnya, dan dalam kebayakan kasus, baik h atau H nilainya
mendekati 1. Dengan demikian, ukuran keragaman gen ini tidak akan dapat membedakan
lokus atau populasi yang berbeda dan tidak akan lagi menjadi ukuran polimorfisme yang
informatif. Perhatikan gambar 2.8. Secara intuit kita akan bepikir bahwa sekuen a seharusnya
kurang polimorfik daripada sekuen b, namun nilai h dan H akan sama pada kedua kelompok
akan sama
 Untuk ata sekuen DNA, ukuran polimorfisme yang lebih tepat dalam suatu populasi
adalah jumlah reta-rata perbedaan nukleotida per situs diantara dua sekuen yang dipilih
secara acak. Ukuran ini disebut nucleotidw diversity and dinotasikan dengan :

Di mana xi dan xj = frekuensi sekuen DNA ke i dan ke j

= proporsi perbedaan nukleotida diantara jenis ke i dan ke j.
Nilai untuk sekuen pada gambra 2.8 adalah 0.031 dan 0.094, di mana ukuran
keragaman nukleotda secara intuitif kelompok a lebih bervariasi dibandingkan kelompok b.
Salah satu dari studi pertama berkaitan dengan keragaman nukleotida pada level
sekuen DNA , yaitu pada lokus alcohol dehydrogenase (Adh) pada D. melanogaster. Sebelas
sekuen yang mencakup wilayah Adh disekuensing oleh Kreitman (1983). Sekuen yang
disesjajarkan memiliki panjang 2.397 nt. Dengan mengabaikan delesi dan insersi, terdapat 9
alel yang berbeda, tiga sampel memiliki alel yang sama (yaitu 8F, 9F, dan 10F), sedangkan
lainnya memiliki urutan yang bebeda-beda. Dengan demikian frekuensi x1-x8 masing-masing
1/11, dan frequensi x9 = 3/11.
43 situs nukleotida bersifat polimorfik. Nilai proporsi nukleotda yang berbeda pada
masing-masing sampel dihitung. Misalnya, pada alel 1S dan 2S memiliki tiga nuklotida yang
berbeda dari 2397 nt, sehingga p = 0.13%. Nilai ij untuk semua pasangan dalam sampel
pada tebel 2.1. Dengan menggunakan nilai Equation sebesar 2.30, keragaman nukleotida
diperkirakan bernilai = 0.007. Enam alel yang dipelajari merupakan variant yang
elekroforetiknya bermigrasi lambat (slow-migrating electrophoretic/S) dan lima diantaranya
cepat (fast-migrating electrophoretic/F). Produk alel S dan F dibedakan satu sama lainnya
oleh adanya pergatian satu asam amino yang memberikan perbedaan mobilitas elektorforetik
dengan protein. Keragaman nukleotida untuk setiap kelas elektroforetik dihitung terpisah.
Diperoleh nilai = 0.006 untuk kelas S dan = 0.003 untuk F, artinya alel S dua kali lebih
variable sebagai alel F.

1.6 THE DRIVING FORCES IN EVOLUTION

Penjelasan Evolusioner secara umum dapat diklasifikasikan menjadi tiga tipe
berdasarkan kepentingan relative adanya genetik drift versus berbagai entuk seleksi dalam
menentukan hasil evolusi tertetu. Hipotesis Mutasi merupaan tori tentang fenomena
evolusioner yang disebabakan oleh efek mutasi dan random genetik drift. Hipotesis Neutralist
menjelaskan fenomena evolusi dengan menekankan adanya efek mutasi, random genetik
drift, dan seleksi purufikasi. Penjelasan Selectionist menekankan bahwa seleksi atau
pemilihan berdasarkan keuntungan dan mode keseimbangan yang merupakan kekuatan utama
proses evolusi.

1.6.1 Teori neo-Darwinian dan hipotesis mutasi netral

Darwin mengusulkan teori evolusi seleksi alam tanpa mengetahui adanya sumber-
sumber variasi dalam populasi. Setelah hokum Medel ditemukan dan variasi genetik
ditunjukkan sebagai hasil adri mutasi, maka Darwinisme dan Mendelisme kemudian
digunakan sebagai kerangka synthetic theory of evolution atau neo-Drawinism. Berdasarkan
teori ini, meskipun mutasi diakui sebagai sumber utama variasi genetik, seleksi alam
memberikan peran dominan dalam membentuk susunan genetik populasi dan dalam proses
subtitusi gen. Teori neo-Darwinism ini juga disebut pan-selectionisme. Menurut persepsi
selectionist proses evolusi, subtitusi gen terjadi sebagai konsekuensi seleksi untuk mutasi
yang menguntungkan.
Polimorfisme, di sisi lainnnya, dipertahankan oleh seleksi seimbang. Dengan
demikian, selectionist menganggap subtitusi dan polimorfisme sebagi dua fenomena yang
terpisah yang didorong oleh kekuatan evolusi yang berbeda. Subtitusi adalah hasil akhir dari
proses adaptif yang positif di mana alel yang baru mengambil ahli generasi penerus dari
populasi jika dan hanya jika proses tersebut dapat meningkatankan fitness/kebugaran
organisme, sedangkan polimorfisme dipertahankan ketika terdapat konsitensi antara dua atau
lebih alel pada lokus yang menguntungkan bagi organisme atau populasi. Teori neo-
Darwinisme mempertahnkan bahwa polimorfisme genetik paling stabil terdapat di alam,
yaitu alel yang sama dipertahankan pada frekuensi yang konstan untuk jangka waktu evolusi
yang lama.
Pada akhir tahun 1960-an terjadi revolusi dalam genetika populasi. Adanya data
sekuen protein menggantikan batas-batas spesies dalam studi genetika populasi dan untuk
pertama kalinya memberikan data empiris untuk menguji teori tentang poses subtitusi gen.
pada tahun 1968, melalui postulat yang dikemukakan oleh Kimura bahwa mayoritas
perubahan molekul dalam evolusi disebabkan adanya fiksasi acak mutasi netral atau hampir
netral. Hipotesis ini kemudian dikenal dengan nama neutral theory of molecular evolution
(Teori evolusi molecular netral) yang menjelaskan bahwa pada level molekul mayoritas
perubahan evolusi dan banyak variasi dalam spesies tidak disebabkan oleh seleksi positif alel
yang menguntungkan atau seleksi seimbang, tetapi karena adanya genetik drift acak alel
mutan yang merupakan seleksi netral. Netrallitas dalam teori ini bukan berarti menyamakan
kebukaran/fitness untuk semua alel, tetapi bahwa nasib alel ditentukan terutama oleh genetik
drift. Dengan kata lain, seleksi dapat berjalan, tetapi secara intensif sangat lemah untuk
mengimbangi pengaruh efek kebetulan.
Menurut teori netral, frekuensi alel ditentukan besarnya oleh aturan stochatik, dan
gambar yang diperoleh pada waktu tertentu hanyalah keadaan sementara yang mewakili
bingkai sementara dari proses dinamis yang sedang berlangsung. Akibatnya, lokus polimofik
terdiri dari alel yang juga dapat terfiksasi ataupun punah. Dilihat dari perspektif ini, semua
manifestasi molekul yang relevan dnegan proses evolusi harus dianggap sebagai hasil dari
proses input mutasi yang berkelanjutan dan kepunahan acak yang bersamaan atau fiksasi alel.
Dengan demikian teori ntral menanggap subtitusi dan polimorfisme sebagai dua aspek dari
fenomena yang sama. Subtitusi merupakan proses yang panjang dan gradual di mana
frekuensi alel mutan meningkat atau berkurang secara acak, sampai akhirnya alel terseut
terfiksaksi atau hilang secara kebetulan.
Inti dari perbedaan netralistik dan seleksionis terletak pada distribusi nilai
kebugaran/fitness alel mutan. Kedua teori setuju bahwa kebanyak mutasi baru merupakan
mutasi yang merusak, dan mutasi jenis ini secara cepat dihapus/dihilangkan dari populasi
sehingga berkontribusi tidak dengan tingkat subtitusinya atau dengan jumlah
polimorfismenya dalam populasi. Perbedaan keduanya menyangkut proporsi relative mutasi
netral di antara mutasi nondelesi. Sementara selektionis mengkalim bahwa kebanyak mutasi
merupakan netral selektif, netralis mempertahankan bahwa mayoritas mutasi nondelesi secara
efektif bersifat netral.
Kontroversi seputar hipitesis mutasi netral selama tahun 1970an dan 1980an secara
signifikan berdampak pada evolusi molekuler. Pertama, pengaruh genetik drift tidak dapat
diabaikan dalam dinamika evolusi yang berkaitan dengan perubahan molekul. Kedua, evolusi
molekuler dan polimorfisme genetik meruapakan dua aspek dari fenomena yang sama.

1.6.2 Pengujian Hipotesis Mutasi Netral

Menurut Hipotesis mutasi netral, variasi diantara populasi dan perbedaan dalam
populasi disebabkan oleh mutasi nertal atau hampir netral. Dengan kata lain, polimorfisme
merupakan evolusi molekuler fase transit, dan tingkat evolusi berkorelasi dengan level variasi
dalam populasi. Oleh karena itu, dimungkinkan untuk menguji hipotesis mutasi netral dengan
membandingkan derajat variasi sekuen DNA dalam populasi dengan variasi diantara
populasi. Salah satu metode yang digunakan untuk menguji hal tersebut adalah metode yang
diusulkan oleh McDonald dan Kreitman (1991).
Sekuen pengkode protein dari dua sampel yang bersal dari dua spesies
dipertimbangkan. Situs nukleotida dalam sekuen dikatakan polimormik jika menunjukkan
variasi apapun pada satu atau kedua spesies. Suatu situs nukleotida dapat dianggap mewakili
perbedaan antara kedua spesies jika situs tersebut tidak menunjukkan adanya variasi
intraspesifik dalam spesies tetapi dintara spesies berbeda. Semua situs lainnya yang
monomorfik tidak digunakaan dalam analisis.
Perbedaan polimorfik dan fixed-site dapat dibagi menjadi dua kategori, yaitu
synonymous dan nonsynonymous. Metode McDOnald-Kreitment menggunaka table
kontigensi 2 x 2 untuk menguji independensi satu klasifikasi (polimorfik vs fixed) dari yang
lainnya (synonymous vs nonsynonymous). Pengujian ini didasarkan pada asumsi bahwa 1)
hanya mutasi synonymous yang mungkin adaptif, 2) mutasi synonymous selalu netral, 3)
mutasi selektif menguntungkan akan menjadi tetap secara cepat dibandigkan mutasi netral
dalam populasi, dan karenanya kurang mungkin ditemukan dalam keadaan polimorfik.
Berdasarkan hipotesis mutasi netral, harapan merupakan rasio perbedaan nonsynonymous
yang tetap dengan perbedaan synonymous tetap akan sama dengan rasio polimorfisme
nonsynonymous dengan polimorfisme synonymous. Sebuah Perbedaan signfikan diantara
kedua rasio memungkinkan utuk digunakan dalam menolak hipotesis mutasi netral.
Tabel 2.2. menunjukkan jumlah perbedaan tetap dan plomorfisme synonymous dan
nonsynonymous pada gen glukosa-6-fosafat dehydrogenase (G6PD) antara D. melanogaster
dan D. simulans dengan menggunakan Metode McDonald-Kreitman untuk mendetekasi
penyimpangan yang terjadi pada evolusi netral. Rasio perbedaan nonsynonymous tetap
dengan perbedaan synonymous tetap adalah 21/26 = 0.81, di mana rasio polimorfisme
nonsynonymous dengan polimorfisme synonymous hanya 2/36 = 0.06. Perbedaan yang
sangat signifikan ini menyiratkan bahwa perubahan nonsynonymous melebihi sepuluh kali
lipat dari yang dibayangkan/diperkirakan jika gen G6PD telah berevolusi sangat netral.
Penerapan metode McDonald-Kreitmen dan tes lainnya tela mengungkapkan pola
penting dalam evousi molekuler, termasuk 1) seleksi arah positif pada bebrapa lokus inti pada
Drosophila dan pada yang lainnya tidak ada, 2) seleksi keseimbangan pada beberapa lokuas
manusia, 3) Alel yang sedikit merusak pada mtDNA hewan, 4) hubungan positif antara
tingkat keragaman nukleotida dan tingkat rekombinasi.
 DAFTAR PUSTAKA

Futuyama, J Douglas. 2009. Evolution. Second Edition. USA : Sinauer Associates. Inc
Graur,Dan And Li,Wen-Hsiung.2000. Fundamentals Of Molecular Evolution. Second
Edition: Tel Aviv University And University Of Chicago