BAB I

PENDAHULUAN

1.1 Latar Belakang

Perubahan kondisi lingkungan akan menuntut makhluk hidup yang tinggal
di dalamnya untuk melakukan penyesuaian diri terhadap lingkungannya.
Mekanisme penyesuaian tersebut, selanjutnya bertanggung jawab dalam
menghasilkan berbagai sifat unik yang dimiliki oleh individu dalam suatu
kelompok populasi. Alasan utama yang mendasari terjadinya mekanisme ini
adalah naluri untuk bertahan hidup. Meski demikian, sifat hasil penyesuaian
tersebut tidak selalu akan dimiliki oleh individunya, sebab ketika kondisi
lingkungan di sekitarnya menuntutnya kembali untuk melakukan penyesuaian,
maka akan dapat dimungkinkan muncul kembali sifat baru yang akan
mendukung kelangsungan hidup individunya.
Ketika suatu populasi tidak mampu untuk bertahan hidup dalam suatu
kondisi lingkungan, maka dapat dimungkinkan terjadi migrasi. Akibatnya, suatu
kelompok populasi akan terpisah dari populasi induknya. Mekanisme yang
demikian akan selalu berlangsung dari generasi ke generasi sehingga
memunculkan variasi fenotipe, akibat penyesuaian dari kondisi lingkungan yang
berbeda.
Berdasarkan kejadian tersebut, banyak dari para ilmuan banyak bertanya
tentang bagaimana suatu makhluk hidup bisa mewariskan kemampuan
adaptasinya pada keturunannya. Berbagai bidang kajian ilmu telah dilakukan
untuk dapat mencoba menjelaskan dan membuktikan bahwa suatu hal dapat
saling terkait dalam menyebabkan adanya variasi dalam satu jenis makhluk
hidup. Faktanya, saat ini genetika molekuler telah mampu menjelaskan bahwa
ada sifat yang diwariskan dari generasi ke generasi yang disebut sebagai gen.
Selanjutnya, keseluruhan gen yang disebut sebagai genom, diidentifikasi oleh
para ilmuan untuk melihat bagaimana perubahan komposisinya dari suatu
individu dalam kurun waktu tertentu. Hasilnya, terdapat perubahan yang terjadi
dari masa ke masa. Oleh karenanya, saat ini berkembang suatu bidang kajian

1
dari evolusi yang disebut sebagai evolusi genom untuk mengungkap lebih jelas
mengenai bagaimana evolusi di tingkat genom dapat terjadi.

1.2 Rumusan Masalah

Berdasarkan latar belakang yang telah dipaparkan di atas, berikut ini dipaparkan
rumusan masalah:
1. Bagaimana konsep dari evolusi genom?
2. Bagaimana mekanisme evolusi pada tingkat genom?

1.3 Tujuan
Berdasarkan rumusan masalahh yang telah dipaparkan di atas, berikut ini
dipaparkan tujuan penulisan:
1. Mengetahui konsep dari evolusi genom.
2. Mengetahui mekanisme evolusi pada tingkat genom.

2
 BAB II
PEMBAHASAN

2.1 Evolusi Genom

Genom terdiri dari satu kromosom atau kumpulan kromosom dan disebut
unichromosomal atau multikromosomal yang sesuai. Fokus awal penataan ulang
genom Penelitian dilakukan pada analisis komparatif genom kecil seperti
mitokondria (Blanchette et al., 1999), kloroplas (Cosner et al., 2000), virus
(Hannenhalli et al., 1995), dan daerah kecil atau kromosom tunggal genom yang
lebih besar (Bafna dan Pevzner, 1995; Pevzner dan Tesler, 2003).
Pada tahun 1859, Charles Darwin menerbitkan The Origin of Species,
sebuah karya yang mendefinisikan awal evolusi biologi (Darwin, 1859). Namun,
studi Darwin dibatasi oleh fenotipe—karakteristik organisme yang dapat diamati,
baik hidup maupun dalam rekaman fosil. Penemuan DNA sebagai metode dimana
informasi genetik ditransfer (Avery et al, 1944) dan kemampuan selanjutnya
untuk sequence DNA (Sanger and Coulson, 1975; Sanger et al., 1977), RNA
(Sanger, 1971), dan kemudian protein (Biemann, 1992) yang memungkinkan
evolusi dipelajari pada tingkat molekuler. Kemajuan pada pemahaman
evolusioner berasal dari peningkatan jumlah urutan gen (gene sequences) dan
teknik komputasi yang sudah lebih baik serta infrastruktur komputasi.
Menggabungkan pengamatan molekuler dengan pengamatan pada tingkat spesies
menyebabkan inovasi seperti jam molekuler (Zuckerkandl dan Pauling, 1962),
prinsip-prinsip parsimoni, dan pemahaman frekuensi alel berdasarkan proses
penghitungan, drift genetik, aliran gen, dan seleksi alam.
Metode semacam itu sebagian besar berfokus pada penemuan kesamaan
dan perbedaan DNA atau urutan protein organisme terpilih. Seiring organisme
berevolusi, kejadian seperti mutasi titik, penyusunan kembali kromosom,
duplikasi, insersi, dan delesi dapat mengubah genom masing-masing. perubahan
ini ditunjukkan dengan tepat yang memungkinkan peneliti untuk merekonstruksi
bagaimana spesies terkait (Freeman dan Herron, 2003).

3
2.2 Mekanisme Evolusi Genom

Seiring dengan berjalannya waktu, DNA, dan urutan protein yang

sedemikian, dapat berkembang sampai pada suatu titik dimana sulit untuk
memastikan hubungan evolusioner masa lalu mereka berdasarkan analisis urutan
saja. Di sinilah struktur protein, yang mendefinisikan repertoar molekuler, dapat
memainkan peran unik. Ini pertama kali dicatat oleh Lesk dan Chothia (1980)
bahwa struktur globin menunjukkan kemiripan yang luar biasa bahkan ketika
identitas urutan mereka berada di urutan 15%. Plastisitas relatif urutan protein bila
dibandingkan dengan struktur protein memiliki implikasi untuk redundansi urutan
protein versus struktur, ukuran relatif urutan protein versus ruang struktur, dan
seterusnya. Untuk saat ini pertimbangkan beberapa contoh lebih jauh di luar
globins. Hon et al. (1997) menemukan kesamaan struktural yang mengejutkan
dalam struktur amenoglikosida fosfotransferase APH (30)-IIIa dengan domain
katalitik protein kinase eukariotik, meskipun memiliki identitas urutan rendah.
Contoh lain ditemukan oleh Holm dan Sander dalam dua glucosyltransferase.
Urutan protein memiliki kurang dari 10% urutan identitas, namun struktur protein
mengandung kemiripan yang menyarankan keterkaitan evolusioner (Holm and
Sander, 1995). Penting untuk dicatat, bagaimanapun, bahwa kesamaan struktural
semacam itu mungkin juga merupakan hasil evolusi konvergen. Contohnya, serin
endopeptidase subtilisin dan chymotrypsin berbagi triad katalitik (catalytic triad)
namun tidak serupa (Bartlett et al., 2003). Sekarang tampak bahwa, dari perspektif
struktur protein, evolusi konvergen merupakan fenomena yang relatif langka dan
terutama terbatas pada kasus-kasus seperti triad katalitik dimana tiga residu dapat
mengadopsi konformasi serupa, sementara struktur global yang mendukung
pengaturan tersebut sangat berbeda. Dengan kata lain, sementara prinsip-prinsip
fisik itu sendiri dapat mengatur struktur sekunder protein, kemungkinan yang
akan mereka kumpulkan pada struktur tersier dan kuartener yang sama sangat
kecil. Poin utama kami, kemudian, yaitu bahwa struktur protein dapat
memberikan informasi berharga saat mempelajari rentang waktu evolusi yang
panjang, informasi yang mungkin tidak jelas melalui analisis urutan protein dan
DNA saja. Isu potensial dengan pendekatan ini kemudian menjadi cakupan
protein yang relatif tersedia dibandingkan dengan ruang urutan protein. Oleh
4
karena itu perlu dipertimbangkan cakupan ruang struktural seperti yang
didefinisikan oleh isi dari Protein Data Bank (PDB).
Pada tahun 1971, PDB didirikan dan mengandung tujuh struktur protein.
Pada saat penulisan (November 2008), jumlah tersebut telah berkembang menjadi
lebih dari 53.000 struktur (Bernstein et al., 1977; Berman et al., 2000). Ledakan
data struktural ini telah menghadirkan peluang baru untuk mempelajari evolusi
dari perspektif struktural; bagaimanapun juga, jumlah itu perlu dimasukkan ke
dalam perspektif.
Pertama, ada tingkat redundansi yang tinggi di dalam PDB. Dengan
pembahasan di atas, harusnya sudah jelas bahwa jumlah struktur nonredundant di
PDB akan bergantung pada apakah Anda mempertimbangkan redundansi relatif
terhadap urutan atau relatif terhadap struktur. Dari perspektif sekuens per Mei
2008, PDB berisi 3881 rantai polipeptida protein unik menurut PDB select
(Hobohm dan Sander, 1994) dari sekitar 58.000 rantai protein di PDB lebih dari
30 asam amino - redundansi 15 kali lipat yang dihasilkan oleh Banyak struktur
protein yang sama dengan ligan berbeda, strukturnya sama dengan modifikasi
post translasional, dan seterusnya.
Dengan adanya redundansi ini, sebuah pertanyaan yang berguna untuk
diajukan, jika mencoba menilai nilai struktur untuk mempelajari repertoar
molekuler, apakah perkiraan cakupan ruang struktur protein pada saat sekarang
dan bagaimana kaitannya dengan cakupan protein berurutan sepenuhnya? Untuk
mulai menjawab pertanyaan ini, kita perlu memikirkan lebih banyak tentang
redundansi, bagaimana kita mengklasifikasikan struktur protein, dan bagaimana
kita memetakannya ke proteomisasi berurutan yang ada.
PDB memilih kelompok struktur protein dengan mengelompokkan urutan
yang sama, namun seperti yang telah kita lihat yang tidak mencerminkan
redundansi struktural. Fenomena ini diilustrasikan pada Gambar 8.1 dimana
masing-masing titik menggambarkan satu dari 1000 pasangan struktural dari
rantai polipeptida menurut CE, sebuah algoritma untuk perbandingan struktur tiga
dimensi (Shindyalov dan Bourne, 1998). Seperti dapat dilihat, identitas urutan
sangat bervariasi pada semua panjang rantai polipeptida. Russ Doolittle
menciptakan ungkapan "Twilight Zone" (Doolittle, 1986) untuk menggambarkan

5
wilayah identitas urutan dimana sulit untuk memastikan hubungan antara dua
urutan dan kemudian Rost menciptakan frase "Midnight Zone" (Rost, 1999) di
mana hanya struktur yang bisa mengungkapkan hubungan suatu urutan. Dari
Gambar 8.1, dapat dilihat bahwa jumlah hubungan evolusioner yang sangat
signifikan hanya akan mudah terungkap melalui perbandingan struktur.

Perbandingan struktur otomatis, seperti yang digunakan di atas, adalah alat

yang berguna, namun mencapai keselarasan struktural terbaik bukanlah masalah
yang dipecahkan (Bourne dan Shindyalov, 2003). Namun, berbagai metode
bekerja untuk memandu kriteria lain, baik manusia maupun algoritmik, untuk
memastikan apakah dua struktur protein dapat dianggap serupa. Kesamaan ini
ditangkap oleh klasifikasi struktural protein (SCOP) (Andreeva et al., 2008) dan
CATH (Greene et al., 2007), dua skema klasifikasi struktur protein, dengan
overlap yang signifikan, namun beberapa perbedaan (Day et al ., 2003). Sumber
daya ini adalah tour de force dalam pemahaman kita tentang ruang struktur
protein. Sementara kesimpulan analog dapat diambil dari sumber manapun, untuk
kesederhanaan, kami akan mengilustrasikan apa yang mungkin dalam
menggunakan struktur untuk mempelajari evolusi dengan menggunakan SCOP
sebagai standar kami. SCOP adalah hirarki yang dalam rilisnya saat ini (1,73)
didasarkan pada 34.494 entri protein dari PDB dan terdiri dari 97.198 domain
protein (kita akan sampai ke domain dalam sekejap) yang disusun menjadi 3464
protein family dan 1.777 superfamilies. Protein family terdiri dari protein yang
6
memiliki hubungan evolusioner yang jelas yang dapat diamati pada tingkat
urutan. Sebuah protein superfamily adalah satu atau lebih keluarga di mana
hubungan evolusioner hanya jelas dari kesamaan struktural. Seorang anggota
protein family terdiri dari satu atau lebih domain yang digunakan kembali untuk
menyediakan keanekaragaman fungsional yang besar dari sejumlah kecil blok
bangunan. Domain biasanya terdiri dari lipatan unik, yang saat ini ada 1086
menurut SCOP. Ini adalah tingkat redundansi yang luar biasa mengingat
keragaman ruang urutan protein. Dasar pemikiran berikut, dan berdasarkan
sebagian besar pemikiran kita, adalah bahwa penemuan scaffold struktural baru
adalah peristiwa evolusioner besar yang dapat dieksploitasi dalam studi evolusi.
Untuk membuat lompatan ini, perlu menetapkan domain, famili, dan
superfamili untuk mengurutkan proteomes sepenuhnya. Untungnya, para
pengembang SCOP dan CATH dan rekan mereka telah melakukannya dalam
bentuk SUPERFAMILY (Wilson et al., 2007) dan Gene3D (Yeats et al., 2008).
Mengingat SUPERFAMILY, tugas dibuat dengan membangun model Markov
tersembunyi (HMMs) untuk kombinasi domain di keluarga dan tingkat
superfamili (Gough et al., 2001). Dibangun dari bibit keselarasan struktur, mereka
menyediakan hubungan evolusioner jauh yang tidak harus dilihat dari urutan saja.
Studi evolusi yang memanfaatkan informasi struktural protein berasal dari
Gerstein pada tahun 1997 (Gerstein, 1997), ketika hanya satu spesies dari masing-
masing dari tiga superkingdom yang telah diurutkan. Metode pengenalan lipatan
menggunakan FASTA hanya bisa membubuhi keterangan 10-20% genom, dan ini
lebih merupakan klasifikasi daripada konstruksi pohon untuk ketiga spesies yang
dipelajari. Bagaimanapun juga, pendekatan ini menjadi lebih menjanjikan ketika
lebih banyak struktur 3D tersedia dan algoritma perbandingan urutan menjadi
lebih canggih (Wolf et al., 1999; Caetano-Anolles dan Caetano-Anolles, 2003).
Bukti bahwa repertoar molekuler seperti yang didefinisikan oleh struktur
protein memang merupakan alat yang hebat dalam studi evolusi, setidaknya untuk
kita, berasal dari eksperimen sederhana (Yang et al., 2005). Kami membangun
matriks biner sederhana yang satu sumbu hanya berisi semua proteom sekuens
penuh, dan pada sumbu lain daftar semua superfamili protein yang telah
diketahui. Di setiap sel dari matriks itu, jika superfamili itu ada dalam organisme

7
itu, diberikan "satu", jika tidak diberi "nol". Dari distribusi biner ini, ini adalah
langkah sederhana untuk membuat matriks jarak dan karenanya sebuah pohon.
Hebatnya, pohon ini terlihat sangat mirip pohon kehidupan setelah beberapa
penyesuaian bobot untuk bakteri simbiotik tinggi. Bahwa kita bisa mendekati
garis keturunan spesies melalui penggunaan informasi struktural yang mengatur
kita pada sebuah jalan untuk mengeksploitasi nilai struktur dalam studi evolusi.
Ini adalah penggunaan repertoar molekuler yang membentuk dasar untuk sisa bab
ini. Bahwa pohon itu dibangun dari sekedar kehadiran atau ketidakhadiran versus
konten itu sendiri merupakan isu yang menarik. Pohon yang dibangun termasuk
jumlah berapa kali lipatan superfamili terjadi yang terbilang kurang berbeda.

2.2.1 Granularitas Struktur dan Implikasinya

Lipatan superfamili adalah ukuran struktural kasar, sedangkan domain
menyediakan tingkat granularitas yang lebih baik. Domain protein adalah istilah
yang disalahgunakan. Di sini, kita mengacu pada domain secara struktural sebagai
unit lipatan independen kompak yang dapat dianggap sebagai unit mata uang
evolusioner - mereka ditukar, ditambahkan, dan dibawa untuk menyediakan
repertoar protein yang kompleks dengan fungsi yang beragam. Dengan kata lain,
fungsi domain bisa berubah, namun keseluruhan lipatannya tetap sama.
Pertimbangkan loop-P yang mengandung superfamili hidrolase nukleosida
trifosfat, yang merupakan salah satu superfamili paling banyak di alam. Ini hadir
1034 kali dalam genom manusia menurut SUPERFAMILY. Semua protein ini
memiliki nenek moyang evolusi yang sama karena mereka memiliki domain yang
sama, namun masing-masing memiliki fungsi unik. Perbedaan fungsi antara
protein ini berkembang melalui beberapa mekanisme. Fungsi domain individual
bisa berubah, tapi juga bergantung pada konteks fungsionalnya. Untuk memahami
bagaimana fungsi protein ini berevolusi, seseorang harus mempelajari sejarah
domain mereka.
Protein yang paling sederhana adalah monomer yang terdiri dari satu
domain tunggal. Dalam superfamili, bisa ada banyak protein seperti ini dengan
fungsi yang berbeda. Shycimate kinase adalah contoh monomer yang terdiri dari
domain hydrolase p-loop tunggal. Ini mengkatalisis fosforilasi shikimate.

8
Perubahan urutan di lokasi aktif protein enzimatik dapat menyebabkan pengikatan
ligan baru dan katalisis reaksi baru. Ada 10 keluarga berbeda dari domain
hydrolase p-loop yang merupakan satu domain protein yang dapat mengikat 46
ligan berbeda (Bashton et al., 2006). Hal ini tidak mengherankan bahwa sebagian
besar ligan ini sangat mirip strukturnya. Jauh lebih mudah untuk bermain-main
dengan struktur yang ada dan melakukan fungsi serupa daripada mengembangkan
struktur yang sama sekali baru yang kebetulan melakukan fungsi serupa.
Superfamili Protein yang mirip kinase adalah contoh kasusnya (Scheeff dan
Bourne, 2005). Protein kinase ada di semua tiga superkingdom kehidupan
(Archaea, Eubacteria, dan Eukariotik) . SCOP mengklasifikasikan mereka sebagai
domain tunggal, sementara CATH menganggapnya sebagai dua domain. Apapun
itu, terdapat kaset pengikat ATP yang berbeda yang telah dilestarikan di semua
spesies. Apa yang berubah dengan cara yang lebih dramatis adalah komponen
pengikat substrat dari struktur yang telah jelas disesuaikan untuk mengikat
beragam substrat dan menggunakan berbagai utusan kedua karena transduksi
sinyal terus berevolusi. Karakteristik sinyal struktural di dalam keluarga
superfamili cukup berbeda untuk membangun pohon filogenetik berdasarkan
karakteristik struktural yang berbeda (Scheeff and Bourne, 2005).
Fungsi domain juga ditentukan oleh konteks sekitarnya di dalam protein.
Tidak semua protein yang mengandung domain hidrolase p-loop terdiri dari satu
domain tunggal. Domain ini ditemukan dalam kombinasi dengan 91 superfamilies
lainnya dalam genom manusia menurut SUPERFAMILY. Domain yang sama bisa
memiliki fungsi yang sangat berbeda dalam kombinasi yang berbeda. Tabel 2 di
Bashton dkk. (2006) merangkum fungsi domain hidrolase p-loop dalam
kombinasi yang berbeda. Dalam kasus ini, domain tidak mendapatkan fungsi baru
(tetap hanya mengikat ligan yang bisa diikat sebagai satu domain saja), namun
fungsinya dapat digabungkan dengan domain lain. Sebagian besar helicase DNA
mengandung domain p-loop dan juga domain pengikatan DNA (Caruthers and
McKay, 2002). Memiliki kedua domain ini dalam rantai protein memungkinkan
pembongkaran DNA agar dapat didukung oleh hidrolisis ATP. Fungsi helicase
tidak berevolusi karena domain p-loop mendapatkan fungsi baru. Sebaliknya,
fungsi baru muncul karena adanya perubahan dalam konteks domain tersebut.

9
 Faktor lain yang dapat mengubah konteks dan fungsi domain adalah
struktur kuartenernya dalam protein. Seperti kombinasi domain, partner yang
mengikat bisa mengenalkan beberapa domain lainnya, masing-masing dengan
fungsinya sendiri. FoF1-ATP synthase terdiri dari beberapa rantai protein yang
berbeda, beberapa di antaranya mengandung domain hidrolase p-loop. Dalam
struktur ini, g-subunit berputar mengelilingi subunit a dan b (Itoh et al., 2004).
Energi dari rotasi ini disimpan dalam produksi ATP dari ADP. Domain hydrolase
p-loop mengikat ADP dan merupakan lokasi dimana reaksi terjadi, namun tidak
ada gunanya tanpa struktur kuartener lainnya. Masing-masing rantai melakukan
fungsi yang berbeda, namun kombinasi semua domain melengkapi keseluruhan
struktur. Dalam kasus ini, domain sebenarnya adalah blok bangunan dalam
struktur dengan fungsi tingkat lebih tinggi.
Analisis protein multidomain pada tiga superkingdom menunjukkan
bahwa dua pertiga protein prokariota memiliki dua atau lebih domain, sedangkan
empat per lima protein dalam eukariota multidomain (Teichmann et al., 1998).
Kombinasi domain dalam 40 genom juga menunjukkan distribusi kekuatan
hukum (Apic et al., 2001), di mana beberapa kombinasi dua domain atau tiga
kombinasi, yang disebut "supradomains", sering kali muncul dalam konteks
protein yang berbeda (Vogel et al., 2004 ). Simulasi proses duplikasi dan
kombinasi domain menunjukkan bahwa kombinasi domain adalah proses
stokastik yang diikuti oleh duplikasi ke berbagai luasan (Vogel et al., 2005).
Selama evolusi domain, penggabungan gen lebih sering terjadi daripada gen
fission (Kummerfeld dan Teichmann, 2005), dan evolusi konvergen adalah
peristiwa yang jarang terjadi (Gough, 2005). Sebuah analisis baru-baru ini
menunjukkan bahwa kelimpahan domain protein dan kombinasi domain
berkorelasi dengan kompleksitas organisme, seperti yang dicirikan oleh jumlah
jenis sel yang dimiliki organisme (Vogel dan Chothia, 2006).

2.2.2 Protein Domain dalam Studi Genome Rearrangement

Dalam beberapa tahun terakhir, akumulasi genom lengkap dari berbagai
kelompok taksonomi telah memungkinkan analisis komparatif genom utuh yang
menghasilkan wawasan menarik mengenai komponen, struktur, dan evolusi
genom (Bentley dan Parkhill, 2004; Miller et al., 2004). Struktur DNA genom
10
dapat dianalisis pada tingkat yang berbeda, mulai dari urutan nukleotida, hingga
lokasi dan organisasi gen dan protein, hingga struktur operon, dan keseluruhan
ukuran genom dan kandungan GC. Penelitian sebelumnya telah menunjukkan
bahwa struktur genom sangat dinamis dengan berbagai peristiwa evolusioner,
seperti inversi genomik skala besar, translokasi, duplikasi, serta insersi dan delesi,
yang sering terjadi dan mengubah struktur genom suatu organisme (Mira et al.,
2002).
Penataan ulang genom antara spesies yang terkait erat dapat diamati
dengan menggunakan plot posisi gen, di mana dua genom lengkap diselaraskan
sesuai urutan gen pada kromosom linier mereka, mirip dengan urutan gen atau
urutan protein berdasarkan urutan nukleotida atau asam amino (Eisen et al., 2000;
Suyama dan Bork, 2001; Tillier dan Collins, 2000). Dengan menggunakan,
misalnya, data dari SUPERFAMILY pendekatan serupa berdasarkan urutan
domain protein daripada urutan gen dapat diterapkan. Karena jumlah domain
protein terbatas dan struktur lebih dilestarikan daripada urutan, menunjukkan
paralogi dan ortologinya jauh bermanfaat untuk menggunakan domain protein
sebagai elemen dasar ketika membandingkan beberapa spesies, baik dari segi
kecepatan dan ketepatan.
Baik plot lokasi gen dan protein menunjukkan bahwa genom bakteri sering
mengalami inversi simetris di sekitar titik asal dan / atau ujung replikasi seperti
yang ditunjukkan secara skematis pada Gambar 8.2 (Mira et al., 2002a; Tillier dan
Collins, 2000). Ini tampak sebagai bentuk X pada plot posisi, meskipun
translokasi dan proses evolusioner lainnya terjadi, yang mengganggu pola ini.
Gambar 8.3 mengilustrasikan contoh umum tentang apa yang dapat dilihat
dari perbandingan domain struktural. Setiap titik mewakili domain yang sama.
Garis menunjukkan keselarasan, inversi, dan translokasi yang disebabkan oleh
insersi dan delesi. Garis pada plot dihitung dengan pemrograman dinamis lokal
yang mirip dengan metode yang digunakan dalam urutan urutan nukleotida atau
urutan asam amino. Di sini, urutan domain dua kromosom dibandingkan; setiap
domain diwakili oleh IDSCOP-nya, jadi ada sekitar 2000 pengenal unik secara
total, dibandingkan dengan 4 urutan nukleotida dan 20 urutan asam amino,
sehingga menghasilkan plot yang lebih terperinci. Seperti urutan sekuensing

11
protein, penalti gap dan ketidakcocokan terlibat dalam mendapatkan keselarasan
optimal antara dua kromosom. Karena inversi genom berskala besar sering terjadi,
setelah dua kromosom tersebut dibandingkan dalam satu arah, satu kromosom
dibandingkan dengan urutan domain terbalik dari kromosom lain. Skor gabungan
untuk penyelarasan dua arah mencerminkan kesamaan keseluruhan dari dua
kromosom.

Gambar 8.4 mengilustrasikan contoh spesifik yang diambil dari dua strain
Salmonella enterica yang terkait erat. Seiring jarak evolusioner antara organisme
meningkat, hubungan struktur genom menjadi kurang terselesaikan.

12
 Singkatnya, pemetaan domain komparatif menggunakan data yang telah
dihitung dan tersedia dari sumber SUPERFAMILY (Wilson et al., 2007) dan
dalam beberapa detik waktu komputasi menghasilkan tampilan penafsiran ulang
genom berdasarkan repertoar molekuler masing-masing.

2.2.3 Protein Domain Gain dan Loss

Sama seperti pengaturan domain dapat memberi tahu kami dengan cepat
dan hanya penyusunan ulang genom, keuntungan dan kerugian domain yang
dipetakan ke pohon spesies dapat memberi tahu kami banyak tentang munculnya
fungsi protein baru. Sekali lagi, data ini hadir dalam SUPERFAMILY dan hanya
perlu diekstraksi dan dipetakan ke pohon-pohon spesies yang ada. Perhatikan
contoh yang diambil dari sebuah studi baru-baru ini (Yang dan Bourne, 2009).
Gambar 8.5 menunjukkan pohon domain untuk domain trimerisasi rantai
ektoplasma kelas II MHC yang terkait (SCOP a.109.1.1) yang memainkan peran
penting dalam perakitan kompleks histokompatibilitas utama (MHC), dan juga
pada antigen MHC II. pengolahan (Stern et al., 2006). Tidak ada di semua bakteri
dan archaea, domain ini muncul dalam genom semua Amniota kecuali Danio
rerio. Berkaitan dengan prinsip parsimoni maksimum, sejarah evolusioner
a.109.1.1 dapat diturunkan secara eksplisit sesuai dengan distribusi ini: a.109.1.1
berasal dari akar Amniota dan diwarisi oleh semua organisme saudara namun
13
hilang dari Danio rerio. Perhatikan, kita tidak bisa mengabaikan kemungkinan
bahwa domain itu ada di Danio rerio, yang mungkin dibatasi oleh metodologi
deteksi homologi domain. Kelimpahan domain dalam genom setiap spesies
memungkinkan kita untuk menyimpulkan kemungkinan peristiwa duplikasi. Pada
prinsipnya, kesimpulan seperti itu tentang kejadian evolusioner dapat diterapkan
pada domain protein manapun, walaupun kompleksasinya bervariasi.

2.2.4 Batasan Evolusi Genom yang dipelajari melalui Struktur Protein

Seperti yang telah kita lihat, evolusi genom dapat dipelajari dengan
melihat bagaimana domain protein, sebagai perwakilan dari repertoar molekuler,
perubahan fungsi dan konteks. Namun, ini tidak menjelaskan asal domain.
Kelahiran superfamili baru adalah peristiwa paling sulit untuk dipahami dalam hal
evolusi domain. Darimana domain p-loop berasal? Apa domain lain yang telah
berevolusi darinya? Pertanyaan-pertanyaan ini berada di luar tingkat pemahaman
kita saat ini karena tidak ada rangkaian yang terlihat atau homologi struktural di
antara banyak wilayah ruang protein. Pekerjaan telah dilakukan untuk
menentukan hubungan antara superfamili yang memiliki kesamaan struktural pada
tingkat subdomain (Friedberg dan Godzik, 2005; Taylor, 2002). Sementara
metode ini memberikan hubungan antara superfamili, tidak jelas apakah mereka
mewakili evolusi konvergen atau berbeda. Struktur protein juga dapat
dibandingkan di rumah superfamili dengan membandingkan situs fungsional
mereka. Sebagian besar anggota p-loop hydrolase superfamili mengikat
nukleotida. Ada kemungkinan bahwa superfamili lain yang mengikat ligan yang
sama memiliki nenek moyang yang sama dengan superfamili ini. Seseorang dapat
membayangkan sebuah skenario dimana tekanan selektif memungkinkan struktur
protein bervariasi selama ia terus mengikat ligan tertentu. Dua struktur bisa
hanyut ke titik di mana mereka tidak dianggap superfamili yang sama. Namun,
kantong pengikat ligan (ligand binding pockets) mereka harus mempertahankan
homologi. Sumber daya baru memungkinkan perbandingan situs aktif untuk
mendeteksi homologi semacam itu (Xie dan Bourne, 2008). Lebih banyak alat
akan dikembangkan untuk memetakan hubungan semacam itu, namun unit dasar
dari hubungan ini akan menjadi domain protein.

14
2.2.5 Pengaruh dari Lingkungan Hidup
Evolusi repertoar molekuler selama lebih dari 4 miliar tahun sejarah bumi
tidak selalu terjadi dalam kondisi lingkungan yang identik. Temperatur
berfluktuasi sebesar _50 K, tekanan atmosfir diperkirakan berfluktuasi antara 1-5
atm, sementara fotoenergi cukup konstan. Karena 90% evolusi telah terjadi di
laut, masuk akal untuk mempertimbangkan bagaimana kondisi-kondisi ini dan
kondisi-kondisi lain yang mempengaruhi kehidupan di lautan. Mungkin
perubahan terbesar bukan berasal dari perubahan fenomena fisik ini, tetapi dari
perubahan dalam kehidupan itu sendiri, yang pada gilirannya mempengaruhi
lingkungan dan menyelesaikan lingkaran, lingkungan kemudian mempengaruhi
kehidupan seperti yang disarankan oleh hipotesis Gaia seperti yang diusulkan oleh
Lovelock (2001). Munculnya cyanobacteria, dan karenanya fotosintesis oksigen,
dikaitkan dengan perubahan besar dalam biogeokimia dan metabolisme global
(Kopp et al., 2005; Raymond and Segre, 2006). Secara khusus, kenaikan oksigen
di atmosfer sekitar 2,3 miliar tahun yang lalu (Gya) (Bekker et al., 2004; Farquhar
et al., 2000) berpotensi menyebabkan laut menjadi euxinic (sulfidic dan anoxic)
sekitar 1,8 Gya (Canfield dan Teske , 1996; Arnold et al., 2004), sebelum
anoksigenasi deepwaters dari0,7 sampai 1,0Gya. Perubahan keadaan redoks laut
ini secara dramatis mempengaruhi trace metal kimia dan bioavailabilitas. Secara
khusus, samudra arkeologis anoksik pasti kaya akan Fe, Mn, Co, namun
kekurangan Zn. Sebaliknya, samudra oksida modern terkuras di Fe dan relatif
kaya akan Zn (Saito et al., 2003). Sebuah pertanyaan yang kita tanyakan pada diri
kita beberapa tahun yang lalu adalah, apakah perubahan ini dengan cara apa pun
tercetak pada protease modern (Dupont et al., 2006)? Untuk menjawab pertanyaan
ini diperlukan pemeriksaan repertoar tematik. Kita perlu melihat pelengkap
protein pengikat logam dalam protease modern, sulit dilakukan pemeriksaan DNA
atau protein saja. Protein pengikat logam memiliki residu asam amino spesifik di
lokasi dan orientasi yang tepat dalam perancah tiga dimensi, dan pendekatan
bioinformatika struktural mengambil keuntungan penuh dari sifat-sifat ini.
Hipotesisnya adalah bahwa jika bumi purba memiliki samudera yang relatif kaya
akan besi dan kobalt, proteomes spesies, yaitu archaea dan bakteri yang muncul
pada periode waktu itu juga akan menunjukkan bahwa pengayaan. Demikian juga,

15
eukariota yang muncul kemudian akan kaya akan seng. Kami menunjukkan
bahwa tren ini memang kasus yang mengangkat pertanyaan mengenai apakah
korelasi lain antara lingkungan pada waktu tertentu dan organisme yang muncul
pada saat itu dapat berkorelasi. Pekerjaan ini sedang berlangsung.

BAB III
16
 PENUTUP

3.1 Kesimpulan

1. Evolusi Genom mulai diketahui setelah penemuan DNA sebagai metode

dimana informasi genetik ditransfer, sequence DNA, RNA, dan kemudian
protein yang memungkinkan evolusi dapat dipelajari pada tingkat
molekuler. Evolusi Genom dapat diamati melalui struktur protein. Struktur
protein dapat memberikan informasi berharga saat mempelajari rentang
waktu evolusi yang panjang, informasi yang mungkin tidak jelas jika
hanya melalui analisis urutan protein dan DNA saja.

2. Mekanisme evolusi genom dapat diketahui melalui mengklasifikasikan

struktur protein (SCOP) dan CATH, dan bagaimana kita memetakannya ke
proteomisasi berurutan yang ada. Struktur genom sangat dinamis dengan
berbagai peristiwa evolusioner, seperti inversi genomik skala besar,
translokasi, duplikasi, serta insersi dan delesi, yang sering terjadi dan
mengubah struktur genom suatu organisme sehingga evolusi genom dapat
terjadi.

3.2 Saran
Di Era modern, metode seperti yang digunakan untuk mengetahui
mekanisme evolusi genom sebaiknya dikuasai oleh peneliti generasi ini yang
memang menggeluti bidang tersebut sehingga dapat digunakan untuk memantau
perkembangan evolusi genom di tingkat tertentu dimana akan bermanfaat untuk
berbagai bidang kehidupan di masa mendatang.

DAFTAR RUJUKAN

17
Apic, G., Gough, J., And Teichmann, S.A., 2001. Domain Combinations In
Archaeal, Eubacterial And Eukaryotic Proteomes. J. Mol. Biol. 310: 311–
325.
Arnold, G.L., Anbar, A.D., Barling, J., And Lyons, T.W. 2004. Molybdenum
Isotope Evidence For Widespread Anoxia In Mid-Proterozoic Oceans.
Science 304: 87–90.
Bartlett, G.J., Todd, A.E., And Thornton, J.M. 2003. Inferring Protein Function
From Structure. Methods Biochem. Anal. 44: 387–407.
Bentley, S.D. And Parkhill, J., 2004. Comparative Genomic Structure Of
Prokaryotes. Annu. Rev. Genet. 38: 771–792.
Berman, H.M.,Westbrook, J., Feng, Z., Gilliland, G., Bhat, T.N., Weissig, H.,
Shindyalov, I.N., And Bourne, P.E. 2000. The Protein Data Bank. Nucleic
Acids Res. 28: 235–242.
Bernstein, F.C., Koetzle, T.F., Williams, G.J., Meyer, E.F., Jr., Brice, M.D.,
Rodgers, J.R., Kennard, O., Shimanouchi, T., And Tasumi, M., 1977. The
Protein Data Bank: A Computer-Based Archival File For Macromolecular
Structures. J. Mol. Biol. 112: 535–542.
Biemann, K., 1992. Mass Spectrometry Of Peptides And Proteins. Annu. Rev.
Biochem. 61: 977–1010.
Bourne, P.E. And Shindyalov, I.N. 2003. Structure Comparison And Alignment.
Methods Biochem. Anal. 44: 321–337.
Caruthers, J.M. And Mckay, D.B., 2002. Helicase Structure And Mechanism.
Curr. Opin. Struct. Biol. 12: 123–133.
Darwin, C., 1859. On The Origin Of Species By Natural Selection. Murray,
London, Uk.
Day, R., Beck, D.A., Armen, R.S., And Daggett, V. 2003. A Consensus View Of
Fold Space: Combining Scop, Cath, And The Dali Domain Dictionary.
Protein Sci. 12: 2150–2160.
Doolittle, R., 1986. Of Urfs And Orfs: A Primer On How To Analyze Derived
Amino Acid Sequences. University Science Books, Mill Valley, Ca.

18
Eisen, J.A., Heidelberg, J.F.,White, O., And Salzberg, S.L. 2000. Evidence For
Symmetric Chromosomal Inversions Around The Replication Origin In
Bacteria. Genome Biol. 1: Research0011.
Freeman, S. And Herron, J.C., 2003. Evolutionary Analysis. Prentice Hall.
Friedberg, I. And Godzik, A., 2005. Fragnostic: Walking Through Protein
Structure Space. Nucleic Acids Res. 33: W249–W251.
Gerstein, M., 1997. A Structural Census Of Genomes: Comparing Bacterial,
Eukaryotic, And Archaeal Genomes In Terms Of Protein Structure. J. Mol.
Biol. 274: 562–576.
Gough, J., Karplus, K., Hughey, R., And Chothia, C., 2001. Assignment Of
Homology To Genome Sequences Using A Library Of Hidden Markov
Models That Represent All Proteins Of Known Structure. J. Mol. Biol.
313: 903–919.
Greene, L.H., Lewis, T.E., Addou, S., Cuff, A., Dallman, T., Dibley, M., Redfern,
O., Pearl, F., Nambudiry, R., Reid, A., Sillitoe, I., Yeats, C., Thornton,
J.M., And Orengo, C.A., 2007. The Cath Domain Structure Database:
New Protocols And Classification Levels Give A More Comprehensive
Resource For Exploring Evolution. Nucleic Acids Res. 35: D291–D297.
Holm, L. And Sander, C. 1995. Evolutionary Link Between Glycogen
Phosphorylase And A Dna Modifying Enzyme. Embo J. 14: 1287–1293.
Hon, W.C., Mckay, G.A., Thompson, P.R., Sweet, R.M., Yang, D.S., Wright,
G.D., And Berghuis, A.M., 1997. Structure Of An Enzyme Required For
Aminoglycoside Antibiotic Resistance Reveals Homology To Eukaryotic
Protein Kinases. Cell 89: 887–895.
Kopp, R.E., Kirschvink, J.L., Hilburn, I.A., And Nash, C. Z., 2005. The
Paleoproterozoic Snowball Earth: A Climate Disaster Triggered By The
Evolution Of Oxygenic Photosynthesis. Proc. Natl. Acad. Sci. Usa 102:
11131–11136.
Kummerfeld, S.K. And Teichmann, S.A., 2005. Relative Rates Of Gene Fusion
And Fission In Multi-Domain Proteins. Trends Genet. 21: 25–30.

19